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甜瓜MR-1细菌性果斑病抗病基因QTL定位分析
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作者 鲁思梦 王贤磊 +2 位作者 宁雪飞 范文林 李冠 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期2924-2931,共8页
为了研究甜瓜细菌性果斑病的抗病基因,以甜瓜(Cucumis melo L.)抗细菌性果斑病品种‘MR-1’和感果斑病品种‘伽师瓜’为亲本构建F2群体,研究‘MR-1’中细菌性果斑病抗性遗传规律及基因定位。群体遗传分析表明,F2分离群体病情级别个数呈... 为了研究甜瓜细菌性果斑病的抗病基因,以甜瓜(Cucumis melo L.)抗细菌性果斑病品种‘MR-1’和感果斑病品种‘伽师瓜’为亲本构建F2群体,研究‘MR-1’中细菌性果斑病抗性遗传规律及基因定位。群体遗传分析表明,F2分离群体病情级别个数呈现连续分布,为多基因控制。采用简单重复序列(simple sequence repeats, SSR)分子标记结合集团分离分析法(bulked segregation analysis, BSA)对‘MR-1’抗果斑病位点进行初步定位。利用全基因组范围内288个SSR分子标记检测抗果斑病、感果斑病基因池,筛选出15个具有多态性的标记分别位于LG5、LG6、LG12。对个体进行SSR分子标记基因型检测和连锁分析,将果斑病抗性数量性状位点(quantitative trait locus, QTL)初步定位于LG12。利用针对LG12上设计的共90对SSR引物检测‘MR-1’和‘伽师瓜’,其中共20个SSR标记在双亲之间表现为多态性。利用具有多态的分子标记构建LG12的遗传连锁图,进一步将bfb-QTL12.1定位于CMMS35-4与DE1851之间,两标记间物理距离约3.4 Mb,遗传距离为9.1 cM。本研究为后续利用抗性品种进行品种改良提供理论依据。 展开更多
关键词 甜瓜 细菌性果斑病 基因定位 SSR QTL
印尼虎鱼RAD-seq数据中微卫星标记的初步筛选及特征分析 预览
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作者 屈政委 宋红梅 +4 位作者 汪学杰 刘奕 牟希东 刘超 胡隐昌 《淡水渔业》 CSCD 北大核心 2019年第4期9-15,共7页
采用RAD-seq ( Restriction-site associated DNA sequencing)对印尼虎鱼( Datnioides pulcher )进行简化基因组测序,获得13308 806个高质量干净读长( HQ clean reads),利用SSR搜索软件在所得序列中共检测到26359个SSR位点,由496种重复... 采用RAD-seq ( Restriction-site associated DNA sequencing)对印尼虎鱼( Datnioides pulcher )进行简化基因组测序,获得13308 806个高质量干净读长( HQ clean reads),利用SSR搜索软件在所得序列中共检测到26359个SSR位点,由496种重复基序组成,主要分布在三、四、五碱基重复类型中,单碱基重复序列中最多的类型为A/T,二碱基重复序列中以AC/GT和AG/GT重复单元为主,三碱基重复序列中以AGG/CCT、AGC/CTG、AGG/CCT为优势类型;在数量上,二碱基重复类型SSR位点最多(19492个),占总SSR位点的73.95%;除了单核苷酸类型外,SSR基序的重复次数主要集中在4-9之间,多态性SSR数目为2 783个。根据SSR位点两翼序列,利用Primer5.0成功设计出20 066对SSR引物,引物设计成功率为76.13%,依据测序数据中的重复类型和重复数,随机选择100个二至五碱基重复类型SSR在6个虎鱼样本中验证其可用性和多态性,有73对引物通过扩增可获得有效目的片段,其中20个SSR验证为具有多态性。开发所得SSR序列可用于印尼虎鱼及其近缘物种遗传分析、遗传图谱构建以及分子标记辅助育种等工作,同时也证实了利用简化基因组测序技术开发SSR标记和发现样品间具有多态性的SSR标记的可能性。 展开更多
关键词 印尼虎鱼(Datnioidespulcher) RAD-seq 微卫星
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番茄枯萎病菌基因组微卫星位点分析与引物设计 预览
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作者 罗梅 李书锋 +2 位作者 罗媛子 王嘉熠 董章勇 《仲恺农业工程学院学报》 CAS 2018年第3期15-19,共5页
通过对前期测定的番茄枯萎病菌 Fusarium oxysporum f. sp. lycopersic 基因组14 501条gene序列进行搜索,发现466个简单重复序列(Simple sequence repeat,SSR)分布在425条unigenes中,发生频率为2.93%.在番茄枯萎病基因组的SSR中,... 通过对前期测定的番茄枯萎病菌 Fusarium oxysporum f. sp. lycopersic 基因组14 501条gene序列进行搜索,发现466个简单重复序列(Simple sequence repeat,SSR)分布在425条unigenes中,发生频率为2.93%.在番茄枯萎病基因组的SSR中,三核苷酸重复占主导地位,占SSR总数的65.88%.优势重复单元为AGC/CTG和AAG/CTT,分别占16.52%和12.66%.基于筛选的SSRs,运用Primer3软件进行引物的批量设计,共设计出451对引物.结果说明番茄枯萎病菌基因组中含有丰富的SSR位点. 展开更多
关键词 番茄枯萎病 基因组 简单重复序列 微卫星DNA 引物
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基于RNA-seq的银线草转录组分析
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作者 李依民 胡本祥 +5 位作者 彭亮 沈霞 高静 王昌利 颜永刚 张岗 《中草药》 CSCD 北大核心 2018年第21期4967-4974,共8页
目的 获得银线草Chloranthus japonicus根茎转录组信息特征。方法用高通量测序平台Illumina HiSeq^TM 2000 150PE进行银线草根茎转录组测序分析。结果 转录组测序共获得68458750条高质量序列(clean reads),Trinity de novo组装获得56096... 目的 获得银线草Chloranthus japonicus根茎转录组信息特征。方法用高通量测序平台Illumina HiSeq^TM 2000 150PE进行银线草根茎转录组测序分析。结果 转录组测序共获得68458750条高质量序列(clean reads),Trinity de novo组装获得56096个unigenes,平均长度801nt。BLAST分析显示分别有25773(45.94%)、17801(31.73%)、16082(28.67%)、9649(17.20%)个unigenes在NR、Swiss-port、KOG、KEGG数据库得到注释信息,可归为GO分类的生物过程、细胞组分和分子功能3大类40分支,涉及131个KEGG标准代谢通路,其中包括16个次生代谢标准通路。进一步分析获得170个基因参与单萜、二萜、倍半萜、三萜等萜类化合物生物合成通路。同时,转录组预测编码蛋白框序列1887个;高等植物转录因子54个家族。借助MISA软件发现8987个简单重复序列(SSRs),二碱基重复SSRs数量最丰富,有5948个,出现频率为66.2‰五碱基重复SSRs相对较少,占1.3%。结论 基于RNA-seq分析获得银线草根茎转录组信息特征及萜类合成代谢通路关键基因,为后期银线草活性成分次生代谢途径解析及调控研究奠定基础。 展开更多
关键词 银线草 转录组 功能基因 代谢通路 简单重复序列 RNA-SEQ
白鲜根转录组高通量测序与数据分析
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作者 李依民 张化为 +5 位作者 陈莹 张明英 刘阿萍 宋小妹 杨新杰 张岗 《中草药》 CSCD 北大核心 2018年第21期4975-4982,共8页
目的 获得白鲜Dictamnus dasycarpus根转录组信息特征。方法 以白鲜根为研究对象,采用Illumina HiSeq^TM 2000 150PE进行高通量转录组测序并进行数据分析。结果 转录组测序共获得69643286条高质量序列(clean reads),Trinity de novo组... 目的 获得白鲜Dictamnus dasycarpus根转录组信息特征。方法 以白鲜根为研究对象,采用Illumina HiSeq^TM 2000 150PE进行高通量转录组测序并进行数据分析。结果 转录组测序共获得69643286条高质量序列(clean reads),Trinity de novo组装获得49050条unigenes,平均长度841nt。BLAST分析显示分别有31636(64.49%)、22367(45.60%)、19246(39.23%)、12595(25.68%)条unigenes在NR、Swiss-port、KOG、KEGG数据库得到注释信息,可归为GO分类的生物过程、细胞组分和分子功能3大类42分支,涉及132个KEGG标准代谢通路,其中包括18个次生代谢标准通路。进一步分析获得90个基因参与多种生物碱生物合成通路。蛋白编码框序列1908个,高等植物转录因子55个家族;借助MISA软件发现4579个SSRs,三碱基重复最丰富,有2021个,出现频率为44.1‰‘五碱基重复SSRs仅占3.5%。结论 利用高通量测序技术获得白鲜根转录组信息特征,为后期白鲜基因功能鉴定、次生代谢途径解析及其调控机制研究奠定基础。 展开更多
关键词 白鲜 转录组 功能基因 代谢通路 简单重复序列
基于高通量测序技术的黄三七根茎转录组数据分析
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作者 李依民 彭亮 +5 位作者 杨冰月 张明英 任瀛 程虎印 吴海峰 张岗 《中草药》 CSCD 北大核心 2018年第21期4983-4990,共8页
目的 获得黄三七Souliea vaginata根茎转录组信息特征。方法 以黄三七根茎为对象,采用二代高通量测序平台Illumina HiSeq^TM 2000 150PE进行转录组测序并进行系统的生物信息学分析。结果 转录组测序分析共获得63322086条高质量序列(clea... 目的 获得黄三七Souliea vaginata根茎转录组信息特征。方法 以黄三七根茎为对象,采用二代高通量测序平台Illumina HiSeq^TM 2000 150PE进行转录组测序并进行系统的生物信息学分析。结果 转录组测序分析共获得63322086条高质量序列(clean reads),Trinity de novo组装获得52575个unigenes,平均长度909nt。BLAST分析显示分别有28842(54.86%)、10712(20.37%)、9245(17.58%)、11559(21.99%)条unigenes在NR、Swiss-port、KOG、KEGG数据库得到注释信息,可归为GO分类的生物过程、细胞组分和分子功能3大类45分支,涉及126个KEGG标准代谢通路,其中包括17个次生代谢标准通路。蛋白编码框序列2215个,包含高等植物转录因子55个家族;借助MISA软件发现4609个SSRs,三碱基重复SSRs数量最丰富,有2106个;出现频率为45.7%,五碱基重复SSRs相对较少,占2.9%。结论 利用高通量测序技术和生物信息分析获得黄三七根茎转录组信息特征,为后期黄三七功能基因鉴定、次生代谢途径解析及其调控机制研究奠定基础。 展开更多
关键词 黄三七 转录组 功能基因 代谢通路 简单重复序列
烟草疫霉SSR分子标记的开发与初步应用
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作者 崔林开 高鹏飞 +3 位作者 刘精精 康业斌 胡艳红 赵启美 《植物病理学报》 CSCD 北大核心 2018年第4期474-481,共8页
为开发烟草疫霉的SSR分子标记,利用MISA软件搜索烟草疫霉基因组序列中的SSR位点,共发现1311个SSR位点,优势SSR位点为二核苷酸和三核苷酸,分别占总SSR位点的56.45%和39.36%;根据分析到的SSR位点使用Primer 5.0软件设计48对SSR引物,以7株... 为开发烟草疫霉的SSR分子标记,利用MISA软件搜索烟草疫霉基因组序列中的SSR位点,共发现1311个SSR位点,优势SSR位点为二核苷酸和三核苷酸,分别占总SSR位点的56.45%和39.36%;根据分析到的SSR位点使用Primer 5.0软件设计48对SSR引物,以7株烟草疫霉的DNA为模板对这些引物进行筛选,共获得扩增条带清晰且具有多态性的SSR引物20对,然后使用其中的6对SSR对32株烟草疫霉进行UPGMA聚类分析,遗传相似系数在0.60~1.00之间,在相似系数0.70水平上,可将其划分为3个类群,类群Ⅰ包含29个菌株,类群Ⅱ包含1个菌株,类群Ⅲ包含2个菌株,显示出较低的遗传分化水平。这些SSR引物的开发将为研究我国烟草疫霉的遗传多样性、群体遗传结构以及遗传图谱构建等奠定基础。 展开更多
关键词 烟草疫霉 SSR 筛选 聚类分析
Identification of stably expressed QTL for resistance to black shank disease in tobacco(Nicotiana tabacum L.) line Beinhart 1000-1 预览
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作者 Yusheng Zhang Xuan Guo +10 位作者 Xingxing Yan Min Ren Caihong Jiang Yazeng Cheng Liuying Wen Dan Liu Yu Zhang Mingming Sun Quanfu Feng Aiguo Yang Lirui Cheng 《作物学报:英文版》 CAS CSCD 2018年第3期282-290,共9页
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黄河三角洲互花米草的遗传变异和扩散
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作者 张俪文 赵亚杰 +6 位作者 王安东 冯光海 宋建彬 谢宝华 韩广轩 吕卷章 朱书玉 《湿地科学》 CSCD 北大核心 2018年第1期1-8,共8页
互花米草(Spartina alternifora)自1990年被引种到黄河三角洲后,快速扩张,已经威胁了该地区潮间带的生态安全。研究黄河三角洲互花米草群体的遗传变异,拟从遗传进化角度了解其扩散机制,以期为防控和管理互花米草扩张提供科学依据。利... 互花米草(Spartina alternifora)自1990年被引种到黄河三角洲后,快速扩张,已经威胁了该地区潮间带的生态安全。研究黄河三角洲互花米草群体的遗传变异,拟从遗传进化角度了解其扩散机制,以期为防控和管理互花米草扩张提供科学依据。利用了13对微卫星分子标记,对黄河三角洲4个互花米草群体(群体1~群体4的位置分别在一千二、大汶流、五号桩、黄河口)中共160个个体进行了遗传多样性和遗传结构分析。研究结果表明,黄河三角洲互花米草具有较高的遗传多样性,每个位点平均观察等位基因数(Na)为(7.385±2.256),平均有效等位基因数(Ne)为(3.636±1.102),Nei’s基因多样性指数为(0.700±0.094),Shannon信息指数为(1.453±0.343),多态位点百分率为100%。群体1的Na、Ne、Nei’s基因多样性指数和Shannon信息指数都最小,而其它3个群体的遗传多样性水平相似。但是,4个群体间存在中等的遗传分化(群体分化率Fst=0.121),群体间总的基因流也处于中等水平(Nm=1.825)。群体1、群体2和群体3之间的遗传一致度最高,而群体4和其它3个群体间的遗传一致度都比较低。已知群体3是黄河三角洲唯一被引种的互花米草群体,是扩散的源头,根据4个群体的遗传结构,本研究推测互花米草先从群体3扩散到群体4,再从群体3扩散到群体1和群体2,扩散顺序与地理距离不相关,说明互花米草的种子通过海水传播可以实现跳跃式长距离扩散。因此,研制和施用环境友好型药物,使互花米草种子败育,可能是控制互花米草入侵的一种途径。 展开更多
关键词 黄河三角洲 互花米草 微卫星分子标记 遗传多样性 遗传结构 扩散
云芝全基因组SSR位点分布及比较分析
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作者 曹云 张延召 +3 位作者 程抒劼 沈文静 宁露 徐海根 《菌物学报》 CSCD 北大核心 2017年第11期1524-1542,共19页
本研究采用生物信息学方法统计分析了云芝基因组中SSR位点的数量、分布及频率等信息,对云芝基因组中含SSR的基因进行了功能注释,与其他5种伞菌纲真菌(双孢蘑菇、黑管孔菌、红缘拟层孔菌、金针菇和鲜红密孔菌)基因组进行了比较。结... 本研究采用生物信息学方法统计分析了云芝基因组中SSR位点的数量、分布及频率等信息,对云芝基因组中含SSR的基因进行了功能注释,与其他5种伞菌纲真菌(双孢蘑菇、黑管孔菌、红缘拟层孔菌、金针菇和鲜红密孔菌)基因组进行了比较。结果发现云芝基因组中共有1 224个SSR位点,相对丰度为27个/Mb,三核苷酸重复类型分布最频繁。其中编码基因序列中包含299个SSR,仅次于基因间区,但是在非编译区、基因间区和内含子中SSR分布更加频繁。通过与nr数据库比对,485个含SSR的基因获得注释,其中115个基因通过GO注释到分子功能、生物进程及细胞组分3类中,108个基因通过KEGG注释到新陈代谢、遗传信息处理、细胞过程和环境信息处理4类中。设计58对引物主要用于物种鉴定,另外23对引物主要用于活性物质代谢研究和辅助育种。与其他伞菌纲真菌相比,云芝所含SSR的数量及相对丰度较低,并证明SSR数量与基因组大小无关,而某些特定的重复类型与GC含量有关。本研究为云芝的种群遗传学及进化研究奠定了理论基础。 展开更多
关键词 微卫星 简单序列重复 多孔菌目 伞菌纲
乌鳢和斑鳢EST序列微卫星信息分析 预览
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作者 谢楠 刘凯 +2 位作者 冯晓宇 姚桂桂 潘彬斌 《淡水渔业》 CSCD 北大核心 2016年第3期16-22,共7页
乌鳢(Channa argus,♂)、斑鳢(Channa maculatus,♀)是杂交鳢"杭鳢1号"的亲本。利用高通量测序技术对乌鳢和斑鳢的肝脏进行转录组测序获得大量EST序列后,利用MISA软件进行微卫星信息分析,结果表明,通过转录组测序获得乌鳢EST序列5... 乌鳢(Channa argus,♂)、斑鳢(Channa maculatus,♀)是杂交鳢"杭鳢1号"的亲本。利用高通量测序技术对乌鳢和斑鳢的肝脏进行转录组测序获得大量EST序列后,利用MISA软件进行微卫星信息分析,结果表明,通过转录组测序获得乌鳢EST序列59 959条,长度45 mb,发现15 428个SSR,出现频率为25.73%;获得斑鳢EST序列44 337条,长度27 mb,发现8 439个SSR,出现频率为19.03%。在乌鳢和斑鳢EST-SSR中,重复单元以1~2碱基重复为最多,并以长度小于16 bp的短重复序列为主,间隔SSR和复合SSR的EST序列RPKM均值要低于单纯型SSR的EST序列RPKM均值,且在单纯型SSR中SSR长度越长,其RPKM均值则越低。 展开更多
关键词 乌鳢(Channa argus) 斑鳢(Channa maculatus) EST序列 微卫星
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苦瓜性别相关SSR和SRAP分子标记的筛选及分析
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作者 王国莉 陈勇智 +6 位作者 冉梦莲 何凤芳 佘美纯 陈丽珊 龚冠平 冯荣华 刘晓诗 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2016年第7期1764-1771,共8页
为揭示苦瓜雌雄花芽基因组间的分子差异,参照BSA法原理,构建了普通苦瓜雌雄花芽的DNA池和不同性型苦瓜雌雄花芽的DNA池,从26对SSR引物和30对SRAP引物中筛选特异引物对这些基因池进行差异性扩增。分析结果发现,两种标记分别筛选得到9对S... 为揭示苦瓜雌雄花芽基因组间的分子差异,参照BSA法原理,构建了普通苦瓜雌雄花芽的DNA池和不同性型苦瓜雌雄花芽的DNA池,从26对SSR引物和30对SRAP引物中筛选特异引物对这些基因池进行差异性扩增。分析结果发现,两种标记分别筛选得到9对SRAP特异引物和8对SSR特异引物,引物有效率为30%和30.8%。苦瓜雌花芽和雄花芽DNA序列存在差异,SSR标记在分析普通苦瓜花芽DNA池和不同性型苦瓜花芽的DNA池时,多态性比率分别是10.7%和22.5%,SRAP的多态性比率则是7.4%和24.7%。SRAP扩增的雌性花芽的特异条带数较多,SSR分析雌雄花芽却只扩增出雄花芽的特异条带。但这些条带是否与性别表达基因紧密连锁,还需利用不同苦瓜的雌雄花芽DNA进行验证。这一研究结果为揭示苦瓜性别表达的分子机理奠定了基础。 展开更多
关键词 苦瓜 性别表达 性型 相关序列扩增多态性 简单重复序列
棉花育种中黄萎病抗性连锁SSR标记辅助选择的效果 预览 被引量:2
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作者 冯常辉 张友昌 +4 位作者 李国荣 宋志红 孟庆忠 金利容 秦鸿德 《湖北农业科学》 2016年第23期6045-6049,6107共6页
利用长江流域棉花(Gossypium spp.)育种重要亲本苏棉12和荆55173(感黄萎病)与抗黄萎病资源Sicala V1和中21373配制两套感病×抗病杂交组合(苏棉12×Sicala V1和荆55173×中21373),在其杂交组合的自交子代群体中挑选... 利用长江流域棉花(Gossypium spp.)育种重要亲本苏棉12和荆55173(感黄萎病)与抗黄萎病资源Sicala V1和中21373配制两套感病×抗病杂交组合(苏棉12×Sicala V1和荆55173×中21373),在其杂交组合的自交子代群体中挑选与黄萎病抗性相关的9个SSR(Simple sequence repeat)标记实施分子标记辅助选择(Marker-assisted selection,MAS)育种。结果表明,通过单标记选择,8个SSR标记的aa与AA两种基因型个体间的黄萎病校正病情指数(Correction disease index,CDI)差异达到极显著或者显著水平。利用多元逐步回归分析得到的单标记、双标记以及多标记3种筛选方法的效果,结果表明合理采取多个有效标记同时筛选能够提高选择的准确度。 展开更多
关键词 棉花(Gossypium spp.) 黄萎病 标记辅助选择育种 简单重复序列
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SSR数据格式转换软件DataFormater 被引量:15
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作者 樊文强 盖红梅 +3 位作者 孙鑫 杨爱国 张忠锋 任民 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期265-270,共6页
随着分子群体遗传学的快速发展和SSR标记的广泛应用,一些分子群体遗传学分析软件相继问世。但是不同软件的SSR数据输入文件格式并不一致,人工转换费时费力,且易出错。因此,本研究利用Python高级计算机语言开发了SSR分子标记数据格式转... 随着分子群体遗传学的快速发展和SSR标记的广泛应用,一些分子群体遗传学分析软件相继问世。但是不同软件的SSR数据输入文件格式并不一致,人工转换费时费力,且易出错。因此,本研究利用Python高级计算机语言开发了SSR分子标记数据格式转换软件Data Formater。该软件具有友好的图形用户界面,能高效准确的把SSR原始数据快速转换为Popgene、Ntsys、Power Marker、Structure、Tassel、SPAGe Di等常用分子群体遗传学分析软件的输入文件,同时还具过滤稀有等位、过滤无多态位点、用户数据校验等功能。与人工转换相比,Data Formater可大大提高转换的效率和准确性。因此,Data Formater将是分子群体遗传学研究中不可或缺的工具软件。现在用户可以通过Data Formater软件的主页进行下载,网址为:www.ycsjk.com.cn/dataformater/home/,或通过电子邮件renmin@caas.cn索取该软件。 展开更多
关键词 分子群体遗传学 分子标记 SSR 数据格式 软件 Python计算机语言
国审苏丹草和高丹草品种SSR指纹图谱构建及遗传多样性分析 预览 被引量:2
15
作者 王杰 高秋 +3 位作者 杨国锋 孙娟 马金星 冯葆昌 《草地学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期156-164,共9页
利用SSR分子标记技术,从108对引物中筛选出20对在国审10个苏丹草(Sorghum Sudanense)和7个高丹草(Sorghum bicolor×Sorghum sudanense)品种中进行了指纹图谱构建及遗传多样性分析。结果表明:20对引物在17个品种中共扩增出121... 利用SSR分子标记技术,从108对引物中筛选出20对在国审10个苏丹草(Sorghum Sudanense)和7个高丹草(Sorghum bicolor×Sorghum sudanense)品种中进行了指纹图谱构建及遗传多样性分析。结果表明:20对引物在17个品种中共扩增出121条谱带,其中多态性条带有117条,多态性信息含量(PIC)平均为0.703;单对引物能将17个品种区分为2-14个类型,2-5对引物指纹图谱可以将17个品种区分开,可作为鉴别高丹草和苏丹草品种的分子依据;17个品种材料的平均Nei′s基因多样性指数(H)为0.480,平均Shannon多样性信息指数(I)为0.820,品种间的相似系数介于0.58-0.96之间,可见,国审苏丹草和高丹草品种具有丰富的遗传多样性。 展开更多
关键词 苏丹草 高丹草 SSR 指纹图谱 遗传多样性
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砂梨核心种质SSR标准指纹图谱构建 预览 被引量:1
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作者 张靖国 田瑞 +3 位作者 陈启亮 杨晓平 范净 胡红菊 《湖北农业科学》 2015年第24期6284-6290,共7页
砂梨[Pyrus pyrifolia (Burro. f.)Nakai]一般为二倍体植物,染色体基数为17,从分布在砂梨17条不同的染色体上的60对简单序列重复标记(Simple sequerice repeats.SSR)引物中筛选出分剐位于17条染色体的17对多态性引物对97份砂梨... 砂梨[Pyrus pyrifolia (Burro. f.)Nakai]一般为二倍体植物,染色体基数为17,从分布在砂梨17条不同的染色体上的60对简单序列重复标记(Simple sequerice repeats.SSR)引物中筛选出分剐位于17条染色体的17对多态性引物对97份砂梨核心种质进行扩增.共检测到等位基因276个.每对引物检测到的等住基因数在8-26个,平均为16.4个,表明所选引物具有较高的鉴别力。多态信息含量指数(PIC)变幅为0.670(CH03d12)~0.926(CH03d02).平均为0.817,显示出较高的多态性信息,表明砂梨核心种质蕴舍有极为丰富的遗传多样性.具有极高的代表性。试验建立起一套基于SSR分子标记的引物组合与鉴定体系标准.通过反映不同染色体上的遗传信息。在同一平台上可以同时将数百份甚至上千份的品种资源区分开来.这对梨科研、教学及生产中的资源收集保存、品种鉴别、品种权保护具有十分重要的意义。 展开更多
关键词 砂梨[Pyrus pyrifolia (Burro. f.)Nakai] 核心种质 简单序列重复标记 指纹图谱
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毛细管电泳检测技术在糯玉米品种真实性鉴定上的应用 预览 被引量:1
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作者 韩晴 王义发 +5 位作者 潘春丹 沈新芬 沈渊 许梅玲 陆卫平 沈雪芳 《上海农业学报》 CSCD 2015年第3期31-34,共4页
采用 SSR 结合毛细管电泳检测技术,选用20对 SSR 核心引物分析了10份糯玉米参试品种的真实性。结果显示:在10份参试品种中,有8份至少在10对引物位点上表现差异;2份品种间表现相同,差异位点数为0,判为近似品种。表明 SSR 分子标记... 采用 SSR 结合毛细管电泳检测技术,选用20对 SSR 核心引物分析了10份糯玉米参试品种的真实性。结果显示:在10份参试品种中,有8份至少在10对引物位点上表现差异;2份品种间表现相同,差异位点数为0,判为近似品种。表明 SSR 分子标记具备品种间变异可识别性、环境稳定性、准确性等特点,可应用于糯玉米真实性鉴定上。 展开更多
关键词 糯玉米 品种鉴定 毛细管电泳 SSR 标记 指纹技术
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利用SSR分子标记初步分析广西莪术种质资源的遗传多样性 预览 被引量:1
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作者 杨妮 王建 《湖北农业科学》 2015年第10期2408-2411,2415共5页
利用简单重复序列分子标记技术对广西莪术(Curcuma kwangsiensis S.G.Lee et C.F.Liang)种质资源进行了遗传多样性分析。结果表明,筛选出的14对引物在50份广西莪术种质资源中共扩增出78个条带,其中60条呈现多态性,多态性比率为76.92%... 利用简单重复序列分子标记技术对广西莪术(Curcuma kwangsiensis S.G.Lee et C.F.Liang)种质资源进行了遗传多样性分析。结果表明,筛选出的14对引物在50份广西莪术种质资源中共扩增出78个条带,其中60条呈现多态性,多态性比率为76.92%,反映出广西莪术种质资源在分子水平上存在较大的差异;广西莪术不同种质资源间的差异主要由遗传因素决定,但也与环境因素有关。聚类结果将50份广西莪术种质资源分成2大类,揭示了它们之间的遗传差异,这为今后广西莪术优良品种的选育提供了依据。 展开更多
关键词 简单重复序列分子标记 广西莪术(Curcuma kwangsiensis S.G.Lee ET C.F.Liang) 遗传多样性
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基于转录组数据高通量发掘扶桑绵粉蚧微卫星引物 被引量:17
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作者 罗梅 张鹤 +1 位作者 宾淑英 林进添 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期395-400,共6页
【目的】扶桑绵粉蚧PhenacoccussolenopsisTinsley是我国重要的检疫性害虫。简单重复序列(simplesequencerepeat,SSR)研究在遗传图谱和物理图谱的构建、分子标记辅助育种、品种鉴定、基因定位、遗传多样性、动植物分类和进化等方面... 【目的】扶桑绵粉蚧PhenacoccussolenopsisTinsley是我国重要的检疫性害虫。简单重复序列(simplesequencerepeat,SSR)研究在遗传图谱和物理图谱的构建、分子标记辅助育种、品种鉴定、基因定位、遗传多样性、动植物分类和进化等方面具有重要意义。筛选的SSR引物将为扶桑绵粉蚧遗传多样性分析、进化分析及入侵生物学等奠定基础。【方法】利用高通量搜索的方法对扶桑绵粉蚧转录组中28120条unigenes的数据进行搜索。【结果】共找到1781个SSR位点。扶桑绵粉蚧转录组中SSRs的主要重复类型是单核苷酸重复,占SSR总数的89.44%;其次是三核苷酸重复,占SSR总数的7.52%。单核苷酸重复里主要是A/T基序,占了总量的87.42%。基于筛选的SSRs,运用Primer3软件进行引物的批量设计,共有481个unigenes成功设计引物,共设计出1228对引物。【结论】研究表明利用扶桑绵粉蚧转录组数据开发SSR标记是可行的,本研究开发的引物将为扶桑绵粉蚧遗传多样性分析、进化分析及入侵生物学等奠定基础。 展开更多
关键词 扶桑绵粉蚧 转录组 简单重复序列 微卫星DNA 引物
黑龙江省粳稻种质资源遗传结构分析 被引量:2
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作者 徐振华 金正勋 +4 位作者 张忠臣 刘海英 曲莹 王俊 郑艳双 《作物杂志》 CSCD 北大核心 2014年第1期38-44,共7页
选用分布于水稻12条染色体上多态性好的44对SSR引物,对黑龙江省近年主栽品种和其他省份粳稻及国外粳稻品种共96份材料进行遗传多样性和群体结构分析,旨在了解黑龙江省水稻品种遗传结构和亲缘关系。结果表明,44对SSR引物共检测到141... 选用分布于水稻12条染色体上多态性好的44对SSR引物,对黑龙江省近年主栽品种和其他省份粳稻及国外粳稻品种共96份材料进行遗传多样性和群体结构分析,旨在了解黑龙江省水稻品种遗传结构和亲缘关系。结果表明,44对SSR引物共检测到141个等位基因,每个位点1—5个,平均3.2个;遗传相似系数(GS)变化范围为0.46~0.97,平均0.77;试验中第1、2、4、6号染色体SSR位点多态性高,而第12条染色体SSR位点多态性低;利用SSR标记分析数据和STRUCTURE2.2软件分析,全部供试品种可划分为7个亚群,分别命名为POP1,POP2,POP3,POP4,POP5,POP6和POP7;STRUCTURE模型群体结构分析与Nei’S遗传距离构建邻位相连聚类图分析结果基本一致。 展开更多
关键词 粳稻 种质资源 遗传结构 SSR分子标记
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