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应用下一代测序技术进行HLA-A、HLA-B基因分型的模棱两可结果情况分析
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作者 董丽娜 赵烁贤 +3 位作者 王芳 章伟 何吉 朱发明 《中国卫生检验杂志》 CAS 2019年第16期1924-1927,1931,共5页
目的统计分析NGS法进行HLA-A、HM-B基因分型检测的模棱两可结果的种类、比例。方法对369例浙江省脐带血库标本采用NGS法检测HLA-A、HLA-B位点,并同步对其中94例标本采用PCR-SBT测序法测定HLA-A、HL4-B位点,余下275例标本采用PCR-SS0流... 目的统计分析NGS法进行HLA-A、HM-B基因分型检测的模棱两可结果的种类、比例。方法对369例浙江省脐带血库标本采用NGS法检测HLA-A、HLA-B位点,并同步对其中94例标本采用PCR-SBT测序法测定HLA-A、HL4-B位点,余下275例标本采用PCR-SS0流式磁珠法检测。使用专业软件指定NGS法的HLA-A、HL4-B分型结果,直接计算法分析模棱两可组合比例。结果所有标本NGS法检测结果与PCR-SBT法或PCR-SSO法相符合,未发现NGS法遗漏等位基因情况。NGS法以HLA-A.HLA-B命名*后第四区域的数字作为高分辨水平统计,369例有34例标本出现模棱两可结果,占9.21%(34/369),其中只有2例标本HLA-A、HLA-B位点同时存在模棱两可结果。HLA-4位点有9例标本存在模棱两可结果,表现出8种类型;HLA-B位点有27例,25种类型,分别占标本总数的2.44%(9/369)、7.32%(27/369)。结论应用NGS技术仍有少量HLA-A、HLA-B基因分型的模棱两可组合结果。 展开更多
关键词 下一代测序法 HL4-Ⅰ类基因 模棱两可 测序分析
沈阳市番茄褪绿病毒与番茄黄化曲叶病毒复合侵染的分子鉴定 预览
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作者 赵秀香 王春阳 +3 位作者 厉彦芳 黄欣阳 吴俊清 吴元华 《沈阳农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期470-475,共6页
在辽宁省沈阳市辽中设施蔬菜产区采集到疑似感染番茄褪绿病毒(Tomato chlorosis virus,ToCV)和番茄黄化曲叶病毒(Tomato yellow leaf curl virus,TYLCV)的番茄样品,利用ToCV的特异性引物ToC5/ToC6进行RT-PCR检测,结果从4份病样中检测到T... 在辽宁省沈阳市辽中设施蔬菜产区采集到疑似感染番茄褪绿病毒(Tomato chlorosis virus,ToCV)和番茄黄化曲叶病毒(Tomato yellow leaf curl virus,TYLCV)的番茄样品,利用ToCV的特异性引物ToC5/ToC6进行RT-PCR检测,结果从4份病样中检测到ToCV预期大小的特异片段。利用ToCV外壳蛋白(coat protein, CP)和热激蛋白(heat shock protein 70, HSP70)基因的特异性引物进行CP基因和HSP70基因扩增及序列测定,结果得到ToCV辽中分离物CP基因和HSP70基因全长分别为774bp(GenBank登录号:MF278016)和1665bp(GenBank登录号:MF278017),序列分析结果表明ToCV辽中分离物的CP核苷酸序列与北京ToCV分离物(KC887999)和河北的ToCV分离物(KP217196)的CP 核苷酸序列的相似性最高,均为99.87%;HSP70核苷酸序列与山东ToCV分离物(KC709510)的HSP70核苷酸序列的相似性最高,为99.76%。同时该样品利用背靠背引物TY-F/TY-R对TYLCV的DNA-A分子进行全基因序列扩增及序列测定,结果得到TYLCV辽中分离物的DNA-A分子全基因长度为2784 bp,序列分析结果表明TYLCV辽中分离物与山东TYLCV分离物(GU199587)的DNA-A分子全基因核苷酸序列的相似性为99.64%。从而证实了沈阳市辽中区的番茄受到ToCV与TYLCV复合侵染。 展开更多
关键词 番茄褪绿病毒 番茄黄化曲叶病毒 复合侵染 辽中分离物 序列分析
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福建省HIV-1新型独特重组毒株的鉴定分析
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作者 吴守丽 陈艾凡 +1 位作者 颜苹苹 严延生 《中国艾滋病性病》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期437-441,共5页
目的了解福建省1型艾滋病病毒(HIV-1)新型重组毒株的出现和传播情况,为艾滋病防治提供有针对性的科学依据。方法对2015年福建省HIV-1分子流行病学调查发现的未明确分型样本进行流行病学特征分析,分三段nested-聚合酶链反应扩增,获得HIV-... 目的了解福建省1型艾滋病病毒(HIV-1)新型重组毒株的出现和传播情况,为艾滋病防治提供有针对性的科学依据。方法对2015年福建省HIV-1分子流行病学调查发现的未明确分型样本进行流行病学特征分析,分三段nested-聚合酶链反应扩增,获得HIV-1近全长基因片段序列。利用MEGA构建系统进化树,Simplot进行重组断点分析,最后通过Recombinant Drawing工具绘制重组镶嵌模式图。结果福建省56份未明确分型样本主要来自沿海经济较发达地区,且集中在文化程度较低的青壮年男性人群,主要以性传播为主。亚型分析显示,其中38份为CRF01-AE/CRF07-BC混合亚型,9份为01B/01-AE/07-BC混合亚型,9份为CRF55-01B/CRF07-BC混合亚型。对3株HIV-1近全长基因序列进行重组分析显示:XM03025是以CRF07-BC为骨架,在1916-2186bp、2786-5526bp、8726-8776bp、9216-9366bp处分别插入4个CRF01-AE的片段;XM03050是以CRF07-BC为骨架,在4916-6256bp处插入1个CRF01-AE片段;而XM06004是以CRF01-AE为骨架,在6490-6680bp、6920-8290bp、8950-9190bp处分别插入3个CRF07-BC片段。经鉴定该三株为新的独特重组型毒株。结论福建省已出现新的独特型重组毒株,并有可能在局部传播流行;应密切监测其流行趋势变化,并积极采取精准干预加以防控。 展开更多
关键词 艾滋病病毒 重组亚型 序列分析法
RNA修饰分析方法研究进展 预览
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作者 游雪娇 袁必锋 冯钰锜 《分析测试学报》 CSCD 北大核心 2018年第10期1104-1118,共15页
迄今为止,在RNA分子中发现150多个转录后修饰。研究表明RNA中大量动态、可逆的修饰具有多种生物学功能,能够参与真核生物基因表达的调控。因此,了解RNA修饰的动态分布、机制、调控和功能可以扩展人们对生命体调控机制的深入认识和理... 迄今为止,在RNA分子中发现150多个转录后修饰。研究表明RNA中大量动态、可逆的修饰具有多种生物学功能,能够参与真核生物基因表达的调控。因此,了解RNA修饰的动态分布、机制、调控和功能可以扩展人们对生命体调控机制的深入认识和理解。破译RNA修饰的生物学功能主要依赖于对这些修饰的精确检测、定量和定位分析。近10年来,用于RNA修饰的分析方法得到显著发展,促使RNA修饰领域发生了巨大变革。该文总结了RNA修饰分析方法的原理、优点和缺点,并对RNA修饰研究技术的发展进行了展望。 展开更多
关键词 RNA修饰 分析方法 质谱分析 测序分析
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基于转录组测序的紫色秋葵花青素合成相关基因研究 预览
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作者 张少平 应璐 +4 位作者 邱珊莲 张帅 洪建基 郑开斌 余文权 《福建农业学报》 北大核心 2018年第5期474-480,共7页
紫色秋葵富含花青素,因此其全株及果实均为紫红色,为获取正常生长状态下紫色秋葵花青素合成代谢相关基因,采用Illumina HiSeq 2500高通量转录组测序技术对紫色秋葵全转录功能基因组测序后组装,再通过Nr、SwissProt和GO等三大数据库进行... 紫色秋葵富含花青素,因此其全株及果实均为紫红色,为获取正常生长状态下紫色秋葵花青素合成代谢相关基因,采用Illumina HiSeq 2500高通量转录组测序技术对紫色秋葵全转录功能基因组测序后组装,再通过Nr、SwissProt和GO等三大数据库进行花青素相关功能基因筛选。三大数据库涉及35个花青素相关Unigene,具体包括19个花青素相关糖基转移酶、6个花青素酰基转移酶家族基因,5个无色花色素双加氧酶(合酶)以及5个花色素相关还原酶。这些花青素相关基因在Nr及SwissProt数据库中涉及较多相关植物,包括拟南芥、可可、树棉、木薯、苹果及葡萄等。聚类分析研究表明:涉及花青素相关四大家族成员的35个Unigene中,无色花色素双加氧酶亲缘关系最近,花青素酰基转移酶次之,花青素相关还原酶亲缘关系稍远,而花青素相关糖基转移酶家族成员亲缘关系最远。本研究获取的紫色秋葵众多花青素相关转移酶、合酶及还原酶等相关Unigene,为进一步研究紫色秋葵或其他植物的花青素合成代谢过程中基因克隆分析等奠定了坚实基础。 展开更多
关键词 紫色秋葵 花青素基因 转录组 测序分析 功能注释
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小鼠Mterf2基因cDNA的克隆、序列分析与组织表达特征 预览
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作者 李素芬 王唯斯 +4 位作者 自加吉 陈莹 戴莉萍 余敏 熊伟 《生物技术通讯》 CAS 2018年第5期598-603,608共7页
目的:克隆BALB/c小鼠线粒体转录终止因子2(Mterf2)基因cDNA编码区序列,分析Mterf2mRNA和蛋白质在小鼠大脑、心、脾、肺、肾、肝、胰腺、肌肉和睾丸等9种组织中的表达情况.方法:以BALB/c小鼠肝组织总RNA为模板,RT-PCR扩增Mterf2基因c... 目的:克隆BALB/c小鼠线粒体转录终止因子2(Mterf2)基因cDNA编码区序列,分析Mterf2mRNA和蛋白质在小鼠大脑、心、脾、肺、肾、肝、胰腺、肌肉和睾丸等9种组织中的表达情况.方法:以BALB/c小鼠肝组织总RNA为模板,RT-PCR扩增Mterf2基因cDNA编码区序列,将其克隆至pMD-19T载体,通过菌落PCR、双酶切和DNA序列测定进行验证;采用MEGA6.0软件构建Mterf2基因系统发生树;通过Northern印迹和qRT-PCR方法检测Mterf2基因mRNA在小鼠各组织中的表达量;通过Western印迹检测MTERF2蛋白在小鼠多个组织中的表达量.结果:克隆获得BALB/c小鼠Mterf2基因cDNA的编码区序列,其全长1158bp,编码385个氨基酸残基,克隆到的序列与GenBank参考序列的同源性为100%,无任何碱基突变和移码突变.小鼠Mterf2基因与大鼠Mterf2基因的同源性最高,达到91.0%,在系统发生树上聚类为-簇.Mterf2基因mRNA和蛋白质在BALB/c小鼠心、脑、肝和肾等新陈代谢旺盛的组织中表达丰度最高,其次是在胰腺、睾丸和肌肉组织,而在脾和肺组织中表达相对较低.结论:克隆了BALB/c小鼠Mterf2基因cDNA的编码区序列,并进行了多种组织的表达特征分析,为后续研究Mterf2基因在实验动物体内的生理功能奠定了基础. 展开更多
关键词 小鼠 线粒体转录终止因子2 基因克隆 序列分析 组织表达
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贵州地方水稻品种抗稻瘟病基因Pita功能区段序列变异分析
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作者 杨奕 马继琼 +1 位作者 孙一丁 许明辉 《分子植物育种》 CSCD 北大核心 2018年第13期4129-4137,共9页
为了揭示贵州水稻地方品种Pita基因序列变异类型和地理分布特点,以贵州省收集到的91份地方水稻品种为供试材料,设计抗稻瘟病Pita基因特异引物对Pita基因第二编码区功能位点区段进行PCR扩增及测序分析。研究表明,91份贵州地方水稻均持有... 为了揭示贵州水稻地方品种Pita基因序列变异类型和地理分布特点,以贵州省收集到的91份地方水稻品种为供试材料,设计抗稻瘟病Pita基因特异引物对Pita基因第二编码区功能位点区段进行PCR扩增及测序分析。研究表明,91份贵州地方水稻均持有抗稻瘟病Pita基因,DNA序列存在6个变异位点,氨基酸序列存在4个变异位点,归为7种DNA单倍型和5种蛋白型,其中Pita-H1(63.74%)、Pita-H2(18.68%)的频率较高,是贵州的优势单倍型,其他单倍型频率较低。携带Pita抗性基因(编码区第2 752位功能位点碱基为G)的品种仅6个,占供试材料的6.59%,且与越南抗性品种Tetep序列一致。Pita抗性基因在贵州省广泛分布不平衡,且频率较低。本研究为挖掘和利用贵州地方稻种的抗稻瘟病基因资源提供了参考。 展开更多
关键词 地方水稻品种 稻瘟病Pita基因 测序分析
阜阳市疑似恙虫病患者和恙螨及恙虫病鼠类中东方体分离及基因分型研究 被引量:1
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作者 于昌军 刘运喜 +4 位作者 李国兰 张威 卜戈 孙良 汪春新 《中华医院感染学杂志》 CSCD 北大核心 2018年第6期837-840,共4页
目的分析从患者全血、恙螨、野鼠肝脾等标本中分离的恙虫病东方体,为进一步确立阜阳市为新疫源地提供依据。方法采集2009年-2010年每年9月-11月辖区内疑似患者抗凝血、野鼠、恙螨标本,利用小白鼠传代分离法,分离恙虫病东方体,通过巢式PC... 目的分析从患者全血、恙螨、野鼠肝脾等标本中分离的恙虫病东方体,为进一步确立阜阳市为新疫源地提供依据。方法采集2009年-2010年每年9月-11月辖区内疑似患者抗凝血、野鼠、恙螨标本,利用小白鼠传代分离法,分离恙虫病东方体,通过巢式PCR方法检测,对其测序结果进行基因分型。结果患者新鲜血液或抗凝血标本在传至3代~4代以后,小白鼠肝脾组织标本核酸检测结果部分为阳性(全血PCR阳性59组,经小白鼠分离后15株阳性;恙螨20组,其中3组PCR阳性,经小白鼠分离后1株阳性;野鼠256只,其中7只PCR阳性,经小白鼠分离35组,其中1株阳性),取扩增产物进行序列分析,证实为恙虫病东方体kawasaki基因型。结论首次从秋冬型恙虫病东方体流行季节患者、野外优势鼠种黑线姬鼠以及小盾纤恙螨体内分离的病原体为恙虫病东方体,进一步从病原学上证实阜阳市为新的疫源地。 展开更多
关键词 恙虫病东方体 巢式聚合酶链反应 序列分析 疫源地 分离
发酵辣椒细菌多样性的16S rDNA测序分析 被引量:1
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作者 韩俊燕 赵国忠 +2 位作者 赵建新 张灏 陈卫 《中国食品学报》 CSCD 北大核心 2018年第5期246-251,共6页
以家庭自制的剁辣椒、酸辣椒、腌辣椒和辣椒酱为对象,研究不同样品中的微生物多样性,为分离其中的乳酸菌及开发发酵辣椒制品复合发酵剂提供参考依据。采用土壤基因组DNA提取试剂盒提取样品的基因组,然后PCR扩增细菌的16S r DNA V4区,琼... 以家庭自制的剁辣椒、酸辣椒、腌辣椒和辣椒酱为对象,研究不同样品中的微生物多样性,为分离其中的乳酸菌及开发发酵辣椒制品复合发酵剂提供参考依据。采用土壤基因组DNA提取试剂盒提取样品的基因组,然后PCR扩增细菌的16S r DNA V4区,琼脂糖凝胶电泳验证后回收胶,荧光定量后上机进行MiSeq高通量测序,然后分析样品中细菌的多样性。结果显示:不同样品所含细菌的种类多样性和丰度存在较大的差异。在属的水平上,剁辣椒中魏斯氏菌、明串珠菌和乳杆菌是主要的菌属,丰度在16%左右;乳杆菌(61.5%)和片球菌(28.6%)是酸辣椒中主要的细菌;腌辣椒中乳杆菌的丰度达到79.4%;辣椒酱的物种多样性最为丰富,魏斯氏菌(40.7%)和乳杆菌(11%)是其主要的微生物。 展开更多
关键词 发酵辣椒 细菌多样性 测序分析
猪伪狂犬病病毒流行株遗传进化及序列比对分析 被引量:4
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作者 高泽文 范桂芳 +2 位作者 赵婷婷 徐守兴 吴斌 《中国兽医学报》 CSCD 北大核心 2018年第1期1-10,共10页
为了了解我国不同地区规模化猪场2014年以来猪伪狂犬病病毒(PRV)流行株的现状、分子生物学特点和遗传演化规律,本试验从我国15个省份不同地区分离得到29株PRV,并对其gB,gC和gE基因进行遗传变异分析。结果显示,这29株PRV分离株主要... 为了了解我国不同地区规模化猪场2014年以来猪伪狂犬病病毒(PRV)流行株的现状、分子生物学特点和遗传演化规律,本试验从我国15个省份不同地区分离得到29株PRV,并对其gB,gC和gE基因进行遗传变异分析。结果显示,这29株PRV分离株主要为PRV变异毒株,与Bartha株等国外经典毒株亲缘关系较远,与Ea株等国内经典毒株亲缘关系较近。氨基酸序列比对发现,29株PRV变异毒株在gB,gC及gE基因上均发生了多个位点的突变:gB氨基酸序列均存在75S、76P和77G的连续缺失,94位点均存在甘氨酸(G)的插入;gC氨基酸序列存在多处改变,其中P87Q和Y142C使gc糖蛋白与宿主细胞表面的硫酸乙酰肝素受体结合功能域发生改变;gE氨基酸序列第48位点均存在天冬氨酸(D)的插入。这些特征性变异位点可作为分子诊断依据,并且从分子水平揭示了临床Bar—tha—K61株等经典毒株疫苗免疫效果下降的可能原因。 展开更多
关键词 伪狂犬病病毒 序列分析 分子特征 变异毒株
ADAM33基因F+1位点基因多态性与小儿哮喘的关系
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作者 于水莲 曲书强 张磊 《中国妇幼保健》 CAS 2018年第20期4695-4697,共3页
目的分析ADAM33基因F+1位点基因多态性与小儿哮喘的关系,为临床诊断小儿哮喘提供依据。方法选取2014年6月-2017年6月哈尔滨医科大学附属第二医院诊治的100例小儿哮喘患儿为观察组,同期该院诊断的健康体检小儿100例为对照组。分析两组... 目的分析ADAM33基因F+1位点基因多态性与小儿哮喘的关系,为临床诊断小儿哮喘提供依据。方法选取2014年6月-2017年6月哈尔滨医科大学附属第二医院诊治的100例小儿哮喘患儿为观察组,同期该院诊断的健康体检小儿100例为对照组。分析两组研究对象ADAM33基因F+1位点是否满足Hardy-Weinberg遗传平衡定律,检测两组研究对象的C和T等位基因的频率,并分析ADAM33基因F+1位点多态性与哮喘发病的关系。结果所有研究对象的ADAM33基因F+1位点均满足Hardy-Weinberg遗传平衡定律。两组C和T等位基因频率比较,差异无统计学意义(P〉0.05);且F+1位点多态性对哮喘相对危险无明显影响(P〉0.05)。结论 ADAM33基因F+1位点基因多态性与小儿哮喘发病无显著关系。 展开更多
关键词 基因多态性 小儿哮喘 ADAM33基因F+1位点 测序分析
高通量测序与传统方法对豆制品腐败菌的研究 被引量:1
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作者 邹强 汪正熙 +3 位作者 张琼 尹超琼 卢茜 钟威 《食品工业》 北大核心 2018年第3期178-182,共5页
为研究豆制品中腐败菌的多样性,为豆制品行业提供相关理论依据。以腐败变质真空包装的三种豆制品(素肉制品、鱼豆腐和豆腐干)为原材料,通过传统方法与高通量测序技术相结合的方式,分析豆制品中腐败菌的种类和数量。传统检测技术通过... 为研究豆制品中腐败菌的多样性,为豆制品行业提供相关理论依据。以腐败变质真空包装的三种豆制品(素肉制品、鱼豆腐和豆腐干)为原材料,通过传统方法与高通量测序技术相结合的方式,分析豆制品中腐败菌的种类和数量。传统检测技术通过生理生化试验、形态特征试验等方式对样品中微生物进行鉴定;高通量测序技术对样品腐败菌16S r RNA V3~V4区进行测序,分析其多样性。结果表明:样品的腐败速度为鱼豆腐(YDF)〉豆腐干(DFG)〉大豆素肉(CSSCR),且3种样品中腐败菌共295种,分别为YDF(210种)〉DFG(160种)〉CSSCR(122种),主要菌种为乳杆菌属、魏斯氏菌属、肠球菌属和葡萄球菌属。与传统方法相比,高通量测序技术更能准确快速地分析样品中微生物的多样性。 展开更多
关键词 豆制品 腐败菌 高通量测序 分析鉴定
新疆维吾尔族宫颈鳞癌组织人乳头瘤病毒16型E6、E7基因变异分析 预览 被引量:2
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作者 者湘漪 朱君玲 +7 位作者 姜心雨 阿鸿昌 潘贞贞 蒋琦伟 王媛 李洪涛 郑威楠 潘泽民 《石河子大学学报:自然科学版》 CAS 2017年第6期738-742,共5页
为探讨新疆维吾尔族宫颈鳞癌组织人乳头瘤病毒16型(HPV16)E6、E7基因序列的变异分布情况。采用43例维吾尔族妇女宫颈鳞癌组织中提取DNA作为模板,PCR扩增E6和E7全长基因,PCR产物直接测序。以欧洲标准株为原型,进行序列分析,并对HPV... 为探讨新疆维吾尔族宫颈鳞癌组织人乳头瘤病毒16型(HPV16)E6、E7基因序列的变异分布情况。采用43例维吾尔族妇女宫颈鳞癌组织中提取DNA作为模板,PCR扩增E6和E7全长基因,PCR产物直接测序。以欧洲标准株为原型,进行序列分析,并对HPV16E6、E7进行进化树分析。结果显示,测序结果分析共发现6个突变位点(4个错义突变,2个无义突变),其中有34例E6基因350位核苷酸发生突变(T350G),突变频率为79.1%,对应氨基酸改变为Leucine—valine(L83V);6例E6基因295位核苷酸发生突变(T295G),突变频率为(14.0%),相应氨基酸改变为aspartic—glutamic(D64E),值得注意的是,这6例HPV16E6基因T295G突变均伴随着E6基因T350G突变。E7基因仅在1例样本647位点发生常见的核苷酸A—G突变(A647G),且伴随着E6基因178位点T—G突变(T178G)。进化树分析表明,8例为HPV16欧洲型(Ep),34例为欧洲变异型(E),仅1例为亚洲型(As),没有发现非洲株(Af)和亚洲美洲株(AA)。由此可知:(1)新疆维吾尔族妇女主要以感染HPV16欧洲型(E)为主;(2)E6基因T295G—T350G共突变为特点的HPV16病毒,可能做为新疆维吾尔族妇女特有的HPV16欧洲型新疆株还需要进一步确认。 展开更多
关键词 宫颈癌 HPV16 测序分析 突变
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内转录间隔区(ITS)序列分析技术对丝状真菌临床分离株鉴定能力的评估 被引量:2
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作者 李颖 郭莉娜 徐英春 《中华微生物学和免疫学杂志》 CSCD 北大核心 2017年第8期607-610,共4页
目的 评价内转录间隔区(ITS)序列分析技术对丝状真菌临床分离株的鉴定能力.方法 对267株丝状真菌临床分离株进行ITS序列测定,经与GenBank联合MycoBank数据库进行序列同源性比对获得其菌种信息. 结果 全部菌株均成功获得ITS序列.ITS可... 目的 评价内转录间隔区(ITS)序列分析技术对丝状真菌临床分离株的鉴定能力.方法 对267株丝状真菌临床分离株进行ITS序列测定,经与GenBank联合MycoBank数据库进行序列同源性比对获得其菌种信息. 结果 全部菌株均成功获得ITS序列.ITS可将53.9% (144/267)受试丝状真菌鉴定至种水平,44.2% (118/267) 鉴定至属水平,5株菌因其ITS序列在不同菌属间均有〉95%相似度而无法鉴定.结论 ITS序列分析技术对丝状真菌临床分离株鉴定能力尚可,但因其通用性良好可作为丝状真菌属水平鉴定的优先检测基因.对于进一步的种水平鉴定,则应结合具体情况选用其他功能性基因片段. 展开更多
关键词 内转录间隔区(ITS) 序列分析 丝状真菌 鉴定
一株鸭源H9亚型禽流感病毒的分离鉴定及HA基因序列分析 预览
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作者 高月花 于可响 +1 位作者 宋玲玲 宋敏训 《家禽科学》 2017年第12期3-7,共5页
本研究从发生产蛋下降疫情的山东某种鸭场采集病料,分离得到一株病毒。经血凝(HA)试验、血凝抑制(HI)试验、测序分析,鉴定该毒株为H9亚型禽流感病毒。对分离株HA基因进行测序及序列分析,结果显示该分离株HA基因的裂解位点为333PARSS... 本研究从发生产蛋下降疫情的山东某种鸭场采集病料,分离得到一株病毒。经血凝(HA)试验、血凝抑制(HI)试验、测序分析,鉴定该毒株为H9亚型禽流感病毒。对分离株HA基因进行测序及序列分析,结果显示该分离株HA基因的裂解位点为333PARSSR↓GLF339,符合低致病性AIV的特征;与参考毒株的HA基因组序列进行比较发现,核苷酸的同源性为93.7%99.3%,推导的氨基酸的同源性为96.4%98.6%,与Shandong/YT5/2010(H9N2)株同源性最高。 展开更多
关键词 H9亚型禽流感病毒 HA基因 序列分析
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2015年盐城市甲型H3N2亚型流感病毒HA1基因分子进化特征分析 预览 被引量:1
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作者 陈国清 李春香 +3 位作者 邵荣标 王瑶 徐士林 李长城 《江苏预防医学》 CAS 2017年第2期137-140,共4页
目的 了解盐城市2015年甲型H3N2流感病毒分离株表面血凝素HA1基因分子进化特征。方法 对哨点医院流感样病例标本进行核酸检测、病毒分离;选取甲型H3N2毒株,采用一步法RT-PCR扩增其HA1区,并进行序列分析,采用DNAStar软件包中MegAlign进... 目的 了解盐城市2015年甲型H3N2流感病毒分离株表面血凝素HA1基因分子进化特征。方法 对哨点医院流感样病例标本进行核酸检测、病毒分离;选取甲型H3N2毒株,采用一步法RT-PCR扩增其HA1区,并进行序列分析,采用DNAStar软件包中MegAlign进行核苷酸及氨基酸同源性分析,以MEGA6.0软件进行序列比对及基因种系进化特征分析。结果 2015年盐城市流感样病例(ILI)监测样本中流感病毒核酸阳性率为8.36%,乙型、甲型H3N2、新甲H1N1型交替流行。抽取的7株甲型H3N2分离株,其HA1基因核苷酸同源性为98.7%~100.0%,氨基酸同源性为97.9%~100.0%;其HA1区氨基酸位点变异呈散在性分布,均未发生氨基酸的丢失和插入,氨基酸突变主要位于抗原决定簇的A、B和C区。除A/JSYC/11025/2015外,其余6株新增2个糖基化位点,其中158aa位点位于抗原决定簇B区。结论 2015年盐城市流感流行以甲型H3N2和乙型Yamagata系为主,具有典型的冬、夏双高峰特点。病毒HA1区基因特性逐渐发生变异,可能导致抗原变化,应进一步加强流感病原学监测。 展开更多
关键词 流感 甲型H3N2病毒 RT-PCR HA1基因 序列分析
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陆地棉GhSAD2基因克隆与表达特征研究 预览 被引量:4
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作者 蔡曼 李卫华 +4 位作者 王娟 王旭文 孔宪辉 余渝 刘丽 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第9期1713-1720,共8页
Δ9硬脂酰ACP脱氢酶基因(GhSAD2)是脂肪酸合成代谢过程中关键的去饱和酶基因,为明确该基因在棉花脂肪酸合成代谢中的功能,该研究克隆了陆地棉GhSAD2基因,并对该基因的序列特征、进化关系及表达特性进行分析。序列分析显示,GhSAD2基因... Δ9硬脂酰ACP脱氢酶基因(GhSAD2)是脂肪酸合成代谢过程中关键的去饱和酶基因,为明确该基因在棉花脂肪酸合成代谢中的功能,该研究克隆了陆地棉GhSAD2基因,并对该基因的序列特征、进化关系及表达特性进行分析。序列分析显示,GhSAD2基因(GenBank登录号为KX197920)cDNA全长1 188bp,编码396个氨基酸,具有脂肪酸去饱和酶家族2个高度保守的组氨酸簇EENRHG和DEKRH,分别位于氨基酸的185和271位。系统进化分析显示,GhSAD2基因与可可树的同源基因进化关系非常接近。qPCR分析显示,GhSAD2基因在叶中的表达量高于茎和根,且在花后25d的种子中表达量达到最高值。低温胁迫诱导结果表明,GhSAD2基因在不同程度低温处理下均有上调表达,6h表达量最大,之后逐渐下调。研究表明,GhSAD2基因可能对棉子油不饱和脂肪酸的合成具有重要作用,同时在棉花抗寒方面也起一定的生理作用。 展开更多
关键词 Δ9硬脂酰ACP脱氢酶基因(GhSAD2) 陆地棉 基因克隆 序列分析 低温胁迫
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桂花查耳酮合酶chs基因的克隆及序列分析 预览 被引量:4
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作者 徐秀荣 马燕 臧德奎 《中国农学通报》 2016年第1期118-124,共7页
克隆与桂花(Osmanthus fragrans)花色形成相关基因查耳酮合酶(Ofchs),并对该基因的序列特征、进化关系进行分析,为探究该基因在桂花花色形成中的功能提供理论依据。以桂花‘丹桂’品种为试材,采用RT-PCR和RACE方法克隆丹桂查耳酮合... 克隆与桂花(Osmanthus fragrans)花色形成相关基因查耳酮合酶(Ofchs),并对该基因的序列特征、进化关系进行分析,为探究该基因在桂花花色形成中的功能提供理论依据。以桂花‘丹桂’品种为试材,采用RT-PCR和RACE方法克隆丹桂查耳酮合酶(chalcone synthase,chs)基因c DNA全长。利用NCBI和DNAMAN分析软件,对该基因进行核苷酸序列以及氨基酸序列的分析,利用DNAMAN软件直接构建系统进化树,以分析该基因在不同物种间的进化关系。结果表明:从‘丹桂’花瓣中成功获得了1个丹桂查耳酮合酶基因c DNA全长,该基因全长为1383 bp,包含48 bp的5′非编码区、162 bp的3′非编码区和1个长度为1173 bp编码390个氨基酸的开放阅读框。序列分析表明,该基因具有Cysl64、His303和Asn3363个活性位点及2个决定底物特异性的苯丙氨酸残基Phe215、Phe265。该基因也具有查尔酮合酶家族的2条特征多肽序列:RFMMYQQGCFAGGTVLR和GVLFGFGPGL。Blast序列分析显示,该基因与同属木犀科的油橄榄相似性达95%,与其他双子叶植物的相似性达72%-76%。克隆出的丹桂chs基因属于查尔酮合酶家族,系统进化分析表明,该基因聚类具有明显的种属特性,桂花与唇形科等植物的chs亲缘关系较近,相似性达76%以上,符合植物分类学分类,为今后探究该基因在花色行形成中的作用机制奠定了基础。 展开更多
关键词 桂花 查耳酮合酶基因 克隆 序列分析
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我国部分地区克罗诺杆菌分离株分种及其方法的比较研究 被引量:1
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作者 杜小莉 李伟 +2 位作者 阚飙 崔志刚 崔晶花 《中华流行病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期259-262,共4页
目的 比较研究克罗诺杆菌分离株的分种方法,探讨其中准确、快速有效分种方法。方法 采用生化实验和对基因16S rRNA,fusA序列聚类分析的方法。结果 105株菌的4项生化结果呈现6种情况,但无法将C.turicensis和C.universalis两个种分开;基于... 目的 比较研究克罗诺杆菌分离株的分种方法,探讨其中准确、快速有效分种方法。方法 采用生化实验和对基因16S rRNA,fusA序列聚类分析的方法。结果 105株菌的4项生化结果呈现6种情况,但无法将C.turicensis和C.universalis两个种分开;基于16S rRNA基因分析分种结果将105株菌分为5组,无法将C.sakazakii和C.malonaticus这两个种的菌株有效地分开;而基于fusA基因分析分种结果可将所有菌株分为C.sakazakii(58株)、C.malonaticus(30株)、C.dublinensis(11株)、C.turicensis(5株)、C.muytjensii(1株)。结论 目前采用fusA序列分种相对简捷有效,但缺乏直观,需再研究达到快速检测目的的其他方法。 展开更多
关键词 克罗诺杆菌 序列分析 分种
α-苯乙胺降解菌的筛选及菌种鉴定 预览 被引量:1
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作者 丁丽 刘佳奇 +1 位作者 曾萍 谢晓琳 《新疆环境保护》 2016年第3期45-50,共6页
以α-苯乙胺为唯一碳源驯化获得降解磷霉素制药废水中α-苯乙胺的高效菌群,利用平板划线法筛选、分离、纯化得到两株降解α-苯乙胺的纯菌P1和P2,经理化性质测定并与16SrDNA测序分析结果比对,两株纯菌分别鉴定为寡养食单胞菌和罗尔斯... 以α-苯乙胺为唯一碳源驯化获得降解磷霉素制药废水中α-苯乙胺的高效菌群,利用平板划线法筛选、分离、纯化得到两株降解α-苯乙胺的纯菌P1和P2,经理化性质测定并与16SrDNA测序分析结果比对,两株纯菌分别鉴定为寡养食单胞菌和罗尔斯通菌,为今后进行降解α-苯乙胺实验及实际应用提供了较好的理论价值。 展开更多
关键词 Α-苯乙胺 磷霉素制药废水 平板划线法 理化性质 测序分析
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