期刊文献+
共找到6,589篇文章
< 1 2 250 >
每页显示 20 50 100
苦玄参转录组EST-SSR引物开发及群体遗传多样性分析
1
作者 闫国跃 杨帆 +4 位作者 白燕远 李耀燕 吴梦丽 阿里穆斯 谢阳姣 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期195-202,共8页
目的研究18个苦玄参种群的遗传多样性及亲缘关系,为苦玄参的资源评价及开发利用提供依据。方法采用EST-SSR引物开发技术,利用SSR分子标记,分析18个种群的遗传多样性,并基于遗传距离对其进行聚类分析,明确各种群间的亲缘关系。结果从100... 目的研究18个苦玄参种群的遗传多样性及亲缘关系,为苦玄参的资源评价及开发利用提供依据。方法采用EST-SSR引物开发技术,利用SSR分子标记,分析18个种群的遗传多样性,并基于遗传距离对其进行聚类分析,明确各种群间的亲缘关系。结果从100对EST-SSR标记中,筛选出具有多态性的引物48对。随机抽取20对具有多态性的引物对18个种群进行扩增,共扩增出71个等位基因,平均每对引物3.55个。各引物间多态位点百分数(P)为0~40.7%,平均19.9%;多态信息含量(PIC)为0~0.794 1,平均0.397 7;Shannon信息指数(I)为0~1.814 3,平均0.808 4。观测杂合度(Obs_Het)为0~0.442 3,平均值0.212 7;预期杂合度(Exp_Het)变化范围0~0.826 9,平均值0.455 8。18个种群群内近交系数(Fis)值为-0.095 3~0.663 9,平均0.159 2;总群体内亚群间近交系数(Fit)值为0.062 6~0.858 7,平均0.537 2;遗传分化系数(Fst)为0~0.686,平均0.449 6。基因流(Nm)在0.114 4~0.759 4,平均值为0.306 1。各种群基因多样性指数(Nei)为0~0.401 6、I为0~0.620 9,广西梧州最高,云南普洱龙潭乡最低。云南景洪勐龙镇和云南景洪景哈乡遗传距离最近,仅0.031 9;广西龙州和云南勐海县打洛镇遗传距离最大,为0.963 8。在遗传距离0.321 3处,可将18个种群分成4个群体,其中广西3个种群归入同一群体,云南勐满镇、勐伦镇及勐遮镇归为同一个群体,第3个群体为云南勐海县勐宋乡,其余种群归入第4个群体。结论 18个种群遗传分化水平不一致,各种群杂合度差异较大。种群间Nm较小,群体基因交换不大;群体内存在一定的近交率,种群亲缘关系受地理隔离影响较大。 展开更多
关键词 苦玄参 SSR 引物开发 EST-SSR 遗传多样性
黑果枸杞转录组SSR信息分析及分子标记开发
2
作者 尹跃 安巍 +3 位作者 赵建华 王亚军 樊云芳 曹有龙 《浙江农林大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期422-428,共7页
分析黑果枸杞Lycium ruthenicum转录组中简单重复序列(SSR)位点信息,开发SSR分子标记。采用MISA软件在黑果枸杞转录组中共检测到73 896个SSR位点,分布于56 170条单基因簇(unigenes)中,出现频率为26.36%,平均分布距离为3.55 kb。优势重... 分析黑果枸杞Lycium ruthenicum转录组中简单重复序列(SSR)位点信息,开发SSR分子标记。采用MISA软件在黑果枸杞转录组中共检测到73 896个SSR位点,分布于56 170条单基因簇(unigenes)中,出现频率为26.36%,平均分布距离为3.55 kb。优势重复基序为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,分别占总SSR位点的74.33%, 13.30%和11.81%;共发现84种重复基序,重复次数为5~33次,其中出现频率最高的基序为A/T, AG/CT, AT/AT, C/G和AAC/GTT。针对SSR位点设计了12 674对引物,随机挑选128对引物进行多态性验证,其中74对(57.8%)得到清晰的扩增产物;用其中的28对高多态性引物对24份枸杞种质进行扩增,共检测到等位基因256个,平均为9.1个。平均主效等位基因频率、观察杂合度、期望杂合度和多态信息量分别为0.432, 0.439, 0.712和0.678。以上结果表明:基于黑果枸杞转录组测序得到的Unigene信息可作为开发SSR标记的有效来源,获得的大批量SSR标记可为枸杞遗传多样性分析和遗传图谱构建提供可靠的标记选择。 展开更多
关键词 林木育种学 黑果枸杞 转录组 简单重复序列(SSR)
在线阅读 免费下载
小黑杨基因组的初步组装及SSR信息分析 预览
3
作者 周玉敏 王遂 +2 位作者 刘轶 李开隆 由香玲 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期156-160,共5页
小黑杨是人们以小叶杨和欧洲黑杨为亲本培育出的杂交种,兼具双亲生长速度快、抗性强的优点。本研究通过二代测序技术,对小黑杨进行全基因组测序,初步组装出小黑杨基因组,并以此为基础,识别分析其SSR序列,为小黑杨品种划分、表型性状关... 小黑杨是人们以小叶杨和欧洲黑杨为亲本培育出的杂交种,兼具双亲生长速度快、抗性强的优点。本研究通过二代测序技术,对小黑杨进行全基因组测序,初步组装出小黑杨基因组,并以此为基础,识别分析其SSR序列,为小黑杨品种划分、表型性状关联等提供参考。结果表明,共组装得到了366876条总计368.96Mbp的contig序列;对其中不小于2000bp的21788条的非冗余contig进行SSR分析,共识别出18111条SSR序列,其中一、二、三核苷酸重复基序较多。对得到的SSR序列设计引物,共得到12838对引物,供今后实验使用。 展开更多
关键词 小黑杨 基因组 SSR
在线阅读 下载PDF
三种海岛棉指纹图谱建立
4
作者 焦玚 战帅帅 +2 位作者 陈全家 高文伟 曲延英 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期517-524,共8页
为了筛选陆海杂交后与海岛棉具有相近遗传背景的材料,利用海岛棉做轮回亲本,通过回交使杂交后代背景与海岛棉一致,将具有供体陆地棉的目标性状,分别构建陆地棉和海岛棉的指纹图谱,利用指纹图谱进行杂交后代遗传背景选择。选取供体陆地... 为了筛选陆海杂交后与海岛棉具有相近遗传背景的材料,利用海岛棉做轮回亲本,通过回交使杂交后代背景与海岛棉一致,将具有供体陆地棉的目标性状,分别构建陆地棉和海岛棉的指纹图谱,利用指纹图谱进行杂交后代遗传背景选择。选取供体陆地棉与三种受体海岛棉作为实验材料,采用分子标记技术,对实验室已有的1 300对SSR引物进行筛选,对扩增条带清晰、重复性好且分辨能力强的核心引物进行统计分析,确定不同棉花材料的指纹图谱。筛选出63对陆地棉和海岛棉之间差异性大、多态性好的引物,分别分布于棉花26条染色体,并分别构建了供体陆地棉和三种海岛棉的指纹图谱。筛选出的这63对引物具有良好的鉴别和区分能力,适用于作为首选的核心引物。本研究为开展海岛棉与陆地棉杂交后利用回交快速获得纯合遗传背景的杂交后代提供了研究思路。 展开更多
关键词 陆地棉 海岛棉 SSR 指纹图谱 快速回交
橡胶草转录组SSR信息分析与标记开发 预览
5
作者 甘霖 吴景 +4 位作者 杨玉双 张继川 覃碧 王学卓 刘实忠 《热带农业科学》 2019年第1期42-46,共5页
为了在总RNA水平上揭示橡胶草SSR分布规律和特性,利用GRAMENE网站提供的SSR鉴定工具SSRI T(Si mpl e Sequence Repeat I dent i f i cat i on Tool),对橡胶草6 756条无冗余的EST分别进行SSR鉴定。结果共搜查到2 761个1~6碱基SSR,出现频... 为了在总RNA水平上揭示橡胶草SSR分布规律和特性,利用GRAMENE网站提供的SSR鉴定工具SSRI T(Si mpl e Sequence Repeat I dent i f i cat i on Tool),对橡胶草6 756条无冗余的EST分别进行SSR鉴定。结果共搜查到2 761个1~6碱基SSR,出现频率最高的为单碱基重复基元类型,其次为三碱基重复基元类型与二碱基重复基元类型,分别为2 139、338与219个,其出现频率分别为77.5%、12.2%与7.9%。AG/CT为二核苷酸中优势重复类型,占其总数的73.1%;而AAG/CTT与ACC/GGT则为三核苷酸中优势重复类型,二者分别占三核苷酸SSR总数的24.3%与23.7%。设计了20对SSR引物并验证了它们在蒲公英属3个高度近缘种共24个不同个体中的存在情况。结果表明,引物扩增率为100%,多态率为95%,能够在DNA水平上将橡胶草(TKs)与其他2个高度近缘种短喙蒲公英(TB)及药用蒲公英(TO)有效地区分开。由此表明,将所开发的SSR标记用于橡胶草种质鉴定、蒲公英属不同种间多态性检测和彼此区分是可行的。 展开更多
关键词 橡胶草 转录组 SSR 种质鉴定
在线阅读 下载PDF
基于SSR分子标记构建南方型美洲黑杨初级核心种质 预览
6
作者 彭婵 樊孝萍 +2 位作者 苏晓华 龙开莲 张新叶 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期250-257,共8页
以所收集的363份美洲黑杨无性系为实验材料,利用20对SSR引物扩增数据,设置10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%共7个取样梯度构建南方型美洲黑杨初级核心种质,并采用平均观察等位基因数(Na)等遗传参数的t检验对核心种质有效性进行确认,... 以所收集的363份美洲黑杨无性系为实验材料,利用20对SSR引物扩增数据,设置10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%共7个取样梯度构建南方型美洲黑杨初级核心种质,并采用平均观察等位基因数(Na)等遗传参数的t检验对核心种质有效性进行确认,以初级核心种质、保留种质以及原始种质三者之间平均观察等位基因数(Na)等遗传参数的保留比例作为评价指标,结合主坐标轴分析法对初级核心种质做进一步代表性确认。结果显示:(1)20对SSR引物共检测到278个多态位点,遗传多样性参数I、H分别为1.667和0.688 2,表明南方型美洲黑杨种质资源具有丰富的遗传变异。(2)比较平均Na、I、H变化确定15%为最佳取样比例,得到54份核心种质和309份保留种质,构建的初级核心种质与原始种质的平均Na、I、H经t检验不显着,除平均Na外其他平均遗传多样性参数,如Ne、Ho、I、H的保留率分别为111%、105%、104%和104%。(3)PCoA分析显示,所构建的初级核心种质不仅与原始种质分布相似,而且分散均匀覆盖较全面,可以代表原始种质在图中的几何分布。研究认为,所构建的45份初级核心种质保存了原始种质大部分的等位基因和基因型,剔除了原始种质的遗传冗余度和遗传重复度,具有更高的遗传多样性参数保留率,能全面代表原始种质的遗传多样性。 展开更多
关键词 南方型美洲黑杨 初级核心种质 SSR
在线阅读 下载PDF
杨梅基因组SSR引物的开发与应用
7
作者 张淑文 梁森苗 +3 位作者 郑锡良 任海英 朱婷婷 戚行江 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期149-156,共8页
基于杨梅(Myrica rubar Sieb. et Zucc.)基因组序列信息,研究了1 431条scaffold中SSR位点的分布特点。共发掘到二至六核苷酸SSR位点43842个,分布在623条scaffold中,共有194种重复单元。二核苷酸SSR位点有36 383个,占总SSR的82.99%;AG/C... 基于杨梅(Myrica rubar Sieb. et Zucc.)基因组序列信息,研究了1 431条scaffold中SSR位点的分布特点。共发掘到二至六核苷酸SSR位点43842个,分布在623条scaffold中,共有194种重复单元。二核苷酸SSR位点有36 383个,占总SSR的82.99%;AG/CT的出现频率最高,为55.70%,占总SSR位点的46.23%。三核苷酸SSR位点有6 115个,占总SSR的13.95%。四核苷酸SSR位点有827个,占1.89%。五核苷酸SSR位点为245个,占0.56%。六核苷酸SSR位点为272个,占0.62%。设计合成了59对基因组SSR引物,多态性分析显示,高度多态性引物26对,中度多态性引物为33对;将其应用于杨梅优株早鲜856及其他13个主栽品种的聚类分析,结果表明,上述引物在相似系数0.56处将14份杨梅材料分为两个群体,早鲜856与其他13个主栽品种在DNA水平上均存在差异,且与对照品种‘早色’的相似系数为0.86。 展开更多
关键词 杨梅 基因组 SSR
基于RNA-Seq技术的云南榧树转录组分析
8
作者 张金丽 李靖 +3 位作者 周炳江 赵友杰 胥辉 马长乐 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期1147-1153,共7页
本研究基于RNA-Seq技术对云南榧树扦插苗叶片的转录组进行测序并对生物信息学进行相关分析。研究结果表明,经组装分析获得164 808个长度大于200 bp的transcript,进一步处理得到123 085个Unigene,进一步将获得的Unigene与SWISS-PROT、TRE... 本研究基于RNA-Seq技术对云南榧树扦插苗叶片的转录组进行测序并对生物信息学进行相关分析。研究结果表明,经组装分析获得164 808个长度大于200 bp的transcript,进一步处理得到123 085个Unigene,进一步将获得的Unigene与SWISS-PROT、TREMBL、CDD、PFAM、NR和KOG数据库进行同源比对,共有11 911个Unigene被注释上25种KOG分类。对Unigene进行了KEGG注释,其中有278基因共注释上157个KO,261个基因共注释上111个通路。进一步对GO功能分类进行预测,被注释上GO分类的有21 786个Unigene。从164 808个transcript中查找到1 260个SSR位点,并合成100对引物进行PCR和毛细管电泳验证,最终筛选出10对多态性较好的引物。研究结果可为榧树属植物基因的挖掘和后期SSR分子生物学研究提供科学依据。 展开更多
关键词 云南榧树 RNA-SEQ 转录组测序 SSR
SSR标记鉴定绿豆F1杂种试验 预览
9
作者 赵璇 张耀文 《山西农业科学》 2019年第3期307-309,共3页
以冀绿9号、中绿10号、晋绿豆3号等6个绿豆品种作为亲本,配制6个杂交组合。通过SSR分子标记技术对亲本进行初筛,结果得到了5个条带清晰、差异明显的SSR标记引物;然后利用这5个标记对杂种F1进行鉴定,从43个F1杂种中鉴定出26个真杂种,17... 以冀绿9号、中绿10号、晋绿豆3号等6个绿豆品种作为亲本,配制6个杂交组合。通过SSR分子标记技术对亲本进行初筛,结果得到了5个条带清晰、差异明显的SSR标记引物;然后利用这5个标记对杂种F1进行鉴定,从43个F1杂种中鉴定出26个真杂种,17个假杂种,与田间鉴定结果一致。说明通过SSR分子标记技术鉴定绿豆真假杂种可行,而且所需时间短、效率高。 展开更多
关键词 绿豆 SSR 杂种鉴定
在线阅读 下载PDF
雄性不育东方百合转录组SSR信息分析及其分子标记开发 预览
10
作者 王立 王有国 +5 位作者 崔光芬 王祥宁 马璐琳 段青 杜文文 贾文杰 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2019年第2期259-266,共8页
【目的】对东方百合雄性不育系开展转录组测序分析,开发SSR分子标记,为东方百合雄性不育系遗传多样性研究奠定基础。【方法】利用MISA软件对筛选得到的1 Kb以上的Unigene做SSR分析,利用Primer3.0设计引物,随机选择71对引物进行多态性扩... 【目的】对东方百合雄性不育系开展转录组测序分析,开发SSR分子标记,为东方百合雄性不育系遗传多样性研究奠定基础。【方法】利用MISA软件对筛选得到的1 Kb以上的Unigene做SSR分析,利用Primer3.0设计引物,随机选择71对引物进行多态性扩增。【结果】共获得135 483条Unigene,筛选得到12 391个SSR位点(占总Unigene的9.15%);其中SSR位点中主导类型为单核苷酸重复,占总SSR的63.94%;其次是二核苷酸重复,其出现频率为20.65%。通过Primer3.0设计得到11 948对SSR引物,随机选择71对SSR引物对24种不同来源的东方百合可育品种及雄性不育系进行多态性验证分析,结果显示在22对可扩增产物的SSR引物中,引物表现稳定可重复的多态性,各个位点的等位基因介于3~8个,平均等位基因数5个,多态信息含量PIC平均值0.5048、观测杂合度Ho平均值0.1977、期望杂合度He平均值0.4533。【结论】研究表明通过对东方百合雄性不育系转录组分析可获得较高频率的SSR位点且类型丰富,为东方百合雄性不育系遗传多样性分析和遗传图谱构建提供了候选标记。 展开更多
关键词 东方百合 转录组 SSR 多态性
在线阅读 下载PDF
SSR分子标记及其在茶树DNA指纹图谱上的应用 预览
11
作者 蔡一鸣 吕未 +2 位作者 吴淑平 赵丰华 吕立哲 《天津农业科学》 CAS 2019年第3期8-10,共3页
本文综述了SSR分子标记、DNA指纹图谱原理及SSR分子标记在茶树指纹图谱上的应用,提出SSR分子标记在茶树指纹图谱构建过程中存在的问题并给出建议,旨在为豫南茶树种质资源DNA指纹图谱构建提供一定的借鉴和指导。
关键词 SSR 茶树 DNA指纹图谱 问题与展望
在线阅读 下载PDF
基于形态学性状和SSR标记的花生品种遗传多样性分析和特异性鉴定
12
作者 刘洪 徐振江 +6 位作者 饶得花 鲁清 李少雄 刘海燕 陈小平 梁炫强 洪彦彬 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期26-36,共11页
以101份南方花生区试品种为材料, 利用形态学性状和SSR标记进行品种遗传多样性分析和特异性鉴定。结果表明, 29个形态学性状中有7个无多样性, 其余22个的多样性指数为0.23~0.77, 平均为0.43。在相似系数为0.76处, 将供试品种划分为七大... 以101份南方花生区试品种为材料, 利用形态学性状和SSR标记进行品种遗传多样性分析和特异性鉴定。结果表明, 29个形态学性状中有7个无多样性, 其余22个的多样性指数为0.23~0.77, 平均为0.43。在相似系数为0.76处, 将供试品种划分为七大类群, 同一育种单位的品种倾向于聚在一起。用40个SSR标记共检测出167个等位基因,单个标记检测的等位基因数2~6 个, 平均为4.18个。标记的多态性信息量(PIC)差异较大, 最大为0.79, 最小为0.26,平均为0.55。在相似系数为0.70处, 供试品种可被划分为六大类群, 同一省份育成的品种多聚为一类。Mantel检验发现品种间的形态学性状和SSR 标记的相似系数矩阵相关性弱(r = 0.36), SSR 标记无法取代形态学性状单独用于花生品种特异性鉴定, 但两者相结合能有效提高花生品种特异性鉴定的准确性。 展开更多
关键词 花生 形态学 SSR 遗传多样性 DUS
在线阅读 免费下载
新麦草种质的SSR遗传多样性及群体结构分析
13
作者 张晨 云岚 +5 位作者 李珍 王俊 郭宏宇 盛誉 石子英 徐学宝 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期48-59,共12页
利用38对SSR引物对来源于不同国家与地区的171份野生和栽培新麦草单株种质进行遗传多样性和群体结构分析。研究结果显示,有效引物在新麦草单株材料间共获得308个位点,多态性位点275个,多态性百分率为89.29%,供试新麦草材料的遗传相似性... 利用38对SSR引物对来源于不同国家与地区的171份野生和栽培新麦草单株种质进行遗传多样性和群体结构分析。研究结果显示,有效引物在新麦草单株材料间共获得308个位点,多态性位点275个,多态性百分率为89.29%,供试新麦草材料的遗传相似性系数介于0.537~0.899之间,平均为0.742。群体结构分析、主成分分析与NJ聚类法均将供试材料分为3个类群,且类群间的材料相互渗透形成混合类群,分类结果与遗传相似性系数分析表明171份新麦草单株种质分布较集中;3种分类方法对新麦草材料3个不同类群的划分结果基本一致,但混合类群的划分存在差异,每个类群的新麦草单株材料来源背景不同,未表现出明确的地域性规律。 展开更多
关键词 新麦草 SSR分子标记 遗传多样性 群体结构 主成分分析 NJ聚类
黑龙江省部分育成粳稻资源的遗传多样性分析
14
作者 刘丹 王嘉宇 +9 位作者 刘进 孙玉友 柴永山 魏才强 解忠 李洪亮 程杜娟 徐德海 冯章丽 陈温福 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期60-68,共9页
为了阐明黑龙江省不同育种单位育成粳稻间的亲缘关系,本研究利用45对SSR多态性分子标记对收集于黑龙江省8个育种单位的104份粳稻资源的遗传多样性和群体结构进行了分析。结果表明,上述标记能够高效鉴别参试材料的多样性水平,共检测到15... 为了阐明黑龙江省不同育种单位育成粳稻间的亲缘关系,本研究利用45对SSR多态性分子标记对收集于黑龙江省8个育种单位的104份粳稻资源的遗传多样性和群体结构进行了分析。结果表明,上述标记能够高效鉴别参试材料的多样性水平,共检测到154个等位基因,每个位点检测等位基因(Na)变异范围为2~8,平均为3.42;基因多样性指数(H)变异范围为0.02~0.77,平均为0.38;多态性信息含量(PIC)变异范围为0.02~0.73,平均为0.34。进一步分析发现,黑龙江省农业科学院黑河分院育成材料的遗传多样性水平较高,平均多态性信息含量(PIC)为0.33,而东北农业大学育成材料的多样性水平较低,平均多态性信息含量(PIC)为0.18。UPGMA聚类和遗传结构分析表明,黑龙江省农业科学黑河分院材料与其它单位材料间亲缘关系较远,而黑龙江省农垦科学院水稻研究所与黑龙江省农业科学院佳木斯水稻研究所的材料间亲缘关系则较近。建议在今后的育种中,应该加强引入亲缘关系较远的外单位水稻种质资源用作杂交亲本,以期丰富本地区粳稻的遗传多样性水平。 展开更多
关键词 粳稻 遗传多样性 SSR 黑龙江省 育种单位
红白果肉颜色火龙果果肉转录组分析和基因功能注释
15
作者 吴亚维 徐娟 +3 位作者 韩秀梅 张兴无 洪怡 文晓鹏 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期400-410,共11页
为探明红肉和白肉火龙果果肉转录组差异,挖掘影响火龙果色素代谢的候选基因。利用Illumina HiSeq测序平台对不同颜色火龙果果肉组织中所有m RNA进行高通量测序,所得序列经质控、组装后比对到Nr (NCBI non-redundant protein sequences)... 为探明红肉和白肉火龙果果肉转录组差异,挖掘影响火龙果色素代谢的候选基因。利用Illumina HiSeq测序平台对不同颜色火龙果果肉组织中所有m RNA进行高通量测序,所得序列经质控、组装后比对到Nr (NCBI non-redundant protein sequences)、SWISS-PROT (an annotated protein sequence database)、Nt(NCBI nucleotide sequences)、KEGG (kyoto encyclopedia of genes and genomes)、COG (clusters of orthologous groups)和GO (gene ontology)数据库,并进行差异表达基因聚类分析和KEGG通路分析,对基于高通量测序拼接获得Unigenes进行SSR (simple sequence repeats)位点分析。结果表明,测序共获得74 033个Unigenes,其中有42 606个得到注释,‘紫红龙’和‘晶红龙’果肉差异表达基因11 958个,在‘紫红龙’果肉中分别有2 674个基因上调表达、9 284个下调表达,找到与甜菜苷代谢相关的差异表达基因25个,DODA、CYP76AD和GT7基因可能在火龙果甜菜苷调控中发挥正调控作用。通过SSR位点信息分析,从74 033个Unigene中共检测到15 770个SSR位点,含SSR标记序列12 988个,出现频率最高的复基元为AG/CT,共获得6 562条SSR引物,按照SSR序列长度大于20 bp的标准筛选得到1 291条SSR引物。本研究结果可为火龙果果肉颜色形成机制的阐明及其遗传育种提供理论依据。 展开更多
关键词 火龙果 转录组 差异表达基因 SSR
芥菜种质资源分子聚类分析 预览
16
作者 宋慧 任锡亮 张香琴 《浙江农业科学》 2019年第2期226-228,共3页
为了明确宁波市农业科学研究院芥菜种质资源的遗传多样性,利用随机扩增多态性DNA(RAPD)和简单重复序列(SSR)分子标记对41份芥菜种质进行聚类分析。8个RAPD和10个SSR差异引物在供试材料中共扩增出30个多态性位点,两种标记的多态性比例分... 为了明确宁波市农业科学研究院芥菜种质资源的遗传多样性,利用随机扩增多态性DNA(RAPD)和简单重复序列(SSR)分子标记对41份芥菜种质进行聚类分析。8个RAPD和10个SSR差异引物在供试材料中共扩增出30个多态性位点,两种标记的多态性比例分别为3.04%和3.90%。聚类分析将供试材料分为9种类型,材料间遗传相似系数为0.31~1.00,同类型之间差异小,不同类型之间差异大。育种时应尽量选择不同类型、遗传相似度低的芥菜相互配组,提高育种效率。 展开更多
关键词 芥菜 RAPD SSR 聚类分析
在线阅读 下载PDF
Transcriptome characterization and SSR discovery in Squaliobarbus curriculus 预览
17
作者 LI Caijuan TENG Teng +4 位作者 SHEN Fanfan GUO Jinqiang CHEN Yining ZHU Chuankun LING Qufei 《海洋湖沼学报(英文)》 SCIE CAS CSCD 2019年第1期235-244,共10页
Squaliobarbus curriculus is a eurythermic fish found mainly in East Asia.The natural germplasm resources of this species,an organism of potential economic aquacultural importance,have recently been threatened by overf... Squaliobarbus curriculus is a eurythermic fish found mainly in East Asia.The natural germplasm resources of this species,an organism of potential economic aquacultural importance,have recently been threatened by overfishing and habitat degradation.The objective of this study was to obtain functional genomic resources and candidate microsatellite markers for future genetic observation and germplasm protection of S.curriculus.Illumina paired-end sequencing generated over 22.20 million clean reads,which were assembled into 204 027 transcripts with an average length of 1 457 bp.A total of 112 570 protein-coding sequences(55.17%)were predicted,111 934 of which had significant matches in the NCBI nonredundant protein database.Overall,60 450,34 830,and 77 755 transcripts were assigned to Gene Ontology,Clusters of Orthologous Groups,and Eukaryotic Orthologous Groups categories,respectively.In addition,44 781 transcripts(21.95%)were mapped to 230 KEGG pathways.A total of 51 426 candidate simple sequence repeat(SSR)markers were identified and used to design 36 149 PCR primer pairs.Fifty of these primer pairs were randomly selected for PCR validation in 32 S.curriculus specimens,which resulted in 25 pairs yielding the expected products.Further analysis revealed that 40%(10)of the 25 amplified loci were polymorphic.The transcriptomic profile and SSR repertoire obtained in this study should facilitate population genetic studies and germplasm resource protection of S.curriculus. 展开更多
关键词 Squaliobarbus curriculus TRANSCRIPTOME SEQUENCING SSR MARKERS
在线阅读 下载PDF
82份南疆无花果种质资源遗传多样性的SSR分析 预览
18
作者 刘春艳 李鹏 +4 位作者 阿不都卡迪尔·艾海提 张琦 黄光辉 艾斯卡尔·买海提 何良荣 《植物学研究》 2019年第1期50-59,共10页
本研究采用SSR分子标记技术对从和田、喀什和阿图什等地收集的82份无花果种质资源进行DNA水平遗传多样性评估,采用改良CTAB法提取叶片基因组DNA。利用8对SSR分子标记分析,共检测到48个多态性条带,平均每个引物可检测到6个条带;82份种质... 本研究采用SSR分子标记技术对从和田、喀什和阿图什等地收集的82份无花果种质资源进行DNA水平遗传多样性评估,采用改良CTAB法提取叶片基因组DNA。利用8对SSR分子标记分析,共检测到48个多态性条带,平均每个引物可检测到6个条带;82份种质的相似性系数在0.048~1.00,平均为0.377;82份无花果供试材料经聚类分析在相似系数为0.42时划分为6大类,结果表明南疆无花果所蕴含的种质。 展开更多
关键词 无花果 PCR SSR 遗传多样性
在线阅读 下载PDF
基于SSR标记的同一花序贵州野生白三叶遗传多样性分析 预览
19
作者 李莉 吴永洁 王元素 《江苏农业科学》 2019年第2期49-53,共5页
采用简单重复序列(SSR)分子标记技术,对19份分别来源于同一花序的贵州野生白三叶样品进行遗传多样性及亲缘关系研究。结果表明,利用20对引物共扩增出207个条带,其中178个条带具有多态性。20对引物多态性位点的比例为76.92%~92.31%,平均... 采用简单重复序列(SSR)分子标记技术,对19份分别来源于同一花序的贵州野生白三叶样品进行遗传多样性及亲缘关系研究。结果表明,利用20对引物共扩增出207个条带,其中178个条带具有多态性。20对引物多态性位点的比例为76.92%~92.31%,平均多态性为85.99%。20对引物对19份白三叶材料SSR的PCR扩增条带的多态信息含量为0.3806~0.4997,平均为0.4632。在相似系数为0.60时,把19份白三叶材料划分为3大类。第1类是W18,最早被分开独立成一类,从SSR标记来看,W18与其余材料的亲缘关系较远。第2类包括W2和W13,表明这2个居群间亲缘关系较近,遗传差异不大。第3类为剩下的16个品种,居群间的遗传关系较复杂。 展开更多
关键词 贵州 野生白三叶 同一花序 遗传多样性 SSR
在线阅读 下载PDF
72份猕猴桃种质基于SSR标记的聚类分析及指纹图谱构建
20
作者 邹梁峰 廖光联 +5 位作者 李西时 黄春辉 钟敏 陶俊杰 曲雪艳 徐小彪 《中国南方果树》 北大核心 2019年第1期83-88,共6页
利用SSR分子标记对来源于江西省奉新县和信丰县的72份猕猴桃种质进行聚类分析并构建其指纹图谱,以期为猕猴桃分子标记育种奠定基础。结果表明,从60条引物中筛选出的6对引物(FOR1、FOR7、FOR8、FOR16、A124和A059)可以完全区分供试种质,... 利用SSR分子标记对来源于江西省奉新县和信丰县的72份猕猴桃种质进行聚类分析并构建其指纹图谱,以期为猕猴桃分子标记育种奠定基础。结果表明,从60条引物中筛选出的6对引物(FOR1、FOR7、FOR8、FOR16、A124和A059)可以完全区分供试种质,6对引物共检测出70个等位基因;每对引物可检测到等位基因数9~17个,平均每个SSR条带能检测到11.7个等位位点;各对引物所得的多态性信息含量(PIC)在0.792~0.904之间,平均为0.828。供试种质的遗传距离的范围为0.029~0.329,平均遗传距离为0.176。在相似系数0.087的水平上,供试种质可分为六大类。利用筛选出的6个SSR引物在72份供试猕猴桃种质上获得的多态信息,每份种质均得到唯一的DNA指纹图谱。 展开更多
关键词 猕猴桃 SSR 聚类分析 指纹图谱
上一页 1 2 250 下一页 到第
使用帮助 返回顶部 意见反馈