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龙眼Dlf3h基因的克隆、表达及其生物信息学分析
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作者 郑威 董学明 +4 位作者 张秋颖 于雪飞 陈宁 季宇彬 李文兰 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第15期4944-4953,共10页
本研究应用聚合酶链式反应(PCR)技术对龙眼黄烷酮-3-羟化酶基因(Dlf3h)进行克隆;运用实时荧光定量PCR (Quantitative real time PCR)技术对Dlf3h基因在龙眼根、茎、叶组织中的表达进行分析;采用生物信息学方法对Dlf3h蛋白理化性质、信... 本研究应用聚合酶链式反应(PCR)技术对龙眼黄烷酮-3-羟化酶基因(Dlf3h)进行克隆;运用实时荧光定量PCR (Quantitative real time PCR)技术对Dlf3h基因在龙眼根、茎、叶组织中的表达进行分析;采用生物信息学方法对Dlf3h蛋白理化性质、信号肽、亚细胞定位、亲疏水性、二级结构、三级结构等进行预测。结果表明:成功克隆获得一条长度为1 098 bp的Dlf3h基因,由366个氨基酸组成;该基因在根中表达量最高,其次为叶,在茎中表达量最低;生物信息学分析表明Dlf3h没有信号肽和跨膜结构,是一种可溶性亲水蛋白,定位于细胞核内;二级结构元件主要由α-螺旋和无规则卷曲组成,具有卷曲螺旋;Ramachandran评估表明应用SWISS-MODEL构建的三级结构模型可靠,其配体结合位点为217 His和275 His。本研究结果为进一步研究龙眼类黄酮合成的分子调控机制提供依据。 展开更多
关键词 龙眼(Dimocarpus longan) Dlf3h 生物信息学分析 基因克隆 表达分析
薄荷柠檬烯-6-羟化酶基因(MhL60H)的克隆与表达分析 预览
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作者 陈吟 亓希武 +3 位作者 徐东北 陈泽群 房海灵 梁呈元 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期25-31,共7页
从薄荷(Mentha haplocalyx Briq.)叶cDNA中克隆到1个参与精油合成的柠檬烯-6-羟化酶基因,命名为MhL6OH,编码的蛋白质为MhL6OH。序列分析结果表明:该基因蛋白质编码区(CDS)全长1 479 bp,编码492个氨基酸残基;MhL6OH蛋白的理论相对分子质... 从薄荷(Mentha haplocalyx Briq.)叶cDNA中克隆到1个参与精油合成的柠檬烯-6-羟化酶基因,命名为MhL6OH,编码的蛋白质为MhL6OH。序列分析结果表明:该基因蛋白质编码区(CDS)全长1 479 bp,编码492个氨基酸残基;MhL6OH蛋白的理论相对分子质量为55 855.69,理论等电点为pI 8.71,其二级结构中α-螺旋、无规则卷曲、延伸链和β-转角的比例分别为51.02%、30.49%、12.40%和6.10%,且该蛋白质含有保守的细胞色素P450结构域,说明薄荷MhL6OH蛋白属于CYP71家族的D亚家族。多重序列比对结果表明:薄荷MhL6OH蛋白与椒样薄荷(M.piperita Linn.)MpL6OH蛋白和留兰香(M.spicata Linn.)MsL6OH蛋白的氨基酸序列高度相似,均具有细胞色素P450的血红素结合区;并且,MhL6OH蛋白与MpL6OH蛋白底物识别位点(SRS)的序列相似性更高,二者的SRS2、SRS3、SRS5和SRS6序列完全相同,仅分别在SRS1和SRS4序列上存在1个氨基酸差异,说明MhL6OH蛋白与MpL6OH蛋白可能具有相似的底物识别特异性。系统进化树分析结果表明:薄荷与椒样薄荷的亲缘关系最近。组织表达特性分析结果显示:MhL6OH基因的相对表达量在薄荷叶中最高,并远高于其在茎和根中的相对表达量。原核表达分析结果显示:MhL6OH蛋白能够在大肠杆菌[Escherichia coli(Migula) Castellani et Chalmers]中高量表达,且其表达量随诱导时间延长而逐渐增大。研究结果显示:薄荷MhL6OH基因组织表达模式与其精油分布一致,MhL6OH蛋白底物识别位点的特异性可能是薄荷醇为薄荷精油主要成分的重要原因。 展开更多
关键词 薄荷 柠檬烯-6-羟化酶基因(MhL6OH) 基因克隆 生物信息学分析 组织表达特性 原核表达分析
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大豆凝集素类受体激酶家族全基因组学分析
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作者 孙仔妹 田园芳 +3 位作者 刘润燕 王鸿斌 张岚 袁敏 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第10期3137-3144,共8页
植物凝集素类受体激酶(LecRLKs)是一种重要的类受体蛋白激酶,广泛参与植物激素信号转导、胁迫反应、植株生长发育、生物固氮等多种生理生化反应。本研究对大豆中的GmLecRLKs基因家族进行了全基因组水平上的分析,在大豆中共找到205个GmLe... 植物凝集素类受体激酶(LecRLKs)是一种重要的类受体蛋白激酶,广泛参与植物激素信号转导、胁迫反应、植株生长发育、生物固氮等多种生理生化反应。本研究对大豆中的GmLecRLKs基因家族进行了全基因组水平上的分析,在大豆中共找到205个GmLecRLKs家族成员,分布在19条染色体上;根据其含有的特征结构域不同,这些成员被分为L型、G型和C型三个亚家族;每个亚家族成员在结构域类型上有其各自的特点;GmLecRLKs基因在进化过程中比较保守,但在个别位点氨基酸受到了正选择作用。该研究结果对于深入了解LecRLKs家族在大豆中的进化规律和生物学功能具有十分重要的意义。 展开更多
关键词 大豆 凝集素类受体激酶 生物信息学分析 基因家族
水稻OsPPDK基因的克隆及生物信息学分析 预览 被引量:1
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作者 杨艳玲 何雅婷 +3 位作者 李亚男 居超明 徐国成 陈建国 《湖北大学学报:自然科学版》 CAS 2019年第1期32-38,共7页
利用比较基因组学方法,通过小麦TaNAM基因序列来设计引物,在早衰水稻品系金23B中寻找TaNAM的同源基因.对获得的cDNA片段进行序列比对分析,发现其与丙酮酸磷酸双激酶(Pyruvate phosphate dikinase,PPDK)基因高度同源,因此将其命名为OsPPD... 利用比较基因组学方法,通过小麦TaNAM基因序列来设计引物,在早衰水稻品系金23B中寻找TaNAM的同源基因.对获得的cDNA片段进行序列比对分析,发现其与丙酮酸磷酸双激酶(Pyruvate phosphate dikinase,PPDK)基因高度同源,因此将其命名为OsPPDK(Oryza sativa PPDK).为进一步探索OsPPDK基因的功能及其与叶片衰老的关系,根据水稻预测OsPPDK基因序列设计特异性引物,利用RT-PCR技术克隆出OsPPDK基因的编码区,并进行生物信息学分析.结果表明:该基因全长为3 515 bp,包含一个完整的ORF,编码区长2 844 bp,编码947个氨基酸,分子量为102.79 kD,所编码的氨基酸序列与其他已知的植物来源的PPDK基因相比,相似性大多在80%以上.在PPDK基因所编码的氨基酸序列中,发现了一个PEP利用酶位点信号,3个N-糖基化位点和15个酪蛋白激酶II磷酸化位点,12个蛋白激酶C磷酸化位点,2个酪氨酸激酶磷酸化位点和一个PEP利用酶位点.同时推测出多肽链中有规则重复的构象,并同源建模PPDK蛋白整条肽链的三维空间结构. 展开更多
关键词 水稻 OsPPDK基因 基因克隆 生物信息学分析
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不同品种灰毡毛忍冬ACS3基因克隆、表达及生物信息学分析
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作者 刘畅宇 陈勋 +4 位作者 陈娅 龙雨青 童巧珍 刘湘丹 周日宝 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期2154-2164,共11页
目的分别克隆灰毡毛忍冬野生型与湘蕾型ACS3基因,并进行生物信息学和表达模式分析。方法筛选灰毡毛忍冬转录组数据库中与ACS蛋白同源性较高的Unigene序列,设计引物,利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)及RACE技术对该Unigene进行全长克隆;用... 目的分别克隆灰毡毛忍冬野生型与湘蕾型ACS3基因,并进行生物信息学和表达模式分析。方法筛选灰毡毛忍冬转录组数据库中与ACS蛋白同源性较高的Unigene序列,设计引物,利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)及RACE技术对该Unigene进行全长克隆;用生物信息学软件分析蛋白的理化性质、结构域和同源性等特性;借助qRT-PCR检测1-氨基环丙烷-1-羧酸合酶(ACS3)基因在不同品种、不同花期灰毡毛忍冬中表达模式。结果从灰毡毛忍冬野生品种及湘蕾品种中分别克隆得Lm-ACS3(GenBank:MH724196)及Lm-XL-ACS3(GenBank:MH724197),开放阅读框长度均为1452bp,编码483个氨基酸,包含保守的Aminotran12结构域,与其他植物的ACC合酶具较高相似度;qRT-PCR结果显示,野生型ACS3基因不同花期间表达差异显著,从花期3开始呈整体明显上升趋势,湘蕾型中花期间表达差异相对较小。结论分别克隆得到灰毡毛忍冬野生型和湘蕾型ACS3基因,该基因在2品种中具不同表达模式;推测ACS3基因或为导致灰毡毛忍冬不同品种间差异表型的可能功能基因之一,为进一步验证该基因在调控蕾期长短及花表型的生物学功能提供实验基础。 展开更多
关键词 灰毡毛忍冬 乙烯生物合成 1-氨基环丙烷-1-羧酸合酶 基因克隆 生物信息学 实时荧光定量PCR
粘毛黄芩SvFNSⅡ-2基因克隆及生物信息学分析
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作者 李霞 胡丹妮 +2 位作者 白成科 赵妮平 梁辉 《中药材》 CAS 北大核心 2019年第1期37-44,共8页
目的:克隆获得粘毛黄芩中黄芩苷合成关键酶黄酮合成酶Ⅱ-2基因(FNSⅡ-2)全长,并进行生物信息学分析。方法:以粘毛黄芩总RNA为模板,采用RACE技术和序列克隆相结合的方法,获得粘毛黄芩FNSⅡ-2基因的cDNA完全编码序列并进行生物信息学分析... 目的:克隆获得粘毛黄芩中黄芩苷合成关键酶黄酮合成酶Ⅱ-2基因(FNSⅡ-2)全长,并进行生物信息学分析。方法:以粘毛黄芩总RNA为模板,采用RACE技术和序列克隆相结合的方法,获得粘毛黄芩FNSⅡ-2基因的cDNA完全编码序列并进行生物信息学分析;采用实时定量(qPCR)和高效液相色谱技术(HPLC)测定粘毛黄芩采收期不同部位FNSⅡ-2的表达量及黄芩苷的含量,并对二者进行回归及相关性分析。结果:获得SvFNSⅡ-2基因ORF区长度为1 518 bp(GenBank ID:MG737856),编码氨基酸505个,包含3个高度保守区域,分析预测编码稳定的亲水性蛋白为游离核糖体合成的胞内膜结合蛋白,二、三级结构均以α-螺旋为主体,且包含有多个磷酸化位点;qPCR和HPLC结果显示,SvFNSⅡ-2基因的表达和黄芩苷含量在根、茎、叶中均存在极显著差异(P<0.01),而且不同部位间SvFNSⅡ-2基因表达量和黄芩苷含量呈极显著正相关关系(r=0.999,P<0.01)。结论:首次克隆获得SvFNSⅡ-2基因cDNA全长,初步证明SvFNSⅡ-2是粘毛黄芩黄芩苷合成途径中重要的调控关键基因,为揭示黄芩苷分子合成机制及调控研究奠定了基础。 展开更多
关键词 粘毛黄芩 黄酮合成酶Ⅱ-2 基因克隆 生物信息学分析 基因表达
苏云金芽胞杆菌XL6 BTXL6_11095基因对生物被膜相关表型的调控 预览
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作者 马胜龙 凡肖 +7 位作者 姚俊敏 吴华川 束长龙 商铭达 张韶芮 杨郑豪 关雄 黄天培 《中国生物防治学报》 CSCD 北大核心 2019年第1期53-62,共10页
在细菌生物被膜(bacterial biofilm, BBF)状态下,细菌往往具有更强的抗紫外线能力、环境适应性和耐药性。本课题组在前期工作中通过转座子插入突变强生物被膜产生菌苏云金芽胞杆菌(Bacillus thuringiensis,Bt)XL6,筛选出了一个可能调控... 在细菌生物被膜(bacterial biofilm, BBF)状态下,细菌往往具有更强的抗紫外线能力、环境适应性和耐药性。本课题组在前期工作中通过转座子插入突变强生物被膜产生菌苏云金芽胞杆菌(Bacillus thuringiensis,Bt)XL6,筛选出了一个可能调控生物被膜的基因BTXL611095。本文以该基因为研究对象,通过生物信息学手段分析该基因功能,构建了BTXL611095基因敲除菌株,并对其生物被膜相关表型进行了分析。生物信息学分析结果表明BTXL611095基因的结构域为PAS-GGDEF-GGDEF-EAL。生物被膜相关表型分析表明,与野生菌株相比,基因敲除菌株的生长曲线基本不变,群游能力上升,生物被膜形成能力减弱、UV-B抗性降低。本研究通过对BTXL611095基因表型变化综合评估,从功能角度揭示此基因对Bt XL6生物被膜相关表型的影响,为进一步解析Bt XL6生物被膜调控网络和构建高抗UV的工程生物被膜奠定了基础。 展开更多
关键词 生物被膜 苏云金芽胞杆菌 基因敲除 生物信息学分析
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布渣叶糖基转移酶MpUGT1基因cDNA克隆及生物信息学和表达分析
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作者 张初梅 何卓儒 +3 位作者 林爽 潘天玲 袁旭江 李坤平 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期2137-2143,共7页
UGT催化的糖基转移反应对合成黄酮苷类至关重要。为探究影响布渣叶黄酮苷生物合成的糖基转移酶,本研究参考布渣叶转录组数据,设计特异性引物,采用RT-PCR法对布渣叶中的UDP-葡萄糖基转移酶(UDP-glucosyltransferase, UGT)基因MpUGT1的编... UGT催化的糖基转移反应对合成黄酮苷类至关重要。为探究影响布渣叶黄酮苷生物合成的糖基转移酶,本研究参考布渣叶转录组数据,设计特异性引物,采用RT-PCR法对布渣叶中的UDP-葡萄糖基转移酶(UDP-glucosyltransferase, UGT)基因MpUGT1的编码区进行克隆,并通过在线服务器分析该基因的生物信息学特性;利用实时荧光定量PCR方法检测了MpUGT1基因在布渣叶的芽、叶、枝、果、花不同部位的表达情况。结果表明,本研究克隆得到的布渣叶MpUGT1基因,其cDNA全长为1 397 bp,ORF 1 377 bp,编码458个氨基酸,GenBank登陆号为KY652922。生物信息学预测分析该基因编码蛋白质分子式为C2324H3643N603O671S18,相对分子质量为51 kD,理论等电点(PI)为5.99,不稳定系数为43.81,亲水性系数为-0.105。该蛋白没有跨膜结构域,含有UDP-葡萄糖醛酸/UDP-葡萄糖基转移酶家族保守结构域,不含信号肽,定位于叶绿体。RT-qPCR组织特异性表达分析结果表明MpUGT1在芽、叶、枝、果、花中均有表达,且叶的表达量最高。系统进化树分析显示Mp UGT1与同科植物黄麻、长蒴黄麻等同源UGT的相似度最高,均达到了约80%;上述结果为进一步研究该基因在布渣叶黄酮苷生物合成中的作用奠定了基础。 展开更多
关键词 布渣叶 糖基转移酶基因(UGT) 黄酮苷 基因克隆 生物信息学分析
维氏气单胞菌TH0426株ompW基因的克隆、生物信息学分析及其原核表达
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作者 赵泽林 单晓枫 +5 位作者 田磊 康元环 张冬星 田佳鑫 徐洋 钱爱东 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期1545-1550,共6页
为研究维氏气单胞菌(Aeromonas veronii)ompW基因的生物信息学特性及相关功能,试验克隆了维氏气单胞菌ompW基因片段,通过生物信息学软件分析其编码蛋白的理化性质、疏水性、信号肽、跨膜区、二级及三级结构,并对其进行原核表达及反应原... 为研究维氏气单胞菌(Aeromonas veronii)ompW基因的生物信息学特性及相关功能,试验克隆了维氏气单胞菌ompW基因片段,通过生物信息学软件分析其编码蛋白的理化性质、疏水性、信号肽、跨膜区、二级及三级结构,并对其进行原核表达及反应原性检测。结果显示,ompW基因全长594 bp,编码197个氨基酸,TH0426株ompW基因与A.veronii B5B6株属于同一分支;该蛋白属于外膜蛋白,在19~29位氨基酸之间有一个典型的疏水区域,不存在跨膜区、信号肽,二级结构以β折叠与无规则卷曲为主。Western blot结果显示OmpW重组蛋白能与鼠抗维氏气单胞菌(A.veronii)TH0426株血清发生特异性结合。综上,OmpW重组蛋白具有一定的免疫原性,为进一步研究A.veronii疫苗奠定基础。 展开更多
关键词 维氏气单胞菌 ompW基因 生物信息学分析
苹果L-LEC-RLK基因家族鉴定及响应病原真菌信号的表达分析
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作者 田丹 朵虎 +2 位作者 刘河 吕前前 左存武 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期421-432,共12页
以L型类凝集素(Lectin-LegB;Pfam:PF00139)和激酶(Pkinase;Pfam:PF00069)保守域全蛋白序列为种子序列,鉴定了苹果(Malus×domestica Borkh.)L型类凝集素类受体激酶(L-LectinReceptor-like kinase,L-LEC-RLK)家族成员,并对其理化性... 以L型类凝集素(Lectin-LegB;Pfam:PF00139)和激酶(Pkinase;Pfam:PF00069)保守域全蛋白序列为种子序列,鉴定了苹果(Malus×domestica Borkh.)L型类凝集素类受体激酶(L-LectinReceptor-like kinase,L-LEC-RLK)家族成员,并对其理化性状、进化特征、亚细胞定位、染色体位置和表达模式进行分析。通过鉴定,共获得41个成员,其氨基酸序列大小介于423~1 291 aa,分子量介于47.12~143.27 kD,等电点介于5.50~8.91,其中28个成员位于质膜。根据进化分析将拟南芥、水稻、马铃薯、杨树和苹果等5个物种的L-LEC-RLKs分为8个亚组,苹果L-LEC-RLKs分布于亚组Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅴ、Ⅵ和Ⅷ。染色体位置分析表明苹果L-LEC-RLKs存在多个串联重复。该家族成员在不同组织中存在多样化的表达模式。27个成员在苹果接种腐烂病菌(Valsa mali,Vm)或斑点落叶病菌(Alternaria alternata apple pathotype,AAAP)后存在差异表达。其中,MD15G1226500和MD14G1055200的表达量在两种病害发生后都发生了显著的差异。以上差异基因可作为进一步开展抗病研究和功能分析的候选基因。 展开更多
关键词 苹果 L-LEC-RLK 生物信息学分析 苹果腐烂病 苹果斑点落叶病
HPV阳性口咽癌患者预后与T细胞浸润和新抗原负荷相关性分析 预览
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作者 卢涣滋 王迪侃 王智 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期725-735,共11页
口咽癌是头颈鳞癌中重要的癌种之一,与人类乳头瘤状病毒(human papillomavirus, HPV)感染有关,其发病率逐年上升。但在临床治疗过程发现,HPV 阳性口咽癌患者整体预后好于 HPV 阴性患者。目前,导致这一现象发生的分子机制尚不明确。本研... 口咽癌是头颈鳞癌中重要的癌种之一,与人类乳头瘤状病毒(human papillomavirus, HPV)感染有关,其发病率逐年上升。但在临床治疗过程发现,HPV 阳性口咽癌患者整体预后好于 HPV 阴性患者。目前,导致这一现象发生的分子机制尚不明确。本研究利用 TCGA 数据库,对 HPV 阳性和阴性患者的免疫细胞浸润和效应功能以及新抗原负荷进行了生物信息学分析。结果发现,HPV 阳性患者的总体生存率比 HPV 阴性患者显著提高。对肿瘤组织中的免疫细胞相对丰度进行分析显示,HPV 阳性患者的 CD8+ T 细胞较 HPV 阴性患者显著提高,其效应分子 IFN-γ和 Granzyme B 表达量显著升高。同时对新抗原数目进行分析发现,HPV 阳性患者肿瘤组织中新抗原较 HPV 阴性患者低。本研究结果为 HPV 相关口咽癌的治疗提供了一定的基础理论支撑。 展开更多
关键词 口咽癌 人类乳头瘤状病毒 生物信息学分析 T细胞浸润 新抗原负荷
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矮牵牛PhABCG26基因克隆及花药特异性表达分析 预览
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作者 李娅 杜菊花 +4 位作者 江海燕 李玉立 胡惠蓉 王良桂 岳远征 《东北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期27-34,共8页
以矮牵牛为试验材料,结合前期矮牵牛花药转录组数据库信息,通过PCR克隆从矮牵牛花药中获得ABCG26基因cDNA全长,该基因开放阅读框2091bp,编码696个氨基酸。通过生物信息学分析发现,PhABCG26蛋白是一类典型的ABCG半分子转运蛋白,具有跨膜... 以矮牵牛为试验材料,结合前期矮牵牛花药转录组数据库信息,通过PCR克隆从矮牵牛花药中获得ABCG26基因cDNA全长,该基因开放阅读框2091bp,编码696个氨基酸。通过生物信息学分析发现,PhABCG26蛋白是一类典型的ABCG半分子转运蛋白,具有跨膜结构,无信号肽,预测定位于细胞质膜上。系统进化分析表明,PhABCG26与其同科烟草、辣椒、番茄以及马铃薯ABCG家族亲缘关系较近。荧光定量qRT-RCR发现PhABCG26基因为矮牵牛花药组织特异性表达基因,花药发育前期表达量较高。研究结果为进一步探究该基因功能及培育矮牵牛雄性不育系植株奠定基础。 展开更多
关键词 矮牵牛 PhABCG26 基因克隆 生物信息学分析 花药特异性
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转移性前列腺癌生物信息学分析 预览
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作者 李强 王喻 +2 位作者 黄东红 余刚 陈桂芳 《医学综述》 2019年第14期2879-2885,2892共8页
目的 利用生物信息学方法分析前列腺癌基因表达谱芯片及测序数据,筛选前列腺癌差异表达基因及其转移相关的基因。方法 前列腺癌转移相关数据取自基因芯片公共数据库(GSE6919),前列腺癌及正常组织数据取自癌症基因组图谱数据库(TCGA)。利... 目的 利用生物信息学方法分析前列腺癌基因表达谱芯片及测序数据,筛选前列腺癌差异表达基因及其转移相关的基因。方法 前列腺癌转移相关数据取自基因芯片公共数据库(GSE6919),前列腺癌及正常组织数据取自癌症基因组图谱数据库(TCGA)。利用R语言、SRTING、Cytoscape等软件对两个数据集进行组间差异分析、基因模块聚类分析和富集分析等。结果 TCGA数据集中差异基因共3 336个(上调1 161个,下调2 175个),GSE6919数据集中差异表达基因共758个(上调370个,下调388个),取交集后得到基因206个。对206个基因分别进行相关性分析并取交集,最终得到14个基因(MYLK、ACTA2、MYH11、TPM1、LMOD1、CALD1、FLNA、RND3、PPP1R12B、KCNMB1、CHRDL1、CSRP1、SPARCL1、SYNM)。对这14个基因进行富集分析,发现其主要富集到血管平滑肌收缩、局部黏着、Apelin信号通路、催产素信号通路、环鸟苷酸蛋白激酶G信号通路中,蛋白互作网络分析发现10个基因间存在相互作用,并且MYH11、MYLK和ACTA2是其中的关键基因。前列腺增生组、局限性前列腺癌组、转移性前列腺癌组的免疫组织化学染色评分分别为(7.43±0.49)分、(4.85±0.22)分、(2.66±0.27)分,各组比较差异有统计学意义(P<0.01)。Gleason评分≥7分的患者ACTA2低表达率高于Gleason评分<7分的患者(P<0.05);转移性前列腺癌患者ACTA2低表达率高于局限性前列腺癌患者(P<0.05)。结论 前列腺癌的发生、发展存在复杂的调控网络,生物信息学分析可以从中筛选出有效信息,为进一步研究前列腺癌分子机制提供思路和理论基础。 展开更多
关键词 前列腺癌 转移 公共数据库 生物信息学分析 免疫组织化学
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嗜吞噬无形体Msp2蛋白与宿主互作靶蛋白筛选及生物信息分析
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作者 郑炜 马忠臣 +3 位作者 张辉 张丽娟 陈创夫 王勇 《现代生物医学进展》 CAS 2019年第14期2657-2661,共5页
目的:筛选与嗜吞噬无形体Msp2蛋白互作的THP-1细胞靶蛋白,有助于理解病原体侵袭宿主的分子机理。方法:PCR获得无形体msp2基因克隆到pGBKT7载体上构建诱饵质粒并转化酵母菌株Y2HGold,营养缺陷培养基及蓝白斑实验验证诱饵质粒是否有自激... 目的:筛选与嗜吞噬无形体Msp2蛋白互作的THP-1细胞靶蛋白,有助于理解病原体侵袭宿主的分子机理。方法:PCR获得无形体msp2基因克隆到pGBKT7载体上构建诱饵质粒并转化酵母菌株Y2HGold,营养缺陷培养基及蓝白斑实验验证诱饵质粒是否有自激活、毒性;抽提THP-1总RNA,经反转录、Long-distance PCR、同源重组等构建到pGADT7-Rec载体上并转化酵母菌株Y187,鉴定cDNA文库质量;酵母双杂交筛选与无形体Msp2互作的宿主细胞靶蛋白,生物信息学分析蛋白互作可能导致的信号通路变化。结果:成功构建诱饵质粒;cDNA文库容量达4×106克隆,插入片段大小100-3000 bp,且无污染;酵母双杂交获得宿主靶蛋白7个,分别是NADH脱氢酶(泛醌)1α亚体13(NDUFA13)、锌指蛋白36, C3H样2(ZFP36L2)、核糖体蛋白11(RPL11)、前胸腺素α(PTMA)、C19orf10、组织蛋白酶G(CTSG)、核糖体蛋白S25(RPS25);生物信息学分析,互作的宿主靶蛋白主要参与细胞增殖、细胞凋亡、溶酶体成熟及其它一些信号通路等生物学过程。结论:应用酵母双杂交系统初步筛选出与嗜吞噬细胞无形体表面蛋白Msp2互作的宿主细胞靶蛋白,并利用生物信息学初步分析了其参与的生物学过程,为进一步研究病原菌胞内生存分子机制奠定了基础。 展开更多
关键词 嗜吞噬无形体 Msp2 酵母双杂交 THP-1 生物信息分析
石刁柏核质体DNA的生物信息学分析及染色体定位
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作者 程广前 贾克利 +3 位作者 李娜 邓传良 李书粉 高武军 《植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期328-334,共7页
在植物基因组中,叶绿体DNA (cpDNA)序列可以向核基因组转移成为核质体DNA (NUPT)。NUPTs在植物染色体(包括性染色体)的演化过程中具有重要作用,但目前相关研究比较缺乏。以雌雄异株植物石刁柏(Asparagus officinalis)为材料,采用生物信... 在植物基因组中,叶绿体DNA (cpDNA)序列可以向核基因组转移成为核质体DNA (NUPT)。NUPTs在植物染色体(包括性染色体)的演化过程中具有重要作用,但目前相关研究比较缺乏。以雌雄异株植物石刁柏(Asparagus officinalis)为材料,采用生物信息学方法对其核基因组NUPTs进行注释及分析,并选取叶绿体基因组反向重复区(IR) 2个片段进行染色体定位。结果表明,石刁柏核基因组中有2 239个NUPTs序列的插入,总长度为565 970 bp,占核基因组的0.047%。不同染色体上插入的NUPTs数量存在较大差异, Y染色体上的NUPTs数量、密度及总长度均高于其它染色体,表明NUPTs在石刁柏性(Y)染色体上累积的更多。石刁柏叶绿体基因组中的IR区、大单拷贝区(LSC)和小单拷贝区(SSC)序列均能够向核基因组转移,但IR区序列转移频率更高。此外,对2个IR区的叶绿体序列进行荧光原位杂交,其中AocpIR1主要分布在所有染色体的着丝粒部位,而AocpIR2特异性分布在Y染色体上。研究结果为深入揭示石刁柏基因组的结构及其性染色体的演化奠定了坚实的基础. 展开更多
关键词 石刁柏 生物信息学分析 核质体DNA NUPTs 性染色体
蜘蛛香GES基因的克隆与生物信息学及基因表达分析
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作者 赵爽 董婷婷 唐红 《时珍国医国药》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期1972-1975,共4页
目的克隆蜘蛛香香叶基合酶(Geraniol synthase,GES)基因,并对其进行生物信息学和基因表达量分析。方法在已测得蜘蛛香转录组数据的基础上,设计全长特异引物,克隆出GES基因全长,运用生物信息学进行基因序列同源性分析,并对编码蛋白进行... 目的克隆蜘蛛香香叶基合酶(Geraniol synthase,GES)基因,并对其进行生物信息学和基因表达量分析。方法在已测得蜘蛛香转录组数据的基础上,设计全长特异引物,克隆出GES基因全长,运用生物信息学进行基因序列同源性分析,并对编码蛋白进行各种理化性质分析。运用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测该基因在蜘蛛香不同部位的相对表达量,并利用茉莉酸甲酯(MeJA)处理种植的蜘蛛香植株后,分时间取成熟叶片进行诱导表达分析。结果从蜘蛛香中克隆得到了长度为1779bp的GES基因(VjGES)完整开放阅读框(ORF)的cDNA序列,编码592个氨基酸,与同一科属的缬草相似性最高达99%。VjGES编码的蛋白相对分子质量是67.23 kDa,理论等电点为5.15,此蛋白不存在跨膜区域。qRT-PCR检测结果表明,VjGES基因在根茎中表达量最高,其次是在成熟叶中表达量较高,在新生叶中表达量最低;VjGES对MeJA的诱导比较敏感,MeJA诱导后处理48h后基因的表达水平达到最高。结论成功从蜘蛛香植株中克隆到可能参与环烯醚萜生物合成途径中的关键酶GES基因。 展开更多
关键词 蜘蛛香 香叶基合酶 基因克隆 生物信息学分析 基因表达
静宁鸡PPARα基因克隆与生物信息学分析 预览
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作者 杨妍梅 李玉 +6 位作者 覃圣 蒋刘芽 赵金潭 陆晓东 熊杰 陈伟基 扎西英派 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2019年第2期370-377,共8页
为阐明静宁鸡PPARα基因的结构及功能,根据NCBI上登录的原鸡PPARα基因的CDS序列设计引物,以静宁鸡肾脏为材料采用PCR的方法,对目的基因进行克隆,并测序。根据测序的结果,采用各类分析软件,对所获得的DNA片段进行生物信息学分析。结果... 为阐明静宁鸡PPARα基因的结构及功能,根据NCBI上登录的原鸡PPARα基因的CDS序列设计引物,以静宁鸡肾脏为材料采用PCR的方法,对目的基因进行克隆,并测序。根据测序的结果,采用各类分析软件,对所获得的DNA片段进行生物信息学分析。结果成功克隆了静宁鸡PPARα基因的全长CDS序列。生物信息学分析结果表明,该基因CDS全长1407bp,所编码的蛋白质包含468个氨基酸。其分子量为52300,等电点为5.85。在二级和三级结构上,α-螺旋和无规则卷曲为蛋白的主要结构形式。PPARα蛋白是一个亲水性蛋白质,不存在跨膜区域,不含信号肽,没有N-糖基化位点,但存在16个O-糖基化位点,存在25个丝氨酸(Ser)磷酸化位点、12个苏氨酸(Thr)磷酸化位点和6个酪氨酸(Tyr)磷酸化位点。静宁鸡PPARα蛋白在第100~168个氨基酸之间有1个ZnF_C4结构域,在第264~449个氨基酸之间有1个HOLI结构域。同源性分析结果表明,静宁鸡PPARα基因与原鸡的亲缘关系最近。静宁鸡PPARα基因的成功克隆和功能预测为进一步研究PPARα基因在静宁鸡脂肪代谢中的作用提供了基础。 展开更多
关键词 静宁鸡 过氧化物酶体增殖剂激活受体 生物信息学分析
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猪CAⅢ基因CDS区克隆、生物信息学及组织表达分析 预览
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作者 乐宝玉 张宁芳 +9 位作者 成志敏 秦本源 吴怡琦 王媛媛 王鹤洁 蔡春波 高鹏飞 郭晓红 李步高 曹果清 《山西农业科学》 2019年第6期1069-1074,1084共7页
对猪碳酸酐酶Ⅲ(Carbonic anhydrase Ⅲ,CAⅢ)基因进行克隆及生物信息学分析,并分析该基因的时空表达特性。通过RT-PCR和克隆测序技术获得猪CAⅢ基因的CDS序列,综合利用多种生物信息学软件,对该基因编码的蛋白质生物学特性进行预测,采用... 对猪碳酸酐酶Ⅲ(Carbonic anhydrase Ⅲ,CAⅢ)基因进行克隆及生物信息学分析,并分析该基因的时空表达特性。通过RT-PCR和克隆测序技术获得猪CAⅢ基因的CDS序列,综合利用多种生物信息学软件,对该基因编码的蛋白质生物学特性进行预测,采用qRT-PCR技术检测CAⅢ基因的组织表达谱和时序表达规律。结果表明,猪CAⅢ基因CDS区长783bp,编码260个氨基酸;CAⅢ蛋白为亲水性碱性蛋白,无信号肽,主要在细胞质中发挥作用;CAⅢ基因在心脏、肝脏、胰脏、肺、胃、背最长肌、皮下脂肪、脾脏、盲肠等9种组织中均有表达,但在背最长肌中表达量最高,极显著地高于其他组织。从初生到5月龄,大白猪背最长肌中CAⅢ基因mRNA表达量呈上升—下降—上升—下降的趋势,初生时最低,随后表达量逐渐升高,到3月龄时达到峰值,之后开始下降;马身猪中,从初生到5月龄,CAⅢ基因mRNA的表达量基本呈上升趋势,在5月龄时达到峰值,极显著地高于其他各个阶段。2个不同品种相比,3月龄和4月龄时,大白猪CAⅢmRNA表达量显著或极显著地高于马身猪;而在5月龄时,马身猪CAⅢmRNA表达量极显著地高于大白猪,其他阶段2个品种CAⅢmRNA表达量无显著差异。CAⅢ基因可能直接或间接参与猪骨骼肌的生长发育过程。 展开更多
关键词 CAⅢ基因 生物信息学分析 时空表达特性
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植物Bowman-Birk蛋白酶抑制剂家族的基因组学分析
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作者 廖东颖 古袁扬 +3 位作者 李超林 邓银 周嘉裕 廖海 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第11期3524-3532,共9页
本研究首先利用HMMER软件对从植物基因组网站phytozome上下载的16种植物的基因组进行检索,再利用Pfam和SMART数据库进一步验证,最终获得91个Bowman-Birk基因。随后进行理化性质分析、系统发育分析、染色体定位及表达分析等。多序列比对... 本研究首先利用HMMER软件对从植物基因组网站phytozome上下载的16种植物的基因组进行检索,再利用Pfam和SMART数据库进一步验证,最终获得91个Bowman-Birk基因。随后进行理化性质分析、系统发育分析、染色体定位及表达分析等。多序列比对结果表明CCD在Bowman-Birk抑制剂中保守性最高,此外多个位点的Cys也具有一定程度的高保守性,表明二硫键在维持Bowman-Birk抑制剂的结构稳定性和抑制活性发挥了至关重要的作用。系统发育分析的结果显示Bowman-Birk基因分为单子叶植物和双子叶植物2个簇,表明Bowman-Birk基因家族的基本特征在单双子叶植物分离之前就已经形成。EST表达分析结果表明Bowman-Birk在不同植物组织中的表达具有差异性,例如大豆的Bowman-Birk基因主要在豆荚中表达,其次是种子,而水稻主要在叶和根中表达。由于豆荚和叶等组织易受到昆虫侵食,因此在这些部位表达Bowman-Birk蛋白酶抑制剂基因有助于增强植物对昆虫的抗性。而种子和根等器官与植物生长发育密切相关,因此Bowman-Birk抑制剂在种子和根中的高表达可能与植物逆境胁迫响应相关。 展开更多
关键词 植物 Bowman-Birk 生物信息学分析
家蚕微孢子虫丙酮酸激酶基因的克隆与表达特征分析
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作者 张志林 齐静茹 +3 位作者 尚瑞沙 陈红丽 张轶岭 沈中元 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期212-217,共6页
丙酮酸激酶(pyruvate kinase,PK)在糖酵解最后一步起着不可逆的作用,可以催化磷酸烯醇式丙酮酸将高能磷酸基团转移给ADP生成ATP和丙酮酸。通过在NCBI和家蚕微孢子虫(Nosema bombycis)数据库中对丙酮酸激酶基因的比对分析,选择家蚕微孢... 丙酮酸激酶(pyruvate kinase,PK)在糖酵解最后一步起着不可逆的作用,可以催化磷酸烯醇式丙酮酸将高能磷酸基团转移给ADP生成ATP和丙酮酸。通过在NCBI和家蚕微孢子虫(Nosema bombycis)数据库中对丙酮酸激酶基因的比对分析,选择家蚕微孢子虫丙酮酸激酶M2亚型的一个基因(NbPK-2,GenBank登录号EOB11679.1)进行克隆。生物信息学分析显示,该基因序列长度为1 359 bp,包含一个完整的开放阅读框,编码452个氨基酸,预测蛋白质等电点为7.13,相对分子质量为51.7 kD,没有信号肽;NbPK-2蛋白的二级结构预测显示其含有38%的螺旋、21%的延伸片段和40%无规则卷曲。通过qRT-PCR检测感染微孢子虫后家蚕不同发育时期的NbPK-2表达水平,发现该基因在感染后24 h内处于相对较高的表达水平,而此后表达水平开始降低,至144 h达到最低值,在168 h又有所升高。研究结果可促进对家蚕微孢子虫糖酵解途径的研究,为家蚕微粒子病的防控奠定理论基础。 展开更多
关键词 家蚕微孢子虫 丙酮酸激酶 基因克隆 生物信息学分析 表达谱
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