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桥蛋白基因对膀胱尿路上皮癌预后评估的意义及功能研究 预览
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作者 曾梓航 李佳丽 +5 位作者 刘嘉彬 李硕 张冉 孟详喻 李胜 杜雪晴 《临床内科杂志》 CAS 2019年第1期19-22,共4页
目的 通过生物信息学方法对桥蛋白基因(GPHN)进行功能探讨,分析其药物敏感性,并通过生存分析判断其在膀胱尿路上皮癌(BLCA)预后评估中的意义.方法 在TCGA数据库获取BLCA的mRNA测序(mRNA-seq)及相应临床数据;利用R语言Survival程序包对G... 目的 通过生物信息学方法对桥蛋白基因(GPHN)进行功能探讨,分析其药物敏感性,并通过生存分析判断其在膀胱尿路上皮癌(BLCA)预后评估中的意义.方法 在TCGA数据库获取BLCA的mRNA测序(mRNA-seq)及相应临床数据;利用R语言Survival程序包对GPHN表达运用Kaplan-Meier法及Cox回归进行生存分析;联合基因表达文库数据库(GEO)多数据集对不同GPHN表达的BLCA患者进行Meta分析;对GPHN差异表达基因(DEGs)进行基因本体(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析;利用GSCALite工具获取基因与药物敏感的相关性信息.结果 生存分析显示GPHN表达对BLCA患者生存有显著影响(Kaplan-Meier法HR=1.735,P=0.004;Cox回归HR=1.002,P=0.002);富集出有关GO的生物功能条目172个,KEGG通路1条,均与肿瘤相关;GPHN对TGX221、AZD6482、XMD8-85、Salubrinal、Cyclopamine、A-770041药物敏感.结论 GPHN与BLCA的预后显著相关,其在BLCA中具有重要功能,可能作为其预后判断的生物标记物. 展开更多
关键词 膀胱尿路上皮癌 生物信息学 TCGA GEO GPHN 富集分析
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