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湿地松转录组SSR分析及EST-SSR标记开发 认领
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作者 易敏 张露 +3 位作者 雷蕾 程子珊 孙世武 赖猛 《南京林业大学学报:自然科学版》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期75-83,共9页
【目的】湿地松是南方地区优先推广的优质产脂树种。但湿地松分子遗传基础薄弱,基因组序列信息匮乏,影响了湿地松基因组学的深入研究。目前,湿地松分子研究所用的SSR标记主要来自其他近缘种或利用公共数据库中有限的基因序列资源开发的... 【目的】湿地松是南方地区优先推广的优质产脂树种。但湿地松分子遗传基础薄弱,基因组序列信息匮乏,影响了湿地松基因组学的深入研究。目前,湿地松分子研究所用的SSR标记主要来自其他近缘种或利用公共数据库中有限的基因序列资源开发的SSR标记,其多态性和通用性较差。为解决这一问题,笔者根据湿地松转录组测序数据开发EST-SSR位点,并揭示其在转录组序列中的分布类型及特征,为湿地松分子标记辅助育种奠定基础。【方法】利用MISA软件对转录组序列进行SSRs查找和分布特征分析。查找标准参数设置为:单核苷酸重复>10次,二核苷酸重复>6次,三、四、五、六核苷酸重复>5次。根据SSR位点两端的保守区域,利用Primer3.0设计并随机挑选120对SSR引物,通过琼脂糖电泳和毛细管电泳对来自美国和吉安的113份家系个体进行遗传多样性分析,确定引物多态性。【结果】79574条unigenes序列中搜索到3818个SSR位点,出现频率为4.80%,平均18.27 kb出现1个SSR位点,3373个unigenes含有SSR位点,SSR发生频率(含SSR位点的序列数/搜索序列总数)为4.24%,其中2980条序列含1个SSR位点,含1个以上SSR位点的序列有393条。在检测到的3818个SSR标记中,单核苷酸分布最多,其次是二核苷酸和三核苷酸,SSR数量分别占总数的63.54%、19.15%和16.27%,而四、五、六核苷酸重复类型所占比例较小,分别为0.52%、0.13%和0.31%。SSR重复单元的重复次数分布在5~22次之间,除单核苷酸重复外的1391个SSR中,重复5次的数量最多,为498个(35.80%);重复6次和7次的次之,分别为417个(29.98%)和198个(14.23%);重复10次以上的仅有38个(2.73%)。在检测到的731个二核苷酸重复SSR中,最常出现的重复单元为AT/AT,数量为491个(12.86%),AG/CT和AC/GT两种类型的重复单元出现的次数次之,分别为156(4.09%)和81个(2.12%)。在检测到的621个三核苷酸重复中,AAT/ATT是出现频率最� 展开更多
关键词 湿地松 转录组 SSR 引物 EST-SSR标记 单核苷酸 二核苷酸 三核苷酸
基于转录组测序开发糜子SSR标记 认领
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作者 陈小红 何杰丽 +6 位作者 石甜甜 邵欢欢 王海岗 陈凌 高志军 王瑞云 乔治军 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2020年第10期1940-1949,共10页
[目的]以6份不同地理来源的糜子资源为试验材料,基于前期转录组测序获得的1000对SSR引物,选出200对进行多态性检测,以期构建一批可以准确评估糜子种质遗传差异的分子标记.[方法]用Primer Premier 5.0软件设计引物,改良CTAB法提取DNA,PC... [目的]以6份不同地理来源的糜子资源为试验材料,基于前期转录组测序获得的1000对SSR引物,选出200对进行多态性检测,以期构建一批可以准确评估糜子种质遗传差异的分子标记.[方法]用Primer Premier 5.0软件设计引物,改良CTAB法提取DNA,PCR扩增DNA和聚丙烯酰胺凝胶电泳筛选引物多态性;用PowerMarker 3.25和PopGen 1.32计算遗传多样性参数.[结果]200对引物中97对呈单态性,80对呈多态性.单碱基序列重复引物有20对,10对具多态性,其重复基元是A(50%)和T(50%).二碱基序列重复引物有36对,15对具多态性,其碱基重复类型有7种(AG最多,TC、GC和GA次之,CA、TA和AC最少).三碱基序列重复引物有144对,55对具多态性,其碱基重复类型有24种(GGC、GCG和GCC最多,GAA、GCT和CGC等次之,ACC、AGG、CAG、CGT、AAG、AAC、TCG、CGA、ATT、CAA和CCA最少).就引物分辨率(Rp)值而言,1-3碱基序列重复引物分别为0.67-4.67(平均2.07)、1.33-4.33(平均2.73)和0.67-4.00(平均1.83).基于Rp值分析SSR分布频次,发现80个标记分布在5个区间:0-1、1-2、2-3、3-4和4-5,分别包含17(21.25%)、36(45.00%)、11(13.75%)、14(17.50%)和2个(2.50%).就Rp值而言,1-3碱基序列重复引物分别为0.33-0.67(平均0.51)、0.40-0.78(平均0.59)和0.33-0.83(平均0.59).单碱基序列重复标记共检测到22个等位变异,每个位点为2-3个(平均2.2000),其中8个和2个位点分别具2和3个变异;二碱基序列重复标记共检测到38个等位变异,每个位点为2-3个(平均2.5333),其中7个和8个位点分别具2和3个变异;三碱基重复标记共检测到136个等位变异,每个位点为2-3个(平均2.4727),其中29个和26个位点分别具2和3个变异.就多态性信息含量而言,1-3碱基序列重复引物分别为0.3750-0.5355(平均0.4293)、0.2392-0.7438(平均0.4293)和0.2392-0.7438(平均0.3989).就多样性指数而言,1-3碱基序列重复分别为0.6365-1.0776(平均0.7497)、0.5623-1.0986(平均0.8339)和0.5623-1.0889(平均0.83 展开更多
关键词 糜子(Panicum miliaceum L.) SSR 引物分辨率(Rp) 多态性信息含量(PIC) 多样性指数
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基于SSR标记的燕山板栗种质资源遗传多样性分析 认领
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作者 张馨方 张树航 +2 位作者 李颖 郭燕 王广鹏 《中国农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第4期61-71,共11页
利用筛选出的21对SSR引物对7个燕山板栗群体142份资源和1个太行山板栗群体9份资源进行遗传多样性分析,并构建不同群体的聚类树状图和主坐标分析图,旨在为燕山板栗种质资源的遗传背景明晰和创新利用提供依据。结果表明:21对引物共检测到7... 利用筛选出的21对SSR引物对7个燕山板栗群体142份资源和1个太行山板栗群体9份资源进行遗传多样性分析,并构建不同群体的聚类树状图和主坐标分析图,旨在为燕山板栗种质资源的遗传背景明晰和创新利用提供依据。结果表明:21对引物共检测到71个等位变异位点,变异范围为2~6,平均每对SSR引物可检测到3.38个等位位点;多态性信息含量为0.6145~0.9723,平均0.8668。8个板栗群体有效等位基因数Ne、Nei’s多样性指数H、Shannon’s信息指数I、总遗传多样性指数Ht、群体内遗传多样性指数Hs分别为1.4578、0.3099、0.4680、0.3062和0.2912,说明燕山板栗群体的遗传多样性和变异度较高,其中遵化群体的多态性位点百分率最高,为97.18%,青龙和迁西群体次之,分别为95.77%和94.37%,表明遵化、迁西一带是燕山板栗资源遗传多样性最为丰富的区域。UPGMA聚类分析表明,迁西和宽城群体间的遗传相似性最大,亲缘关系最近;怀柔和邢台(太行山)群体间的遗传相似性最小,遗传差异较大。聚类分析图和主坐标分析图可将燕山板栗主产区青龙、迁西、宽城、兴隆、遵化和怀柔群体资源划为1类,而处于太行山区邢台群体为1类,说明燕山板栗和外来品种存在明显的差异,各群体的遗传关系和地理来源有一定关联性。 展开更多
关键词 燕山板栗 种质资源 遗传多样性 SSR
我国75份小麦品种SNP和SSR指纹图谱构建与比较分析 认领
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作者 刘丽华 刘阳娜 +3 位作者 张明明 李宏博 庞斌双 赵昌平 《中国农业科技导报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期15-23,共9页
联合利用Illumina 90K SNP芯片和毛细管高通量SSR检测技术,构建75份育成品种384个SNP和42个SSR位点的指纹图谱,比较两种标记在遗传多样性、遗传相似系数和鉴别能力等方面的特征。结果显示,SNP标记揭示的遗传多样性指数明显低于SSR标记,... 联合利用Illumina 90K SNP芯片和毛细管高通量SSR检测技术,构建75份育成品种384个SNP和42个SSR位点的指纹图谱,比较两种标记在遗传多样性、遗传相似系数和鉴别能力等方面的特征。结果显示,SNP标记揭示的遗传多样性指数明显低于SSR标记,但能较好地反映品种间的遗传多样性;SNP标记揭示的遗传相似系数明显高于SSR标记,但两者呈极显著线性相关;384个SNP位点鉴定近等基因系的能力低于42个SSR位点,但去除近等基因系后,仅需8个SNP或4个SSR位点组合即可区分剩余的74份品种,表明最优位点组合具有较高的鉴定效率,在品种鉴定时可先采用少量标记进行初鉴,对于极近似品种可加大标记密度。首次结合SSR和SNP标记构建指纹图谱,证实了两者之间的一致性,提出了分子身份鉴定技术标记数量的选择思路,为小麦品种DNA身份鉴定技术标准制定提供了重要的参考依据。 展开更多
关键词 SNP SSR 小麦品种 指纹图谱
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42份早熟禾种质资源的SSR遗传多样性分析 认领
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作者 阿啟兰 魏小星 +1 位作者 刘勇 刘文辉 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期222-230,共9页
本研究基于SSR分子标记,对来自青海和西藏的42份早熟禾种质资源进行遗传多样性分析,以了解两个来源地的早熟禾资源遗传差异及遗传背景。用梯度PCR仪筛选出11对适合早熟禾SSR-PCR引物及其退火温度;结果显示,11对引物对42份材料共扩增出5... 本研究基于SSR分子标记,对来自青海和西藏的42份早熟禾种质资源进行遗传多样性分析,以了解两个来源地的早熟禾资源遗传差异及遗传背景。用梯度PCR仪筛选出11对适合早熟禾SSR-PCR引物及其退火温度;结果显示,11对引物对42份材料共扩增出52条谱带,其中多态性谱带为36条,多态率为69.23%;42份早熟禾材料遗传相似系数范围为0.000~0.981,遗传距离范围为0.000~0.291,说明具有较高的遗传多样性。UPGMA聚类分析显示,在阈值约为0.83处,将42份早熟禾材料分为三大类,聚类结果表明材料来源与地理位置、生境之间具有一定的相关性。本研究结果得到具有较高遗传多样性的早熟禾种质资源,可以为早熟禾核心种质构建提供一定的理论基础。 展开更多
关键词 早熟禾(Poa L.) 种质资源 SSR 遗传多样性
甘蔗栽培种单倍体基因组SSR位点的发掘与应用 认领
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作者 王恒波 祁舒婷 +2 位作者 陈姝琦 郭晋隆 阙友雄 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第4期631-642,共12页
甘蔗是世界上最重要的糖料作物之一,由于尚未完全破译栽培种基因组,导致SSR标记匮乏,难以覆盖全基因组,限制了甘蔗遗传研究的进展。本研究以栽培种R570的4660个BAC文库片段序列(累计总长为382 Mb,预测到25,316个编码蛋白基因)组装成的... 甘蔗是世界上最重要的糖料作物之一,由于尚未完全破译栽培种基因组,导致SSR标记匮乏,难以覆盖全基因组,限制了甘蔗遗传研究的进展。本研究以栽培种R570的4660个BAC文库片段序列(累计总长为382 Mb,预测到25,316个编码蛋白基因)组装成的一套甘蔗单倍体基因组的模板,利用MISA (Microsatellite identification tool)软件,发掘SSR位点;并综合分析其与4种禾本科植物(高粱、玉米、水稻和二岁短柄草)SSR位点的分布特征;选取50对以TG和AG重复基序的SSR引物,分别利用4个甘蔗属材料(R570、ROC1、LA purple和SES208)和24个重要甘蔗亲本,对SSR引物进行扩增效率验证和多态性分析。共发掘到27,241个SSR位点,平均每个BAC片段有6.29个SSR位点,平均密度为71.33个SSR Mb?1,远低于高粱的平均密度(350.00个SSR Mb?1)。在重复基序中,占比前2位的分别为单核苷酸基序(11,079个)和三核苷酸重复基序(6447个),合计占总SSR位点数的64.33%。与甘蔗不同的是, 4种禾本科植物中的三核苷酸基序类型数量最多、占比最大。此外,在单核苷酸重复基序中, A/T所占比例最高,为84.8%, C/G所占比例最低,为15.2%;在三核苷酸重复基序中, TGT/ACA所占比例最高,为16.04%。总之,禾本科植物基因组富含A/T的基序。在50对SSR引物(TG基序41对和AG基序9对)的多态性验证中,共有45对(90%)能够扩增出清晰的条带,其中35对(70%)在4个甘蔗材料上呈现多态性。进一步利用20对多态性较高的SSR引物对24个甘蔗重要亲本材料进行分析,共扩增到95个等位基因,平均每对引物扩增4.75个,验证了这些引物应用于甘蔗遗传多样性研究的可行性。本研究鉴定的甘蔗栽培种单倍体基因组SSR标记,有效增加了甘蔗遗传研究中可用的分子标记数量,可直接用于甘蔗群体遗传多样性分析和重要性状遗传机制的解析,为甘蔗分子育种的深入研究奠定了基础。 展开更多
关键词 甘蔗栽培种 BAC文库 SSR 标记开发 多态性
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青海省审定小麦品种SSR遗传多样性分析及分子身份证的建立 认领
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作者 李红琴 刘宝龙 +1 位作者 张波 张怀刚 《作物杂志》 CAS 北大核心 2020年第3期60-65,共6页
小麦是青海省重要的粮食作物,本研究从分子水平上明确青海省审定小麦品种的遗传多样性现状并建立其分子身份证,为青海省小麦育种和资源保护提供理论依据。利用从520对SSR引物中筛选出的212对具有清晰扩增条带的引物,对青海省66个育成小... 小麦是青海省重要的粮食作物,本研究从分子水平上明确青海省审定小麦品种的遗传多样性现状并建立其分子身份证,为青海省小麦育种和资源保护提供理论依据。利用从520对SSR引物中筛选出的212对具有清晰扩增条带的引物,对青海省66个育成小麦品种进行研究。结果表明,19对引物扩增结果表现为单态,193对引物扩增结果表现为多态,共扩增出724个等位变异,变异范围为2~10个。多态性引物的多态信息含量(polymorphism information content,PIC)变化范围为0.03~0.86,平均为0.51。A、B、D 3个基因组的平均等位变异丰富度(allelic richness,R_s)和平均遗传多样性指数(Nei’s genetic diversity index,H_e)均为A>B>D。小麦的7个同源群中,第2同源群多样性指数最高,第7同源群多样性指数最低。在多样性研究的基础上,利用23对引物组合,构建了66个小麦品种的分子身份证,可将它们完全区分开,为青海省小麦品种的鉴定提供参考。 展开更多
关键词 青海省 小麦 SSR 遗传多样性 分子身份证
基于二代测序的甘蓝型油菜白花基因候选区间定位及连锁标记验证 认领
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作者 陈雪 王瑞 +4 位作者 井付钰 张胜森 贾乐东 段谋正 吴宇 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2020年第6期1108-1117,共10页
【目的】近几年随着观光农业的兴起,花色的选育和改良已成为甘蓝型油菜种质资源鉴定和材料创制的重要研究方向。以甘蓝型油菜黄白花分离F2群体为研究对象,通过二代测序技术,对白花性状基因候选区间定位,开发与白花性状连锁的分子标记,... 【目的】近几年随着观光农业的兴起,花色的选育和改良已成为甘蓝型油菜种质资源鉴定和材料创制的重要研究方向。以甘蓝型油菜黄白花分离F2群体为研究对象,通过二代测序技术,对白花性状基因候选区间定位,开发与白花性状连锁的分子标记,为定位白花候选基因和选育白花新材料提供新思路。【方法】以甘蓝型油菜DH纯系黄花Y05和甘蓝型油菜纯系白花W01杂交,观察F1和F2群体的花色分离,分析白花性状遗传模式。在F2群体中选取30株纯白花和30株纯黄花构建DNA叶片子代池和RNA花瓣子代池,对亲本和DNA叶片子代池进行30×重测序,对RNA花瓣子代池进行5×测序。以法国甘蓝型油菜Darmor-bzh、中双11、Darmor、Tapidor为参考序列,重测序QTL-seq分析流程计算2个DNA子代池的SNP-index和delta(SNP-index)。利用R包画出SNP-index和delta(SNP-index)滑窗分析图,鉴定候选区间。转录组MMAPPR分析流程以法国甘蓝型油菜Darmor-bzh为参考序列,计算SNP频率,ED4(Loess fit)检测峰值和鉴定候选区间。利用MISA进行重复序列鉴定,使用Prime3在候选区间进行SSR引物设计,在F2群体中采用聚丙烯酰胺凝胶电泳方法对SSR引物进行筛选。【结果】甘蓝型油菜黄花与白花杂交F2群体中,白花和黄花性状分离比符合3﹕1,暗示白花性状受1对显性主效基因控制。全基因组重测序区间定位结果显示,白花性状基因候选区间在Darmor-bzh C03染色体52-55 Mb。同时以甘蓝型油菜中双11、Darmor、Tapidor分别为参考序列,均鉴定出白花基因候选区间在C03染色体上的一致性和稳定性。转录组测序定位白花性状基因位于Darmor-bzh C03染色体54-55 Mb。转录组测序和重测序定位染色体结果高度一致。在此区间内MISA和Primer3结合设计SSR引物,聚丙烯酰胺凝胶电泳筛选到6个与白花性状紧密连锁共分离的SSR标记。6个SSR标记区间范围在760 kb(52.81-53.57 Mb)。此候选 展开更多
关键词 甘蓝型油菜 白花 测序 候选区间 SSR
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无核酸橙资源‘抛橘’的遗传鉴定 认领
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作者 韦壮敏 李蒙蒙 +5 位作者 杨晓明 袁晓慧 叶俊丽 谢宗周 邓秀新 柴利军 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期345-354,共10页
以福建无核酸橙资源‘抛橘’为研究对象,运用cpSSR(叶绿体SSR)标记鉴定其母系亲本,nSSR(核SSR)标记鉴定其父系亲本,并构建UPGMA聚类树。7对cpSSR引物扩增出22个条带,平均每个位点3.14个条带,平均期望杂合度(H_e)和Shannon信息指数(Ⅰ)... 以福建无核酸橙资源‘抛橘’为研究对象,运用cpSSR(叶绿体SSR)标记鉴定其母系亲本,nSSR(核SSR)标记鉴定其父系亲本,并构建UPGMA聚类树。7对cpSSR引物扩增出22个条带,平均每个位点3.14个条带,平均期望杂合度(H_e)和Shannon信息指数(Ⅰ)分别为0.47和0.81。13对nSSR引物扩增出65个条带,平均每个位点5个条带,H_e和Ⅰ分别为0.66和1.27。根据UPGMA聚类分析结果推测‘抛橘’是由柚类(Citrus maxima)×酸橙类(Citrus aurantium)杂交而来,并与代代酸橙有密切联系。以甜橙为参考基因组对‘抛橘’进行基因组重测序的分析结果显示:‘抛橘’与酸橙的基因组序列相似度在85%以上,进一步证明‘抛橘’可能是酸橙的一种类型。 展开更多
关键词 柑橘 遗传鉴定 SSR 重测序
基于表型和SSR标记的金平草果遗传多样性分析 认领
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作者 马孟莉 王田涛 +4 位作者 雷恩 孟衡玲 张薇 张婷婷 卢丙越 《作物杂志》 CAS 北大核心 2020年第2期54-59,共6页
草果是常见中药材和调味料,主产于云南。以主产地云南省红河州金平县的草果为研究对象,利用表型和SSR标记分析草果遗传多样性。结果表明:13个数量性状的变异系数为7.64%~50.00%,Shannon-Weaver多样性指数为1.74~2.16,其中挂果率的变异... 草果是常见中药材和调味料,主产于云南。以主产地云南省红河州金平县的草果为研究对象,利用表型和SSR标记分析草果遗传多样性。结果表明:13个数量性状的变异系数为7.64%~50.00%,Shannon-Weaver多样性指数为1.74~2.16,其中挂果率的变异系数最大,鲜果长的多样性水平最高;提取的前4个主成分可解释81.615%的变异,第1主成分可解释37.369%的表型变异,与产量密切相关的干果重、鲜果重、干果皮重和单果种子数等指标荷载量较高。5对SSR标记在44份草果样本中共扩增出23个条带,平均每对引物可检测到4.6个多态性位点,多态位点百分率为100%,Shannon’s信息指数和平均多态信息含量分别为1.266和0.672;聚类分析可将44个样本分为2大类,第1类包含34个样本,第2类由10个样本构成。本研究表明金平草果具有丰富的表型变异和较高的分子遗传多样性。 展开更多
关键词 草果 遗传多样性 表型 SSR
柠檬合子胚自交实生苗的鉴定及其对柑橘溃疡病的抗性初步评价 认领
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作者 谭李梅 符红艳 +5 位作者 徐静 朱志媚 胡哲 肖顺元 马先锋 邓子牛 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2020年第7期2258-2267,共10页
枸橼C-05是抗溃疡病的柑橘种质资源,柠檬是枸橼的后代,其自交后代可能继承枸橼的抗性基因。为分析柠檬自交群体对柑橘溃疡病的抗感性规律,本研究建立了433株的‘尤力克’柠檬自交后代群体,并利用SSR分子标记对合子胚实生苗进行了鉴定,... 枸橼C-05是抗溃疡病的柑橘种质资源,柠檬是枸橼的后代,其自交后代可能继承枸橼的抗性基因。为分析柠檬自交群体对柑橘溃疡病的抗感性规律,本研究建立了433株的‘尤力克’柠檬自交后代群体,并利用SSR分子标记对合子胚实生苗进行了鉴定,观察合子胚实生苗和珠心胚实生苗叶片形态学的差异,对所有自交后代离体注射接种柑橘溃疡病菌,初步评价了实生后代对柑橘溃疡病的抗病性差异。结果表明‘尤力克’柠檬存在多胚性,从300对SSR引物中筛选到8对可用于‘尤力克’柠檬合子胚鉴定的引物,共鉴定出合子胚实生苗57株,确定珠心胚实生苗4株。叶形指数、叶尖指数、翼叶长、翼叶宽和叶柄长均不能作为区分‘尤力克’柠檬合子胚实生苗与珠心胚实生苗的形态学标记,但合子胚实生苗的翼叶长度变异幅度大于珠心胚。57株合子胚实生苗离体接种柑橘溃疡病菌后,5株表现为抗病,52株表现为感病;4株珠心胚实生苗均表现为感病;在372株未鉴定清楚的自交后代中,8株表现为抗病,364株表现为感病。本研究表明利用SSR分子标记还不能完全鉴定出‘尤力克’柠檬合子胚植株,可能需要更多的引物或更灵敏的分子标记才能把全部实生后代鉴定出来。利用合子胚自交后代接种鉴定,更有利于分析‘尤力克’柠檬对柑橘溃疡病的抗感性遗传规律,挖掘抗性基因,为柠檬的抗病育种提供种质资源。 展开更多
关键词 '尤力克’柠檬 SSR分子标记 叶形态学观察 合子胚实生苗鉴定 抗性鉴定
玉米不同回交世代DH系遗传分析研究 认领
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作者 齐欣 刘欣芳 +5 位作者 马骏 贾钰莹 刘晓丽 孟庆国 姜敏 李思南 《园艺与种苗》 CAS 2020年第3期47-49,共3页
[目的]研究不同回交世代DH系遗传分离规律。[方法]以"A619Ht3×辽3162"构建回交群体BC1F1和BC5F1,利用高频诱导系诱导加倍形成BC1F1和BC5F1的DH系,以DH系为材料,通过比较不同回交世代的DH系和父母本的农艺性状,对其做出评... [目的]研究不同回交世代DH系遗传分离规律。[方法]以"A619Ht3×辽3162"构建回交群体BC1F1和BC5F1,利用高频诱导系诱导加倍形成BC1F1和BC5F1的DH系,以DH系为材料,通过比较不同回交世代的DH系和父母本的农艺性状,对其做出评价,同时利用SSR分子标记分析DH系的遗传分离特性。[结果]DH系间株高、穗位高、穗长、穗粗、穗行数、行粒数等农艺性状存在较大的遗传变异,回交群体DH系中没有出现明显偏分离比例,通过χ^2检测,未达到显著水平。[结论]不同回交世代所创制的DH系的主要农艺性状差异均达到极显著水平,回交群体DH系中不存在明显的偏分离现象。 展开更多
关键词 玉米 DH系 SSR 偏分离
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毛果杨(Populus trichocarpa)全基因组SSR位点分布规律 认领
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作者 崔哲 左力辉 +2 位作者 韩坤瑾 李玉言 杨敏生 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2020年第11期3683-3692,共10页
以毛果杨全基因组数据为试验材料,探究其SSR位点的分布模式及规律,通过分析可知,毛果杨全基因组全长307840768 bp,共存在726种SSR重复单元,213634个SSR位点,平均每1441 bp出现一个SSR位点。1号染色体SSR位点和种类最多,17号染色体SSR位... 以毛果杨全基因组数据为试验材料,探究其SSR位点的分布模式及规律,通过分析可知,毛果杨全基因组全长307840768 bp,共存在726种SSR重复单元,213634个SSR位点,平均每1441 bp出现一个SSR位点。1号染色体SSR位点和种类最多,17号染色体SSR位点最少。单核苷酸到六核苷酸的数量呈降低趋势,其中单核苷酸~四核苷酸在不同染色体中的比例相对稳定,比例接近61.5:16.5:7.3:1。毛果杨SSR序列长度范围在10~216 bp间变化,平均长度为14.48 bp,主要是以10~30 bp长度的序列为主,达到95%。研究发现SSR重复单元都随着重复长度的递增,微卫星丰度呈递减趋势,即SSR重复次数越多,微卫星出现频率越低。所有类型SSR中序列显示出显著的碱基偏好性,均以A/T的重复类型占主导地位。毛果杨全基因组共存在383种稀有SSR单元,不同染色体上存在的SSR稀有单元数存在较大差异。通过SSR分布矩阵可将所有染色体分为3大类,第1类的2号、3号、4号、9号、15号、16号共6对染色体与其他染色体间相对独立,没有或很少与其他染色体间发生交流;在第2、3大类中,各染色体间的关系相对比较紧密,这些染色体存在频繁的交流,进而存在相近的SSR位点分布模式。 展开更多
关键词 毛果杨(Populus trichocarpa) 基因组 SSR 规律
基于SSR标记分析大豆疫霉根腐病抗源的遗传多样性 认领
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作者 王帅 张子戌 +6 位作者 齐广勋 王英男 赵洪锟 刘晓冬 袁翠平 王玉民 朴世领 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期394-401,共8页
丰富的遗传多样性可为大豆育种提供宽阔的遗传基础,本研究基于35对SSR标记,对60份东北地区大豆疫霉根腐病抗性品种进行了遗传多样性分析,共检测到189个等位基因,平均每个位点等位变异数5.4个,多态性信息含量指数(PIC)为0.1550~0.8195,... 丰富的遗传多样性可为大豆育种提供宽阔的遗传基础,本研究基于35对SSR标记,对60份东北地区大豆疫霉根腐病抗性品种进行了遗传多样性分析,共检测到189个等位基因,平均每个位点等位变异数5.4个,多态性信息含量指数(PIC)为0.1550~0.8195,平均为0.6636;遗传相似系数的变异范围为0.31~0.74。利用5对高多态性SSR引物构建了60份抗性材料的指纹图谱,这5对SSR引物构建的指纹图谱可以将60份疫霉根腐病抗性材料逐一区分开。采用NTSYS2.10基于遗传距离的聚类分析,将60份抗性材料分为7个类群,其中78.33%的抗性品种(系)的遗传相似系数在0.45~0.74间,表明遗传差异相对较窄,品种间遗传多样性水平较低。聚类分析与群体遗传结构分析结果有部分重合,均反映出不同地区的抗性材料间存在一定的渗透和交流。 展开更多
关键词 大豆 遗传多样性 大豆疫霉根腐病 SSR
西洋梨二倍体及其人工诱导同源四倍体遗传差异的SSR分析 认领
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作者 关秋竹 孙清荣 孙洪雁 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2020年第9期2963-2968,共6页
以西洋梨‘丰产’二倍体及其10个同源四倍体株系为材料,通过微卫星(SSR)分子标记技术对西洋梨二倍体与同源四倍体之间的遗传差异性进行了研究。应用10对SSR引物对11份材料进行扩增,共扩增出23条谱带,其中有8条呈多态性,多态性比例为34.7... 以西洋梨‘丰产’二倍体及其10个同源四倍体株系为材料,通过微卫星(SSR)分子标记技术对西洋梨二倍体与同源四倍体之间的遗传差异性进行了研究。应用10对SSR引物对11份材料进行扩增,共扩增出23条谱带,其中有8条呈多态性,多态性比例为34.78%;10对引物中有3对引物为多态性引物。聚类分析显示,不同同源四倍体株系与二倍体的遗传差异大小亦不同;在10个同源四倍体株系中有3个株系扩增的条带与二倍体完全相同,7个同源四倍体株系与二倍体相比产生了差异性条带。研究结果表明,西洋梨二倍体与其同源四倍体之间以及10个同源四倍体株系之间在DNA水平上表现出了一定的多态性。本研究能够为进一步进行西洋梨多倍体的育种实践提供理论指导。 展开更多
关键词 西洋梨(Pyrus communis L.) 同源四倍体 遗传差异 SSR
SSR与SRAP分子标记在烤后烟叶中的应用及烤烟遗传多样性分析 认领
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作者 轩贝贝 胡利伟 +9 位作者 田阳阳 过伟民 郭建华 刘魁 王正旭 田栾栾 赵艳珍 孟祥宇 余涵 张艳玲 《烟草科技》 EI CAS CSCD 北大核心 2020年第3期1-9,35共10页
为筛选出适合烤后烟叶的分子标记并用于烤烟遗传多样性分析,以烤后烟叶为材料,利用毛细管电泳技术检测SRAP与SSR标记在烤后烟叶中的多态性和稳定性,并基于稳定性较好的SSR分子标记分析了云烟87、云烟97、云烟116、翠碧1号、红花大金元... 为筛选出适合烤后烟叶的分子标记并用于烤烟遗传多样性分析,以烤后烟叶为材料,利用毛细管电泳技术检测SRAP与SSR标记在烤后烟叶中的多态性和稳定性,并基于稳定性较好的SSR分子标记分析了云烟87、云烟97、云烟116、翠碧1号、红花大金元、中烟100、K326、KRK26、NC297等9个烤烟品种的遗传多样性。结果表明:与新鲜烟叶相比,烤后烟叶DNA降解较为严重,其降解主要发生在烘烤过程中干筋期的中后期。与SRAP相比,SSR标记在烤后烟叶中扩增稳定性更好,但多态性略差。此外,NTGS66290、NTGS66292、NTGS66295、PT30008、PT30169、PT30361、PT30403和PT30424等8对SSR引物能将9个烤烟品种进行有效区分,其遗传相似系数为0.250~0.900,平均值为0.622。 展开更多
关键词 烤烟 烤后烟叶 DNA降解 SSR SRAP 毛细管电泳 遗传多样性
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药用植物罗布麻的转录组测序及分析 认领
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作者 赵雪艳 王琪 +1 位作者 杨莎 张瑞瑞 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2020年第8期2503-2511,共9页
为了获得罗布麻转录组信息,研究罗布麻中功能基因的表达以及分子标记的开发,本研究采用Illumina HiSeq2000高通量测序技术对罗布麻进行转录组测序及分析。通过过滤掉低质量的读序,共获得26148138个高质量的读序,组装得到61538个Unigene... 为了获得罗布麻转录组信息,研究罗布麻中功能基因的表达以及分子标记的开发,本研究采用Illumina HiSeq2000高通量测序技术对罗布麻进行转录组测序及分析。通过过滤掉低质量的读序,共获得26148138个高质量的读序,组装得到61538个Unigene序列。其中,有25296个Unigene在公共数据库中得到注释。通过KEGG分析,共发现29个Unigene参与活性成分(黄酮类)生物合成。检测出单核苷酸至六核苷酸重复类型的SSR位点13524个。本研究结果分析了参与黄酮类化合物合成的相关基因以及潜在的SSR位点,为进一步研究罗布麻次生代谢产物合成的功能基因的挖掘、分子标记的开发以及资源利用提供有用的信息。 展开更多
关键词 罗布麻(Apocynum venetum) 转录组 黄酮类化合物 SSR
玉兰亚属及其近缘种植物遗传多样性分析 认领
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作者 王晨宇 刘秀丽 于超 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2020年第11期3786-3796,共11页
为了探析玉兰亚属(Subgenus Yulania)亲缘关系及遗传多样性,掌握玉兰亚属更多分子身份信息,本研究采用SSR分子标记技术,以14种玉兰亚属及其9个近缘种植物为材料,利用毛细管电泳技术进行检测,根据结果对23份材料进行聚类分析,并构建了玉... 为了探析玉兰亚属(Subgenus Yulania)亲缘关系及遗传多样性,掌握玉兰亚属更多分子身份信息,本研究采用SSR分子标记技术,以14种玉兰亚属及其9个近缘种植物为材料,利用毛细管电泳技术进行检测,根据结果对23份材料进行聚类分析,并构建了玉兰亚属及其近缘种的指纹图谱。18对引物共检测到251个多态位点,多态性比率达100%。PIC含量变化范围为0.7508~0.9482,平均0.8794。Nei’s基因多样性指数最大为0.4998,最小为0.0430,Shannon信息指数变化范围为0.1057~0.6929,平均值0.2135。结果表明,供试材料具有较丰富的遗传多样性,玉兰亚属、木兰亚属(Subgenus Magnolia)及含笑属(Michelia)3个类群明显分开,在遗传相似系数0.776处供试玉兰亚属材料可分为4个组:紫玉兰组(section Tulipastrum)、玉兰组(sect.Yulania)、望春玉兰组(sect.Buergeria)、朱砂玉兰组(sect.Soulangeana)。建议将新种红花玉兰(Magnolia wufengensis)归并到玉兰组,不建议将含笑属与玉兰亚属合并。天目木兰(Magnolia amoena)与黄山木兰(Magnolia cylindrica)亲缘关系较近,紫玉兰(Magnolia liliflora)与望春玉兰组亲缘关系较近,源自美洲的渐叶木兰品种‘黄鸟’玉兰(Magnolia acuminata’Yellow Bird’)与中国的各种玉兰亲缘关系较远。本研究分析了玉兰亚属及其近缘种的遗传多样性及亲缘关系,获得了指纹图谱,可为玉兰亚属种质资源的系统分类及种质鉴定提供依据。 展开更多
关键词 玉兰亚属(Subgenus Yulania) SSR 毛细管电泳 遗传多样性
柳树新品种指纹图谱构建 认领
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作者 郑纪伟 教忠意 +1 位作者 王保松 何旭东 《江苏林业科技》 2020年第2期1-5,56共6页
该研究利用荧光SSR标记构建了9个柳树新品种的指纹图谱。11对SSR标记共检测到56条等位片段,每个位点等位基因数3—8不等,平均为5.1个。观测杂合度(Ho)变化范围为0.3333—1.0000,平均为0.6875;期望杂合度(He)变化范围为0.4771—0.8824,... 该研究利用荧光SSR标记构建了9个柳树新品种的指纹图谱。11对SSR标记共检测到56条等位片段,每个位点等位基因数3—8不等,平均为5.1个。观测杂合度(Ho)变化范围为0.3333—1.0000,平均为0.6875;期望杂合度(He)变化范围为0.4771—0.8824,平均为0.6263;多态信息量(PIC)变化范围为0.4212—0.8134,平均为0.6059。优选的3对核心引物中,SALeSSR0086与SALeSSR0733组合、SALeSSR0086与SALeSSR0920组合可完全区分9个柳树新品种。聚类结果显示,9个柳树新品种遗传相似系数在0.6059与0.9107之间。该研究建立的荧光SSR基因分型体系高效、准确,不仅能为柳树品种鉴定和新品种保护提供科学理论依据,也能为柳树进一步育种工作奠定坚实的基础。 展开更多
关键词 柳树 荧光标记 SSR 指纹图谱 构建
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芹菜转录组数据SSR标记的开发及其遗传多样性分析 认领
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作者 陈昌龙 董岩 +3 位作者 田宇 石妙涵 葛秀秀 谢华 《农业生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第4期616-628,共13页
芹菜(Apium graveolens)是一种世界范围内重要的叶类蔬菜。目前芹菜的遗传研究需要一些有价值的分子标记。本研究利用GenBank中芹菜3套转录组数据中的高质量reads,通过序列拼接,得到39 619个unigenes序列,从中共识别到4 034个SSR位点,... 芹菜(Apium graveolens)是一种世界范围内重要的叶类蔬菜。目前芹菜的遗传研究需要一些有价值的分子标记。本研究利用GenBank中芹菜3套转录组数据中的高质量reads,通过序列拼接,得到39 619个unigenes序列,从中共识别到4 034个SSR位点,其中二核苷酸重复类型最为丰富,占43.9%(1772);其次为单核苷酸(26.7%, 1078)和三核苷酸类型(21.0%, 846);四、五、六核苷酸总计占1.3%(52);其余为复合型(7.1%, 286)。在设计的375对SSR引物中,有39对在选择的5种不同来源的代表性芹菜材料中被成功验证,产生了清晰而稳定的高质量特异PCR产物。利用荧光标记PCR及多重毛细管电泳技术,在供试的76种芹菜材料中39个位点共检测出110个等位变异,平均每个位点2.821个,变化范围为2~4个;基因型数目变化范围为2~9,平均每个位点为4.308;平均多态信息含量(polymorphism information content, PIC)为0.256,变化范围为0.013~0.581;鉴别力(power of discrimination, PD)变化范围为0.026~0.764,平均为0.379。76种芹菜遗传多样性分析结果显示,本芹和西芹平均等位变异分别为2.641和2.436,Nei’s指数平均分别为0.347和0.194,Shannon’s指数平均分别为0.589和0.351,提示本芹的遗传多样性大于西芹。分子方差分析(analysis of molecular variance, AMOVA)结果表明,61.72%的变异来源于芹菜个体内,22.07%的变异来源于西芹和本芹群体内个体间,16.22%的变异来源于两群体间。主成分分析(principal component analysis, PCA)与UPGMA (unweighted pair-group method with arithmetic means)聚类分析结果一致,基本上西芹和本芹可分别聚成不同类群;但相比于西芹,本芹聚类相对离散,提示本芹的遗传变异可能相对丰富。本研究丰富了用于芹菜种质资源遗传多样性分析及分子鉴定的SSR标记,并建立了基于多重毛细管电泳的高效检测体系。 展开更多
关键词 芹菜 转录组数据 SSR 多重毛细管电泳检测 遗传多样性
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