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VTCN1调控结肠癌细胞长链非编码RNA和mRNA的全基因表达谱分析 预览
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作者 褚以忞 周锋利 +5 位作者 徐莹 蒯榕 李吉 侯照远 杨大明 彭海霞 《上海交通大学学报:医学版》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期270-277,共8页
目的·探讨含V-set域T细胞激活抑制因子(V-set domain containing T cell activation inhibitor 1,VTCN1)在结肠癌中对下游长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)和mRNA的调控作用。方法·利用慢病毒质粒在结肠癌细胞株SW1... 目的·探讨含V-set域T细胞激活抑制因子(V-set domain containing T cell activation inhibitor 1,VTCN1)在结肠癌中对下游长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)和mRNA的调控作用。方法·利用慢病毒质粒在结肠癌细胞株SW1116中过表达VTCN1,抽提RNA并测序,与阴性对照组比较分析差异表达的lncRNA和m RNA,并任意选取差异表达的lncRNA(3条)和mRNA(2条)进行实时定量PCR(qRT-PCR)验证RNA测序结果的准确性。通过BLAST2GO和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)分析预测这些差异表达lncRNA和m RNA的相关功能。利用线上平台GEPIA18(Gene Expression Profiling Interactive Analysis)分析差异表达lncRNA与结直肠癌患者生存期的相关性。结果·通过RNA测序在过表达VTCN1的SW1116细胞中发现了167条差异基因,包括39条lncRNA和128条m RNA。qRT-PCR检验结果与RNA测序结果变化趋势一致。生物信息学分析结果显示这些受VTCN1调控的差异基因可能参与了内质网中的蛋白处理、mRNA监控信号通路。另外,在过表达VTCN1的结肠癌细胞中明显上调的3条lncRNA(DNAJC9-AS1、HCG27和RP11-339B21.13),同时也是预测结直肠癌患者总生存期的独立因子。结论·在结肠癌细胞中VTCN1对下游多条lncRNA和mRNA具有调控作用,这些lncRNA和mRNA可能参与了内质网中的蛋白处理和mRNA监控信号通路。 展开更多
关键词 含V-set域T细胞激活抑制因子 结肠癌 长链非编码RNA RNA测序 生物信息学分析
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sRNA_EsR240调控迟缓爱德华菌胞内生存及其毒力 预览
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作者 张圆圆 夏养敏 +5 位作者 贾莹婷 朱运霈 王燕 房正邹 高大庆 陆承平 《东南大学学报:医学版》 CAS 2019年第4期563-571,共9页
目的:探讨非编码小RNA(sRNA_EsR240)调控迟缓爱德华菌( Edwardsiella tarda , Et )胞内生存和毒力的作用。方法:根据转录组测序,结合生物信息学方法分析ET13菌sRNA。采用RT - PCR检测在不同应激(低酸、营养缺乏、氧化和高盐)条件下sRNA... 目的:探讨非编码小RNA(sRNA_EsR240)调控迟缓爱德华菌( Edwardsiella tarda , Et )胞内生存和毒力的作用。方法:根据转录组测序,结合生物信息学方法分析ET13菌sRNA。采用RT - PCR检测在不同应激(低酸、营养缺乏、氧化和高盐)条件下sRNA的转录水平,筛选高表达的sRNA;Northern blotting和RACE试验检测EsR240的长度及转录起始和终止位点。采用BLAST软件对EsR240的保守性进行分析;IntaRNA软件预测EsR240靶基因;qRT - PCR检测这些靶基因的表达水平。采用自杀质粒同源重组的方法构建ET13菌的EsR240缺失株和互补株。比较野生株ET13、EsR240缺失株和互补株在胞外不同应激条件下的存活率,及其在巨噬细胞胞内存活能力和对小鼠毒力的差异。结果:根据ET13菌RNA测序的结果,与蛋白库注释基因相比对;比对不上的候选sRNA与sRNA库比对;用软件发现13个具有启动子和ρ-非依赖型终止子新的sRNA,RT - PCR显示其中8个sRNA在各种应激条件下的转录水平不一,EsR128、EsR139和EsR240转录水平均较高。Northern blotting验证了EsR240在 Et 生长期和稳定期均转录,大小是596 bp。RACE试验确定了EsR240的转录起始和终止位点。BLAST软件分析显示,EsR240在 Et 中普遍存在,符合sRNA的特征。 IntaRNA软件预测EsR240靶基因及qRT - PCR结果显示,EsR240调控大部分预测靶基因的表达,这些靶基因注释可能为三磷酸腺苷结合盒(ATP binding cassette,ABC)- F转运体、FtsH蛋白酶的调控子YccA、Na +/H +反向转运体和糖苷水解酶等;在不同条件下,EsR240调控靶基因数目不同。EsR240的缺失明显影响 Et 在胞外不同应激条件下存活率和胞内生存能力,而且影响 Et 对小鼠的毒力。结论: EsR240通过调控靶基因影响 Et 的胞内生存,是一个正调控 Et 对小鼠毒力的sRNA。 展开更多
关键词 迟缓爱德华菌 RNA测序 胞内生存 非编码小RNA 毒力
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Mini患者来源异种移植和WES/RNA测序指导一例转移性十二指肠腺癌患者的个体化治疗 预览
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作者 Peng Zhao Hui Chen +3 位作者 Danyi Wen Shuo Mou Feifei Zhang Shusen Zheng 《癌症》 SCIE CAS CSCD 2019年第7期329-336,共8页
背景与目的各种癌症的治疗指南已越来越多地应用于临床实践,并已极大地改善了患者预后。然而,医生推荐的治疗方案(甚至一线治疗)并非对每位患者都是最佳的。在本研究中,我们应用mini患者来源的异种移植(mini patient-derived xenograft,... 背景与目的各种癌症的治疗指南已越来越多地应用于临床实践,并已极大地改善了患者预后。然而,医生推荐的治疗方案(甚至一线治疗)并非对每位患者都是最佳的。在本研究中,我们应用mini患者来源的异种移植(mini patient-derived xenograft,mini-PDX)和二代测序技术指导了一例转移性十二指肠腺癌患者的个体化治疗。方法将切除的异位转移瘤组织植入SCID小鼠体内,来确定对各种药物的敏感性。采用DNA全外显子测序(DNA whole-exome sequencing,DNA-WES)和RNA测序分析突变谱。所得分析结果用于选择对转移性十二指肠腺癌的最佳治疗方案。结果使用mini-PDX模型进行评估只用了7 d。结果表明,对S-1+顺铂、吉西他滨+顺铂、依维莫司单药具有高敏感性。患者最初接受吉西他滨联合顺铂治疗,但由于毒性而终止治疗。随后,该患者单独使用S-1进行治疗。总无病生存期为34个月。DNA-WES和RNA测序鉴定了转移性十二指肠腺癌中KRAS突变(A146T)、TP53(C229Yfs*10)和RICTOR扩增。这些发现进一步为mini-PDX的结果提供了支持,并建议当该患者最终复发时应使用m TOR抑制剂治疗。结论联合WES/RNA测序的mini-PDX模型可以快速检测癌症患者的药物敏感性,揭示关键的基因变异。有必要进一步研究该技术用以对难治性恶性肿瘤患者进行个体化治疗。 展开更多
关键词 十二指肠腺癌 Mini患者来源异种移植 全外显子测序 RNA测序 体细胞突变 个体化治疗
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羟氯喹与贝伐单抗协同抑制HUVEC细胞生长的作用及机制 预览
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作者 宣自学 杨慧 +7 位作者 叶强 张夙 石佳娜 王维 张国兵 邵燕飞 王如意 方晴霞 《中国药理学通报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第11期1575-1582,共8页
目的 研究羟氯喹与贝伐单抗协同抑制HUVEC细胞生长的作用及机制。方法 利用RTCA实验、流式凋亡检测、Matrigel血管状结构形成实验,分别研究羟氯喹与贝伐单抗联用对HUVEC细胞增殖、凋亡及体外血管状结果形成的影响;Western blot检测LC3、... 目的 研究羟氯喹与贝伐单抗协同抑制HUVEC细胞生长的作用及机制。方法 利用RTCA实验、流式凋亡检测、Matrigel血管状结构形成实验,分别研究羟氯喹与贝伐单抗联用对HUVEC细胞增殖、凋亡及体外血管状结果形成的影响;Western blot检测LC3、p62蛋白的表达;mCherry-EGFP-LC3双荧光标记观察自噬流,电镜观察自噬体和线粒体变化,以及利用转录组测序(RNA-seq)揭示羟氯喹与贝伐单抗联用的调控分子机制。结果 与单药组相比,羟氯喹和贝伐单抗联合能够协同抑制HUVEC细胞增殖,促进HUVEC细胞凋亡,抑制HUVEC细胞血管状结构形成;羟氯喹能够抑制HUVEC细胞自噬;转录组测序结果显示,羟氯喹与贝伐单抗联用影响69个差异表达基因,可能主要通过调控RICTOR、PIK3CA等“hub”基因,发挥协同抑制HUVEC细胞的作用。结论 羟氯喹和贝伐单抗联用协同抑制HUVEC细胞,其机制不仅与羟氯喹抑制细胞自噬有关,而且与RICTOR、PIK3CA等“hub”基因调控相关。 展开更多
关键词 羟氯喹 贝伐单抗 HUVEC 自噬 RNA测序 差异表达基因
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120日龄文昌鸡RNA-Seq基因结构及SNP分析
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作者 顾丽红 李金明 +3 位作者 张细权 邱峰芳 邢增杨 林哲敏 《中国家禽》 北大核心 2019年第12期5-11,共7页
为了深入挖掘文昌鸡RNA-Seq数据,进一步完善文昌鸡基因组的注释信息,试验采用生物信息学的方法对120日龄文昌鸡的高质量序列(Clean data)数据进行单核苷酸多态性(SNP)的查找、可变剪接(AS)筛查、基因结构优化和新转录本预测。结果共得到... 为了深入挖掘文昌鸡RNA-Seq数据,进一步完善文昌鸡基因组的注释信息,试验采用生物信息学的方法对120日龄文昌鸡的高质量序列(Clean data)数据进行单核苷酸多态性(SNP)的查找、可变剪接(AS)筛查、基因结构优化和新转录本预测。结果共得到78 564个可靠的SNP位点,22 227个可变剪接,优化基因9 546个,预测新转录本593个。研究结果为文昌鸡分子育种提供了新的靶点。 展开更多
关键词 文昌鸡 RNA测序 可变剪接 单核苷酸多态性 新转录本
3个时期牛肌肉组织中长链非编码RNA表达谱的生物信息学分析 预览
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作者 张晓娟 陈明明 +5 位作者 辛向博 刘新峰 张林林 丁向彬 郭宏 李新 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第1期1-9,共9页
试验旨在分析不同时期牛肌肉组织中长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNAs)的表达谱,并筛选出可能参与肌肉发育过程的相关的lncRNAs。采集3月龄胚胎、6月龄胚胎和9月龄出生个体的肌肉组织RNA样品进行高通量测序,通过生物信息学方... 试验旨在分析不同时期牛肌肉组织中长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNAs)的表达谱,并筛选出可能参与肌肉发育过程的相关的lncRNAs。采集3月龄胚胎、6月龄胚胎和9月龄出生个体的肌肉组织RNA样品进行高通量测序,通过生物信息学方法对鉴定到的lncRNAs进行分析筛选,对lncRNAs靶基因和3个时期差异mRNAs进行Veen分析,并对Veen结果进行GO和KEGG富集分析,筛选与肌肉发育相关的lncRNAs及靶标mRNA。结果显示,高通量测序共鉴定到212 851条新的未注释的lncRNAs,其中在不同时期差异表达的有9 913条,分属于基因间型、正义链型、反义链型和双向型4种类型,在各染色体上均有分布,其中正义链型lncRNAs在各个染色体上分布数量最多,分布范围最广。分析其结构发现这些lncRNAs具有开放阅读框短、表达水平低、编码能力弱、分布广、数量大等特征。通过GO和KEGG富集分析,最终筛选出3月龄胚胎、6月龄胚胎和9月龄出生个体肌肉中差异表达并与肌生成有密切关系的55条lncRNAs和38条候选靶标mRNA。本研究不仅提供了3个时期牛肌肉组织中lncRNAs的表达模式,而且通过预测lncRNAs与mRNA的相互作用关系极大地缩小了与牛肌肉发育相关的lncRNAs的研究范围,为揭示牛肌肉发育的功能提供了重要的靶点。 展开更多
关键词 牛肌肉组织 RNA测序 生物信息学分析 lncRNAs
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单细胞转录组测序在自身免疫病的潜在应用价值 预览
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作者 李璐 刘金晶 郑文洁 《中华临床免疫和变态反应杂志》 2019年第3期236-241,共6页
单细胞转录组测序(single cell RNA sequencing,scRNA-seq)是在单个细胞水平上获得全转录组表达谱,在发现新的细胞亚群,确定细胞异质性及疾病标志性致病基因以及细胞转化过程中发挥重要作用。本文对scRNA-seq技术的核心步骤和在自身免... 单细胞转录组测序(single cell RNA sequencing,scRNA-seq)是在单个细胞水平上获得全转录组表达谱,在发现新的细胞亚群,确定细胞异质性及疾病标志性致病基因以及细胞转化过程中发挥重要作用。本文对scRNA-seq技术的核心步骤和在自身免疫病领域的应用进行了详细阐述。此项技术可以拓展到自身免疫病更多深入研究中,未来逐渐指导临床诊断、治疗。 展开更多
关键词 单细胞 转录组 RNA测序 自身免疫病
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铝诱导的茶树根系转录组变化分析 预览
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作者 黄丹娟 谭荣荣 +4 位作者 陈勋 王红娟 龚自明 王友平 毛迎新 《茶叶科学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期506-520,共15页
探讨茶树响应铝(Aluminum,Al)的基因调控网络和表达模式,确定一些关键候选基因,为茶树耐Al分子机制研究奠定基础。测定了0、0.2、1、2、4 mmol·L^-1 5个Al^3+浓度处理7 d的福鼎大白茶根系抗氧化酶活性和Al含量变化,并提取0 mmol... 探讨茶树响应铝(Aluminum,Al)的基因调控网络和表达模式,确定一些关键候选基因,为茶树耐Al分子机制研究奠定基础。测定了0、0.2、1、2、4 mmol·L^-1 5个Al^3+浓度处理7 d的福鼎大白茶根系抗氧化酶活性和Al含量变化,并提取0 mmol·L^-1(R0)、1 mmol·L^-1(R1)和4 mmol·L^-1(R4)3个浓度下的茶树根系总RNA,通过Illumina Hiseq Xten平台进行高通量转录组测序。结果表明,随着Al^3+浓度的升高,根系POD(Peroxidase,过氧化物酶)活性逐渐下降,APX(Ascorbic acid peroxidase,抗坏血酸过氧化物酶)活性则逐渐升高。SOD(Superoxide dismutase,超氧化物歧化酶)活性在Al^3+浓度为1 mmol·L^-1时最高,CAT(Catalase,过氧化氢酶)活性在各处理间无显著差异。根系中Al含量随着Al^3+浓度的升高呈先上升后下降趋势,在Al^3+浓度为1 mmol·L^-1时达到最高。经筛选得到R1 VS R0,R4 VS R0,R4 VS R1的DEGs(Differentially expressed genes)分别为1 894、2 439个和1 384个,显著上调(下调)的差异表达基因分别有733(1 161)、846(1 593)个和628(756)个。GO富集分析表明,3个处理组在生物学途径中富集最多的类别均为刺激响应。在分子功能和细胞组件方面,R1 VS R0和R4 VS R0富集最多的类别均为核酸结合转录因子活性和细胞外围,R4 VS R1富集最多的类别为氧化还原酶活性相关基因和膜区域。KEGG富集分析表明,R1 VS R0、R4 VS R0、R4 VS R1分别显著富集了29、41条和19条Pathway,它们包括转录因子、转运蛋白、植物-病原菌互作、苯丙烷生物合成途径等,鉴定到多个参与调控活性氧代谢、有机酸或金属转运蛋白、转录因子及细胞壁结构修饰等生理过程的基因在Al诱导后上调或抑制表达,显示这些基因与茶树耐Al分子机制密切相关。 展开更多
关键词 茶树 AL 根系 差异表达基因 RNA测序
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α-黑素细胞刺激素作用后高糖高脂下视网膜血管内皮细胞差异表达基因分析 预览
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作者 吴绵绵 郭芳 +2 位作者 李亚红 刘珂 张琰 《中华实验眼科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期694-700,共7页
目的探讨α-黑素细胞刺激素(α-MSH)对高糖高脂刺激下视网膜血管内皮细胞中mRNA及长链非编码RNA(lncRNA)表达的影响。方法对恒河猴视网膜血管内皮细胞系(RF/6A)进行培养,将细胞分为正常对照组、模型对照组、0.1μmol/Lα-MSH处理组、0.5... 目的探讨α-黑素细胞刺激素(α-MSH)对高糖高脂刺激下视网膜血管内皮细胞中mRNA及长链非编码RNA(lncRNA)表达的影响。方法对恒河猴视网膜血管内皮细胞系(RF/6A)进行培养,将细胞分为正常对照组、模型对照组、0.1μmol/Lα-MSH处理组、0.5μmol/Lα-MSH处理组和1.0μmol/Lα-MSH处理组。各组细胞进行CM-H2DCFDA染色,检测细胞抗氧化能力,筛选α-MSH的最佳工作浓度。正常对照组、模型对照组和α-MSH处理组细胞处理后24 h,收集各组细胞提取总RNA,经高通量RNA测序(RNA-seq)构建RNA测序文库并进行生物信息学分析。结果0.5μmol/Lα-MSH组细胞荧光强度明显低于模型对照组,差异有统计学意义(P<0.05),选择0.5μmol/L为α-MSH的最佳作用浓度并进行后续实验。RNA-seq结果显示,与模型对照组相比,α-MSH处理组中243个mRNAs表达下调,81个mRNAs表达上调,53个lncRNAs表达上调,6个lncRNAs表达下调。生物信息学分析结果显示,α-MSH处理组表达下调的基因中主要富集的通路包括转化生长因子-β(TGF-β)信号通路、局部黏附通路和细胞外基质(ECM)受体相互作用通路,主要参与的生物过程为调节小三磷酸鸟苷酶(small GTPase)介导的信号转导。α-MSH处理组中表达上调的共表达lncRNA主要富集通路包括ECM受体互作通路、缺氧诱导因子-1(HIF-1)通路等,主要参与轴突导向、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正向调节等生物过程。结论α-MSH处理后,高糖、高脂刺激的视网膜血管内皮细胞主要表现为lncRNA表达上调及mRNA表达下调,提示α-MSH可能通过上调lncRNA的表达来下调下游基因的mRNA表达. 展开更多
关键词 Α-黑素细胞刺激素 糖尿病视网膜病变 RNA测序 基因表达 高血糖 高血脂 棕榈酸钠
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乳腺癌癌旁组织特异性表达基因分析 预览
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作者 禹奇超 宋彬 +4 位作者 邹轩轩 王岭 刘德权 李波 马昆 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期625-633,共9页
癌症研究中常用癌旁组织(normal tissues adjacent to the tumour,NAT)作对照,而癌旁组织与无肿瘤的正常组织的基因表达谱是有差异的。癌旁组织特异性表达基因的存在通常会干扰传统的转录图谱研究,然而目前关于癌旁与无肿瘤组织的基因... 癌症研究中常用癌旁组织(normal tissues adjacent to the tumour,NAT)作对照,而癌旁组织与无肿瘤的正常组织的基因表达谱是有差异的。癌旁组织特异性表达基因的存在通常会干扰传统的转录图谱研究,然而目前关于癌旁与无肿瘤组织的基因表达谱差异的研究相对较少。本研究对14例乳腺癌患者的癌组织、癌旁组织和对侧正常乳腺组织样本进行高深度RNA测序和分析,发现癌旁组织相比对侧正常乳腺组织有102个差异表达基因。基因富集和蛋白-蛋白互作分析揭示这些差异表达基因显著富集在肿瘤坏死因子(tumour necrosis factor,TNF)和上皮间质转化(epithelial-mesenchymal transition,EMT)等癌症相关的基因集中。通过比较癌旁组织与癌组织、癌旁组织与对侧正常乳腺组织的转录图谱,发现23个癌旁组织特异性高表达的基因,即癌旁特异性激活(tumour-adjacent speci c activation,TASA)基因。这些基因显著富集在TNF基因集中,其中15个是新发现的基因。结果表明,TASA基因在乳腺癌癌旁组织中普遍存在,并且与免疫系统的TNF信号有关。癌旁中存在类肿瘤型表达模式的基因,这些基因可能与肿瘤形成有关,但是往往在肿瘤癌旁成对研究中被遗漏。 展开更多
关键词 乳腺癌 癌旁特异激活基因 RNA测序 基因表达谱
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转录组在植物抗逆中的研究 预览
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作者 李小凡 张雯宇 翟晓巧 《河南林业科技》 2019年第2期7-10,共4页
逆境胁迫一直是限制植物生长发育的重要因素,对植物逆境胁迫的研究是植物研究的热点难点。转录组学的发展是研究基因转录调控的重要手段,利用转录组学技术对探究植物在非生物胁迫以及生物胁迫中基因的表达调控网络,研究参与逆境胁迫的... 逆境胁迫一直是限制植物生长发育的重要因素,对植物逆境胁迫的研究是植物研究的热点难点。转录组学的发展是研究基因转录调控的重要手段,利用转录组学技术对探究植物在非生物胁迫以及生物胁迫中基因的表达调控网络,研究参与逆境胁迫的分子机制有重要意义。对转录组学及其在植物抗逆中的研究进行总结。 展开更多
关键词 转录组学 抗逆 RNA测序
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180日龄文昌鸡和隐性白羽克洛鸡基因结构及SNP分析 被引量:1
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作者 顾丽红 刘志勇 +4 位作者 张细权 邱峰芳 邢增杨 赵建国 林哲敏 《畜牧与兽医》 北大核心 2019年第3期7-15,共9页
采用生物信息学的方法对180日龄文昌鸡和隐性白羽克洛鸡RNA-Seq的94 614 632的Clean Reads进行了单核苷酸多态性(SNP)的查找、可变剪接筛查、基因结构优化和新转录本预测。结果共得到可靠的SNP位点220 308个,可变剪接56 119个,优化了21 ... 采用生物信息学的方法对180日龄文昌鸡和隐性白羽克洛鸡RNA-Seq的94 614 632的Clean Reads进行了单核苷酸多态性(SNP)的查找、可变剪接筛查、基因结构优化和新转录本预测。结果共得到可靠的SNP位点220 308个,可变剪接56 119个,优化了21 633个基因,预测到1 235个新转录本。本研究结果能够进一步完善鸡基因组注释情况并丰富鸡SNP数据库和可变剪切数据库。 展开更多
关键词 文昌鸡 RNA测序 可变剪接 单核苷酸多态性 新转录本
创伤愈合及压力治疗过程中瘢痕动物模型转录组水平的变化研究
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作者 柳柏梅 刘阳 +4 位作者 王立 侯春胜 陈凌峰 吕营 安美文 《医用生物力学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期384-392,共9页
目的利用RNA测序技术(RNA-seq)研究创伤愈合及压力治疗过程中巴马小型猪瘢痕动物模型转录组水平的变化。方法通过背部取皮建立巴马小型猪瘢痕模型,取皮第60 d开始加压(3.4 kPa)治疗,在取皮第0、14、30、60和90 d分别提取瘢痕组织总RNA... 目的利用RNA测序技术(RNA-seq)研究创伤愈合及压力治疗过程中巴马小型猪瘢痕动物模型转录组水平的变化。方法通过背部取皮建立巴马小型猪瘢痕模型,取皮第60 d开始加压(3.4 kPa)治疗,在取皮第0、14、30、60和90 d分别提取瘢痕组织总RNA进行测序。将所得序列映射到猪参考基因组并进行转录组重建,寻找差异表达基因(DEGs),利用生物信息学方法进一步对所得DEGs进行GO分析和KEGG通路富集性分析,同时挑选部分基因用qRT-PCR进行验证。结果测序数据经过预处理,各组均有78%以上的读段能准确比对到参考序列。DEGs鉴定结果表明,压力治疗前后有568个基因差异表达,其中上调289个,下调279个。GO富集分析发现,各组DEGs主要与细胞外基质、组织发展和皮肤发展相关。KEGG富集分析表明,创伤愈合过程中各组DEGs主要富集于细胞外基质-受体相互作用、黏着斑和凋亡通路;压力治疗前后的DEGs除了富集于以上通路,还富集于MAPK和PI3K信号通路。qRT-PCR检测表明,6个DEGs的表达模式与RNA-Seq分析结果一致,证实RNA-seq结果的可靠性。结论 RNA-seq分析鉴定出创伤愈合及压力治疗过程中瘢痕动物模型的差异表达基因,为临床瘢痕的治疗研究提供实验依据。 展开更多
关键词 巴马小型猪 瘢痕 压力治疗 RNA测序 动物模型
基于高通量转录组测序探究儿童支气管哮喘发病的新途径 预览
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作者 梅爱红 李譞 《临床肺科杂志》 2019年第10期1794-1799,共6页
目的探究支气管哮喘患儿的转录组变化。方法共招募9名哮喘患儿以及9名健康儿童作为研究对象,并将该18名儿童的外周血样本进行RNA测序分析。进行基因富集分析以鉴定受差异表达基因影响的途径。在另外单独招募的20例哮喘儿童及20例健康儿... 目的探究支气管哮喘患儿的转录组变化。方法共招募9名哮喘患儿以及9名健康儿童作为研究对象,并将该18名儿童的外周血样本进行RNA测序分析。进行基因富集分析以鉴定受差异表达基因影响的途径。在另外单独招募的20例哮喘儿童及20例健康儿童中,通过定量RT-PCR(qRT-PCR),western印迹验证靶基因的变化。结果共有592个基因在实验组中差异表达。在实验组中差异表达基因主要富集于炎症相关反应,例如CSF3、IL-1b,IL-6。KEGG通路分析证实,上调的基因参与炎症途径,如NF-KB和AGE-RAGE。在氧化应激途径中通过实验验证了两个具有显著意义的基因(FRA1和PTX3)。结论本研究为哮喘患儿外周血样本的转录组测序分析提供了新的研究方向。而鉴定的差异表达基因与氧化应激的关系,能够进一步揭示诱发支气管哮喘的新途径。 展开更多
关键词 支气管哮喘 RNA测序 差异表达
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黄嘌呤核苷对山羊乳腺上皮细胞基因表达的影响 预览
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作者 伍佰鑫(编译) 张勇(编译) +2 位作者 李昊帮(编译) 何芳(编译) 浣成(编译) 《特种经济动植物》 2019年第2期13-15,共3页
为了研究山羊泌乳机理,促进羊奶生产发展,对8头初产山羊的每半个乳房注射黄嘌呤悬浮液(试验组),对应的另外每半个乳房不注射(对照组);分别收集羊奶,都用吖啶橙染色以辨别乳脂球,分离RNA(核糖核酸),进行RNA测序等相关试验。结果表明,给... 为了研究山羊泌乳机理,促进羊奶生产发展,对8头初产山羊的每半个乳房注射黄嘌呤悬浮液(试验组),对应的另外每半个乳房不注射(对照组);分别收集羊奶,都用吖啶橙染色以辨别乳脂球,分离RNA(核糖核酸),进行RNA测序等相关试验。结果表明,给山羊乳腺注射黄嘌呤,乳腺上皮细胞的基因表达出现差异,可增加乳腺干细胞的数量(提高产奶量),同时不影响乳腺干细胞群。黄嘌呤对于抑制炎症信号通路、抗菌基因上调和细胞黏附分子具有重要作用。炎症信号的下调和抗菌基因的上调,还可能对乳腺健康产生有益的影响。 展开更多
关键词 山羊 乳房 黄嘌呤 羊奶 乳脂球 RNA测序
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早产小鼠胎盘差异表达基因谱的建立及分析 预览
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作者 刘慧翔 易小春 张建平 《实用妇产科杂志》 CSCD 北大核心 2018年第12期918-921,共4页
目的:通过筛选早产小鼠胎盘的差异表达基因(DEGs),探讨早产相关因子和早产分子机制。方法:性成熟Balb/c小鼠按雌∶雄比例2∶1合笼交配,妊娠第15. 5天随机分为两组(早产模型组6只,对照组6只),分别予子宫注射脂多糖(LPS)或无菌磷酸缓冲盐... 目的:通过筛选早产小鼠胎盘的差异表达基因(DEGs),探讨早产相关因子和早产分子机制。方法:性成熟Balb/c小鼠按雌∶雄比例2∶1合笼交配,妊娠第15. 5天随机分为两组(早产模型组6只,对照组6只),分别予子宫注射脂多糖(LPS)或无菌磷酸缓冲盐溶液(PBS),6小时后处死小鼠并取出胎盘组织。随机挑选对照组胎盘3个和LPS早产模型组胎盘4个,采用RNA测序技术筛选胎盘差异表达基因,并进行基因本体(GO)分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路分析。结果:检测到早产差异表达基因508个,其中高差异表达基因353个,低差异表达基因155个。主要的炎症相关的基因有:核因子κB(NF-κB)、肿瘤坏死因子α(TNF-α)、白介素34(IL-34)、核苷酸结合寡聚化结构域2 (NOD2)、信号转导及转录激活因子(STAT2、STAT3)、酪氨酸蛋白激酶3(JAK3)、促分裂原活化蛋白激酶激酶激酶(MAPKKK)、血管生长因子(VEGF)、基质金属蛋白(MMP) 1、8、10、12、干扰素γ(IFN-γ)和趋化因子(CxCL1、Cx3 CL、CCR2、CxCl2)。而常见的早产相关炎症因子IL-1β、IL-6表达并未见上调。GO功能注释分析显示差异表达基因主要参与免疫调节、器官组织发育、细胞分化等生物进程。KEGG通路分析提示早产差异表达基因富集于NF-κB信号通路、NOD样受体信号通路、JAK/STAT信号通路、MAPK信号通路和趋化因子信号通路。结论:早产小鼠胎盘差异表达基因在Go和KEGG通路上显著富集,主要集中在免疫系统进程,并通过NF-κB信号通路、NOD样受体信号通路、JAK/STAT信号通路、MAPK信号通路和趋化因子信号通路等激活炎症反应,导致早产的发生。 展开更多
关键词 早产 胎盘 高通量测序 RNA测序
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金花普洱茶微生物组成谱的ITS和16sRNA基因文库研究 预览 被引量:1
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作者 宁伟泽 徐军 《中国茶叶》 2018年第5期63-66,共4页
近来以改良工艺制备的“金花普洱茶”外观有大量金色炫目的“金花”点缀,但其表面金花是不是冠突散囊菌以及这种茶叶的微生物组成谱均亟需评价。因此,以该金花普洱茶为研究对象,采用高通量二代测序技术检测真菌ITS和细菌16s RNA基因序列... 近来以改良工艺制备的“金花普洱茶”外观有大量金色炫目的“金花”点缀,但其表面金花是不是冠突散囊菌以及这种茶叶的微生物组成谱均亟需评价。因此,以该金花普洱茶为研究对象,采用高通量二代测序技术检测真菌ITS和细菌16s RNA基因序列,可以分析该种茶叶中真菌和细菌组成谱。结果显示金花普洱茶富含曲霉属真菌,其中最高丰度的极有可能为冠突散囊菌,由此导致其他真菌含量极低,而假单胞菌属、乳酸菌属、大肠杆菌属和盐单胞菌属为最具优势的细菌。 展开更多
关键词 金花普洱茶 ITS测序 16s RNA测序
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白羊草转录组和差异性表达分析 预览
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作者 方志红 石永红 +9 位作者 吴欣明 任彬琳 张燕 贾会丽 郭璞 池惠武 李莲芬 王运琦 董宽虎 刘建宁 《中国农学通报》 2018年第35期111-119,共9页
为了获得白羊草(Bothriochloa ischaemum)转录组数据库和差异表达基因,通过Illumina HiSeq4000高通量测序技术对白羊草对照组和干旱胁迫组进行转录组测序。经组装分析共获得118580条Unigenes;将所得到的Unigenes与基因库数据进行比较,对... 为了获得白羊草(Bothriochloa ischaemum)转录组数据库和差异表达基因,通过Illumina HiSeq4000高通量测序技术对白羊草对照组和干旱胁迫组进行转录组测序。经组装分析共获得118580条Unigenes;将所得到的Unigenes与基因库数据进行比较,对Unigenes进行功能注释,共50070条Unigenes获得功能注释。白羊草转录组中的Unigenes根据GO功能大致可分为细胞组分、分子功能和生物学过程三大类共54个分支。通过将所有Unigenes与KOG数据库比对,共有1586条Unigenes可归为25类。以KEGG数据库作为参考,依据代谢途径可将Unigene定位到116个代谢途径分支。通过差异性分析发现,差异性表达基因共3987条,其中上调基因占39.45%,下调基因占60.55%。本研究为白羊草分子生物学研究提供了宝贵的基因组数据库资源。 展开更多
关键词 白羊草 转录组 RNA测序 表达分析 差异性表达基因 代谢通路
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基于外周血细胞基因表达谱筛选检测胃癌的差异表达基因
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作者 邵勇 郑越 +3 位作者 马秋玲 林莉 周喆 王升启 《军事医学》 CSCD 北大核心 2018年第10期744-748,共5页
目的分析胃癌患者外周血细胞基因表达谱特征,筛选检测胃癌的差异表达基因.方法对21名胃癌患者和21名健康对照者外周血样本进行RNA测序,利用生物信息学方法获取胃癌的基因表达谱特征.从胃癌的差异表达基因中筛选候选基因,利用实时荧光定... 目的分析胃癌患者外周血细胞基因表达谱特征,筛选检测胃癌的差异表达基因.方法对21名胃癌患者和21名健康对照者外周血样本进行RNA测序,利用生物信息学方法获取胃癌的基因表达谱特征.从胃癌的差异表达基因中筛选候选基因,利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术在25名胃癌患者和48名健康对照者外周血样本中进行验证.使用受试者工作特征曲线(ROC)和Logistic回归分析评估差异表达基因筛查胃癌的潜力.结果在胃癌患者与健康对照者外周血测序样本中检测到1258个差异表达基因(642个基因上调,616个基因下调).经过滤后选择差异最显著的30个基因在新样本中进行qRT-PCR验证,其中3个基因(C1QB、MMP9和SMIM1)仍然具有差异性.Logistic回归分析显示3个基因联合鉴别胃癌的灵敏性为92%,特异性为72.92%,ROC曲线下面积为0.8708.结论胃癌患者外周血细胞基因表达谱发生显著改变,并发现3个差异表达基因在新样本中仍然具有差异性.该研究为检测胃癌提供了一种有前途的非侵入性qRT-PCR方法. 展开更多
关键词 胃肿瘤 血细胞 RNA测序 基因表达谱 差异表达基因 生物学标记
RNA测序研究筛选血管紧张素Ⅱ诱导的心脏重构候选基因 预览 被引量:1
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作者 吴李娜 金立 +1 位作者 舒锦 汪海娅 《老年医学与保健》 CAS 2018年第3期336-340,共5页
目的研究血管紧张素Ⅱ(AngⅡ)诱导的心脏重构的机制和筛选潜在治疗靶点。方法大鼠心脏成纤维细胞(CFSs)加入10nMAngⅡ后培养12h,对照组未加入AngⅡ。从2组样品中提取RNA后,检测细胞基因表达水平。使用R语言中的limma软件包筛选两组... 目的研究血管紧张素Ⅱ(AngⅡ)诱导的心脏重构的机制和筛选潜在治疗靶点。方法大鼠心脏成纤维细胞(CFSs)加入10nMAngⅡ后培养12h,对照组未加入AngⅡ。从2组样品中提取RNA后,检测细胞基因表达水平。使用R语言中的limma软件包筛选两组样本间的差异表达基因(DEGs),并通过富集分析探讨它们的功能和参与的信号通路。此外,通过蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络构建揭示它们在蛋白水平的关系。结果共筛选了126个上调基因和140个下调差异表达基因。根据富集分析发现:其中的ACACB,IL1B,IL1A,NOS2和MMP3与免疫反应、血管生成的调控、超氧代谢过程和羧酸结合生物过程高度相关。PPI网络构建显示:ACACB和MPP3是两个主要节点。结论 ACACB,IL1B,IL1A,NOS2和MMP3这五种基因,可能是AngⅡ诱导心脏重构的重要候选标志物。 展开更多
关键词 心脏重构 心脏成纤维细胞 血管紧张素Ⅱ(AngⅡ) RNA测序 差异表达基因 蛋白质相互作用
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