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3个黑龙江烟区烟草花叶病毒分离物的全基因组序列测定与分析 预览
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作者 姜瀚林 郭兆奎 +4 位作者 刘永中 万秀清 刘文涛 李现道 李向东 《中国烟草学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第1期77-85,共9页
为明确黑龙江烟区烟草花叶病毒(Tobacco mosaic virus,TMV)分子株系和进化特征,从哈尔滨和牡丹江感病烟草采集到HEB1、HEB2和MDJ三个样品,通过RT-PCR扩增了其全基因组序列,并进行了一致率、重组、系统发育和选择压力等分析。结果表明,3... 为明确黑龙江烟区烟草花叶病毒(Tobacco mosaic virus,TMV)分子株系和进化特征,从哈尔滨和牡丹江感病烟草采集到HEB1、HEB2和MDJ三个样品,通过RT-PCR扩增了其全基因组序列,并进行了一致率、重组、系统发育和选择压力等分析。结果表明,3个分离物全长均为6395核苷酸(GenBank登录号分别为MH595919、MH595920和MH595921)。HEB1和MDJ与辽宁分离物Beipiao(HE818412)一致率最高,分别为98.9%和99.6%;HEB2与云南分离物Chuxiong1(HE818417)一致率最高,为97.1%。HEB1是MDJ和HEB2的重组体。在根据全基因组序列构建的系统进化树中,TMV分为3个组,其中HEB1和MDJ均属Ⅰ(U1)组,HEB2属Ⅱ(Rakkyo)组。TMV的4个基因均处于负选择,其中衣壳蛋白基因的选择压力最大。 展开更多
关键词 烟草花叶病毒 基因组全序列 系统发育分析 重组分析
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番木瓜环斑病毒山东分离物的全基因组序列分析
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作者 黄显德 王玉 +3 位作者 闫志勇 田延平 古勤生 李向东 《植物病理学报》 CSCD 北大核心 2018年第2期285-288,共4页
番木瓜环斑病毒(Papayaringspotvirus,PRSV)属于马铃薯Y病毒科(Potyviridae)马铃薯Y病毒属(Potyvirus)。根据寄主范围可划分为P和W2个株系,其中P株系侵染番木瓜(CaricapapayaL.)和葫芦科(Cucurbitaceae)作物,而W株系只侵... 番木瓜环斑病毒(Papayaringspotvirus,PRSV)属于马铃薯Y病毒科(Potyviridae)马铃薯Y病毒属(Potyvirus)。根据寄主范围可划分为P和W2个株系,其中P株系侵染番木瓜(CaricapapayaL.)和葫芦科(Cucurbitaceae)作物,而W株系只侵染葫芦科作物,两者血清学反应密切相关。PRSV可引起植株叶片褪绿、花叶、卷曲等症状,在果实表面形成环斑。 展开更多
关键词 番木瓜环斑病毒 序列分析 全基因组 马铃薯Y病毒属 分离物 葫芦科作物 山东 血清学反应
牛冠状病毒BCV-Aks-01新疆南疆株全基因组序列测定及其分子特征分析 被引量:2
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作者 张婉琪 张迎春 +7 位作者 胡建军 彭安业 王青青 王娜 张莹钰 黄耀杰 崔鑫 雷红 《病毒学报》 CSCD 北大核心 2017年第4期583-592,共10页
为掌握牛冠状病毒(Bovine coronavirus,BCoV)BCV-Aks-01新疆南疆株的全基因组序列、分子结构特征及遗传变异情况。本研究以新疆南疆某牛场BCV-Aks-01阳性样本为基础,以GenBank中BCoV参考株设计扩增引物和测序引物,提取样本中病毒核酸,... 为掌握牛冠状病毒(Bovine coronavirus,BCoV)BCV-Aks-01新疆南疆株的全基因组序列、分子结构特征及遗传变异情况。本研究以新疆南疆某牛场BCV-Aks-01阳性样本为基础,以GenBank中BCoV参考株设计扩增引物和测序引物,提取样本中病毒核酸,对BCV-Aks-01株进行全基因组扩增、测序、构建系统发生树及序列分析。结果表明,BCV-Aks-01新疆南疆株为BCoV,其全基因组长为30 975bp,与GenBank收录的参考株比较,核苷酸同源性高达98.8%,属于β类冠状病毒2a亚类,具有β类冠状病毒共同结构特征。首次获得BCV-Aks-01新疆南疆株全基因组序列并阐明了其基因组分子结构特征。 展开更多
关键词 牛冠状病毒(BCoV) BCV-Aks-01全基因组序列 序列分析
甘蔗花叶病毒2个山东分离物的全基因组序列分析 被引量:1
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作者 程德杰 闫志勇 +3 位作者 黄显德 田延平 原雪峰 李向东 《植物病理学报》 CSCD 北大核心 2017年第3期357-363,共7页
甘蔗花叶病毒(Sugarcane mosaic virus,SCMV)是引起我国玉米矮花叶病的主要病毒。本文从山东泰安采集到2个表现矮花叶症状玉米样品的分离物(命名为DWK1和DWK2),通过RT-PCR扩增全基因组片段并测定了其序列(GenBank登录号分别为KU171... 甘蔗花叶病毒(Sugarcane mosaic virus,SCMV)是引起我国玉米矮花叶病的主要病毒。本文从山东泰安采集到2个表现矮花叶症状玉米样品的分离物(命名为DWK1和DWK2),通过RT-PCR扩增全基因组片段并测定了其序列(GenBank登录号分别为KU171814和KU171815)。序列分析结果表明,DWK1和DWK2基因组全长分别为9 575和9 576个核苷酸(nucleotides,nt),开放阅读框均为9 192 nt,编码3 063个氨基酸的多聚蛋白。DWK1和DWK2的全基因组核苷酸一致率为81.7%,DWK1与山西分离物SX(AY569692)的核苷酸一致率最高,为90.9%;DWK2与河北分离物BD8(JN021933)核苷酸一致率最高,达99.4%。二者在系统进化树中分别被聚类到Ⅰ组和Ⅳ组。重组分析发现,DWK1是HN(AF494510)、Guangdong(AJ310105)和BD8 3个分离物的重组体。选择压力分析表明,SCMV 11个蛋白的dN/dS值都小于1,均处于负选择,但在P1、P3和CP中存在正选择位点。本研究结果可为甘蔗花叶病毒株系的监测及防控提供理论指导。 展开更多
关键词 全基因组序列 系统发育分析 重组分析 甘蔗花叶病毒
基于全基因组序列的黄瓜绿斑驳花叶病毒重组和系统发育分析 被引量:2
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作者 许帅 刘群 +4 位作者 耿超 王莹 田延平 贾曦 李向东 《植物病理学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第3期320-327,共8页
通过RT-PCR扩增了黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)济南分离物(CGMMV-JN)的基因组片段。序列测定结果表明CGMMV-JN基因组全长6 424核苷酸(nt),5'-和3'-UTR分别为60和176 nt,含有4个ORF,分别编码12... 通过RT-PCR扩增了黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)济南分离物(CGMMV-JN)的基因组片段。序列测定结果表明CGMMV-JN基因组全长6 424核苷酸(nt),5'-和3'-UTR分别为60和176 nt,含有4个ORF,分别编码129 kDa和186 kDa复制酶相关蛋白、29 kDa移动蛋白及17.4 kDa外壳蛋白。CGMMV-JN与另外29个CGMMV分离物全基因组核苷酸序列一致率为90.0%-99.7%。重组分析发现韩国KOM(AF417243)、以色列EC(KF155231)、印度(DQ767631)和我国河北的CHB(KJ658958)4个分离物在RdRp编码区存在重组。系统发育分析结果表明,这些分离物可分成3个组。选择压力分析结果表明cp基因处于正选择,其它基因处于负选择。本文研究的结果为黄瓜绿斑驳花叶病毒的监测及防控提供了理论依据。 展开更多
关键词 黄瓜绿斑驳花叶病毒 重组 系统发育分析 全基因组序列
牛乳头瘤病毒基因2型新疆南疆Aks-01流行株全基因组序列测定及其特征分析 被引量:5
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作者 张婉琪 胡建军 +8 位作者 闫石磊 黄耀杰 徐建平 黄忠武 郑毛亮 孟子嫣 李元元 王娜 王青青 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期370-378,共9页
为从分子水平了解牛乳头瘤病毒(Bovine papillomavirus,BPV)新疆南疆Aks-01株全基因组序列、结构特征及遗传变异情况。本研究选取新疆南疆患病牛皮肤肿瘤样物,以乳头瘤病毒L1基因的简并引物FAP59/FAP64进行PCR法基因分型鉴定并确定其... 为从分子水平了解牛乳头瘤病毒(Bovine papillomavirus,BPV)新疆南疆Aks-01株全基因组序列、结构特征及遗传变异情况。本研究选取新疆南疆患病牛皮肤肿瘤样物,以乳头瘤病毒L1基因的简并引物FAP59/FAP64进行PCR法基因分型鉴定并确定其基因型,根据GenBank中BPV参考株设计扩增引物和测序引物,对Aks-01株进行全基因组扩增、测序及序列分析。序列分析表明,新疆南疆Aks-01株为BPV-2基因型,其全基因组长为7944bp,具有BPV-2基因型的结构特征,与GenBank收录的BPV-2基因型参考株核苷酸比较,同源性高达98%。与BPV-1、BPV-13的基因型参考株进化关系最近,同属Delta属。该Aks-01株为新疆南疆地区首次检测确认并测定全基因组序列的牛乳头瘤病毒。 展开更多
关键词 牛乳头瘤病毒基因2型 全基因组序列 序列分析
烟草脉带花叶病毒云南分离物全基因序列分析 预览 被引量:1
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作者 秦西云 卢训 +3 位作者 方琦 尹跃艳 丁铭 张仲凯 《中国烟草科学》 CSCD 北大核心 2015年第5期44-46,共3页
应用电子显微镜负染色法在烟草叶片斑驳、脉间褪绿病样中观察到马铃薯Y 病毒属病毒粒子,通过马铃薯Y 病毒属兼并引物扩增获得目的片段,序列分析表明病样中病原物为TVBMV,命名为YN-YX-TVBMV.根据GenBank 已知序列,分别合成引物,对YN-YX-T... 应用电子显微镜负染色法在烟草叶片斑驳、脉间褪绿病样中观察到马铃薯Y 病毒属病毒粒子,通过马铃薯Y 病毒属兼并引物扩增获得目的片段,序列分析表明病样中病原物为TVBMV,命名为YN-YX-TVBMV.根据GenBank 已知序列,分别合成引物,对YN-YX-TVBMV 进行克隆及测序,得到一条6047 bp 的不完整的病毒基因组核苷酸序列,将该序列与国内报道的TVBMV 全基因序列进行对比分析发现该分离物与报道的TVBMV 其他分离物具有明显的地域分布差异,即云南获得的分离物均独立聚为一簇. 展开更多
关键词 烟草脉带花叶病毒 全基因 分析
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广东省流行的3株登革热2型病毒基因组全序列测定及分析 被引量:2
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作者 白志军 张培 +6 位作者 洪文艳 刘建伟 狄飚 杨智聪 任瑞文 方美玉 林立辉 《中国媒介生物学及控制杂志》 CAS CSCD 2013年第5期392-396,共5页
目的测定广东省3株登革热2型病毒的全序列,探讨其来源及基因型。方法运用RT PCR法扩增来自广东省的登革热2型GD09/93、GD05/98和GD19/2001病毒株的全序列,采用遗传距离法构建进化树。结果3株登革热2型病毒的全基因组长度均为10 723 nt,... 目的测定广东省3株登革热2型病毒的全序列,探讨其来源及基因型。方法运用RT PCR法扩增来自广东省的登革热2型GD09/93、GD05/98和GD19/2001病毒株的全序列,采用遗传距离法构建进化树。结果3株登革热2型病毒的全基因组长度均为10 723 nt,5′及3′端各有一非编码区,结构基因和非结构基因位于基因组97~10 269 nt之间,共编码3391个氨基酸,读码结构完全相同。GD05/98与GD09/93、GD05/98与GD19/2001、GD09/93与GD19/2001之间的碱基序列同源性分别为93.3%、92.4%和97.6%,氨基酸序列同源性分别为96.7%、96.5%和98.5%。结论3株登革热2型病毒均对乳鼠致病,与对乳鼠不致病的参考株(DEN2-04株)比较共有18个氨基酸位点的差异引起极性或电荷变化,PrM-134、NS2A-153、NS4B-102所带电荷的变化对抗原性影响较大。GD05/98株与泰国分离株同为Ⅱ基因型,GD09/93和GD19/2001株与印度尼西亚、澳大利亚、台湾株分在Ⅳ基因型;表明我国登革热2型病毒有不同的基因型,而不同时期也存在同一种基因型传播。 展开更多
关键词 登革热病毒 全序列 系统发生树 基因型 聚合酶链反应
甘薯卷叶病毒江苏分离物基因组全长序列测定及其外壳蛋白基因在大肠杆菌中的表达 预览 被引量:5
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作者 乔贞贞 秦艳红 +4 位作者 乔奇 张德胜 田雨婷 高洁 张振臣 《河南农业科学》 CSCD 北大核心 2012年第4期86-89,共4页
为了制备甘薯卷叶病毒(SPLCV)的特异性抗体,克隆了甘薯卷叶病毒江苏分离物SPLCV(JS∶XZ∶3-2)的全长基因,并对其基因结构及分子变异情况进行分析,同时对外壳蛋白(CP)基因进行了克隆和表达。利用PCR方法扩增并克隆了SPLCV(JS∶XZ... 为了制备甘薯卷叶病毒(SPLCV)的特异性抗体,克隆了甘薯卷叶病毒江苏分离物SPLCV(JS∶XZ∶3-2)的全长基因,并对其基因结构及分子变异情况进行分析,同时对外壳蛋白(CP)基因进行了克隆和表达。利用PCR方法扩增并克隆了SPLCV(JS∶XZ∶3-2)的全基因组,测序分析表明,SPLCV(JS∶XZ∶3-2)基因组全长为2 834bp,含有6个开放阅读框架,与已发表的SPLCV其他分离物相比,全基因组核苷酸序列相似性为82.7%~94.4%。其中,CP基因由765个核苷酸组成,共编码254个氨基酸残基。SPLCV CP基因核苷酸序列与其他分离物的相似性在89.2%~90.6%,其中与SPLCV美国分离物(HQ333135)的相似性最高,为90.6%;与日本分离物(AB433788)的相似性最低,为89.2%;与中国大陆分离物(FJ515896)CP基因的核苷酸序列相似性为90.2%。将SPLCV CP基因克隆到原核表达载体pGEX-4T-3上,获得重组质粒,经IPTG诱导表达、SDS-PAGE分析得到了大小约为54.3kD的融合蛋白条带,说明CP基因在大肠杆菌中得到了高效表达。 展开更多
关键词 甘薯卷叶病毒 基因组序列 外壳蛋白基因 原核表达
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山东省玉米矮花叶病毒的生物学特性及基因组全序列测定 预览 被引量:4
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作者 王升吉 尚佑芬 +6 位作者 赵玖华 杨崇良 陈炯 郑滔 路兴波 孙红炜 陈剑平 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第2期 159-163,共5页
对山东省玉米矮花叶病毒原分离物(SD)进行了寄主范围、血清学等普通生物学鉴定,测定了该病毒的基因组核苷酸全序列.该病毒基因组RNA由9 596个核苷酸组成(不包括3′-polyA的长度),整个基因组按一个ORF编码一个3 063个氨基酸的多聚蛋白.... 对山东省玉米矮花叶病毒原分离物(SD)进行了寄主范围、血清学等普通生物学鉴定,测定了该病毒的基因组核苷酸全序列.该病毒基因组RNA由9 596个核苷酸组成(不包括3′-polyA的长度),整个基因组按一个ORF编码一个3 063个氨基酸的多聚蛋白.序列比较表明,该病毒分离物(SD)与玉米矮花叶病河南分离物(HN,EMBL登录号:AF494510)核苷酸全序列同源性最高,为98.2%,与已报道的甘蔗花叶病毒(SCMV)7个分离物同源性也高达79.5%~98.2%,但与玉米矮花叶病毒保加利亚分离物(MDMV-Bg,AJ001691)和高梁花叶病毒萧山甘蔗分离物(SrMV-XoS,AJ310197)的同源性仅为67.8%和69.3%,与约翰逊草花叶病毒(Z26920,JGMV)差异最大.系统进化树分析也表明,该病毒与SCMV分离物位于同一进化簇,而与MDMV进化关系很远. 展开更多
关键词 山东省 玉米矮花叶病毒 生物学特性 基因组 序列分析
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我国三株登革2型病毒基因组全序列的测定及系统发生树分析 被引量:4
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作者 赵卫 胡志君 《军事医学科学院院刊》 CSCD 北大核心 2000年第3期166-169,共4页
目的:测定我国3株登革2型病毒(dengue2virus,DEN2)流行株的全序列并确定其基因型。方法:运用RT-PCR和5′,3′RACE法测定我国3株登革 全序列,采用邻结法绘制系统发生树。:DEN2-04、43... 目的:测定我国3株登革2型病毒(dengue2virus,DEN2)流行株的全序列并确定其基因型。方法:运用RT-PCR和5′,3′RACE法测定我国3株登革 全序列,采用邻结法绘制系统发生树。:DEN2-04、43、44株的核苷酸及氨基酸差异分布于整个序列之中,DEN2-04与DEN2-43、44共有21个氨基酸位点的差异引起极性或电荷变化。DEN2-04株与JAM株、越南分离株和泰国分离株同为 展开更多
关键词 登革热病毒 测定 系统发生树 DEN2 基因组全序列
一株从红藻中分离出的产芳基硫酸酯酶的海单胞菌FW-1的全基因组测序及结果分析
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作者 王嫱 付晓婷 +2 位作者 毛相朝 许加超 高昕 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期744-752,共9页
【目的】海单胞菌Marinomonas sp. FW-1是1株经验证可以获得高活性芳基硫酸酯酶的菌株。为深入研究FW-1菌株产芳基硫酸酯酶机制,进一步筛选高活性的芳基硫酸酯酶基因片段,有必要解析FW-1菌株的全基因组序列信息。【方法】本研究采用高... 【目的】海单胞菌Marinomonas sp. FW-1是1株经验证可以获得高活性芳基硫酸酯酶的菌株。为深入研究FW-1菌株产芳基硫酸酯酶机制,进一步筛选高活性的芳基硫酸酯酶基因片段,有必要解析FW-1菌株的全基因组序列信息。【方法】本研究采用高通量测序技术对FW-1进行全基因组测序,使用相关软件对测序数据进行基因组装、基因预测与功能注释、COG聚类分析等。结合异源表达的方法对其不同基因片段所产生的芳基硫酸酯酶活性进行分析。【结果】全基因组测序结果表明该基因组大小为3964876 bp,GC含量为44.03%,编码3590个蛋白基因,含有78个tRNA和25个rRNA操纵子。从全基因组测序结果中找到22个可能具有芳基硫酸酯酶活性的基因,对其中4个进一步异源表达后发现FW-1中至少含有的3个具有芳基硫酸酯酶活性的基因,其均含有芳基硫酸酯酶的特异性氨基酸基团C-X-P-X-R基团。【结论】本研究首次报道了1株含有多个芳基硫酸酯酶基因序列的菌株FW-1的全基因组序列,分析了基因组的基本特征,为芳基硫酸酯酶的进一步应用提供了思路。 展开更多
关键词 海单胞菌 全基因组测序 芳基硫酸酯酶
猪流行性腹泻病毒CH-HeNXX-2017株全基因组序列测定与分析 预览
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作者 焦文强 许峰 +7 位作者 徐引弟 王治方 张青娴 王克领 朱文豪 李海利 张立宪 郎利敏 《山西农业科学》 2019年第1期113-116,120共5页
为了解猪流行性腹泻病毒在河南流行毒株全基因组遗传进化水平,应用RT-PCR方法从疑似猪流行性腹泻病毒感染的病料中扩增出全基因组序列,并将PCR产物纯化后连接pMD20-T载体,转化JM109感受态细胞,挑选单克隆进行测序,获得的序列经过DNASTAR... 为了解猪流行性腹泻病毒在河南流行毒株全基因组遗传进化水平,应用RT-PCR方法从疑似猪流行性腹泻病毒感染的病料中扩增出全基因组序列,并将PCR产物纯化后连接pMD20-T载体,转化JM109感受态细胞,挑选单克隆进行测序,获得的序列经过DNASTAR中EditSequence软件对全基因组序列进行拼接。结果表明,猪流行性腹泻病毒CH-HeNXX-2017株全长28038nt(除去polyA);进化树分析显示,该毒株与IA1,USAColorado2013,MN和PC22A等毒株亲缘关系较为接近,与国内外早期分离株如CV777,LZC,DR13等毒株亲缘关系较远。揭示猪流行性腹泻病毒一直处于不断的进化中,需要一直密切监控病毒进化趋势,为临床诊断以及疫苗研发等提供理论参考。 展开更多
关键词 猪流行性腹泻病毒 CH-HeNXX-2017株 全基因组序列
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3批乙型脑炎减毒活疫苗病毒全基因序列测定和分析
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作者 刘欣玉 黄艳秋 +3 位作者 徐宏山 贾丽丽 李玉华 俞永新 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2019年第3期330-333,337共5页
目的对3批乙型脑炎减毒活疫苗病毒进行全基因测序,并与疫苗原始种子序列进行比较。方法随机选取某厂家生产的3批乙脑减毒活疫苗,提取病毒全基因组RNA,逆转录为cDNA后分段PCR扩增并测序。序列拼接后利用MegAlign软件与GenBank中乙脑减毒... 目的对3批乙型脑炎减毒活疫苗病毒进行全基因测序,并与疫苗原始种子序列进行比较。方法随机选取某厂家生产的3批乙脑减毒活疫苗,提取病毒全基因组RNA,逆转录为cDNA后分段PCR扩增并测序。序列拼接后利用MegAlign软件与GenBank中乙脑减毒活疫苗原始种子全基因序列进行同源性比较。结果 3批乙型脑炎减毒活疫苗病毒基因组全长10 977个核苷酸,与乙脑减毒活疫苗原始种子序列同源性为100%。结论三批次乙型脑炎减毒活疫苗遗传特性高度稳定。 展开更多
关键词 乙型脑炎 减毒活疫苗 全基因序列
枯草芽孢杆菌TLO3的全基因组测序及与枯草芽孢杆菌168和XF-1的比较基因组学研究 预览
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作者 张小凤 黄慧敏 +4 位作者 易根云 吴生荣 周建业 李志强 包广洁 《口腔医学研究》 北大核心 2018年第6期601-604,共4页
目的:为了解枯草芽孢杆菌TLO3的全基因组及分子生物学功能。方法:通过三代联合二代测序技术对枯草芽孢杆菌TLO3进行全基因组测序并使用相关软件对其进行基因组组装、基因预测与功能注释;并与B.subtilis168及XF-1进行比较基因组学分析... 目的:为了解枯草芽孢杆菌TLO3的全基因组及分子生物学功能。方法:通过三代联合二代测序技术对枯草芽孢杆菌TLO3进行全基因组测序并使用相关软件对其进行基因组组装、基因预测与功能注释;并与B.subtilis168及XF-1进行比较基因组学分析。结果:枯草芽孢杆菌TLO3全基因组由1条环状染色体和质粒组成;比较基因组研究发现TLO3在细胞复制、重组和修复等过程的基因数量明显高于XF-1和168,抗菌基因簇与XF-1相似。结论:枯草芽孢杆菌TLO3在具有抗菌性的同时,还有更强的生存能力,可能更好地适应口腔复杂环境。 展开更多
关键词 枯草芽孢杆菌 全基因组测序 基因家族 比较基因组
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我国部分新型布尼亚病毒分离株全基因组序列分析 预览
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作者 刘秀兰 姚学君 +2 位作者 张雪峰 管书慧 姜仁杰 《江苏预防医学》 CAS 2018年第6期623-625,648共4页
目的 分析我国新型布尼亚病毒分离株全基因组序列,了解遗传进化特点。 方法 利用DNA STAR和MEGA 6.0软件,对GenBank数据库收录的我国75株分离株全基因组序列进行分析,构建系统进化树,并对毒株核苷酸和氨基酸突变位点进行统计。 结... 目的 分析我国新型布尼亚病毒分离株全基因组序列,了解遗传进化特点。 方法 利用DNA STAR和MEGA 6.0软件,对GenBank数据库收录的我国75株分离株全基因组序列进行分析,构建系统进化树,并对毒株核苷酸和氨基酸突变位点进行统计。 结果 75株新型布尼亚病毒分离株流行优势株为基因型C;分离株核苷酸碱基突变总数合计5 938 bp,主要为碱基转换(占79.86%);氨基酸间突变总数合计3 304 aa。 结论 我国新型布尼亚病毒全基因组序列系统进化树具有相似的拓补结构。 展开更多
关键词 新型布尼亚病毒 全基因组 序列分析 GENBANK数据库
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Complete genome of Cobetia marina JCM 21022T and phylogenomic analysis of the family Halomonadaceae 预览
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作者 唐祥海 徐奎鹏 +2 位作者 韩晓娟 莫照兰 茅云翔 《海洋湖沼学报(英文)》 SCIE CAS CSCD 2018年第2期528-536,共9页
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广东地区小鹅瘟病毒分离鉴定及全基因序列的测定分析 预览
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作者 刘佳佳 苏晓娜 +4 位作者 王占新 覃健萍 曾凡桂 田野 鲁俊鹏 《中国兽医杂志》 北大核心 2018年第8期21-24,132共5页
本研究利用鹅胚从广东地区一鹅场送检的病死鹅病料中分离到一株小鹅瘟病毒,命名为 ZJF. 对其进行动物回归,发现是一株强毒. 对该毒株进行了全基因序列克隆测定,拼接后获得了 ZJF 株的全基因序列,序列全长为 5 046 bp.VP1 基因与安徽2011... 本研究利用鹅胚从广东地区一鹅场送检的病死鹅病料中分离到一株小鹅瘟病毒,命名为 ZJF. 对其进行动物回归,发现是一株强毒. 对该毒株进行了全基因序列克隆测定,拼接后获得了 ZJF 株的全基因序列,序列全长为 5 046 bp.VP1 基因与安徽2011 年分离株 Yan-1 核苷酸、氨基酸同源性最高为99. 7%、99. 3%,进化树显示处于同一小分支中,具有相同的进化祖先;与早前广东地区分离株GDaGPV 核苷酸、氨基酸同源性相对较低为94. 5%、97. 4%,进化关系也相对较远.研究结果进一步完善了我国广东地区小鹅瘟的流行病学信息. 展开更多
关键词 小鹅瘟 分离鉴定 全基因序列
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贝莱斯芽孢杆菌L-1对梨灰霉和青霉病菌的抑制作用评价及全基因组分析
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作者 孙平平 崔建潮 +1 位作者 贾晓辉 王文辉 《微生物学报》 CSCD 北大核心 2018年第9期1637-1646,共10页
【目的】明确贝莱斯芽孢杆菌(Bacillus velezensis)L-1对梨灰霉和青霉病菌的抑制作用,明确菌株L-1无菌发酵液拮抗活性的稳定性及可能的拮抗机制。【方法】通过离体测定、活体测定和病原菌菌丝形态观察,评价菌株L-1对梨灰霉和青霉病菌... 【目的】明确贝莱斯芽孢杆菌(Bacillus velezensis)L-1对梨灰霉和青霉病菌的抑制作用,明确菌株L-1无菌发酵液拮抗活性的稳定性及可能的拮抗机制。【方法】通过离体测定、活体测定和病原菌菌丝形态观察,评价菌株L-1对梨灰霉和青霉病菌的拮抗活性。以梨灰霉病菌为供试病原菌,利用牛津杯法测定菌株L-1无菌发酵液拮抗活性的稳定性。利用Pacbio RSII三代测序技术测定L-1的全基因序列,将全基因序列与基因蛋白质序列数据库进行BLAST比对分析,预测菌株L-1可能产生的次生代谢产物及潜在的作用机制。【结果】菌株L-1对梨灰霉和青霉病菌的活体抑制率分别为92.88%和77.47%,能引起病原菌菌丝膨大、畸形。菌株L-1在含10%Na Cl的培养液中仍能正常生长,其无菌发酵液耐高温、酸、碱、紫外照射和蛋白酶降解,对病原菌具有稳定的拮抗活性。全基因序列分析结果显示菌株L-1有112个基因参与了多种碳源的代谢,可以利用多种碳源进行生长;含有参与亚精胺、海藻糖等与菌株抗逆性相关化合物合成的基因;次生代谢产物预测结果显示:L-1含有合成surfactin、fengycin、bacillibactin、bacillaene、macolactin、difficidin、bacilysin等多种肽聚糖和聚酮糖类抗性化合物的基因簇,以及能够降解病原菌细胞壁的β-1,3-葡聚糖酶和几丁质酶相关的基因;此外菌株L-1含有生成乙偶姻等能够诱导植物抗性的基因。【结论】菌株L-1能有效拮抗多种梨果采后病害,抗逆性强,拮抗活性稳定,预测菌株L-1能够通过产生多种拮抗活性化合物和细胞壁水解酶类以及诱导植物抗性实现防病效果,具有很大的应用潜力。 展开更多
关键词 梨灰霉病 梨青霉病 生物防治 贝莱斯芽孢杆菌 全基因组序列
牛流行热病毒分离株HN1/2012的全基因组序列测定及演化分析 预览
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作者 高闪电 王积栋 +3 位作者 独军政 郑福英 田占成 殷宏 《畜牧兽医学报》 CSCD 北大核心 2018年第10期2223-2231,共9页
旨在解析我国牛流行热病毒(BEFV)分离株HN1/2012的基因组特征,为阐明我国BEFV毒株的演化规律提供数据。根据GenBank中收录的BEFV毒株的全基因组信息,设计引物,以RT-PCR扩增11段相互部分重叠的DNA片段,克隆至pGEMT-easy载体,分别进行测序... 旨在解析我国牛流行热病毒(BEFV)分离株HN1/2012的基因组特征,为阐明我国BEFV毒株的演化规律提供数据。根据GenBank中收录的BEFV毒株的全基因组信息,设计引物,以RT-PCR扩增11段相互部分重叠的DNA片段,克隆至pGEMT-easy载体,分别进行测序,利用DNAStar软件进行序列拼接获得HN1/2012株的全基因组序列。根据BEFV编码基因的转录起始(TI)和转录终止/多聚腺苷酸化(TTP)序列分析获得各基因序列及其开放阅读框(ORF),与参考毒株比对序列相似性,并以G基因序列构建系统发生树,分析其遗传演化关系。结果显示:HN1/2012株基因组全长为14899nt,包含前导序列(50nt)、N基因(1328nt)、P基因(858nt)、M基因(691nt)、G基因(1896nt)、GNS基因(1785nt)、α1α2基因(638nt)、β基因(459nt)、γ基因(400nt)、L基因(6470nt)和尾随序列(70nt)。病毒9个基因分别由26、43、47、53、37、39、30、-21nt的基因间隔区(IGR)连接。在全基因组水平,HN1/2012株与我国2002年浙江分离株JT02L的相似性最高,但G基因与同期分离株LYC11、LS11相似性最高。重组分析表明HN1/2012株未发生基因重组。HN1/2012株的演化可能与免疫选择压力导致的基因突变有关。本研究测定了HN1/2012株的基因组序列,为我国BEFV分离株的全基因组分子演化研究奠定了基础。 展开更多
关键词 牛流行热病毒 全基因组序列 演化分析
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