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基于线粒体COⅡ基因和D-loop区序列对江西安南光唇鱼(Acrossocheilus)物种鉴定及系统发育位置分析 预览
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作者 薛艳洁 潘娜 李明云 《生物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期25-28,共4页
以采自江西赣州安南的野生鱼为实验材料,分别设计引物扩增其线粒体DNACOⅡ和D-loop序列并进行序列比对分析,经扩增得到的COⅡ序列全长为691bp,D-loop序列的全长为937~944bp,其中COⅡ序列中A、T、G、C的平均占比分别为31.00%、25.80%、15... 以采自江西赣州安南的野生鱼为实验材料,分别设计引物扩增其线粒体DNACOⅡ和D-loop序列并进行序列比对分析,经扩增得到的COⅡ序列全长为691bp,D-loop序列的全长为937~944bp,其中COⅡ序列中A、T、G、C的平均占比分别为31.00%、25.80%、15.30%和27.90%,而D-loop序列的占比则分别为35.60%、32.30%、12.00%和20.00%,两序列都是A+T含量高于G+C,G的含量在4种碱基中最低。COⅡ序列中仅存在6个碱基位点的转换,D-loop则有多个碱基位点存在转换、颠换、缺失或插入,群体内遗传距离分别为0.0075、0.0050。用最大似然法构建的COⅡ和D-loop系统发育树显示赣州安南光唇鱼与半刺光唇鱼(Acrossocheilus hemispinus)亲缘性最近,序列相似性分别为98.70%、98.69%,遗传距离最近分别为0.0130、0.0260,未达到种间分化的水平(0.05)。2个序列分析结果一致,结合外部形态特征观察,可以断定赣州安南光唇鱼与半刺光唇鱼为同一种,研究为江西赣州安南光唇鱼的资源利用提供了资料。 展开更多
关键词 光唇鱼 形态特征 COⅡ D-LOOP 序列分析 系统发育分析
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基于mtDNA控制区遗传变异分析大骨鸡遗传多样性及系统进化 预览
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作者 唐修君 贾晓旭 +6 位作者 樊艳凤 高玉时 葛庆联 唐梦君 陆俊贤 顾荣 刘茵茵 《扬州大学学报:农业与生命科学版》 CAS 北大核心 2019年第1期67-71,共5页
为探讨大骨鸡遗传多样性和系统进化,了解大骨鸡母系起源,以大骨鸡为试验素材,通过PCR扩增和测序技术,对大骨鸡线粒体DNA (mtDNA)控制区全序列进行测序,并与GenBank公布的19条红色原鸡D-loop区全序列进行比对分析。结果表明:30只大骨鸡mt... 为探讨大骨鸡遗传多样性和系统进化,了解大骨鸡母系起源,以大骨鸡为试验素材,通过PCR扩增和测序技术,对大骨鸡线粒体DNA (mtDNA)控制区全序列进行测序,并与GenBank公布的19条红色原鸡D-loop区全序列进行比对分析。结果表明:30只大骨鸡mtDNA控制区序列全长为1 231或1 232bp,这2个序列均有15只个体,但1 231bp序列的个体在859bp处存在C碱基缺失。30只个体共发现22个多态性位点、7种单倍型。系统发育分析显示,7种单倍型可分为A、B、C和E 4个分支。其中A和B分支均与原鸡滇南亚种聚为一类,推测可能起源于红色原鸡滇南亚种;C分支与4个原鸡亚种聚为一类,推测有多个母系起源;E分支与原鸡印度亚种聚为一类,推测可能起源于红色原鸡印度亚种。这一研究从分子水平上为大骨鸡遗传资源保护和开发利用提供了参考。 展开更多
关键词 大骨鸡 线粒体DNA D-LOOP 遗传多样性 系统进化
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甲状腺乳头状癌中线粒体基因组D环区基因突变的研究 预览
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作者 浮苗 范希景 +4 位作者 傅媛 方莉萍 祝骁涛 王玉 王金华 《浙江医学》 CAS 2019年第6期517-520,546共5页
目的研究线粒体DNA(mtDNA)的D环区在甲状腺乳头状癌中的突变情况。方法提取71例甲状腺乳头状癌患者的癌组织、癌旁组织及外周血细胞总DNA,PCR扩增各样本mtDNA D环区,基因测序后与线粒体文库中的剑桥序列比对,分析突变类型。结果在71例... 目的研究线粒体DNA(mtDNA)的D环区在甲状腺乳头状癌中的突变情况。方法提取71例甲状腺乳头状癌患者的癌组织、癌旁组织及外周血细胞总DNA,PCR扩增各样本mtDNA D环区,基因测序后与线粒体文库中的剑桥序列比对,分析突变类型。结果在71例甲状腺乳头状癌患者中检测到mtDNA D环区的突变率为23.9%(17/71),其中9例携带mtDNA D环区点突变,且66.7%(6/9)为异质性突变;另外8例检出线粒体微卫星不稳性(mtMSI)。突变位点涉及两个高变区(HVR-I和HVR-Ⅱ)以及线粒体转录因子1(mtTF1)结合位点。同时发现21个尚未报道的新的多态性位点。结论 mtDNA D环区突变可能与甲状腺乳头状癌发生有关。 展开更多
关键词 甲状腺乳头状癌 线粒体DNA D环区 突变 多态性
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新疆塔什库尔干牦牛mtDNA Cytb基因和D-Loop区遗传多样性及系统进化分析 预览
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作者 胡丹 钟金城 柴志欣 《家畜生态学报》 北大核心 2018年第11期11-16,共6页
为探究塔什库尔干牦牛的遗传多样性和起源进化关系,本研究通过测定和分析塔什库尔干牦牛10个个体细胞色素b基因(Cytb)和D-loop区全序列,分析多态性及构建系统进化树。结果表明:塔什库尔干牦牛Cytb基因全序列长度为1 140 bp,4种核苷酸T、... 为探究塔什库尔干牦牛的遗传多样性和起源进化关系,本研究通过测定和分析塔什库尔干牦牛10个个体细胞色素b基因(Cytb)和D-loop区全序列,分析多态性及构建系统进化树。结果表明:塔什库尔干牦牛Cytb基因全序列长度为1 140 bp,4种核苷酸T、A、G、C的平均比例分别为27.72%、33.21%、12.92%、26.15%;在10个个体中鉴定出3种单倍型,3个变异位点,全部为转换,单倍型的多样性(Hd)为0.378,核苷酸的多样性(Pi)为0.00 205;D-loop区序列全长在890~910 bp之间,4种核苷酸T、A、G、C的平均比例分别为26.12%、34.22%、25.27%、14.39%,共统计出36个SNP位点,其中转换11个,颠换21个,缺失3个,其单倍型多样性(Hd)为0.778,核苷酸多样性(Pi)为0.00 839。在基于Cytb基因的系统进化树中,塔什库尔干牦牛首先与巴州牦牛、青海牦牛聚为一类,之后与西藏牦牛、野牦牛聚为一类;在D-loop区的系统进化分析中,塔什库尔干牦牛则先与麦洼牦牛、大通牦牛聚为一类,之后与西藏牦牛、野牦牛聚为一类,展示出丰富的遗传多样性,同时进一步支持了牦牛和野牦牛划为牛亚科牦牛属的观点。 展开更多
关键词 塔什库尔干牦牛 细胞色素B基因 D-LOOP 遗传多样性
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确山黑猪种质资源的亲缘关系研究 预览
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作者 张晨 王明宇 +8 位作者 叶建伟 李新建 韩雪蕾 王克君 吕刚 李改英 任广志 李明 乔瑞敏 《家畜生态学报》 北大核心 2018年第11期17-19,共3页
基于线粒体DNA的D-loop区段的多态性,通过与主流商业猪种杜洛克猪、长白猪、大白猪,以及邻近地区的淮南黑猪、南阳黑猪、豫西黑猪、二花脸猪、莱芜猪相比较,探讨确山黑猪现存38头公猪个体的亲缘关系。结果表明,与参考序列(NC_000845.1 N... 基于线粒体DNA的D-loop区段的多态性,通过与主流商业猪种杜洛克猪、长白猪、大白猪,以及邻近地区的淮南黑猪、南阳黑猪、豫西黑猪、二花脸猪、莱芜猪相比较,探讨确山黑猪现存38头公猪个体的亲缘关系。结果表明,与参考序列(NC_000845.1 NCBI)相比,确山公猪存在17个单核苷酸位点变异,转换数(si)与颠换数(sv)的比值(R)为10,碱基替换尚未饱和。确山黑猪共有9种单倍型,聚为7个分支,其中,Hap 1为优势单倍型,存在于21个个体中。同时,提示确山黑猪品种内存在母系血缘分离,但与临近地区猪种相比,则相对集中。河南地方猪种南阳黑猪与Hap1相同。河南地方猪种淮南黑猪及豫西黑猪和Hap4相同。确山黑猪关系整体与中国地方猪较近,与西方商业猪种关系较远。相对于莱芜黑猪,确山黑猪与二花脸关系稍近;相对于杜洛克猪和长白猪,确山黑猪与大白猪关系稍近。 展开更多
关键词 确山黑猪 亲缘关系 D-LOOP 多态性
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职业性慢性苯中毒患者血小板线粒体DNA D-loop区基因变异分析
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作者 王佃鹏 杨祥丽 +4 位作者 林大枫 李培茂 张志敏 张艳芳 黄先青 《职业卫生与应急救援》 2018年第4期285-287,294共4页
[目的]检测职业性慢性苯中毒(occupational benzene poisoning,CBP)患者血小板线粒体DNA(mtDNA)D-loop区基因变异情况,分析它们与CBP发病的可能关系。[方法]选取35例初诊的CBP患者(病例组)与35例正常体检者(对照组),提取血小板m... [目的]检测职业性慢性苯中毒(occupational benzene poisoning,CBP)患者血小板线粒体DNA(mtDNA)D-loop区基因变异情况,分析它们与CBP发病的可能关系。[方法]选取35例初诊的CBP患者(病例组)与35例正常体检者(对照组),提取血小板mtDNA并对mtDNA D-loop区序列行PCR扩增,通过测序对PCR扩增产物基因序列进行检测,并将测序结果与修订的剑桥标准序列和国际线粒体数据库(MITOMAP数据库)进行比对,并比较两组的基因变异情况。[结果]在D-loop区共7个变异位点中,相比对照组,病例组血小板线粒体基因CA 514 d位点出现变异的OR值为5.740(95%CI:1.906~17.282,P〈0.01)。[结论]CBP的血小板mtDNA D-loop区基因变异可能与CBP发病有关。 展开更多
关键词 线粒体DNA D-LOOP 慢性苯中毒 基因 血小板 CA514d位点
基于寄生回路的导引头传递函数及测试方法 预览
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作者 刘石祥 尹健 +1 位作者 杜肖 陈思远 《红外与激光工程》 CSCD 北大核心 2018年第5期218-224,共7页
为了反应真实导引头在隔离度作用下的输出特性,提出了一种基于隔离度寄生回路的导引头传递函数概念及测试方法。通过建立导引头隔离度模型,推导了不同干扰力矩作用下的隔离度传递函数,对隔离度寄生回路稳定域进行分析,并得到了寄生回路... 为了反应真实导引头在隔离度作用下的输出特性,提出了一种基于隔离度寄生回路的导引头传递函数概念及测试方法。通过建立导引头隔离度模型,推导了不同干扰力矩作用下的隔离度传递函数,对隔离度寄生回路稳定域进行分析,并得到了寄生回路失稳频率变化规律。建立了包含寄生回路的真实导引头传递函数模型,对真实导引头传递函数的频域特性和时域特性进行了仿真分析。最后,提出了基于寄生回路的导引头传递函数半实物仿真测试方法,通过测试从而得到真实导引头模型,提高导引头系统建模的准确性。 展开更多
关键词 隔离度 寄生回路 稳定域 测试方法
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基于线粒体标记的淮南麻黄鸡遗传结构及其遗传多样性分析
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作者 黄胜海 贾晓旭 +4 位作者 陆俊贤 唐修君 樊艳凤 葛庆联 高玉时 《安徽农业大学学报》 CSCD 2018年第3期400-403,共4页
通过探究淮南麻黄鸡的遗传多样性和遗传结构,为淮南麻黄鸡的种质资源保护和开发利用提供遗传背景资料。对淮南麻黄鸡线粒体基因组(mitochondrial genome,mt DNA)控制区全序列进行测序,并结合红色原鸡的序列进行生物信息学分析。淮南... 通过探究淮南麻黄鸡的遗传多样性和遗传结构,为淮南麻黄鸡的种质资源保护和开发利用提供遗传背景资料。对淮南麻黄鸡线粒体基因组(mitochondrial genome,mt DNA)控制区全序列进行测序,并结合红色原鸡的序列进行生物信息学分析。淮南麻黄鸡mt DNA控制区全长1 231-1 232 bp,共发现26处单核苷酸变异位点,核苷酸多样性(Pi)为0.006 6,单倍型多样性(Hd)为0.917,平均核苷酸差异(K)为7.573。群体共包含14种单倍型,可以分为A、B、C和E 4个分支分别包括3、3、7和1种单倍型。淮南麻黄鸡在线粒体水平上有较高的多态性,并且来自多个不同的母系,有很好的开发潜力。 展开更多
关键词 淮南麻黄鸡 线粒体DNA 控制区 系统发育关系
新疆引进羊驼遗传多样性与系统发育研究 预览 被引量:1
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作者 吕雪峰 邢巍婷 +2 位作者 许艳丽 张敏 王乐 《中国畜牧兽医》 北大核心 2017年第9期2709-2715,共7页
为充分了解引进羊驼的遗传多样性和系统发育关系,本试验采集了新疆3个地区(阿勒泰市青河县、塔城市和天山野生动物园)39只羊驼血液样品,对其线粒体D-loop基因进行了扩增和测序,得到长度为733bp的片段序列,群体单倍型多样度(Hd)为0.9... 为充分了解引进羊驼的遗传多样性和系统发育关系,本试验采集了新疆3个地区(阿勒泰市青河县、塔城市和天山野生动物园)39只羊驼血液样品,对其线粒体D-loop基因进行了扩增和测序,得到长度为733bp的片段序列,群体单倍型多样度(Hd)为0.954,核苷酸多样性(Pi)为0.0091,基因流(Nm)为1.97。39条序列共定义了25种单倍型,其中单倍型H7是群体共享最多的单倍型。3个地区羊驼群体之间的遗传距离很小,为0.002~0.003;羊驼与美洲驼、原驼、骆马间的遗传距离为0.002、0.004、0.017,与双峰驼的遗传距离最大,为0.050~0.051,聚类分析发现,3个地区羊驼基本聚为一大支,而且与美洲驼、骆马、原驼亲缘关系较近,双峰驼单独聚为一支。综合分析,新疆引进的羊驼遗传多样性丰富,群体间遗传分化程度较小,基因交流水平较高,羊驼与美洲驼、原驼和骆马之间亲缘关系最近,与双峰驼亲缘关系较远。 展开更多
关键词 羊驼 遗传多样性 系统发育 D-LOOP
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基于mtDNA D-loop区全序列的琅琊鸡遗传多样性和系统进化研究 预览
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作者 唐修君 贾晓旭 +6 位作者 樊艳凤 高玉时 葛庆联 顾荣 陆俊贤 刘茵茵 王珏 《扬州大学学报:农业与生命科学版》 北大核心 2017年第2期47-51,共5页
为探讨琅琊鸡遗传多样性和系统进化,了解琅琊鸡母系起源,以30只琅琊鸡为素材,通过PCR扩增和测序技术,对mtDNA D-loop区全序列进行测序,并与GenBank中公布的D-loop区全序列的19条红色原鸡序列进行比对和分析。结果表明:琅琊鸡mtDNA D-l... 为探讨琅琊鸡遗传多样性和系统进化,了解琅琊鸡母系起源,以30只琅琊鸡为素材,通过PCR扩增和测序技术,对mtDNA D-loop区全序列进行测序,并与GenBank中公布的D-loop区全序列的19条红色原鸡序列进行比对和分析。结果表明:琅琊鸡mtDNA D-loop区全长为1 231-1 232bp,1 231bp的个体在859bp处存在C碱基缺失;30只个体共发现25处单核苷酸多态位点,为13种单倍型,核苷酸多样度(Pi)为0.006 47±0.005 13,单倍型多样度(Hd)为0.887±0.038,平均核苷酸差异(K)为7.968;系统发育分析显示,琅琊鸡具有多个母系起源,13种单倍型可分为A、B、C和E 4个分支,其中E分支为琅琊鸡的优势单倍型,与原鸡印度亚种(Gallus gallus murghi)聚为一类。这一研究从分子水平为琅琊鸡遗传资源保护和开发利用提供了参考。 展开更多
关键词 琅琊鸡 mtDNA D-LOOP 遗传多样性 系统进化
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基于COI基因和D-loop区部分序列比较雷州半岛东、西岸湖栖鳍虾虎鱼群体的遗传多样性 预览
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作者 廖健 龙水生 +4 位作者 贺亮 郭昱嵩 刘楚吾 刘丽 王中铎 《海洋科学》 CSCD 北大核心 2017年第2期103-110,共8页
为比较分析雷州半岛东、西两岸湖栖鳍虾虎鱼(Gobiopterus lacustris)遗传差异,以COI基因和D-loop区部分序列为分子标记,获取雷州半岛湖栖鳍虾虎鱼群体COI序列44条(九龙山群体21条,高桥群体23条)、D-loop序列53条(九龙山群体25条,高桥群... 为比较分析雷州半岛东、西两岸湖栖鳍虾虎鱼(Gobiopterus lacustris)遗传差异,以COI基因和D-loop区部分序列为分子标记,获取雷州半岛湖栖鳍虾虎鱼群体COI序列44条(九龙山群体21条,高桥群体23条)、D-loop序列53条(九龙山群体25条,高桥群体28条)。基于COI基因部分序列分析结果显示:619bp的44条序列中,统计的变异位点29个;T、C、A、G碱基组成分别为:27.8%、31.0%、23.7%、17.5%,且A+T(51.5%)高于C+G(48.5%);单倍型多样性比较,九龙山群体(0.695)>高桥群体(0.324);遗传分化分析表明东、西群体分化显著(Snn=0.0.591,0.01<P<0.05),基因流(Nm)为5.37,遗传分化系数(Gst)为0.147,固定指数(Fst)为0.042(0.001<P<0.01),核苷酸差异数(Kxy)为2.547,核苷酸歧义度(Dxy)为0.004。而基于D-loop区部分序列分析结果表明:563bp的53条序列中,变异位点133个;T、C、A、G碱基组成分别为:32.3%、14.8%、35.5%、17.4%,A+T(67.8%)明显高于C+G(32.2%);单倍型多样性与COI分析结果类似,九龙山群体(0.797)>高桥群体(0.661);遗传分化分析表明东、西群体分化极显著(Snn=0.970,P<0.001),Fst为0.315(P<0.001),Nm值为0.55,Gst、Kxy、Dxy分别为:0.157、3.506、0.006;AMOVA分析揭示群体内变异程度高于群体间;聚类分析表明,基于COI基因与D-loop区部分序列构建的邻位链接法聚类树(NJ树)均存在按照采样点聚类的现象,但D-loop更为明显。综上,雷州半岛东、西两岸湖栖鳍虾虎鱼群体出现较为明显的分化现象。 展开更多
关键词 COI D-LOOP 湖栖鳍虾虎鱼(Gobiopterus lacustris) 雷州半岛群体 遗传分化
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删除Loop区域表面不稳定氨基酸提高(R)-ω-转氨酶热稳定性
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作者 谢东芳 吕常江 +5 位作者 方卉 杨卫康 胡升 赵伟睿 黄俊 梅乐和 《生物工程学报》 CSCD 北大核心 2017年第12期1923-1933,共11页
手性胺是一类具有重要价值的医药及精细化工中间体,如何实现手性胺类化合物的不对称合成是目前人们普遍关注的一个焦点问题。ω-转氨酶(ω-Transaminase,ω-TA)是一类能直接合成对映体手性胺的天然生物催化剂。相比于(S)-ω-TA,(R... 手性胺是一类具有重要价值的医药及精细化工中间体,如何实现手性胺类化合物的不对称合成是目前人们普遍关注的一个焦点问题。ω-转氨酶(ω-Transaminase,ω-TA)是一类能直接合成对映体手性胺的天然生物催化剂。相比于(S)-ω-TA,(R)-ω-TA的研究较少,但其需求量随着手性胺类药物的发展日趋增大。提高具有潜在应用价值的(R)-ω-TA的热稳定性,将有利于手性胺的制备。本文利用Py MOL软件和YASARA软件预测来源于土曲霉Aspergillus terreus的(R)-ω-TA中具有高温度因子(B-factor)的Loop区域,通过定点突变对Loop区域表面不稳定氨基酸逐步进行删除获得突变酶。结果表明,突变酶R131del和突变酶P132-E133del半失活温度分别为41.1℃和39.4℃,比野生酶提高了2.6℃和0.9℃;在40℃下的半衰期分别为15.0 min和10.0 min,为野生酶的2.2倍和1.5倍。此外,在400 K和10 ns的分子模拟条件下,突变酶R131del在Loop区域的均方根涨落(Root mean square fluctuation,RMSF)比野生型低,突变酶P132-E133del在Loop区域增加了4个氢键。本研究通过删除(R)-ω-转氨酶Loop区域表面不稳定氨基酸提高了该蛋白的热稳定性,同时也为其他酶热稳定性的理性设计提供了方法学指导。 展开更多
关键词 手性胺 ω-转氨酶 B-FACTOR Loop区域 均方根涨落 热稳定性
华东地区地方鸡品种mtDNA控制区遗传多样性 被引量:3
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作者 贾晓旭 唐修君 +5 位作者 樊艳凤 陆俊贤 黄胜海 葛庆联 高玉时 韩威 《生物多样性》 CSCD 北大核心 2017年第5期540-548,共9页
为了探明我国华东地区地方鸡品种的遗传多样性和群体遗传结构,追溯其母系起源和进化过程,利用PCR技术扩增了11个地方鸡品种的线粒体DNA(mtDNA)控制区(D-loop)序列,并结合NCBI数据库中已发表的红色原鸡(Gallus gallus)D-loop区全序... 为了探明我国华东地区地方鸡品种的遗传多样性和群体遗传结构,追溯其母系起源和进化过程,利用PCR技术扩增了11个地方鸡品种的线粒体DNA(mtDNA)控制区(D-loop)序列,并结合NCBI数据库中已发表的红色原鸡(Gallus gallus)D-loop区全序列,分析了它们的遗传多样性与亲缘关系,构建了11个品种与红色原鸡系统发生邻接树。结果表明:11个地方品种mtDNA D-loop区全长为1,231或1,232 bp,其中1,231 bp的序列有196条,1,232 bp的序列有123条,经过比对发现,两者在859 bp处存在单碱基缺失。11个地方品种319个个体共计检测到变异位点37个,总体单倍型多样度核苷酸多样度和平均核苷酸差异分别为0.901±0.009、0.00573±0.000001和6.833。按照鸡mtDNA单倍型分类通用标准,共包含35种单倍型,可以分为A、B、C和E共4个分支(单倍型群),分别包括11、10、9和5个单倍型。中介网络图中11个鸡品种也很明显地分成了4个支系,分别含有100、118、47和54条序列。系统发育树分为4个大枝,海南亚种(G.gallus jabouillei)自成一枝;C单倍型群与4个亚种的红色原鸡聚为一枝;E单倍型群与2个亚种红色原鸡聚为一枝;A和B单倍型群只与滇南亚种(G.gallus spadiceus)聚为一枝。11个品种中,除了狼山和丝羽乌骨鸡2个标准化品种外,都有很高的遗传多样性,可开发选择潜力很大。没有发现线粒体品种特异性DNA序列。华东地区地方品种至少有4个母系起源,部分品种可能受到了欧美高产品系的渗入。 展开更多
关键词 系统发育 红色原鸡 控制区 地方品种
甲状腺乳头状癌线粒体DNA D环区基因突变的临床意义 预览 被引量:1
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作者 Muhammad Asad Iqbal 刘嫣方 +2 位作者 林江 薛娣 钱炜 《江苏大学学报:医学版》 CAS 2017年第1期31-35,共5页
目的:探讨甲状腺乳头状癌线粒体DNA(mt DNA)D环区基因突变和线粒体微卫星不稳定及其与临床病理参数之间的相关性。方法:选取96例甲状腺乳头状癌石蜡组织标本,提取DNA并对mt DNA D环区序列行巢式PCR扩增,通过正反向直接测序对扩增产... 目的:探讨甲状腺乳头状癌线粒体DNA(mt DNA)D环区基因突变和线粒体微卫星不稳定及其与临床病理参数之间的相关性。方法:选取96例甲状腺乳头状癌石蜡组织标本,提取DNA并对mt DNA D环区序列行巢式PCR扩增,通过正反向直接测序对扩增产物基因序列进行检测,利用Mitomaster软件将所测区的基因序列与剑桥标准系列(revised Cambridge reference sequence,r CRS)及相关数据库进行比对,分析D环区基因突变与临床病理参数之间的相关性。结果:采用巢式PCR成功扩增出91例甲状腺乳头状癌石蜡标本mt DNA D环区序列,扩增成功率达到94.8%;87例标本(90.6%)检测出突变位点35个,共255个突变,其中D310及D514区域存在微卫星不稳定;统计结果表明患者年龄、性别、肿瘤直径、TNM分期与mt DNA D环区突变个数无相关性(P〉0.05)。结论:甲状腺乳头状癌mt DNA D环区基因存在高频突变,可能在甲状腺乳头状癌的发病中起重要作用。 展开更多
关键词 甲状腺乳头状癌 线粒体DNA D环区 突变
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文昌鸡线粒体控制区遗传多态性及系统进化分析 被引量:1
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作者 章明 贾晓旭 +3 位作者 陆俊贤 唐修君 樊艳凤 高玉时 《安徽农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第5期690-693,共4页
通过对文昌鸡线粒体基因组(mitochondrial genome,mtDNA)D-loop区全序列的测序和比对,并结合GenBank已经测出D-100p区全序列的红色原鸡的序列,探讨了文昌鸡的遗传多样性和母系起源。结果发现,文昌鸡mtDNAD-loop区全长1231-1232bp... 通过对文昌鸡线粒体基因组(mitochondrial genome,mtDNA)D-loop区全序列的测序和比对,并结合GenBank已经测出D-100p区全序列的红色原鸡的序列,探讨了文昌鸡的遗传多样性和母系起源。结果发现,文昌鸡mtDNAD-loop区全长1231-1232bp,核苷酸多样性(Pi)为0.09757,单倍型多样性(Hd)为0.874。在30只个体中,共发现20处单核苷酸多态位点,10种单倍型。系统发育分析发现,10种单倍型可以分为B、C和E3个分支。B分支与红色原鸡滇南亚种(Gallus gallus spadiceus)聚为一类,推测这两个分支可能起源于云南、缅甸附近地区的红色原鸡滇南亚种。E分支与红色原鸡(Gallusg allus murghi)聚为一类,推测可能起源于红色原鸡的印度亚种分支。C分支与4个原鸡亚种聚为一类,可能有多个母系起源。本研究从分子水平上为文昌鸡的遗传资源保护和开发利用提供了参考。 展开更多
关键词 文昌鸡 线粒体DNA D-LOOP 系统发育关系 起源
核苷类似物对小鼠肝脏线粒体DNA D-loop区突变的影响 预览 被引量:1
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作者 张维 乔录新 +2 位作者 丁渭 陈德喜 张玉林 《中国医药导报》 CAS 2016年第15期9-12,共4页
目的探讨长期使用核苷类似物(NA)是否导致肝脏线粒体DNA(mt DNA)D-loop区损伤。方法选取7周龄Balb/C小鼠25只,将其随机分为对照组和4个NA实验组。对照组腹腔内注射双蒸水,各实验组分别给予司他夫定(D4T)50 mg/kg、齐多夫定(AZT)... 目的探讨长期使用核苷类似物(NA)是否导致肝脏线粒体DNA(mt DNA)D-loop区损伤。方法选取7周龄Balb/C小鼠25只,将其随机分为对照组和4个NA实验组。对照组腹腔内注射双蒸水,各实验组分别给予司他夫定(D4T)50 mg/kg、齐多夫定(AZT)100 mg/kg、拉米夫定(3TC)50 mg/kg和去羟肌苷(DDI)50 mg/kg,分别腹腔内注射,每周5次,共12周。取各组小鼠肝组织,通过激光捕获显微切割获取肝细胞,对mt DNA D-loop区克隆和测序。结果 DDI组肝组织中mt DNA拷贝数(0.440±0.040)和肝细胞中mt DNA拷贝数(0.464±0.013)均较对照组[(1.000±0.080)、(1.000±0.058)]显著减少,差异均有统计学意义(均P〈0.05)。D4T组肝细胞D-loop区与参考序列的平均距离为(0.0037±0.0019),3TC组为(0.0031±0.0017),DDI组为(0.0035±0.0028),与对照组(0.0018±0.0017)比较差异均有统计学意义(均P〈0.05)。D4T组肝细胞D-loop区平均同义替换率(d S)为(0.0060±0.0010),3TC组为(0.0050±0.0007),与对照组(0.0030±0.0007)比较差异有统计学意义(P〈0.05)。DDI组肝细胞D-loop区平均错义替换率(d N)为(0.0020±0.0010),与对照组(0.0008±0.0003)比较差异有统计学意义(P〈0.05)。AZT组肝组织D-loop区的"A→G"转换率(0.001 90)较对照组(0.000 62)高,差异有统计学意义(P〈0.05)。D4T组肝细胞D-loop区的"T→C"转换率为0.001 28,3TC组为0.001 75,较对照组(0.000 58)显著增高,差异均有统计学意义(均P〈0.05)。结论长期暴露于核苷类似物可导致小鼠肝细胞mt DNA D-loop区病变,主要突变类型为转换,主要的转换为"A→G"和"T→C"。 展开更多
关键词 D-LOOP 线粒体DNA 肝细胞 核苷类似物
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沙塘鳢线粒体基因组全序列的测定和分析 预览
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作者 张燕萍 郑红梅 +3 位作者 邵芳 韩晓磊 徐建荣 顾志良 《常熟理工学院学报》 2016年第4期97-104,共8页
为揭示沙塘鳢(Odontobutis)线粒体基因组特征,采用PCR扩增和测序的方法获得沙塘鳢(Odontobutis)线粒体基因组全序列.通过生物信息学软件(t RNAscan-SE、RNAfold)定位沙塘鳢线粒体基因组基因结构及预测t RNA和r RNA的二级结构.沙... 为揭示沙塘鳢(Odontobutis)线粒体基因组特征,采用PCR扩增和测序的方法获得沙塘鳢(Odontobutis)线粒体基因组全序列.通过生物信息学软件(t RNAscan-SE、RNAfold)定位沙塘鳢线粒体基因组基因结构及预测t RNA和r RNA的二级结构.沙塘鳢线粒体基因组全长16 930 bp,结构组成和其他硬骨鱼基本一致,包括13个蛋白质编码基因,22个t RNA,2个r RNA和1个D-loop区.13个蛋白质编码基因中,除了CO1是以GTG作为起始密码子,ND6以TTA作为起始密码子以外,其余都以ATG起始.沙塘鳢线粒体基因的终止密码子有3种类型,分别为完全密码子TAA、不完全密码子TA和T.除了t RNASer(AGN)和t RNACys外,其余20个t RNA基因的二级结构都是典型的三叶草结构.识别了沙塘鳢终止序列区、中央保守区D、E、F和保守序列区CSB-1、CSB-2和CSB-3.比较沙塘鳢cytb基因序列与其他物种同源性发现,沙塘鳢与平头沙塘鳢的同源性最高(87.03%),河川沙塘鳢次之(83.57%),与人的同源性最低(70.64%).该研究结果可为深入探讨沙塘鳢属及塘鳢科鱼类的系统分类提供依据,更真实地反映了沙塘鳢的分类地位和进化关系. 展开更多
关键词 沙塘鳢 线粒体DNA序列 D-LOOP 系统进化
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中甸牦牛mtDNA D-Loop区遗传多样性及系统进化分析 预览
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作者 涂世英 汪琦 +1 位作者 柴志欣 钟金城 《中国草食动物科学》 CAS 2016年第3期5-10,共6页
根据牦牛线粒体DNA序列设计引物,扩增获得了中甸牦牛线粒体D-loop区全序列,并以山羊为外属对牛亚科部分牛种(野牦牛、九龙牦牛、麦洼牦牛、西藏牦牛、天祝牦牛、青海牦牛、大通牦牛、美洲野牛、欧洲野牛、印度野牛、亚洲水牛和普通牛)... 根据牦牛线粒体DNA序列设计引物,扩增获得了中甸牦牛线粒体D-loop区全序列,并以山羊为外属对牛亚科部分牛种(野牦牛、九龙牦牛、麦洼牦牛、西藏牦牛、天祝牦牛、青海牦牛、大通牦牛、美洲野牛、欧洲野牛、印度野牛、亚洲水牛和普通牛)的mt DNA D-loop序列进行了系统进化分析,以期了解中甸牦牛的遗传多样性,从而为中甸牦牛遗传资源的保护、开发和利用奠定理论基础。结果表明:(1)中甸牦牛线粒体D-loop区序列长在890~910 bp之间,T、C、A、G四种碱基的平均含量分别为28.78%、24.41%、32.34%和14.47%,存在一定的碱基组成偏倚性;(2)中甸牦牛共有13种单倍型,平均单倍型多样性(Hd)为0.983 3,平均核苷酸多样性(Pi)为0.005 34,遗传多样性较为丰富;(3)中甸牦牛与已知牛种mt DNA D-loop区序列双参数距离显示,其与麦洼牦牛距离最小(0.006),与亚洲水牛距离最大(0.179);(4)系统进化分析显示,中甸牦牛是我国众多家牦牛类群中的一支,与麦洼牦牛聚为一类,推测其可能与麦洼牦牛因地理位置存在基因交流,由共同祖先进化而来。 展开更多
关键词 中甸牦牛 D-LOOP 牛亚科 系统发育
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2个云南原始鸡种遗传多样性及其与红色原鸡的亲缘关系 预览 被引量:3
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作者 陆俊贤 贾晓旭 +4 位作者 唐修君 樊艳凤 唐梦君 高玉时 苏一军 《浙江大学学报:农业与生命科学版》 CAS CSCD 北大核心 2016年第3期385-390,共6页
对60只个体的线粒体基因组(mitochondrial genome,mtDNA)D-loop区全序列进行聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)扩增和测序,并结合GenBank中红色原鸡的D-loop区序列,分析其线粒体D-loop区多态性。结果发现,2个原始地方品... 对60只个体的线粒体基因组(mitochondrial genome,mtDNA)D-loop区全序列进行聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)扩增和测序,并结合GenBank中红色原鸡的D-loop区序列,分析其线粒体D-loop区多态性。结果发现,2个原始地方品种鸡mtDNA D-loop区全长1 231~1 232bp,在60只个体中共发现19处单核苷酸多态位点和8种单倍型。系统发育分析发现,8种单倍型可以分为A、B、D和E 4个分支,其中A和B为主要分支。A和B分支各有3种单倍型,D和E分支分别只有1种单倍型。A和B分支与红色原鸡滇南亚种(Gallus gallus spadiceus)聚为一类,E分支与红色原鸡印度亚种(Gallus gallus murghi)聚为一类,D分支与4个红色原鸡(Gallus gallus)亚种聚为一类。表明2个品种有多个母系起源,红色原鸡滇南亚种在2个原始鸡种形成过程中贡献最大。研究为家鸡的起源和遗传分化提供基础材料,同时也为2个品种的选育改良、遗传资源保护以及进一步的开发利用提供重要的理论依据. 展开更多
关键词 云南 家鸡 红色原鸡 线粒体DNA D-LOOP
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三江黄牛mtDNA D-Loop区遗传多样性及系统进化 预览 被引量:5
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作者 汪琦 钟金城 +6 位作者 柴志欣 李键 陈智华 何世明 吴锦波 蹇尚林 冉强 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第9期1269-1278,共10页
根据普通牛线粒体DNA序列设计引物,扩增获得三江黄牛线粒体D-loop区全序列,并以绵羊为外属对牛亚科代表性品种(类群)(九龙牦牛、野牦牛、瘤牛、欧洲野牛、中国水牛、亚洲水牛、德国普通牛、秦川牛、南阳牛、晋南牛、蒙古牛、平武牛... 根据普通牛线粒体DNA序列设计引物,扩增获得三江黄牛线粒体D-loop区全序列,并以绵羊为外属对牛亚科代表性品种(类群)(九龙牦牛、野牦牛、瘤牛、欧洲野牛、中国水牛、亚洲水牛、德国普通牛、秦川牛、南阳牛、晋南牛、蒙古牛、平武牛、川南牛、凉山牛、湘西牛和昭通牛)的mtDNA D-loop序列进行系统进化分析,以期了解三江黄牛的遗传多样性,分析三江黄牛数量急剧下降的原因并提出参考意见。结果表明,三江黄牛线粒体D-loop区序列长909-911bp,T、C、A、G碱基的平均含量分别为29.08%、24.49%、32.72%和13.71%;三江黄牛共有16种单倍型,平均单倍型多样性(Hd)为0.875 7,平均核苷酸多样性(Pi)为0.022 92,遗传多样性较为丰富;三江黄牛与已知牛品种(类群)mtDNA D-loop序列比对结果表明,与凉山牛差异最小(0.11%),与欧洲野牛差异最大(32.63%);系统进化分析显示三江黄牛是中国众多黄牛类群中的一支,与秦川牛、平武牛亲缘关系较近,推测其是由普通牛和瘤牛共同进化而来。 展开更多
关键词 三江黄牛 D-LOOP 牛亚科 系统发育
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