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类乌齐牦牛ACTA1基因克隆、分子特性及差异表达分析 预览
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作者 杨勤 柴志欣 +6 位作者 王会 王吉坤 信金伟 姬秋梅 张成福 钟金城 罗晓林 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2019年第6期1435-1442,共8页
【目的】骨骼肌α肌动蛋白1(actin alpha1,ACTA1)主要参与骨骼肌纤维的发育,在骨骼肌活动中发挥重要作用。本试验主要扩增类乌齐牦牛ACTA1基因的cDNA序列,检测ACTA1基因在类乌齐牦牛不同组织中mRNA水平的表达规律。【方法】采用RT-PCR... 【目的】骨骼肌α肌动蛋白1(actin alpha1,ACTA1)主要参与骨骼肌纤维的发育,在骨骼肌活动中发挥重要作用。本试验主要扩增类乌齐牦牛ACTA1基因的cDNA序列,检测ACTA1基因在类乌齐牦牛不同组织中mRNA水平的表达规律。【方法】采用RT-PCR方法扩增并克隆类乌齐牦牛ACTA1基因CDS区;通过在线软件对其一级结构、二级结构、三级结构进行生物信息学分析;利用核苷酸序列及氨基酸序列进行同源性和系统进化树分析;应用RT-qPCR技术检测ACTA1基因在类乌齐牦牛不同组织中的表达模式。【结果】类乌齐牦牛ACTA1基因编码区全长1134bp,结构稳定,共编码377个氨基酸。生物信息学分析发现,类乌齐牦牛ACTA1基因编码的蛋白质是一种结构较稳定、带负电的亲水性蛋白,二、三级结构以α-螺旋为主,包含2个明显的跨膜区域,无信号肽,属胞内蛋白。保守结构域中含有明显的NDB区域,蛋白结构高度保守。同源性分析表明,类乌齐牦牛与水牛ACTA1基因的核苷酸及氨基酸同源性均较高。系统进化树分析显示,类乌齐牦牛与水牛亲缘关系最近,黄牛次之。实时荧光定量PCR结果显示,ACTA1基因在臀肌和大脑高表达。【结论】获得类乌齐牦牛ACTA1基因的CDS区全长1134bp,ACTA1基因在类乌齐牦牛肌肉和大脑组织中显著表达,为进一步研究分析ACTA1基因在调控牦牛肌肉发育及机制等方面奠定基础。 展开更多
关键词 类乌齐牦牛 ACTA1基因 克隆 生物信息学分析 组织表达
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牛ACTA1基因的生物信息学分析 预览 被引量:1
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作者 张馨月 田万年 《畜牧与饲料科学》 2018年第3期17-19,共3页
应用RT-PCR方法克隆牛ACTA1基因,利用生物信息软件对该基因进行生物信息学分析。结果表明:牛ACTA1基因CDS为1134bp,编码377个氨基酸;拓扑预测表明,ACTA1编码的蛋白质可能存在4个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点,8个豆蔻酰化位点,含有1个ACTIN保... 应用RT-PCR方法克隆牛ACTA1基因,利用生物信息软件对该基因进行生物信息学分析。结果表明:牛ACTA1基因CDS为1134bp,编码377个氨基酸;拓扑预测表明,ACTA1编码的蛋白质可能存在4个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点,8个豆蔻酰化位点,含有1个ACTIN保守的结构域。研究结果为进一步了解牛ACTA1基因调控肉质性状的分子机理提供了有益参考。 展开更多
关键词 延边黄牛 ACTA1基因 克隆 生物信息学分析
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延边黄牛ACTA1基因的SNPs检测及其与肉质性状的关联分析 预览 被引量:1
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作者 田万年 杨翰林 +1 位作者 夏广军 严昌国 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2017年第4期1108-1114,共7页
试验旨在研究延边黄牛ACTA1基因的遗传变异,分析其多态性对肉质性状的影响。采用PCR-RFLP和PCR-SSCP方法探讨ACTA1基因多态性及其与肉质性状的关联性。结果发现,延边黄牛ACTA1基因存在2个突变位点:A193G突变,导致氨基酸Arg→Gly的错义... 试验旨在研究延边黄牛ACTA1基因的遗传变异,分析其多态性对肉质性状的影响。采用PCR-RFLP和PCR-SSCP方法探讨ACTA1基因多态性及其与肉质性状的关联性。结果发现,延边黄牛ACTA1基因存在2个突变位点:A193G突变,导致氨基酸Arg→Gly的错义突变;A298G突变,导致氨基酸Lys→Arg的错义突变。χ2检验显示,A193G和A298G位点于检测群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态(P〉0.05)。关联分析显示,延边黄牛ACTA1基因2个突变位点的不同基因型与肌肉中肉豆蔻酸、油酸含量、眼肌面积、大理石花纹等级呈显著相关(P〈0.05)。初步认为ACTA1基因对延边黄牛肉质性状有显著影响,可作为延边黄牛新品种早期选择的候选基因。 展开更多
关键词 延边黄牛 ACTA1基因 多态性 肉质性状
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槟榔江水牛ACTA1基因多态性与生长性状的相关性研究 预览 被引量:3
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作者 张斌 王静 +3 位作者 宋敏艳 刘学洪 李杨 史宪伟 《中国牛业科学》 2014年第6期31-33,共3页
[目的]揭示α-肌动蛋白1(actin alpha 1,ACTA1)基因多态性与槟榔江水牛生长性状的相关性.[方法]采用PCR扩增及基因测序技术研究了槟榔江水牛ACTA1基因多态性,并分析了该基因变异与水牛生长性状的关联关系.[结果]检测到槟榔江水牛ACTA... [目的]揭示α-肌动蛋白1(actin alpha 1,ACTA1)基因多态性与槟榔江水牛生长性状的相关性.[方法]采用PCR扩增及基因测序技术研究了槟榔江水牛ACTA1基因多态性,并分析了该基因变异与水牛生长性状的关联关系.[结果]检测到槟榔江水牛ACTA1基因存在2个SNP位点,分别位于第5内含子与第6外显子,水牛ACTA1基因变异与体重、管围等性状存在显著相关.[结论]本研究首次检测了槟榔江水牛ACTA1基因多态性与生长发育性状的关联关系,为槟榔江水牛遗传资源保护利用及标记辅助选择提供了理论依据. 展开更多
关键词 槟榔江水牛 ACTA1基因 多态性 生长性状
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延边黄牛α-肌动蛋白1基因的多态性及其与生长性状的相关分析 预览 被引量:5
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作者 田万年 张守发 +3 位作者 李香子 高青山 金鑫 严昌国 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2011年第8期153-157,共5页
试验旨在寻找肌内脂肪含量差异极显著的两组个体延边黄牛背最长肌组织差异表达基因,并分析其遗传多态性对生长性状的影响。应用引物退火技术获得了在肌内脂肪含量差异极显著的两组个体背最长肌组织差异表达α-肌动蛋白1(actin alpha 1,... 试验旨在寻找肌内脂肪含量差异极显著的两组个体延边黄牛背最长肌组织差异表达基因,并分析其遗传多态性对生长性状的影响。应用引物退火技术获得了在肌内脂肪含量差异极显著的两组个体背最长肌组织差异表达α-肌动蛋白1(actin alpha 1,ACTA1)基因及其全长cDNA序列,该基因主要在心脏和背最长肌中表达。序列比对结果发现,在5′端非编码区193bp处存在1个突变。采用PCR-RFLP方法对100头延边黄牛群体进行检测,发现AA、AG、GG 3种基因型,基因型频率分别为0.24、0.50、0.26;A、G等位基因频率分别为0.37、0.63。对该突变位点的多态性与生长性状的关联性进行分析,结果发现,在体长、体重和平均日增重上,GG基因型个体显著高于AA和AG基因型个体(P〈0.05);在胸围上,GG基因型个体显著高于AG基因型个体,但与AA基因型个体差异不显著(P〉0.05);在体高上,不同基因型之间差异不显著(P〉0.05)。初步认为GG基因型是提高延边黄牛体质量和体尺指标性状的有利基因型,提示ACTA1基因有可能作为延边黄牛生长性状的候选基因。 展开更多
关键词 延边黄牛 ACTA1基因 生长性状
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