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长期紫外辐射下星用功能材料性能退化预示方法研究
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作者 田海 杨生胜 把得东 《真空》 CAS 2019年第2期19-21,共3页
紫外辐射是造成卫星外表面非金属材料性退化的主要因素之一,材料在空间使用前必须经过充分的紫外辐射效应评价。由于紫外辐照加速倍数较小(近紫外不允许超过5倍),通过地面试验实现材料在轨全周期紫外辐照暴露剂量,试验周期过长。本文介... 紫外辐射是造成卫星外表面非金属材料性退化的主要因素之一,材料在空间使用前必须经过充分的紫外辐射效应评价。由于紫外辐照加速倍数较小(近紫外不允许超过5倍),通过地面试验实现材料在轨全周期紫外辐照暴露剂量,试验周期过长。本文介绍了典型星用功能材料紫外辐照作用下的性能退化规律和退化机理,并在此基础上提出了紫外辐照下材料性能退化模型建模方法,为解决大剂量紫外辐射下星用功能材料性能退化评价提供了一种有效手段。 展开更多
关键词 紫外辐射 功能材料 模拟试验 退化规律 性能预示
盐地碱蓬AGO蛋白基因家族的分离及表达分析 预览
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作者 王闻 范士亮 +4 位作者 李晋 高伟 金玉休 郑明刚 郑立 《海洋科学进展》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期306-314,共9页
AGO蛋白(Argonature protein)作为RNA诱导沉默复合物的核心元件,在植物的非生物胁迫过程中发挥着重要作用。以前期获得的盐地碱蓬转录组数据为基础,开展了针对盐地碱蓬(Suaeda salsa)AGO蛋白的生物信息学及盐胁迫下的表达规律研究。采用... AGO蛋白(Argonature protein)作为RNA诱导沉默复合物的核心元件,在植物的非生物胁迫过程中发挥着重要作用。以前期获得的盐地碱蓬转录组数据为基础,开展了针对盐地碱蓬(Suaeda salsa)AGO蛋白的生物信息学及盐胁迫下的表达规律研究。采用RACE技术克隆2个AGO基因家族成员(SsAGO1、SsAGO16)的cDNA全长序列,并对其蛋白结构、进化关系、表达模式等进行分析。结果表明:盐地碱蓬2类AGO蛋白家族成员基因长度分别为3 212 bp和3 766 bp,编码的蛋白均是一个无跨膜结构域、无信号肽的亲水性蛋白,α-螺旋散布于每个蛋白质的整体结构中;SsAGO1和SsAGO16都含有一个未知的结构域DUF1785,除此之外,SsAGO1还含有PAZ和PIWI两个特征结构域,而SsAGO16仅含有PIWI结构域,SsAGO1和SsAGO16亲缘关系较远,且具有不同的时空表达模式。首次从盐地碱蓬鉴定了AGO蛋白基因并进行了盐胁迫下的表达规律分析,为研究AGO蛋白家族在盐生植物耐盐生理过程中的作用奠定了基础。 展开更多
关键词 盐地碱蓬 Argonaute蛋白 功能预测 表达模式
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中华鲟免疫分子CD22的克隆及生物信息学挖掘 预览
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作者 来璇 金钰婷 +1 位作者 金语嫣 廖志勇 《现代农业科技》 2019年第9期204-206,210共4页
为研究中华鲟免疫分子CD22的结构及其可能对应的功能,克隆中华鲟CD22cDNA(CsCD22),进行生物信息学分析,根据结构推测功能。结果表明,成功克隆中华鲟CD22cDNA序列,该序列全长1748bp,包含1个1170bp的开放阅读框,共编码389个氨基酸,包含3... 为研究中华鲟免疫分子CD22的结构及其可能对应的功能,克隆中华鲟CD22cDNA(CsCD22),进行生物信息学分析,根据结构推测功能。结果表明,成功克隆中华鲟CD22cDNA序列,该序列全长1748bp,包含1个1170bp的开放阅读框,共编码389个氨基酸,包含3个Ig超家族结构域和3个潜在的N-糖基化位点。综上所述,中华鲟CD22分子具有高度保守的结构特征,推测其具有与其他动物CD22分子相似的免疫学功能。 展开更多
关键词 中华鲟 CD22 序列分析 功能预测
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梅毒患者外周血单个核细胞miR-1204的表达及其功能预测分析
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作者 杨结仪 黄涛 +4 位作者 陈文韬 赵云虎 廖仪文 郑碧英 郑和平 《中国皮肤性病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期431-436,共6页
目的探讨梅毒患者外周血单个核细胞miR-1204的表达及其潜在功能,为进一步研究miR-1204在梅毒螺旋体感染中生物学功能以及作用机制奠定基础。方法收集梅毒患者外周血83例、健康人12例,密度梯度离心法分离PBMCs,采用RT-qPCR检测miR-1204;... 目的探讨梅毒患者外周血单个核细胞miR-1204的表达及其潜在功能,为进一步研究miR-1204在梅毒螺旋体感染中生物学功能以及作用机制奠定基础。方法收集梅毒患者外周血83例、健康人12例,密度梯度离心法分离PBMCs,采用RT-qPCR检测miR-1204;采用Target Scan7.1和DIANA对miR-1204靶基因进行预测并取交集的基因集合,最后通过Consensus PathDB对基因集合进行GO功能及KEGG信号转导通路富集分析。结果一期梅毒患者PBMCs中miR-1204表达水平显著上调,高于二期梅毒患者(P<0.05)、血清治愈患者(P<0.05),差异具有统计学意义。miR-1204在现症梅毒组中表达水平高于血清学治愈组(P<0.05),差异具有统计学意义;GO功能富集分析显示miR-1204靶基因主要参与调节细胞发育、细胞分化、血管通透性、趋化性、抗原刺激的炎症反应等生物学过程。信号转导通路富集分析显示miR-1204 Top10信号转导通路为间隙连接、趋化因子信号通路、ErbB信号通路、GnRH信号通路、非洲锥虫病、松弛素信号通路、NK细胞介导的细胞毒作用、乙型肝炎、磷脂酶D信号通路、致病性大肠杆菌感染。结论miR-1204可能成为一期梅毒/评估梅毒治疗效果潜在的分子标志物,参与早期梅毒感染的发生。 展开更多
关键词 miR-1204 梅毒 外周血单个核细胞 功能预测
葡萄基因组无内含子基因生物信息学及其表达分析 预览
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作者 李傲 崔梦杰 +4 位作者 刘众杰 陈立德 贾海峰 上官凌飞 房经贵 《南京农业大学学报》 CSCD 北大核心 2018年第4期655-661,共7页
[目的]本文旨在研究葡萄(Vitis vinifera)无内含子基因的结构特征、功能以及表达特点。[方法]对葡萄19条染色体上4 906个(占整个基因组的13.8%)无内含子基因情况进行分析,并研究了无内含子基因的亚细胞结构、GO功能类型以及基因在不同... [目的]本文旨在研究葡萄(Vitis vinifera)无内含子基因的结构特征、功能以及表达特点。[方法]对葡萄19条染色体上4 906个(占整个基因组的13.8%)无内含子基因情况进行分析,并研究了无内含子基因的亚细胞结构、GO功能类型以及基因在不同组织的表达情况。[结果]葡萄无内含子基因数与每条染色体长度和染色体的基因总数存在正相关关系,每条染色体上无内含子基因占染色体上基因总数的1.2%~1.5%,同时无内含子基因在同一条染色体上的分布是不均匀的,更偏向富集于染色体的两端。葡萄无内含子基因的平均长度为997 bp,比总基因的平均长度短,是总基因长度的1/5。葡萄无内含子基因的亚细胞定位表明,基因产物分布在叶绿体上的数最多,线粒体上几乎没有。基因功能预测结果表明,葡萄无内含子基因主要为生长因子、转录调控、电压门控离子通道以及结构蛋白4种,其中更多参与生长调节。葡萄无内含子基因在不同组织中的表达水平低于有内含子的基因。[结论]葡萄无内含子基因与有内含子基因相比长度较短,表达水平较低。 展开更多
关键词 葡萄 无内含子基因 生物信息学 亚细胞定位预测 功能预测 基因表达
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葡萄SAUR基因家族鉴定与生物信息学分析 被引量:2
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作者 李傲 崔梦杰 +3 位作者 陈珂 许瀛之 贾海峰 房经贵 《植物遗传资源学报》 CSCD 北大核心 2018年第2期326-337,共12页
为了研究葡萄早期应答生长素基因SAUR(Small auxin-up RNA)家族,本研究利用全基因组信息鉴定了葡萄64个SAUR家族成员,并对SAUR家族成员的基因结构、氨基酸特性、染色体定位、基因进化、基因功能以及组织表达进行分析。结果表明,葡... 为了研究葡萄早期应答生长素基因SAUR(Small auxin-up RNA)家族,本研究利用全基因组信息鉴定了葡萄64个SAUR家族成员,并对SAUR家族成员的基因结构、氨基酸特性、染色体定位、基因进化、基因功能以及组织表达进行分析。结果表明,葡萄全基因组上64个SAUR家族成员在19条染色体中的8条染色体上呈现簇状分布,主要分布在3、4号染色体上,其中3号染色体上数量最多为37个;葡萄SAUR家族基因长度较短,有59个基因是无内含子基因;蛋白理化特征分析显示。多数SAUR蛋白呈碱性,结构稳定性较差,蛋白脂溶指数高,呈亲水性;基因功能预测结果表明,葡萄SAUR基因主要担"-3生长因子、结构蛋白、转录、转录调控以及响应胁迫应答和免疫应答6种功能,其中更多参与生长调节功能:根据系统进化分析将其分为10个分支,另外不同组织表达谱的分析结果表明SAUR基因家族成员具有不同的组织表达模式,对于非生物胁迫具有一定的调节作用。这些信息为葡萄SAUR基因家族功能分析奠定了一定的工作基础。 展开更多
关键词 葡萄 SAUR基因家族 系统进化 功能预测 基因表达 定量PCR
功能成像技术对局部晚期直肠癌新辅助治疗预测与评估价值
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作者 姜厚军 朱雅群 《中华放射肿瘤学杂志》 CSCD 北大核心 2018年第10期945-948,共4页
对于局部晚期直肠癌,新辅助放化疗后行手术切除,再行术后辅助化疗,已发展为标准治疗模式。新辅助治疗可使肿瘤病灶发生不同程度的退缩,部分患者术后病理证实达到完全缓解,有助于增加直肠癌患者根治性手术概率,并降低复发率,改善... 对于局部晚期直肠癌,新辅助放化疗后行手术切除,再行术后辅助化疗,已发展为标准治疗模式。新辅助治疗可使肿瘤病灶发生不同程度的退缩,部分患者术后病理证实达到完全缓解,有助于增加直肠癌患者根治性手术概率,并降低复发率,改善患者的远期预后。近年来,新辅助治疗疗效的预测和评估。成为临床医生关注的焦点。在影像学方面,常规的形态成像技术,不能够准确反映新辅助放化疗后肿瘤治疗效果,而DWI-MRI、DCE-MRI、PET-CT等功能成像技术不仅能够反映肿瘤退缩程度。还可以反映治疗前后肿瘤功能代谢方面的变化,因而更为准确。现对直肠癌新辅助放化疗影像学疗效评价方法的应用现状进行综述。 展开更多
关键词 直肠肿瘤/新辅助放化疗法 功能成像 预测与评估
丹参Pht1基因家族的挖掘、鉴定及其特征性分析
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作者 穆帝秀 孙莹 +2 位作者 王清蓉 陈新 严铸云 《中草药》 CSCD 北大核心 2018年第1期194-202,共9页
目的对丹参Salvia miltiorrhiza基因组中存在的Pht1基因家族成员进行挖掘、鉴定和功能预测分析,为进一步研究和利用Pht1这一功能基因家族奠定基础。方法基于丹参基因组数据库及NCBI数据库,借助生物信息学方法,首先筛选获得丹参Pht1家族... 目的对丹参Salvia miltiorrhiza基因组中存在的Pht1基因家族成员进行挖掘、鉴定和功能预测分析,为进一步研究和利用Pht1这一功能基因家族奠定基础。方法基于丹参基因组数据库及NCBI数据库,借助生物信息学方法,首先筛选获得丹参Pht1家族候选基因的序列,进而对其进行多重序列比对、保守结构查找及系统进化树构建,最后完成其特征性分析和生物学功能预测。结果从丹参基因组中共挖掘出了12个新的Pht1候选基因,加上已报道的Smpht1,共13个Pht1成员,其同源性高达74.34%,并对9个成员提供了比较可靠的功能注释。该家族基因中,Smpht1&Sm1、Sm4&Sm6、Sm5&Sm11这3对成员可能属于彼此协同进化的同功能基因;Smpht1、Sm1、Sm3、Sm5、Sm7及Sm11这6个成员在丹参根部表达,除了受缺磷特异性诱导表达的Sm7和不受磷素供缺因素所影响的Sm3以外,其余4个均有可能属于缺磷诱导增强表达型基因,进而对丹参磷素吸收起着重要作用;另外,Sm7与Sm16还有可能在丹参花器官中表达而参与植株花期磷素平衡的调节;Sm14则很有可能是一个菌根诱导特异性表达的磷转运基因。结论首次系统地从丹参基因组中挖掘筛选出Pht1基因家族,并发现了具有特征性生物学功能的成员,这将为进一步阐明Pht1在丹参生长发育和药效成分代谢中所起作用的相关研究提供背景支持和思路参考。 展开更多
关键词 丹参 Pht1基因家族 特征分析 功能预测 诱导表达
龙眼漆酶家族成员全基因组结构与功能分析 被引量:1
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作者 徐小萍 陈晓慧 +4 位作者 吕科良 陈旭 陈裕坤 林玉玲 赖钟雄 《应用与环境生物学报》 CSCD 北大核心 2018年第4期833-844,共12页
为了解龙眼漆酶(DlLAC)家族的生物学功能,采用生物信息学分析方法进行龙眼基因组LAC基因成员鉴定,蛋白结构域及特性、启动子顺式作用元件、分子进化树分析、体胚发生过程和组织器官特异表达的FPKM分析以及可能互作的mi RNA预测.结果... 为了解龙眼漆酶(DlLAC)家族的生物学功能,采用生物信息学分析方法进行龙眼基因组LAC基因成员鉴定,蛋白结构域及特性、启动子顺式作用元件、分子进化树分析、体胚发生过程和组织器官特异表达的FPKM分析以及可能互作的mi RNA预测.结果显示:DlLAC家族基因包含42个基因成员,分为7大类;基因家族成员内含子数量1-8个不等,以5个为主,其中DlLAC15-1中存在600 bp短串联重复序列;DlLAC蛋白结构域共存在5种类型,均属于铜蓝蛋白,以3个铜蓝氧化酶结构域为主;DlLAC蛋白均为分泌型蛋白,亚细胞定位预测在胞外,包含2个以上糖基化位点,具有多个保守的motif;5端调控序列预测分析,DlLAC可能具有多个转录起始位点;DlLACp启动子序列均包含大量非生物胁迫应激响应元件、胚乳特异表达元件及MYB结合位点,推测MYB可能通过DlLAC进而调控龙眼胚胎发育.DlLAC9-1p、DlLAC12p、DlLAC17-2p含黄酮类化合物合成调控的MYB结合位点,可能参与龙眼生长发育过程中种子成熟和果皮成色的色素合成途径;DlLAC家族成员可能参与不同体胚发育过程和不同组织器官形态建成.42个龙眼漆酶成员共有28个受miRNA调控,13个成员受miR397调控,可能与木质素合成相关,8个成员受miR1535调控.非miR397调控的成员可能发挥其他重要的生物学功能.本研究表明,DlLAC家族成员在龙眼生长发育过程中除了参与木质素合成以外,还可能参与胚胎发育、胚乳发育、色素合成、组织器官特异表达等重要生物学功能,表现其功能上的多样性. 展开更多
关键词 龙眼 漆酶家族 成员鉴定 功能分析 miRNA预测
鸡碳酸酐酶4的生物信息学分析 预览
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作者 郭玉琦 刘辰晖 +2 位作者 刘桂琼 姜勋平 刘耘 《河南农业科学》 CSCD 北大核心 2018年第5期129-134,共6页
为进一步研究和探索碳酸酐酶4(CAⅣ)的结构和功能,采用生物信息学软件预测并分析鸡CAⅣ的理化性质、结构特征和功能域。结果表明,鸡CAⅣ由316个氨基酸构成,是亲水性较强的膜结合蛋白,二级结构上α螺旋和β折叠较多,且抗原表位丰富,存在... 为进一步研究和探索碳酸酐酶4(CAⅣ)的结构和功能,采用生物信息学软件预测并分析鸡CAⅣ的理化性质、结构特征和功能域。结果表明,鸡CAⅣ由316个氨基酸构成,是亲水性较强的膜结合蛋白,二级结构上α螺旋和β折叠较多,且抗原表位丰富,存在信号肽,有可能是细胞膜成分之一。CAⅣ蛋白有多个丝氨酸和苏氨酸磷酸化位点及3个酪氨酸磷酸化位点,并且第165位的天冬酰胺可能为糖基化位点。进化分析发现,鸡CAⅣ与火鸡的氨基酸序列相似性最高,其后依次是珍珠鸡、鹌鹑、大雁和绿头鸭,这些物种在进化的过程中关系密切,也说明鸡CAⅣ在生物进化过程中的序列保守性较强。 展开更多
关键词 碳酸酐酶4 蛋白质结构 功能预测 生物信息学
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菲牛蛭肠道细菌的群落结构及功能 预览
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作者 刘宇 张秀秀 +2 位作者 管德龙 王晓雯 许升全 《陕西师范大学学报:自然科学版》 CSCD 北大核心 2018年第4期71-77,共7页
为了揭示肠道细菌对菲牛蛭(Hirudinaria manillensis)消化、代谢等生理活动的影响,采用二代测序技术测定了三个菲牛蛭个体肠道细菌的群落结构并推断了其功能。结果共鉴定出细菌7门,16纲,24目,29科,36属,40个操作分类单元(opera... 为了揭示肠道细菌对菲牛蛭(Hirudinaria manillensis)消化、代谢等生理活动的影响,采用二代测序技术测定了三个菲牛蛭个体肠道细菌的群落结构并推断了其功能。结果共鉴定出细菌7门,16纲,24目,29科,36属,40个操作分类单元(operation taxonomic units,0Tus);其中优势属分别为色杆菌属(Chrornobacterium)、甲基菌属(Methylovorus)和Jonquetella。采用PICRUSt软件对菲牛蛭肠道细菌进行功能预测,结果显示其主要功能依次是膜转运、碳水化合物代谢、氨基酸代谢、细胞迁移、能量代谢、基因复制和修复、辅酶因子和维生素代谢、外源物质降解、细胞进程和信号转导等。 展开更多
关键词 菲牛蛭 肠道细菌 功能预测 二代测序技术
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基于功能网络信息传播预测疾病-miRNAs的关联 预览
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作者 李建华 雒士源 +1 位作者 张建营 康雁 《东北大学学报:自然科学版》 CSCD 北大核心 2018年第3期325-328,344共5页
为了快速发现与疾病关联的miRNA,基于功能网络信息传播,提出PMBP算法用于改进随机游走法,使用留一交叉验证评估了算法性能,最后进行案例分析.实验结果表明:对于尚未发现关联miRNA的疾病,随机游走法是失效的,而PMBP以疾病相似性作为先验... 为了快速发现与疾病关联的miRNA,基于功能网络信息传播,提出PMBP算法用于改进随机游走法,使用留一交叉验证评估了算法性能,最后进行案例分析.实验结果表明:对于尚未发现关联miRNA的疾病,随机游走法是失效的,而PMBP以疾病相似性作为先验信息,能够有效预测;对于已经关联miRNA的疾病,PMBP提高了预测性能,AUC值为0.866.对乳腺癌进行案例分析,预测的前50个miRNAs都被证实与乳腺癌相关,体现了PMBP算法的有效性. 展开更多
关键词 功能网络 疾病网络 网络传播 随机游走 miRNA预测
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顶复门原虫酰基CoA结合蛋白中的生物信息学分析及功能预测 预览
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作者 周冰心 傅勇 +1 位作者 刘群 刘晶 《中国兽医杂志》 北大核心 2018年第10期11-15,129共6页
酰基CoA结合蛋白(Acyl coenzyme A-binding protein,ACBP)作为胞内酰基CoA的转运蛋白,可以高特异性、高亲和力地结合、储存并转运脂酰CoA,参与真核生物脂类合成代谢。本文从NCBI数据库中搜索到多种尚未见报道的顶复门原虫ACBP,应用生物... 酰基CoA结合蛋白(Acyl coenzyme A-binding protein,ACBP)作为胞内酰基CoA的转运蛋白,可以高特异性、高亲和力地结合、储存并转运脂酰CoA,参与真核生物脂类合成代谢。本文从NCBI数据库中搜索到多种尚未见报道的顶复门原虫ACBP,应用生物信息学方法对其理化性质、蛋白同源性、系统进化情况、蛋白结构与功能进行分析与预测,为ACBP在虫体脂肪酸代谢的功能研究提供理论依据。 展开更多
关键词 酰基CoA结合蛋白 脂肪酸代谢 生物信息学分析 功能预测
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生物冶金过程中的关键微生物及其碳循环代谢途径研究 被引量:1
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作者 谷亚冰 刘征华 +2 位作者 孟德龙 邹源 尹华群 《微生物学报》 CSCD 北大核心 2018年第4期672-683,共12页
【目的】深入研究极端酸性环境中微生物的碳循环过程。【方法】应用16SrRNA高通量测序和功能基因芯片技术对德兴铜矿中浸矿堆(LH)和积液池(Ls)两个子系统中的微生物群落结构组成和功能基因组成进行分析;并运用PICRUSt功能基因预测... 【目的】深入研究极端酸性环境中微生物的碳循环过程。【方法】应用16SrRNA高通量测序和功能基因芯片技术对德兴铜矿中浸矿堆(LH)和积液池(Ls)两个子系统中的微生物群落结构组成和功能基因组成进行分析;并运用PICRUSt功能基因预测的方法对群落功能进行预测。【结果】功能基因芯片和功能预测分析都表明碳循环基因在子系统问存在显著差异(P〈0.05),且碳固定相关的卡尔文循环、还原性三羧酸循环等基因以及碳降解相关的己聚糖和纤维素等基因在LS系统中都要明显高于LH系统。碳循环功能基因在子系统之问的差异与环境条件相关,其中TON、Ca、ES、Fe3+和P作用显著。【结论】在极端酸性环境中,环境条件的差异会对微生物群落碳循环功能基因产生筛选作用,参与碳循环的微生物的种类和相对丰度都发生变化,最终改变了群落碳循环模式。 展开更多
关键词 生物冶金 极端环境 碳循环 功能基因芯片 功能基因预测
华支睾吸虫副肌球蛋白功能区基因的序列分析及B细胞抗原表位预测
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作者 邱阳元 马晓晓 +2 位作者 常巧呈 张艳 王春仁 《黑龙江畜牧兽医》 北大核心 2018年第21期117-119,262,263共5页
为了阐明华支睾吸虫副肌球蛋白(paramyosin,Pmy)的生物学特性,试验对其功能区的C段(PmyC)基因进行克隆、序列分析及B细胞抗原表位预测,采用TRIzol法提取华支睾吸虫成虫的总RNA,将其反转录成cDNA,再利用PCR方法对PmyC基因进行扩增,... 为了阐明华支睾吸虫副肌球蛋白(paramyosin,Pmy)的生物学特性,试验对其功能区的C段(PmyC)基因进行克隆、序列分析及B细胞抗原表位预测,采用TRIzol法提取华支睾吸虫成虫的总RNA,将其反转录成cDNA,再利用PCR方法对PmyC基因进行扩增,将其连接到pMD 18-T载体上进行克隆、测序,并利用DNAStar软件进行序列分析,同时利用生物学软件DNAStar 5. 0对B细胞抗原表位进行预测。结果表明:该虫体PmyC序列长度为903 bp,A+T含量为52. 6%,与NCBI上的华支睾吸虫囊虫幼、麝后睾吸虫、卫氏并殖吸虫和日本血吸虫核苷酸序列的同源性分别为99. 4%、94. 0%、75. 0%和71. 1%。蛋白二级结构预测显示,PmyC蛋白主要由8个α-螺旋、2个β-折叠和3个β-转角构成。B细胞抗原表位预测显示,在该蛋白中有2个B细胞抗原表位。说明华支睾吸虫副肌球蛋白(CsPmy)具有成为抗原分子的潜能。 展开更多
关键词 华支睾吸虫 副肌球蛋白 功能基因 序列分析 二级结构 表位预测
Theoretical design of multifunctional half-Heusler materials based on first-principles calculations
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作者 张秀文 《中国物理B:英文版》 SCIE EI CAS CSCD 2018年第12期1-8,共8页
The family of ABX half-Heusler materials,also called filled-tetrahedral structures,is a special class of ternary compounds hosting a variety of material functionalities including thermoelectricity,topological insulati... The family of ABX half-Heusler materials,also called filled-tetrahedral structures,is a special class of ternary compounds hosting a variety of material functionalities including thermoelectricity,topological insulation,magnetism,transparent conductivity and superconductivity.This class of compounds can be derived from two substitution approaches,i.e., from Heusler materials by removing a portion of atoms forming ordered vacancies thus becoming half-Heusler,or from tetrahedral zinc blende compounds by adding atoms on the interstitial sites thus become filled-tetrahedral structures.In this paper,we briefly review the substitution approaches for material design along with their application in the design of half-Heusler compounds;then we will review the high-throughput search of new half-Heusler filled-tetrahedral structures and the study of their physical properties and functionalities. 展开更多
关键词 density functional theory HIGH-THROUGHPUT MATERIALS prediction half-Heusler TRANSPARENT conductor
陆地棉植物络合素合酶基因的鉴定与功能预测 预览
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作者 梅磊 李玲 +2 位作者 肖钦之 陈进红 祝水金 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2018年第3期215-223,共9页
【目的】重金属胁迫对植物的生长发育有不良影响,植物络合素合酶(Phytochelatinsynthase,PCS)在植物主动防御金属毒害过程中起关键作用。本文旨在对陆地棉PCS基因的数量、结构、分布和特性进行研究。【方法】根据棉属陆地棉(Gossyp... 【目的】重金属胁迫对植物的生长发育有不良影响,植物络合素合酶(Phytochelatinsynthase,PCS)在植物主动防御金属毒害过程中起关键作用。本文旨在对陆地棉PCS基因的数量、结构、分布和特性进行研究。【方法】根据棉属陆地棉(Gossypiumhirsutum,(AD)。),以及,业体种雷浆惩氏棉(G-raimondii,D,)和亚洲棉(G.ar-boreum,A:)全基因组序列信息,结合双子叶模式植物拟南芥PCS蛋白特征域结构,对陆地棉PCS基因泵族成员进行全基因组鉴定,并对其进行蛋白特征鉴定、同源类别分析、基因结构预测、酶作用位点比对以及半胱氡酸(Cys,Cysteine)分布分析。[结果]陆地棉中鉴定出4个PCS基因,而在其,业体种雷浆惩氏棉和亚洲棉备鉴定出2个PCS基因。3个棉属8个PCS蛋白泵族成员均合有2个特有的结构域,与催化中心相关的氡基酸位点完全保守。PCS蛋白泵族在进化上分属2个不同亚组,亚组I与亚组II在亲缘关系上分别更接近双子叶植物和线虫,2个亚组内PCS泵族在基因结构、Cys分布上存在差异,其中亚组I较亚组Ⅱ整体内合子更长,N端Cys总数和成对Cys数量更多。雷浆惩氏棉中的2个旁系同源基因外显子完整性不及亚洲棉和陆地棉。【结论】相较干亚组II,亚组I的棉花PCS蛋白可能具有更强的植物络合酶活性,且陆地棉及其,业体种亚洲棉对重金属的耐性强干雷浆惩氏棉。本研究进进一专研究棉花PCS的功能,以及棉花耐重金属胁迫品种改良提,业理论依据。 展开更多
关键词 棉花 植物络合素合酶 比较基因组学 功能预测
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山羊BMP15基因生物信息学分析 预览
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作者 胡姗 方乾 +2 位作者 李浩 朱海鲸 胡建宏 《家畜生态学报》 北大核心 2018年第8期13-19,共7页
为探究骨形态发生蛋白15(Bone morphogenetic protein 15,BMP15)的生物学特性,本试验运用BioXM、DNAMAN、SignalP、ProtScale、PredicProtein、prosite、Smart和ProtFun等生物信息学软件分析山羊BMP15基因cDNA序列信息,预测其编码的蛋... 为探究骨形态发生蛋白15(Bone morphogenetic protein 15,BMP15)的生物学特性,本试验运用BioXM、DNAMAN、SignalP、ProtScale、PredicProtein、prosite、Smart和ProtFun等生物信息学软件分析山羊BMP15基因cDNA序列信息,预测其编码的蛋白的理化性质、二级结构、疏水性、信号肽、功能结构域和功能等。结果表明,山羊BMP15基因编码区长1185 bp,编码394个氨基酸,其基因序列及蛋白序列与绵羊、牛的同源性分别为99%和98%,亲缘关系近。BMP15蛋白序列在25和26位氨基酸之间存在最佳剪切位点,存在信号肽,属于分泌性蛋白,具有信号转导功能。BMP15具有细胞外被膜功能的可能性最大,达到12.822,推测其合成后可能被转运到细胞外膜上进行功能反应。BMP15蛋白序列有TGFβ功能结构域,位于293~394氨基酸区域,且作为激素在生理活动中传递信息的可能性最大。总的来说,山羊BMP15属于分泌性蛋白,可能作为激素进行信号传递来调控机体生理活动,这为进一步研究对BMP15蛋白的功能调节机制奠定理论基础。 展开更多
关键词 山羊 骨形态发生蛋白15 功能预测 生物信息学
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小麦新型Avenin—like type b基因克隆、功能预测及品质相关分析 预览
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作者 赵丹阳 王卫东 +1 位作者 张嘉程 马翎健 《麦类作物学报》 CSCD 北大核心 2017年第10期1265-1275,共11页
为进一步明确Avenin-like type b基因的功能特性,以小麦品种西农188为材料,通过设计简并引物克隆小麦Avenin-like type b基因,对克隆得到的序列进行同源性比对,分析编码蛋白的理化性质、结构特点,结合系统发育树、亚细胞定位预测... 为进一步明确Avenin-like type b基因的功能特性,以小麦品种西农188为材料,通过设计简并引物克隆小麦Avenin-like type b基因,对克隆得到的序列进行同源性比对,分析编码蛋白的理化性质、结构特点,结合系统发育树、亚细胞定位预测及结构域分析探讨其可能具有的功能特性,同时对该基因进行体外原核表达及品质功能相关分析。结果表明,从西农188克隆得到4条序列,Genbank登录号为KY794919-KY794922,其中KY794922在信号肽区段碱基缺失导致移码突变。KY794919-KY794921序列与Avenin-like type b家族中大麦、柱穗山羊草、二穗短柄草及节节麦的同源性较高。蛋白序列分析表明,Avenin-like type b编码氨基酸序列具有较高的保守性,其Cys的数目及位置也较为保守,具有两个典型的AAI结构域,推测其可能为一类具有α-淀粉酶抑制剂活性的蛋白。亚细胞定位显示,该类蛋白可能在合成加工后通过运输小泡转运至细胞外行使功能。SDS-PAGE分析表明,KY794919-KY794921体外原核表达成功。通过纯化表达产物及掺粉试验表明,KY794919-KY794921编码蛋白对小麦面粉品质均具有显著正向效应,但仅有KY794919可显著提高面粉吸水量进而延长面筋扩展时间,说明其可能在品质功能研究资源中更具有优越性。 展开更多
关键词 Avenin—like TYPE b 克隆 功能预测 原核表达
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烟草基因组中AGO蛋白的生物信息学分析 预览 被引量:2
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作者 蔡健宇 武晓云 +1 位作者 郭玉双 李翔宇 《江西农业学报》 CAS 2017年第2期1-8,共8页
对在NCBI上登录的烟草AGO蛋白(argonaute proteins)的信息进行了整理,并对其组成成分、系统发育树、信号肽、跨膜结构域、细胞定位、亲水性/疏水性、蛋白质的二/三级结构等进行了预测和分析。结果表明:在烟草基因组中共有22个AGO蛋白... 对在NCBI上登录的烟草AGO蛋白(argonaute proteins)的信息进行了整理,并对其组成成分、系统发育树、信号肽、跨膜结构域、细胞定位、亲水性/疏水性、蛋白质的二/三级结构等进行了预测和分析。结果表明:在烟草基因组中共有22个AGO蛋白,可分为8类;烟草的AGO蛋白与拟南芥的AGO一样在进化上分为3个分支,其编码的蛋白是一个无跨膜结构域、无信号肽/导肽的亲水性蛋白,α-螺旋散布于整个蛋白质中,具有PAZ和PIWI两个特征结构域。此外,烟草的AGO2/4/7/16/PNH1定位在细胞核中,AGO10定位在细胞质中,AGO5定位在线粒体中。 展开更多
关键词 生物信息学 烟草 Argonaute(AGO) 分子结构 功能预测
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