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一例白血病患者及家系HLA-B基因全长序列及18个点突变分析 预览
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作者 钟艳平 邹红岩 +2 位作者 全湛柔 邓志辉 洪文旭 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2020年第1期77-82,共6页
背景:人类白细胞抗原HLA经过长期进化形成丰富的多态性,近几年由于受检人数增加及HLA分型技术快速发展,HLA新基因不断被发现。目的:采用下一代测序技术对1例白血病患者及家系HLA-B基因的全长序列及18个点突变进行分析。方法:应用序列特... 背景:人类白细胞抗原HLA经过长期进化形成丰富的多态性,近几年由于受检人数增加及HLA分型技术快速发展,HLA新基因不断被发现。目的:采用下一代测序技术对1例白血病患者及家系HLA-B基因的全长序列及18个点突变进行分析。方法:应用序列特异性寡核苷酸探针杂交(PCR-SSOP)及聚合酶链反应-直接测序法(PCR-SBT)发现患者的HLA-B结果异常。为了鉴定该基因,采用下一代测序技术对该基因全长进行测序,同时采集患者父亲、母亲及2位同胞姐妹的血样进行HLA基因的遗传学分析。结果与结论:应用序列特异性寡核苷酸探针杂交及聚合酶链反应-直接测序法均提示该样本HLA-B无完全匹配的基因型。应用下一代测序技术分析发现,与同源性最高的等位基因B*15:09:01相比,该基因在外显子、内含子和3′UTR共存在18个碱基突变。5个外显子碱基突变位于第3,4外显子,分别为:第486位G→C、第583位T→C、第636位T→C、第652位A→G和第756位C→T,导致5个相应密码子发生改变,其中2个碱基替换为错义突变,第171位酪氨酸(Tyr)→组氨酸(His)、第194位异亮氨酸(Ile)→缬氨酸(Val)。家系调查显示患者HLA-B新基因来源于父亲。新基因序列已递交给Genbank数据库(MG595995)。应用下一代测序技术鉴定了1个HLA-B新等位基因,该基因于2017年12月被WHOHLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*15:435。 展开更多
关键词 白血病 人类白细胞抗原 新等位基因 下一代测序技术 家系调查 碱基突变 序列特异性寡核苷酸探针杂交 聚合酶链反应-直接测序法
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宏基因组测序在感染性疾病中的应用与反思
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作者 毕铭辕 汪春付 +1 位作者 连建奇 孙永涛 《中华临床感染病杂志》 CSCD 2019年第5期379-384,共6页
几乎所有的病原体均有DNA或RNA基因组,测序技术理论上可有效检测出所有病原体基因组,从而为感染性疾病的病原学诊断提供帮助。下一代测序(Next generation sequencing,NGS)或高通量测序,自2005年问世以来,随着技术的成熟和运用,其低成... 几乎所有的病原体均有DNA或RNA基因组,测序技术理论上可有效检测出所有病原体基因组,从而为感染性疾病的病原学诊断提供帮助。下一代测序(Next generation sequencing,NGS)或高通量测序,自2005年问世以来,随着技术的成熟和运用,其低成本、高效率、高准确性的特点使之成为临床鉴定病原体微生物的有利技术平台。宏基因组二代测序(Metagenomicnext generation sequencing,mNGS)作为一项新的测序技术,在感染性疾病中,特别是常规诊断方法存在局限性的领域,如新发传染病、少见疾病等,对提高诊断效率和准确性有巨大的潜力。本文介绍了高通量测序常见平台及测序原理,综述了mNGS检测在不同病原微生物导致的感染性疾病中的临床应用及其优势,反思其局限性,并寻求可能的解决方案。 展开更多
关键词 高通量测序 宏基因组测序 感染性疾病 应用
Current challenges and solutions of de novo assembly
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作者 Xingyu Liao Min Li +3 位作者 You Zou Fang-Xiang Wu Yi-Pan Jianxin Wang 《中国电气与电子工程前沿:英文版》 CSCD 2019年第2期90-109,共20页
Background:Next-generation sequencing (NGS) technologies have fostered an unprecedented proliferation of highthroughput sequencing projects and a concomitant development of novel algorithms for the assembly of short r... Background:Next-generation sequencing (NGS) technologies have fostered an unprecedented proliferation of highthroughput sequencing projects and a concomitant development of novel algorithms for the assembly of short reads.However,numerous technical or computational challenges in de novo assembly still remain,although many new ideas and solutions have been suggested to tackle the challenges in both experimental and computational settings.Results:In this review,we first briefly introduce some of the major challenges faced by NGS sequence assembly.Then,we analyze the characteristics of various sequencing platforms and their impact on assembly results.After that,we classify de novo assemblers according to their frameworks (overlap graph-based,de Bruijn graph-based and string graph-based),and introduce the characteristics of each assembly tool and their adaptation scene.Next,we introduce in detail the solutions to the main challenges of de novo assembly of next generation sequencing data,single-cell sequencing data and single molecule sequencing data.At last,we discuss the application of SMS long reads in solving problems encountered in NGS assembly.Conclusions:This review not only gives an overview of the latest methods and developments in assembly algorithms,but also provides guidelines to determine the optimal assembly algorithm for a given input sequencing data type. 展开更多
关键词 next-generation SEQUENCING SINGLE-CELL SEQUENCING SINGLE-MOLECULE SEQUENCING de novo assembly algorithms
EBV基因组测序的研究进展
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作者 赖永静 夏巍 +5 位作者 杜龙 王梦琳 冯清源 戢克铜 唐翔龙 唐安洲 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2019年第4期485-490,共6页
EB病毒在全世界范围内广泛分布,科学家们发现EB病毒与人类单核细胞增多症及多种恶性肿瘤相关。EB病毒的地理分布和EB病毒相关疾病的地方病发病率特点促使人们研究是否有不同的EB病毒株参与疾病的发展。第一代测序技术的低效率和高成本... EB病毒在全世界范围内广泛分布,科学家们发现EB病毒与人类单核细胞增多症及多种恶性肿瘤相关。EB病毒的地理分布和EB病毒相关疾病的地方病发病率特点促使人们研究是否有不同的EB病毒株参与疾病的发展。第一代测序技术的低效率和高成本限制了全基因组EBV的测序,随着第二代测序技术(NGS)的发展,越来越多的EB病毒基因组序列发表。这将有助于更好地理解EBV在不同地理区域的遗传变异,并在特定疾病中发现可能的致病变异。本文概述了已发表的EBV基因组的概况及用于生成这些序列的测序技术和生物信息学分析,探讨EBV全基因组未来的研究方向。 展开更多
关键词 EB病毒 全基因组测序 Sanger测序 NGS 综述
人类基因组结构变异检测方法
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作者 杨金晶 李成 孙啸 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期1048-1057,共10页
本研究介绍了基因组结构变异检测的生物信息学基本方法和前沿技术。对基于第二代测序技术的四种检测方法(读对方法,读深方法,分裂片段方法和序列拼接方法)的原理和特点进行了详细解读,分析了第二代测序技术应用在检测结构变异上的特点... 本研究介绍了基因组结构变异检测的生物信息学基本方法和前沿技术。对基于第二代测序技术的四种检测方法(读对方法,读深方法,分裂片段方法和序列拼接方法)的原理和特点进行了详细解读,分析了第二代测序技术应用在检测结构变异上的特点与发展趋势。最后介绍了三代测序、Linked-reads和光学物理图谱等新技术在基因组结构变异检测中的应用,论述了融合新技术的结构变异检测方法的特点与优势。 展开更多
关键词 结构变异 测序片段 第二代测序技术 长片段测序技术 光学物理图谱技术
通过宏基因组学发现生物催化剂
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作者 彭司华 孙丹 +1 位作者 袁文亮 卫偲 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期463-472,共10页
现在大多数化学合成使用对环境有害的有机溶剂.如果用酶作为生物催化剂,则可在化学合成反应中少使用或不使用有机溶剂,所以使用酶作为催化剂更环保.随着宏基因组学的发展,以及二代测序成本的持续大幅度下降,基于宏基因组学获得生物催化... 现在大多数化学合成使用对环境有害的有机溶剂.如果用酶作为生物催化剂,则可在化学合成反应中少使用或不使用有机溶剂,所以使用酶作为催化剂更环保.随着宏基因组学的发展,以及二代测序成本的持续大幅度下降,基于宏基因组学获得生物催化剂已经成为最重要的方法.本文综述基于宏基因组学发现生物催化剂的各种方法,对目前世界上采用的各种筛选方法进行归纳,共总结出两大类方法:一是基于宏基因组文库的筛选方法,另一种是基于序列的遗传筛选方法.进一步对这两类方法细分为具体的7种筛选方法,并对各种方法的优缺点逐一进行回顾和评述.同时,对各种基于宏基因组学筛选生物催化剂的方法得到的结果进行统计分析,指出表型选择法筛选是采用最多的方法,有很大的实用价值.认为直接二代测序进行生物信息学筛选的方法也是有潜力的一种筛选方法,三代测序技术将在基于宏基因组学的生物催化剂筛选中发挥重要作用. 展开更多
关键词 宏基因组学 生物催化剂 微生物 二代测序 三代测序
转录组测序技术的研究和应用进展 预览
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作者 崔凯 吴伟伟 刁其玉 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期1-9,共9页
转录组(Transcriptome)是指特定细胞或组织中全部转录产物,包括信使RNA,核糖体RNA、转运RNA以及非编码RNA。高通量测序技术的快速发展,为从整体水平系统地研究转录组学研究提供快捷可靠的平台。综述了当前主流的高通量测序技术及其在转... 转录组(Transcriptome)是指特定细胞或组织中全部转录产物,包括信使RNA,核糖体RNA、转运RNA以及非编码RNA。高通量测序技术的快速发展,为从整体水平系统地研究转录组学研究提供快捷可靠的平台。综述了当前主流的高通量测序技术及其在转录组学研究中的应用,并讨论了转录组数据分析中一些值得关注的问题,以及转录组测序技术在生物学研究中的应用方向。 展开更多
关键词 转录组 RNA-SEQ 二代测序 三代测序 单细胞转录组
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SeqSQC:A Bioconductor Package for Evaluating the Sample Quality of Next-generation Sequencing Data
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作者 Qian Liu Qiang Hu +7 位作者 Song Yao Marilyn L. Kwan Janise M. Roh Hua Zhao Christine B. Ambrosone Lawrence H. Kushi Song Liu Qianqian Zhu 《基因组蛋白质组与生物信息学报:英文版》 CAS CSCD 2019年第2期211-218,共8页
As next-generation sequencing (NGS) technology has become widely used to identify genetic causal variants for various diseases and traits,a number of packages for checking NGS data quality have sprung up in public dom... As next-generation sequencing (NGS) technology has become widely used to identify genetic causal variants for various diseases and traits,a number of packages for checking NGS data quality have sprung up in public domains. In addition to the quality of sequencing data,sample quality issues,such as gender mismatch,abnormal inbreeding coefficient,cryptic relatedness,and population outliers,can also have fundamental impact on downstream analysis. However,there is a lack of tools specialized in identifying problematic samples from NGS data,often due to the limitation of sample size and variant counts. We developed SeqSQC,a Bioconductor package,to automate and accelerate sample cleaning in NGS data of any scale. SeqSQC is designed for efficient data storage and access,and equipped with interactive plots for intuitive data visualization to expedite the identification of problematic samples. SeqSQC is available at http://bioconductor. org/packages/SeqSQC. 展开更多
关键词 Next-generation SEQUENCING QUALITY assessment 1000 GENOMES Project Whole-exome SEQUENCING BIOCONDUCTOR PACKAGE
1875例孕妇产前遗传学诊断结果与产前诊断指征分析 预览
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作者 龙喜贵 覃婷 +3 位作者 莫伟英 伍欣 张鹏 田矛 《实用医学杂志》 CAS 北大核心 2019年第10期1630-1634,共5页
目的探讨不同产前诊断指征在胎儿遗传学诊断中的临床价值。方法 1 875例有产前诊断指征的孕妇在超声引导下,根据孕周分别选择绒毛活检、羊膜腔穿刺或脐静脉穿刺,取材后送检染色体核型分析和全基因组拷贝数变异检测(CNV-seq)。结果共诊... 目的探讨不同产前诊断指征在胎儿遗传学诊断中的临床价值。方法 1 875例有产前诊断指征的孕妇在超声引导下,根据孕周分别选择绒毛活检、羊膜腔穿刺或脐静脉穿刺,取材后送检染色体核型分析和全基因组拷贝数变异检测(CNV-seq)。结果共诊断致病性染色体核型及CNV异常179例,总阳性诊断率9.55%( 179/1875),其中单独染色体核型异常率8.48%( 159/1875),单独CNV异常率7.68%( 144/1875)。各指征中无创产前DNA检测(N IPT)高危、心脏异常、颈部透明带(N T)增厚、鼻骨缺失的异常检出率较高,分别为41.57%( 37/89)、 19.72%( 14/71)、 26.89%( 32/119)及 15.38%( 6/39)。此外,90例染色体核型多态性的胎儿中,发现2例致病性CNV( 2.22%);1624例染色体核型正常的胎儿中,检出16例致病性CNV( 0.99%)。同时,三种取材共检出嵌合16例、常见染色体三体/单体127例,包括6例13-三体、28例18-三体、51例21-三体、12例45,X、6例47,XXX、7例47,XXY及4例47,XYY等,检出率为6.77%。结论侵入性产前诊断通过染色体核型分析联合CNV seq技术,有效提高了异常诊断率,防止了严重出生缺陷胎儿的出生。 展开更多
关键词 染色体 核型分析 二代测序 基因组 拷贝数变异检测 产前诊断 多态性 指标异常
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一个皮肤松弛症家系的ELN基因突变分析
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作者 肖海 张照婧 +6 位作者 吕雪 李涛 郭谦楠 王红丹 张倩 苏俊祥 廖世秀 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 2019年第8期785-788,共4页
目的对一个皮肤松弛症(cutis laxa, CL)家系进行基因检测。方法收集2014年就诊于河南省人民医院的一个CL家系临床资料,提取家系成员及50名无亲缘关系正常对照的外周血DNA,用二代测序靶向捕获技术对先证者进行基因检测,并用Sanger法进行... 目的对一个皮肤松弛症(cutis laxa, CL)家系进行基因检测。方法收集2014年就诊于河南省人民医院的一个CL家系临床资料,提取家系成员及50名无亲缘关系正常对照的外周血DNA,用二代测序靶向捕获技术对先证者进行基因检测,并用Sanger法进行验证,然后在家系成员及50名正常对照中进行验证。结果测序结果显示该家系患者的ELN基因均存在c.1985delG杂合移码突变,家系正常成员以及50名正常对照中未检测到该突变。结论ELN基因c.1985delG可能是该家系的发病原因,本研究结果为家系的遗传咨询和产前诊断提供了依据。 展开更多
关键词 二代测序 突变 皮肤松弛症 一代测序
Review of current diagnostic methods and advances in Helicobacter pylori diagnostics in the era of next generation sequencing 预览
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作者 Daniel Pohl Peter M Keller +1 位作者 Valentine Bordier Karoline Wagner 《世界胃肠病学杂志:英文版》 SCIE CAS 2019年第32期4629-4660,共32页
Helicobacter pylori(H.pylori)infection is highly prevalent in the human population and may lead to severe gastrointestinal pathology including gastric and duodenal ulcers,mucosa associated tissue lymphoma and gastric ... Helicobacter pylori(H.pylori)infection is highly prevalent in the human population and may lead to severe gastrointestinal pathology including gastric and duodenal ulcers,mucosa associated tissue lymphoma and gastric adenocarcinoma.In recent years,an alarming increase in antimicrobial resistance and subsequently failing empiric H.pylori eradication therapies have been noted worldwide,also in many European countries.Therefore,rapid and accurate determination of H.pylori’s antibiotic susceptibility prior to the administration of eradication regimens becomes ever more important.Traditionally,detection of H.pylori and its antimicrobial resistance is done by culture and phenotypic drug susceptibility testing that are cumbersome with a long turn-around-time.Recent advances in diagnostics provide new tools,like real-time polymerase chain reaction(PCR)and line probe assays,to diagnose H.pylori infection and antimicrobial resistance to certain antibiotics,directly from clinical specimens.Moreover,high-throughput whole genome sequencing technologies allow the rapid analysis of the pathogen’s genome,thereby allowing identification of resistance mutations and associated antibiotic resistance.In the first part of this review,we will give an overview on currently available diagnostic methods for detection of H.pylori and its drug resistance and their implementation in H.pylori management.The second part of the review focusses on the use of next generation sequencing technology in H.pylori research.To this end,we conducted a literature search for original research articles in English using the terms“Helicobacter”,“transcriptomic”,“transcriptome”,“next generation sequencing”and“whole genome sequencing”.This review is aimed to bridge the gap between current diagnostic practice(histology,rapid urease test,H.pylori culture,PCR and line probe assays)and new sequencing technologies and their potential implementation in diagnostic laboratory settings in order to complement the currently recommended H.pylori man 展开更多
关键词 HELICOBACTER PYLORI ADVANCES in DIAGNOSTICS Next generation SEQUENCING Whole genome SEQUENCING Clinical management
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一个短指症E2型伴肥胖症家系的致病基因鉴定及遗传学分析
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作者 付东霞 王会贞 +4 位作者 张英娴 陈永兴 卫海燕 谈倩倩 周勇 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 2019年第3期257-259,共3页
目的鉴定1个短指症伴肥胖症家系的致病基因,为遗传咨询和产前诊断提供依据。方法先证者为郑州大学附属儿童医院内分泌遗传代谢科收治的1例临床和X线片初诊为短指症E2型伴肥胖症患儿,应用外显子捕获结合二代测序技术对先证者致病基因筛查... 目的鉴定1个短指症伴肥胖症家系的致病基因,为遗传咨询和产前诊断提供依据。方法先证者为郑州大学附属儿童医院内分泌遗传代谢科收治的1例临床和X线片初诊为短指症E2型伴肥胖症患儿,应用外显子捕获结合二代测序技术对先证者致病基因筛查,采用Sanger测序方法对家系进行验证和遗传分析。结果先证者PTHLH基因第1外显子发现c.125A>C错义突变,导致谷氨酰胺变为脯氨酸(p.Gln42Pro)。该杂合突变在人类基因突变数据库未见报道,SIFT (0)和PolyPhen (0.999)程序评估其可能有害。Sanger测序结果与二代测序结果一致,证实先证者的c.125A>C杂合突变来自其母亲,其舅舅和妹妹也携带相同杂合突变,但其父亲该位点无突变。结论PTHLH基因c.125A>C错义突变可能是该家系致病突变位点。 展开更多
关键词 短指症E2型 肥胖症 靶向捕获结合二代测序 Sanger测序 PTHLH基因
二代测序技术在杜氏肌营养不良症家系中的分子诊断应用 预览
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作者 田培超 王越 +3 位作者 史丹丹 陈铮 罗强 王怀立 《中国当代儿科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期244-248,共5页
对22例临床拟诊断为杜氏肌营养不良症(DMD)患儿的家系临床资料进行分析,探讨二代测序(NGS)技术在DMD患者分子诊断中的临床应用价值。先证者同时送检遗传性神经肌肉病相关panel行NGS检测和Dystrophin基因多重连接探针扩增术(MLPA)检测,... 对22例临床拟诊断为杜氏肌营养不良症(DMD)患儿的家系临床资料进行分析,探讨二代测序(NGS)技术在DMD患者分子诊断中的临床应用价值。先证者同时送检遗传性神经肌肉病相关panel行NGS检测和Dystrophin基因多重连接探针扩增术(MLPA)检测,分析两种方法检出的Dystrophin基因外显子缺失/重复突变结果,Dystrophin基因点突变经Sanger测序验证。通过NGS测序,22例先证者均检出Dystrophin基因突变,其中外显子缺失/重复型突变14例,点突变及微小变异8例。MLPA检测结果与NGS检测结果一致。Sanger测序结果显示NGS检测出的点突变及微小变异是正确的。1例错义突变c.6290G>T,1例无义突变c.3487C>T,4例微小缺失导致的移码突变c.1208delG、c.7497_7506delGGTGGGTGAC、c.9421_9422delAA、c.8910_8913delTCTC在人类基因突变数据库中均未见报道,为Dystrophin基因新突变。该研究结果显示NGS技术可全面检测Dystrophin基因外显子缺失/重复、点突变、微小缺失和内含子突变等变异,在DMD患者分子诊断中的临床应用有一定价值,值得推广。 展开更多
关键词 杜氏肌营养不良症 分子诊断 二代测序技术 多重连接探针扩增术 Sanger测序 儿童
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PRKAG2基因新突变致心肌肥厚和严重心力衰竭但不合并心律失常的心脏综合征
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作者 张震 蔡琳 +1 位作者 许金超 李宗哲 《中国分子心脏病学杂志》 CAS 2019年第4期3006-3009,共4页
目的对1个肥厚型心肌病先证者及其四代家系成员进行致病基因筛查研究。方法收集先证者及其家系成员外周血,提取基因组DNA,应用二代测序法对先证者进行致病突变筛查。发现可疑致病位点后,进一步通过Sanger测序法在家系内其他成员及600个... 目的对1个肥厚型心肌病先证者及其四代家系成员进行致病基因筛查研究。方法收集先证者及其家系成员外周血,提取基因组DNA,应用二代测序法对先证者进行致病突变筛查。发现可疑致病位点后,进一步通过Sanger测序法在家系内其他成员及600个健康个体中进行验证。用PolyPhen-2,SIFT及Mutation Taster等生物信息学软件对发现的潜在致病突变进行致病性分析和功能预测。结果先证者及家系内多个成员均携带耐K4G2基因杂合突变,p.Ser98Asn(c.293G〉A)。但600例健康个体中并未发现该突变。生物信息学分析结果显示FRK4Q2基因的P.Ser98Asn(c.293G>A)杂合突变位于进化保守区域,并可能影响蛋白功能,为致病性突变。与携带该基因其他突变致PKKAG2心脏综合征的患者合并多种心律失常不同,携带该PR/C4G2基因突变位点的家系成员有心肌肥厚和心衰等心脏综合征的表现,但不合并心律失常。结论我们首次报道一个新的舲曲02基因致病性错义突变,该突变导致的PRKAG2心脏综合征包括心肌肥厚和严重心力衰竭,但不合并心律失常。 展开更多
关键词 PRKAG2 肥厚型心肌病 二代测序 靶向测序 基因诊断
基于二代测序技术的转录组测序生物信息分析 预览
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作者 汤冬 张国森 赵晓芳 《河南大学学报:医学版》 CAS 2019年第1期67-76,共10页
随着二代测序技术和生物信息学的发展,越来越多的科研人员通过转录组测序(RNAseq)研究基因表达调控、疾病发生机制和遗传育种上的问题。面对测序所产生的大量数据,生物信息学分析策略对于数据的解读显得尤为重要。本文结合不同RNA(mRNA... 随着二代测序技术和生物信息学的发展,越来越多的科研人员通过转录组测序(RNAseq)研究基因表达调控、疾病发生机制和遗传育种上的问题。面对测序所产生的大量数据,生物信息学分析策略对于数据的解读显得尤为重要。本文结合不同RNA(mRNA、LncRNA、miRNA和circRNA)的特点,对转录组测序中的几类分析流程及其所涉及的软件和数据库分别做简要的介绍,为RNAseq的生信分析研究提供参考。 展开更多
关键词 二代测序 转录组 测序 生物信息
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一例青少年型神经元蜡样脂褐质沉积症的基因诊断 预览
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作者 倪菁菁 张慧娟 +1 位作者 李静 王飞 《基础医学与临床》 CSCD 2019年第3期369-374,共6页
目的对一例青少年型神经元蜡样脂褐质沉积症(JNCL)的患者进行临床诊断和遗传学分析,为阐明JNCL遗传机制提供线索和方向。方法对患者进行临床诊断和家系分析,提取患者及其父母DNA,通过全外显子组测序(WES)技术对患者进行基因突变分析,同... 目的对一例青少年型神经元蜡样脂褐质沉积症(JNCL)的患者进行临床诊断和遗传学分析,为阐明JNCL遗传机制提供线索和方向。方法对患者进行临床诊断和家系分析,提取患者及其父母DNA,通过全外显子组测序(WES)技术对患者进行基因突变分析,同时对患者及其父母进行Sanger测序验证、突变致病性分析和蛋白序列同源性比对。结果CLN3存在c.1001G>A(p.Arg334His)和c.154T>C(p.Tyr52His)复合杂合突变,分别遗传其父亲和母亲,突变致病性分析均为有害和致病,蛋白序列同源性比对中同源区域均为高度保守。结论患者可能是由CLN3复合杂合突变导致的青少年型神经元蜡样脂褐质沉积症,其中c.154T>C(p.Tyr52His)位点突变尚未见报道。全外显子组测序技术可作为发现JNCL的诊断手段,可为临床表型复杂的疾病确诊提供依据。 展开更多
关键词 青少年型神经元蜡样脂褐质沉积症 CLN3基因 全外显子组测序技术 下一代测序技术
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基于高通量测序的2型糖尿病易感基因靶向测序panel设计及临床应用
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作者 李春瑞 邢玉华 +2 位作者 裴智勇 刘满姣 陈禹保 《中国糖尿病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期91-97,共7页
目的利用高通量测序(NGS)和多重PCR技术设计基于扩增子的靶向测序panel,对T2DM易感基因进行测序,并评估其与T2DM患者临床特征的关系。方法通过Illumina测序平台,设计多重PCR扩增的靶向测序panel,对16个T2DM易感基因21个SNP位点进行测序... 目的利用高通量测序(NGS)和多重PCR技术设计基于扩增子的靶向测序panel,对T2DM易感基因进行测序,并评估其与T2DM患者临床特征的关系。方法通过Illumina测序平台,设计多重PCR扩增的靶向测序panel,对16个T2DM易感基因21个SNP位点进行测序。收集1043份确诊T2DM患者的外周血DNA样本进行检测。结果 PCR扩增子在不同样本之间的测序深度具有良好的可重复性,且不同扩增子测序数据分布具有高度一致性,除rs864745和rs712523外,测序深度达到1000×以上。18个SNP位点差异均有统计学意义(P<0. 05)。结论通过NGS技术,利用基于扩增子的靶向测序panel进行T2DM易感基因检测的可行性和实用性,验证了KCNQ1、CDKAL1、CDKN2B是T2DM发病的风险基因。 展开更多
关键词 糖尿病 2型 易感基因 多重PCR 二代测序 靶向测序panel 全基因组关联研究
下一代测序法检测乙型肝炎病毒YMDD突变的方法学建立及性能评价 预览
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作者 余学高 邓间开 +4 位作者 陈耀铭 陈培松 何小洪 钟良英 黄彬 《分子诊断与治疗杂志》 2019年第6期446-450,484,共6页
目的建立乙型肝炎病毒YMDD突变的下一代测序法,并对此方法进行性能评价。方法采用离心柱法提取血清标本中的DNA,设计引物对乙型肝炎病毒P基因区扩增并靶向捕获,通过下一代测序技术对捕获的DNA进行检测,利用生物信息学分析软件系统对检... 目的建立乙型肝炎病毒YMDD突变的下一代测序法,并对此方法进行性能评价。方法采用离心柱法提取血清标本中的DNA,设计引物对乙型肝炎病毒P基因区扩增并靶向捕获,通过下一代测序技术对捕获的DNA进行检测,利用生物信息学分析软件系统对检测结果进行分析,得到基因突变结果,建立下一代测序用于乙型肝炎病毒YMDD突变的检测方法。收集慢性乙型肝炎患者血清样本共229例,采用下一代测序法和Sanger测序法同时检测YMDD基因突变,评价下一代测序法的检测性能。选取5例基因突变阳性的样本(包含不同基因突变型别)、2例基因突变阴性样本,采用下一代测序法对所选样本进行重复检测,评价该方法的重复性。结果建立了乙型肝炎病毒YMDD突变的下一代测序检测方法。对229份临床样本的检测中,2种测序方法均检测到74例(74/229,32.31%)YMDD突变,其中下一代测序法检测到44例(44/229,19.21%)rtM204V突变,25例(25/229,10.92%)rtM204I突变,5例(5/229,2.18%)rtM204V/I混合突变。Sanger测序法检测到47例(47/229,20.52%)rtM204V突变、25例(25/229,10.92%)rtM204I突变和2例(2/229,0.87%)rtM204V/I混合突变。下一代测序法检测到3例Sanger测序法漏检的rtM204V/I混合突变。与Sanger测序法相比,下一代测序法的灵敏度、特异度和准确度均为100%,突变类别完全符合率为95.95%(71/74),部分符合率为4.05%(3/74)。2种方法的一致性(κ)为0.97(P<0.01)。经重复性试验检测,下一代测序法的检测结果均一致,重复性符合率为100%。结论本研究建立的乙型肝炎病毒YMDD突变的下一代测序法灵敏度高,特异性好,重复性好,准确性高,比Sanger测序法更灵敏,能检测到更多的混合突变,为乙型肝炎病毒耐药基因检测提供了新的手段。 展开更多
关键词 下一代测序法 Sanger测序法 YMDD HBV耐药基因
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高通量测序技术在智力障碍/全面发育迟缓中的临床应用
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作者 孙昱 傅启华 余永国 《中华检验医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期84-88,共5页
智力障碍是一组常见的神经发育障碍性疾病,基因型和表型的异质性都很高,对其的明确诊断越来越依赖全基因组范围内的分子诊断。基于高通量测序(NGS)的panel测序,全外显组测序甚至全基因组测序在智障的分子诊断上都有很好的应用,推荐家系... 智力障碍是一组常见的神经发育障碍性疾病,基因型和表型的异质性都很高,对其的明确诊断越来越依赖全基因组范围内的分子诊断。基于高通量测序(NGS)的panel测序,全外显组测序甚至全基因组测序在智障的分子诊断上都有很好的应用,推荐家系全外显组测序,特别是家系全外作为首选检测方法。针对智障的的NGS数据分析以及重分析对诊断有临床意义,可以可靠检测出基因组内的小尺度突变及拷贝数变异。因此有可能会成为下一个推荐的智障分子诊断技术。 展开更多
关键词 智力障碍 高通量测序 全外显组测序 突变
《二代测序技术在血液肿瘤中的应用中国专家共识(2018年版)》解读
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作者 汝昆 《临床血液学杂志》 CAS 2019年第3期341-343,347共4页
二代测序(next-generation sequencing,NGS)技术的广泛应用,使得越来越多具有重要临床意义的突变基因被发现,基因突变分析已经成为血液肿瘤诊疗的必要手段。然而目前国内尚缺乏一个NGS技术在血液肿瘤应用的统一认可的标准,导致各实验室... 二代测序(next-generation sequencing,NGS)技术的广泛应用,使得越来越多具有重要临床意义的突变基因被发现,基因突变分析已经成为血液肿瘤诊疗的必要手段。然而目前国内尚缺乏一个NGS技术在血液肿瘤应用的统一认可的标准,导致各实验室测序质量良莠不齐、数据解读差异大,影响后续诊疗。 展开更多
关键词 二代测序技术 血液肿瘤
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