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Synthesis, Characterization, Antimicrobial and DNA Binding Studies of a Tetradentate N2O2 Amino Acid Schiff Base and Its Coordination Compounds 认领
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作者 Temitayo O. Aiyelabola Daniel P. Otto +2 位作者 Johan H. L. Jordaan Ezekiel O. Akinkunmi Idowu Olawuni 《生物化学进展(英文)》 2021年第1期30-51,共22页
<span style="font-family:Verdana;">Aminoethanoic acid undergoes condensation with 1,4-benzenedicarboxaldehyde</span><span><span><span style="font-family:""><sp... <span style="font-family:Verdana;">Aminoethanoic acid undergoes condensation with 1,4-benzenedicarboxaldehyde</span><span><span><span style="font-family:""><span style="font-family:Verdana;"> to form an O, N, N, O donor Schiff base, </span><i><span style="font-family:Verdana;">N,N'</span></i><span style="font-family:Verdana;">-di(carboxymethylene)</span></span></span></span><span><span><span style="font-family:""> </span></span></span><span><span><span style="font-family:""><span style="font-family:Verdana;">terephthalaldehyde, Ligand L. Coordination compounds of this Schiff base us</span><span><span style="font-family:Verdana;">ing Ni (II), Cu (II), </span><span style="font-family:Verdana;">VO</span><span style="font-family:Verdana;"> (IV) and Co (II) were then obtained </span><i><span style="font-family:Verdana;">in-situ</span></i><span style="font-family:Verdana;">. The</span></span><span style="font-family:Verdana;"> Schiff base and the complexes were evaluated for their antimicrobial and DNA binding abilities. Molecular docking studies of the ligand and synthesized compounds were also carried out. Evidence for the formation of the Schiff base coordination compounds and the coordinating atoms was obtained from </span><sup><span style="font-family:Verdana;">1</span></sup><span style="font-family:Verdana;">H NMR, infrared and ultraviolet spectral data, EDX, EDTA complexometric titration and magnetic susceptibility measurement. The results obtained are consistent with octahedral geometry for Ni (II) complex</span></span></span></span><span style="font-family:Verdana;"><span style="font-family:Verdana;"><span style="font-family:Verdana;">,</span></span></span><span style="font-family:Verdana;"><span style="font-family:Verdana;"><span style="font-family:Verdana;"> the metal ion coordinating to one molecule of Ligand L</span></span></span><span style="font-family:Verdana;"><span style="font-family:Verdana;"><span style="font-family:Verdana;"> and</span></span></span><span style="font-family:Verdana;"><span style="f 展开更多
关键词 CT-DNA DNA Binding ANTIMICROBIAL Coordination Compound Molecular Docking Schiff Base
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端粒G-四链体结合酞菁分子的分子模拟研究 认领
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作者 楼晓勤 黄依宁 +3 位作者 许奕 王梦露 李建峰 王志国 《聊城大学学报:自然科学版》 2021年第3期91-100,共10页
为揭示负电性稳定剂与人端粒G-四链体的作用机制,采用分子对接和分子动力学方法对新型负电性四磺酸酞菁分子(anionic phthalocyanine 3,4′,4″,4-tetrasulfonic acid)和人端粒平行构象G-四链体进行了系统研究。构象分析发现,酞菁分子... 为揭示负电性稳定剂与人端粒G-四链体的作用机制,采用分子对接和分子动力学方法对新型负电性四磺酸酞菁分子(anionic phthalocyanine 3,4′,4″,4-tetrasulfonic acid)和人端粒平行构象G-四链体进行了系统研究。构象分析发现,酞菁分子能够单独或同时稳定结合于G-四链体的顶层和底层G-四分体平面并有效提高G-四链体的稳定性;结合自由能分析表明,酞菁分子堆叠于顶层G-四分体的结合模式在能量上更为有利,同时第二个酞菁分子的引入能够进一步提升结合强度。这些发现对新型端粒G-四链体稳定剂的开发具有重要的指导意义。 展开更多
关键词 G-四链体 端粒 分子对接 分子动力学 结合自由能
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基于UHPLC-Q-Exactive Orbitrap MS 及网络药理学研究土炒白扁豆仁 皂苷活性成分治疗2 型糖尿病的作用 认领
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作者 方良子 郑钦方 韩君 《数字中医药(英文)》 2021年第1期19-31,共13页
目的基于UHPLC-Q-Exactive Orbitrap MS及网络药理学探究土炒白扁豆仁皂苷活性成分治疗2型糖尿病(T2DM)的药理作用机制。方法采用UHPLC-Q-Exactive Orbitrap MS对土炒白扁豆仁皂苷化学成分进行定性分析,利用PharmMapper、CTD等数据库筛... 目的基于UHPLC-Q-Exactive Orbitrap MS及网络药理学探究土炒白扁豆仁皂苷活性成分治疗2型糖尿病(T2DM)的药理作用机制。方法采用UHPLC-Q-Exactive Orbitrap MS对土炒白扁豆仁皂苷化学成分进行定性分析,利用PharmMapper、CTD等数据库筛选化合物和疾病靶点,利用Cytoscape 3.8.0构建活性成分-靶点网络,利用AutoDock Vina 1.1.2对活性成分和关键靶点进行分子对接实验,分子动力学模拟的轨迹由GROMACS 2019-3完成。结果从土炒白扁豆仁中共鉴定了16个皂苷成分,筛选出皂苷成分靶点292个,T2DM靶点792个。将皂苷成分靶点与T2DM相关靶点经过Venn分析,得到皂苷治疗T2DM的交集靶点91个。以degree,betweenness centrality,closeness centrality的平均值作为阈值筛选出22个关键基因,在其中关联度前10个基因中选择了MAPK1,IGF1,EGFR和PIK3R14个基因建立皂苷活性成分-靶点-信号通路网络图。GO富集分析显示相关生物模块包括类固醇激素受体活性、类固醇结合、胰岛素受体结合等;信号通路显示相关通路包括EGFR信号通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路等。经分子对接研究可知化合物均能进入目标靶点的活性位点,并与活性位点残基形成3−14个氢键,且化合物与活性位点之间普遍存在范德华力,结合对接结合能可知,各化合物与目标靶点具有较强的结合能。结论土炒白扁豆仁通过多组分、多靶点协同起到治疗糖尿病作用;它通过调节与EGFR相互作用的几种关键蛋白和一系列与疾病发展相关的信号通路来介导疾病炎症反应、信号传导等过程来治疗糖尿病。 展开更多
关键词 UHPLC-Q-Exactive Orbitrap MS 网络药理学 土炒白扁豆仁 2型糖尿病 分子对接 分子动力学模拟
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基于网络药理学与分子对接技术探究半夏-夏枯草药对治疗高血压的分子机制 认领
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作者 张泽宇 张芯 《中国中医急症》 2021年第2期222-226,共5页
目的采用网络药理学与分子对接方法,研究半夏-夏枯草药对治疗高血压的具体药效物质与作用机制。方法通过TCMSP数据库筛选出半夏、夏枯草的活性成分及其对应靶点;在genecards数据库中检索得到高血压的相关基因靶点,并使用Venn工具进行交... 目的采用网络药理学与分子对接方法,研究半夏-夏枯草药对治疗高血压的具体药效物质与作用机制。方法通过TCMSP数据库筛选出半夏、夏枯草的活性成分及其对应靶点;在genecards数据库中检索得到高血压的相关基因靶点,并使用Venn工具进行交集比对,筛选出共同靶点。利用Cytoscape 3.7.2软件绘制化合物-靶点网络进行拓扑学分析;将筛选的靶点在STRINC数据库平台中构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络进行预测;同时,用Bioconductor数据库进行KEGG通路富集分析。使用分子对接软件(AutoDock Vina)将核心靶点与化合物进行分子对接,并使用绘图软件Pymol和Ligplus将结果可视化。结果从半夏-夏枯草药对中共筛选出20个活性化合物,包括槲皮素、山柰酚、木犀草素等,关键作用靶点包含白细胞介素-6(IL-6)、苏氨酸蛋白激酶(Akt1)、肿瘤坏死因子(TNF)等,主要涉及糖基化终产物-糖基化终产物受体(AGE-FRAGE)、TNF、白细胞介素-17(IL-17)等信号通路。结论半夏-夏枯草药对治疗高血压具有多成分、多靶点和多通路参与的特点;利用网络药理学与分子对接技术可有效挖掘与分析药物的潜在作用与起效机制。 展开更多
关键词 高血压 半夏 夏枯草 网络药理学 分子对接 分子机制 药对
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药根碱靶向凝血因子Ⅻ发挥抗凝血作用的体外研究 认领
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作者 刘惠娜 李艳玲 +1 位作者 曹旺 邓常清 《湖南中医药大学学报》 CAS 2021年第1期27-33,共7页
目的以凝血因子Ⅻ(coagulation factorⅫ,FⅫ)为靶点探讨药根碱抗血栓作用的机制。方法通过Ledock软件将药根碱分子与内源性凝血途径接触激活阶段关键靶蛋白FⅫ、活化凝血因子FⅫ(actived coagulation factorⅫ,FⅫa)、凝血因子Ⅺ(coagu... 目的以凝血因子Ⅻ(coagulation factorⅫ,FⅫ)为靶点探讨药根碱抗血栓作用的机制。方法通过Ledock软件将药根碱分子与内源性凝血途径接触激活阶段关键靶蛋白FⅫ、活化凝血因子FⅫ(actived coagulation factorⅫ,FⅫa)、凝血因子Ⅺ(coagulation factorⅪ,FⅪ)和活化凝血因子Ⅺ(actived coagulation factorⅪ,FⅪa)进行分子对接,以结合能低于-5 kcal/mol作为阈值判断药根碱与接触激活因子的结合活性;采用体外凝血实验法检测血浆活化部分凝血活酶时间(activated partial thromboplastin time,APTT)、血浆凝血酶原时间(plasma prothrombin time,PT)、凝血酶时间(plasma prothrombin time,TT);乏因子血浆纠正试验检测FⅫ、FⅪ、凝血因子Ⅸ(coagulation factorⅨ,FⅨ)、凝血因子Ⅷ(coagulation factorⅧ,FⅧ)、凝血因子Ⅹ(coagulation factorⅩ,FⅩ)和凝血因子Ⅶ(coagulation factorⅦ,FⅦ)的活性的抑制作用;Western blot法检测药根碱对FⅫ蛋白激活的抑制作用。结果(1)分子对接实验表明,药根碱与FⅫa、FⅪa结合能均低于-5 kcal/mol,结合活性良好。(2)体外实验中,0.2~0.8 mg/mL药根碱均可显著延长APTT(P<0.01),但不延长PT和TT(P>0.05)。(3)药根碱各剂量均显著降低FⅫ活性(P<0.01),药根碱高剂量(0.8 mg/mL)可降低FⅪ活性(P<0.05),但对FⅨ、FⅧ、FⅩ及FⅦ活性无显著影响(P>0.05)。(4)药根碱各剂量均显著抑制FⅫ蛋白的激活(P<0.01)。结论药根碱与FⅫa对接较好,显著延长APTT,抑制FⅫ蛋白激活,降低血浆FⅫ活性,提示其抗栓作用可能通过抑制FⅫ的活性而发挥。 展开更多
关键词 药根碱 内源性凝血途径 凝血因子Ⅻ 分子对接
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基于网络药理学及分子对接研究柚皮素抗胃癌机制 认领
6
作者 吴静洁 梅应兵 +4 位作者 姚雪婷 甘爱萍 张子路 龙喻 黄乜瑞 《中国中西医结合消化杂志》 CAS 2021年第2期124-131,共8页
目的:柚皮素是一种广泛存在于多种中药中的黄酮类化合物,具有优秀的抗炎、抗氧化以及抗癌功能,该研究系统探讨柚皮素抗胃癌的可能作用机制。方法:通过检索TCMSP、CTD、GeneCard、OMIM、DisGeNET及STRING数据平台获得相关数据,筛选后制成... 目的:柚皮素是一种广泛存在于多种中药中的黄酮类化合物,具有优秀的抗炎、抗氧化以及抗癌功能,该研究系统探讨柚皮素抗胃癌的可能作用机制。方法:通过检索TCMSP、CTD、GeneCard、OMIM、DisGeNET及STRING数据平台获得相关数据,筛选后制成"成分-靶点"网络及蛋白互作网络,利用R软件运行bioconductor平台的数据包将相关靶点进行GO和KEGG的富集分析,并应用Schroedinger软件进行分子对接,以分析柚皮素与治疗靶点的作用力及结合自由能。结果:柚皮素治疗胃癌涉及61个靶点,包括TP53、AKT1、Casp3、ALB、MAPK3、EGFR、ESR1等,其中TP53、Casp3对接分数优于原配体。柚皮素可以调控Apoptosis、p53、NF-kB、PI3K-AKT等信号通路可阻滞细胞周期、诱发细胞程序性死亡,能抗肿瘤和抑制新生血管形成。结论:柚皮素治疗胃癌是多靶点、多通路作用结果,具有一定的研究和开发前景。 展开更多
关键词 柚皮素 胃癌 网络药理学 分子对接 通路 靶点
基于网络药理学和分子对接的八宝丹治疗病毒性肝炎潜在机制研究 认领
7
作者 盛洪达 李洪祥 +4 位作者 关斌 金泽华 墙世发 詹志学 王毅 《上海中医药大学学报》 CAS 2021年第1期93-101,共9页
目的:探索八宝丹的活性成分及其治疗病毒性肝炎的潜在作用机制。方法:通过TCMSP、TCM-PTD、SwissTargetPrediction等数据库,收集八宝丹的活性成分与靶标信息,采用Cytoscape 3.8.0软件和String数据库构建八宝丹"成分-靶点"网络... 目的:探索八宝丹的活性成分及其治疗病毒性肝炎的潜在作用机制。方法:通过TCMSP、TCM-PTD、SwissTargetPrediction等数据库,收集八宝丹的活性成分与靶标信息,采用Cytoscape 3.8.0软件和String数据库构建八宝丹"成分-靶点"网络,并利用GeneCards数据库搜索病毒性肝炎相关靶点,绘制韦恩图找到八宝丹作用靶点与病毒性肝炎靶点的交集,构建蛋白相互作用网络,将交集蛋白导入DAVID数据库进行KEGG通路以及GO功能富集分析,使用Pymol、Autodock软件进行分子对接。结果:总计找到八宝丹化合物110个,药物作用靶点463个,选取疾病靶点200个,通过韦恩图找到交集靶点54个;通过富集分析得到KEGG通路107条,GO生物过程386条,细胞组成39条,分子功能52条。选取活性成分麝香酮、石胆酸、胆红素、槲皮素与核心靶点进行分子对接,验证分子-蛋白间存在稳定连接结构。结论:八宝丹可能通过调控AKT1、IL-6、IL-1β、CASP3、INS、MMP9等靶点,以及乙型肝炎相关通路、肿瘤坏死因子信号通路等发挥抗病毒性肝炎作用,为诠释八宝丹临床治疗病毒性肝炎的机制提供了依据。 展开更多
关键词 八宝丹 病毒性肝炎 网络药理学 分子对接
黄连解毒汤对UC小鼠的抗炎作用、入血成分测定及其作用靶点的虚拟筛选 认领
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作者 崔晓娟 卢卓 +5 位作者 肖思萌 方雪湾 文亦磊 熊万娜 于凯 梁健钦 《中国中药杂志》 CAS 北大核心 2021年第1期206-213,共8页
考察黄连解毒汤(HLJD)对小鼠溃疡性结肠炎(UC)的作用,测定入血成分以及虚拟筛选入血成分的作用靶点,分析作用机制。将60只Balb/c小鼠随机分成空白组、模型组、美沙拉秦组(0.3 g·kg^(-1))以及HLJD高、中、低剂量组(24.66,12.33,6.17... 考察黄连解毒汤(HLJD)对小鼠溃疡性结肠炎(UC)的作用,测定入血成分以及虚拟筛选入血成分的作用靶点,分析作用机制。将60只Balb/c小鼠随机分成空白组、模型组、美沙拉秦组(0.3 g·kg^(-1))以及HLJD高、中、低剂量组(24.66,12.33,6.17 g·kg^(-1))。除空白组外,各组小鼠自由饮用2.5%葡聚糖硫酸钠溶液诱导UC,同时HLJD组和美沙拉秦组小鼠灌胃给予相应药物,连续7 d。每日观察小鼠,进行疾病活动指数(DAI)评分。实验末,HE染色观察小鼠结肠病理变化,ELISA测定结肠组织中IL-1β,IL-6和TNF-α含量,UPLC-Q-TOF-MS测定入血成分。通过PharmMapper反向对接筛选入血成分的作用靶点,通过TTD,OMIM,GeneCards数据库检索UC疾病靶点,选取成分靶点和疾病靶点的交集作为HLJD治疗UC的作用靶点。利用STRING数据库进行GO和KEGG富集分析。利用Discovery Studio将入血成分与排名靠前的作用靶点进行分子对接。结果显示,与空白组相比,模型组小鼠DAI显著上升(P<0.05),镜下可见炎症细胞数量和浸润程度明显增加。与模型组相比,HLJD组小鼠DAI显著降低(P<0.05),炎症细胞数量和浸润程度减轻。模型组IL-1β,IL-6和TNF-α水平显著升高(P<0.01),HLJD组炎症因子水平显著降低(P<0.05)。经UPLC-Q-TOF-MS鉴定10个入血成分。网络药理学分析结果显示,作用靶点主要富集在对有机物、化学物质、含氧化合物的反应等129条生物过程,以及IL-17,TNF,hepatitis B等16条信号通路。分子对接结果显示,黄柏内酯、巴马汀和小檗碱可通过氢键等形式与CASP3和MMP9靶点结合。综上所述,HLJD可减轻DSS诱导的UC小鼠结肠黏膜炎症浸润和黏膜损伤,其作用机制可能与黄柏内酯、巴马汀和小檗碱等入血成分作用于CASP3,MMP9等靶点,进而调控IL-17,TNF等信号通路有关,最终可降低结肠组织IL-1β,IL-6和TNF-α水平发挥抗炎作用。 展开更多
关键词 黄连解毒汤 溃疡性结肠炎 网络药理学 分子对接 入血成分 黄柏内酯 巴马汀 小檗碱
止咳枇杷合剂干预新型冠状病毒肺炎的作用机制预测 认领
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作者 周瑞 刘妍如 +6 位作者 许洪波 于金高 王征 张君威 宋忠兴 黄峰 唐志书 《西安交通大学学报:医学版》 CAS 北大核心 2021年第2期190-196,218,共8页
目的通过网络药理学和分子对接技术初步预测止咳枇杷合剂干预新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制。方法采用网络药理学方法,根据口服利用度、类药性原则,对止咳枇杷合剂成分进行初步筛选,进一步构建"中药-成分-靶点-通路"... 目的通过网络药理学和分子对接技术初步预测止咳枇杷合剂干预新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制。方法采用网络药理学方法,根据口服利用度、类药性原则,对止咳枇杷合剂成分进行初步筛选,进一步构建"中药-成分-靶点-通路"网络,通过靶点的相互作用、生物信息学注释对止咳枇杷合剂参与的代谢通路进行分析,预测该复方干预COVID-19的潜在机制,然后通过分子对接技术,筛选对新型冠状病毒3CLpro水解酶有抑制作用的活性成分。结果 "中药-成分-靶点"网络分析结果显示,止咳枇杷合剂有34个成分与30个COVID-19疾病相关靶点互作。关联网络分析结果显示,止咳枇杷合剂中的活性成分可能通过作用于前列腺素内过氧化物合酶1(PTGS1)、IL1B、IL6、IL10、白细胞介素8(CXCL8)、JUN等30个重要靶点,参与调控乙型肝炎、糖尿病并发症的AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路等。枇杷叶和百部是作用的主要中药。分子对接结果显示,柚皮素、芦丁、芹菜素等8个化合物作为潜在的抗COVID-19的主要活性成分。结论止咳枇杷合剂中的活性化合物可能通过抗炎、抗病毒复制等过程发挥多靶点、多通路、多成分干预COVID-19的作用。 展开更多
关键词 新型冠状病毒肺炎 止咳枇杷合剂 网络药理学 分子对接
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基于网络药理及分子对接探讨茵陈五苓散治疗原发性胆汁性胆管炎的作用机制 认领
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作者 戚璐 徐俊 +2 位作者 许杰 楼汪洲洋 程良斌 《世界中医药》 CAS 2021年第2期206-214,221,共10页
目的:基于网络药理学及分子对接技术探讨茵陈五苓散治疗原发性胆汁性胆管炎(PBC)的潜在作用机制。方法:运用系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)检索茵陈五苓散的活性成分和作用靶点。通过GeneCard、OMIM数据库收集疾病靶点。运用Cytosca... 目的:基于网络药理学及分子对接技术探讨茵陈五苓散治疗原发性胆汁性胆管炎(PBC)的潜在作用机制。方法:运用系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)检索茵陈五苓散的活性成分和作用靶点。通过GeneCard、OMIM数据库收集疾病靶点。运用Cytoscape3.7.2软件构建化合物-靶点网络。采用R语言进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。将药理网络中的核心活性化合物与法尼醇X受体(FXR)进行分子对接,同时比较推荐的化学药物与FXR的结合活性。结果:化合物-靶点网络筛选出茵陈五苓散核心活性化合物为槲皮素、异鼠李素、β-谷甾醇、阿特匹林A、猪毛蒿、芫花黄素、茵陈黄酮、3β-乙酞氧基苍术酮、二氢槲皮素、去甲氧基茵陈色原酮等。得到GO条目2189条(P<0.05),KEGG通路富集分析得到155条信号通路(P<0.05)。分子对接结果显示核心活性化合物与FXR亲和力与推荐药物相近。结论:茵陈五苓散对PBC的干预作用的潜在机制可能是槲皮素、异鼠李素、β-谷甾醇、阿特匹林A、猪毛蒿、芫花黄素、茵陈黄酮、3β-乙酞氧基苍术酮、二氢槲皮素、去甲氧基茵陈色原酮等活性化合物通过与FXR结合作用于AKT1、JUN、MAPK1、RELA、IL6、MAPK14、EGFR、ESR1、FOS、CCND1等靶点调节多条信号通路而发挥作用。 展开更多
关键词 网络药理学 分子对接 茵陈五苓散 原发性胆汁性胆管炎 原发性胆汁性肝硬化
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基于网络药理学和分子对接探讨威麦宁治疗肺腺癌的机制研究 认领
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作者 胡伟 陶姣阳 +3 位作者 莫泽君 林耀煌 梁娇 李嘉凯 《中国药理学通报》 CAS 北大核心 2021年第3期430-436,共7页
目的基于网络药理学和分子对接探讨威麦宁治疗肺腺癌(LUAD)的机制研究。方法通过检索TCMSP、TCMID、BATMAN-TCM和ETCM数据平台筛选出威麦宁(金荞麦根茎)主要活性成分,然后利用TCMSP和DrugBank平台预测其靶点,并根据文献补充成分及靶点;... 目的基于网络药理学和分子对接探讨威麦宁治疗肺腺癌(LUAD)的机制研究。方法通过检索TCMSP、TCMID、BATMAN-TCM和ETCM数据平台筛选出威麦宁(金荞麦根茎)主要活性成分,然后利用TCMSP和DrugBank平台预测其靶点,并根据文献补充成分及靶点;通过GEO数据库搜索并筛选LUAD表达数据集,用R语言分析获得差异表达基因;采用String数据库和Cytoscape 3.7.2软件构建药物疾病交集靶点PPI网络,利用Metascape平台对交集靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析;使用分子对接方法对核心成分与靶点进行对接验证。结果经过对OB、DL初步筛选,获得16个活性成分和353个潜在靶点,其中MMP-9、MMP-1、CAT等靶点与LUAD密切相关。威麦宁治疗LUAD主要涉及液体剪切应力和动脉粥样硬化、癌症通路、AGE-RAGE信号通路、p53信号通路等。结论探讨了威麦宁治疗LUAD主要有效成分、作用靶点,以及相关的通路,并为进一步的研究提供依据和思路。 展开更多
关键词 威麦宁 肺腺癌 网络药理学 分子对接 信号通路 作用机制
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基于网络药理学与分子对接的新冠肺炎三焦疫毒寒湿症用药机理研究 认领
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作者 杜海涛 王平 +6 位作者 李娜 丁洁 张敬 袁成民 孙铁锋 韩莉 张忠法 《山东科学》 CAS 2021年第1期1-9,共9页
针对新冠肺炎(COVID-19)中三焦疫毒寒湿症的一个临床用药药队,运用网络药理学和分子对接方法分析其药物作用机制。结果显示,筛选到中药活性成分77种,作用靶标4760个;使用DAVID(the database for annotation,visualization and intergate... 针对新冠肺炎(COVID-19)中三焦疫毒寒湿症的一个临床用药药队,运用网络药理学和分子对接方法分析其药物作用机制。结果显示,筛选到中药活性成分77种,作用靶标4760个;使用DAVID(the database for annotation,visualization and intergated discovery)数据库对核心靶点进行GO(gene ontology)和KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)富集分析,主要涉及蛋白结合、ATP结合等生物过程和PI3K-Akt、FOXO等信号通路;Maestro对接结果表明COVID-19涉及靶点与药物有效入血分子成分的对接分数均小于-5。研究显示药队中的多种活性成分可通过与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的相关靶标结合发挥直接抗病毒作用,并通过多种途径与通路发挥对COVID-19的系统调节作用。 展开更多
关键词 三焦疫毒寒湿症 新冠肺炎 信号通路 分子对接 网络药理学
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黄芪甲苷治疗缺血性脑卒中的网络药理学 认领
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作者 戚明珠 张铌雪 +1 位作者 苏晓慧 孔祥英 《中国实验方剂学杂志》 CAS 北大核心 2021年第3期163-170,共8页
目的:使用网络药理学的方法研究黄芪甲苷治疗缺血性脑卒中的机制。方法:在药物靶点预测平台Swiss Target Prediction上预测黄芪甲苷的靶点,借助人类基因数据库(GeneCards),药物靶标数据库(TTD),中医药研究综合数据库(TCMID)及中药系统... 目的:使用网络药理学的方法研究黄芪甲苷治疗缺血性脑卒中的机制。方法:在药物靶点预测平台Swiss Target Prediction上预测黄芪甲苷的靶点,借助人类基因数据库(GeneCards),药物靶标数据库(TTD),中医药研究综合数据库(TCMID)及中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索缺血性脑卒中疾病的靶点;将化合物靶点与疾病靶点作交集得到黄芪甲苷作用于缺血性脑卒中的潜在靶点。使用蛋白质相互作用平台(STRING)构建蛋白相互作用(PPI)网络,并通过网络拓扑分析筛选核心靶点。在生物学信息注释数据库(DAVID)中对交集靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。最后进行分子对接验证,进一步明确黄芪甲苷作用于缺血性脑卒中的核心靶点。结果:黄芪甲苷与缺血性脑卒中的靶点取交集后获得44个共同靶点,PPI网络拓扑分析发现蛋白激酶B1(Akt1),肾素(REN),表皮生长因子受体(EGFR),血管内皮生长因子A(VEGFA),非受体酪氨酸蛋白激酶Src(SRC)是黄芪甲苷治疗缺血性脑卒中的核心靶点。KEGG通路富集分析结果显示,黄芪甲苷作用于缺血性脑卒中的通路涉及神经活性配体-受体相互作用通路,环磷酸鸟苷(cGMP)/cGMP依赖的蛋白激酶(PKG)信号通路、钙信号通路、小分子G蛋白(Rap1)信号通路、磷脂酰肌醇-3激酶(PI3K)/蛋白激酶B(Akt)信号通路等。结论:黄芪甲苷可能通过作用于Akt1,REN,EGFR,VEGFA,SRC等靶点促进血管生成及抑制血小板活性进而改善脑血流量,又可以抑制脑部缺血组织细胞的凋亡及炎症反应等减轻神经功能的损伤,最终产生治疗缺血性脑卒中的效果。该研究结果为深入探究黄芪甲苷治疗缺血性脑卒中的作用机制提供了思路和引导方向。 展开更多
关键词 黄芪甲苷 缺血性脑卒中 网络药理学 分子对接 信号通路
黄芪桂枝五物汤治疗骨关节炎网络药理学及分子对接技术分析 认领
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作者 韩杰 章晓云 +5 位作者 陈日兰 张驰 廖子龙 陈跃平 陈锋 廖建钊 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2021年第14期2224-2230,共7页
背景:研究证明,黄芪桂枝五物汤可通过抑制血管新生减少软骨损伤,促进软骨修复,延缓病情发展,但其作用机制尚不明确。目的:采用网络药理学方法及分子对接技术探讨黄芪桂枝五物汤治疗骨关节炎的分子机制。方法:通过TCMSP数据库筛选黄芪桂... 背景:研究证明,黄芪桂枝五物汤可通过抑制血管新生减少软骨损伤,促进软骨修复,延缓病情发展,但其作用机制尚不明确。目的:采用网络药理学方法及分子对接技术探讨黄芪桂枝五物汤治疗骨关节炎的分子机制。方法:通过TCMSP数据库筛选黄芪桂枝五物汤的活性成分及对应靶点,同时检索OMIM、GeneCards、TTD数据库获取治疗骨关节炎的相关靶点,然后将药物预测靶点与疾病靶点进行交集得到黄芪桂枝五物汤治疗骨关节炎的靶点。接着,利用STRING数据库结合Cytoscape软件构建黄芪桂枝五物汤治疗骨关节炎的"单味药-活性成分-作用靶点"网络和蛋白质相互作用网络,并使用David数据库对黄芪桂枝五物汤治疗骨关节炎的作用靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,最后运用PyMOL等软件对黄芪桂枝五物汤的关键活性成分与关键靶点进行分子对接验证。结果与结论:①筛选得到63个黄芪桂枝五物汤的化合物和217个相关靶点,与治疗骨关节炎的靶点取交集后得到130个黄芪桂枝五物汤治疗骨关节炎的靶点,主要涉及AGE-RAGE信号通路、MAPK信号通路、核因子κB信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、白细胞介素17信号通路等,可能通过对脂多糖的反应、对细菌来源分子的反应、对营养水平的反应、氧化应激反应等功能发挥治疗骨关节炎的作用;②蛋白互作分析提示JUN、AKT1、HSP90AA1、血管内皮生长因子A、白细胞介素6为蛋白互作网络中的核心靶点,共实现了5个关键活性成分与5个关键靶点的分子对接;③结果说明,黄芪桂枝五物汤通过多成分、多靶点、多通路调控的特点发挥治疗骨关节炎的作用。 展开更多
关键词 骨关节炎 网络药理学 靶点 分子对接 黄芪 桂枝 蛋白 因子
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淫羊藿中抗骨关节炎成分的分子对接研究 认领
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作者 郭小华 朱燕亮 吴龙火 《赣南医学院学报》 2021年第1期11-16,共6页
目的:研究淫羊藿中21个抗骨关节炎成分与AKT1等6个潜在抗骨关节炎核心靶点的结合模式和相互作用。方法:采用AutoDock 4.2分子对接软件,将21个抗骨关节炎成分及潜在核心靶点中的原始配体的二维结构转化成三维结构,确立其空间坐标,再设置... 目的:研究淫羊藿中21个抗骨关节炎成分与AKT1等6个潜在抗骨关节炎核心靶点的结合模式和相互作用。方法:采用AutoDock 4.2分子对接软件,将21个抗骨关节炎成分及潜在核心靶点中的原始配体的二维结构转化成三维结构,确立其空间坐标,再设置受体蛋白的网格,并运行对接程序,进行对接运算。分子对接数据以估计抑制常数(Ki值)为参考,同时比较分子对接构象,分析化合物与靶蛋白的结合作用。结果:从分子对接数据上看,大部分对接化合物与RELA蛋白对接的Ki值都达到了纳摩尔水平,其中化合物4对接的Ki值最小,为6.84 nmol·L^(-1);所有对接化合物中,化合物4与各蛋白的对接数据优于其他化合物,其中与FOS蛋白和RELA蛋白对接的Ki值分别为13.23 nmol·L^(-1)和6.84 nmol·L^(-1),接近甚至小于各自原始配体对接的Ki值。化合物6和化合物13对接数据与化合物4相当,化合物11的对接数据是所有化合物中最差的。从分子对接构象上看,化合物4在空间上完全占据了RELA蛋白活性位点的三个活性口袋,并与周围的氨基酸形成氢键相互作用力,表现出较强的结合能力;化合物11未能完全匹配RELA蛋白的活性腔,与RELA蛋白结合不牢固,表现出较弱的虚拟活性。结论:淫羊藿中抗骨关节炎成分对潜在核心靶点有一定的选择性,主要作用于RELA蛋白。化合物4、化合物6和化合物13等几个结构类似的化合物在空间上能够完全占据RELA蛋白活性位点中三个活性口袋,呈现较强的骨关节炎虚拟抑制活性,是淫羊藿发挥抗炎作用的主要成分,类似直链结构的化合物11则很难完全匹配RELA蛋白的活性位点。本研究将为骨关节炎抑制剂的开发提供一定理论指导。 展开更多
关键词 淫羊藿 RELA 骨关节炎 分子对接
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基于网络药理学与分子对接技术的荆银合剂干预新型冠状病毒肺炎的作用机制研究 认领
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作者 蔡孟成 俞超芹 《第二军医大学学报》 CAS 北大核心 2021年第3期261-269,共9页
目的应用网络药理学和分子对接的方法,探讨荆银合剂干预新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的分子靶点及可能机制。方法利用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)检索荆银合剂的潜在入血活性成分和靶点。通过GeneCard数据库检索COVID-19相关... 目的应用网络药理学和分子对接的方法,探讨荆银合剂干预新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的分子靶点及可能机制。方法利用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)检索荆银合剂的潜在入血活性成分和靶点。通过GeneCard数据库检索COVID-19相关靶点。利用STRING 10.5软件构建荆银合剂成分靶点与COVID-19靶点的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。利用R 3.6软件进行基因本体(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析;采用AutoDock Tools 1.5.6和AutoDock Vina 1.1.2软件进行分子对接研究。结果根据药动学参数口服生物利用度和类药性筛选出120种活性成分,并获得了与这些成分相关的232个靶点。从GeneCard数据库中获得350个与COVID-19直接相关的靶点,从成分靶点与疾病靶点网络的交集中获得47个靶点,这些靶点主要参与细胞内脂多糖反应、氧化应激反应、对机械刺激的反应等生物学过程。分子功能主要包括细胞因子受体结合、细胞因子活性、受体配体活性等,其机制与低氧诱导因子1信号通路、NF-κB信号通路、细胞凋亡等有关。分子对接结果显示荆银合剂中槲皮素、木樨草素与6LU7和6M3M蛋白具有一定的亲和力。结论荆银合剂的活性成分可能通过抗病毒、抗炎、调控细胞周期对COVID-19及其导致的炎症和肺损伤具有潜在的干预作用,研究结果可为中医药干预COVID-19提供一定的理论基础与科学依据。 展开更多
关键词 新型冠状病毒肺炎 荆银合剂 网络药理学 分子对接
基于网络药理学与分子对接的连夏消痞颗粒治疗功能性消化不良机制分析 认领
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作者 孙彩虹 李瑞明 +3 位作者 田野 黄爱岚 刘杨 何毅 《天津药学》 2021年第1期19-25,共7页
目的:本研究采用网络药理学与分子对接探讨连夏消痞颗粒治疗功能性消化不良的潜在作用机制。方法:基于连夏消痞颗粒全方物质基础研究,采用TCMSP等数据库搜集活性化合物及其作用靶点,OMIM、DrugBank等数据库搜集FD的靶点并结合文献对疾... 目的:本研究采用网络药理学与分子对接探讨连夏消痞颗粒治疗功能性消化不良的潜在作用机制。方法:基于连夏消痞颗粒全方物质基础研究,采用TCMSP等数据库搜集活性化合物及其作用靶点,OMIM、DrugBank等数据库搜集FD的靶点并结合文献对疾病靶点进行整理筛选。采用STRING数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络构建并筛选出核心靶点;利用Cytoscape软件构建化合物-靶点-通路网络;随后对核心靶点进行基因本体(Gene Oncology,GO)功能富集分析及KEGG通路富集分析。最后,基于DOCK 6.0对核心靶点和活性小分子进行分子对接验证。结果:本研究共筛选出活性化合物27个,度值较高的活性化合物为β-谷甾醇、汉黄芩素、柚皮素、黄芩素、木蝴蝶素A、木兰花碱、小檗碱、巴马汀等;核心靶点10个,分别是AKT1、IL6、MAPK3、VEGFA、FOS、TNF、CASP3、TP53、JUN、PTGS2。通过GO富集分析得到条目106条,靶点富集到的信号通路167条。分子对接结果进一步验证小檗碱、黄芩素可能通过作用于核心靶点调节TNF信号通路、IL-17信号通路及Toll样受体信号通路等通路来发挥治疗作用。结论:本研究通过活性化合物-靶点-通路相互作用网络以及分子对接技术探讨连夏消痞颗粒对FD的潜在作用机制,为后续深入研究其药理作用提供了参考依据。 展开更多
关键词 功能性消化不良 连夏消痞颗粒 网络药理学 分子对接 作用机制
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基于MrgrpX2的双黄连注射剂中潜在成分虚拟筛选 认领
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作者 陈莉 季文君 +3 位作者 戴国英 陶渊达 周浩泽 杨袁 《世界中医药》 CAS 2021年第3期504-508,共5页
目的:运用计算机虚拟筛选技术,建立基于MrgrpX2的潜在类过敏成分的筛选模型,对双黄连注射液中13种成分进行虚拟筛选。方法:采用AutoDock Vina软件及LigPlot+软件,以MrgrpX2作为目标蛋白,对各单体成分进行虚拟分子对接筛选,计算受体和配... 目的:运用计算机虚拟筛选技术,建立基于MrgrpX2的潜在类过敏成分的筛选模型,对双黄连注射液中13种成分进行虚拟筛选。方法:采用AutoDock Vina软件及LigPlot+软件,以MrgrpX2作为目标蛋白,对各单体成分进行虚拟分子对接筛选,计算受体和配体间的结合能并分析分子间作用类型。结果:分子对接的结果显示,13种单体成分的结合能依次为连翘酯苷A、黄芩苷、野黄芩苷、芦丁、连翘苷、黄芩素、木犀草素、隐绿原酸、新绿原酸、汉黄芩素、金丝桃苷、绿原酸和咖啡酸,分子间作用以Pi-Pi作用力、氢键作用和疏水作用为主。结论:建立的基于MrgrpX2的筛选模型可用于辅助潜在类过敏成分的初步筛选,筛选出的双黄连注射剂中的连翘酯苷A在这13种单体成分中与类过敏关键受体MrgrpX2具有更高的亲和力,提示可能有更高的致类过敏风险,值得深入研究。 展开更多
关键词 类过敏 MrgrpX2 分子对接 双黄连注射剂 连翘酯苷A 隐绿原酸 新绿原酸 绿原酸
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基于分子对接和网络药理学分析金银花-黄连治疗关节假体周围感染的作用及分子机制 认领
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作者 张海涛 陈锦伦 +6 位作者 朱兴阳 曾会粮 李杰 孙小波 齐新宇 曾建春 曾意荣 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2021年第21期3360-3367,共8页
背景:有研究表明金银花、黄连中多种单体治疗关节假体周围感染有效,关于金银花、黄连单独作用的研究较多,但金银花-黄连的共同药理作用机制鲜有文献报道。目的:基于分子对接和网络药理学手段探究金银花-黄连治疗关节假体周围感染的潜在... 背景:有研究表明金银花、黄连中多种单体治疗关节假体周围感染有效,关于金银花、黄连单独作用的研究较多,但金银花-黄连的共同药理作用机制鲜有文献报道。目的:基于分子对接和网络药理学手段探究金银花-黄连治疗关节假体周围感染的潜在有效成分、靶点和作用机制。方法:通过传统中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)筛选金银花、黄连的有效成分和靶点基因。使用人类基因数据库(GeneCards)和在线孟德尔遗传数据库(OMIM)获得关节假体周围感染靶点基因,取交集后获得金银花-黄连与关节假体周围感染的交集基因。通过STRING数据库构建靶点蛋白质之间相互作用(PPI)网络,利用Cytoscape 3.7.2软件中"Cyto NCA"插件对该PPI网络做拓扑分析和核心靶点筛选,再通过Cytoscape 3.7.2软件构建"中药-有效成分-交集靶点-疾病""有效成分-交集靶点"和"通路-富集基因"网络。利用DAVID在线工具进行交集靶点的基因本体论(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并通过分子对接验证有效成分与靶点亲和力。结果与结论:①通过数据库筛选获得金银花治疗关节假体周围感染的有效成分14个及对应靶点183个,黄连治疗关节假体周围感染的有效成分9个及对应靶点158个;②共获得关节假体周围感染相关基因286个,药物和疾病的交集基因37个,PPI网络筛选出白细胞介素6等17个核心基因;③GO功能富集显示,金银花-黄连治疗关节假体周围感染的生物功能共有59个,其中生物过程44个,细胞组分6个,分子功能9个;④KEGG通路富集共筛选出17条信号通路;⑤分子对接结果显示,槲皮素、木犀草素、山柰酚与白细胞介素6、基质金属蛋白酶9、白细胞介素1β具有良好的亲和力;⑥结果证实,金银花-黄连治疗关节假体周围感染的具体机制涉及槲皮素和木犀草素等多个有效化合物,南美锥虫病和肿 展开更多
关键词 关节 中医药 假体 金银花 黄连 感染 网络药理学 分子对接 信号通路 基因
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基于网络药理学和分子对接探讨疏风解毒胶囊治疗新型冠状病毒肺炎可能的作用机制 认领
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作者 刘枭 徐银莹 +1 位作者 姜孙旻 许云 《中国药物警戒》 2021年第2期115-120,共6页
目的采用网络药理学技术探讨疏风解毒胶囊治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的可能机制。方法利用中药系统药理学一体化分析平台(TCMSP)筛选疏风解毒胶囊活性成分和预测靶点,通过在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、人类基因注释数据库(Gene... 目的采用网络药理学技术探讨疏风解毒胶囊治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的可能机制。方法利用中药系统药理学一体化分析平台(TCMSP)筛选疏风解毒胶囊活性成分和预测靶点,通过在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、人类基因注释数据库(GeneCards)筛选COVID-19相关靶点,采用Cytoscape软件构建药物-靶点-疾病网络和靶点蛋白相互作用(PPI)网络,使用Autodock_vina软件进行分子对接验证,基于生物学信息注释数据库David数据库进行靶点基因本体(gene ontologg,GO)功能、京都基因和基因百科全书(KEGG)通路富集分析。结果筛选出疏风解毒胶囊活性成分190种,预测药物作用靶点299个,与COVID-19相关的靶点有52个。通过对药物-基因-疾病网络和PPI网络的拓扑学分析,筛选出白藜芦醇、葛根素、大黄素等8个核心活性成分和白细胞介素6(IL-6)、肿瘤坏死细胞因子(TNF)、丝裂原激活蛋白激酶8(MAPK8)和MAPK14个核心基因;富集到P≤0.05、伪发现率(FDR)≤0.05的GO条目130条,涉及脂多糖介导的信号通路、细胞因子活动、炎症反应、免疫反应等;富集到P≤0.05、FDR≤0.05的KEGG通路23条,涉及TNF信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B信号通路、NF-кB信号通路、低氧诱导因子-1信号通路、钙离子信号通路等。分子对接验证显示,核心活性成分与新型冠状病毒嵌合体和血管紧张素转换酶Ⅱ具有较好的结合活性。结论疏风解毒胶囊中的白藜芦醇、葛根素、大黄素等成分可能通过作用于血管紧张素转换酶Ⅱ、细胞丝氨酸蛋白酶影响病毒的入侵,从而对COVID-19具有一定的治疗作用。 展开更多
关键词 网络药理学 分子对接 疏风解毒胶囊 新型冠状病毒肺炎 血管紧张素转换酶Ⅱ
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