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陆地棉亲本间遗传距离与杂种优势的相关性研究 预览
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作者 曲玉杰 孙君灵 +9 位作者 耿晓丽 王骁 Zareen Sarfraz 贾银华 潘兆娥 何守朴 龚文芳 王立如 庞保印 杜雄明 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期1488-1500,共13页
[目的]通过1500个陆地棉杂交组合分析杂种优势与其亲本间数量性状遗传距离的相关性,探讨能否利用大规模杂交组合亲本间遗传距离提高陆地棉杂种优势预测效果,以期为棉花杂交育种和杂种优势利用提供理论指导。[方法]选择来自15个国家和中... [目的]通过1500个陆地棉杂交组合分析杂种优势与其亲本间数量性状遗传距离的相关性,探讨能否利用大规模杂交组合亲本间遗传距离提高陆地棉杂种优势预测效果,以期为棉花杂交育种和杂种优势利用提供理论指导。[方法]选择来自15个国家和中国23个省(市)的305份陆地棉核心种质为亲本,采用L×T(Line×Tester)杂交设计配制1500个杂交组合。2012-2013年,在中国南北方13个生态环境下考察其株高、单铃重、衣分、纤维长度等10个产量和纤维品质相关性状,分析F1杂种优势、亲本间遗传距离和群体结构,并采用4种方式(Cor1-Cor4)计算遗传距离与杂种优势的相关性。[结果]10个性状中亲优势(MPH)均值的变幅为1.70%7.40%,平均为4.36%,按父本不同将F1分成5组(AE),其MPH均值A>E>B>C>D;超亲优势(HB)均值的变幅为-4.17%1.87%,平均为-0.17%,A、B和E组的HB均值皆为正。10个性状在5组中除D、E组的马克隆值之外,其他性状普遍具有明显的中亲优势,其中,单铃重和纤维长度的中亲优势在5组中均以正优势为主(达80%以上),最大值分别为34.01%和9.83%,对应的超亲优势分别为24.25%和5.80%。F1和亲本差异显著性分析表明单铃重、株高、纤维长度、伸长率和整齐度指数整体表现出一定的超亲优势。父本(测试种)与300个母本之间的遗传距离介于2.28061.430,平均为21.550,5个测试种与母本间的平均遗传距离D>C>E>A>B,其中,最近值为11.721,最远值为33.271。按最小方差聚类,将305个陆地棉亲本划分为2个主群,包括5个亚群。4种遗传距离与杂种优势的相关性分析结果显示,因样本量、遗传距离变幅和父本不同其结果有所差异,相关性随样本量的增大而有所增强。其中,Cor1是Cor2结果的整体体现;Cor3与Cor1和Cor2相比,部分性状的中亲优势与遗传距离的相关性有所不同;Cor4的相关性最弱。综合来看,遗传距离与衣分、断裂比强度、整齐度指数 展开更多
关键词 陆地棉 核心种质 数量性状 L×T 遗传距离 聚类分析 杂种优势预测
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甘薯核心种质构建方法研究 预览
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作者 罗忠霞 张雄坚 +6 位作者 陈景益 姚祝芳 杨义伶 王章英 黄立飞 邹宏达 房伯平 《中国农学通报》 2019年第2期14-20,共7页
国家种质广州甘薯圃是国内唯一室外营养体保存的国家种质资源圃。本研究以其中的1200份甘薯资源为材料,22个农艺性状为基础,采用因子分析和变量聚类2种方式对农艺性状进行降维处理,两步聚类、快速聚类和分层聚类3种聚类方法结合5个地理... 国家种质广州甘薯圃是国内唯一室外营养体保存的国家种质资源圃。本研究以其中的1200份甘薯资源为材料,22个农艺性状为基础,采用因子分析和变量聚类2种方式对农艺性状进行降维处理,两步聚类、快速聚类和分层聚类3种聚类方法结合5个地理来源对资源分组,组内随机取样与必选资源相结合的方式构建核心种质,依照上述方案共构建出含15个甘薯核心种质的样本库。通过变异系数、标准差符合率和极差符合率评价15个构建方案的数量性状的代表性,多样性指数和表形频率方差评价质量性状的代表性。结果表明,以变量聚类进行降维、两步聚类结合地理来源分组、组内随机取样为甘薯构建核心种质的最佳方案,采用该方法构建的核心种质样本很好地保留了总资源的遗传多样性。 展开更多
关键词 甘薯 核心种质 农艺性状 降维方法 聚类方法
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基于水青树叶表型性状的核心种质资源库构建策略 预览
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作者 张欢 王东 +2 位作者 段帆 李珊 甘小洪 《林业科学研究》 CSCD 北大核心 2019年第2期166-173,共8页
[目的]为了更好地构建水青树核心种质资源库,本文以161个水青树种质为试材,利用叶表型性状的遗传变异数据,对其构建方法进行了探索。[方法]首先,采用欧氏距离和瓦尔德法对所有个体进行逐步聚类;然后,设定10个取样比例(10%、15%、20%、25... [目的]为了更好地构建水青树核心种质资源库,本文以161个水青树种质为试材,利用叶表型性状的遗传变异数据,对其构建方法进行了探索。[方法]首先,采用欧氏距离和瓦尔德法对所有个体进行逐步聚类;然后,设定10个取样比例(10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%),分别用随机取样策略、偏离度取样策略和位点优先取样策略筛选出与之对应的核心种质资源库。将这3种不同取样策略构建的核心种质资源库进行比较,从而筛选出最适种质资源。[结果](1)三种取样策略中,位点优先取样法明显提高了其种质资源库的方差差异百分率(VD)、变异系数变化率(VR)和极差符合率(CR),且45%是最适合构建水青树核心种质资源库的比例;(2)对种质资源核心库不同数量性状进行t检验,其累计贡献率达到82%以上。[结论]在欧氏距离结合瓦尔德法聚类条件下,位点优先取样策略是构建水青树种质资源核心库的最佳方法。 展开更多
关键词 水青树 核心种质资源库 遗传距离 聚类方法 取样策略 表型性状
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基于SSR 荧光标记的白蜡核心种质构建 预览
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作者 燕丽萍 吴德军 +6 位作者 毛秀红 姚俊修 任飞 李善文 王开芳 王因花 刘翠兰 《中南林业科技大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期1-9,共9页
白蜡为中国北方重要的盐碱地造林树种,研究其遗传多样性,进一步构建核心种质,对白蜡优异种质的筛选及开发利用具有重要作用,为广泛开展白蜡种质资源的保存评价、挖掘优异基因资源提供核心材料,同时也为白蜡育种提供优良基因资源。本研... 白蜡为中国北方重要的盐碱地造林树种,研究其遗传多样性,进一步构建核心种质,对白蜡优异种质的筛选及开发利用具有重要作用,为广泛开展白蜡种质资源的保存评价、挖掘优异基因资源提供核心材料,同时也为白蜡育种提供优良基因资源。本研究运用SSR标记的方法,选取田间表型性状差异较大的4个白蜡品种华雄、鲁蜡5号、金叶白蜡和金枝白蜡,采用聚丙烯酰胺凝胶电泳从500对SSR引物中筛选出扩增条带清晰、多态性好、扩增稳定的42对引物。从筛选出的每对引物5′端添加荧光标记后,采用毛细管法通过DNA分析仪检测202个样品不同等位变异的扩增片段,从42对SSR引物中筛选出17对扩增稳定的引物,建立基于高通量荧光SSR标记的白蜡种质鉴定体系。研究了来自全国22个地区的具有代表性的202份白蜡种质资源的遗传多样性,通过R语言包Genetic Subsetter构建出了40份白蜡核心种质。结果表明:选用的17对引物都表现出多态性,共检测出142个等位变异,平均每对引物等位基因数为8.353个;平均有效等位基因数为3.342;平均多态性信息含量为0.635。可见白蜡属植物种间变异较大,具有丰富的遗传多样性。构建了40份白蜡核心种质,占原始种质的20%,t检测表明,所构建的核心种质遗传多样性丰富,其代表的遗传多样性指标与原始种质资源差异不显著,说明获得的核心种质资源能够充分、最大程度地代表原始种质。研究结果为白蜡种质资源的收集、保护、评价及利用提供了宝贵的理论依据和物质基础。利用17对高效引物构建了白蜡属植物SSR高通量鉴定体系,构建的40份白蜡核心种质能够最大程度的代表其遗传多样性。 展开更多
关键词 白蜡属 种质资源 SSR标记 遗传多样性 核心种质
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Genetic diversity and population structure analysis of Capsicum germplasm accessions 预览
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作者 GU Xiao-zhen CAO Ya-cong +6 位作者 ZHANG Zheng-hai ZHANG Bao-xi ZHAO Hong ZHANG Xiao-min WANG Hai-ping LI Xi-xiang WANG Li-hao 《农业科学学报:英文版》 SCIE CAS CSCD 2019年第6期1312-1320,共9页
Genetic diversity plays an essential role in plant breeding and utilization.Pepper is an important vegetable and spice crop worldwide.The genetic diversity of 1 904 accessions of pepper conserved at the National Mid-t... Genetic diversity plays an essential role in plant breeding and utilization.Pepper is an important vegetable and spice crop worldwide.The genetic diversity of 1 904 accessions of pepper conserved at the National Mid-term Genebank for Vegetables,Beijing,China was analyzed based on 29 simple sequence repeat(SSR)markers,which were evenly distributed over 12 pepper chromosomes.The pepper accessions were divided into two groups in a genetic structure analysis,and the two groups showed obvious differences in fruit type and geographical distribution.We finally selected 248 accessions capturing 75.6%of the SSR alleles as the core collection for further research.Insights into the genetic structure of pepper provide the basis for population-level gene mining and genetic improvement. 展开更多
关键词 CAPSICUM GERMPLASM SSR GENETIC DIVERSITY core collection
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基于种苗表型初步构建中国樟树核心种质 预览
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作者 钟永达 赵善文 +11 位作者 程泽龙 李彦强 刘立盘 杨爱红 孙小艳 刘腾云 刘淑娟 肖亮 周华 吴照祥 蒋祥英 余发新 《江西农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期81-89,共9页
樟树是我国重要的经济、用材和绿化树种。构建中国樟树核心种质,不仅能准确快速挖掘优异基因源,而且能减少工作量、提高育种效率。以樟树种质资源库中的872份樟树种质资源为材料,根据种源分成45个组,基于种子大小、千粒质量、苗高和地径... 樟树是我国重要的经济、用材和绿化树种。构建中国樟树核心种质,不仅能准确快速挖掘优异基因源,而且能减少工作量、提高育种效率。以樟树种质资源库中的872份樟树种质资源为材料,根据种源分成45个组,基于种子大小、千粒质量、苗高和地径4个表型性状数据,构建了217份中国樟树核心种质。利用不同性状的多样性指数t检验、均值t检验、方差F检验、均值、极差、变异系数、表型方差、表型频率方差、表型保留比例、变异系数变化率、极差符合率等11个参数和主成分分析进行核心种质代表性检验和评价。结果表明,所构建的中国樟树核心种质能够较好的代表全部种质的遗传多样性。 展开更多
关键词 樟树 核心种质 种源 表型
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基于SSR标记构建甜玉米群体的核心种质
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作者 常利芳 白建荣 +3 位作者 李锐 张丛卓 张效梅 杨瑞娟 《玉米科学》 CSCD 北大核心 2018年第3期40-49,共10页
利用40对SSR引物分别分析56份超甜玉米和88份普甜玉米群体材料,基于非加权算术平均配对法(UPGMA)聚类分析和位点优先取样法,分别筛选出14个超甜玉米核心材料和19个普甜玉米材料作为两个亚群体种质。t测验表明,两个亚核心种质与原始群... 利用40对SSR引物分别分析56份超甜玉米和88份普甜玉米群体材料,基于非加权算术平均配对法(UPGMA)聚类分析和位点优先取样法,分别筛选出14个超甜玉米核心材料和19个普甜玉米材料作为两个亚群体种质。t测验表明,两个亚核心种质与原始群体的等位变异无显著差异(P〉0.05),等位变异保留率分别为87.81%和89.13%,有效地保留了原始材料群体的遗传变异。两个亚群核心种质与原始材料群体13个表型性状的均值、标准差、极差、变异系数和Shannon-Weaver多样性指数(H’)的平均符合率都在80%以上,并且均值差异百分率(MD)和方差差异百分率(VD)均小于20%,极差符合率(CR)和变异系数变化率(VR)均大于80%,符合核心种质的质量评价标准。构建的甜玉米核心种质最大程度地保留了原始群体的遗传多样性和表型变异,能够有效地代表原始甜玉米材料群体。 展开更多
关键词 甜玉米 SSR标记 遗传多样性 核心种质
基于等位基因最大化法初步构建杜仲核心种质 预览 被引量:1
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作者 李洪果 许基煌 +3 位作者 杜红岩 乌云塔娜 刘攀峰 杜庆鑫 《林业科学》 CSCD 北大核心 2018年第2期42-51,共10页
【目的】构建杜仲核心种质,去除基因库中的遗传冗余,为杜仲种质资源的保存、研究和利用提供依据。【方法】以国内外54个地区的887份杜仲种质资源为试验材料,基于9对基因组SSR引物和等位基因数目最大化策略构建杜仲核心种质。利用分子生... 【目的】构建杜仲核心种质,去除基因库中的遗传冗余,为杜仲种质资源的保存、研究和利用提供依据。【方法】以国内外54个地区的887份杜仲种质资源为试验材料,基于9对基因组SSR引物和等位基因数目最大化策略构建杜仲核心种质。利用分子生物学软件和统计分析软件,通过等位基因数(n)、平均等位基因数(Na)、平均有效等位基因数(Ne)、平均Shannon指数(I)、平均Nei’s遗传多样性指数(H)、平均基因型数(Ng)、平均多态信息含量(PIC)7个遗传多样性参数及其保留比例对所构建核心种质进行评价,结合遗传多样性指数的t检验法和主坐标分析法(PCo A)验证和确认核心种质对原始种质的代表性。【结果】9对SSR引物共检测到107个等位基因,遗传多样性参数Ne、I、H分别为5.096、1.812、0.925,表明杜仲种质资源具有丰富的遗传多样性。887份杜仲种质基于等位基因数目最大化原则得到189份核心种质和698份保留种质。189份核心种质占原始种质样品数的21.3%,保存了原始种质100%的等位基因,9个SSR位点的遗传多样性参数Na、Ne、I、H、Ng、PIC的保留比例分别为100%、116.5%、108.7%、101.5%、100%、103.3%;以上参数经t检验,与原始种质在0.01水平上差异不显著,主坐标分析也表明,核心种质与原始种质的样品在分布图上有着相似的分布结构,说明构建的核心种质具有代表性。698份保留种质占原始种质样品数的78.7%,保存了原始种质86.9%的等位基因,9个SSR位点的遗传多样性参数Na、Ne、I、H、Ng、PIC的保留比例分别为86.9%、95.7%、96.7%、99.4%、77%、99%;以上参数经t检验,与原始种质在0.01水平上差异不显著。【结论】构建的核心种质具有代表性,保存了原始种质全部的等位基因和基因型,核心种质与原始种质群体的6个遗传多样性参数(Na、Ne、I、H、Ng、PIC)差异不显著,核心种质与原 展开更多
关键词 杜仲 核心种质 SSR
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广西普通野生稻群体结构解析与核心种质构建 被引量:1
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作者 潘英华 徐志健 梁云涛 《植物遗传资源学报》 CSCD 北大核心 2018年第3期498-509,共12页
利用覆盖水稻12条染色体的64个分子标记,对广西境内已发现的283个野生稻自然居群按居群取样原则采集4173份代表性样本进行遗传结构分析并构建核心种质。结果显示,64个标记位点共检测出1180个等位变异,平均等位变异数为18.4375,Shan... 利用覆盖水稻12条染色体的64个分子标记,对广西境内已发现的283个野生稻自然居群按居群取样原则采集4173份代表性样本进行遗传结构分析并构建核心种质。结果显示,64个标记位点共检测出1180个等位变异,平均等位变异数为18.4375,Shannon指数为1.7367,Nei's多样性指数0.7182,表明广西普通野生稻资源遗传多样性十分丰富。同时,基于广西普通野生稻群体结构,构建了包含351份种质的广西普通野生稻核心种质,占原样本数的8.41%。广西普通野生稻核心种质,代表广西普通野生稻的多样性和特异性,为野生稻遗传资源的深入研究提供基础,从而为水稻育种提供应用信息。 展开更多
关键词 广西普通野生稻 分子标记 遗传多样性 核心种质
基于β-AS基因多态性的金铁锁核心种质构建
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作者 吴利玲 高亚芳 +2 位作者 钱子刚 刘小莉 李国栋 《中国中药杂志》 CSCD 北大核心 2018年第21期4220-4225,共6页
金铁锁是"云南白药"的重要组分,为我国西南地区的特有二级濒危保护植物。其野生资源已不能满足医药生产的需求,亟需通过对其种质资源进行研究,构建金铁锁核心种质。为金铁锁种质改良、分子育种等奠定基础。该研究采用了关键... 金铁锁是"云南白药"的重要组分,为我国西南地区的特有二级濒危保护植物。其野生资源已不能满足医药生产的需求,亟需通过对其种质资源进行研究,构建金铁锁核心种质。为金铁锁种质改良、分子育种等奠定基础。该研究采用了关键酶基因(β-AS)作为核基因标记对金铁锁进行了谱系地理学研究。研究结果显示,在所有居群中,总共检测到36个单倍型,单倍型多样性(Hd=0.905)较高,居群间存在一定的遗传分化(GST=0.280)。AMOVA结果显示,金铁锁居群内遗传多样性较低(22.57%),居群间的遗传变异占77.43%。单倍型分布结合网状进化分析结果显示,Hap1为普通单倍型,且位于网状图的中心位置,可判断为祖先单倍型。Hap2,Hap4,Hap15,Hap16共享单倍型,剩余的为居群特有单倍型。在此基础上,为了最大限度的保存金铁锁的遗传多样性,依据药用植物核心种质构建的标准提出了金铁锁核心种质的构建策略。 展开更多
关键词 金铁锁 β-AS基因 谱系地理学 核心种质
青稞种质资源遗传多样性分析与核心种质群体的构建 预览 被引量:1
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作者 原红军 曾兴权 +3 位作者 徐其君 王玉林 扎桑 尼玛扎西 《麦类作物学报》 CSCD 北大核心 2018年第8期922-928,共7页
为有针对性地利用青稞种质资源,收集世界各地青稞种质资源共1 220份,利用95对SSR引物评估其遗传多样性与亲缘关系。结果表明,利用95对SSR引物总共检测到451个等位变异,平均每对引物4.74个,变化范围为1-19。1 220份青稞种质可被划分为A1... 为有针对性地利用青稞种质资源,收集世界各地青稞种质资源共1 220份,利用95对SSR引物评估其遗传多样性与亲缘关系。结果表明,利用95对SSR引物总共检测到451个等位变异,平均每对引物4.74个,变化范围为1-19。1 220份青稞种质可被划分为A1和A2两个亚群,A1亚群有192份材料,主要为国外青稞种质;A2亚群有1 028份材料,主要为青藏高原地区种质;与A2亚群相比,A1亚群具有较高的遗传多样性和等位变异丰度。分子方差分析和遗传分化分析显示,A1和A2亚群间具有显著的群体分化,群体间遗传差异能解释17.29%群体方差。构建的青稞核心种质群体包括300个材料,代表了原始群体约98.4%的遗传变异和94.7%以上的表型变异。 展开更多
关键词 青稞 遗传多样性 群体结构 核心种质 SSR
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利用表型性状构建杜仲雄性资源核心种质 被引量:1
12
作者 李洪果 杜红岩 +4 位作者 贾宏炎 谌红辉 许基煌 杜庆鑫 王璐 《分子植物育种》 CSCD 北大核心 2018年第2期591-601,共11页
以306份杜仲雄性种质为试验材料,通过测量杜仲雄花和叶片等相关的22个表型性状,从遗传距离、取样方法、取样比例、聚类方法 4个层次探讨了构建杜仲雄性资源核心种质的最佳取样策略。应用均值差异百分率(MD)、方差差异百分率(VD)、... 以306份杜仲雄性种质为试验材料,通过测量杜仲雄花和叶片等相关的22个表型性状,从遗传距离、取样方法、取样比例、聚类方法 4个层次探讨了构建杜仲雄性资源核心种质的最佳取样策略。应用均值差异百分率(MD)、方差差异百分率(VD)、极差符合率(CR)和变异系数变化率(VR)4个参数来检验各取样策略的优劣。通过比较核心种质和原始种质的表型多样性指数、符合率和主成分,对构建的核心种质进行代表性检验。结果表明:"多次聚类优先取样法+10%的取样比例+马氏距离+最短距离法"取样策略最佳,其均值差异百分率、方差差异百分率、极差符合率和变异系数变化率分别为0%、86.36%、100%和157.62%。核心种质的最终取样比例为10.8%。核心种质与原始种质22个表型性状上的多样性指数t检验结果不显著。核心种质与原始种质在22个指标上的均值符合率在92%-100%之间,最大值、最小值符合率为100%,多样性指数符合率在89%-100%之间。原始种质和核心种质的前10个主成分相同,累积贡献率分别为84.834%和90.422%。获得的33份杜仲雄性种质能够代表306份原始种质的表型变异特征。 展开更多
关键词 杜仲 核心种质 表型性状 种质资源
利用ISSR分子标记构建濒危植物水青树核心种质 预览
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作者 段帆 张欢 +2 位作者 李珊 田忠琼 甘小洪 《亚热带植物科学》 2018年第2期101-106,共6页
基于全国26个居群的174份水青树Tetracentron sinense种质,利用14条ISSR引物,采用UPGMA聚类法进行多次逐步聚类,利用三种取样策略(随机取样策略、位点优先取样策略和偏离度取样策略)构建初始核心种质,并将各遗传多样性指标进行比较分... 基于全国26个居群的174份水青树Tetracentron sinense种质,利用14条ISSR引物,采用UPGMA聚类法进行多次逐步聚类,利用三种取样策略(随机取样策略、位点优先取样策略和偏离度取样策略)构建初始核心种质,并将各遗传多样性指标进行比较分析,从而确定构建水青树核心种质的最佳方法。利用14条ISSR引物扩增出180个条带,其观测等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei's基因多样性指数(H)与Shannon信息指数(I)分别为1.6944、1.3912、0.2321和0.3509,说明水青树具有较低的遗传多样性。采用位点优先取样策略构建的核心种质各遗传多样性指数均大于随机取样策略和偏离度取样策略。利用位点优先取样策略构建了78份核心种质资源,保留了44.83%原种质样品,遗传多样性指数Na、Ne、H和I的保留率分别为98.69%、100.01%、99.27%和98.67%,比较完好地保留了原种质的遗传多样性和遗传变异。因此,位点优先取样策略是构建水青树核心种质的最佳取样策略。 展开更多
关键词 水青树 核心种质 ISSR标记 取样策略
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基于SSR标记的楸树遗传多样性及核心种质构建 预览 被引量:2
14
作者 方乐成 夏慧敏 +1 位作者 麻文俊 张新叶 《东北林业大学学报》 CSCD 北大核心 2017年第8期1-5,共5页
利用SSR标记对192个楸树种质资源进行遗传多样性和亲缘关系研究。试验筛选出13对引物对192份供试材料进行扩增,共获得89个等位基因位点,有效等位基因平均为3.795 9,Shannon’s多样性指数平均值为0.506 6;Nei’s遗传多样性平均值为0.667 ... 利用SSR标记对192个楸树种质资源进行遗传多样性和亲缘关系研究。试验筛选出13对引物对192份供试材料进行扩增,共获得89个等位基因位点,有效等位基因平均为3.795 9,Shannon’s多样性指数平均值为0.506 6;Nei’s遗传多样性平均值为0.667 7。用MEGA6.0软件对192份楸树材料进行遗传距离分析,通过聚类分析构建出供试材料楸树种质资源间的聚类图。利用SSR分子标记,采用多次聚类结合位点优先的取样策略,比较了样本数不同的4个核心样本群的等位基因数、有效等位基因数、Shannon’s指数和Nei’s遗传多样等参数,初步构建了192份楸树种质材料的46份核心种质。核心种质保留了初始种质23.96%的样品。 展开更多
关键词 楸树 微卫星 分子标记 遗传多样性 核心种质
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基于ISSR标记的山茱萸核心种质构建 被引量:2
15
作者 赵宁 杨孟莉 +5 位作者 李继东 郑先波 谭彬 叶霞 赵志浩 冯建灿 《农业生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第4期579-587,共9页
山茱萸(Cornus officinalis)是我国独有的木本中药材,良种培育对提高山茱萸产业效益有重要意义,种质资源是良种培育的基础。为了更加高效地开展山茱萸种质资源收集评价和保存利用,本研究从自全国11个省(市)采集129份山茱萸样品... 山茱萸(Cornus officinalis)是我国独有的木本中药材,良种培育对提高山茱萸产业效益有重要意义,种质资源是良种培育的基础。为了更加高效地开展山茱萸种质资源收集评价和保存利用,本研究从自全国11个省(市)采集129份山茱萸样品,利用11条简单重复序列区间(inter-simple sequence repeat, ISSR)引物进行PCR扩增,使用随机取样和位点优先取样两种聚类分析策略,分别采用简单匹配(simple matching, SM)遗传相似系数、Jaccard遗传相似系数和Nei & Li遗传相似系数3种遗传距离,进行核心种质的选择。用SPSS 19.0软件对原种质、核心种质和保留种质的群体遗传参数进行T检验,以评价核心种质的代表性和异质性,对原种质和核心种质的形态指标进行异质性检验,来确认核心种质的代表性。11条引物共从129个样品扩增出87个条带,全部为多态性位点,群体观测等位基因数(number of alleles, Na)为2.000 0,平均有效等位基因数(number of effective alleles, Ne)为1.438 8,平均Nei's遗传多样性指数(Nei's genetic diversity index, H)为0.259 3,平均香农信息指数(average Shannon's information index, I)为0.400 6,表明收集的山茱萸材料在DNA分子水平上有较高的遗传多样性。聚类分析的结果,认为不同地区的居群间种质资源存在一定的地理隔离和遗传分化。根据6种聚类取样方法结果的比较,采用位点优先取样策略和Nei & Li遗传距离的S1D3组,选取出的34份样品,是6组初选种质中群体遗传多样性参数最高的,有效等位基因数、Nei's遗传多样性指数和香农信息指数均显著大于保留种质,遗传多样性较保留种质丰富。对比原种质和核心种质的叶片和果实的13个表型指标,除叶片宽、叶柄长和果干重3个性状有差异外,其他10个性状指标核心种质与原种质均无显著差异,所选的核心种� 展开更多
关键词 山茱萸 核心种质 ISSR标记 位点优先策略 随机取样策略
广西地方稻种资源核心种质的耐盐性鉴定评价 预览 被引量:4
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作者 夏秀忠 张宗琼 +6 位作者 杨行海 农保选 曾宇 刘开强 邓国富 茌洁 李丹婷 《南方农业学报》 CSCD 北大核心 2017年第6期979-984,共6页
[目的]筛选耐盐性强的优异栽培稻种质资源,为盐碱地的改良提供品种支持,也为耐盐育种、耐盐基因的挖掘提供理论依据.[方法]以419份广西水稻地方品种核心种质为试验材料,进行芽期和苗期的耐盐性鉴定评价,芽期鉴定采用1.5%NaCl溶液进行盐... [目的]筛选耐盐性强的优异栽培稻种质资源,为盐碱地的改良提供品种支持,也为耐盐育种、耐盐基因的挖掘提供理论依据.[方法]以419份广西水稻地方品种核心种质为试验材料,进行芽期和苗期的耐盐性鉴定评价,芽期鉴定采用1.5%NaCl溶液进行盐胁迫,以相对盐害率为耐盐评级指标;苗期鉴定采用沙培法,用0.5%NaCl溶液进行盐胁迫,以死叶率作为评级指标,以植株矮化率为参考指标.[结果]广西水稻芽期耐盐性等级为3.77级,芽期耐盐资源主要集中于1级和3级,占参试总数的62.53%;苗期耐盐性等级为7.15级,大部分资源耐盐主要集中于7级和9级,占参试总数的75.89%.在水稻不同类型耐盐性比较中,芽期平均耐盐性籼稻(3.64)高于粳稻(4.28),籼稻变异系数(69.12)大于粳稻(60.28);苗期平均耐盐性籼稻(6.91)高于粳稻(8.03),籼稻变异系数(30.21)大于粳稻(18.43);籼稻苗期鉴定株高矮化率(32.73)和变异系数(50.92)均小于粳稻株高矮化率(37.22)和变异系数(63.62);相关分析结果表明,籼稻(r=0.0667)和粳稻(r=-0.0531)的芽期和苗期耐盐等级均无显著相关(P〉0.05).对不同稻作区水稻耐盐性进行比较,广西桂南稻作区水稻的平均耐盐性在芽期(3.48)和苗期(6.97)为4个稻作区中最高.[结论]广西水稻地方品种资源芽期耐盐性强于苗期,籼稻耐盐性强于粳稻,以芽期1级和苗期1、3级进行耐盐种质筛选,获得杨村一号等12份优异耐盐种质资源,可作为耐盐育种的亲本选育及在耐盐基因挖掘中加以利用. 展开更多
关键词 水稻 地方品种 核心种质 耐盐性 种质资源 广西
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基于SSR标记的木荷核心种质构建 预览 被引量:5
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作者 杨汉波 张蕊 +2 位作者 王帮顺 徐肇友 周志春 《林业科学》 CSCD 北大核心 2017年第6期37-46,共10页
【目的】通过对比分析与评价以确定木荷核心种质构建的最适取样策略和比例,并构建木荷核心种质;在此基础上,进一步建立核心种质分子身份信息,为木荷种质资源的深入研究和加强利用、发掘优异基因资源提供理论依据和核心材料,同时也可为... 【目的】通过对比分析与评价以确定木荷核心种质构建的最适取样策略和比例,并构建木荷核心种质;在此基础上,进一步建立核心种质分子身份信息,为木荷种质资源的深入研究和加强利用、发掘优异基因资源提供理论依据和核心材料,同时也可为其他多年生木本植物核心种质的构建提供参考。【方法】利用13对SSR引物,以来自7个省(市)29个地区的754份木荷种质资源为材料,利用M策略(M)、随机取样法(R)、遗传多样性最大化法(SAGD)和等位基因最大化法(SANA)分别构建核心种质。采用等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)和Shannon’s信息指数(I)等遗传多样性指标进行比较分析来确定最适合的构建方法。【结果】13对SSR引物共检测到128个等位基因(Na),平均有效等位基因数(Ne)为3.47,Shannon’s信息指数(I)为1.39,表明木荷种质资源具有丰富的遗传多样性。SANA、SAGD和M策略构建的核心种质均优于R策略。SANA和SAGD法抽取的核心种质对原有种质均具有较好的代表性,但等位基因保留率较低。M策略构建的核心种质等位基因(Na)保留比例明显高于其他3种策略所构建的核心种质。根据遗传多样性参数综合考虑,同时考虑抽样数量,M策略构建的核心种质能以最小的取样量、最大程度地保留原有种质的遗传多样性,为最优的取样策略。采用主坐标分析法显示,M策略构建的核心种质能够较全面地代表木荷种质资源的遗传多样性,利用该策略得到的115份木荷核心种质,保留了原有种质15.3%的种质材料,等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)和Shannon’s信息指数(I)的保留率分别达到93.8%,115.6%和109.9%。依据13对SSR引物的扩增数据,经过多态性谱带的有序编码转换,构建了115份木荷核心种质的特异分子身份信息,置信概率达到99.99%,具有有效性和唯一性。【结� 展开更多
关键词 木荷 SSR标记 核心种质 分子身份信息
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基于GWAS发掘甜瓜核心种质果实性状的关联位点
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作者 王艳玲 许彦宾 +6 位作者 李琼 王盼乔 胡建斌 杨路明 朱华玉 孙守如 马长生 《农业生物技术学报》 CSCD 北大核心 2017年第9期1434-1442,共9页
甜瓜(Cucumis melo)果实外观性状是重要的农艺性状,发掘影响甜瓜果实性状变异的基因(位点)是对果实外观品质进行遗传改良的基础。为此,本研究利用在甜瓜染色体上均匀分布的104个SSR,对甜瓜核心种质进行基因型鉴定,并对2013-2015年连... 甜瓜(Cucumis melo)果实外观性状是重要的农艺性状,发掘影响甜瓜果实性状变异的基因(位点)是对果实外观品质进行遗传改良的基础。为此,本研究利用在甜瓜染色体上均匀分布的104个SSR,对甜瓜核心种质进行基因型鉴定,并对2013-2015年连续3年间的5个果实性状进行全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)。结果表明,在甜瓜核心种质中共检测到456个等位基因,标记的多态性信息含量(polymorphism information content,PIC)为0.12~0.89,平均PIC为0.51。核心种质的遗传多样性较丰富,5个果实性状的多样性指数(Shannon Wiener index,H′)均高于2.0。基于贝叶斯模型可将核心种质分为2个亚群,亚群的划分与甜瓜亚种分类一致。利用GWAS在3个环境下共检测到42个极显著关联位点(P〈0.01),4个位点(HNM36、DM0035、HNM38和DM0767)在3年间重复出现,21个位点在2年间重复出现,一些稳定表达的位点与前人连锁分析结果的一致性较高。与果纵径(fruit length,FL)、果横径(fruit diameter,FD)、果形指数(fruit shape index,FS)、果肉厚度(flesh thickness,FT)和单果鲜重(fruit fresh weight,FW)相关位点数分别有10、5、9、8和10个,具有最大表型解释率的位点分别为HNM36、HNM16、CMCCA145、HNM31和HNM31。研究结果为甜瓜果实性状QTL精细定位、候选基因发掘和分子标记开发提供基础。 展开更多
关键词 甜瓜 核心种质 果实性状 全基因组关联分析(GWAS)
乌桕种质资源分子标记评价及核心种质初步构建 被引量:2
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作者 彭婵 李振芳 +1 位作者 向珊珊 张新叶 《分子植物育种》 CSCD 北大核心 2017年第4期1455-1460,共6页
本研究应用SRAP标记技术,利用10对高效多态性标记对128份乌桕种质资源的遗传多样性进行分析,再根据逐步聚类和随机取样2种方法进行组内个体选择,构建了包含有17份种质的初级核心种质库,结果显示128份乌桕种质资源变异丰富,多态性较高,... 本研究应用SRAP标记技术,利用10对高效多态性标记对128份乌桕种质资源的遗传多样性进行分析,再根据逐步聚类和随机取样2种方法进行组内个体选择,构建了包含有17份种质的初级核心种质库,结果显示128份乌桕种质资源变异丰富,多态性较高,构建的核心种质保留了13%的初始种质,比较核心种质和初始种质遗传多样性保留率(多态性位点83.95%,观测等位基因数92.17%,有效等位基因数101.79%,Nei's遗传多样性指数104.52%,Shannon's信息指数102.09%)符合核心种质的要求,表明本研究所构建的核心种质很好的保留了原始种质的遗传多样性。 展开更多
关键词 乌桕 种质资源 核心样品 多样性指数
苦瓜核心种质资源构建方法的比较 预览 被引量:7
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作者 刘子记 牛玉 +2 位作者 朱婕 刘昭华 杨衍 《华南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第1期31-37,共7页
【目的】通过比较不同方法构建的苦瓜Momordica charantia核心种质资源的优劣,选择能代表原群体遗传多样性的核心种质,为苦瓜种质资源的高效利用提供依据。【方法】采用混合线性模型对154份苦瓜种质的第1雌花节位、瓜纵径、瓜橫径、瓜... 【目的】通过比较不同方法构建的苦瓜Momordica charantia核心种质资源的优劣,选择能代表原群体遗传多样性的核心种质,为苦瓜种质资源的高效利用提供依据。【方法】采用混合线性模型对154份苦瓜种质的第1雌花节位、瓜纵径、瓜橫径、瓜肉厚和单瓜质量等5个性状的基因型值进行无偏预测;基于性状的基因型预测值,采用马氏距离计算苦瓜种质间的遗传距离;通过8种聚类方法和3种抽样方法,按照30%的抽样率构建苦瓜核心种质资源,评价不同聚类方法和抽样方法构建苦瓜核心种质的优劣。【结果】8种聚类方法构建的核心种质所有5个性状的变异系数均高于原群体;最短距离法构建的苦瓜核心种质5个性状的方差和变异系数均高于原群体,明显优于其他7种聚类方法。优先抽样法和偏离度抽样法构建的核心种质的极差与原群体一致,但偏离度抽样法构建的苦瓜核心种质有3个性状的变异系数高于其他2种抽样法,表明偏离度抽样法略优于随机抽样法和优先抽样法;基于马氏距离、偏离度抽样法及最短距离法获得了46份苦瓜核心种质,其中,Y5、Y87、Y112和Y139为苦瓜骨干材料。【结论】基于马氏距离、偏离度抽样法及最短距离法获取的46份苦瓜核心资源能够代表原群体的遗传多样性。本研究进一步证实了来源于印度及东南亚地区的苦瓜种质具有丰富的遗传多样性,为苦瓜种质资源的收集、评价与高效利用提供了重要依据。 展开更多
关键词 苦瓜 核心种质 基因型值 抽样方法 聚类方法
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