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基于高分辨率熔解度曲线技术的金银花真伪鉴别方法研究 认领
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作者 肖世昌 赵仲麟 +9 位作者 张富丽 兰璞 陈泽一 王雨 徐石勇 赵清寰 宋君 刘征辉 王永 兰青阔 《天津农业科学》 CAS 2020年第10期11-15,共5页
金银花为常用大宗中药材,具有清热解毒功效,有些不法商家将价格便宜近十倍的山银花当金银花销售和使用,严重危害市场。为鉴别中药材金银花真伪,本研究基于高分辨率熔解曲线技术(High Resolution Melting,HRM),建立了金银花真伪分子鉴定... 金银花为常用大宗中药材,具有清热解毒功效,有些不法商家将价格便宜近十倍的山银花当金银花销售和使用,严重危害市场。为鉴别中药材金银花真伪,本研究基于高分辨率熔解曲线技术(High Resolution Melting,HRM),建立了金银花真伪分子鉴定方法。提取样品总DNA,对金银花及其伪品山银花的叶绿体基因组标志性核酸位点进行PCR扩增及HRM分析,并与标准样品的曲线作对比,判断供试金银花真伪。标志性核酸位点分型包括G/G、A/A两种,其中G/G型为金银花真品,A/A型为金银花伪品。本研究建立的基于HRM技术的金银花真伪鉴别方法具有快速、高通量的优点,为中草药监管和应用提供技术支撑。 展开更多
关键词 金银花 真伪鉴别 高分辨率熔解度曲线技术
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应用高分辨率熔解曲线方法鉴定三带喙库蚊(双翅目:蚊科) 认领
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作者 滕新栋 程晓兰 +1 位作者 陈晓光 贺骥 《寄生虫与医学昆虫学报》 CAS 2020年第1期37-40,共4页
本研究旨在建立高分辨率熔解曲线准确、快速、特异鉴定三带喙库蚊Culex tritaeniorhynchus的方法。设计三带喙库蚊线粒体基因组COⅢ基因的特异性引物,在普通PCR基础上,进行高分辨率熔解曲线及其重复性分析。结果显示,普通PCR扩增出262 b... 本研究旨在建立高分辨率熔解曲线准确、快速、特异鉴定三带喙库蚊Culex tritaeniorhynchus的方法。设计三带喙库蚊线粒体基因组COⅢ基因的特异性引物,在普通PCR基础上,进行高分辨率熔解曲线及其重复性分析。结果显示,普通PCR扩增出262 bp的COⅢ基因片段,经基因测序和序列分析,与形态学鉴定结果一致;三带喙库蚊有明显的高分辨率熔解曲线,对照蚊种和阴性对照均无熔解曲线;COⅢ基因熔解曲线走势差异较小,具良好的重复性。结果表明,基于COⅢ基因的高分辨率熔解曲线能准确、快速、特异的鉴定三带喙库蚊,可作为三带喙库蚊相关标本特异性鉴定的手段。 展开更多
关键词 三带喙库蚊 COⅢ 高分辨率熔解曲线
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RT-PCR结合高分辨率熔解曲线对两种致病菌的快速检测 认领
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作者 姚艳玲 《食品研究与开发》 CAS 北大核心 2020年第4期205-210,共6页
为建立食品中金黄色葡萄球菌、单核增生李斯特氏菌的双重快速检测方法。用缓冲蛋白胨水(buffered peptone water,BPW)对两种目标菌进行增菌培养,采用直接提取法提取样本DNA,比较实时聚合酶链式反应体系(real-time polymerase chain reac... 为建立食品中金黄色葡萄球菌、单核增生李斯特氏菌的双重快速检测方法。用缓冲蛋白胨水(buffered peptone water,BPW)对两种目标菌进行增菌培养,采用直接提取法提取样本DNA,比较实时聚合酶链式反应体系(real-time polymerase chain reaction,RT-PCR)中的退火温度,调整高分辨率熔解曲线(high-resolution melting curve,HRM)分析条件,建立同时检测金黄色葡萄球菌、单核增生李斯特氏菌的方法。结果表明,PCR扩增最佳退火温度为58℃,两种目标菌的Tm值分别为金黄色葡萄球菌77.05℃,单核增生李斯特氏菌79.39℃;试验灵敏度分别可以达到102、103 CFU/g。 展开更多
关键词 实时聚合酶链式反应(RT-PCR) 高分辨率熔解曲线 金黄色葡萄球菌 单核增生李斯特氏菌 双重反应
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高分辨熔解曲线分析CYP3A5基因多态性方法学的建立 认领
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作者 钟巧玲 范雪娇 +1 位作者 何文茵 李磊 《检验医学与临床》 CAS 2020年第3期309-311,共3页
目的通过建立一种较为简单灵敏的高分辨熔解曲线(HRM)方法,对CYP3A5单核苷酸多态性(SNP)位点进行测定,从而确定CYP3A5基因型,用于指导临床他克莫司的用药剂量。方法根据CYP3A5SNP位点基因组序列设计引物,利用HRM方法检测已知基因型标本... 目的通过建立一种较为简单灵敏的高分辨熔解曲线(HRM)方法,对CYP3A5单核苷酸多态性(SNP)位点进行测定,从而确定CYP3A5基因型,用于指导临床他克莫司的用药剂量。方法根据CYP3A5SNP位点基因组序列设计引物,利用HRM方法检测已知基因型标本,选取最佳引物,并通过同测序结果比对的方式确定该方法检测CYP3A5基因型的正确度、重复性以及灵敏度。结果利用该方法可以直接判断CYP3A5基因型,其检测结果与一代测序结果完全一致,重复性好、灵敏度高。结论 HRM方法可以用于CYP3A5基因型检测,为他克莫司的个体化用药提供可靠的评估依据。 展开更多
关键词 高分辨熔解曲线 CYP3A5 基因多态性
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基于高分辨率溶解曲线分析鉴别食品中的3种李斯特氏菌 认领 被引量:1
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作者 岳苑 周梦诗 +5 位作者 徐娟 李睿 何利华 赵飞 张建中 龚杰 《现代食品科技》 EI CAS 北大核心 2020年第6期285-290,171,共7页
本研究利用高分辨率熔解曲线的方法,以iap基因为靶标新设计一对引物同时鉴别单增李斯特氏菌、伊氏李斯特氏菌和英诺克李斯特氏菌,其余14种常见食源性病原微生物扩增为阴性结果,单增李斯特氏菌和伊氏李斯特氏菌的检出限为10个拷贝,英诺... 本研究利用高分辨率熔解曲线的方法,以iap基因为靶标新设计一对引物同时鉴别单增李斯特氏菌、伊氏李斯特氏菌和英诺克李斯特氏菌,其余14种常见食源性病原微生物扩增为阴性结果,单增李斯特氏菌和伊氏李斯特氏菌的检出限为10个拷贝,英诺克李斯特氏菌的检测限为50个拷贝。本研究对78份样品进行HRM-realtimePCR法、GB4789.30-2016和SN/T1870-2016(荧光PCR法)的检测,并对3种方法的检测结果进行统计学分析。结果显示:HRM法和国标方法、HRM法和荧光PCR法的检测结果之间存在统计学差异,国标方法和荧光PCR法检测结果之间无统计学差异。本研究建立的基于HRM-real time PCR法检测3种李斯特氏菌的方法快速高效、特异性好、成本低,适用于食品中李斯特氏菌的日常检测和监管。 展开更多
关键词 高分辨率熔解曲线 单核细胞增生李斯特氏菌 伊氏李斯特氏菌 英诺克李斯特氏菌 食品
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基于高分辨率熔解曲线的银杏SNP分型方法构建 认领 被引量:2
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作者 吴雅琼 辛月 +3 位作者 王建文 祁铭 荣浩 徐立安 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第15期5066-5073,共8页
本研究旨在探究利用高分辨率熔解曲线(HRM)进行银杏SNP分型的最优体系。试验结果表明:使用Forget-Me-NotTMqPCR Master Mix Eva Green染料(10μL反应体系),引物浓度为0.1μmol/L,DNA浓度2.5 ng/μL情况下,银杏SNP分型能取得较好的区分... 本研究旨在探究利用高分辨率熔解曲线(HRM)进行银杏SNP分型的最优体系。试验结果表明:使用Forget-Me-NotTMqPCR Master Mix Eva Green染料(10μL反应体系),引物浓度为0.1μmol/L,DNA浓度2.5 ng/μL情况下,银杏SNP分型能取得较好的区分效果。结果显示本体系有高通量、方便快捷和经济实用等优势。本研究建立的银杏SNP基因分型体系适合一次试验对单位点、多个体情况下的SNP鉴定和快速分型。利用优化的HRM体系,从银杏转录组数据中筛选获得了22个阳性SNP位点,并在3个银杏地区(90个个体中)进行了分型验证。该方法将在林木遗传图谱构建、品种鉴别、遗传多样性研究等方面有广泛应用前景。 展开更多
关键词 银杏(Ginkgo biloba L.) 高分辨率熔解曲线 单核苷酸多态性 基因分型
MMP-9和TIMP-1基因多态性与糖尿病足的相关性研究 认领
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作者 陈占玲 孙庆凯 +1 位作者 陈松锦 张秀薇 《现代医药卫生》 2019年第11期1627-1629,共3页
目的研究基质金属蛋白酶-9(MMP-9)和组织金属蛋白酶抑制物-1(TIMP-1)基因多态性与糖尿病足的相关性。方法采集健康者(72例)、2型糖尿病无糖尿病足患者(69例)和2型糖尿病糖尿病足患者(65例)外周抗凝血3mL,提取外周血基因组DNA,采用高分... 目的研究基质金属蛋白酶-9(MMP-9)和组织金属蛋白酶抑制物-1(TIMP-1)基因多态性与糖尿病足的相关性。方法采集健康者(72例)、2型糖尿病无糖尿病足患者(69例)和2型糖尿病糖尿病足患者(65例)外周抗凝血3mL,提取外周血基因组DNA,采用高分辨率熔解曲线技术检测MMP-9基因-1562C>T和TIMP-1基因-9830T>G位点基因型和等位基因频率。结果糖尿病足患者MMP-9基因-1562位点T等位基因频率明显高于健康者和无糖尿病足患者(P<0.05),TIMP-1基因-9830T>G基因型和基因频率与健康者、无糖尿病足患者比较差异无统计学意义(P>0.05)。结论 MMP-9基因-1562T等位基因型可能是糖尿病足的易感因素。 展开更多
关键词 糖尿病足 基质金属蛋白酶-9 组织金属蛋白酶抑制剂-1 高分辨率熔解曲线 基因多态性
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不同修饰磁纳米颗粒提取DNA对HRM基因分型能力的影响探讨 认领 被引量:1
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作者 张敏 张俊平 +4 位作者 杨美娟 李凌霄 郜莉娜 沈明辉 尤崇革 《国际检验医学杂志》 CAS 2019年第11期1293-1297,共5页
目的 评价不同修饰基团的磁性纳米颗粒提取的基因组DNA对高分辨熔解曲线(HRM)进行SNP基因分型能力的影响。方法 以商品化硅基质吸附柱提法基因组DNA提取试剂盒为对照,评价二氧化硅(SiO2)、壳聚糖(CTA)修饰磁珠及四氧化三铁(Fe3O4)裸核磁... 目的 评价不同修饰基团的磁性纳米颗粒提取的基因组DNA对高分辨熔解曲线(HRM)进行SNP基因分型能力的影响。方法 以商品化硅基质吸附柱提法基因组DNA提取试剂盒为对照,评价二氧化硅(SiO2)、壳聚糖(CTA)修饰磁珠及四氧化三铁(Fe3O4)裸核磁珠DNA的提取得率及纯度;针对rs12641369G>A、rs3114018C>A、rs2302515C>G3个SNP位点,分别取上述方法提取的DNA作为模板进行PCR-HRM检测;以Sanger测序作为“金标准”,评价检测的灵敏度和特异度;通过重复性实验评价其重复性和再现性。结果 4种方法DNA提取质量的比较结果显示,SiO2@Fe3O4法提取得率与离心柱法相当,且差异无统计学意义(P>0.05);CTA@Fe3O4法及Fe3O4法DNA提取得率均比柱提法低,差异有统计学意义(P<0.01)。灵敏度和特异度实验结果显示,除2例样本的熔解曲线均发生飘移接受复查外,其余标本3个位点均可直接基因分型;4种核酸提取方法的最终分型结果灵敏度和特异度均达到100%。批内和批间重复试验均显示重复性和再现性良好:柱提法3个位点野生型与纯合突变型样本熔解峰Tm值的变异系数在0.6%~0.8%;SiO2@Fe3O4法3个位点野生型与纯合突变型样本熔解峰Tm值的变异系数在0.5%~0.8%;CTA@Fe3O4法3个位点野生型与纯合突变型样本熔解峰Tm值的变异系数在0.5%~0.8%;Fe3O4法3个位点野生型与纯合突变型样本熔解峰Tm值的变异系数在1.2%~1.5%。结论 本研究自建的3种DNA磁珠法提取体系对PCR-HRM检测结果的影响很小,可对rs12641369G>A、rs3114018C>A、rs2302515C>G3个SNP位点进行常规化基因分型,且具备良好的检测性能,具有一定的临床应用价值。 展开更多
关键词 磁固相萃取技术 高分辨熔解曲线 基因分型 检验性能 单核苷酸多态性
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PCR-HRM方法分析16S rRNA基因进行细菌鉴定的可行性研究 认领 被引量:2
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作者 邱会茹 王佳琳 +2 位作者 薛文成 杨婧 任微 《现代检验医学杂志》 CAS 2019年第3期37-41,共5页
目的建立一种基于16S rRNA基因进行聚合酶链式-高分辨率熔解曲线(PCR-HRM)分析方法,用于快速鉴定临床常见感染细菌。方法收集中国人民解放军北部战区总医院2017年8月~2018年10月期间临床分离的167株常见细菌,选取16S rRNA三个高度保守区... 目的建立一种基于16S rRNA基因进行聚合酶链式-高分辨率熔解曲线(PCR-HRM)分析方法,用于快速鉴定临床常见感染细菌。方法收集中国人民解放军北部战区总医院2017年8月~2018年10月期间临床分离的167株常见细菌,选取16S rRNA三个高度保守区域(V1,V3,V6)基因序列用于引物设计,在含有饱和荧光染料的体系中进行PCR-HRM分析以区分不同细菌种属。将167株实验菌分为葡萄球菌、链球菌、非发酵阴性杆菌以及其它常见临床分离菌四组进行实验,分别进行基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)和PCR-HRM分析并对结果进行对比,不一致的鉴定结果以测序为金标准。同时进行PCR-HRM方法鉴定临床常见病原菌的灵敏度、重复性和盲法验证试验。结果 PCR-HRM方法与MALDI-TOF MS对167株临床常见分离菌鉴定正确率分别为98.2%和97.0%,这两种方法无明显统计学差异(χ^2=1.97,P=0.727>0.05)。PCR-HRM方法可检测2 pg/μl的模板浓度;将6株革兰阴性菌分成一式三份同时进行PCR-HRM重复性试验,同种实验菌的三份熔解曲线图完全聚类;其盲法验证实验准确率100%。结论该方法通过使用3对16S rRNA引物构造多重差异曲线可对临床常见细菌进行分类到属级甚至种级,且灵敏度高、特异度强,可以作为鉴定临床常见感染菌的新选择。 展开更多
关键词 细菌感染 细菌鉴定 高分辨熔解曲线 16S RRNA
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高分辨率熔解曲线对痰液中结核分枝杆菌耐药性分析 认领 被引量:1
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作者 姚欣 黎彧利 朱艮苗 《新疆医科大学学报》 CAS 2019年第5期629-632,637共5页
目的利用高分辨率熔解曲线检测痰液中结核分枝杆菌的耐药性。方法取250例肺结核患者的痰样品进行涂片镜检和琼脂平板耐药性分析,通过实时PCR对耐药基因位点进行扩增。通过熔解曲线,将rpoB基因作为利福平抗性的生物标志物,将katG基因和i... 目的利用高分辨率熔解曲线检测痰液中结核分枝杆菌的耐药性。方法取250例肺结核患者的痰样品进行涂片镜检和琼脂平板耐药性分析,通过实时PCR对耐药基因位点进行扩增。通过熔解曲线,将rpoB基因作为利福平抗性的生物标志物,将katG基因和inhA启动子区域作为异烟肼抗性的生物标志物。比较药敏试验的结果和熔解曲线分析的结果,以评估灵敏度、特异性、阳性预测值和阴性预测值的参数。结果高分辨率熔解曲线对利福平耐药的敏感性为90.3%,特异性为90.4%,阳性预测值为84.8%,阴性预测值为94.0%。对异烟肼的耐药率为90.2%,特异性为93.9%,阳性预测值为91.1%,阴性预测值为93.3%。多药耐药结核病的敏感性、特异性、阳性预测值和阴性预测值分别为89.9%、90.6%、78.5%和95.9%。结论高分辨率熔解曲线分析可用于痰标本中多药耐药结核的快速诊断。 展开更多
关键词 高分辨率熔解曲线 结核病 耐药性
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白细胞介素-6受体、白细胞介素-27基因多态性与冠心病易感性的相关性研究 认领 被引量:1
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作者 张俊峰 张琳 苏绍红 《中西医结合心脑血管病杂志》 2019年第11期1614-1619,共6页
目的 探讨白细胞介素-6受体(IL-6R)、白细胞介素-27(IL-27)基因多态性与冠心病易感性的关系。方法 选择本院心血管内科2015年6月—2017年8月收治的冠心病病人226例为试验组,另选择200名身体健康者为对照组。收集所有受试者血浆总胆固醇(... 目的 探讨白细胞介素-6受体(IL-6R)、白细胞介素-27(IL-27)基因多态性与冠心病易感性的关系。方法 选择本院心血管内科2015年6月—2017年8月收治的冠心病病人226例为试验组,另选择200名身体健康者为对照组。收集所有受试者血浆总胆固醇(TC)、三酰甘油(TG)、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)、高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)、凝血四项指标[包括凝血酶原时间(PT)、活化部分凝血活酶时间(APTT)、凝血酶时间(TT)、纤维蛋白原(FIB)]等。利用高分辨率溶解曲线(PCR-HRM)技术分析IL-6R和IL-27基因多态性与冠心病易感性的相关性。结果 ①IL-6R(183A/G)检测到3种基因型:AA、AG、GG;IL-6R(exon1A/C)检测到3种基因型:AA、AC、CC;IL-6R(exon2A/T)检测到2种基因型:AT、TT。IL-6R(183A/G)的基因型及等位基因频率在试验组和对照组间比较差异无统计学意义(P>0.05),而IL-6R(exon1A/C)和IL-6R(exon2A/T)在试验组和对照组间差异均有统计学意义(P<0.05)。②IL-27(4730T/C)检测到2种基因型:TT、TC;IL-27(-964A/G)检测到3种基因型:AA、AG、GG;IL-27(2905T/G)检测到2种基因型:TT、TG。IL-27(4730T/C)、IL-27(-964A/G)和IL-27(2905T/G)的基因型及等位基因频率在试验组和对照组间的差异均无统计学意义(P>0.05)。③IL-6R(exon1A/C)的突变纯和基因型CC与野生纯合型AA间的差异有统计学意义(P<0.05),IL-6R(exon2A/T)的突变杂合基因型AT与野生纯合型TT间的差异有统计学意义(P<0.05)。④IL-6R(exon1A/C)的基因型与血脂指标TC、HDL-C显著相关(P<0.05)。结论 IL-6R(exon1A/C)、IL-6R(exon2A/T)多态性与冠心病易感性有关,而IL-27基因多态性与冠心病易感性无关。 展开更多
关键词 冠心病 白细胞介素-6受体 白细胞介素-27 基因多态性 高分辨率溶解曲线 易惑性
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龟甲的特异性PCR及高分辨率熔解曲线技术鉴别方法研究 认领 被引量:1
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作者 张雪艳 袁媛 +2 位作者 胡启跳 蒋超 方成武 《中国现代中药》 CAS 2019年第9期1215-1220,共6页
目的:建立高效、稳定的龟甲Testudinis Carapax et Plastrum DNA鉴别方法。方法:利用龟甲的特异性聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction,PCR)鉴别方法和高分辨率熔解曲线(HRM)鉴别方法,根据龟甲及其混伪品COI序列差异,寻找特异性... 目的:建立高效、稳定的龟甲Testudinis Carapax et Plastrum DNA鉴别方法。方法:利用龟甲的特异性聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction,PCR)鉴别方法和高分辨率熔解曲线(HRM)鉴别方法,根据龟甲及其混伪品COI序列差异,寻找特异性单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点设计鉴别引物,并对PCR反应条件进行优化;并使用通用引物扩增COI区域,产物直接进行HRM分析。结果:当退火温度为60 ℃,循环次数为35,使用设计的龟甲特异性鉴别引物GJ-360.F/R进行PCR扩增,经扩增均获得约360 bp特异性鉴别条带,混伪品皆无条带;使用通用引物RonM-tl和Vl-tl进行PCR扩增,产物使用HRM分析,龟甲药材在模板DNA质量浓度为3.5~87.9 ng ·μL^-1 、引物浓度为0.2 μmol · L ^-1 、镁离子浓度为2.0 mmol · L ^-1 的条件下,龟甲药材标准熔解曲线为双峰,其 T m均值分别为(83.15±0.76)、(87.53±0.69 )℃。结论:特异性PCR和HRM均可作为一种快速准确鉴别龟甲正伪品的鉴定方法。 展开更多
关键词 龟甲 特异性聚合酶链式反应 分子鉴定 高分辨率熔解曲线
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大黄鱼FST基因SNP筛选及与生长性状相关性分析 认领 被引量:2
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作者 张玉 韩明星 +3 位作者 曹明月 赵亚运 李娟 薛良义 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第5期883-891,共9页
为探索FST基因单核苷酸多态性(SNP)与大黄鱼生长性状的相关性,本研究采用直接测序和高分辨率熔解曲线(HRM)法分别进行SNP位点筛查和验证分型。结果共筛查到19个SNP位点,其中2个在外显子1,8个在外显子2,7个在外显子3,外显子4和外显子... 为探索FST基因单核苷酸多态性(SNP)与大黄鱼生长性状的相关性,本研究采用直接测序和高分辨率熔解曲线(HRM)法分别进行SNP位点筛查和验证分型。结果共筛查到19个SNP位点,其中2个在外显子1,8个在外显子2,7个在外显子3,外显子4和外显子5各1个,近端启动子区域未筛查到突变。位于外显子4的g.2169A〉C位点,AA基因型占96.8%,CC基因型占3.2%,多态信息含量为0.0600;位于外显子5的g.2998A〉G位点,AA基因型占63.2%,AG基因型占30%,GG基因型占6.8%,多态信息含量为0.2828,这2个位点均处于哈代-温伯格平衡状态。相关性分析表明,在g.2169A〉C位点,CC型个体各个生长性状(体重、体长、全长、体高)均大于AA型个体,但差异不显著(P〉0.05);g.2998A〉G位点,AG型个体各性状均值最大,GG型个体最小,但只在全长性状上基因型AG与GG存在显著性差异(P〈0.05),表明FST基因编码区的突变对大黄鱼的生长性状有一定的影响。本试验结果为大黄鱼育种中体型的选择提供了一定的理论依据。 展开更多
关键词 大黄鱼 卵泡抑素 高分辨率熔解曲线 单核苷酸多态性 生长性状
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MTHFR基因rs1801133位点多态性与银川市体检人群高血压的相关性分析 认领 被引量:1
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作者 田进海 何亚琴 +4 位作者 于晶晶 马荣 周瑜 王嘉 王立斌 《宁夏医科大学学报》 2018年第8期875-880,共6页
目的探讨高分辨率熔解曲线(hight-resolution melting,HRM)技术在亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)基因分型的应用及rs1801133位点多态性与银川市体检人群高血压的关联性。方法选择2017年1-10月间宁夏医科大学总医院体检人群中高血压患... 目的探讨高分辨率熔解曲线(hight-resolution melting,HRM)技术在亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)基因分型的应用及rs1801133位点多态性与银川市体检人群高血压的关联性。方法选择2017年1-10月间宁夏医科大学总医院体检人群中高血压患者743例和血压正常者718例为研究对象,收集临床资料,检测血浆同型半胱氨酸(Hcy)、血脂、空腹血糖(FBG)、尿酸等临床生物化学指标。采用HRM技术对样本进行基因分型。结果采用HRM技术成功分型rs1801133位点样本1461例,CC型367例(25.1%)、CT型743例(50.9%)和TT型351例(24.0%),测序验证准确率达100%。银川市人群MTHFR基因rs1801133位点基因型频率和等位基因频率与天津、山东、江苏及湖北人群差异均有统计学意义(P均〈0.01)。rs1801133位点CC、CT和TT基因型间血压和Hcy水平差异有统计学意义(P〈0.01)。高血压组rs1801133的CC、CT、TT三种基因型频率和C、T等位基因频率与正常组比较差异有统计学意义(P〈0.01)。高血压组体质量指数(BMI)、FBG、尿酸、Hcy、甘油三酯(TG)及总胆固醇(TC)均高于正常组(P均〈0.01)。Logistic回归分析显示,在校正了年龄、BMI、尿酸及Hcy后rs1801133不同基因型与高血压具有相关性(P〈0.01)。结论 HRM法是一种检测准确性高、速度快、低成本的方法,适用于MTHFR基因检测。rs1801133基因多态性与高血压发病显著相关,且直接影响血浆Hcy水平。 展开更多
关键词 亚甲基四氢叶酸还原酶 高血压 高分辨率溶解曲线 同型半胱氨酸 基因分型
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基于HRM的常见伞形科香辛料快速鉴定 认领 被引量:2
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作者 张梦婷 孙伟 +4 位作者 师玉华 邬兰 熊超 王彩霞 刘霞 《中国实验方剂学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第6期26-31,共6页
目的:4种香辛料小茴香、孜然、葛缕子、莳萝子与其混伪品蛇床子、防风子因外形特征相似,易混淆使用,带来安全隐患。针对鉴别困难的问题,建立高分辨率熔解曲线(HRM)分析法,以实现简便、快速鉴别的目的。方法:收集这4种香辛料及常见... 目的:4种香辛料小茴香、孜然、葛缕子、莳萝子与其混伪品蛇床子、防风子因外形特征相似,易混淆使用,带来安全隐患。针对鉴别困难的问题,建立高分辨率熔解曲线(HRM)分析法,以实现简便、快速鉴别的目的。方法:收集这4种香辛料及常见混伪品蛇床子、防风子共23份样本,作为参照样本,提取总DNA,基于内转录间隔区2(ITS2)序列通过聚合酶链式反应(PCR)进一步确定物种,并应用HRM技术建立检测方法和熔解曲线模型。香辛料市场收集这4种香辛料共17份样本,作为市场样本,通过HRM技术鉴定物种是否与标签相符。结果:小茴香、孜然、葛缕子、莳萝子、蛇床子、防风子的熔解曲线均表现出良好差异性,能明显区分开;17份市场样本中,编号N1和N3样品熔解曲线与标签显示的莳萝子熔解曲线具有明显差异,进一步测序结果显示二者均为毒芹子。结论:HRM技术能实现小茴香等伞形科香辛料及其混伪品间的可视化鉴别,可作为DNA条形码技术的有力补充,在中药资源鉴定中应用前景广阔。 展开更多
关键词 伞形科 香辛料 高分辨率熔解曲线 内转录间隔区2 DNA条形码 可视化鉴别 小茴香
应用高分辨率熔解曲线快速诊断一例瓜氨酸血症1型患儿的ASS1基因纯合突变 认领 被引量:1
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作者 孙婧婧 沈云琳 +1 位作者 颜崇兵 龚小慧 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 2018年第3期429-433,共5页
目的应用高分辨率熔解曲线(high resolution melting curve analysis,HRM)和DNA测序的方法对1例瓜氨酸血症1型患儿及其父母进行快速的基因诊断。方法抽取患儿、患儿父母及i00名正常体检者的外周血,采用HRM分析技术针对ASS1基因的16... 目的应用高分辨率熔解曲线(high resolution melting curve analysis,HRM)和DNA测序的方法对1例瓜氨酸血症1型患儿及其父母进行快速的基因诊断。方法抽取患儿、患儿父母及i00名正常体检者的外周血,采用HRM分析技术针对ASS1基因的16个外显子进行全外显子扫描,并对曲线异常的区域进行DNA测序。随后采用逆转录-PCR对ASSl基因的mRNA进行分析。最后,采用PolyPhen-2和SIFTBlink软件分别对ASS1基因中的突变位点进行同源性和生物学功能分析。结果血液生化检测结果显示患儿外周血中血氨达到286μmol/L,超过正常参考值的5倍以上,串联质谱结果显示患儿外周血中瓜氨酸浓度高达487.69/2mol/L,CIT/ARG达148.66,均远高于正常范围。HRM的结果发现在ASS1基因第6外显子和第8外显子的区域(包含部分相邻内含子)中患儿及其父母的HRM曲线与正常对照不一致。DNA测序结果证实,在患儿第6外显子中发生了c.380G〉A的纯合突变,该突变会导致ASS1蛋白P.R127Q的改变。而在第8内含子中则发生了IVS8+60G〉A的纯合变异。患儿的父母中这两个位点均为杂合变异。100名正常对照样本中均未检出变异。逆转录-PCR结果表明ASS1基因第8内含子中IVS8+60G〉A的变异不会导致RNA剪接的异常。结构分析结果表明P.R127Q位点在45种脊椎动物中保守性非常高,它是ASSl蛋白中与瓜氨酸结合的位点,对于ASS1蛋白功能的行使非常重要。结论在中国大陆人群中发现了ASS1基因第6外显子的c.380G+A及第8内含子的IVS8+60G〉A复合纯合突变,其中c.380G〉A纯合突变可能是引起患儿尿素循环障碍的致病突变。 展开更多
关键词 瓜氨酸血症1型 高分辨率熔解曲线 快速基因诊断
应用高分辨熔解曲线分析法检测遗传性球形红细胞增多症患者SLC4A1基因突变 认领 被引量:1
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作者 马诗玥 廖林 +1 位作者 何本进 林发全 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第6期1826-1830,共5页
目的:探讨高分辨熔解(HRM)曲线分析法检测遗传性球形红细胞增多症(HS)患者SLC4A1基因D38A和K56E突变位点的可行性及其意义。方法:抽取23例HS患者外周血样本进行常规检测,提取基因组DNA,针对SLC4A1基因突变位点D38A和K56E设计引物,应用HR... 目的:探讨高分辨熔解(HRM)曲线分析法检测遗传性球形红细胞增多症(HS)患者SLC4A1基因D38A和K56E突变位点的可行性及其意义。方法:抽取23例HS患者外周血样本进行常规检测,提取基因组DNA,针对SLC4A1基因突变位点D38A和K56E设计引物,应用HRM法对所有样本进行突变分析,并通过DNA测序技术对HRM结果进行验证。结果:23例HS患者中,HRM法共检测出杂合突变型基因6例,其中包括D38A突变3例,K56E突变3例。DNA测序结果与HRM法检测结果一致。结论:应用HRM法能准确检测SLC4A1基因D38A和K56E突变位点,具有高效、快速、可靠等优点,不仅可用于临床辅助诊断,还有望成为确定HS患者基因突变谱的新方法。 展开更多
关键词 遗传性球形红细胞增多症 高分辨熔解曲线 带3蛋白 SLC4A1基因
高分辨率熔解曲线在CRISPR基因编辑检测和基因型鉴定中的应用 认领
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作者 贺文 吴婉婉 +3 位作者 陆平 薛志刚 盛哲津 祝献民 《同济大学学报:医学版》 CAS 2018年第4期17-21,共5页
目的 建立一种基于 PCR 和在线高分辨率熔解曲线(high.resolution melting curve, HRM)分析工具的检测方法,实现对 DNA 序列微小差异的快速检测. 方法 在 CRISPR 基因编辑检测和基因型鉴定中,采用两步PCR,分别对目的片段进行扩增和富... 目的 建立一种基于 PCR 和在线高分辨率熔解曲线(high.resolution melting curve, HRM)分析工具的检测方法,实现对 DNA 序列微小差异的快速检测. 方法 在 CRISPR 基因编辑检测和基因型鉴定中,采用两步PCR,分别对目的片段进行扩增和富集,并通过免费在线软件对 HRM 进行分析. 结果 HRM 分析结果显示,本实验所设计的 CRISPR 慢病毒系统未能对 COS7 细胞中的 RPE65 基因进行有效的基因编辑;而在瘦素突变大鼠的子代基因型中,HRM 可以明显区分杂合子和纯合子. 结论 HRM 能够快速鉴定 CRISPR 编辑和区分基因型. 展开更多
关键词 高分辨率熔解曲线 CRISPR 聚合酶链式反应 基因型
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用PCR-HRM方法快速区分白纹伊蚊和埃及伊蚊 认领 被引量:1
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作者 滕新栋 顾长美 +6 位作者 曲德鑫 陈晓光 张涛 张瑾 徐翮飞 张娟 徐颖 《中国国境卫生检疫杂志》 CAS 2018年第5期334-337,共4页
目的建立快速区分白纹伊蚊和埃及伊蚊的PCR结合高分辨率熔解曲线(PCR-HRM)方法。方法设计针对白纹伊蚊和埃及伊蚊线粒体ATP6和Cytb基因的2对通用引物,用PCR-HRM方法区分白纹伊蚊和埃及伊蚊。结果白纹伊蚊和埃及伊蚊ATP6和Cytb基因均... 目的建立快速区分白纹伊蚊和埃及伊蚊的PCR结合高分辨率熔解曲线(PCR-HRM)方法。方法设计针对白纹伊蚊和埃及伊蚊线粒体ATP6和Cytb基因的2对通用引物,用PCR-HRM方法区分白纹伊蚊和埃及伊蚊。结果白纹伊蚊和埃及伊蚊ATP6和Cytb基因均扩增出不同形状的曲线,蚊种区分结果与形态学鉴定结果一致。结论采用基于ATP6和Cytb基因的PCR-HRM能准确快速区分白纹伊蚊和埃及伊蚊,可作为白纹伊蚊和埃及伊蚊不完整样本的鉴定方法。 展开更多
关键词 白纹伊蚊 埃及伊蚊 高分辨率熔解曲线
炎症相关因子基因多态性与弥漫大B细胞淋巴瘤的易感性研究 认领 被引量:2
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作者 田彩平 廖世奇 +2 位作者 袁红霞 姚伯程 王芳 《中国实验血液学杂志》 CSCD 北大核心 2017年第2期444-448,共5页
目的:探讨甘肃汉族人群中炎症相关因子基因多态性与弥漫大B淋巴瘤(diffuse large B-cell lymphoma,DLBCL)发病率的相关性。方法:运用高分辨率溶解曲线(high-resolution melting,HRM)方法检测炎症因子基因多态性。结果:IL-1RA的rs... 目的:探讨甘肃汉族人群中炎症相关因子基因多态性与弥漫大B淋巴瘤(diffuse large B-cell lymphoma,DLBCL)发病率的相关性。方法:运用高分辨率溶解曲线(high-resolution melting,HRM)方法检测炎症因子基因多态性。结果:IL-1RA的rs4251961位点CC纯合子基因型携带者与患DLBCL风险有关(以TT为参照,CC基因型的OR为0.83,95%CI=0.697-0.997,P〈0.05),但与T等位基因相比,C等位基因与DLBCL风险升高显著相关(OR=8.83,95%CI=1.909-40.813,P〈0.01)。结论:IL-1RA的rs4251961位点的次等位基因C与DLBCL的易患性显著相关。 展开更多
关键词 DLBCL HRM 基因多态性 炎症因子
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