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胸腺嘧啶脱氧核糖核酸糖基化酶的研究现状及进展
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作者 葛长宇 徐鹏 +1 位作者 宫榭阳 匡野 《中华全科医学》 2019年第2期272-275,共4页
胸腺嘧啶脱氧核糖核酸糖基化酶(thymine DNA glycosylase,TDG)属于单功能尿嘧啶脱氧核糖核酸糖基化酶(uracil DNA glycosidase,UDG)超家族中的成员,在基因组稳定和表观遗传调控中具有双重作用。TDG参与调控DNA甲基化(DNA methylation)... 胸腺嘧啶脱氧核糖核酸糖基化酶(thymine DNA glycosylase,TDG)属于单功能尿嘧啶脱氧核糖核酸糖基化酶(uracil DNA glycosidase,UDG)超家族中的成员,在基因组稳定和表观遗传调控中具有双重作用。TDG参与调控DNA甲基化(DNA methylation)和去甲基化(DNA demethylation)。DNA甲基化主要为胞嘧啶(cytosine,C)甲基化,是指胞嘧啶以S-腺苷甲硫氨酸(S-adenosyl Methionine,SAM)为甲基供体,在DNA甲基转移酶(DNA methyltransferase,DNMTs)的作用下,在胞嘧啶第5位碳原子上加上一个甲基,形成5-甲基胞嘧啶(5-methylcytosine,5mC)。5mC广泛存在于哺乳动物基因组中,并在基因组稳定性维持、组织特异性基因沉默、逆转录转座子沉默等诸多生物学过程中发挥重要作用。DNA去甲基化是指5mC还原为C,这个过程也是由DNMTs完成的。DNA去甲基化包括被动去甲基化和主动去甲基化2种途径。被动DNA去甲基化是指在DNA复制过程中,新合成的子链DNA未能维持甲基化状态,导致DNA甲基化的被动稀释(passive dilution);DNA主动去甲基化过程不涉及DNA复制,是指通过TDG等酶的作用去除5mC和5-羧基胞嘧啶(5-hydroxymethylcytosine,5hmC)的氧化产物,即5-甲羟基胞嘧啶(5-formylcytosine,5fC)和5-羧基胞嘧啶(5-carboxylcytosine,5caC)。TDG还通过碱基切除修复途径(base excision repair,BER)切割糖与靶碱之间的N-糖苷键,在纠正错配及损伤的DNA碱基对(base pair,bp)中起重要作用。最近的研究表明TDG还在转录调控、胚胎发育及肿瘤治疗等领域发挥重要作用。本文总结了近年来TDG的研究现状及进展,为进一步的深入研究提供理论支持。 展开更多
关键词 胸腺嘧啶脱氧核糖核酸糖基化酶 DNA甲基化 DNA主动去甲基化 表观遗传学
H2S通过诱导Klotho基因启动子去甲基化改善单侧输尿管梗阻(UUO)小鼠肾脏纤维化 预览
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作者 顾玉露 陈静 +4 位作者 张函 沈子妍 徐灵菡 吕诗琦 章晓燕 《复旦学报:医学版》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期294-301,共8页
目的探讨硫化氢(hydrogen sulfide,H 2S)改善单侧输尿管梗阻(unilateral ureteral obstruction,UUO)小鼠肾脏纤维化的作用机制。方法采用C57BL/6小鼠单侧输尿管结扎建立肾脏纤维化小鼠模型。随机分为假手术(Sham)组、UUO组和UUO+硫氢化... 目的探讨硫化氢(hydrogen sulfide,H 2S)改善单侧输尿管梗阻(unilateral ureteral obstruction,UUO)小鼠肾脏纤维化的作用机制。方法采用C57BL/6小鼠单侧输尿管结扎建立肾脏纤维化小鼠模型。随机分为假手术(Sham)组、UUO组和UUO+硫氢化钠(NaHS)组。ELISA法检测血清H 2S浓度;HE染色和Masson染色观察肾脏病理改变;免疫组织化学和Western blot检测Klotho和DNA甲基转移酶1(DNA methyltransferase 1,DNMT1)表达;RT-PCR检测双加氧酶(ten-eleven translocation,TET)表达;比色法检测TET活性;焦磷酸测序检测肾组织Klotho甲基化水平;羟甲基化DNA免疫共沉淀联合实时定量PCR法检测肾组织Klotho羟甲基化水平。结果与Sham组相比,UUO组血清H 2S浓度显著降低[(5.18±0.34)μmol/L vs.(4.23±0.21)μmol/L, P <0.05]。NaHS显著减轻UUO模型小鼠的肾小管间质纤维化( P <0.01),下调α平滑肌肌动蛋白( P <0.05)和纤连蛋白( P <0.05)表达,同时上调UUO小鼠肾组织Klotho表达( P <0.05),下调DNMT1表达( P <0.01),升高TET活性[(0.03±0.01) ng·min^-1·mg^-1 vs.(0.43±0.08) ng·min^-1·mg^-1 , P <0.05],降低 Klotho 基因启动子甲基化水平(11.83%±0.53% vs .7.39%±0.70%, P <0.01),升高 Klotho 基因启动子羟甲基化水平( P <0.05)。结论H 2S可通过增强TET活性,诱导 Klotho 基因启动子去甲基化,上调 Klotho 基因表达,从而减轻UUO小鼠肾脏纤维化。 展开更多
关键词 硫化氢(H2S) 单侧输尿管梗阻(UUO) KLOTHO DNA甲基化 DNA羟甲基化 肾脏纤维化
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DNA甲基化的分子机制及其研究进展
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作者 宋乔 高世超 王培昌 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期3317-3322,共6页
DNA甲基化作为一种重要的非永久性但相对长期可遗传的基因修饰,在维持细胞正常的转录活性、DNA损伤修复能力以及在遗传印记、胚胎发育和肿瘤的发生发展中都有不可替代的作用,是分子生物学及医学领域的研究热点。近年来随着高通量测序、... DNA甲基化作为一种重要的非永久性但相对长期可遗传的基因修饰,在维持细胞正常的转录活性、DNA损伤修复能力以及在遗传印记、胚胎发育和肿瘤的发生发展中都有不可替代的作用,是分子生物学及医学领域的研究热点。近年来随着高通量测序、表观遗传编辑以及结构分析等技术的飞速发展,对DNA甲基化分子机制层面的研究进一步深入。本研究总结了近年来对DNA甲基化分子机制的相关研究,归纳了全球范围内对DNA甲基化的位点、序列背景与范围近年来的研究进展,也归纳了近年来对影响DNA甲基化的因素的研究,以期对DNA甲基化这一表观遗传学热点进行深入的学习探讨。 展开更多
关键词 DNA甲基化 DNA甲基转移酶(DNMT) 组蛋白修饰 非编码RNA
百草枯通过DNA甲基化途径对人神经干细胞增殖的影响
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作者 黄敏 黄楠楠 +3 位作者 李颖颖 武坷鑫 郭慕真 朱晨笛 《中华劳动卫生职业病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期161-168,共8页
目的观察百草枯(PQ)对人神经干细胞增殖的影响,探讨PQ基于DNA甲基化途径调控人神经干细胞增殖的作用机制.方法以永生化的人神经干细胞系(ReNcell CX)为体外模型,通过间接免疫荧光法检测巢蛋白(Nestin)、β-微管蛋白Ⅲ(β-tubulin Ⅲ)和... 目的观察百草枯(PQ)对人神经干细胞增殖的影响,探讨PQ基于DNA甲基化途径调控人神经干细胞增殖的作用机制.方法以永生化的人神经干细胞系(ReNcell CX)为体外模型,通过间接免疫荧光法检测巢蛋白(Nestin)、β-微管蛋白Ⅲ(β-tubulin Ⅲ)和胶质纤维酸性蛋白(GFAP)的表达,评估神经干细胞的自我更新和分化潜能;以终浓度0、5、25、50、100 μmol/L PQ作用细胞24h,以及50μmol/L PQ分别作用细胞6、12、24、48 h,四甲基偶氮唑盐(MTT)检测细胞存活率;应用终浓度0、25、50、100 μmol/L PQ处理细胞24 h,采用Sox2/Brdu、Nestin/Brdu免疫荧光双标记法检测神经干细胞的增殖能力;采用DNA甲基化定量试剂盒检测细胞总甲基化水平;采用实时荧光定量PCR(RT-PCR)和蛋白质免疫印迹法(Western blot)检测DNA甲基转移酶(Dnmt1、Dnmt3a、Dnmt3b)的转录和表达变化.结果增殖期的干细胞能够大量表达Nestin蛋白,经诱导分化后,可获得表达相应特异性标志蛋白的神经元(β-tublin Ⅲ)和星形胶质细胞(GFAP);MTT显示,与对照组比较,PQ呈剂量依赖性和时间依赖性抑制ReNcell CX人神经干细胞的活力;免疫荧光双标记染色显示,Brdu和Sox2均呈双阳性表达,各个染毒组的Brdu+/Sox2+双标阳性率随PQ浓度增加逐渐降低(P<0.05);Brdu+/Nestin+双标阳性率也随PQ浓度增加而逐渐降低,其中50、100 μmol/L染毒组的双标阳性率较对照组明显降低,差异有统计学意义(P<0.05);DNA总甲基化水平检测结果显示,与对照组比较,25、50、100 μmol/L PQ染毒组细胞的总甲基化水平降低,差异有统计学意义(P<0.05);Western blot结果显示,与对照组比较,50、100 μmol/L PQ染毒组的Dnmt1、Dnmt3a蛋白表达水平明显降低,差异有统计学意义(P<0.05);50、100 μmol/L染毒组的Dnmt3b蛋白表达水平明显升高,差异有统计学意义(P<0.05);RT-PCR结果显示,与对照组比较,25、50、100 μmol/L PQ染毒组的Dnmt1、Dnmt3a基因表达水平降低,5 展开更多
关键词 百草枯 人神经干细胞 增殖 DNA甲基化 DNA甲基化转移酶
DNA甲基转移酶与肿瘤关系的研究进展 被引量:1
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作者 肖枭 王艳林 黄利鸣 《生命科学》 CSCD 北大核心 2019年第1期87-92,共6页
DNA甲基化修饰在基因的表观遗传调控中发挥重要作用,而DNA甲基转移酶(DNMT)为DNA甲基化模式建立和维持所必需。哺乳动物细胞主要含3种DNMT,DNMT1的主要功能是维持甲基化,DNMT3a和DNMT3b则催化DNA的从头甲基化。DNMT活性与功能改变导致... DNA甲基化修饰在基因的表观遗传调控中发挥重要作用,而DNA甲基转移酶(DNMT)为DNA甲基化模式建立和维持所必需。哺乳动物细胞主要含3种DNMT,DNMT1的主要功能是维持甲基化,DNMT3a和DNMT3b则催化DNA的从头甲基化。DNMT活性与功能改变导致的基因表达异常与多种肿瘤的发生和发展密切相关,由此成为肿瘤治疗和新型抗肿瘤药物研发的重要分子靶点。 展开更多
关键词 表观遗传 DNA甲基化 DNA甲基转移酶 肿瘤
ctDNA甲基化检测在肿瘤诊疗中的价值
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作者 刁艳君 王娟 郝晓柯 《中华检验医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期1-4,共4页
癌症患者血浆或血清中的循环肿瘤DNA(ctDNA)为肿瘤的非侵入性取样提供了机会。这种"液体活检"允许对DNA进行拷贝数变异、特异性突变以及表观遗传改变的检测,并可以进行病情实时"跟踪",从而指导和改善癌症患者的整... 癌症患者血浆或血清中的循环肿瘤DNA(ctDNA)为肿瘤的非侵入性取样提供了机会。这种"液体活检"允许对DNA进行拷贝数变异、特异性突变以及表观遗传改变的检测,并可以进行病情实时"跟踪",从而指导和改善癌症患者的整个诊疗过程。与检测肿瘤特异性突变相比,ctDNA在特定基因区域的异常甲基化具有高度一致的特征,使得ctDNA甲基化检测更广泛地适用于肿瘤的诊断、监测,预测治疗反应和预后判断。因此,ctDNA甲基化检测被认为是癌症诊断和风险评估最有价值的方法之一。 展开更多
关键词 肿瘤 循环肿瘤DNA DNA甲基化 预后
DNA甲基转移酶在前列腺癌中的表达及其对体外细胞增殖及侵袭能力的影响 预览
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作者 李亚林 刘冉录 《基础医学与临床》 CSCD 2019年第5期668-672,共5页
目的探讨DNA甲基转移酶(DNMTs)在前列腺癌(PCa)组织及前列腺癌细胞系中的表达情况及其对体外前列腺癌细胞增殖、凋亡、迁移及侵袭能力的影响。方法收集24例患者的前列腺组织样本,其中前列腺癌组织样本12例,良性前列腺增生组织样本12例... 目的探讨DNA甲基转移酶(DNMTs)在前列腺癌(PCa)组织及前列腺癌细胞系中的表达情况及其对体外前列腺癌细胞增殖、凋亡、迁移及侵袭能力的影响。方法收集24例患者的前列腺组织样本,其中前列腺癌组织样本12例,良性前列腺增生组织样本12例。免疫组织化学染色检测DNMT1、DNMT3b的表达。通过Westernblot及RT-qPCR检测前列腺癌细胞系(DU145、PC-3)及人正常前列腺上皮细胞系(RWPE-1)中DNMT1、DNMT3b的表达。采用siRNA分别下调DU145细胞系中DNMT1、DNMT3b表达,检测DU145细胞生物学行为的改变。结果DNMT1、DNMT3b在前列腺癌组织中的表达高于前列腺增生组织(P<0.05)。DNMT1、DNMT3b在DU145、PC-3细胞系中的表达高于RWPE-1细胞系(P<0.05),且DNMT1、DNMT3b在DU145中的表达高于PC-3(P<0.05)。下调DU145细胞中DNMT1、DNMT3b的表达,可显著抑制细胞增殖,促进细胞凋亡,减弱细胞迁移及侵袭能力(P<0.05),其中DNMT1抑制组效果最显著。结论DNA甲基转移酶(DNMT1、DNMT3b)在前列腺癌中的表达高于正常前列腺,其中DNMT1对细胞生物学行为影响最显著。 展开更多
关键词 前列腺癌 DNA甲基化 DNA甲基转移酶 SIRNA
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DNA甲基转移酶在胃癌中的表达及其意义 预览
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作者 王震凯 杨晓倩 +5 位作者 叶雅沁 韦志琴 顾燕 范青青 刘丹 汪芳裕 《胃肠病学》 2019年第2期81-85,共5页
背景:DNA甲基化在胃癌发生、发展中起重要作用,但DNA甲基化需要DNA甲基转移酶(DNMTs)的修饰。目的:探讨DNMTs在胃癌发生、发展中的作用及其临床意义。方法:采集80例胃癌组织及其癌旁正常组织,以免疫组化法检测DNMT1、DNMT3a、DNMT3b蛋... 背景:DNA甲基化在胃癌发生、发展中起重要作用,但DNA甲基化需要DNA甲基转移酶(DNMTs)的修饰。目的:探讨DNMTs在胃癌发生、发展中的作用及其临床意义。方法:采集80例胃癌组织及其癌旁正常组织,以免疫组化法检测DNMT1、DNMT3a、DNMT3b蛋白表达,并分析其与胃癌临床病理特征的关系。采用qRT-PCR和蛋白质印迹法分别检测4种胃癌细胞株和正常胃黏膜上皮细胞株中DNMT1、DNMT3a、DNMT3bmRNA和蛋白表达。结果:与癌旁组织相比,胃癌组织中DNMT1阳性表达率显著升高(68.8%对10.0%,P<0.01)。胃癌组织中DNMT1阳性表达率显著高于DNMT3a和DNMT3b(68.8%对38.8%、40.0%,P<0.05),而癌旁组织中DNMT1阳性表达率显著低于DNMT3a和DNMT3b(10.0%对60.0%、52.5%,P<0.05)。DNMT1阳性表达与胃癌浸润深度、淋巴结转移以及TNM分期明显相关(P<0.05),而DNMT3a和DNMT3b与胃癌临床病理特征均无关。与正常胃黏膜上皮GES-1细胞相比,胃癌细胞株中DNMT1mRNA和蛋白表达明显增加,而DNMT3a和DNMT3bmRNA和蛋白表达明显降低。DNMT1表达与胃癌细胞分化程度有关(P<0.05)。结论:DNMT1可能在胃癌的发生、发展中起有重要调节作用。 展开更多
关键词 胃肿瘤 DNA修饰甲基转移酶 DNA甲基化
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DNA及RNA甲基化检测在肿瘤诊断中的研究进展 预览
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作者 赵琦 相绿竹 +2 位作者 彭瑞 王晔(综述) 牟晓峰(审校) 《国际检验医学杂志》 CAS 2019年第11期1356-1360,共5页
在恶性肿瘤的发生及发展过程中,遗传异常以及基因表观遗传学的改变起到了重要的作用。同遗传学异常一样,表观遗传的改变也是一种可反映肿瘤发生早期的分子机制。DNA甲基化作为表观遗传学的一种重要方式,在控制基因的表达、维持基因组稳... 在恶性肿瘤的发生及发展过程中,遗传异常以及基因表观遗传学的改变起到了重要的作用。同遗传学异常一样,表观遗传的改变也是一种可反映肿瘤发生早期的分子机制。DNA甲基化作为表观遗传学的一种重要方式,在控制基因的表达、维持基因组稳定性、细胞分化和胚胎发育中起着重要的作用;RNA甲基化则主要包括后转录过程对真核基因表达的调控。因此,检测肿瘤细胞中这2种甲基化的异常成为早期诊断肿瘤的重要手段。本文就DNA及RNA甲基化与肿瘤的关系以及这2种甲基化检测方法做一综述。 展开更多
关键词 DNA甲基化 RNA甲基化 肿瘤 诊断 检测方法
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不同感温性甘蓝型冬油菜DNA甲基化差异及At4g02000-like结构预测 预览
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作者 白静 孙万仓 +8 位作者 刘丽君 武军艳 马骊 何辉立 常瑜 蒲媛媛 米文博 方彦 李学才 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期349-359,共11页
为研究甘蓝型冬油菜(Brassica napus L.)在低温胁迫后DNA甲基化水平及模式的变化情况,以强抗寒的15TS306和14NS52-3等13个甘蓝型冬油菜为材料,利用甲基化敏感扩增多态性技术,选用12对引物组合对低温(4℃)胁迫后的冬油菜DNA甲基化水平及... 为研究甘蓝型冬油菜(Brassica napus L.)在低温胁迫后DNA甲基化水平及模式的变化情况,以强抗寒的15TS306和14NS52-3等13个甘蓝型冬油菜为材料,利用甲基化敏感扩增多态性技术,选用12对引物组合对低温(4℃)胁迫后的冬油菜DNA甲基化水平及模式的变化情况进行检测,并对差异片段进行序列比对及克隆。结果发现:低温胁迫后,弱抗寒的14美切实7、14美切实16、14美切实20、14美切实3和美切实38等品系DNA甲基化水平有所升高,且具有较高的甲基化程度;而强抗寒的15TS306、14NS52-3、15TS309、14NS54-7和15TS312等品系去甲基化程度较高。经过对22条DNA甲基化特异片段的序列分析,有16条片段序列与已知和假定功能的酶及蛋白具有同源性,其中以At4g02000-like蛋白变化最为明显。克隆及生物信息学分析显示,At4g02000-like蛋白等电点9. 20,相对分子质量38. 89kD。甘蓝型冬油菜受低温胁迫后,抗寒性强的品种DNA甲基化水平降低,以去甲基化为主;抗寒性弱的材料DNA甲基化水平升高;而且油菜对低温环境的适应性与某些特定基因不同的甲基化模式密切相关。 展开更多
关键词 甘蓝型冬油菜 低温胁迫 DNA甲基化 甲基化敏感扩增多态性
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食管癌甲基化驱动基因的筛选、功能及调控通路分析 预览
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作者 谢俞宁 仵红娇 +3 位作者 杨振邦 高慧 侯俊志 张雪梅 《山东医药》 CAS 2019年第12期18-21,共4页
目的筛选食管癌甲基化驱动基因,并进行功能及调控通路分析。方法搜集TCGA数据库中基因表达数据、DNA甲基化数据、临床信息完整的食管癌患者资料162例,记为肿瘤组;其中16例有癌旁对照资料,记为对照组。使用R语言Methyl Mix包综合分析两... 目的筛选食管癌甲基化驱动基因,并进行功能及调控通路分析。方法搜集TCGA数据库中基因表达数据、DNA甲基化数据、临床信息完整的食管癌患者资料162例,记为肿瘤组;其中16例有癌旁对照资料,记为对照组。使用R语言Methyl Mix包综合分析两组患者的基因表达数据和DNA甲基化数据。R语言Methyl Mix包定义肿瘤组和对照组甲基化平均值的差值倍数为差异甲基化值(DM值),Spearman相关分析法分析基因表达与甲基化相关性,以|DM值|>0、|相关系数(Cor)|>0. 3为截断值筛选甲基化驱动基因。使用在线分析软件DAVID 6. 8(https://david. ncifcrf. gov/)对食管癌甲基化驱动基因进行基因本体(GO)功能富集分析。使用在线数据库KOBAS 3. 0(http://kobas. cbi. pku. edu. cn/)对食管癌甲基化驱动基因进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。结果筛选得到88个食管癌甲基化驱动基因,其中74(84. 1%)个为高甲基化驱动基因,14个为低甲基化驱动基因。最可能发生甲基化的食管癌甲基化驱动基因有Makorin环指蛋白3(MKRN3)基因、人Fermitin家族同系物3(FERMT3)基因、含V-Set免疫球蛋白域蛋白2(VSIG2)基因等。在分子功能层面,食管癌甲基化驱动基因主要影响了金属离子结合、DNA结合、转录因子活性、序列特异性、核酸结合;在生物学过程层面,食管癌甲基化驱动基因影响了转录调控、DNA模板化;在细胞成分层面,食管癌甲基化驱动基因影响了核组分、胞内组分。锌指蛋白家族如ZNF582、ZNF69、ZKSCAN7、ZNF583、ZNF568、ZNF454、ZNF790、ZNF880等和SOX1基因被富集在了多个GO中。食管癌甲基化驱动基因主要参与了乙醛酸和二羧酸代谢通路,甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢通路,碳代谢通路及谷胱甘肽代谢通路的调控。结论食管癌甲基化驱动基因有88个,以高甲基化驱动基因为主;最可能发生甲基化调控的食管癌甲基化驱动基因有MKRN3基因� 展开更多
关键词 食管癌 DNA甲基化 甲基化驱动基因 癌症和肿瘤基因图谱数据库 基因本体功能 京都基因与基因组百科全书
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稻曲病菌休眠与非休眠厚垣孢子的MSAP分析 预览
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作者 李小娟 李杰 +2 位作者 周瑚 任佐华 刘二明 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期129-134,共6页
本研究以稻曲病菌 Ustilaginoidea virens 黄色(非休眠)厚垣孢子、黑色(休眠)厚垣孢子、厚垣孢子萌发后产生的分生孢子(非休眠)3种孢子为材料,采用DNA甲基化敏感扩增多态性技术对供试材料基因组DNA进行甲基化分析,探究稻曲病菌休眠与非... 本研究以稻曲病菌 Ustilaginoidea virens 黄色(非休眠)厚垣孢子、黑色(休眠)厚垣孢子、厚垣孢子萌发后产生的分生孢子(非休眠)3种孢子为材料,采用DNA甲基化敏感扩增多态性技术对供试材料基因组DNA进行甲基化分析,探究稻曲病菌休眠与非休眠厚垣孢子DNA甲基化的水平和模式。结果显示,3种形态孢子的基因组DNA甲基化水平差异明显,分生孢子基因组DNA中CCGG序列的总甲基化率为20.56%,黑色休眠厚垣孢子为 25.63%,黄色非休眠厚垣孢子为33.52%。黄色和黑色的厚垣孢子主要是全甲基化模式,其全甲基化率高于半甲基化率,其中黄色厚垣孢子全甲基化率高达17.68%;分生孢子则是以半甲基化模式为主。结果对揭示稻曲病菌厚垣孢子休眠的分子机制,探究真核生物孢子的分子休眠机制有普遍意义。 展开更多
关键词 稻曲病菌 厚垣孢子 分生孢子 DNA甲基化 甲基化敏感扩增多态性
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变应性鼻炎甲基化基因筛选及甲基化谱的建立
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作者 周穗子 彭杨 +1 位作者 詹建东 邱前辉 《临床耳鼻咽喉头颈外科杂志》 CAS 北大核心 2019年第1期23-27,共5页
目的:通过甲基化芯片筛选出变应性鼻炎(AR)相关基因异常甲基化位点,探究DNA甲基化与AR的关系。方法:提取19例AR患者和11例正常下鼻甲黏膜组织DNA制成illumina甲基化芯片,通过筛选差异性甲基化位点、Gene Ontology功能富集、KEGG通路富... 目的:通过甲基化芯片筛选出变应性鼻炎(AR)相关基因异常甲基化位点,探究DNA甲基化与AR的关系。方法:提取19例AR患者和11例正常下鼻甲黏膜组织DNA制成illumina甲基化芯片,通过筛选差异性甲基化位点、Gene Ontology功能富集、KEGG通路富集和文献检索对所筛选的基因进行综合分析。结果:AR患者中出现的异常甲基化位点总共为94个,其中包括高甲基化位点51个(如ST7、LCE2D、ATRIP基因),低甲基化位点43个(如PIK3CG、TLR6、IL-4基因)。通过Gene Ontology功能富集、KEGG通路富集分析提示DNA甲基化与AR有相关趋势,ST7、LCE2D、PIK3CG基因DNA甲基化可能与AR相关,GO分析与KEGG分析差异无统计学意义。另外结合文献,TLR6基因和IL-4基因DNA甲基化可能与AR发病相关。结论:通过高通量甲基化芯片,在AR下鼻甲组织标本中筛选出不同程度的甲基化基因,提示基因甲基化是AR发病的重要原因,其之间的关联情况仍需进一步研究。 展开更多
关键词 鼻炎 变应性 甲基化芯片 基因 DNA甲基化
甲基化在肝纤维化过程中的作用及其机制的研究进展 被引量:2
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作者 张恬莹 兰涛 +2 位作者 魏玲玲 冯天航 黄孝伦 《中国普外基础与临床杂志》 CAS 2019年第2期229-235,共7页
目的总结DNA甲基化和组蛋白甲基化在肝纤维化中的作用机制。方法综述国内外有关探究肝纤维化过程中DNA甲基化和组蛋白甲基化的文献并进行分析总结。结果 DNA甲基化和组蛋白甲基化都是表观遗传学的重要组成部分,在肝纤维化过程中通过上... 目的总结DNA甲基化和组蛋白甲基化在肝纤维化中的作用机制。方法综述国内外有关探究肝纤维化过程中DNA甲基化和组蛋白甲基化的文献并进行分析总结。结果 DNA甲基化和组蛋白甲基化都是表观遗传学的重要组成部分,在肝纤维化过程中通过上调或下调某些基因表达,导致后续通路激活或失活,如PTEN、SEPT9、Smad7等在肝纤维化中呈高甲基化且表达降低,Spp1在肝纤维化中就呈低甲基化且表达增加。结论甲基化通过改变基因的表观遗传学从而影响基因的表达,通过对甲基化在肝脏疾病中的作用及机制进行系统而深入的研究可为肝脏疾病的治疗提供新的方向和靶向治疗的位点。 展开更多
关键词 DNA甲基化 组蛋白甲基化 肝纤维化
运用MSAP技术测定谷子基因组DNA胞嘧啶甲基化水平
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作者 张雨欣 阮亚男 +6 位作者 赵宸 薛敏敏 李博 王晶晶 刘洋 王凯玺 王红艳 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期263-269,共7页
DNA甲基化是真核生物一种重要的表观修饰形式。为了探讨谷子基因组DNA胞嘧啶甲基化的水平和模式,以谷子Setaria italica的两个品种朝谷58号和豫谷1号为实验材料,利用Eco RⅠ和HpaⅡ/MspⅠ双酶切建立适合于谷子基因组的甲基化敏感扩增多... DNA甲基化是真核生物一种重要的表观修饰形式。为了探讨谷子基因组DNA胞嘧啶甲基化的水平和模式,以谷子Setaria italica的两个品种朝谷58号和豫谷1号为实验材料,利用Eco RⅠ和HpaⅡ/MspⅠ双酶切建立适合于谷子基因组的甲基化敏感扩增多态性(MSAP)分析体系。结果表明,从100对MSAP选扩引物中,筛选出32对MSAP引物组合,在朝谷58号和豫谷1号中分别扩增产生1 615、1 482条清晰可辨且可重复的DNA条带,其中包括3种类型的甲基化条带,朝谷58号和豫谷1号的基因组中CCGG序列胞嘧啶甲基化水平分别为6.93%和8.77%。这种谷子不同品种间甲基化水平和分布位点的差异为从表观遗传学的角度培育新品种提供了初步的理论依据和参考。 展开更多
关键词 DNA甲基化 谷子 甲基化敏感扩增多态性(MSAP)
多内切酶组合MSAP分析水稻基因组DNA甲基化
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作者 李博 蔡恒奇 +4 位作者 陈功海 胡倩文 张文英 徐延浩 田小海 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期145-153,共9页
为建立高通量MSAP分析平台和比较不同酶切组合对甲基化敏感扩增多态性(MSAP)检测结果的影响。本研究对全自动毛细管电泳检测体系进行优化,在12对带有相同选择性碱基的引物检测下,比较Bst YⅠ/HpaⅡ-MspⅠ和Eco RⅠ/HpaⅡ-MspⅠ(Bst YⅠ/... 为建立高通量MSAP分析平台和比较不同酶切组合对甲基化敏感扩增多态性(MSAP)检测结果的影响。本研究对全自动毛细管电泳检测体系进行优化,在12对带有相同选择性碱基的引物检测下,比较Bst YⅠ/HpaⅡ-MspⅠ和Eco RⅠ/HpaⅡ-MspⅠ(Bst YⅠ/H-M和Eco RⅠ/H-M) 2组内切酶组合对16个水稻基因组DNA甲基化水平和表观遗传多样性的影响。结果表明,55 cm规格毛细管适用于全自动毛细管电泳仪进行MSAP分析。在16个水稻品种中,Eco RⅠ/H-M组合检测到16个水稻品种平均总甲基化率为58.30%高于Bst YI/H-M组合检测结果 (52.32%);Eco RⅠ/H-M组合平均半甲基化率为31.32%高于平均全甲基化率27.95%;而Bst YⅠ/H-M引物检测到16个水稻品种平均半甲基化水平(23.72%)低于全甲基化水平(28.59%);Eco RⅠ/H-M引物组合共检测到638个多态性位点,多态性位点率为93.55%,Nei’s基因多样性指数和Shannon信息指数分别为0.55和0.97均大于Bst YⅠ/H-M组合检测结果,分别为92.32%,0.53和0.94;Mantel检测结果显示,Eco RⅠ/H-M组合得到的数据矩阵与Bst YⅠ/H-M组合数据矩阵之间具有显著相关性,但Bst YⅠ/H-M组合下不同预扩引物Bst YⅠ-T与Bst YⅠ-C数据之间没有相关性。本研究结果表明,较传统的单酶切组合MSAP分析(仅仅Eco RⅠ/H-M酶切组合),不同酶切组合以及不同预扩引物均会对DNA甲基化检测带来结果的多样性,尝试不同的限制酶组合或者多引物组合,将不同差异结合起来可以更加全面的揭示水稻丰富的基因组DNA甲基化多样性。 展开更多
关键词 DNA甲基化 甲基化敏感扩增多态性 水稻 表观遗传多态性
红富士苹果芽变系DNA甲基化研究
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作者 杜晓云 宋来庆 +5 位作者 赵玲玲 刘美英 唐岩 孙燕霞 姜中武 束怀瑞 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期107-120,共14页
以35份富士苹果(Malus×domestica Borkh.‘Fuji’)芽变材料为试材,利用甲基化敏感扩增多态性(Methylation Sensitive Amplified Polymorphism,MSAP)分析和UPGMA聚类方法,对其基因组甲基化修饰水平、变异模式以及表观遗传变异关系... 以35份富士苹果(Malus×domestica Borkh.‘Fuji’)芽变材料为试材,利用甲基化敏感扩增多态性(Methylation Sensitive Amplified Polymorphism,MSAP)分析和UPGMA聚类方法,对其基因组甲基化修饰水平、变异模式以及表观遗传变异关系进行研究。结果表明:(1)不同富士系得到不同的MSAP扩增,总DNA甲基化水平27.90%~36.16%,平均32.87%,双链全甲基化为主要甲基化方式;(2)富士芽变材料绝大多数位点保持了原有甲基化模式;(3)绝大多数芽变(68.57%)检测到全部的甲基化变异模式(12种),去甲基化频率极显著高于甲基化频率(P <0.01),且CG去甲基化极显著高于CHG;(4)36份种质遗传相似系数平均值0.89(0.79~0.92),在聚类图上,富士原种分布在芽变系集中区外,新近发生的芽变系更倾向于聚在一起,着色系片红型和条红型芽变呈分散排布状态。总的来看,富士芽变的甲基化变异模式丰富,超甲基化和去甲基化相伴发生,但以去甲基化为主;‘富士’着色芽变与其最原始品种富士,以及芽变之间发生了较大表观遗传变异;片红和条红型芽变聚类未表现明显偏好性。本研究将为进一步开展富士着色系芽变机理研究提供指导,可以CG去甲基化为切入点展开深入研究。 展开更多
关键词 富士苹果 着色系芽变 DNA甲基化 甲基化敏感扩增多态性 表观遗传变异
DNA甲基化在胰腺癌早期诊断及治疗中的研究进展 预览 被引量:1
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作者 卢家俊 袁周 《世界华人消化杂志》 CAS 2019年第1期13-19,共7页
胰腺癌(pancreatic cancer,PC)是恶性程度最高的消化道系统肿瘤之一,多数患者就诊时已属中晚期从而失去根治性手术机会,导致5年生存率不到5%.PC患者外周血中循环肿瘤DNA浓度明显高于正常健康人群,并且携带有肿瘤特有的基因突变与甲基化... 胰腺癌(pancreatic cancer,PC)是恶性程度最高的消化道系统肿瘤之一,多数患者就诊时已属中晚期从而失去根治性手术机会,导致5年生存率不到5%.PC患者外周血中循环肿瘤DNA浓度明显高于正常健康人群,并且携带有肿瘤特有的基因突变与甲基化改变.DNA甲基化是表观遗传学的重要表现形式,也是肿瘤发生中的早期事件,早于基因突变并且可以出现在PC进展的各个阶段.因此,PC患者启动子区异常DNA甲基化的检测可能为肿瘤的早期诊断、预后评价以及复发监测提供了一种简便的、无创的有效方法.本文就近年来人们对于DNA甲基化在PC早期诊断中的研究进展及其对于PC治疗的潜在价值进行综述. 展开更多
关键词 DNA甲基化 CTDNA 胰腺癌 早期诊断 治疗
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G6PD缺陷对1,4-苯醌致K562细胞DNA甲基化的影响及其机制 预览
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作者 章梦莹 王博深 +3 位作者 张虹 浦跃朴 尹立红 张娟 《癌变.畸变.突变》 CAS 2019年第3期186-192,共7页
目的:研究G6PD缺陷对1,4-苯醌(1,4-BQ)致K562细胞DNA甲基化的影响及其机制。方法:分别采用10和20 μmol/L的1,4-BQ溶液对G6PD缺陷K562细胞和正常表达细胞进行染毒,以未染毒组为对照,各组均设置12、24、48 h共3个染毒时间,另在20 μmol/L... 目的:研究G6PD缺陷对1,4-苯醌(1,4-BQ)致K562细胞DNA甲基化的影响及其机制。方法:分别采用10和20 μmol/L的1,4-BQ溶液对G6PD缺陷K562细胞和正常表达细胞进行染毒,以未染毒组为对照,各组均设置12、24、48 h共3个染毒时间,另在20 μmol/L 1,4-BQ染毒组细胞中加入1.5 mmol/L谷胱甘肽(GSH)进行干预。采用比色法检测全基因组DNA甲基化相对水平,qPCR法检测甲基转移酶DNMT1、DNMT3a、DNMT3b mRNA表达水平,Western blot法检测DNMT1、DNMT3a蛋白表达水平。结果:10和20 μmol/L 1,4-BQ染毒后的K562细胞全基因组DNA甲基化水平升高(P<0.05),除20 μmol/L 1,4-BQ染毒48 h组外,其他各染毒组的G6PD缺陷K562细胞全基因组DNA甲基化水平均高于正常细胞(P<0.05)。在1,4-BQ染毒后,G6PD缺陷细胞的DNMT1、DNMT3a、DNMT3b mRNA水平以及DNMT1、DNMT3a蛋白表达水平均高于正常细胞(P<0.05)。加入GSH后,G6PD缺陷细胞和正常细胞的全基因组DNA甲基化相对水平、DNMTs mRNA 及蛋白表达水平的差异的无统计学意义(P 均>0.05)。结论:G6PD缺陷可能以抑制K562细胞GSH合成的方式增加氧化应激水平,最终导致细胞DNMTs生成的增多以及全基因组DNA甲基化程度的升高。 展开更多
关键词 1 4-苯醌 甲基化 DNA甲基转移酶 谷胱甘肽
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入侵植物黄顶菊不同器官和不同发育阶段DNA表观遗传多样性变化特征 预览
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作者 张思宇 全志星 +3 位作者 田佳源 杨殿林 刘红梅 王慧 《农业资源与环境学报》 CAS 北大核心 2019年第3期368-375,共8页
DNA甲基化是植物DNA普遍存在的一种表观遗传修饰方式,不仅在植物快速适应新环境中发挥重要的作用,还参与植物生长发育和器官分化特异性过程。本研究通过构建优化的甲基化敏感扩增多态性(MSAP)体系来分析入侵植物黄顶菊不同器官和同一器... DNA甲基化是植物DNA普遍存在的一种表观遗传修饰方式,不仅在植物快速适应新环境中发挥重要的作用,还参与植物生长发育和器官分化特异性过程。本研究通过构建优化的甲基化敏感扩增多态性(MSAP)体系来分析入侵植物黄顶菊不同器官和同一器官不同发育阶段的组织甲基化变异特征。结果表明:器官特异性MSAP体系利用筛选的13对引物共扩增536条条带,其中引物EhHM7对表观遗传多样性贡献率最大,多态性百分比为92.45%;发育阶段特异性MSAP体系利用筛选的14对引物共扩增407条条带,其中EcHM1对表观遗传多样性贡献率最大,多态性百分比为80.56%。甲基化类型变异结果显示,黄顶菊不同器官(根、茎和叶)间以及同一器官不同发育阶段(老叶和嫩叶)的组织间均表现出显著的甲基化水平差异性,半甲基化、全甲基化和整体甲基化三种甲基化变异类型中茎组织的甲基化发生率最高,分别达到30.28%、19.37%和49.66%,老叶组织的全甲基化和整体甲基化率显著高于嫩叶组织,分别达到33.29%和52.77%。主成分分析结果显示,黄顶菊叶片个体分布较根、茎的个体分布更为密集,且嫩叶较老叶密集,表明根个体间和茎个体间均存在较大的差异,这种个体差异大于黄顶菊叶片的个体间差异,且老叶的个体差异大于嫩叶,这种个体间差异在样品采集时不可忽视。所以,在利用表观遗传学方法进行黄顶菊入侵性的研究中,必须要制定科学的采样方案,把植物器官和生长发育阶段特异性作为一个重要因素考虑在内。 展开更多
关键词 黄顶菊 DNA甲基化 MSAP 表观遗传学
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