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基于12S,16S和28S rRNA基因序列的中国小毛瓢虫属系统发育分析 预览
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作者 黄卫东 梁馨月 +2 位作者 谢秀凤 王兴民 陈晓胜 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期241-254,共14页
【目的】小毛瓢虫属 Scymnus Kugelann昆虫主要捕食蚜虫、蚧虫等害虫,是一类经济上重要的天敌昆虫。目前针对小毛瓢虫属的系统发育研究尚属空白,亚属之间的系统演化关系尚不明确,为了建立合理的分类系统,亟需对小毛瓢虫属的亲缘关系进... 【目的】小毛瓢虫属 Scymnus Kugelann昆虫主要捕食蚜虫、蚧虫等害虫,是一类经济上重要的天敌昆虫。目前针对小毛瓢虫属的系统发育研究尚属空白,亚属之间的系统演化关系尚不明确,为了建立合理的分类系统,亟需对小毛瓢虫属的亲缘关系进行研究和探讨。【方法】以华南农业大学馆藏的小毛瓢虫属5亚属共44种为研究对象,采用PCR技术对12S, 16S和28S rRNA基因的部分序列进行扩增;运用MEGA 7.0分析了小毛瓢虫属内12S, 16S和28S rRNA基因的碱基组成,基于K2P模型计算了小毛瓢虫属44种的种间遗传距离;采用最大似然法(maximum-likelihood, ML)和贝叶斯推断法(Bayesian-inference, BI)构建该属的系统发育树。【结果】扩增获得小毛瓢虫属44种的12S rRNA基因序列平均长度为356 bp, 16S rRNA基因序列平均长度为351 bp, 28S rRNA基因序列平均长度为315 bp;序列分析表明,12S rRNA基因的A, T, G和C平均含量分别为38.8%, 43.5%, 11.9%和5.8%, 16S rRNA基因的A, T, G和C平均含量分别为37.6%, 40.3%, 14.4%和7.7%, 28S rRNA基因的A, T, G和C平均含量分别为26.7%, 18.3%, 31.4%和23.5%;基于联合序列分析的种间遗传距离为0.004~0.276,平均遗传距离为0.115。系统发育分析结果表明,小毛瓢虫属为单系起源,而小毛瓢虫亚属 Scymnus (Scymnus ) Kugelann、毛瓢虫亚属 Scymnus (Neopullus ) Sasaji、小瓢虫亚属 Scymnus (Pullus ) Mulsant和拟小瓢虫亚属 Scymnus (Parapullus ) Yang均为并系起源。【结论】基于12S, 16S和28S rRNA基因序列的小毛瓢虫属系统发育分析显示传统的形态学分类体系与基于分子数据分析的结果部分不一致,这表明应该对该属内各亚属的鉴别特征进行全面检视,筛选并确立各亚属的形态指标,同时也表明该属内的亚属分类单元需重新厘定。 展开更多
关键词 小毛瓢虫属 瓢虫科 12S RRNA 16S RRNA 28S RRNA 系统发育
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公共场所水环境中活嗜肺军团菌的快速检测方法 预览
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作者 郭沛 赵龙 胡翮 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期203-209,共7页
旨在建立一种基于16S rRNA前体的分子学检测方法用于快速检测活嗜肺军团菌,应用该方法与ISO标准法调查公共场所水环境中嗜肺军团菌的水平及污染现状。此研究方法的理论基础在于营养刺激后可诱导嗜肺军团菌16S rRNA前体的合成,后者可作... 旨在建立一种基于16S rRNA前体的分子学检测方法用于快速检测活嗜肺军团菌,应用该方法与ISO标准法调查公共场所水环境中嗜肺军团菌的水平及污染现状。此研究方法的理论基础在于营养刺激后可诱导嗜肺军团菌16S rRNA前体的合成,后者可作为检测细胞活性的指标。分别应用预刺激RT-qPCR法和ISO法对嗜肺军团菌、非嗜肺军团菌以及非军团菌进行检测,并验证两种方法的特异性、灵敏度。应用预刺激RT-qPCR法和ISO法检测公共场所水环境中的嗜肺军团菌,比较两者结果的一致性。结果显示,预刺激时间大于3 h时,嗜肺军团菌16S rRNA前体的增长缓慢,最佳预刺激时间设置为3 h。预刺激RT-qPCR法与ISO法均能较好地检出嗜肺军团菌,特异性均为100%,预刺激法的最低检测浓度(Limit of detection,LOD)为102Cell/L,ISO标准法的LOD为104 Cell/L。预刺激法及ISO法的总阳性率分别为43.5%(30/69)和40.6%(28/69),两种方法的检出率差异无明显统计学意义(C2=0.119,P=0.730)。预刺激RT-qPCR法是一种快速有效的检测活嗜肺军团菌的方法,诊断灵敏度及特异性高,是ISO标准法潜在的替代方案。 展开更多
关键词 嗜肺军团菌 PCR 水环境 公共场所 16S RRNA 快速检测方法
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海南牛乳源链球菌的分离鉴定及特性分析 预览
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作者 王宇 郭桂英 +6 位作者 张智勇 秦烨 蒲文渊 杨诺 李迁 曾纪锋 郑继平 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期93-97,共5页
为调查海南地区奶牛场链球菌的感染情况,本研究对2017年海南澄迈地区某奶牛场收集的67份牛乳样品,经培养基分离、生理生化分析和16S rRNA基因测序,结果显示共检测链球菌感染样品20份,其中乳房链球菌感染样品16份,巴氏链球菌感染4份。乳... 为调查海南地区奶牛场链球菌的感染情况,本研究对2017年海南澄迈地区某奶牛场收集的67份牛乳样品,经培养基分离、生理生化分析和16S rRNA基因测序,结果显示共检测链球菌感染样品20份,其中乳房链球菌感染样品16份,巴氏链球菌感染4份。乳房链球菌分离株的耐药性检测结果显示,分离株对氨基酸糖苷类抗生素的耐药性最高,其次是四环素类、多肽类和利福霉素类。多重耐药菌株占68.75%(11/16);对11种毒力基因PCR扩增结果显示,除lbp外,其余10种毒力因子在各分离株中的存在率均为100%。以上研究表明,海南奶牛主要受乳房链球菌感染,而非报道最多的无乳链球菌;该乳房链球菌耐药性强、毒力因子发生频率独特,提示可能与海南特殊的生态环境、饲养以及用药措施等相关。本研究首次对海南牛源链球菌进行了鉴定及分析,为该病原防治提供了依据。 展开更多
关键词 奶牛乳房炎 乳房链球菌 16S RRNA 耐药性 毒力因子
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基于高通量测序的精神分裂症患者肠道菌群多样性
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作者 赵星梅 王喜苹 +4 位作者 周火祥 张红梅 王秀丽 罗予 郭葳 《中国微生态学杂志》 CAS CSCD 2019年第1期1-7,共7页
目的探讨精神分裂症患者肠道菌群多样性变化。方法收集16例精神分裂症患者(schizophrenia,Sch)与18例健康者(healthy donor,HD)的粪便样本,提取肠道菌群基因组,扩增16SrRNA基因,运用Illumina平台进行测序。对测序结果进行多样性和物种... 目的探讨精神分裂症患者肠道菌群多样性变化。方法收集16例精神分裂症患者(schizophrenia,Sch)与18例健康者(healthy donor,HD)的粪便样本,提取肠道菌群基因组,扩增16SrRNA基因,运用Illumina平台进行测序。对测序结果进行多样性和物种组成差异分析。结果精神分裂症患者组肠道菌群在门、纲、目、科、属、种、分类操作单元(operational taxonomic units,OTUs)水平的群落种类数目少于健康对照组。Alpha多样性指标中患者组的Ace指数(226.58±31.67)、Chao1指数(222.29±34.45)和Shannon指数(2.66±0.69)明显低于健康对照组(293.63±56.07、302.2±57.99、3.59±0.36),差异均有统计学意义(Ps<0.001),而Simpson指数(0.20±0.17)明显高于健康对照组(0.07±0.03),差异有统计学意义(P<0.01);Beta多样性分析显示两组研究对象肠道菌群样本可被鉴别区分。精神分裂症患者组与健康对照组样本在门和属水平上肠道菌群组成和含量有差异,其中患者组拟杆菌门和软壁菌门占比明显低于健康组,差异有统计学意义(21.76%vs.27.05%,P=0.008;0.00%vs.0.20%,P=0.033),而放线菌门明显高于健康组(13.52%vs.2.88%,P=0.020),差异有统计学意义;患者组拟杆菌属和柔嫩梭菌属占比明显低于健康组(9.15%vs.20.60%,P=0.031;3.29%vs.9.58%,P=0.005),差异有统计学意义,而双歧杆菌属、普雷沃菌属和巨单胞菌属明显高于健康组(10.89%vs.1.78%,P=0.025;10.88%vs.1.98%,P=0.046;10.78%vs.2.69%,P=0.026),差异有统计学意义。结论基于16SrRNA的高通量测序有助于分析精神分裂症患者肠道菌群多样性变化,为研究肠道菌群与精神分裂症的关系提供新的思路和理论依据。 展开更多
关键词 精神分裂症 16S RRNA 肠道菌群 多样性
全麦粉对体外肠道菌群的影响 预览
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作者 龚凌霄 李怡 +1 位作者 余婷 王静 《食品工业科技》 CAS 北大核心 2019年第6期131-136,共6页
研究了全麦粉(whole wheat,WW)和精制小麦粉(refined wheat,RW)在体外模拟发酵对肠道微生物的调节作用。实验采用模拟体外消化的方法分别对全麦粉和精制小麦粉进行胃肠道消化,然后利用人体粪便菌群将消化残渣进行发酵并运用新一代16S r... 研究了全麦粉(whole wheat,WW)和精制小麦粉(refined wheat,RW)在体外模拟发酵对肠道微生物的调节作用。实验采用模拟体外消化的方法分别对全麦粉和精制小麦粉进行胃肠道消化,然后利用人体粪便菌群将消化残渣进行发酵并运用新一代16S rRNA测序技术对微生物结构进行分析。结果表明,在成分组成上,全麦粉较精制小麦粉的膳食纤维和多酚等可被微生物发酵利用的成分含量显著增加(p <0.05),分别为精制小麦粉的1.49倍和1.45倍;在肠道微生物组成上,两种小麦粉的发酵均降低了肠道微生物多样性,但显著增加了发酵液中短链脂肪酸的含量(p <0.05),同时调节了肠道菌群的物种组成,拟杆菌门相对丰度下降,厚壁菌门相对丰度升高。与精制小麦粉相比,全麦粉增加了氨基酸球菌属、双歧杆菌属、噬胆菌属、巨单胞菌属、巨型球菌属等的相对丰度,且益生菌-双歧杆菌属相对丰度是精制小麦粉发酵的1.19倍,降低了脱硫弧菌属、小类杆菌属、埃希式菌属、普拉梭菌属、普斯菌属和萨特式菌属等的相对丰度,尤其是致病菌-埃希氏菌属,其相对丰度降低了52%。 展开更多
关键词 肠道菌群 16S RRNA 膳食纤维 体外发酵 全麦粉
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猪源绿色气球菌的分离与鉴定 预览
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作者 刘洁 刘梦龙 +2 位作者 曲久燕 张成东 郭海岩 《中国猪业》 2019年第6期26-30,共5页
为了诊断河南某猪场保育仔猪的发病原因并对其治疗,试验选取病猪的肺脏、牌脏、肾桩、下颌淋巴结组织以及关节积液进行细菌的分离鉴定、16S rRNA基因的扩增以及基因同源性分析、致病性试验等方法对分离菌株进行研究。试验结果表明:从病... 为了诊断河南某猪场保育仔猪的发病原因并对其治疗,试验选取病猪的肺脏、牌脏、肾桩、下颌淋巴结组织以及关节积液进行细菌的分离鉴定、16S rRNA基因的扩增以及基因同源性分析、致病性试验等方法对分离菌株进行研究。试验结果表明:从病料组织中一共分离出8株猪源绿色气球菌.其中从脾脏组织中分离到3株,关节积液中分离到4株以及肾脏组织中分离到1株。16S rRNA基因序列与NCBI已发布的气球菌属细菌的同源性在99.1%-100%之间,遗传进化关系密切,属于同一类群。该气球菌在加入绵羊鲜血的THA营养琼脂以及在加入5%胎牛血清的THB肉汤中生长良好。将过夜培养的气球菌液取400μL腹腔注射,攻毒小鼠,并未引起小鼠发病或死亡,说明该菌为条件性致病菌,在正常条件下未表现致病性。 展开更多
关键词 猪源绿色气球菌 分离鉴定 16S rRNA 致病性试验
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基于16S rRNA基因高通量测序的太原地区健康成年人肠道菌群结构分析
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作者 王慕华 彭晓光 +6 位作者 麻杰 赵玉明 杜莹 李海涛 宫俊峰 张国柱 刘斌 《中国微生态学杂志》 CAS CSCD 2019年第7期745-751,共7页
目的探讨太原地区健康成年人的肠道菌群结构及多样性。方法采集太原地区20份健康成年人的粪便样本,提取DNA、构建菌群16S rRNA基因克隆文库、高通量测序并进行生物信息学分析。结果测序获得优质序列1 383 680条,平均序列为69 184条±... 目的探讨太原地区健康成年人的肠道菌群结构及多样性。方法采集太原地区20份健康成年人的粪便样本,提取DNA、构建菌群16S rRNA基因克隆文库、高通量测序并进行生物信息学分析。结果测序获得优质序列1 383 680条,平均序列为69 184条±551条,归类于455个OTUs;所有样本共含有10个菌门,101个菌属,141种菌;其中核心菌门3个,依次为拟杆菌门(63.13%)、厚壁菌门(31.14%)和变形菌门(5.10%),占所有样本微生物总量的99.37%;丰度最高的前10个菌属依次为拟杆菌属(43.34%)、普氏菌属(15.51%)、栖粪杆菌属(4.92%)、罗氏菌属(4.73%)、毛螺菌属(3.27%)、萨特菌属(2.50%)、粪球菌属(2.38%)、布劳特菌属(2.31%)、瘤胃球菌属(2.18%)和副杆状菌属(1.61%),占样本微生物总量的82.75%,未分类的菌属占6.84%。结论健康成年人肠道微生物群落复杂,但主要菌群相对稳定,为进一步研究人体肠道菌群结构与功能提供了参考依据。 展开更多
关键词 太原地区 肠道菌群 核心菌群 16S RRNA
相异度算法结合邻接法构建系统进化树的评估 预览
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作者 刘雪梅 李文 +3 位作者 黄管大 黄天来 叶宇中 徐国皓 《华南理工大学学报:自然科学版》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第6期136-141,148共7页
在系统发育学中,构建系统进化树的算法是研究进化关系的基础.本文探讨并验证了基于k-mer的相异度算法d2S结合邻接法NJ构建系统进化树的可行性,对两种进化情景下的12个16S rRNA和36个噬菌体分子序列构建了系统进化树(其中 k =4,6,8,10),3... 在系统发育学中,构建系统进化树的算法是研究进化关系的基础.本文探讨并验证了基于k-mer的相异度算法d2S结合邻接法NJ构建系统进化树的可行性,对两种进化情景下的12个16S rRNA和36个噬菌体分子序列构建了系统进化树(其中 k =4,6,8,10),3类16S rRNA很清晰的按照古菌、细菌和真核生物分类开来,效果和Woese目录基本一致;同时可把4种类型的噬菌体按原来的进化关系区分开,而且受参数k影响小,分类效果非常好.这展现了相异度算法d2S结合邻接法NJ强大的功能.使用相异度算法d2S结合邻接法NJ构建系统进化树,将为系统进化关系提供新的算法和思路. 展开更多
关键词 相异度算法d2S 邻接法(NJ) k-mer 16S RRNA 噬菌体
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猪源枯草芽孢杆菌的分离鉴定及其生物特性研究 预览
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作者 袁林 涂熠坤 +1 位作者 曾静 郭建军 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2019年第5期9-13,共5页
为研究和开发动物新型微生态制剂,改变抗生素滥用、药物残留等现状。通过热处理从健康猪肠道内容物、粪便、土壤中分离芽孢杆菌,结合形态特征、生理生化特性及16S rRNA序列分析进行鉴定;对菌株耐胆盐性、酸性耐受性及产酶情况等特性进... 为研究和开发动物新型微生态制剂,改变抗生素滥用、药物残留等现状。通过热处理从健康猪肠道内容物、粪便、土壤中分离芽孢杆菌,结合形态特征、生理生化特性及16S rRNA序列分析进行鉴定;对菌株耐胆盐性、酸性耐受性及产酶情况等特性进行研究。结果表明,分离到11株芽孢杆菌,经细菌形态学、生理生化特征和16S rRNA序列分析的结果显示,3株为枯草芽孢杆菌;特性研究结果证实菌株SR-096具有较好的耐胆盐性、酸性耐受性和产脂肪酶、淀粉酶、蛋白酶和纤维素酶的能力。说明枯草芽孢杆菌SR-096具有较强的抗逆性和潜在的益生性能,为研制微生态制剂提供了优良的菌种参考。 展开更多
关键词 枯草芽孢杆菌 分离 鉴定 16S rRNA 菌株特性 酶系分布
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健康藏族与汉族大学生肠道细菌多样性研究
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作者 刘怡萱 曹鹏熙 +1 位作者 马红梅 刘星 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期1674-1684,共11页
【目的】探究生活在相同环境下,同年龄段健康藏族人群和汉族人群肠道细菌组成的多样性特征及其可能的成因。【方法】入选同专业的20–24 岁男性健康藏族学生和汉族学生各20 名,同一时间段收集新鲜粪便,提取新鲜粪便细菌总DNA,通过高通... 【目的】探究生活在相同环境下,同年龄段健康藏族人群和汉族人群肠道细菌组成的多样性特征及其可能的成因。【方法】入选同专业的20–24 岁男性健康藏族学生和汉族学生各20 名,同一时间段收集新鲜粪便,提取新鲜粪便细菌总DNA,通过高通量测序和生物信息学分析,结合对饮食习惯的问卷调查,研究健康藏族学生与汉族学生肠道细菌多样性与饮食习惯之间的关系。【结果】从40 份样本中,测序共得到2880 个OTU,alpha 和beta 多样性分析表明,生活在相同环境下,不同民族男性学生的肠道细菌组成有明显差异。Prevotella 9、Bacteroides 和Lachnoclostridium 等18 个属为两民族学生共有,同时,Prevotella 9、Faecalibacterium 和Succinivibrio 等10 个属细菌为对两民族学生肠道细菌组成差异具有显著性影响的标志性菌属。进一步聚类分析表明,所有学生样本分为ET F 型、ET P 型、ET F 和ET B 混合型3 种不同肠型,随访调查结果显示不同类型分别对应以脂肪为主和以淀粉为主的不同饮食习惯。【结论】生活在相同环境下,健康藏族和汉族学生的肠道细菌组成特征及其差异可能与遗传因素及饮食习惯密切相关。 展开更多
关键词 肠道微生物 多样性 16S rRNA 肠型 饮食习惯
高通量测序研究中药经方对正常小鼠肠道菌群的影响 预览
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作者 张俊杰 张淑静 +4 位作者 董瑞娟 李珂 叶贺贺 葛东宇 吴莹 《世界中医药》 CAS 2019年第5期1123-1132,1138共11页
目的:探讨四君子汤、麻杏石甘汤、麻杏石甘汤合四君子汤对正常小鼠肠道菌群多样性的影响。方法:将20只Balb/c小鼠随机分为正常组、四君子汤组、麻杏石甘汤组、麻杏石甘汤合四君子汤组4组,每组5只,除正常组给予无菌双蒸水灌胃外,其余3组... 目的:探讨四君子汤、麻杏石甘汤、麻杏石甘汤合四君子汤对正常小鼠肠道菌群多样性的影响。方法:将20只Balb/c小鼠随机分为正常组、四君子汤组、麻杏石甘汤组、麻杏石甘汤合四君子汤组4组,每组5只,除正常组给予无菌双蒸水灌胃外,其余3组分别以对应汤药灌胃。于灌胃第4、7天无菌收集各组小鼠粪便,16S rRNA高通量测序法检测各组药物对小鼠粪便中微生物群落结构及多样性变化的调节。结果:各药物的干预使正常小鼠肠道菌群的OTU(operational taxonomic unit)数量产生了变化,麻杏组菌群丰富度增加尤为显著( P <0.05);2时间段各中药组的菌群香农指数(Shannon index)较正常组比较均有变化、麻杏组的菌群多样性增加更为明显;正常组分别与给药组比较,正常组与四君组间共有的OTUs数目最多,其菌群间的相似性最高;药物的使用会使小鼠肠道的优势菌群发生结构及比例的变化;给药组与正常组小鼠的总体菌群在结构上分离明显、差异有统计学意义;四君子汤、麻杏石甘汤合四君子汤的使用会显著性地使与短链脂肪酸(SCFA)产生相关的菌属丰度增加。结论:与正常组比较,各中药组小鼠肠道菌群结构及多样性均发生明显变化。 展开更多
关键词 肠道菌群 四君子汤 麻杏石甘汤 高通量测序 16S RRNA 小鼠 经方
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中国对虾来源哈维氏弧菌鉴定及生物学分析 预览
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作者 樊英 许拉 +4 位作者 王晓璐 盖春蕾 叶海斌 刁菁 李天保 《中国农学通报》 2019年第3期34-39,共6页
从患病中国对虾中分离到优势菌株,对其进行生理生化特性及分子生物学分析。TCBS培养基上菌落呈现绿色(以下称为TCBS-G),通过形态学、生理生化分析,菌株TCBS-G为革兰氏阴性菌,短杆状,两端钝圆,有鞭毛;Biolog GIII分析表明,该菌株生长代... 从患病中国对虾中分离到优势菌株,对其进行生理生化特性及分子生物学分析。TCBS培养基上菌落呈现绿色(以下称为TCBS-G),通过形态学、生理生化分析,菌株TCBS-G为革兰氏阴性菌,短杆状,两端钝圆,有鞭毛;Biolog GIII分析表明,该菌株生长代谢利用情况与弧菌吻合,与哈维氏弧菌特征相似。基于16S rRNA、gyrB、HSP60基因序列分析同源性,16S rRNA未将TCBS-G有效鉴定,gyrB、HSP60基因序列与哈维氏弧菌相聚类,聚合置信度可达99%。综合生物学及分子特征,判定TCBS-G为弧菌属的哈维氏弧菌(Vibrio harveyi)。底物平板试验结果显示TCBS-G菌株胞外产物具有淀粉酶、蛋白酶、脂肪酶和DNA酶活性;且能够扩增出哈氏弧菌溶血素基因的保守特异性片段。 展开更多
关键词 中国对虾 哈维氏弧菌 BIOLOG 16S RRNA GYRB HSP60
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脓毒症患者肠道菌群紊乱的临床研究
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作者 刘丹 王晓红 +5 位作者 张小彬 闫晶 杨小娟 刘勤富 孙婷 杨晓军 《中华急诊医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期736-742,共7页
目的分析ICU内脓毒症及非脓毒症患者肠道菌群紊乱特征。方法采用前瞻性观察性研究方法,纳入2017年2月至2017年6月收住宁夏医科大学总医院重症医学科(ICU)的脓毒症患者10例(脓毒症组)、同期入住宁夏医科大学总医院ICU内未并发脓毒症的患... 目的分析ICU内脓毒症及非脓毒症患者肠道菌群紊乱特征。方法采用前瞻性观察性研究方法,纳入2017年2月至2017年6月收住宁夏医科大学总医院重症医学科(ICU)的脓毒症患者10例(脓毒症组)、同期入住宁夏医科大学总医院ICU内未并发脓毒症的患者10例(非脓毒症组)以及健康人10例(对照组)。采集脓毒症、非脓毒症组患者入住ICU后2 d内的粪便标本,健康对照组为随机粪便样本,运用高通量16S rRNA基因测序技术进行肠道菌群检测。记录脓毒症组及非脓毒症组患者入ICU第1天急性生理学与慢性健康状况评分Ⅱ(APACHE Ⅱ)、序贯器官衰竭(SOFA)评分。结果与健康对照组比较,非脓毒症组、脓毒症组患者肠道菌群α多样性呈下降趋势,β多样性显示菌群结构均存在差异,且个体差异性更加明显。在菌门水平,非脓毒症组和脓毒症组患者肠道厚壁菌门+拟杆菌门比例均明显下降(P=0.013、0.028)、变形菌门比例升高(P=0.017、0.026),而梭杆菌门仅在非脓毒症组比例升高(P<0.01)。在菌属水平,非脓毒症、脓毒症患者均可见有益共生菌属比例均下降,如瘤胃球菌属(P=0.045、0.026)、假丁酸弧菌属(P=0.009、<0.01)、厌氧棒状菌属(P=0.011、0.003)、粪球菌属(P=0.045、0.011)、考拉杆菌属(P=0.008、0.022)、罕见小球菌属(P=0.006、0.026)。而乳酸杆菌属、多尔菌属、粪杆菌属、罗斯菌属、布劳特菌属在非脓毒症组、脓毒症组均呈下降趋势,但乳酸杆菌属仅在非脓毒症组下降具有统计学意义(P=0.005),而多尔菌属、粪杆菌属、罗斯菌属、布劳特菌属仅在脓毒症组下降具有统计学意义(P分别为0.037、0.038、0.002和0.017)。非脓毒症组患者肠道菌群中的梭杆菌属、放线菌属、消化链球菌属、链球菌属等条件致病菌比例升高(P分别为0.001、0.019、0.011和0.014),而致病葡萄球菌属(P=0.035、0.006)、肠球菌属(P=0.001、0.001)、厌氧球菌属(P=0.006� 展开更多
关键词 脓毒症 肠道微生态 肠道菌群 16S RRNA 菌群紊乱 菌群多样性 有益菌属 致病菌属
涎腺导管菌群和口腔菌群多样性与涎石病的相关性研究 预览
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作者 陈慧娟 曾飞跃 胡凤玲 《口腔医学》 CAS 2019年第6期505-509,共5页
目的探究涎腺导管结石患者是否存在导管内或口腔菌群失调,探讨细菌与涎石病发生的相关性。方法收集20例涎腺导管结石(1例腮腺结石,19例下颌下腺结石)患者的导管结石样本、导管内唾液及口腔内唾液样本作为实验组,收集20例健康志愿者导管... 目的探究涎腺导管结石患者是否存在导管内或口腔菌群失调,探讨细菌与涎石病发生的相关性。方法收集20例涎腺导管结石(1例腮腺结石,19例下颌下腺结石)患者的导管结石样本、导管内唾液及口腔内唾液样本作为实验组,收集20例健康志愿者导管内唾液及口腔内唾液样本作为对照组。提取样品的细菌DNA采用酶链聚合反应进行扩增。采用Roche高通量454焦磷酸测序技术对细菌16S rRNA V1~V3可变区的PCR扩增子进行测序,进一步利用生物信息学分析方法对测序数据进行挖掘,明确样本中细菌组分、群落结构,比较实验组与对照组间差异性。结果成功对唾液及结石样本进行了DNA测序分析,样本稀疏曲线显示测序深度充分,测序覆盖深度(Coverage指数)满足实验要求。实验组与对照组的导管内唾液及口腔内菌群的生物多样性无差异,结石样本与导管内菌群生物多样性无差异(P>0.05)。唾液腺导管内菌群的生物多样性指标香农指数、Chao指数、ACE指数均大于口腔内菌群(P<0.05)。导管内菌群结构比较显示:细菌门水平,梭杆菌门在实验组中显著高于对照组(P<0.05);细菌属水平,普氏菌属、卟啉单胞菌属及奈瑟氏菌属在实验组中均显著减少(P<0.05)。口腔内菌群结构比较显示:在细菌门水平,变形菌门在实验组中显著高于对照组(P<0.05);细菌属水平,普氏菌属、链球菌属及韦永氏球菌属在实验组中均显著低于对照组(P<0.05)。结论结石样本中的微生物菌群结构及多样性与唾液腺导管内相似,唾液腺导管内微生物多样性显著高于口腔内。涎石病患者与健康对照人群的口腔及唾液腺导管微生物群落结构存在显著差异。涎石病患者的口腔及唾液腺导管内存在菌群失调情况。 展开更多
关键词 涎石病 菌群 16s RRNA 焦磷酸测序
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三株红树林来源链霉菌的鉴定及抗菌活性研究 预览
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作者 郑红芸 吴越 +4 位作者 叶景静 陈建宏 蒋莲秀 何义 黄大林 《中国药理学通报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期985-990,共6页
目的 研究及鉴定广西茅尾海红树林植物根围淤泥中的3株链霉菌(K57M、K51M、K131M)及其抗菌活性。方法在4种培养基上分离放线菌,采用ISP2培养基进行菌株纯化;通过PCR扩增和测序,获得菌株16S rRNA基因序列,并进入数据库比对;采用邻接法构... 目的 研究及鉴定广西茅尾海红树林植物根围淤泥中的3株链霉菌(K57M、K51M、K131M)及其抗菌活性。方法在4种培养基上分离放线菌,采用ISP2培养基进行菌株纯化;通过PCR扩增和测序,获得菌株16S rRNA基因序列,并进入数据库比对;采用邻接法构建系统发育树,并进行同源性分析,以此来研究放线菌的多样性和新颖性;牛津杯法开展3株菌株的抗菌活性初筛,采取纸片扩散法对制备的E1-3、A1-3和M1-3共3类样品复筛抗菌活性。结果经16S rRNA基因序列比对分析发现,菌株K57M可能为潜在的新放线菌菌株。抗菌活性筛选结果表明,K57M、K51M、K131M这3株链霉菌对不同的药敏菌株具有较好的抗菌活性。结论来源于广西茅尾海红树林根围淤泥中的链霉菌具有较强的抗菌活性,为我们挖掘天然活性的抗生素类化合物提供了极大的可能性。 展开更多
关键词 红树林 放线菌 链霉菌 抗菌活性 广西茅尾海 抗生素 16S RRNA
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基于高通量测序的人工湿地微生物群落分析 预览
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作者 范海青 王凌文 +1 位作者 王丹 殷操 《科技通报》 2019年第2期213-219,共7页
为了深入探索农村生活污水人工湿地中微生物群落的物种多样性、结构多样性和功能多样性,利用高通量测序技术对系统中土壤、植物根系及砾石区域细菌16S rRNA的V3-V4区进行深度测序及PICRUSt基因功能预测。结果显示,农村生活污水人工湿地... 为了深入探索农村生活污水人工湿地中微生物群落的物种多样性、结构多样性和功能多样性,利用高通量测序技术对系统中土壤、植物根系及砾石区域细菌16S rRNA的V3-V4区进行深度测序及PICRUSt基因功能预测。结果显示,农村生活污水人工湿地处理系统中,土壤、根系及砾石生物膜上细菌群落多样性、组成和功能各有不同,而植物根系群落结构的演变更有利于污水处理:根系细菌群落物种多样性(OTU系列总数和Shannon指数)和优势细菌种类均大于砾石或土壤;两种湿地植物(滴水观音和美人蕉)的根系细菌群落表现出一定的差异:美人蕉根系中以产碱杆菌属(27%)、黄杆菌属(29%)、溶杆菌属(30%)和假单胞菌属(13%)为优势细菌,滴水观音根系以乳球菌属(28%)、黄杆菌属(20%)和假单胞菌属(34%)为优势细菌;KEGG结果表明根系代谢功能与土壤及砾石区均存在差异(p<0.05)差异且KO基因预测证实根系代谢能力最大。COG功能预测显示美人蕉根系代谢强度高于滴水观音。农村生活污水处理的主要代谢酶基因,如双加氧酶、脱氢酶、磷酸盐脱氢酶、脲酶、硝酸还原酶和过氧化氢酶基因中脱氢酶基因的丰度最高,并且美人蕉根系的功能基因丰度值最大。这些结果为高效构建处理农村生活污水生态系统提供理论依据。 展开更多
关键词 人工湿地 农村生活污水处理 细菌群落结构 高通量测序 16 s RRNA PICRUSt基因预测
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一种蜱源性耐盐耐碱菌株Oceanobacillus oncorhynchi IMH的首次分离与鉴定
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作者 朝木丽格 额尔敦宝力高 +4 位作者 黄天鹏 吴咪 贺海燕 金凤 格日勒图 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期841-850,共10页
【目的】本试验以源自呼伦贝尔地区的优势蜱种草原革蜱为材料,从其体内分离得到可疑细菌,应用常规方法和分子生物学方法对该菌株进行分离及鉴定,并对其致病性进行探索,为内蒙古地区蜱虫生物多样性和环境相关性研究奠定了基础。【方法】... 【目的】本试验以源自呼伦贝尔地区的优势蜱种草原革蜱为材料,从其体内分离得到可疑细菌,应用常规方法和分子生物学方法对该菌株进行分离及鉴定,并对其致病性进行探索,为内蒙古地区蜱虫生物多样性和环境相关性研究奠定了基础。【方法】首先,通过形态学观察,生理生化试验、药物敏感试验以及16S r RNA序列分析,并构建系统发育树,确定该菌株的分类地位;其次对昆明小鼠进行致病性实验。【结果】该菌株革兰氏染色呈G+杆菌,在高盐培养基(5%Na Cl)和p H为9的碱性培养基中生长良好;该菌对不同糖类发酵能力非常有限,只利用部分糖类(如西蒙氏枸橼酸盐试验结果为阳性)产气,但是不产酸;对个别化学药(如环丙沙星)和多数抗生素(如复方新诺明、庆大霉素、红霉素及头孢噻肟等)显示为敏感,而对抗生素卡那霉素和阿莫西林表现为耐药性;经16S r RNA基因序列和系统发育树分析发现,该菌株与GenBank数据库中已注册的多株Oceanobacillus oncorhynchi的同源性为99%以上;该菌在血平板溶血试验中呈现出不完全α溶血,而感染昆明小鼠,观察7 d无明显致病性。【结论】本试验首次分离鉴定了一株蜱源性O.oncorhynchi,并对上述菌株重新命名为O.oncorhynchi IMH,并在Gen Bank中进行注册(LC213016.1),更加丰富了Gen Bank中相关数据。 展开更多
关键词 呼伦贝尔 草原革蜱 Oceanobacillus oncorhynchi IMH 分离与鉴定 16S RRNA
一株临床分离的欧洲放线菌的鉴定及生物学特性研究
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作者 孙铭艳 吴倩倩 +3 位作者 王保强 王楠 刘言霞 陶元勇 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期120-124,共5页
目的探讨欧洲放线菌的鉴定方法、生物学特性,为放线菌病的诊断提供依据。方法取患者的脓液标本,进行细菌培养及革兰染色检查,用VITEK 2 Compact全自动微生物分析仪进行鉴定,E-test法作药敏试验。基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI... 目的探讨欧洲放线菌的鉴定方法、生物学特性,为放线菌病的诊断提供依据。方法取患者的脓液标本,进行细菌培养及革兰染色检查,用VITEK 2 Compact全自动微生物分析仪进行鉴定,E-test法作药敏试验。基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)进行分离株的鉴定。提取菌株的DNA,选用16S rRNA的通用引物进行扩增,回收、纯化后对PCR的产物进行测序,与GenBank数据库中的序列进行同源性比较。结果药敏试验结果为对青霉素、哌拉西林/他唑巴坦、头孢曲松敏感,对环丙沙星耐药。MALDI-TOF MS鉴定为欧洲放线菌。16S rRNA基因检测鉴定为欧洲放线菌。结论MALDI-TOF MS和16S rRNA可对欧洲放线菌进行鉴定,对放线菌病的诊断具有重要的意义。 展开更多
关键词 欧洲放线菌 放线菌 放线菌病 基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱 16S RRNA
牛源荚膜血清型A型多杀性巴氏杆菌的分离鉴定及其种特异性基因的序列分析
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作者 阚威 王谢忠 +6 位作者 李兆才 蔡金山 王文勇 马艳萍 韩蓉 周继章 王云平 《中兽医医药杂志》 2019年第4期18-22,共5页
从病死牛组织中分离到4株致病菌,编号分别为P1、P2、P3、P4。经菌落形态学观察、培养特性、生化反应和小鼠毒力试验,初步鉴定为多杀性巴氏杆菌。参考多杀性巴氏杆菌16S rRNA和种特异性kmt1基因以及荚膜血清型基因A(capA)、B(capB)、D(ca... 从病死牛组织中分离到4株致病菌,编号分别为P1、P2、P3、P4。经菌落形态学观察、培养特性、生化反应和小鼠毒力试验,初步鉴定为多杀性巴氏杆菌。参考多杀性巴氏杆菌16S rRNA和种特异性kmt1基因以及荚膜血清型基因A(capA)、B(capB)、D(capD)、E(capE)和F(capF)合成引物,利用多重PCR扩增16S rRNA、kmt1和荚膜血清型基因,对PCR产物测序并进行同源性分析。结果显示,P1~P4都扩增出了16S rRNA、kmt1和荚膜血清型A型基因的特异性目的条带;P1~P4的16S rRNA、kmt1、A型基因序列与Genbank数据库中的多杀性巴氏杆菌相应序列具有高度同源性(>99.0%);P2、P3、P4间的16S rRNA基因同源性较高(>99.0%),而P1与其它3株(P2~P4)同源性较低,P1~P4间的kmt1基因、荚膜血清型A型的同源性较高(>99.0%)。说明本次分的4株病原菌P1~P4均为荚膜血清型A型多杀性巴氏杆菌。 展开更多
关键词 多杀性巴氏杆菌 16S RRNA kmt1 荚膜 A型 多重PCR
PCR-HRM方法分析16S rRNA基因进行细菌鉴定的可行性研究 预览
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作者 邱会茹 王佳琳 +2 位作者 薛文成 杨婧 任微 《现代检验医学杂志》 CAS 2019年第3期37-41,共5页
目的建立一种基于16S rRNA基因进行聚合酶链式-高分辨率熔解曲线(PCR-HRM)分析方法,用于快速鉴定临床常见感染细菌。方法收集中国人民解放军北部战区总医院2017年8月~2018年10月期间临床分离的167株常见细菌,选取16S rRNA三个高度保守区... 目的建立一种基于16S rRNA基因进行聚合酶链式-高分辨率熔解曲线(PCR-HRM)分析方法,用于快速鉴定临床常见感染细菌。方法收集中国人民解放军北部战区总医院2017年8月~2018年10月期间临床分离的167株常见细菌,选取16S rRNA三个高度保守区域(V1,V3,V6)基因序列用于引物设计,在含有饱和荧光染料的体系中进行PCR-HRM分析以区分不同细菌种属。将167株实验菌分为葡萄球菌、链球菌、非发酵阴性杆菌以及其它常见临床分离菌四组进行实验,分别进行基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)和PCR-HRM分析并对结果进行对比,不一致的鉴定结果以测序为金标准。同时进行PCR-HRM方法鉴定临床常见病原菌的灵敏度、重复性和盲法验证试验。结果 PCR-HRM方法与MALDI-TOF MS对167株临床常见分离菌鉴定正确率分别为98.2%和97.0%,这两种方法无明显统计学差异(χ^2=1.97,P=0.727>0.05)。PCR-HRM方法可检测2 pg/μl的模板浓度;将6株革兰阴性菌分成一式三份同时进行PCR-HRM重复性试验,同种实验菌的三份熔解曲线图完全聚类;其盲法验证实验准确率100%。结论该方法通过使用3对16S rRNA引物构造多重差异曲线可对临床常见细菌进行分类到属级甚至种级,且灵敏度高、特异度强,可以作为鉴定临床常见感染菌的新选择。 展开更多
关键词 细菌感染 细菌鉴定 高分辨熔解曲线 16S RRNA
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