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植物线粒体RNA编辑调控研究进展
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作者 陈倩 刘石锋 +1 位作者 洪广成 秦小健 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期869-876,共8页
植物线粒体作为细胞中半自主性细胞器之一,在植物的生长发育过程扮演重要角色,是植物的能量工厂。RNA编辑是近些年来线粒体RNA出现的一种转录后调控,是指在RNA水平进行碱基的改变,从而形成可能性质完全不同的氨基酸,因此这种修饰后的基... 植物线粒体作为细胞中半自主性细胞器之一,在植物的生长发育过程扮演重要角色,是植物的能量工厂。RNA编辑是近些年来线粒体RNA出现的一种转录后调控,是指在RNA水平进行碱基的改变,从而形成可能性质完全不同的氨基酸,因此这种修饰后的基因表达不能忠实地反映DNA信息。目前植物中的五肽重复(pentatricopeptide repeat, PPR)基因已被大量挖掘出来且相关研究结果证实RNA编辑主要发生在线粒体、叶绿体等细胞器中,并与细胞器的功能有着密切联系,相应的分子机理研究也在不断深入。本综述主要归纳植物线粒体RNA编辑的研究进展以及总结有关线粒体RNA编辑的最新研究成果,希望为后续的研究与应用提供一定的理论参考。 展开更多
关键词 线粒体 PPR蛋白 RNA编辑 分子调控
基于机器学习的RNA编辑位点预测方法综述 预览
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作者 冷嘉承 吴凌云 《生物信息学》 2019年第1期1-8,共8页
RNA编辑是一个十分重要的生物细胞分子机制。作为转录后修饰的一步,它可以增加蛋白质组学多样性,改变转录产物的稳定性,调节基因表达等。RNA编辑失调会导致各种疾病,包括神经疾病和癌症。在动物中,腺苷到肌苷(A-to-I)的编辑是最普遍的... RNA编辑是一个十分重要的生物细胞分子机制。作为转录后修饰的一步,它可以增加蛋白质组学多样性,改变转录产物的稳定性,调节基因表达等。RNA编辑失调会导致各种疾病,包括神经疾病和癌症。在动物中,腺苷到肌苷(A-to-I)的编辑是最普遍的。高通量测序技术的进步大大提高了在全局范围内检测和量化RNA编辑的能力,使得RNA编辑的大规模全基因组分析变得可行,产生了一系列基于高通量测序技术的RNA编辑位点预测方法。通过对这些方法进行介绍、总结和分析,为RNA编辑的进一步研究提供一些思路。 展开更多
关键词 RNA编辑 高通量测序 A-to-I 机器学习
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鸡源AID基因的克隆及其抗新城疫病毒作用
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作者 徐腾飞 张耀丹 +9 位作者 李继红 汪伟 孟春春 孙英杰 谭磊 宋翠萍 廖瑛 丁铲 仇旭升 刁有祥 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期975-981,共7页
APOBEC家族成员中AID蛋白具有DNA/RNA编辑酶功能,同时具有抑制病毒增殖的作用,但具体机制尚不明了。本研究首先根据NCBI公布的鸡全基因组序列进行生物信息学分析,预测鸡AID的基因序列并通过设计PCR引物,成功在鸡法氏囊cDNA样品中扩增出... APOBEC家族成员中AID蛋白具有DNA/RNA编辑酶功能,同时具有抑制病毒增殖的作用,但具体机制尚不明了。本研究首先根据NCBI公布的鸡全基因组序列进行生物信息学分析,预测鸡AID的基因序列并通过设计PCR引物,成功在鸡法氏囊cDNA样品中扩增出鸡AID基因(chAID)。通过建立并优化chAID的实时定量RT-PCR(rRT-PCR)检测方法,对鸡体内AID基因的表达以及其分布情况进行检测;同时通过Western blot试验对chAID蛋白在鸡细胞中的表达进行检测。试验显示,chAID基因能够在鸡细胞以及组织脏器中正常表达。新城疫病毒(NDV)感染鸡原代成纤维细胞、淋巴细胞后能够引起内源性chAID基因水平的上调;SPF鸡感染NDV后,chAID基因在不同组织脏器中均出现上调现象,以免疫器官最为显著。为了进一步验证chAID基因对NDV增殖的影响,进一步检测在细胞中过表达chAID基因对NDV增殖的影响。研究结果表明:重组chAID蛋白具有抗NDV病毒活性,本研究为进一步研究鸡chAID奠定了基础。 展开更多
关键词 活化诱导胞嘧啶脱氨酶 新城疫病毒 基因编辑酶 抗病毒作用
RNA特异性腺苷脱氨酶的生物学作用及其与人类疾病的关系 预览
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作者 陈柯竹 麻茹则 王芳 《中南大学学报:医学版》 CSCD 北大核心 2018年第8期904-911,共8页
RNA编辑(尤其是A.to-I RNA编辑)是哺乳动物常见的转录后修饰方式。RNA特异性腺苷脱氨酶(adenosine deaminase acting on RNA,ADAR)是A.to—I编辑的关键蛋白,它通过脱氨基作用使双链RNA中的腺苷基团转化为肌酐基团,从而导致核... RNA编辑(尤其是A.to-I RNA编辑)是哺乳动物常见的转录后修饰方式。RNA特异性腺苷脱氨酶(adenosine deaminase acting on RNA,ADAR)是A.to—I编辑的关键蛋白,它通过脱氨基作用使双链RNA中的腺苷基团转化为肌酐基团,从而导致核苷酸序列改变。目前已发现的ADARs共有3类(ADARl,ADAR2,ADAR3),它们的异常与众多人类疾病密切相关,如病毒感染、代渤性疾病、神经系统疾病、肿瘤等。 展开更多
关键词 RNA编辑 RNA特异性腺苷脱氨酶 生物学作用 疾病
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Novel DYW-type pentatricopeptide repeat(PPR) protein BLX controls mitochondrial RNA editing and splicing essential for early seed development of Arabidopsis
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作者 Yan Sun Jiaying Huang +3 位作者 Sheng Zhong Hongya Gu Shan He Li-Jia Qu 《遗传学报:英文版》 SCIE CAS CSCD 2018年第3期155-168,共14页
在植物,编辑的 RNA 是在线粒体和质体把特定的 cytidine 改变到 uridine 的一个 post-transcriptional 过程。大多数 pentatricopeptide 重复(PPR ) 蛋白质涉及由认出特定的 RNA 序列编辑的细胞器 RNA。我们这里从 DYW 子类报导 PPR ... 在植物,编辑的 RNA 是在线粒体和质体把特定的 cytidine 改变到 uridine 的一个 post-transcriptional 过程。大多数 pentatricopeptide 重复(PPR ) 蛋白质涉及由认出特定的 RNA 序列编辑的细胞器 RNA。我们这里从 DYW 子类报导 PPR 蛋白质的功能的描述, Baili Xi (BLX ) ,它包含五个 PPR 主题和 DYW 域。BLX 为早种子开发是必要的,当植物缺乏 BLX 基因是致命的胚胎,内乳没能开始 cellularization。BLX 高度在胚胎和内乳被表示,并且 BLX 蛋白质在线粒体是明确地局部性的,它为 BLX 功能是必要的。我们发现 BLX 为在线粒体编辑地点的 36 的有效编辑被要求。而且, BLX 涉及 nad1 的第四 intron 和 nad2 的第一 intron 的拼接的规定。BLX 功能的损失损害了 mitochondrial 功能并且增加了反应的氧种类(ROS ) 水平。有 BLX 的截断的变体的基因互补表明除了 DYW 域,第五个仅仅 PPR 主题为 BLX 功能是必要的。指向 BLX 的编辑地点的在上游的序列没被保存,建议 BLX 用作经由一种新 non-RNA-interacting 方式的一篇小说和主要 mitochondrial 编辑因素(MEF ) 。这发现提供有更少 PPR 主题的 DYW 类型 PPR 蛋白质怎么调整在植物编辑的 RNA 的新卓见。 展开更多
关键词 ARABIDOPSIS 蛋白质 RNA 编辑 类型 拼接 开发 种子
ADAR1通过RNA编辑上调ZNF655表达并促进人肝癌细胞系HepG2中HBV复制 预览
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作者 李京源 李涛 +2 位作者 朱席琳 伍晓盼 刘英 《基础医学与临床》 CSCD 2018年第3期312-316,共5页
目的探讨细胞中ADAR1对锌指蛋白ZNF655的作用及其对乙肝病毒(HBV)复制的影响。方法在人肝癌细胞系HepG2细胞中,利用桑格测序验证ZNF655 3'UTR存在ADAR1 RNA编辑位点;RT-qPCR检测ADAR1和ZNF655 mRNA的表达及HBV total RNA和HBV 3.5 kb... 目的探讨细胞中ADAR1对锌指蛋白ZNF655的作用及其对乙肝病毒(HBV)复制的影响。方法在人肝癌细胞系HepG2细胞中,利用桑格测序验证ZNF655 3'UTR存在ADAR1 RNA编辑位点;RT-qPCR检测ADAR1和ZNF655 mRNA的表达及HBV total RNA和HBV 3.5 kb RNA的表达;双荧光素酶报告基因检测荧光素酶的相对表达;Western blot检测ADAR1和ZNF655蛋白的表达;ELISA检测ZNF655对HBV标志物HBs Ag和HBe Ag的影响。结果 ZNF655基因3'UTR上chr7:99575277位点在DNA水平为纯合型,在RNA水平为杂合型;ZNF655基因3'UTR上chr7:99575277位点的编辑型G比正常型A的荧光素酶活性显著升高(P〈0.001);在转录和翻译水平,ADAR1都显著增加了ZNF655的表达(P〈0.001);ZNF655对HBV的表达起到促进的作用。结论 ADAR1通过编辑ZNF655的3'UTR上的chr7:99575277位点,使编辑位点A转换成G,上调了基因的表达,进而起到对HBV复制的促进作用。 展开更多
关键词 作用于RNA的腺苷脱氨酶1 锌指蛋白655 RNA编辑 乙肝病毒
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作物线粒体基因组研究进展 预览
7
作者 蔡训辉 王如意 +3 位作者 范彦君 刘齐元 王瑜 周玮 《中国农学通报》 2018年第18期151-157,共7页
线粒体作为真核生物细胞内的一种半自主细胞器,是细胞内氧化磷酸化和合成三磷酸腺苷(ATP)的主要场所。如何利用线粒体基因研发高产、高质新品种作物是目前农业研究的重要课题。为了探索当前作物线粒体基因组的研究进展,本研究从基因... 线粒体作为真核生物细胞内的一种半自主细胞器,是细胞内氧化磷酸化和合成三磷酸腺苷(ATP)的主要场所。如何利用线粒体基因研发高产、高质新品种作物是目前农业研究的重要课题。为了探索当前作物线粒体基因组的研究进展,本研究从基因组成和分子结构特点等方面归纳了NCBI中已公布的12种作物线粒体基因组的研究现状。首先总结了不同作物在线粒体基因组的大小、编码序列比例、内含子、叶绿体和细胞核与线粒体之间的水平基因转移等方面的差异;其次分析了RNA编辑、重复序列与重组等作物线粒体基因组研究热点问题;最后重点详述了作物线粒体基因组与CMS发生关联的研究分析和进展。 展开更多
关键词 作物 线粒体基因组 重复序列 RNA编辑 细胞质雄性不育
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CRISPR/Cas9在造血干细胞移植中的最新研究与进展 预览
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作者 杨慧 朱建伟 路慧丽 《中国组织工程研究》 北大核心 2018年第29期4713-4720,共8页
背景:CRISPR/Cas9基因编辑系统来源于由成簇规则间隔短回文重复序列(CRISPR)及其相关蛋白(Cas)介导的细菌适应性免疫系统。造血干细胞具有易分离、自我更新分化能力强的优势,已成功应用于恶性血液病、严重的自身免疫性疾病等领域。采用C... 背景:CRISPR/Cas9基因编辑系统来源于由成簇规则间隔短回文重复序列(CRISPR)及其相关蛋白(Cas)介导的细菌适应性免疫系统。造血干细胞具有易分离、自我更新分化能力强的优势,已成功应用于恶性血液病、严重的自身免疫性疾病等领域。采用CRISPR/Cas9系统对造血干细胞进行体内、体外编辑,是提高造血干细胞移植治疗水平的研究趋势,在临床上具有很大潜力。目的:综述CRISPR/Cas9系统在造血干细胞移植领域中的疾病治疗、递送方式、编辑功能优化以及临床应用等方面的最新研究进展。方法:以“造血干细胞,CRISPR/Cas9,基因编辑,递送;stem cells,CRISPR/Cas9,gene editing,delivery”为关键词,检索CNKI、PubMed数据库、相关临床试验及公司在研产品中2012至2018年的文献,初步筛选后,对保留的61篇文献进行详细研究、归纳和总结。结果与结论:利用CRISPR/Cas9简易高效的基因编辑能力以及造血干细胞自我更新和分化的能力,编辑过的造血干细胞可以在血液和免疫系统中实现整个造血系统的终身修复重建,在疾病治疗方面具有很大的潜力。CRISPR/Cas9的递送方式目前仍存在局限,需要对其进一步研究和优化,此外,该系统在造血干细胞领域的临床研究及其需应对的伦理和安全问题也需要考虑。 展开更多
关键词 CRISPR/Cas9 造血干细胞 疾病治疗 递送载体 临床应用 国家自然科学基金 造血干细胞 RNA编辑 组织工程
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人乳头瘤病毒相关宫颈癌的精准筛查和治疗 预览
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作者 胡争 马丁 《浙江大学学报:医学版》 CSCD 北大核心 2018年第4期338-343,共6页
宫颈癌是自身和环境共同作用下的复杂疾病。在宿主遗传易感性的基础上,高危型人乳头瘤病毒(HPV)持续感染并整合入宿主、宿主基因组的甲基化及体细胞突变等基因组及表观基因组特征变化在宫颈癌的发生和发展中具备分子分型、早期预警及指... 宫颈癌是自身和环境共同作用下的复杂疾病。在宿主遗传易感性的基础上,高危型人乳头瘤病毒(HPV)持续感染并整合入宿主、宿主基因组的甲基化及体细胞突变等基因组及表观基因组特征变化在宫颈癌的发生和发展中具备分子分型、早期预警及指示预后的关键作用。因此,基于第二代测序技术的HPV等分子检测及动态机器学习模型将更精准地预测真正可能致癌的患者,减轻反复筛查负担;与此同时,基因编辑技术的靶向定点切割将使HPV感染相关宫颈病变的治疗成为可能。本文回顾了HPV相关宫颈癌分子生物学研究进展,提出未来我国宫颈癌精准防治的方向。 展开更多
关键词 分子结构 宫颈肿瘤/诊断 宫颈肿瘤/治疗 乳头状瘤病毒科/遗传学 病毒整合 RNA编辑 序列分析 DNA/方法 普查
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哺乳动物RNA编辑及其检测方法 预览
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作者 张跃博 颜华 +6 位作者 王立刚 赵福平 侯欣华 刘欣 高红梅 张龙超 王立贤 《畜牧兽医学报》 CSCD 北大核心 2018年第11期2299-2309,共11页
RNA编辑是一种重要的转录后调控机制,通过初级转录本上碱基的插入、缺失或者替换,改变RNA所携带的遗传信息。RNA编辑功能多样,可改变氨基酸序列、影响可变剪接、导致内含子滞留、影响RNA稳定性等,为解释诸多复杂生命过程提供了一种方向... RNA编辑是一种重要的转录后调控机制,通过初级转录本上碱基的插入、缺失或者替换,改变RNA所携带的遗传信息。RNA编辑功能多样,可改变氨基酸序列、影响可变剪接、导致内含子滞留、影响RNA稳定性等,为解释诸多复杂生命过程提供了一种方向。在哺乳动物中,由双链RNA腺苷酸脱氨酶家族催化的A-to-I编辑最为普遍。随着高通量测序技术及分子生物学的发展,科研人员开发出一系列高效灵活易用的检测工具,使全基因组水平鉴定RNA编辑位点成为现实,为解析RNA编辑在畜禽经济性状中的作用奠定了基础。本文对RNA编辑的定义、功能及RNA编辑位点检测方法等进行了综述,详细介绍了基于高通量测序检测RNA编辑位点的工具,以期更多科研人员了解认识RNA编辑并在畜禽中对其展开广泛深入的研究。 展开更多
关键词 高通量测序 检测方法 RNA编辑
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ADARs在肿瘤中的研究进展 预览
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作者 刘亮 罗良生 《医学综述》 2017年第5期912-916,共5页
RNA特异性腺苷脱氨酶(ADARs)在RNA转录后的修饰过程中发挥重要作用,是导致生物多样性的原因之一,通过对RNA编码区或非编码区相关位点的编辑,影响人类疾病的发生、发展。尽管它已成为多种疾病研究中的热点,但其完整的生物学意义尚未完... RNA特异性腺苷脱氨酶(ADARs)在RNA转录后的修饰过程中发挥重要作用,是导致生物多样性的原因之一,通过对RNA编码区或非编码区相关位点的编辑,影响人类疾病的发生、发展。尽管它已成为多种疾病研究中的热点,但其完整的生物学意义尚未完全阐明。ADARs的表达失衡与人类肿瘤的进展及肿瘤患者的预后密切相关,但是,到目前为止,其确切的作用机制尚未完全阐明。因此,通过对ADARs及其编辑位点的进一步研究,在转录后水平阐明肿瘤发生的潜在机制,可以为肿瘤的诊断、治疗新方法的探索提供理论基础。 展开更多
关键词 肿瘤 RNA特异性腺苷脱氨酶 RNA编辑
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ADAR2通过编辑MAVS基因的3′UTR降低其在细胞中的表达 预览
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作者 李涛 李京源 +2 位作者 朱席琳 伍晓盼 刘英 《基础医学与临床》 CSCD 2017年第6期747-751,共5页
目的 探讨ADAR2在细胞中对线粒体抗病毒信号蛋白MAVS表达的影响及其机制。方法 用RT-qRCR检测ADAR家族在细胞中的表达、ADAR2质粒过表达效果以及MAVS的表达;焦磷酸测序验证ADAR2对MAVS的3′UTR区域位点的编辑;双荧光素酶报告质粒检测荧... 目的 探讨ADAR2在细胞中对线粒体抗病毒信号蛋白MAVS表达的影响及其机制。方法 用RT-qRCR检测ADAR家族在细胞中的表达、ADAR2质粒过表达效果以及MAVS的表达;焦磷酸测序验证ADAR2对MAVS的3′UTR区域位点的编辑;双荧光素酶报告质粒检测荧光素酶的相对表达;Western blot检测ADAR2和MAVS蛋白的表达。结果 ADAR家族中ADAR1丰度最高,其次ADAR2也有表达,而ADAR3的表达量很低,几乎检测不到(P〈0.05);ADAR2对MAVS的3′UTR区域上的chr20:3869744位点发挥RNA编辑作用(P〈0.001);MAVS的3′UTR编辑位点上,编辑型G比正常型A的荧光素酶活性显著降低(P〈0.01);在转录和翻译水平,ADAR2都显著降低了MAVS的表达(P〈0.05)。结论 ADAR2通过编辑MAVS的3′UTR上的chr20:3869744位点,使其发生A→G的替换,进而抑制了MAVS基因的表达。 展开更多
关键词 作用于RNA的腺苷脱氨酶2 线粒体抗病毒信号蛋白 RNA编辑
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肉鸡腹脂双向选择系中RNA编辑位点的鉴定研究 预览
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作者 梁浩 李敏 +2 位作者 董翔宇 李辉 杜志强 《畜牧兽医学报》 CSCD 北大核心 2017年第9期1611-1623,共13页
旨在准确获得肉鸡腹脂双向选择系脂肪组织中的RNA编辑位点信息,进而为脂肪相关研究提供更多的信息来源。本研究以东北农业大学肉鸡高、低腹脂双向选择品系第十九世代肉鸡为试验材料,使用转录组测序(RNA-seq)和基因组测序数据识别肉... 旨在准确获得肉鸡腹脂双向选择系脂肪组织中的RNA编辑位点信息,进而为脂肪相关研究提供更多的信息来源。本研究以东北农业大学肉鸡高、低腹脂双向选择品系第十九世代肉鸡为试验材料,使用转录组测序(RNA-seq)和基因组测序数据识别肉鸡腹部脂肪组织RNA编辑位点。通过生物信息学手段,设定严格的数据过滤与筛选策略,构建RNA编辑位点候选集。结果表明,在候选集中,通过对RNA编辑位点的分类和注释,在低脂系肉鸡脂肪组织中发掘转换型RNA编辑位点28个,颠换型RNA编辑位点101个,插入缺失型RNA编辑位点71个;在高脂系肉鸡脂肪组织中,发掘转换型RNA编辑位点30个,颠换型RNA编辑位点84个,插入缺失型RNA编辑位点77个。绝大多数RNA编辑位点落在内含子、基因间区域及基因上游区域(内含子区41.91%,基因间区域33.08%,基因下游20.59%,基因上游2.94%和外显子区1.47%)。试验验证了4个候选RNA编辑位点,其中3个位点落在与脂肪形成有重要关系的ATP1B3、SLC6A6和FLNB基因区域。本研究鉴定和验证了存在于肉鸡脂肪组织中的RNA编辑位点,为进一步研究RNA编辑影响脂肪组织生长发育的分子机制奠定了基础。 展开更多
关键词 肉鸡 脂肪组织 转换与颠换 插入缺失 RNA编辑
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A-to-I RNA编辑酶1参与调控肿瘤的发生和发展
14
作者 李俊杰 张卓超 +1 位作者 赵威 尹文 《国际外科学杂志》 2017年第4期共4页
肿瘤的发生和发展是一个内因与外因共同作用的复杂过程.既往的研究证实,DNA突变进而引起下游分子通路的活化参与了肿瘤的发生.近年来对于转录后修饰的研究表明,RNA编辑是重要的转录后调控机制之一,进一步丰富了RNA及蛋白质的多样性,同... 肿瘤的发生和发展是一个内因与外因共同作用的复杂过程.既往的研究证实,DNA突变进而引起下游分子通路的活化参与了肿瘤的发生.近年来对于转录后修饰的研究表明,RNA编辑是重要的转录后调控机制之一,进一步丰富了RNA及蛋白质的多样性,同样参与了包括肿瘤发生在内的多种疾病的过程.近年来由于RNA编辑酶之一ADAR1功能的复杂性和重要性使其备受关注,已有多项研究表明,ADAR1在肿瘤发生、发展过程中起着重要的作用.本文主要针对ADAR1参与肿瘤的发生、发展进行综述. 展开更多
关键词 ADAR1 肿瘤 RNA编辑 A-I转变
乌拉尔图小麦叶绿体RNA编辑位点的预测与鉴定
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作者 葛玲巧 Farhana Kumbhar +4 位作者 赵贤 王萌 王莎 宋卫宁 聂小军 《分子植物育种》 CSCD 北大核心 2017年第7期2479-2488,共10页
RNA编辑是指在RNA水平分子发生的碱基的改变或修饰,从而引起其所携带的遗传信息发生改变的过程。作为一种重要的转录后水平调控方式,RNA编辑在高等植物的生长发育、逆境响应以及物质生物合成等方面具有重要作用。为了解乌拉尔图小麦叶... RNA编辑是指在RNA水平分子发生的碱基的改变或修饰,从而引起其所携带的遗传信息发生改变的过程。作为一种重要的转录后水平调控方式,RNA编辑在高等植物的生长发育、逆境响应以及物质生物合成等方面具有重要作用。为了解乌拉尔图小麦叶绿体基因组RNA编辑的组成和特点,本研究利用生物信息学预测结合RT-PCR的方法对乌拉尔图小麦叶绿体的RNA编辑位点进行了预测与分析。生物信息学预测发现在76个蛋白质编码基因中,15个基因发生了RNA编辑现象,共计33个胞嘧啶(C)到尿嘧啶(U)的变化,其中ndhB基因发生的编辑位点最多;然后,随机选取5个基因进行了实验验证,初步验证了预测结果的准确性;进一步对这个5个基因编辑后其蛋白二级结构和跨膜结构域进行了预测,发现编辑后所有基因的二级结构均发生了改变,同时ndhB的跨膜结构域也发生了改变;最后,比较了乌拉尔图小麦与其他5个麦类作物叶绿体RNA编辑位点的异同,发现了叶绿体编辑位点在麦类作物中具有较强保守性,同时也发现了数个物种特异的编辑位点。本研究为进一步研究乌拉尔图小麦叶绿体RNA编辑的生物学功能提供帮助,为从RNA编辑视角揭示小麦的起源进化提供了重要参考。 展开更多
关键词 乌拉尔图小麦 叶绿体 RNA编辑 RT-PCR
The RNA Editing Factor WSP1 Is Essentia for Chloroplast Development in Rice
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作者 Zhiguo Zhang Xuean Cui +3 位作者 Yanwei Wang JinxiaWu Xiaofeng Gu Tiegang Lu 《分子植物:英文版》 SCIE CAS CSCD 2017年第1期86-98,共13页
尽管在 Arabidopsis thaliana 的质体编辑因素(MORF ) 的多重 organellar RNA 是位于下面 MORF 怎么在另外的种类影响植物开发的广泛地学习的、分子的细节,特别地在米饭,仍然保持大部分未知。这里,我们描述 wsp1 的描述,有白条纹的... 尽管在 Arabidopsis thaliana 的质体编辑因素(MORF ) 的多重 organellar RNA 是位于下面 MORF 怎么在另外的种类影响植物开发的广泛地学习的、分子的细节,特别地在米饭,仍然保持大部分未知。这里,我们描述 wsp1 的描述,有白条纹的叶子和圆锥花序的米饭异种。尤其是, wsp1 在出发舞台展出了将近白的不成熟的圆锥花序。传播电子显微镜学分析和叶绿素内容测量揭示了叶绿体在 wsp1 的发展缺点和减少的叶绿素累积。在 Os04g51280 发现一个点变化的 WSP1 的位置的克隆,份额其通常认为的产品高与 MORF 蛋白质定序类似。互补实验证明 WSP1 为 wsp1 的使成杂色的显型负责。WSP1 对叶绿体局部性,在 wsp1 的点变化影响编辑多重 organellar RNA 地点。由于在编辑的质体 RNA 的缺点,叶绿体核糖体生物的续生说并且 ndhA 拼接也在 wsp1 被损害,它可以在出发阶段在叶子和圆锥花序影响正常叶绿体开发。一起,我们的结果在叶绿体开发表明米饭 WSP1 蛋白质的重要性并且在米饭关于 MORF 家庭成员拓宽我们的知识。 展开更多
关键词 米饭 编辑的 RNA 锐气建筑群和核糖体生合成 叶绿体开发
CRISPR/Cas9基因编辑技术构建靶向敲除小鼠微小RNA-1Ola基因的一体化载体系统 预览
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作者 陈达华 厉有名 《浙江大学学报:医学版》 CSCD 北大核心 2017年第4期427-432,共6页
目的:利用CRISPR/Cas9基因编辑技术构建两种一体化栽体。用于敲除AMLl2细胞系中的微小RNA(microRNA,miR).101a。方法:设计三条小鼠靶向miR-101a基因的小向导RNA(sgRNA)以及一条靶向绿色荧光蛋白基因的sgRNA,分别构建至一体化... 目的:利用CRISPR/Cas9基因编辑技术构建两种一体化栽体。用于敲除AMLl2细胞系中的微小RNA(microRNA,miR).101a。方法:设计三条小鼠靶向miR-101a基因的小向导RNA(sgRNA)以及一条靶向绿色荧光蛋白基因的sgRNA,分别构建至一体化载体系统(pENTRY-U6-sgRNA-EFlα-WCas9),并将sgRNAl和sgRNA3构建至一体化载体系统(pENTRY-U6-sgRNA-U6-sgRNA-EFlα-Cas9D10A)。在AMLl2细胞系中转染构建的一体化质粒,72h后用r17核酸内切酶I(1-7EI)检测剪切效率。将pENTRY一体化质粒通过Gateway的方式重组到pAD载体中,再转染293A细胞进行腺病毒包装。在AMLl2细胞系中进行腺病毒感染,72h后检测miR-101a成熟体的表达水平以评估敲除效率。结果:构建的pENTRY一体化质粒经测序鉴定后正确。质粒转染AMLl2细胞系后进行,17EI检测,均发生了明显剪切形成了两条带,表明设计的sgRNA有效果。pENTRY一体化质粒重组到pAD栽体中,经酶切鉴定正确。腺病毒转染AMLl2细胞系后,实时荧光定量PCR检测表明细胞中miR-101a成熟体表达水平较对照组均明显下降(均P〈0.01)。结论:构建了具有较高敲除效率的靶向小鼠miR-101a基因的一体化栽体系统,为后续微小RNA功能研究奠定了技术支撑和实验基础。同时也为其他微小RNA敲除提供了借鉴方法。 展开更多
关键词 RNA编辑 RNAS 小鼠 基因敲除 腺病毒科 质粒 转染 遗传 载体 细胞 培养的 聚合酶链反应
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哺乳动物中作用于非编码RNA的RNA编辑研究进展
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作者 罗嘉 沈林園 +3 位作者 李强 李学伟 张顺华 朱砺 《中国生物工程杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第11期76-82,共7页
RNA编辑是RNA转录过程中序列变化而引起的一种基因动态调控机制。腺苷脱氨酶(adenosine deaminases acting on RNA,ADAR)参与RNA编辑,将双链RNA中腺苷残基(A)转化为肌苷(I),接着被转录和拼接成鸟苷(G)。由ADAR催化,作用于RNA的... RNA编辑是RNA转录过程中序列变化而引起的一种基因动态调控机制。腺苷脱氨酶(adenosine deaminases acting on RNA,ADAR)参与RNA编辑,将双链RNA中腺苷残基(A)转化为肌苷(I),接着被转录和拼接成鸟苷(G)。由ADAR催化,作用于RNA的A-I型RNA编辑是人类最常见的转录后修饰。近年来,这种修饰不仅存在于编码RNA中,在非编码RNA(noncoding RNA,ncRNA)中也逐渐被发现,如microRNA(miRNA)、小分子干扰RNA(siRNA)、转运RNA(tRNA)和长链非编码RNA(lncRNA)。这种修饰可能通过对microRNA和mRNA之间结合位点创造或破坏,进而影响ncRNA的生物起源、稳定性和靶向识别功能。目前,对这种生物现象的机制及ADAR底物,尤其是在ncRNA中的特性仍然没有得到充分的认识。主要对哺乳动物中ncRNA上的RNA编辑进行总结,并列举一些阐明其生物学功能的计算方法。 展开更多
关键词 RNA编辑 非编码RNA MICRORNA RNA-SEQ
台东苏铁中叶绿体功能基因RNA编辑的分析 预览
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作者 沈成才 《生物信息学》 2016年第1期13-18,共6页
台东苏铁是一种古老的裸子植物,有关苏铁的RNA编辑的研究很少。为此,我们分析了台东苏铁的RNA编辑位点和分布,为探究RNA编辑的功能和机制以及高等植物的起源和进化提供依据。本次以台东苏铁(Cycas taitungensis)为材料,采用异硫氰酸... 台东苏铁是一种古老的裸子植物,有关苏铁的RNA编辑的研究很少。为此,我们分析了台东苏铁的RNA编辑位点和分布,为探究RNA编辑的功能和机制以及高等植物的起源和进化提供依据。本次以台东苏铁(Cycas taitungensis)为材料,采用异硫氰酸胍法提取台东苏铁总RNA。DNaseⅠ处理过的RNA逆转得到的c DNA进行PCR扩增条带并测序。通过对测序结果分析比对,初步确定在台东苏铁中的ndh D2,Pet B,ndh B2存在C-U的编辑。研究表明,ndh基因有较高的编辑频率,而丝氨酸相比其他氨基酸有更高的编辑频率。结果显示,ndh B2中有C-Y的部分编辑现象,ndh A2存在沉默编辑现象。 展开更多
关键词 台东苏铁 RNA编辑 RNA提取 异硫氰酸胍法
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基于深度测序技术的RNA编辑调控研究
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作者 杨欣壮 丁晚秋 +1 位作者 陈加余 李川昀 《生命科学仪器》 2016年第1期3-11,共9页
RNA编辑是一种重要的转录后修饰,可以导致成熟RNA不同于模板DNA序列。长期以来,受鉴定策略等因素限制,该领域研究举步维艰。近年来,随着深度测序技术的兴起,RNA编辑领域迎来了前所未有的机遇,在全基因组水平上实现了对多物种RNA... RNA编辑是一种重要的转录后修饰,可以导致成熟RNA不同于模板DNA序列。长期以来,受鉴定策略等因素限制,该领域研究举步维艰。近年来,随着深度测序技术的兴起,RNA编辑领域迎来了前所未有的机遇,在全基因组水平上实现了对多物种RNA编辑位点的鉴定,并对其整体的生物学功能开展了初步的探讨。本文就近年来利用深度测序技术对RNA编辑的鉴定、调控元件的特征分析以及RNA编辑功能研究等方面的进展进行综述。 展开更多
关键词 深度测序 RNA编辑 编辑组 ADAR酶 分子演化
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