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Study on Molecular Mechanism of Yiqing Capsule in Treating Upper Respiratory Tract Infection Based on Network Pharmacology 认领
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作者 Yanwu Zhao Junhui Hu 《中医(英文)》 2020年第1期1-8,共8页
Objective: To investigate the possible mechanism of Yiqing Capsules in the treatment of upper respiratory tract infection based on network pharmacology. Methods: The main active components of Yiqing Capsules were sele... Objective: To investigate the possible mechanism of Yiqing Capsules in the treatment of upper respiratory tract infection based on network pharmacology. Methods: The main active components of Yiqing Capsules were selected on TCMSP database;the targets of upper respiratory tract infection were selected on GeneCards database. The drug-compound-target network and PPi network were constructed through STRING database and soft Cytoscape 3.7.2. Soft R was used to perform GO enrichment analysis and KEGG pathway enrichment analysis of main targets. Results: According to the screening conditions, 48 active compounds and 171 related targets were obtained. GO enrichment analysis obtained 2333 items, KEGG pathway enrichment analysis obtained 2248 items, including Kaposi sarcoma-associated herpesvirus infection, Human cytomegalovirus infection, Epstein-Barr virus infection, PI3K-Akt signaling pathway, etc. Conclusion: Yiqing capsules play a therapeutic role in upper respiratory tract infection through multi-target and multi-pathway. 展开更多
关键词 Yiqing CAPSULE UPPER RESPIRATORY TRACT Infection Network PHARMACOLOGY
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Exploration on Shufeng Jiedu Capsule for Treatment of COVID-19 Based on Network Pharmacology and Molecular Docking 认领
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作者 Yanwu Zhao Junhui Hu +3 位作者 Jiang Song Xinhong Zhao Yanjing Shi Yanping Jiang 《中医(英文)》 2020年第1期9-18,共10页
The paper is proposed to explore the potential effects of Shufeng Jiedu Capsule against COVID-19. The ingredients and targets of Shufeng Jiedu Capsule were collected by the Traditional Chinese Medicine Systems Pharmac... The paper is proposed to explore the potential effects of Shufeng Jiedu Capsule against COVID-19. The ingredients and targets of Shufeng Jiedu Capsule were collected by the Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform (TCMSP), and the gene names of potential targets were extracted by UniProtKB. Then we did protein-protein interaction networks functional enrichment analysis by the STRING platform, reconstructed drug-target pathways and networks to predict the likely protein targets of the capsule against COVID-19 with software Cytoscape 3.6.1, and carried out GO enrichment analysis and KEGG analysis with R 5.3.2 software. At last we validated our predictions on molecular docking. The results suggested that Shufeng Jiedu Capsule contained 155 ingredients and 237 targets, including 26 main active ingredients and 45 key targets. There were 2334 biological processes (BP), 103 cell composition (CC) and 198 molecular functions (MF) in GO Enrichment Analysis, and 177 pathways in the KEGG analysis. The molecular docking analysis showed that binding energy for 26 main active ingredients ranged from -32.21 to -25.94 kJ&middot;mol-1, and the main targets bind to SARS-CoV-2 3CL hydrolase by acting on CASP9, PRKCA, RELA and others. Our study suggested that Shufeng Jiedu Capsule has potential therapeutic effects on COVID-19. 展开更多
关键词 Shufeng Jiedu CAPSULE NETWORK PHARMACOLOGY MOLECULAR DOCKING COVID-19
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Target Prediction and Molecular Mechanism of Compound Honggencao for Upper Respiratory Tract Infection Based on Network Pharmacology 认领
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作者 Junhui Hu Jingyi Zhao +6 位作者 Ying Wang Yinhui Yao Song Jiang Jianhui Li Xun Xiao Yanping Jiang Yanwu Zhao 《中医(英文)》 2020年第1期19-29,共11页
Objective: The target prediction and molecular mechanism of compound Honggencao in the treatment of upper respiratory tract infection were investigated based on network pharmacology. Methods: In the database of Tradit... Objective: The target prediction and molecular mechanism of compound Honggencao in the treatment of upper respiratory tract infection were investigated based on network pharmacology. Methods: In the database of Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform, chemical composition and potential targets of compound Honggencao were mined, and the target gene of upper respiratory tract infection of compound Honggencao was extracted from GeneCards databases. The protein-protein interaction of target genes was constructed. Then, the essential genes of enrichment of KEGG pathway analysis and functional analysis were analysed. Results: Compound Honggencao had 69 kinds of active ingredients. The upper respiratory tract infection of the target gene was 186 that built compound Honggencao on the relationship between upper respiratory tract infections of protein interaction networks, which had a total of 186 nodes, 3515 sides. Fifty-six essential genes were including IL-17, EGFR and CDND1, and so on. Gene ontology analysis had 2567 items, and pathway analysis was 166 items. The main signaling pathways involved with IL-17 signaling pathways, tumour necrosis factor signal pathway and human cytomegalovirus infection, and so on. Conclusion: The pharmacological action of compound Honggencao on upper respiratory tract infection was characterized by the synergistic effect of multiple components and multiple targets, which provided an absolute theoretical basis for the research on the pharmacological direction of molecular signaling pathway and a specific theoretical basis for clinical use. 展开更多
关键词 Network PHARMACOLOGY COMPOUND Honggencao UPPER RESPIRATORY TRACT Infection Target Molecular Mechanism
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网络药理学在中药复方研究中的应用 认领
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作者 段贤春 黄石 +4 位作者 彭代银 韩岚 汪小莉 汪永忠 潘凌宇 《中国药理学通报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期303-308,共6页
中药复方由多种草药和(或)矿物药等成份按照“君臣佐使”的原则配伍,可以达到增效减毒的目的。由于中药具有多成分、多靶点、多途径的特点,增加了中药复方物质基础及其作用机制研究的难度,而网络药理学具有整体性、系统性等优点,近年来... 中药复方由多种草药和(或)矿物药等成份按照“君臣佐使”的原则配伍,可以达到增效减毒的目的。由于中药具有多成分、多靶点、多途径的特点,增加了中药复方物质基础及其作用机制研究的难度,而网络药理学具有整体性、系统性等优点,近年来广泛应用于中药复方研究,通过参阅相关文献,本文首先总结了目前用于中医药研究的常见数据库和软件,其次简要介绍了网络药理学研究基本方法与技术,最后列举了网络药理学在中药复方研究中的代表性应用,以期为深入了解和应用网络药理学带来新的启示。 展开更多
关键词 中药复方 网络药理学 数据库 网络构建 网络分析 作用机制 慢性疾病
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系统药理学Ⅲ:在诠释中医药整体作用机制中的应用进展 认领
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作者 姚文博 李丰 +1 位作者 石彬彬 李燕 《中国实验方剂学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第13期219-227,共9页
整体医学是一个跨学科的研究领域,其整合了所有类型的生物信息(蛋白质、小分子、组织、器官、外部环境信号等),从而为医疗保健和疾病治疗提供可预测和可操作的模型。尽管这门学科具有全球性和综合性的特点,但阐明整体医学机制的科学证... 整体医学是一个跨学科的研究领域,其整合了所有类型的生物信息(蛋白质、小分子、组织、器官、外部环境信号等),从而为医疗保健和疾病治疗提供可预测和可操作的模型。尽管这门学科具有全球性和综合性的特点,但阐明整体医学机制的科学证据仍较为匮乏。作为一门基于经典药理学、计算机技术、生物信息学、网络药理学等多学科技术交叉、融合而发展起来的新兴学科,系统药理学从分子、细胞、器官、网络等多个水平系统地研究了药物与人体之间的相互作用以及其规律和本质,其自2011年诞生以来,已被广泛应用于整体医学推广、复方解析、新药开发和中医基础理论阐释等领域。该文详细介绍了中药系统药理学的研究思路,并通过梳理系统药理学在中药多成分、多靶点、多通路、多功能以及中药配伍等方面的研究,来诠释整体医学领域整体治疗复杂疾病的作用机制,以期为整体医学的现代化研究提供新方法与新思路。 展开更多
关键词 系统药理学 整体医学 中药 网络药理学 作用机制 配伍 方剂
基于系统评价及网络药理学分析升陷汤加味论治心力衰竭的法象药理 认领
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作者 刘博通 张明雪 《中华中医药学刊》 CAS 北大核心 2020年第4期134-138,共5页
目的基于曹洪欣教授及张明雪教授运用升陷汤治疗心力衰竭的经验,运用系统评价对升陷汤治疗心力衰竭的疗效进行进一步确认,同时运用网络药理学工具辅助探讨其治疗该疾病的中医机理。方法计算机检索Pubmed、CNKI、Wanfangdata、VIP、CBM、... 目的基于曹洪欣教授及张明雪教授运用升陷汤治疗心力衰竭的经验,运用系统评价对升陷汤治疗心力衰竭的疗效进行进一步确认,同时运用网络药理学工具辅助探讨其治疗该疾病的中医机理。方法计算机检索Pubmed、CNKI、Wanfangdata、VIP、CBM、Cochrane图书馆至2018年10月31日。纳入升陷汤联合西药治疗心力衰竭比较的随机对照试验(RCT)。采用RevMan 5.3.5软件进行资料分析。结局的效应指标为相对危险度(relative risk,RR),以95%可信区间(confidence intervals,CI)表示。将升陷汤药物在BATMAN-TCM数据库、TCM Database@Taiwan数据库及TCMID数据库进行检索,并将检索结果在北京蛋白质组研究中心BATMAN-TCM数据库进行分析。结果系统评价结果总有效率:Meta分析结果显示升陷汤结合常规西药治疗优于常规西药组[RR=1.29,95%CI(1.17, 1.42)],网络药理学结果分析显示升陷汤依据药类法象分类寒沉藏类药物与心力衰竭的治疗关系密切(P<0.01)。结论系统评价结果进一步说明了专家应用升陷汤治疗心力衰竭的合理性,说明了升陷汤对治疗心力衰竭具有潜在疗效,且升陷汤中蕴含的寒沉藏法有可能是治疗心力衰竭的有效方法之一。这需要今后进一步的多中心大样本随机对照试验及更进一步的基础实验来确定。 展开更多
关键词 升陷汤 心力衰竭 药类法象 网络药理学 系统评价
基于生物分子网络的黄芪-丹参药对干预慢性心力衰竭作用机制预测研究 认领
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作者 章轶立 李园 +6 位作者 刘俊杰 张建 杨双杰 王旨引 王娟 赵慧辉 王伟 《中国中医药信息杂志》 CAS CSCD 2020年第2期93-98,共6页
目的借助生物网络及模块化分析方法探索黄芪-丹参药对治疗慢性心力衰竭(CHF)的潜在作用靶点和信号,初步探索益气活血法治疗CHF可能的生物学机制。方法综合利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和中药分子机制的生物信息学分析工具... 目的借助生物网络及模块化分析方法探索黄芪-丹参药对治疗慢性心力衰竭(CHF)的潜在作用靶点和信号,初步探索益气活血法治疗CHF可能的生物学机制。方法综合利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和中药分子机制的生物信息学分析工具(BATMAN-TCM)、DisgeNet和HPO数据库,分别获得药物有效成分、作用靶点及疾病相关治疗靶点,构建药对与疾病间的关键靶标网络,基于基因本体数据库GO和KEGG通路数据库确定靶标基因、蛋白质分子功能、细胞内定位及其所参与的生物学反应和通路。结果黄芪-丹参药对治疗CHF的作用机制可能与调节机体内激素的分泌、转运、代谢,机体循环系统调节,血液循环调节等有关,并可能作用于昼夜节律、固醇类激素合成、缺氧诱导因子、组氨酸代谢、肾素血管紧张素系统、基底转录因子等相关信号通路。结论黄芪-丹参药对可能通过调节相关物质基础发挥治疗CHF作用,“昼夜节律调控”可能成为益气活血法治疗CHF新的思路。 展开更多
关键词 网络药理学 黄芪 丹参 心力衰竭 生物网络
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基于网络药理学探讨山海丹颗粒治疗勃起功能障碍的潜在作用机制 认领
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作者 钱程 成鹏 +6 位作者 郑维维 余苏云 吴佳伟 郑孟凯 陈文星 陆茵 王爱云 《中国药理学通报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第6期864-870,共7页
目的基于网络药理学分析山海丹颗粒治疗勃起功能障碍的潜在作用机制。方法将山海丹颗粒作为研究对象,通过中药系统药理学数据库和分析平台等数据库查询山海丹颗粒包含各味中药的主要化学成分;设定口服生物利用度、类药性为筛选参数,寻... 目的基于网络药理学分析山海丹颗粒治疗勃起功能障碍的潜在作用机制。方法将山海丹颗粒作为研究对象,通过中药系统药理学数据库和分析平台等数据库查询山海丹颗粒包含各味中药的主要化学成分;设定口服生物利用度、类药性为筛选参数,寻找活性成分及潜在靶点,构建中药-靶点作用图;通过TTD等数据库查找勃起功能障碍相关疾病靶点;利用PPI网络进行拓扑分析与核心靶点筛选;利用DAVID进行GO注释和KEGG富集分析;利用ClueGo对关键靶点富集分析,构建可视化结果;通过GeneMANIA构建蛋白相互作用网络。结果通过数据库搜索整合,得到山海丹颗粒中186个活性成分作用靶点;82个疾病靶点;PPI拓扑筛选核心靶点NOS、MAPK、TNF等;山海丹颗粒可能通过cGMP/PKG通路、MAPK通路、PI3K/Akt通路、凋亡途径等发挥对勃起功能障碍的治疗作用。结论网络药理学研究揭示了山海丹颗粒治疗勃起功能障碍的可能性,为山海丹颗粒扩大适应症提供依据和新思路。 展开更多
关键词 山海丹颗粒 网络药理学 勃起功能障碍 信号通路 作用靶点 蛋白相互作用
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当归-川芎药对治疗脑梗死的“调控网络”和机制 认领
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作者 杨正飞 杨小燕 +4 位作者 陈叶飞 吴旦斌 郭茂娟 徐彦龙 姜希娟 《中医学报》 CAS 2020年第1期149-154,共6页
目的:本研究借助网络药理学的方法预测当归-川芎药对治疗脑梗死的潜在靶点,探讨其调控网络及作用机制。方法:首先,本研究运用在线中医药生物信息学分析工具(BATMAN-TCM)筛选当归-川芎作用的共同靶点;其次,通过OMIM数据库、GAD数据库、TT... 目的:本研究借助网络药理学的方法预测当归-川芎药对治疗脑梗死的潜在靶点,探讨其调控网络及作用机制。方法:首先,本研究运用在线中医药生物信息学分析工具(BATMAN-TCM)筛选当归-川芎作用的共同靶点;其次,通过OMIM数据库、GAD数据库、TTD数据库以及PharmGKB数据库筛选与脑梗死相关的靶点,并通过Cytoscape3.6.1软件筛选"药物-靶点-疾病"网络中的关键靶点;最后,利用DAVID 6.8在线分析工具对得到的关键靶点进行GO功能富集和KEGG通路富集,并运用Omicshare在线分析工具对通路富集结果进行可视化。结果:通过筛选得到当归-川芎药对的共同靶点229个,脑梗死相关的作用靶点102个,通过网络合并和拓扑最终得到当归-川芎药对治疗脑梗死的关键靶点493个,其中涉及154个生物过程,65种细胞组成,51种分子功能及20条具有显著意义的通路(P<0.01,FDR<0.05)。结论:当归-川芎药对可能通过Thyroid hormone信号通路、Neurotrophin信号通路、MAPK信号通路及PI3K信号通路发挥治疗脑梗死的功效。其中,Thyroid hormone信号通路可能是治疗脑梗死的新方向。 展开更多
关键词 当归-川芎药对 脑梗死 “调控网络” 网络药理学 富集分析 关键靶点 作用机制
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基于网络药理学筛选的黄芪香草酸对心肌重构的保护作用研究 认领
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作者 王伯阳 刘天龙 +4 位作者 刘晶 张铭杰 孙建军 刘小雷 马瑞莲 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期367-373,共7页
该文旨在通过网络药理学和高血压心肌重构小鼠心肌转录测序数据在黄芪中筛选对高血压心肌重构具有保护作用的单体化合物并对其活性进行验证。利用网络药理学方法建立黄芪单体化合物及其干预靶点数据库;分析高血压心肌重构小鼠心肌转录... 该文旨在通过网络药理学和高血压心肌重构小鼠心肌转录测序数据在黄芪中筛选对高血压心肌重构具有保护作用的单体化合物并对其活性进行验证。利用网络药理学方法建立黄芪单体化合物及其干预靶点数据库;分析高血压心肌重构小鼠心肌转录组测序数据,筛选与高血压心肌重构发生有关的基因;两者取交集,得到对高血压心肌重构具有保护作用的单体化合物;利用血管紧张素Ⅱ(AngⅡ)微渗透泵构建高血压心肌重构小鼠模型并使用筛选的目标化合物进行干预以评价其活性。最终,81种黄芪单体化合物及其1197个干预靶点被纳入到数据库中;与空白组小鼠比较,高血压心肌重构小鼠心肌组织中分别有983个基因和465个基因表达水平较空白组小鼠显著上调和下调;在1197个黄芪干预靶点和1448个高血压心肌重构相关基因之间取交集,共有92个重叠基因,涉及59种黄芪单体化合物,其中,黄芪香草酸(vanillic acid,VA)能够干预27个与高血压心肌重构发生有关的基因,位居榜首。动物水平研究结果显示,VA对AngⅡ诱导的小鼠心体比和心胫比的增加、ANP和BNP在心肌组织中的表达、心肌组织损伤、纤维化、心肌肥厚具有显著的抑制作用。上述结果说明,基于网络药理学筛选的黄芪VA对AngⅡ诱导的高血压心肌重构具有一定的保护作用。 展开更多
关键词 黄芪 网络药理学 香草酸 心肌重构 保护作用
基于网络药理学的方法研究桑叶活性成分对2型糖尿病治疗作用机制 认领
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作者 宫阿娟 潘天荣 +2 位作者 付万进 周仁鹏 胡伟 《医药论坛杂志》 2020年第2期30-37,41,共9页
目的使用网络药理学方法研究桑叶活性成分对2型糖尿病治疗机制。方法通过系统药理学方法构建桑叶化学成分数据库;使用ADME模型筛选活性化合物,基于随机森林法筛选活性化合物靶点,构建桑叶化合物—靶点网络(C—T网络);通过人类疾病数据... 目的使用网络药理学方法研究桑叶活性成分对2型糖尿病治疗机制。方法通过系统药理学方法构建桑叶化学成分数据库;使用ADME模型筛选活性化合物,基于随机森林法筛选活性化合物靶点,构建桑叶化合物—靶点网络(C—T网络);通过人类疾病数据库和文献挖掘方法构建疾病蛋白—蛋白相互作用网络(PPI网络网络),构建桑叶活性化合物—疾病靶点网络(C—D网络);通过富集分析构建桑叶活性化合物—疾病靶点—通路网络(C—D—M网络)。结果本研究成功构建桑叶化学成分数据库,使用ADME模型筛选出25个潜在活性化合物,通过C—D网络发现桑叶活性化合物作用于23个2型糖尿病相关靶点,通过桑叶活性化合物—疾病靶点富集分析得到21个与2型糖尿病相关信号通路。结论桑叶是通过多成分、多靶点、多途径协同作用治疗2型糖尿病。 展开更多
关键词 2型糖尿病 桑叶 网络药理学 信号通路
清肝利胆口服液化学成分的鉴定及网络药理学法探讨其作用机制 认领
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作者 张丽珍 李泽运 +3 位作者 宋之臻 冯甜甜 朱运静 张晓坚 《中国医院药学杂志》 CAS 北大核心 2020年第1期38-41,共4页
目的:对清肝利胆口服液中的化学成分进行鉴定,探索其保肝利胆的作用机制。方法:采用超高效液相色谱-四级杆-飞行时间质谱(UPLC-Q-TOF-MS/MS)法鉴定清肝利胆口服液中所含的化学成分;利用TCMSP、TTD等数据库获得所得成分和疾病分别相对应... 目的:对清肝利胆口服液中的化学成分进行鉴定,探索其保肝利胆的作用机制。方法:采用超高效液相色谱-四级杆-飞行时间质谱(UPLC-Q-TOF-MS/MS)法鉴定清肝利胆口服液中所含的化学成分;利用TCMSP、TTD等数据库获得所得成分和疾病分别相对应的靶点信息;通过生物信息学技术富集涉及的相关通路及生物过程,并运用Cytoscape软件进行构图。结果:鉴定出清肝利胆口服液成分22种,成分作用靶点548个,疾病靶点454个,主要作用通路5条。结论:清肝利胆口服液中化学成分可以通过UPLC-Q-TOF-MS/MS法进行简便、快速定性分析,而其发挥保肝利胆的作用可能与抗炎、免疫调节、细胞色素P450代谢和血糖调节相关。 展开更多
关键词 清肝利胆口服液 超高效液相色谱-四级杆-飞行时间质谱 网络药理学
基于网络药理学和蛋白模块分析淫羊藿治疗骨关节炎的作用与机制 认领
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作者 章晓云 张驰 +4 位作者 宋世雷 韩杰 陈跃平 杨楠 许灿宏 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2020年第17期2660-2666,共7页
背景:现代中药药理学研究表明淫羊藿苷在骨关节炎方面有着非常积极的作用。由于淫羊藿所含化学成分较为复杂,且在分子水平上治疗骨关节炎的机制尚不明确,因此利用网络药理学从分子水平来解释淫羊藿治疗骨关节炎的潜在化学成分及作用机制... 背景:现代中药药理学研究表明淫羊藿苷在骨关节炎方面有着非常积极的作用。由于淫羊藿所含化学成分较为复杂,且在分子水平上治疗骨关节炎的机制尚不明确,因此利用网络药理学从分子水平来解释淫羊藿治疗骨关节炎的潜在化学成分及作用机制,可为后期药物研发及疾病治疗提供一定理论依据。目的:采用网络药理学方法探讨淫羊藿治疗骨关节炎的分子机制。方法:通过TCMSP数据库筛选淫羊藿的药效成分,通过TCMSP、Swiss Target Prediction和STITCH数据库预测淫羊藿药效成分的调控靶点,通过OMIM、GeneCards和TTD数据库预测治疗骨关节炎的靶点,将淫羊藿药效靶点与骨关节炎治疗靶点取交集,得到淫羊藿治疗骨关节炎的靶点,并构建“药物-成分-靶点-疾病”网络。通过STRING数据库分析蛋白互作关系,运用DAVID数据库分析蛋白模块的相关信号通路和功能。结果与结论:①筛选得到23个淫羊藿药效成分,共预测得到230个淫羊藿药效靶点和1221个骨关节炎的治疗靶点,取交集后得到95个淫羊藿治疗骨关节炎的靶点,蛋白互作分析提示JUN、AKT1、RELA、MAPK1、IL6、CXCL8、MAPK8、MAPK14、FOS、IL1B为蛋白互作网络中的核心靶点;②关键蛋白模块主要涉及白细胞介素受体通路、肿瘤坏死因子信号通路、Toll样受体信号通路、T细胞受体信号通路、NF-κB信号通路和破骨细胞分化通路,可能通过调控细胞增殖与凋亡、免疫细胞及免疫反应、炎症因子及炎症反应、脂多糖的细胞反应等多种生物过程发挥治疗骨关节炎的作用。 展开更多
关键词 骨关节炎 淫羊藿 信号通路 网络药理学 蛋白互作分析
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当归四逆汤治疗肝细胞癌作用机制的网络药理学分析 认领
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作者 刘泽宇 万宇翔 黄金昶 《中国实验方剂学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第6期185-192,共8页
目的:通过对当归四逆汤的网络药理学分析,探讨当归四逆汤治疗肝细胞癌的潜在抗肿瘤靶点及作用机制,为后续研究提供有针对性的指导。方法:利用Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform(TCMSP... 目的:通过对当归四逆汤的网络药理学分析,探讨当归四逆汤治疗肝细胞癌的潜在抗肿瘤靶点及作用机制,为后续研究提供有针对性的指导。方法:利用Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform(TCMSP)网站及Swiss Target Prediction网站建立当归四逆汤有效成分及靶点数据库,利用Comparative Toxicogenomics Database(CTD),Therapeutic Target Database(TTD),Human Phenotype Ontology(HPO)网站建立肝细胞癌相关靶点数据库,并与当归四逆汤靶点数据库相匹配。在匹配结果的基础上,应用STRING网站分析靶标之间的相互作用,并利用The Database for Annotation,Visualization and Integrated Discovery(DAVID)网站进行基因本体论(gene ontology,GO)生物学过程分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析,运用Cytoscape 3. 6. 0软件进行网络分析。结果:共发现当归四逆汤治疗肝细胞癌的56个可能的重要靶点,经GO富集分析得到106个细胞生物学过程,经KEGG富集分析得到23个相关通路,其中主要包括TNF信号通路,FoxO信号通路,Toll样受体信号通路,p53信号通路,磷脂酰肌醇3激酶(PI3K)/蛋白激酶B(Akt)信号通路,腺苷酸激活蛋白激酶(AMPK)信号通路,两面神激酶(JAK)/信号传导及转录激活因子(STAT)信号通路等。结论:当归四逆汤对肝细胞癌的治疗作用可能是多靶点、多途径、多层次的。并且可以推测槲皮素和山柰酚可能是其中比较重要的2个有效成分,PI3K/Akt信号通路和MAPK信号通路可能是本方发挥作用比较重要的两条信号通路。本研究不仅有助于更好地理解当归四逆汤抗肝细胞癌的作用机制,而且提供了利用网络药理学开发新的中医药候选药物的策略。 展开更多
关键词 当归四逆汤 肝细胞癌 网络药理学
基于网络药理学预测银杏叶治疗心肌缺血的作用机制 认领
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作者 谢巍 杨妮 肖萍 《广州医药》 2020年第1期32-38,45共8页
目的基于网络药理学方法预测银杏叶治疗心肌缺血的潜在靶点及信号通路。方法利用TCMSP平台筛选生物利用度(OB)≥30%和类药性(DL)≥0.18的活性成分及作用靶点。利用GeneCards和OMIM数据库检索心肌缺血疾病相关靶点,并提取药物成分和心肌... 目的基于网络药理学方法预测银杏叶治疗心肌缺血的潜在靶点及信号通路。方法利用TCMSP平台筛选生物利用度(OB)≥30%和类药性(DL)≥0.18的活性成分及作用靶点。利用GeneCards和OMIM数据库检索心肌缺血疾病相关靶点,并提取药物成分和心肌缺血疾病的共有靶点作为关键靶点。通过在线TRING平台构建PPI网络,并采用Cytoscape软件构建可视化的“化合物-靶点-通路”网络,进一步进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。结果筛选得到27种潜在的药效成分,2164个化合物靶点,531个心肌缺血相关靶基因。两者取交集后获得疾病-类药活性成分40个共同靶点,PPI蛋白互作网络自由度较高的节点依次为:IL6、VEGFA、CASP3、MAPK8、MYC、NOS3。GO功能富集分析得到42个GO条目,KEGG通路富集分析得到42条信号通路。结论银杏叶治疗心肌缺血主要GO能力富集在半胱氨酸肽链内切酶活性,内肽酶活力,激活转录因子结合,DNA结合转录激活剂活性,RNA聚合酶II特异性等功能,调控TNF信号通路,糖尿病并发症的年龄愤怒信号,细胞凋亡,PI3K-Akt信号通路等信号,进一步达到对心肌缺血疾病的治疗。 展开更多
关键词 银杏叶 网络药理学 心肌缺血 靶点 信号通路
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基于数据挖掘及网络药理学探究李顺民治疗慢性肾脏病3~5期用药经验及作用机理 认领
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作者 杨栋 祁爱蓉 +2 位作者 李雨彦 戈娜 罗登贵 《新中医》 CAS 2020年第4期176-180,共5页
目的:利用数据挖掘技术总结李顺民教授治疗慢性肾脏病(Chronic kidney disease,CKD)的用药经验,并利用网络药理学技术探究其内在机理。方法:收集笔者2012年1月-2015年12月期间在师承李顺民教授工作中门诊记录的CKD3~5期患者病案,建立Acc... 目的:利用数据挖掘技术总结李顺民教授治疗慢性肾脏病(Chronic kidney disease,CKD)的用药经验,并利用网络药理学技术探究其内在机理。方法:收集笔者2012年1月-2015年12月期间在师承李顺民教授工作中门诊记录的CKD3~5期患者病案,建立Access数据库,利用结构化查询语言(SQL)进行数据处理,统计出李顺民教授治疗CKD3~5期的用药情况,再利用网络药理学技术对其进行分析。结果:共收集CKD3~5期病案5 100份(包括初诊及复诊病案),李顺民治疗CKD3~5期常用的中药有甘草、黄芪、山药、肉苁蓉、大黄、紫苏叶、芡实、生地黄、丹参、冬瓜皮等。其中常用中药组合有黄芪与甘草、黄芪与山药、黄芪与肉苁蓉。通过检索得到黄芪与甘草共130个基因靶标,CKD疾病靶标1 084个,它们之间相同的基因靶标22个;黄芪与山药共365个基因靶标,与CKD疾病靶标相同的有52个;黄芪与肉苁蓉共121个基因靶标,与CKD疾病靶标相同的有28个;黄芪与大黄共83个基因靶点,与CKD疾病靶标相同的有21个;肉苁蓉与甘草共361个基因靶点,与CKD相同的靶标有43个。富集分析后得到它们之间相同的KEGG信号通路有:Wnt信号通路、Notch信号通路及转化生长因子β(TGF-β)、Toll样受体信号通路等。结论:李顺民治疗CKD的用药机理与对Wnt信号通路、PPAR信号通路、Notch信号通路及TGF-β、Toll样受体信号通路的调节相关,这些通路对抗纤维化、抑制炎症及肾性骨病的治疗靶点的调节均综合反映了从脾论治CKD的分子机制。 展开更多
关键词 慢性肾脏病(CKD) 数据挖掘 网络药理学 李顺民 用药经验 作用机理
当归-白芍药对治疗溃疡性结肠炎的网络药理学研究 认领
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作者 徐甜 连雅君 +6 位作者 李振汉 樊姝宁 邓楠 马重阳 程发峰 王雪茜 王庆国 《中华中医药学刊》 CAS 北大核心 2020年第1期173-176,I0033共5页
目的基于网络药理学研究当归-白芍药对治疗溃疡性结肠炎的作用机制。方法利用TCMSP数据库,得到当归-白芍药对化学成分的口服利用率和药物相似性等参数,并筛选药对的有效成分组。利用UniProt数据库找到当归-白芍药对有效靶点的官方基因名... 目的基于网络药理学研究当归-白芍药对治疗溃疡性结肠炎的作用机制。方法利用TCMSP数据库,得到当归-白芍药对化学成分的口服利用率和药物相似性等参数,并筛选药对的有效成分组。利用UniProt数据库找到当归-白芍药对有效靶点的官方基因名称,并利用CTD数据库进行靶点相关疾病注释。通过DisGeNET数据库得到溃疡性结肠炎的相关靶点,并与当归-白芍作用靶点取交集,得到其治疗溃疡性结肠炎的药效靶点。将上述靶点输入到String数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用网络预测,最后利用DAVID数据库进行KEGG富集分析,揭示当归-白芍药对治疗溃疡性结肠炎的潜在信号通路。结果筛选出了当归的2个活性成分和白芍的9个活性成分以及63个抗溃疡性结肠炎的靶点。通过蛋白质互作网络分析,当归-白芍药对治疗溃疡性结肠炎可能与MAPK14、PTSG2、PPARG、TNF、IL6、NOS3、BCL2等蛋白质有关。此外,当归-白芍药对治疗溃疡性结肠炎的靶点显著富集于HIF-1、TNF、NF-κB等信号通路中。结论当归-白芍药对具有多靶点、多途径、多通路的特点,其治疗溃疡性结肠炎的潜在生物学机制可能与以HIF-1、TNF、NF-κB等信号通路有关。 展开更多
关键词 当归-白芍药对 溃疡性结肠炎 网络药理学 作用机制
基于网络药理学预测红花治疗心肌缺血的作用机制 认领
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作者 谢巍 杨妮 +1 位作者 肖萍 黄艳玲 《广西医学》 CAS 2020年第9期1110-1114,1121,共6页
目的基于网络药理学方法预测红花治疗心肌缺血的潜在靶点及信号通路。方法利用中药系统药理学数据库与分析平台筛选红花中口服生物利用度≥30%和类药性≥0.18的活性成分及作用靶点。采用OMIM数据库和GeneCards数据库检索心肌缺血相关疾... 目的基于网络药理学方法预测红花治疗心肌缺血的潜在靶点及信号通路。方法利用中药系统药理学数据库与分析平台筛选红花中口服生物利用度≥30%和类药性≥0.18的活性成分及作用靶点。采用OMIM数据库和GeneCards数据库检索心肌缺血相关疾病靶点。获取红花中有效成分的靶点和心肌缺血疾病相关靶基因的共同靶基因。针对共同靶基因,通过在线STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,采用Cytoscape软件构建可视化的“化合物-靶点-通路”网络,并进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果筛选得到22种潜在的药效成分,218个化合物靶点,531个心肌缺血相关靶基因;后两者取交集后获得39个共同靶点。PPI网络自由度较高的节点为白细胞介素(IL)-6、白蛋白、血管内皮生长因子A、丝裂原激活蛋白激酶8、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3。GO功能富集分析得到48个GO条目,KEGG通路富集分析得到114条信号通路。结论红花可能是通过调节激活转录因子结合、雌激素受体结合、半胱氨酸型内肽酶活性、核激素受体结合、DNA结合转录激活活性等靶点,调控流体切应力和动脉粥样硬化、卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染、糖尿病并发症的年龄愤怒信号、IL-17信号通路、肿瘤坏死因子信号通路等相关通路,从而达到对心肌缺血疾病的治疗作用。 展开更多
关键词 心肌缺血 红花 网络药理学 靶点 信号通路 预测 功能
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基于网络药理学的蟾毒灵抗鼻咽癌作用机制研究 认领
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作者 杨建宇 吕安乔 +4 位作者 成南南 杨萌哲 黄元姣 肖曼琪 唐剑琼 《广西医科大学学报》 CAS 2020年第3期416-422,共7页
目的:运用网络药理学分析方法,构建"化合物-靶点-通路-疾病"网络关系,预测蟾毒灵抗鼻咽癌(NPC)的作用靶点及机制。方法:通过PharmMapper数据库寻找蟾毒灵的潜在作用靶点,借助GeneCards数据库搜索NPC相关疾病靶点,对蟾毒灵的... 目的:运用网络药理学分析方法,构建"化合物-靶点-通路-疾病"网络关系,预测蟾毒灵抗鼻咽癌(NPC)的作用靶点及机制。方法:通过PharmMapper数据库寻找蟾毒灵的潜在作用靶点,借助GeneCards数据库搜索NPC相关疾病靶点,对蟾毒灵的潜在作用靶点与NPC相关靶点进行Venn分析,利用生物信息注释数据库(DAVID)对Venn结果进行GO富集分析和KEGG通路注释,并进一步使用STRING数据库进行蛋白互作网络分析,运用Cytoscape软件构建蟾毒灵抗NPC的"化合物-靶点-通路-疾病"相互作用网络。结果:Venn结果提示,蟾毒灵抗NPC潜在作用靶点有34个,将其进行GO富集分析,结果显示与生物过程相关的条目有77个,与分子功能相关的条目有33个,与细胞成分有关的条目有19个。KEGG通路注释显示,与肿瘤相关通路11条,信号转导通路9条。PPI网络包含23个靶蛋白,关键靶蛋白涉及EGFR、ERK、Src等,通过调控MAPK、FoxO以及PI3K-Akt信号通路等起到抗NPC的作用。结论:基于网络药理学分析,推测蟾毒灵作用于MAPK1、EGFR、Src等多个潜在作用靶点,介导多条肿瘤和信号转导通路从而起到抗NPC作用。 展开更多
关键词 网络药理学 蟾毒灵 鼻咽癌 作用机制
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基于网络药理学探讨莪术抗血栓的作用机理 认领
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作者 金利思 翁金月 +2 位作者 郑京胜 王孙富 王朝杰 《中国中医药科技》 CAS 2020年第2期224-226,239共4页
目的:通过网络药理学方法探讨莪术抗血栓的作用机理。方法:运用中药系统药理学成分分析平台(BAT-MAN)数据库获取莪术的作用靶标基因,于CTD数据库中获取血栓症相对应的靶标基因,将两者取交集后获取疾病-药物蛋白靶基因,运用网络可视化软... 目的:通过网络药理学方法探讨莪术抗血栓的作用机理。方法:运用中药系统药理学成分分析平台(BAT-MAN)数据库获取莪术的作用靶标基因,于CTD数据库中获取血栓症相对应的靶标基因,将两者取交集后获取疾病-药物蛋白靶基因,运用网络可视化软件STRING构建蛋白质间相互作用网络,并将结果进行网络筛选出重要的关键基因,并进行基因本体(GO)分析和KEGG通路富集分析,最后在CTD数据库中获取对血栓形成治疗作用的关键基因。结果:莪术靶标基因与血栓症疾病靶标基因的交集基因有208个。GO分析结果显示,莪术血栓症交集靶基因的生物功能主要包括cAMP、cGMP分解代谢过程,基因转录的阳性调控,调节心脏传导,钙离子转运,血小板活化等。交集靶基因的细胞功能主要在于作用于肌浆网膜、肌浆网、钙通道复合物、滑面内质网、肌浆网、滑面内质网等。获得与血栓疾病相关的关键基因48个。结论:莪术抗血栓是多成分、多靶点、多通路的复杂机制过程。 展开更多
关键词 血栓症 网络药理学 关键基因 基因本体论分析 富集分析 莪术
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