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甘氨酸对小鼠早期胚胎发育影响的剂量效应研究
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作者 周鑫 豆昌凤 +3 位作者 胡德港 宋延娜 王荣 张迪 《阜阳师范学院学报:自然科学版》 2019年第1期24-29,共6页
为更好地了解甘氨酸对胚胎发育的影响,本研究利用小鼠胚胎体外培养方法,分析了早期胚胎在含有不同浓度甘氨酸的KSOM培养液中的发育,并结合定量PCR方法分析了5个囊胚期重要发育基因的表达。结果表明,甘氨酸浓度达到2.5μg·mL^-1时,... 为更好地了解甘氨酸对胚胎发育的影响,本研究利用小鼠胚胎体外培养方法,分析了早期胚胎在含有不同浓度甘氨酸的KSOM培养液中的发育,并结合定量PCR方法分析了5个囊胚期重要发育基因的表达。结果表明,甘氨酸浓度达到2.5μg·mL^-1时,小鼠囊胚的形成不受影响。但当浓度达到5μg·mL^-1及以上时,胚胎发育明显受到抑制。对囊胚期5个基因表达的分析表明,与对照组相比,甘氨酸可以显著改变实验组基因的表达。结果表明甘氨酸对小鼠胚胎发育的影响存在着浓度依赖性,高浓度下会显著抑制胚胎发育,并且会改变胚胎发育中重要基因的表达。 展开更多
关键词 胚胎发育 甘氨酸 定量PCR
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番茄细菌性斑点病菌实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用
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作者 柴阿丽 帕提古丽 +4 位作者 郭威涛 石延霞 谢学文 席先梅 李宝聚 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期182-192,共11页
以番茄细菌性斑点病病原菌丁香假单胞菌番茄致病变种(Pseudomonas syringae pv. tomato,Pst)的致病相关基因HrpZ为靶序列,设计了特异性引物Pst3F/Pst3R,能从Pst基因组DNA中特异性扩增出大小为161 bp的目的片段。建立的Pst实时荧光定量PC... 以番茄细菌性斑点病病原菌丁香假单胞菌番茄致病变种(Pseudomonas syringae pv. tomato,Pst)的致病相关基因HrpZ为靶序列,设计了特异性引物Pst3F/Pst3R,能从Pst基因组DNA中特异性扩增出大小为161 bp的目的片段。建立的Pst实时荧光定量PCR检测技术体系的检测灵敏度比普通PCR高1 000倍。利用实时荧光定量PCR检测体系,检测模拟带菌种子中Pst的带菌量,检测下限为4.21 cfu·g^-1;检测人工接种叶片组织中Pst的带菌量,检测到1级发病叶片带菌量为4.15×102 cfu·g^-1。对田间采集的63个番茄细菌性斑点病明显症状和疑似症状样本,分别进行了实时荧光定量PCR、普通PCR和病原菌分离检测,检测到54个样本中含有Pst,3种方法检测结果一致。结果表明,建立的Pst实时荧光定量PCR检测体系具有特异性强、灵敏度高的特点,可以快速准确地定量检测番茄种子和发病组织中Pst的含量,为番茄细菌性斑点病的早期预防和流行监测提供了有效的技术手段。 展开更多
关键词 番茄 丁香假单胞菌番茄致病变种 实时荧光定量PCR 种子检测 组织检测
微小核糖核酸122(MicroRNA-122)定量检测技术性能评估 预览
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作者 游延军 陈蕊 +3 位作者 蒲小聪 彭灵犀 胡泽斌 高飞 《中国药事》 CAS 2019年第1期61-66,共6页
目的:对微小核糖核酸122(microRNA-122)的定量检测技术进行评估,探讨其临床应用价值。方法:采用mi RFLP技术检测企业校准品、参考品和临床样本,评价该技术的分析性能与临床检测价值。结果:该方法定量下限为183 copies/μL,检测标准曲线1... 目的:对微小核糖核酸122(microRNA-122)的定量检测技术进行评估,探讨其临床应用价值。方法:采用mi RFLP技术检测企业校准品、参考品和临床样本,评价该技术的分析性能与临床检测价值。结果:该方法定量下限为183 copies/μL,检测标准曲线183~1500000 copies/μL。高浓度平均回收率113.2%,低浓度平均回收率94.2%,比例系统误差为3.7%。人间精密度变异系数4.2%~1.3%;室间精密度变异系数6.4%~2.5%;批间精密度变异系数4.0%~1.5%;批内精密度变异系数4.1%~1.7%。试剂盒放置4℃12小时后的检测结果与预期靶值无明显差异。采集化疗后24小时内43例肿瘤化疗患者的血样,并分离血浆进行mi RNA-122检测,将检测结果与现行诊断标准进行ROC方法学分析,CutOff值设定为14136copies/μL,与欧盟公布的PSHT HV健康志愿组(欧洲人群)miRNA-122的13356 copies/μL(95%)基本一致。结论:基于miRNA的微小核糖核酸(miRNA-122)定量检测技术具有性能优良、准确度高、稳定性好等优点,有较高的临床应用价值。 展开更多
关键词 miRNA-122 免提取 定量PCR 性能评估
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南京地区污水厂、自来水厂及长江中抗性基因MCR-1和NDM-1的污染特征 预览
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作者 曹振华 张媛 +4 位作者 马奔 王新宇 王若楠 黄雅梦 袁青彬 《环境科学研究》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第3期406-414,共9页
近年来,新型抗性基因以其易传播和耐药广等特性,展现出比传统抗性基因更严峻的健康风险,在临床卫生领域受到广泛关注,但目前对其在环境中的行为和风险研究很少.为此,考察了2种有代表性的新型抗性基因MCR-1和NDM-1的污染特征,并借助荧光... 近年来,新型抗性基因以其易传播和耐药广等特性,展现出比传统抗性基因更严峻的健康风险,在临床卫生领域受到广泛关注,但目前对其在环境中的行为和风险研究很少.为此,考察了2种有代表性的新型抗性基因MCR-1和NDM-1的污染特征,并借助荧光定量PCR探索了长江下游(南京段)及附近污水厂和自来水厂中MCR-1和NDM-1的分布特征,进而采用RDA(冗余性分析)评价了分布特征受水质指标的影响效果.结果表明:①污水厂进水中MCR-1和NDM-1绝对丰度较高,且随处理流程呈下降趋势,总去除率分别为92.5%和92.7%,但出水中MCR-1和NDM-1绝对丰度仍分别达2.5×10^8和7.0×10^6copiesL.②长江下游(南京段)各采样点MCR-1和NDM-1绝对丰度的范围分别为8.5×10^7~3.5×10^9和4.3×10^5~2.1×10^7copiesL,随水流方向呈降低趋势,但在个别采样点出现异常升高的情况,主要受该区域人为污染的影响.③自来水厂处理工艺对MCR-1和NDM-1去除率分别为75.0%和70.6%,但出水中存留的MCR-1和NDM-1绝对丰度分别达1.4×10^7和6.3×10^4copiesL,且MCR-1和NDM-1在排泥水中大量富集.④MCR-1绝对丰度与ρ(CODCr)、ρ(NH3-N)、电导率呈正相关,而NDM-1绝对丰度仅和浊度存在弱相关关系,与其他水质指标无明显相关性.研究显示,污水处理工艺无法有效去除MCR-1和NDM-1,大量抗性基因通过污水厂出水排入长江,同时自来水厂以含有较高绝对丰度抗性基因的长江水作为水源水,最终自来水厂出水中残存的抗性基因可能进入人体,生态健康风险较大. 展开更多
关键词 长江下游(南京段) MCR-1 NDM-1 分布特征 定量PCR 冗余性分析
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不同饲料硒水平饲养大鼠的多组织内参基因筛选
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作者 梁雄顺 莫俊銮 +4 位作者 龚春梅 徐远飞 刘小立 杨晓光 周继昌 《卫生研究》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期89-93,98共6页
目的筛选不同饲料硒(selenium,Se)水平饲喂大鼠时,不同组织中稳定表达的内参基因(reference genes,RGs)。方法 24只断乳雄性SD大鼠在缺Se饲养5周后,随机均分为4组,分别以Se含量<0. 01、0. 25、3、5 mg/kg饲料饲喂4周后处死,取肝、睾... 目的筛选不同饲料硒(selenium,Se)水平饲喂大鼠时,不同组织中稳定表达的内参基因(reference genes,RGs)。方法 24只断乳雄性SD大鼠在缺Se饲养5周后,随机均分为4组,分别以Se含量<0. 01、0. 25、3、5 mg/kg饲料饲喂4周后处死,取肝、睾丸、骨骼肌、脂肪组织等样品待检。以荧光定量PCR检测Actb、Atp5f1、B2m、Gapdh、Gusb、Hprt、Pgk1、Ppia、Rplp2、Rps18、Tbp、Ywhaz等12个候选内参基因的mRNA水平,以geNorm、NormFinder、BestKeeper、Delta CT和Ref Finder等方法对其表达稳定性进行评价。结果各组织中稳定性排名前4的内参基因是:肝中Ppia>Atp5f1> Rplp2>Hprt;睾丸中Ywhaz> Atp5f1> Rplp2> Ppia;骨骼肌中Tbp> Ppia>B2m> Rps18;脂肪组织中Hprt> Tbp> Atp5f1> Pgk1;综合4种组织,则Rps18> Hprt>Rplp2>Atp5f1。结论分析不同饲料Se水平饲养大鼠的目标基因表达水平时,应根据组织类型选择适宜的内参基因。 展开更多
关键词 内参基因 定量PCR 饲料硒 大鼠 多组织
抗病转基因水稻M12及其产品成分的定性、定量PCR检测方法
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作者 李鹏 张琳 +4 位作者 叶吉妮 贺诗瑶 贾军伟 潘爱虎 唐雪明 《作物学报》 CSCD 北大核心 2018年第7期949-955,共7页
通过定性PCR扩增了转基因水稻M12转化体特异性片段和水稻内标基因(sps)片段,将PCR产物酶切连接后构建到T载体,得到适于转基因水稻M12品系特异性PCR检测的质粒分子pM12,建立了事件特异性定性、定量PCR检测方法。定性PCR结果表明,本方法... 通过定性PCR扩增了转基因水稻M12转化体特异性片段和水稻内标基因(sps)片段,将PCR产物酶切连接后构建到T载体,得到适于转基因水稻M12品系特异性PCR检测的质粒分子pM12,建立了事件特异性定性、定量PCR检测方法。定性PCR结果表明,本方法可特异性检测出M12,检测限可达100拷贝单倍体水稻基因组;定量PCR结果表明,M12和sps定量PCR标准曲线R2为0.998和0.997,扩增效率为95.3%和108.4%,重复性分析标准偏差范围为0.043~0.276,定量极限和检测极限可达100和10拷贝。对转基因含量为1.0%的混合样品定量结果的相对偏差在8.0%以内。本研究建立的方法可用于转基因水稻M12及其加工产品成分的检测。 展开更多
关键词 品系特异性 定性PCR 定量PCR M12
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上海水体中抗生素抗性基因的分布特征
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作者 赵晓祥 杨莲 +1 位作者 程晨 张紫琴 《安全与环境学报》 CSCD 北大核心 2018年第3期1191-1197,共7页
为研究上海市水体中抗生素抗性基因(Antibiotic Resistance Genes,ARGs)的污染状况和分布特征,采集17个不同地段的水样,进行了耐药菌和ARGs丰度的检测。结果表明,水中磺胺嘧啶类耐药菌、氨苄青霉素类耐药菌、环丙沙星类耐药菌、氯霉... 为研究上海市水体中抗生素抗性基因(Antibiotic Resistance Genes,ARGs)的污染状况和分布特征,采集17个不同地段的水样,进行了耐药菌和ARGs丰度的检测。结果表明,水中磺胺嘧啶类耐药菌、氨苄青霉素类耐药菌、环丙沙星类耐药菌、氯霉素类耐药菌的耐药率分别为14.81%-94.55%、0-46.60%、0-91.07%、0-87.5%。养殖场周围河流总耐药菌量普遍高于非养殖场周围河流。非养殖场周围水体和养殖场周围水体中抗生素抗性基因sul1、amp R、qnr S、cml A均被检出。定量PCR的检测结果表明,非养殖场周围水体和养殖场周围水体中氯霉素类抗性基因含量最高,其次为磺胺类抗性基因,养殖场周围水体抗生素抗性基因含量普遍高于非养殖场周围水体。抗生素抗性基因sul1、amp R、qnr S、cml A的含量与微生物、温度、悬浮物等影响因素显著性相关(p〈0.05),表明在水环境中这些影响因子对抗生素抗性基因的分布影响较大。 展开更多
关键词 环境学 水体 耐药菌 抗生素抗性基因 定量PCR 环丙沙星
珍稀药用铁皮石斛4个CIPKs基因的鉴定与表达分析
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作者 李依民 张娜 +4 位作者 沈霞 李欢 黑小斌 郭顺星 张岗 《药学学报》 CSCD 北大核心 2018年第2期304-312,共9页
类钙调磷酸酶B蛋白(calcineurin B-like protein,CBL)互作蛋白激酶(CBL-interacting protein kinase,CIPK)通过感应钙信号,在植物生长发育、逆境生理等生命活动中发挥重要作用。本研究利用RACE技术首次从珍稀药用铁皮石斛中克隆到4... 类钙调磷酸酶B蛋白(calcineurin B-like protein,CBL)互作蛋白激酶(CBL-interacting protein kinase,CIPK)通过感应钙信号,在植物生长发育、逆境生理等生命活动中发挥重要作用。本研究利用RACE技术首次从珍稀药用铁皮石斛中克隆到4个CIPK基因c DNA全长,Do CIPK1、Do CIPK2、Do CIPK3和Do CIPK4(Gen Bank注册号KT957557、KT957558、KT957559和KT957560),编码蛋白分别含473、449、451、440个氨基酸,分子质量依次为53.50、50.93、51.50、50.16 k Da,等电点7.99、9.25、8.81、9.11;与多种植物CIPKs蛋白一致性在70%~90%、69%~80%、78%~93%、66%~82%之间;各含1个蛋白激酶的保守结构域(分别为第21~275、14~268、16~271、12~266位氨基酸)、1个CIPK家族特有的NAF/FISL结构域(335~391、313~370、310~369、305~362)和多个功能基元;4个蛋白均无信号肽或跨膜域,预测主要分布在质膜、内质网等亚细胞水平,与拟南芥At CIPK24三维结构类似;Do CIPK1、Do CIPK3分别隶属于拟南芥和水稻CIPKs分子进化树的E、A类群,Do CIPK2和Do CIPK4属于C类群;Do CIPK1基因在石斛叶和茎中的相对表达量无显著差异,根中表达量为叶中的0.35倍;Do CIPK3转录本在茎和根中的丰度分别为叶中3.36倍和3.47倍;Do CIPK2与Do CIPK4的表达模式相似,二者在叶和茎中的相对表达量无显著差异,根中表达量分别为叶中的2.08倍和7.86倍。Do CIPK1、Do CIPK2、Do CIPK3和Do CIPK4基因克隆、生物信息特征及表达特性为下一步研究基因在铁皮石斛生理适应中的分子功能奠定基础。 展开更多
关键词 铁皮石斛 激酶 定量PCR 钙信号 结构域
一种基于荧光定量PCR的自动化检测装备初探
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作者 刘宽 王芬 +1 位作者 陈晓平 吴酬飞 《食品工业》 北大核心 2018年第9期185-189,共5页
试验以食药品中必检微生物沙门氏菌为供试菌株,针对实验室首次自主研发的微生物分子检测仪,建立一种配套该仪器使用的沙门氏菌荧光定量PCR自动化检测体系,该微生物分子检测仪可以同时完成核酸提纯和荧光定量检测。在该设备调试成功后,... 试验以食药品中必检微生物沙门氏菌为供试菌株,针对实验室首次自主研发的微生物分子检测仪,建立一种配套该仪器使用的沙门氏菌荧光定量PCR自动化检测体系,该微生物分子检测仪可以同时完成核酸提纯和荧光定量检测。在该设备调试成功后,对某高校食堂14个食品样本进行自动化检测。结果表明,该q PCR体系的准确性好、特异性强;相比于其他检测方法,该体系的检测下限更低且时效性更佳;经过与沙门氏菌检测的国家标准比较,建立的配套设备的检测体系可以快速、自动化、高通量地检测不同食品基质中沙门氏菌的数量,且结果可靠。 展开更多
关键词 沙门氏菌 荧光定量PCR 自动化检测装备 食品安全
葡萄SAUR基因家族鉴定与生物信息学分析 被引量:1
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作者 李傲 崔梦杰 +3 位作者 陈珂 许瀛之 贾海峰 房经贵 《植物遗传资源学报》 CSCD 北大核心 2018年第2期326-337,共12页
为了研究葡萄早期应答生长素基因SAUR(Small auxin-up RNA)家族,本研究利用全基因组信息鉴定了葡萄64个SAUR家族成员,并对SAUR家族成员的基因结构、氨基酸特性、染色体定位、基因进化、基因功能以及组织表达进行分析。结果表明,葡... 为了研究葡萄早期应答生长素基因SAUR(Small auxin-up RNA)家族,本研究利用全基因组信息鉴定了葡萄64个SAUR家族成员,并对SAUR家族成员的基因结构、氨基酸特性、染色体定位、基因进化、基因功能以及组织表达进行分析。结果表明,葡萄全基因组上64个SAUR家族成员在19条染色体中的8条染色体上呈现簇状分布,主要分布在3、4号染色体上,其中3号染色体上数量最多为37个;葡萄SAUR家族基因长度较短,有59个基因是无内含子基因;蛋白理化特征分析显示。多数SAUR蛋白呈碱性,结构稳定性较差,蛋白脂溶指数高,呈亲水性;基因功能预测结果表明,葡萄SAUR基因主要担"-3生长因子、结构蛋白、转录、转录调控以及响应胁迫应答和免疫应答6种功能,其中更多参与生长调节功能:根据系统进化分析将其分为10个分支,另外不同组织表达谱的分析结果表明SAUR基因家族成员具有不同的组织表达模式,对于非生物胁迫具有一定的调节作用。这些信息为葡萄SAUR基因家族功能分析奠定了一定的工作基础。 展开更多
关键词 葡萄 SAUR基因家族 系统进化 功能预测 基因表达 定量PCR
DNA模板中发卡结构对定量PCR扩增的影响
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作者 范慧君 王静 梁兴国 《生物技术》 2018年第3期242-248,共7页
[目的]探究模板引物结合区发卡对定量PCR的影响及优化方法。[方法]用分布连接法构建一系列在模板引物结合区含环大小为5~60 nt,茎长9 bp的DNA模板,考察发卡环部大小、茎干区GC含量对q PCR扩增效率的影响,再针对引物浓度、引物长度及退... [目的]探究模板引物结合区发卡对定量PCR的影响及优化方法。[方法]用分布连接法构建一系列在模板引物结合区含环大小为5~60 nt,茎长9 bp的DNA模板,考察发卡环部大小、茎干区GC含量对q PCR扩增效率的影响,再针对引物浓度、引物长度及退火温度来优化含发卡结构DNA模板的扩增。[结果]环区为5~40 nt时,其Ct值比对照组高1.3~4.2,对q PCR的抑制作用与环大小成负相关;茎长9 bp发卡结构当GC含量达3 bp以上时会对定量扩增产生明显抑制作用;增加引物长度、提高引物浓度和退火温度可提高发卡模板的扩增效率。[结论]模板引物结合区环大小在40 nt以内,茎长达9 bp的发卡结构对q PCR扩增会产生抑制作用,通过增加引物长度、提高引物浓度和退火温度可缓解此类抑制。 展开更多
关键词 定量PCR 发卡 环部大小 GC含量 扩增效率
肺炎球菌DNA负荷、降钙素原和suPAR水平与肺炎链球菌感染程度的相关性研究 预览
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作者 何雨峰 段金秋 +2 位作者 黄雪 董恒利 李宁侠 《中国医学装备》 2018年第9期75-78,共4页
目的:探讨肺炎球菌DNA负荷(LytA基因)、降钙素原(PCT)和可溶性尿激酶型纤溶酶原激活物受体(suPAR)水平与肺炎链球菌感染患者病情严重程度的相关性。方法:选择184例肺炎链球菌感染患者作为研究对象,按照病情严重程度将患者分为轻度组(71... 目的:探讨肺炎球菌DNA负荷(LytA基因)、降钙素原(PCT)和可溶性尿激酶型纤溶酶原激活物受体(suPAR)水平与肺炎链球菌感染患者病情严重程度的相关性。方法:选择184例肺炎链球菌感染患者作为研究对象,按照病情严重程度将患者分为轻度组(71例)、中度组(68例)和重度组(45例)。采用定量荧光PCR反应测定血液LytA基因,采用酶联免疫吸附法(ELISA法)检测血浆suPAR水平,采用量免疫色谱法检测PCT水平,根据肺炎严重指数评分对患者病情进行分度。观察LytA、PCT及suPAR水平与疾病严重程度的相关性。结果:3组患者LytA阳性率相比较差异无统计学意义(F=1.900,P>0.05);LytA、PCT及suPAR水平随着病情分度增加逐渐升高,3组比较差异均有统计学意义(F=62.057,F=73.892,F=48.509;P<0.05)。相关性分析显示,LytA、PCT及suPAR水平与病情严重程度均呈显著正相关(r=0.472,r=0.506,r=0.438;P<0.05);LytA与PCT、suPAR水平呈显著正相关(r=0.603,r=0.682;P<0.05)。结论:肺炎链球菌肺炎患者血液中lytA、PCT及suPAR水平与病情严重程度均呈显著正相关;LytA基因量与PCT、suPAR水平呈显著正相关。 展开更多
关键词 肺炎链球菌 DNA负荷 降钙素原 尿激酶型纤溶酶激活物受体 定量PCR
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草菇exo-β-1,3-葡聚糖酶基因可变剪接体的克隆与表达分析
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作者 陶永新 仝宗军 +3 位作者 邵颜平 严俊杰 黄千慧 谢宝贵 《菌物学报》 CSCD 北大核心 2018年第2期183-192,共10页
可变剪接是基因表达调控的一种重要方式。本研究利用RT-PCR克隆鉴定到草菇exo-β-1,3-葡聚糖酶基因(exg2)的4种可变剪接体(exg2V1,exg2V2,exg2V3和exg2V4),其中,exg2V1第7个内含子保留;exg2V2第11个内含子保留同时剪切掉第12个外显... 可变剪接是基因表达调控的一种重要方式。本研究利用RT-PCR克隆鉴定到草菇exo-β-1,3-葡聚糖酶基因(exg2)的4种可变剪接体(exg2V1,exg2V2,exg2V3和exg2V4),其中,exg2V1第7个内含子保留;exg2V2第11个内含子保留同时剪切掉第12个外显子的后58bp;exg2V3同时保留第7个和第17个内含子;exg2V4同时保留第2、第9和第17个内含子。4种剪接体均在可变剪接位点提前出现终止密码子,导致预测编码的氨基酸序列中包含不完整的结构域。定量PCR结果显示:草菇5个发育时期中,4种可变剪接体表达量均比标准剪接体exg2低,但4种可变剪接体的表达也表现出一定的时期和组织差异性。初步推断发现的草菇exg2基因4种可变剪接体均为无义介导的mRNA降解,通过此方式达到对exg2基因标准剪接转录本的精准调控。 展开更多
关键词 可变剪接 子实体发育 无义介导的mRNA降解 定量PCR
铁皮石斛过氧化氢酶基因DoCAT1的鉴定与表达分析
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作者 李欢 陈莹 +3 位作者 黑小斌 张娜 张岗 郭顺星 《中国药学杂志》 CSCD 北大核心 2018年第17期1447-1452,共6页
目的分离珍稀濒危药用铁皮石斛过氧化氢酶基因DoCAT1cDNA全长,并进行生物信息和表达分析。方法采用RACE技术获基因全长;利用生物信息软件预测基因编码蛋白的理化性质、结构域和亚细胞定位等分子特性;用DNASTAR6.0和MEGA6.0分别进... 目的分离珍稀濒危药用铁皮石斛过氧化氢酶基因DoCAT1cDNA全长,并进行生物信息和表达分析。方法采用RACE技术获基因全长;利用生物信息软件预测基因编码蛋白的理化性质、结构域和亚细胞定位等分子特性;用DNASTAR6.0和MEGA6.0分别进行氨基酸多序列比对和进化树构建分析;借助实时荧光定量PCR检测基因的表达模式。结果克隆到DoCAT1(GenBank获得注册号KF876840),cDNA全长1796bp,ORF长1479bp,编码蛋白含492个氨基酸,相对分子质量56.90×103,等电点6.7。DoCAT1蛋白不含跨膜域和信号肽,包含过氧化氢酶核心结构域(18~401)、活性位点(54~70)、血红素结合位点(344~352)和多个保守基序;DoCAT1与植物CATs蛋白一致性为83.3%~88.3%,所在分支隶属于CATs分子进化的Ⅲ分支,与单子叶植物CATs亲缘关系近;DoCAT1基因的表达呈器官特异性,根中相对表达量较高,为叶中的4.27倍,叶中次之,茎中表达量很低。结论DoCAT1基因鉴定与表达特征为石斛生长发育和抗逆生理提供分子基础。 展开更多
关键词 铁皮石斛 过氧化氢酶 基因克隆 序列分析 定量PCR
青蛤(Cyclina sinensis)AP-1基因的克隆及在鳗弧菌(Vibrio anguillarum)侵染下的表达分析 预览 被引量:1
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作者 丁丹 潘宝平 +2 位作者 王玉梅 侯梓园 闫春财 《海洋与湖沼》 CSCD 北大核心 2018年第1期192-197,共6页
为了探究青蛤(Cyclina sinensis)转录因子(transcription factor gene,AP-1)在病原微生物侵染下的免疫防御应答过程中的潜在作用,本研究采用转录组测序筛选、设计特异性引物并成功克隆得到青蛤AP-1基因的c DNA序列(Gen Bank注册号... 为了探究青蛤(Cyclina sinensis)转录因子(transcription factor gene,AP-1)在病原微生物侵染下的免疫防御应答过程中的潜在作用,本研究采用转录组测序筛选、设计特异性引物并成功克隆得到青蛤AP-1基因的c DNA序列(Gen Bank注册号:KX840340),利用生物信息学在线软件进行了生物信息学分析,结果显示:AP-1基因全长1914bp,结构域全长195bp,编码65个氨基酸,开放阅读框全长825bp,编码274个氨基酸,存在一个保守的b ZIP功能域;是重要的转录因子。运用实时荧光定量PCR(q PCR)的方法分析了Ap-1基因在青蛤5个组织中表达过程变化,结果表明:Ap-1基因在血淋巴、外套膜、肝脏、闭壳肌、腮等组织中广泛表达;在血淋巴中表达量最高,在闭壳肌中次之,然后为鳃和外套膜,在肝脏中表达量最低,约为血淋巴的1/7。另外,我们还分析了鳗弧菌(Vibrio anguillarum)侵染青蛤血淋巴后的变化情况,结果显示:在鳗弧菌侵染后,与对照组相比,青蛤血淋巴中的AP-1表达量明显升高,在24h时Ap-1基因表达量最大,与对照组差异极显著(P〈0.01)。说明Ap-1基因在青蛤的免疫防御反应中具有重要作用,同时也为进一步研究AP-1在病原微生物侵染青蛤过程中的功能和作用机制奠定了基础。 展开更多
关键词 青蛤 转录因子(AP-1) 定量PCR 鳗弧菌 免疫应答
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铁皮石斛己糖转运蛋白基因DoHT1的分离和表达分析
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作者 李依民 陈莹 +4 位作者 刘阿萍 张娜 黑小斌 张岗 郭顺星 《中国中药杂志》 CSCD 北大核心 2018年第6期1124-1130,共7页
该研究借助RACE技术克隆了铁皮石斛己糖转运蛋白(hexose transporter,HT)基因DoHTl,对其序列特征进行生物信息分析,并采用定量PCR分析基因表达模式。结果表明,DoHTl基因(GenBank注册号KUl60469)eDNA全长1586bp,ORF长l536bp,编... 该研究借助RACE技术克隆了铁皮石斛己糖转运蛋白(hexose transporter,HT)基因DoHTl,对其序列特征进行生物信息分析,并采用定量PCR分析基因表达模式。结果表明,DoHTl基因(GenBank注册号KUl60469)eDNA全长1586bp,ORF长l536bp,编码l条由511个氨基酸组成的多肽,56.18kDa,等电点9.08。DoHTl蛋白含有糖转运蛋白协助扩散超家族保守结构域(22~483)、糖转运基序1(139-164)、糖转运基序2(338~355)和功能基序;无信号肽,含11个跨膜域,预测定位在质膜,与多种植物HTs蛋白有较高的一致性(54.7%~80.7%),隶属于MST(单糖转运蛋白)分支,与小兰屿蝴蝶兰亲缘关系最近。DoHTt基因具有组织表达特异性,其转录本在石斛叶中显著最高,茎中次为,分别为根中的19.36,1.82倍。该研究获得DoHTl基因全长及分子特征,为进一步研究其在铁皮石斛糖代谢调控中的作用奠定基础。 展开更多
关键词 铁皮石斛 己糖转运蛋白 克隆 序列分析 定量PCR
玉米弯孢叶斑病菌PG基因家族鉴定与表达分析
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作者 刘震 赵丰舟 +3 位作者 崔佳 曲建楠 刘铜 左豫虎 《玉米科学》 CSCD 北大核心 2018年第4期166-172,共7页
采用生物信息学鉴定Clpg基因家族成员,利用实时荧光定量PCR技术分析玉米弯孢叶斑病菌多聚半乳糖醛酸酶基因(Clpg)在病原菌-寄主植物互作时期的表达情况,鉴定Clpg基因的家族成员,研究每个成员在侵染过程的表达水平,明确Clpg基因在玉米... 采用生物信息学鉴定Clpg基因家族成员,利用实时荧光定量PCR技术分析玉米弯孢叶斑病菌多聚半乳糖醛酸酶基因(Clpg)在病原菌-寄主植物互作时期的表达情况,鉴定Clpg基因的家族成员,研究每个成员在侵染过程的表达水平,明确Clpg基因在玉米弯孢叶斑病菌致病性中的作用。结果表明,玉米弯孢叶斑病菌Clpg基因家族有4个成员,分别命名为Clpg1、Clpg2、Clpg3和Clpg4,均含有3个内含子和2个外显子,与其他真菌PG基因具有相同的NTD、DD、GHG、RIK保守结构域。Clpg1基因的表达趋势为先升高后下降,在3 h达最高值;Clpg2、Clpg3和Clpg4基因的表达趋势为逐渐上升,结果暗示Clpg基因可能参与病原菌与寄主植物的互作过程。 展开更多
关键词 玉米 玉米弯孢叶斑病菌 Clpg基因 生物信息学分析 定量PCR
纤维载体的生物膜CANON反应器的启动特性 被引量:1
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作者 顾澄伟 陈方敏 +5 位作者 李祥 黄勇 尤星怡 金润 张文静 董石语 《环境科学》 CSCD 北大核心 2018年第3期1272-1277,共6页
为研究纤维载体在CANON工艺中的运行特性,同时接种亚硝化污泥及厌氧氨氧化污泥启动CANON反应器.结果表明经过85 d运行,成功启动了CANON反应器,NRR从0.09 kg·(m^3·d)^-1提升至0.9 kg·(m^3·d)^-1并能稳定运行,说... 为研究纤维载体在CANON工艺中的运行特性,同时接种亚硝化污泥及厌氧氨氧化污泥启动CANON反应器.结果表明经过85 d运行,成功启动了CANON反应器,NRR从0.09 kg·(m^3·d)^-1提升至0.9 kg·(m^3·d)^-1并能稳定运行,说明纤维载体有利于富集污泥,反应器内能维持较高的生物量.随着微生物的富集生长,生物膜变厚,反应器的能力提升,反应器中DO达到5 mg·L^-1.利用微电极测得生物膜由表及里的DO梯度为0.32-0 mg·L^-1,说明生物膜变厚,氧对生物膜的穿透力减弱,亚硝化微生物量降低.荧光定量PCR结果表明,启动前后NOB菌数量维持在较低水平,AOB菌的丰度增长不大,ANAMMOX菌细胞增长了一个数量级. 展开更多
关键词 CANON工艺 启动 亚硝化 厌氧氨氧化 定量PCR
高温堆肥对病死鸡中四环素类抗生素抗性基因的影响
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作者 廖娟 王钢 +2 位作者 喻世刚 龙文聪 梁梓 《当代畜牧》 2018年第10期24-27,共4页
为研究高温堆肥对病死鸡中抗生素抗性基因的影响,有效遏制动物源性有机废弃物内抗性基因对环境的污染,做到无污染排放,笔者采用荧光定量PCR对7种四环素类抗性基因(tetA、tetE、tetM、tetO、tetQ、tetW、tetX)在堆肥过程中的动态变化进... 为研究高温堆肥对病死鸡中抗生素抗性基因的影响,有效遏制动物源性有机废弃物内抗性基因对环境的污染,做到无污染排放,笔者采用荧光定量PCR对7种四环素类抗性基因(tetA、tetE、tetM、tetO、tetQ、tetW、tetX)在堆肥过程中的动态变化进行了定量研究。结果表明,堆肥结束时,7种四环素抗性基因的丰度均比堆肥前低,除tetA和tetX的丰度降低了一个数量级外,其他抗性基因的变化范围不超过一个数量级,说明堆肥处理对病死鸡中四环素抗性基因的削减作用有限。 展开更多
关键词 病死鸡 四环素类抗性基因 堆肥 定量PCR
不同RNA提取方法的效能比较 预览
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作者 李冉冉 王兵 +5 位作者 胡胜 李洋 翟永杰 李彩霞 孙启凡 季安全 《刑事技术》 2018年第6期431-435,共5页
目的比较7种不同的RNA提取方法(6种商业化试剂盒加Trizol有机提取法)的相对提取效率,为法医实践中选择提取高质量的RNA/miRNA提供参考。方法分别使用6种不同的商业化试剂盒以及Trizol有机提取法提取晾干的外周血棉签样本,通过对RNA进行... 目的比较7种不同的RNA提取方法(6种商业化试剂盒加Trizol有机提取法)的相对提取效率,为法医实践中选择提取高质量的RNA/miRNA提供参考。方法分别使用6种不同的商业化试剂盒以及Trizol有机提取法提取晾干的外周血棉签样本,通过对RNA进行紫外荧光定量检测、琼脂糖凝胶电泳检测和测定样本中内参基因RNU6b的相对含量等方式进行评价。结果各试剂盒所提RNA/miRNA的质量评估和表达分析结果有明显差异,其中Trizol有机提取法和试剂盒RNeasy^■Mini可以得到更高质量和纯度的RNA/miRNA,170μL外周血中所提取的RNA总量可达到(3860.50±182.12)ng、纯度(OD260/280)约为1.84±0.03,且琼脂糖电泳结果显示RNA完整性好,在后续实验中表现良好。结论在所有的提取方法中,综合考虑RNA的数量、质量以及RealtimePCR检测结果,更适合提取外周血RNA的方法为RNeasy^■MiniKit和Trizol有机提取法。 展开更多
关键词 法医遗传学 微RNA 提取方法 定量PCR技术
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