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肠易激综合征各亚型与肠道菌群关系的初步研究 预览
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作者 胡勤 刘苗 韦懿 《检验医学与临床》 CAS 2019年第7期926-930,共5页
目的筛选研究肠道菌群的最佳标本类型,初步分析肠易激综合征(IBS)患者各亚型肠道菌群多样性变化及特异性菌群结构。方法根据罗马Ⅲ诊断标准,严格选择腹泻型IBS(IBS-D)患者51例,便秘型IBS(IBS-C)患者29例,混合型IBS(IBS-A)患者22例,以及... 目的筛选研究肠道菌群的最佳标本类型,初步分析肠易激综合征(IBS)患者各亚型肠道菌群多样性变化及特异性菌群结构。方法根据罗马Ⅲ诊断标准,严格选择腹泻型IBS(IBS-D)患者51例,便秘型IBS(IBS-C)患者29例,混合型IBS(IBS-A)患者22例,以及健康对照者(对照组)40例;选择肠腔内液、组织、粪便作为标本进行优越性筛选;提取基因组DNA,巢式聚合酶链反应扩增细菌16srDNA及V1~V3区,采用变性梯度凝胶电泳等技术分析菌群多样性。结果同一患者不同标本中菌群多样性和结构组成比较显示,肠腔内液和组织标本相似,粪便标本与其他两种标本有明显差异;与对照组比较,IBS患者组菌群多样性指数(Shannon指数和Simpson指数)明显降低,差异有统计学意义(P<0.05);测序结果共鉴定出10条序列,于美国国家生物技术信息中心数据库blast后显示为:Bacteroides、Lachnospira、Enterobacter、Lactobacillus、Butyrivibrio、Enterococcus、Pseudobutyrivibrio、Bifidobacterium、Dorea、Tender fusobacterium,其中Enterobacter在所有IBS亚型中均明显增高(P<0.01);Bacteroides主要在IBS-A患者肠道定植增多(P<0.05);Lactobacillus和Bifidobacterium在IBS-D、IBS-C患者肠道定植明显多于对照组(P<0.01);Enterococcus只在IBS-A患者肠道定植增多(P<0.01);Tender fusobacterium只在IBS-D患者中减少(P<0.05);Dorea在IBS-D和IBS-A患者中出现频率增高(P<0.01)。结论肠腔内液标本可代替组织标本研究IBS患者肠道定植菌群结构和组成;IBS患者肠道菌群多样性明显降低,且各亚型肠道菌群组成和数量也有明显差异。 展开更多
关键词 肠易激综合征 巢氏聚合酶链反应 变性梯度凝胶电泳 肠道菌群 肠腔内液
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恩施地区酸萝卜中细菌多样性研究 预览
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作者 颜娜 王玉荣 +3 位作者 廖华 赵慧君 张振东 郭壮 《中国食品添加剂》 CAS 2019年第1期69-76,共8页
采用Miseq高通量测序技术、变性梯度凝胶电泳技术以及传统微生物学手段对恩施地区酸萝卜中细菌和乳酸菌多样性进行了解析。结果发现酸萝卜中的优势菌主要为隶属于Firmicutes的Lactobacillus和Pediococcus构成,其平均相对含量分别为55.76... 采用Miseq高通量测序技术、变性梯度凝胶电泳技术以及传统微生物学手段对恩施地区酸萝卜中细菌和乳酸菌多样性进行了解析。结果发现酸萝卜中的优势菌主要为隶属于Firmicutes的Lactobacillus和Pediococcus构成,其平均相对含量分别为55.76%和34.50%。经DGGE分析发现,酸萝卜中乳酸菌主要包括L. kefiri、P. tuberculata、L. senmaizukei、L. acetotolerans、L. acetotolerans和L. kefiri。从3个样品中共分离出14株乳酸菌,其中L.plantarum subsp. plantarum 5株,E.faecium、L.paracasei subsp. paracasei、L.fermentum和L.alimentarius各2株以及L.brevis 1株。由此可见,Lactobacillus是恩施酸萝卜中的优势细菌且多样性较高。 展开更多
关键词 酸萝卜 细菌 乳酸菌 高通量测序 变性梯度凝胶电泳
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处理不同废水厌氧颗粒污泥特性及微生物动态变化研究 预览
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作者 周铁安 王宁 刘永红 《广东化工》 CAS 2018年第17期238-240,共3页
作为生物法处理的主体,污泥是影响水处理效率的核心.本文旨在相同水平下综合考察处理不同废水的厌氧颗粒污泥,在不同运行阶段下污泥性质及其内部微生物的动态变化,以期获得颗粒污泥内部宏观和微观的变化规律,为揭示厌氧颗粒污泥处理实... 作为生物法处理的主体,污泥是影响水处理效率的核心.本文旨在相同水平下综合考察处理不同废水的厌氧颗粒污泥,在不同运行阶段下污泥性质及其内部微生物的动态变化,以期获得颗粒污泥内部宏观和微观的变化规律,为揭示厌氧颗粒污泥处理实际工业废水中出现的问题及反应器运行调控做理论指导.3种处理废水分别为模拟葡萄糖废水、实际造纸废水和实际印染废水,主要考察的污泥性能指标有比产甲烷活性、污泥机械强度及微生物菌群多样性等. 展开更多
关键词 UASB反应器 厌氧颗粒污泥 变性梯度凝胶电泳(DGGE) 细菌 古菌
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结直肠癌患者腹腔镜根治术前后肠道菌群的变化研究 预览
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作者 苏超云 施奕君 魏庆忠 《中华普外科手术学杂志(电子版)》 2018年第6期481-484,共4页
目的 研究结直肠癌患者腹腔镜根治术前后肠道菌群的变化。方法 选择2016年6月到2017年12月收治的结直肠癌患者46例作为结直肠癌组,选择同期健康体检者46例为健康体检组。纳入患者均行腹腔镜根治术,在术前、术后分别采集一次新鲜粪便,测... 目的 研究结直肠癌患者腹腔镜根治术前后肠道菌群的变化。方法 选择2016年6月到2017年12月收治的结直肠癌患者46例作为结直肠癌组,选择同期健康体检者46例为健康体检组。纳入患者均行腹腔镜根治术,在术前、术后分别采集一次新鲜粪便,测定采集粪便中肠道菌群DNA情况,采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳测定患者手术前、后肠道菌群情况,根据测定结果绘制相应的图谱,分析手术前、后肠道菌群的变化情况。采用SPSS18. 0软件处理,肠道菌群的多样性及丰富度采用(x珋±s)表示,采用配对t检验或F检验,P 〈0. 05差异有统计学意义。结果 对粪便进行PCR扩增,获得的肠道菌群各带均处于200 b P左右,与预期的DNA片段长度相吻合;健康体检者粪便标本多样性指数(H)为(5. 6±0. 2),丰富度(E)为(77. 1±0. 4)条;结直肠癌患者术前粪便标本多样性指数(H)为(3. 8±0. 1)、术后为(4. 1±0. 1),术前丰富度(E)为(45. 3±0. 9)条、术后为(50. 6±0. 6)条,术后肠道菌群多样性及丰富度比术前增加(P 〈0. 05),但仍低于健康体检组(P 〈0. 05)。肠道菌群的多样性及丰富度与患者的年龄、临床分期有关(P 〈0. 05),与性别、病程、肿瘤类型无关(P〉 0. 05)。结论 正常人肠道菌群的多样性及丰富度较结直肠癌患者高,其与患者的年龄、临床分期有关。临床通过肠道菌群变化分析有助于指导临床治疗。 展开更多
关键词 结直肠肿瘤 腹腔镜检查 肠杆菌科 变性梯度凝胶电泳
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基于16S rRNA的高通量测序和DGGE法对比新鲜与4℃贮藏腐败的凡纳滨对虾微生物菌群变化
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作者 杨胜平 谢晶 钱韻芳 《中国食品学报》 CSCD 北大核心 2018年第9期280-287,共8页
以新鲜和4℃条件下贮藏4 d腐败后的凡纳滨对虾为研究对象,分别采用高通量测序和变性梯度凝胶电泳(DGGE)指纹图谱技术研究对虾微生物菌群组成。结果显示:微生物在门、纲、目、科和属的分类水平上,高通量测序技术检测出新鲜对虾和腐败... 以新鲜和4℃条件下贮藏4 d腐败后的凡纳滨对虾为研究对象,分别采用高通量测序和变性梯度凝胶电泳(DGGE)指纹图谱技术研究对虾微生物菌群组成。结果显示:微生物在门、纲、目、科和属的分类水平上,高通量测序技术检测出新鲜对虾和腐败对虾分别有18和19门、33和46纲、60和89目、93和150科、191和304属;而DGGE法对新鲜对虾和腐败对虾均仅检测到1门、1纲,分别检测到4和5目,3和4科,6和7属。高通量测序检测到新鲜和腐败凡纳滨对虾微生物的4个优势门类群分别为变形菌门(87.54%和91.17%)、拟杆菌门(8.93%和1.05%)、厚壁菌门(1.01%和4.54%)和梭杆菌门(1.01%和0.2%),而DGGE法检测到的门水平优势类群仅变形菌门,表明高通量测序法与DGGE法在反映样本微生物群落规模上具有较大差异。通过DGGE法和高通量测序法发现贮藏期间腐败凡纳滨对虾中弧菌属微生物的相对丰度较新鲜对虾明显降低,而以腐败希瓦氏菌和波罗的海希瓦氏菌为主的希瓦氏菌属微生物相对丰度上升,说明这两种方法在反映优势菌群演替变化规律上结果一致,其中,高通量测序法检测灵敏度和精度更高。 展开更多
关键词 高通量测序 变性梯度凝胶电泳 凡纳滨对虾 微生物菌群
重症急性胰腺炎病人外周血细菌DNA分子谱图
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作者 唐春 赵晓璠 +4 位作者 何琴 童智慧 王晨阳 李秋荣 黎介寿 《肠外与肠内营养》 北大核心 2018年第1期46-51,共6页
目的:构建重症急性胰腺炎(SAP)病人外周血细菌DNA分子谱图,探讨细菌易位与SAP感染并发症形成的潜在联系。方法:30例SAP病人纳入本研究,依据病情分为脓毒症组、脓毒症休克组和感染组,每组10例。收集病人外周血,提取DNA,PCR扩增后行... 目的:构建重症急性胰腺炎(SAP)病人外周血细菌DNA分子谱图,探讨细菌易位与SAP感染并发症形成的潜在联系。方法:30例SAP病人纳入本研究,依据病情分为脓毒症组、脓毒症休克组和感染组,每组10例。收集病人外周血,提取DNA,PCR扩增后行变性梯度凝胶电泳,对明显条带进行切胶回收和测序,确定细菌种属。结果:脓毒症休克病人外周血细菌DNA阳性率为100%,均由3种以上细菌组成,超过一半病人细菌达5~8种,最常见细菌为大肠杆菌、凝结芽孢杆菌、恶臭假单胞菌、铜绿假单胞菌和肺炎克雷伯菌,阳性率均超过40%。脓毒症病人外周血细菌DNA阳性率为90%,由2~4种细菌构成,常见细菌为恶臭假单胞菌、福氏志贺菌、金黄色葡萄球菌和屎肠球菌,阳性率为20%~60%。感染组病人外周血细菌DNA阳性率为70%,多为单一种类细菌。结论:不同病情SAP病人外周血细菌谱图有显著差异,多细菌易位可能在全身性感染形成起重要作用,加深了我们对SAP脓毒症发生机制的理解,为临床感染预防和治疗提供参考。 展开更多
关键词 重症急性胰腺炎 脓毒症 细菌易位 变性梯度凝胶电泳 DNA测序
腌菜中细菌多样性研究及乳酸菌分离鉴定 预览
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作者 尚雪娇 代程洋 +3 位作者 王玉荣 廖华 张振东 郭壮 《中国酿造》 北大核心 2018年第11期40-44,共5页
以恩施地区采集的腌菜为研究对象,采用高通量测序技术(HTS)与变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术相结合的方法对其中所含细菌和乳酸菌多样性进行研究,并采用平板稀释涂布法对乳酸菌进行分离鉴定。结果表明,腌菜样品中含量最高的优势细菌门为硬... 以恩施地区采集的腌菜为研究对象,采用高通量测序技术(HTS)与变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术相结合的方法对其中所含细菌和乳酸菌多样性进行研究,并采用平板稀释涂布法对乳酸菌进行分离鉴定。结果表明,腌菜样品中含量最高的优势细菌门为硬壁菌门(Firmicutes),其平均相对含量高达97.09%。优势细菌属为Lactobacillus、Weissella、Leuconostoc、Vibrio、Pseudomonas、Psychrobacter和Flavobacterium,其中Lactobacillus的平均相对含量高达82.37%;通过变性梯度凝胶电泳技术从样品中检测出的乳酸菌有Lactobacillus sakei、Lactobacillus insicii、Lactobacillus plantarum subsp.argentoratensis、Lactobacillus plantarum subsp.plantarum和Lactobacillus acetotolerans;分离鉴定及保藏的乳酸菌中有L.plantarum 7株,L.alimentarius 2株,L.curvatus和L.brevis各1株以及L.sakei 4株。由此可见,虽然Lactobacillus为腌菜样品中的优势菌,但乳酸杆菌的构成在样品间存在一定的差异。 展开更多
关键词 腌菜 细菌 乳酸菌 变性梯度凝胶电泳 高通量测序
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恩施地区腊肠的细菌多样性 预览
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作者 邓风 王玉荣 +4 位作者 尚雪娇 折米娜 葛东颖 赵慧君 郭壮 《肉类研究》 北大核心 2018年第9期18-22,共5页
为解析恩施地区腊肠中细菌的多样性,采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)和MiSeq高通量测序技术相结合的方法对采集自该地区的5个腊肠样品中的细菌进... 为解析恩施地区腊肠中细菌的多样性,采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)和MiSeq高通量测序技术相结合的方法对采集自该地区的5个腊肠样品中的细菌进行测定。结果表明:恩施腊肠样品中含有大量的共有细菌类群,其优势细菌主要隶属于硬壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria),二者的平均相对含量分别为57.01%和30.43%;优势细菌属中平均相对含量最高的为环丝菌属(Brochothrix)。 展开更多
关键词 恩施地区腊肠 细菌 变性梯度凝胶电泳 MiSeq高通量测序技术
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微压气升循环流反应器与完全混合式反应器运行效果及微生物种群结构比较 预览
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作者 万立国 边德军 +3 位作者 卢文喜 肖艳波 任庆凯 林巧 《环境污染与防治》 CSCD 北大核心 2018年第1期11-14,18共5页
微压气升循环流反应器(MP-ALR)是在完全混合式反应器(CMR)基础上开发的一种新型污水处理装置。对比研究了MP-ALR和CMR对COD和氨氮的去除效果,并分析了微生物的种群变化和相似性。结果表明,MP-ALR对COD与氨氮的去除效果比CMR更强,抗... 微压气升循环流反应器(MP-ALR)是在完全混合式反应器(CMR)基础上开发的一种新型污水处理装置。对比研究了MP-ALR和CMR对COD和氨氮的去除效果,并分析了微生物的种群变化和相似性。结果表明,MP-ALR对COD与氨氮的去除效果比CMR更强,抗有机负荷冲击的能力也更强,更适合高浓度有机工业废水的处理。变性梯度凝胶电泳(DGGE)分析表明,MP-ALR和CMR微生物种群结构差异较大,第91、103、116、124个周期末,MP-ALR内的微生物种群数均小于CMR。进一步聚类分析表明,MP-ALR和CMR内的种群均呈现出了逐渐演替的过程,且MP-ALR的演替程度大于CMR。 展开更多
关键词 微压气升循环流反应器 完全混合式反应器 COD 氨氮 微生物种群 变性梯度凝胶电泳
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基于变性梯度凝胶电泳和MiSeq高通量测序技术分析恩施地区腊肉的细菌多样性 预览
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作者 董蕴 王玉荣 +3 位作者 王尧 廖华 赵慧君 郭壮 《肉类研究》 北大核心 2018年第10期37-42,共6页
以采集自湖北省恩施地区的5 个腊肉样品为研究对象,采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-denatured gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)与MiSeq高通量测序技术相结合的方法对其中所含微生物的多样性进... 以采集自湖北省恩施地区的5 个腊肉样品为研究对象,采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-denatured gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)与MiSeq高通量测序技术相结合的方法对其中所含微生物的多样性进行解析。PCR-DGGE结果表明,腊肉样品中的细菌主要为葡萄球菌属(Staphylococcus)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)、乳酸杆菌属(Lactobacillus)和假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas);MiSeq高通量测序结果表明,腊肉中的细菌门主要为硬壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria),其平均相对含量分别为54.05%和44.28%,细菌属主要为葡萄球菌属(Staphylococcus)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)、假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas)、环丝菌属(Brochothrix)、科贝特氏菌属(Cobetia)和不动细菌属(Acinetobacter),其平均相对含量分别为40.18%、24.02%、9.37%、8.53%、4.71%和2.31%;在分类操作单元(operational taxonomic units,OTU)水平上,发现252 个核心OTU,累计平均相对含量高达74.22%。由此可见,PCR-DGGE和MiSeq高通量测序的结果综合分析得出恩施地区腊肉中的细菌主要为葡萄球菌属(Staphylococcus)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)和假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas)。 展开更多
关键词 腊肉 细菌 变性梯度凝胶电泳 MiSeq高通量测序
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变性梯度凝胶电泳技术在食源性沙门氏菌分子分型中的应用研究
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作者 杨向莹 高静 +5 位作者 畅晓晖 石嵩 张惠媛 李小林 谢雪钦 张捷 《食品安全质量检测学报》 CAS 2018年第19期5044-5049,共6页
目的建立基于变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)技术的沙门氏菌分型方法。方法以5株代表性沙门氏菌为供试菌,用引物对GC-rpoB1/ropB3R扩增获得目的片段后,经变性凝胶电... 目的建立基于变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)技术的沙门氏菌分型方法。方法以5株代表性沙门氏菌为供试菌,用引物对GC-rpoB1/ropB3R扩增获得目的片段后,经变性凝胶电泳分离获得谱图,量化分析谱带多样性及均一性,依据菌株谱图量化相似性构建聚类分析图,分析该技术用于沙门氏菌分型的可行性。结果 5个供试菌的PCR-DGGE谱图差异大,其中以标准菌株肠炎沙门氏菌(ATCC9184)的多样性及丰富度最高,标准菌株鼠伤寒沙门氏菌的最低;就谱带相似性而言,分离自鸭腿样品的2株沙门氏菌的相似性最高,戴斯系数高达85.7%,而分属于不同血清型的两个标准菌株则相似度指数为0%;基于谱带相似性建立的聚类树可将供试菌株很好地分为不同簇。结论本研究所建立的基于PCR-DGGE技术的沙门氏菌分型方法准确度和分辨力均较理想,具有一定的理论及实际意义。 展开更多
关键词 变性梯度凝胶电泳 食源性沙门氏菌 分子分型
大鼠死后肠道菌群演替规律 预览
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作者 李欢 刘睿娜 +2 位作者 张思若 袁璐 徐纪茹 《法医学杂志》 CAS CSCD 2018年第5期482-486,共5页
目的初步探索尸体肠道菌群的时序性变化用于死亡时间推断。方法利用棉签擦拭颈椎脱臼处死大鼠肠道取样,通过提取肠道菌群DNA,选取16SrRNAV3区通用引物进行PCR,PCR产物进行变性梯度凝胶电泳,对得到的图谱进行组间菌群多样性与相似性分析... 目的初步探索尸体肠道菌群的时序性变化用于死亡时间推断。方法利用棉签擦拭颈椎脱臼处死大鼠肠道取样,通过提取肠道菌群DNA,选取16SrRNAV3区通用引物进行PCR,PCR产物进行变性梯度凝胶电泳,对得到的图谱进行组间菌群多样性与相似性分析,并对从变性梯度凝胶电泳切下的条带进行纯化、PCR、测序后获得各组厚壁菌门的主要菌群所占百分比。结果处死后大鼠第1~30天的菌群多样性呈现减少趋势(P<0.05),组内相似性呈现下降趋势(P<0.05),第1天指纹图谱条带数、组内相似性系数(similaritycoefficient,Cs)高于其他组(P<0.05),第5天与第25、30天组内Cs比较差异有统计学意义(P<0.05)。在属水平,处死后第1、5天肠道菌群以肠球菌属(Enterococcussp.)为主,第10、15、20天以苏云金芽孢杆菌(Bacillusthuringienssis)为主,第25、30天以粪肠球菌(Enterococcusfaecalis)为主。结论肠道菌群随大鼠处死后时间的延续,其组成、结构都出现了明显的变化,肠道菌群的演替与死亡时间相关。 展开更多
关键词 法医病理学 DNA指纹法 变性梯度凝胶电泳 大肠菌群 死亡时间 大鼠
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PCR-变性梯度凝胶电泳法初探婴儿期肠道菌群菌种演替
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作者 李姗珊 苗俊杰 +4 位作者 伍梓汐 姚建蓉 李鸣 余倩 何方 《中国当代儿科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第3期331-336,共6页
目的通过研究婴儿粪便菌种组成,探索婴儿期肠道菌群定植规律。方法收集15例健康婴儿出生后第0、2、4、7、10、14、28天,以及3、6、12月时的新鲜粪便,采用PCR-变性梯度凝胶电泳(DGGE)检测肠道菌群结构,对其优势菌种进行测序,分析婴儿... 目的通过研究婴儿粪便菌种组成,探索婴儿期肠道菌群定植规律。方法收集15例健康婴儿出生后第0、2、4、7、10、14、28天,以及3、6、12月时的新鲜粪便,采用PCR-变性梯度凝胶电泳(DGGE)检测肠道菌群结构,对其优势菌种进行测序,分析婴儿期肠道菌群菌种演替过程。结果 DGGE指纹图谱可见,婴儿期的肠道菌群结构随出生后时间变化显著;克隆测序结果显示,变形菌门的细菌定植最早,以专性需氧菌肠杆菌、假单胞菌为主,其次是厚壁菌门的专性厌氧菌(梭状芽孢杆菌、小韦荣球菌)和兼性厌氧菌(多枝梭菌)定植,随后疣微菌门定植,放线菌门定植最晚,以双歧杆菌为主,并逐渐成为优势菌群。结论婴儿期肠道中专性需氧菌首先定植,随后是专性厌氧菌和兼性厌氧菌。变形菌门细菌定植最早,厚壁菌门细菌次之,随后是疣微菌门细菌,以双歧杆菌为主的放线菌门细菌定植最晚。 展开更多
关键词 肠道菌群 变性梯度凝胶电泳 婴儿
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聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳在环境微生物中的应用 预览
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作者 许伟 戴明忠 +2 位作者 杨凯 陈勇 杨勇 《环境研究与监测》 2017年第1期1-6,共6页
聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)具有可靠性强、重复性好、方便快捷等优点,已被广泛应用于环境微生物学中微生物群落多样性、动态性分析和功能细菌的跟踪。阐述了PCR-DGGE的原理与方法,分析了其在环境微生物学中的应用,并... 聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)具有可靠性强、重复性好、方便快捷等优点,已被广泛应用于环境微生物学中微生物群落多样性、动态性分析和功能细菌的跟踪。阐述了PCR-DGGE的原理与方法,分析了其在环境微生物学中的应用,并对其应用前景进行了展望。 展开更多
关键词 聚合酶链式反应 变性梯度凝胶电泳 环境微生物 应用前景
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抑制胃酸对大鼠空肠菌群结构和组成的影响 被引量:2
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作者 王晨阳 唐春 +3 位作者 赵晓璠 何琴 李秋荣 黎介寿 《肠外与肠内营养》 北大核心 2017年第1期46-51,共6页
目的:研究质子泵抑制剂(PPI)处理不同时间大鼠空肠细菌菌群结构和组成的改变,探讨抑制胃酸与肠道感染发生之间的潜在联系。方法:以大鼠为实验动物,对照组不给药(0d),实验组连续腹腔注射奥美拉唑第5、9、14、21和28天,每天2次... 目的:研究质子泵抑制剂(PPI)处理不同时间大鼠空肠细菌菌群结构和组成的改变,探讨抑制胃酸与肠道感染发生之间的潜在联系。方法:以大鼠为实验动物,对照组不给药(0d),实验组连续腹腔注射奥美拉唑第5、9、14、21和28天,每天2次,每次10mg/kg。研究结束次日处死动物,收集空肠内容物,提取DNA,PCR扩增16SrRNA基因v3区,行变性梯度凝胶电泳(DGGE),切胶测序确定细菌种属,并分析其相对丰度变化。结果:与正常对照比,短期PPI处理(第5和9天)菌群变化相对较小,菌群相似度分别为(74.8±3.0)%和(70.9±7.5)%,肺炎链球菌(Streptococcus pneumoniae)、化糖梭状芽胞杆菌(Clostridium saccharolyticum)和格氏乳球菌(Lac—tococcus garvieae)相对丰度增加,共生菌罗伊乳杆菌(Lactobacillus reuteri)和柯林魏斯菌(Weissella koreensis)明显减少。随着给药时间延长,菌群变化程度加剧。第14天后,条件致病菌粪肠球菌(Enterococcus faecalis)过度增长,并取代罗伊乳杆菌成为最优势细菌。第21天致病菌难辨梭状芽胞杆菌(Clostridium difficile)在大鼠空肠出现和定植;至第28天菌群组成变化最大,与0d比相似度仅约(56.1±16.7)%。结论:短期给予PPI处理可诱导大鼠空肠菌群改变,但变化较小。长期胃酸抑制(〉14d)可导致空肠菌群失衡,致病菌丰度增加,可能为肠道细菌感染形成的关键诱因。 展开更多
关键词 肠道菌群 胃酸抑制 质子泵抑制剂 空肠 变性梯度凝胶电泳
Effects on soil quality of biochar and straw amendment in conjunction with chemical fertilizers 预览
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作者 HE Li-li ZHONG Zhe-ke YANG Hui-min 《农业科学学报:英文版》 SCIE CAS CSCD 2017年第3期704-712,共9页
The objective of this study was to evaluate the effects on chemical and microbiological properties of paddy soil of short-term biochar,straw,and chemical fertilizers compared with chemical fertilization alone.Five soi... The objective of this study was to evaluate the effects on chemical and microbiological properties of paddy soil of short-term biochar,straw,and chemical fertilizers compared with chemical fertilization alone.Five soil fertilization treatments were evaluated:regular chemical fertilizers(RF),straw+regular chemical fertilizers(SRF),straw biochar+regular chemical fertilizers(SCRF),bamboo biochar(BC)+regular chemical fertilizers(BCRF),and straw biochar+70%regular chemical fertilizers(SC+70%RF).Their effects were investigated after approximately 1.5 years.The soil p H and cation exchange capacity(CEC)were significantly higher in biochar-treated soils.The soil phosphorous(P)and potassium(K)contents increased with biochar application.The soil Colwell P content was significantly increased with the addition of straw biochar in the treatments of SCRF and SC+70%RF.The oxygen(O):carbon(C)ratio doubled in BC picked from the soil.This indicated that BC underwent a significant oxidation process in the soil.The denaturing gradient gel electrophoresis(DGGE)fingerprints of microbial communities differed among the treatments.Soils with added biochar had higher Shannon diversity and species richness indices than soils without biochars.The results suggest that biochar can improve soil fertility. 展开更多
关键词 土壤质量 常规化肥 生物炭 秸秆 变性梯度凝胶电泳 物种丰富度指数 SCRF 阳离子交换量
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中国北黄海微表层海水中细菌多样性 预览
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作者 明红霞 樊景凤 +2 位作者 王小慧 李洪波 昝帅君 《海洋通报:英文版》 CAS 2017年第2期1-19,共19页
微表层是海洋环境与大气对流层之间的一层生物膜,具有独特的海洋生态系统和物理化学、微生物组成。本研究采用传统的培养和流式细胞计数方法,比较了微表层和次表层(0.50米深)的细菌丰度,并对筛选的53株菌进行了测序,分析了可培养... 微表层是海洋环境与大气对流层之间的一层生物膜,具有独特的海洋生态系统和物理化学、微生物组成。本研究采用传统的培养和流式细胞计数方法,比较了微表层和次表层(0.50米深)的细菌丰度,并对筛选的53株菌进行了测序,分析了可培养细菌的群落结构。此外,直接从微表层和相应次表层海水中提取DNA,通过变性梯度凝胶电泳(DGGE)方法分析了总细菌的群落结构。结果表明,海洋微表层存在一个特殊的生态群,其微生物群落结构明显不同于其相应次水层。本研究采用生态学分子技术全面阐述了中国北黄海微表层海水中的漂浮细菌群落结构。 展开更多
关键词 微表层 细菌多样性 变性梯度凝胶电泳
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龙门山地震带土壤细菌多样性的研究 被引量:2
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作者 钱叶 侯怡铃 +5 位作者 邱洁 徐丽丽 张楠 刘影 丁祥 唐娅 《土壤通报》 北大核心 2017年第5期1093-1101,共9页
采用16S r DNA变性梯度凝胶电泳(Denaturing Gradient Gel Electrophoresis,DGGE)技术,结合不同土壤样品的理化性质差异,分析龙门山地震带土壤细菌多样性。结果表明,不同的土壤样品其理化性质存在着明显的差异,三种植被类型的土壤(... 采用16S r DNA变性梯度凝胶电泳(Denaturing Gradient Gel Electrophoresis,DGGE)技术,结合不同土壤样品的理化性质差异,分析龙门山地震带土壤细菌多样性。结果表明,不同的土壤样品其理化性质存在着明显的差异,三种植被类型的土壤(杂木林、竹林和松树林)中,杂木林的土壤pH值和全氮含量最高,竹林最低;而土壤碱解氮、速效磷、速效钾和有机质含量则是杂木林比竹林高,松树林最低。对DGGE优势条带测序分析表明,回收的11个优势条带(条带A~K)中,条带A、C、D、F、G和H属于变形菌门,条带E、J和K属于酸杆菌门,条带B属于放线菌门,条带I属于装甲菌门,变形菌门占细菌总类群的54.55%,说明龙门山地震带土壤优势菌群为变形菌门细菌。细菌群落多样性与土壤理化性质相关性的统计分析结果显示,影响细菌群落多样性的主要环境因子在杂木林土壤中为速效钾(r=0.80,P〉0.05),竹林为有机质(r=0.97,P〉0.05),松树林则是pH值(r=0.35,P〉0.05),说明龙门山地震带不同植被类型土壤中的细菌群落对土壤理化性质的需求不同。由于地震能够破坏土壤结构,改变土壤理化性质,从而导致土壤细菌群落多样性发生改变,因此,研究龙门山地震带土壤细菌多样性为震后灾区重建工作和维持龙门山地震带生态系统的可持续性提供了科学依据。 展开更多
关键词 变性梯度凝胶电泳 龙门山地震带 土壤细菌多样性
乌头叶面细菌、真菌DGGE分析条件的建立与优化
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作者 李娜 胡亮 +2 位作者 王婷 欧洪 王光志 《中国实验方剂学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第4期58-61,共4页
目的:筛选并优化适用于分析乌头叶面细菌、真菌多样性的变性梯度凝胶电泳(DGGE)实验条件。方法:采用Touch Down-PCR技术扩增乌头叶面细菌16 S r DNA V3区域和真菌18 S r DNA~5.8 S r DNA序列,利用该扩增产物对乌头叶面细菌、真菌DGG... 目的:筛选并优化适用于分析乌头叶面细菌、真菌多样性的变性梯度凝胶电泳(DGGE)实验条件。方法:采用Touch Down-PCR技术扩增乌头叶面细菌16 S r DNA V3区域和真菌18 S r DNA~5.8 S r DNA序列,利用该扩增产物对乌头叶面细菌、真菌DGGE电泳条件进行优化。采用DGGE垂直电泳法筛选凝胶变性梯度,时间间隔法优化电泳时间。结果:乌头叶面细菌DGGE最佳分析条件为变性剂梯度30%~65%(Gel 10%),电泳温度60℃,电压120 V,电泳时间7 h。乌头叶面真菌DGGE最佳分析条件为变性剂梯度25%~45%(Gel 8%),电泳温度60℃,电压120 V,电泳时间10 h。结论:利用以上优化条件能有效分离乌头叶面细菌16 S r DNA V3区及真菌18 S r DNA~5.8 S r DNA序列,为乌头叶面细菌,真菌的群落结构PCR-DGGE分析提供可靠的技术支撑。 展开更多
关键词 乌头 叶面 细菌 真菌 变性梯度凝胶电泳
不同品种桑树根际土壤细菌群落及土壤理化性质的研究 被引量:1
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作者 邱洁 徐丽丽 +4 位作者 钱叶 曾益春 侯怡铃 张楠 丁祥 《蚕业科学》 CSCD 北大核心 2017年第4期568-576,共9页
桑树与土壤的物质交换发生在根际土层,研究不同品种桑树根际土壤的细菌群落,对了解不同品种桑树的根系生理活动差异,确定有利于桑树生长发育的土壤细菌群落生态系统有重要意义。对采集的不同品种桑树根际土壤细菌的16S r DNA部分序列进... 桑树与土壤的物质交换发生在根际土层,研究不同品种桑树根际土壤的细菌群落,对了解不同品种桑树的根系生理活动差异,确定有利于桑树生长发育的土壤细菌群落生态系统有重要意义。对采集的不同品种桑树根际土壤细菌的16S r DNA部分序列进行PCR,根据扩增产物的变性梯度凝胶电泳(DGGE)图谱计算Shannon-Weaver多样性指数(H)、丰富度(S)和均匀度(E),并结合土壤理化性质,对20个桑品种的桑树根际土壤细菌群落的多样性进行分析。在一定范围内,各桑品种的桑树根际土壤细菌群落多样性指数与含水率和速效钾含量呈负相关,而与p H值及碱解氮、速效磷、有机质和全氮含量呈正相关,说明不同品种桑树根系的生理活动影响到根际土壤的理化性质;不同品种桑树根际土壤中存在共有的细菌,根际土壤细菌16S r DNA扩增产物的DGGE图谱呈现13个优势条带,其中4个条带属于γ-变形菌纲,有4个条带属于拟杆菌门,占条带总数的57.14%,为桑树根际土壤中的优势菌群;20个桑品种的桑树根际土壤样品细菌群落的Shannon-Weaver指数,以实钴11-6最高,桐乡青最低,说明不同品种桑树的根际土壤细菌群落多样性存在差异。综上结果建议生产上选择适合桑品种的栽培土壤并改善土壤质量和施用高效微生物肥料,促进桑树根际土壤优势菌群的形成,从而促进桑树生长。 展开更多
关键词 桑品种 根际土壤 细菌群落 16S r DNA 变性梯度凝胶电泳 土壤理化性质
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