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猪圆环病毒2型Guizhou LZTQ/2017株全基因组序列分析 预览
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作者 张爱琼 梁海英 +6 位作者 曾智勇 王彬 徐国 咸文 何小莉 陈娟 吴好叶 《动物医学进展》 北大核心 2019年第7期14-19,共6页
为了解贵州省某新建猪场由猪圆环病毒2型(PCV2)和猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)引起的保育猪咳喘、腹泻死亡的病原中PCV2的基因型和变异情况,采用基因克隆技术,对其全基因进行克隆分析。结果显示,PCV2/Guizhou-LZTQ/2017株全长为1768bp... 为了解贵州省某新建猪场由猪圆环病毒2型(PCV2)和猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)引起的保育猪咳喘、腹泻死亡的病原中PCV2的基因型和变异情况,采用基因克隆技术,对其全基因进行克隆分析。结果显示,PCV2/Guizhou-LZTQ/2017株全长为1768bp,属PCV2a型,与国内外毒株碱基之间存在多处差异;其ORF2基因编码的Cap蛋白氨基酸与常用疫苗毒株之间同源性在92.2%~93.7%之间,与省内已经报道的PCV2毒株ORF2之间的氨基酸同源性在90.2%~92.7%之间,与4株疫苗株指数差异性较大;全基因遗传进化分析,其与Guangdong株和GZ-CS12012株属同一细分支,亲缘关系最近。研究结果可为后续PCV2分子生物学研究、流行病学调查及疫苗的选用提供基础数据。 展开更多
关键词 猪圆环病毒2型 基因型 抗原指数 同源性分析 遗传进化分析
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2014-2017年中国部分地区PEDV流行株S基因遗传进化分析
2
作者 郑慧华 张鸿鑫 +3 位作者 韩昊莹 乔涵 赵宇 陈红英 《安徽农业大学学报》 CAS CSCD 2019年第2期249-255,共7页
参考GenBank中PEDV经典CV777毒株基因组序列设计特异性引物,采用RT-PCR方法对临床采集的疑似PEDV样品进行S基因扩增、克隆和测序,拼接获得30条完整S基因序列,并进行遗传进化及同源性分析。结果显示,获得的30条PEDV S基因与25个参考株S... 参考GenBank中PEDV经典CV777毒株基因组序列设计特异性引物,采用RT-PCR方法对临床采集的疑似PEDV样品进行S基因扩增、克隆和测序,拼接获得30条完整S基因序列,并进行遗传进化及同源性分析。结果显示,获得的30条PEDV S基因与25个参考株S基因的核苷酸相似性介于93.6%~99.8%;且各流行毒株与经典毒株比较,具有多处的点突变、插入和缺失。与其他参考株相比,S1区存在157个氨基酸突变位点,占总数的65.7%(157/239),暗示PEDV的S1区域比S2区域易发生变异;表明目前中国PEDV流行株已经发生了变异,在一定程度揭示了免疫猪群仍然发病的原因。 展开更多
关键词 PEDV S基因 遗传进化分析 变异
安徽省部分地区2016–2018年猪圆环病毒2型遗传进化分析
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作者 俞赵荣 张达 +7 位作者 白彩霞 王小朋 杨侃侃 孙裴 李传峰 彭开松 李永东 王勇 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期1796-1802,共7页
【背景】猪圆环病毒(Porcine circovirus,PCV)可以引起断奶仔猪多系统衰竭综合症(Postweaning multisystemic wasting syndrome,PMWS)。【目的】了解安徽省部分地区猪圆环病毒2型(PCV2)的遗传变异情况。【方法】采用PCR技术,对2016-201... 【背景】猪圆环病毒(Porcine circovirus,PCV)可以引起断奶仔猪多系统衰竭综合症(Postweaning multisystemic wasting syndrome,PMWS)。【目的】了解安徽省部分地区猪圆环病毒2型(PCV2)的遗传变异情况。【方法】采用PCR技术,对2016-2018年间安徽省部分地区猪场疑似PMWS感染的组织样品共计31份进行PCV2检测和全基因扩增,并通过DNAStar等生物信息学软件对所得到的PCV2毒株基因序列进行遗传进化分析。【结果】所得的8株PCV2安徽株与GenBank上已发表的国内外参考毒株相比较,核苷酸相似性为92.8%-99.0%,ORF2及其推导的氨基酸序列相似性分别为85.8%-99.6%和82.5%-100%。遗传进化树分析结果显示8株安徽株中有1株PCV2a,2株PCV2b,5株PCV2d,未发现PCV2c、PCV2e和PCV2f基因型。此外,通过对ORF2基因编码的氨基酸序列分析,发现各基因型Cap蛋白氨基酸序列上的位点具有其独特性。【结论】近年来PCV2在安徽地区的猪群中感染较为普遍,其中PCV2d基因型的感染病例增多,逐渐成为安徽地区的优势流行株。本研究为安徽地区的PCV2防控提供了一定的参考依据。 展开更多
关键词 猪圆环病毒2型(PCV2) 基因克隆 ORF2基因 遗传进化分析
辽宁地区猪常见传染病流行病学调查及遗传进化分析 预览
4
作者 关淼 顾贵波 +4 位作者 杨本勇 赵培 闫明 刘耀川 魏萍 《山东农业大学学报:自然科学版》 北大核心 2019年第2期308-314,共7页
为研究猪瘟(Classical Swine Fever,CSF)、猪伪狂犬(Porcine pseudorabies,PR)、猪圆环病毒病(Porcine circovirusvirus disease,PCVD)、高致病性猪繁殖与呼吸综合征(Highly pathogenic-Porcine reproductive and respiratory syndrome,... 为研究猪瘟(Classical Swine Fever,CSF)、猪伪狂犬(Porcine pseudorabies,PR)、猪圆环病毒病(Porcine circovirusvirus disease,PCVD)、高致病性猪繁殖与呼吸综合征(Highly pathogenic-Porcine reproductive and respiratory syndrome,HP-PRRS)在辽宁省内的发病情况及致病毒株变异情况,本研究对辽宁地区自2012年至2016年五年内4种猪常见流行病进行流行病学调查,并对扩增阳性样品的主要致病基因进行遗传进化分析。在9600份样品中,CSFV(ClassicalSwine Fever virus)阳性18例、PRV阳性12例、PCV2阳性10例、HP-PRRSV阳性5例。选取CSFV代表毒株命名为LN01,LN02,LN03;PRV代表毒株LN04,LN05;PCV代表毒株LN06,LN07;HP-PRRSV代表毒株LN08,分别对其进行遗传进化分析。结果表明,CSFV代表株中,LN01与LN02的同源性较高,二者与GD株亲缘关系最近,同源性为99%以上;LN03株与HD株同源性较高为99.5%;PRV代表株中LN04与PV株的亲缘关系最近,同源率为99.4%;LN05与PD株亲缘关系最近,同源率为98.5%;PCV2代表株中LN06与GD株的亲缘关系最近,同源率为99.5%,与HQ 395021亲缘关系最远,同源率为88.4%,LN07与BF株的亲缘关系最近,同源率99.1%;HP-PRRSV代表毒株LN08与参考株GD-SS株的亲缘关系最近,同源率为99.8%。 展开更多
关键词 CSF PR PCVD HP-PRRS 流行病学调查 遗传进化分析
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2017年广东省H1N1亚型SIV复制及感染能力的研究
5
作者 冯亚玲 孙海亮 +7 位作者 刘杨 于亚南 林嘉特 吴梅花 李硕 张文轩 叶小苌 廖明 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期887-894,共8页
为了解2017年广东省H1N1亚型猪流感病毒基因型特征、体外复制能力和体内感染能力,挑选以A/swine/Guangdong/S182/2017(H1N1)为代表的4株病毒进行遗传演化分析、细胞生长曲线测定和动物感染试验。病毒遗传演化结果表明,4株病毒均属于欧... 为了解2017年广东省H1N1亚型猪流感病毒基因型特征、体外复制能力和体内感染能力,挑选以A/swine/Guangdong/S182/2017(H1N1)为代表的4株病毒进行遗传演化分析、细胞生长曲线测定和动物感染试验。病毒遗传演化结果表明,4株病毒均属于欧亚类禽分支,其内部基因为来自其他不同分支基因片段的重组;病毒在细胞上的生长曲线结果显示,MDCK、PK15、ST和IPEC-1这4种细胞系都能被病毒感染,病毒在细胞上复制滴度范围分别为(2.50~8.50)lgTCID50/mL、(3.33~6.33)lgTCID50/mL、(4.50~6.50)lgTCID50/mL、(0.67~3.00)lgTCID50/mL;病毒动物感染试验结果表明,S182毒株能够引起感染组和同居组猪产生体外排毒、肺内病毒复制和血清抗体转阳,两组猪鼻洗液滴度范围分别为(1.70~2.37)lgTCID50/mL、(1.37~3.37)lgTCID50/mL,肺载毒量滴度范围分别为(1.37~2.37)lgTCID50/(g·mL^-1)、(1.37~2.20)lgTCID50/(g·mL^-1),抗体滴度范围分别为1∶10~1∶20、1∶10~1∶160。本研究结果将为H1N1亚型猪流感病毒的监测防控、公共卫生学安全、适用于分离猪流感病毒猪源细胞的遴选以及近年主要流行H1N1猪流感病毒对猪的致病能力的研究提供理论依据和数据支持。 展开更多
关键词 H1N1亚型 猪流感病毒 遗传演化分析 病毒生长曲线 致病性
猪圆环病毒3型全基因克隆及遗传演化分析
6
作者 金宏凯 马宇驰 +3 位作者 孙莉 樊琼 董媛媛 马鸣潇 《畜牧与兽医》 北大核心 2019年第2期70-75,共6页
辽宁地区某猪场发现疑似断奶仔猪多系统综合征(PMWS),经临床症状、病理变化和PCR检测,确诊为猪圆环病毒3型(PCV3)感染;根据Gen Bank中收录的PCV3基因序列,设计2对特异性引物,从患有PMWS的仔猪内脏组织中扩增PCV3全基因序列,克隆到p MD1... 辽宁地区某猪场发现疑似断奶仔猪多系统综合征(PMWS),经临床症状、病理变化和PCR检测,确诊为猪圆环病毒3型(PCV3)感染;根据Gen Bank中收录的PCV3基因序列,设计2对特异性引物,从患有PMWS的仔猪内脏组织中扩增PCV3全基因序列,克隆到p MD18-T载体中,经测序、拼接获得PCV3全长c DNA序列,利用DNAStar和DNAman生物软件对全基因组进行遗传变异分析。结果显示:PCV3毒株基因组全长2 000 bp,命名为CN/Liaoning-2017 (简称LN株)(GenBank登录号:MH177453. 1),基因组有3个开放阅读框(ORF),其中2个ORF编码的蛋白与圆环病毒的复制相关蛋白(Rep)和衣壳蛋白(Cap)同源。Cap基因大小为645 bp,编码214个氨基酸。PCV3国内株可分为3大分支(3a簇、3b簇与3c簇),LN株处于3a簇分支中,与湖北株(KY354039. 1)同源性最高,达到99. 7%;LN株与PCV3a簇代表株(PCV3-USMN2016,PCV3-US-MO2015)同源性在98. 8%~99. 2%之间,与PCV3b簇代表株(PCV3-US-SD2016)的同源性为98. 8%,与PCV3c簇代表株(PCV3-China-GD-2016)同源性为98. 7%。Cap蛋白氨基酸位点分析显示,LN株在第68位发生突变,与其他代表株都不相同。以上试验结果表明,成功从患有PMWS的仔猪体内克隆了PCV3全基因,并完成了序列分析。LN株是辽宁省首次发现的PCV3毒株,这些数据将为研究PCV3的遗传变异和流行病学特征提供分子生物学依据。 展开更多
关键词 猪圆环病毒3型 全基因组 克隆 遗传演化
羊口疮病毒大足株的分离鉴定 预览
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作者 李鹏飞 张友 +5 位作者 鲜思美 李婷 包细明 张益 饶体宇 吴伯梅 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第12期3725-3732,共8页
本研究旨在了解重庆地区羊口疮病毒(orf virus,ORFV)流行情况。从重庆大足等地区羊场采集18份临床疑似羊口疮病料,提取病料DNA,经PCR鉴定为ORFV阳性;将阳性病料做常规处理,接种羔羊睾丸细胞(LT),并盲传至5代,观察接毒LT细胞病变,将F5代... 本研究旨在了解重庆地区羊口疮病毒(orf virus,ORFV)流行情况。从重庆大足等地区羊场采集18份临床疑似羊口疮病料,提取病料DNA,经PCR鉴定为ORFV阳性;将阳性病料做常规处理,接种羔羊睾丸细胞(LT),并盲传至5代,观察接毒LT细胞病变,将F5代细胞培养物进行间接免疫荧光试验(IFA)、PCR扩增、测序、同源性比对、遗传进化分析和TCID 50测定。结果显示,经PCR检测,18份疑似羊口疮病料ORFV核酸阳性率为61.1%(11/18);大足株病料接种LT细胞36 h后,长梭型细胞变圆、融合、呈拉网状、皱缩,72 h后大部分细胞脱落;间接免疫荧光试验在显微镜下观察到细胞浆中出现特异性绿色荧光,且荧光绕核分布;F1至F5代细胞培养物经PCR扩增出特异性目的条带,大小为1137 bp;将测序结果与GenBank中19株ORFV B2L基因进行同源性比对,其核苷酸同源性在97.9%~100%之间,与美国SA00分离株同源性达100%,且遗传进化分析显示处于同一进化分支,亲缘关系较近;测定F5代细胞培养物TCID 50值为10-5.68/0.1 mL,在细胞中能稳定增殖。综上所述,本研究成功分离并获得1株ORFV,为后续ORFV研究提供了生物材料,同时为防控重庆地区的羊口疮奠定基础。 展开更多
关键词 羊口疮病毒(ORFV) 分离鉴定 遗传进化分析
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回顾性研究证明中国猪圆环病毒3型存在不同进化分支
8
作者 郭雨欣 姜海军 +3 位作者 王菁 侯磊 韦莉 刘爵 《当代畜牧》 2019年第5期28-32,共5页
为研究猪圆环病毒3型(PCV3)在我国的流行分布情况,以及对PCV3毒株的遗传进化进行分析,笔者利用PCR检测方法对2006年-2017年采集的猪组织和血清样本进行了PCV3检测,并进一步对全基因序列进行了扩增和测序,对基因序列和氨基酸序列进行比... 为研究猪圆环病毒3型(PCV3)在我国的流行分布情况,以及对PCV3毒株的遗传进化进行分析,笔者利用PCR检测方法对2006年-2017年采集的猪组织和血清样本进行了PCV3检测,并进一步对全基因序列进行了扩增和测序,对基因序列和氨基酸序列进行比对分析并绘制遗传进化树。结果表明,PCV3在我国各地区猪场广泛存在并传播,且近期分离到的PCV3毒株与早期的PCV3分离株有明显差异,证明了PCV3病毒在不断进化。该研究结果揭示了PCV3的进化趋势,并提示迫切需要对PCV3进行更为广泛的流行病学监测和致病性评估。 展开更多
关键词 猪圆环病毒3型 回顾性研究 遗传进化分析
新疆首次检测到猪圆环病毒3型及其全基因组进化分析
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作者 任敏 屈勇刚 +5 位作者 魏其 宋敏 谷思颖 杨慧敏 吴圆圆 于会举 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第21期76-80,86,共6页
为了解新疆某规模化猪场猪圆环病毒3型(Porcine circovirus type 3,PCV-3)的流行现状、分子生物学特征和遗传演化规律,试验应用巢式PCR技术对新疆某规模化猪场的45份血液样本进行PCV-3基因检测和测序;利用TempliPhi 100 amplification ... 为了解新疆某规模化猪场猪圆环病毒3型(Porcine circovirus type 3,PCV-3)的流行现状、分子生物学特征和遗传演化规律,试验应用巢式PCR技术对新疆某规模化猪场的45份血液样本进行PCV-3基因检测和测序;利用TempliPhi 100 amplification Kit对检测到的PCV-3阳性样本进行全基因组扩增,将扩增得到的基因组片段克隆到Trans-T1载体中,经测序、拼接获得PCV-3基因组全长序列;利用MEGA 6.0.6和MegAlign软件对其全基因组进行遗传进化分析和同源性比较。结果表明:在新疆地区首次检测到PCV-3,且该猪场PCV-3的阳性率为20%(9/45),并获得PCV-3全基因组序列,长度为2000 bp,命名为PCV-3/CN/Xinjiang-11/2018;与美国株PCV-3-US-SD 2016处于同一进化分支,属于3b亚群;与国内PCV-3/Pig/CN/Hebei20170320的同源性最高(99.4%),与PCV-3-CN/Fujian-820-2016和PCV-3-CN/Fujian-318-2017的同源性最低(97.8%),与国外美国株PCV-3-US-SD 2016的同源性最高(99.1%)。说明新疆地区猪场已经存在PCV-3,应该引起养猪业的重视。 展开更多
关键词 猪圆环病毒3型 分离鉴定 全基因组测序 遗传进化分析
广西部分地区猪群PEDV N基因克隆及序列分析 预览 被引量:2
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作者 许瑞胜 何奇松 +8 位作者 李春英 冯淑萍 易春华 韦达有 胡丽萍 黄胜斌 胡巧云 熊毅 马琳 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2018年第2期409-414,共6页
【目的】了解广西区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的感染及病毒的遗传变异特点,为更好防控猪流行性腹泻提供科学依据。【方法】应用RT-PCR方法从2012-2016年广西地区25个猪场收集的PEDV病料中扩增出86株PEDV的N基因,并进行序列比对及遗传进... 【目的】了解广西区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的感染及病毒的遗传变异特点,为更好防控猪流行性腹泻提供科学依据。【方法】应用RT-PCR方法从2012-2016年广西地区25个猪场收集的PEDV病料中扩增出86株PEDV的N基因,并进行序列比对及遗传进化分析。【结果】86株PEDV的N基因核苷酸同源性为94.2%~100.0%,与参考毒株核苷酸同源性为94.1%~100.0%。N基因遗传进化分析显示广西的PEDV可分为2个群,Cluster2由韩国株DR13、日本株83P-5、中国株CH/S以及本研究的GP35-8、LC37-22、LC107-5、LC107-19和LC107-16毒株组成,其他81株毒株属于Cluster 3,包括中国株DX、LJB-03、Hu N、JS-2004-2;Cluster 1和Cluster 4则由其它参考毒株组成。【结论】PEDV是引起广西规模化猪场新生仔猪腹泻的主要病原,广西地区的PEDV流行毒株可分为2个群且其N基因仍然保守。 展开更多
关键词 猪流行性腹泻病毒 N基因 序列分析 遗传进化分析
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两株田间重组猪繁殖与呼吸综合征病毒的分离鉴定、进化分析及其致病性研究 被引量:1
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作者 王新港 王傲杰 +4 位作者 周峰 崔丹丹 常洪涛 陈陆 王川庆 《病毒学报》 CSCD 北大核心 2018年第3期362-371,共10页
为了解2型猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV2)田间毒株重组特征,本研究对两株分离物(HENXX-8、HENJY-2)进行全基因测序、进化分析及毒力测定,并对其全基因序列进行重组分析。结果显示,两个毒株均属于PRRSV 2,两者与其代表株VR-2332的... 为了解2型猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV2)田间毒株重组特征,本研究对两株分离物(HENXX-8、HENJY-2)进行全基因测序、进化分析及毒力测定,并对其全基因序列进行重组分析。结果显示,两个毒株均属于PRRSV 2,两者与其代表株VR-2332的核苷酸相似性分别为85.6%、85.7%;与高致病性PRRSV(HPPRRSV)毒株JXA1、TJ和WUH4株分别为85.7%-85.8%、85.4%-85.5%;与经典毒株CH-1a、HB-2(sh)分别为84.7%-85.7%、84.5%-85.7%;而与所有NADC30类毒株均在90.0%以上。全基因、ORF5及Nsp2序列进化分析结果均显示两个分离物与国内报道的类NADC30毒株遗传距离较近,同处于一个分支。全基因组重组分析结果表明,两个分离毒株存在明显重组现象,且重组模式均以类NADC30毒株为骨架病毒,与HP-PRRSV毒株发生重组。但重组对象不同:HENJY-2是由类NADC30毒株与TJ株发生重组;而HENXX-8则是由类NADC30毒株与WUH4、TJ株发生3毒株间重组。由于重组部位序列缺乏特异性分子标志,因此无法确定与类NADC30发生重组的是HP-PRRSV还是其减毒的疫苗毒株。两株分离物的重组部位与早期分离毒株HENANHEB、JL580等有所不同,均未涉及到ORF5基因,而是集中在Nsp1-Nsp2以及ORF2a-ORF3区域,主要发生在病毒基因组的靠5#端(30-7 000bp)和3#端(11 000-13 000bp)处。对部分重要基因的核苷酸相似性分析结果显示,两个分离株的ORF2a、ORF3基因与HP-PRRSV毒株相似性最高,表明重组病毒的这两个基因可能来自HPPRRSV毒株。致病性试验结果表明,参考毒株HENXC-4的毒力略高于分离毒株HENXX-8,主要表现在体温升高、日均增重降低和肺部病变上。但两个分离物均未引起发病猪死亡。以上结果表明,目前PRRSV2在田间的基因重组事件存在随机性,提示不同毒株在田间的存在会加剧PRRSV重组事件的发生和流行、毒株类型更加复杂,从而增加了临床防控难度。因此,慎重使用活疫苗� 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV) 病毒分离鉴定 NADC30 HP-PRRSV 全序列 遗传进化分析 重组分析 致病性
东北地区3株猪细小病毒7型毒株基因组测定及遗传进化分析 预览
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作者 张涵 解长占 +8 位作者 李太元 哈卓 李卓昕 李成辉 李金凤 赵冠宇 郭影成 鲁会军 金宁一 《中国动物检疫》 CAS 2018年第11期71-74,共4页
从东北地区采集的150份猪肺脏样品中,检测出3株猪细小病毒毒株。根据PPV7标准株NCBI登录号KU563733设计3对引物,对3个病毒株的基因片段进行扩增测序,将测序结果依次进行拼接,获得3个病毒株的NS1和CP基因序列,然后进行序列的同源性比对... 从东北地区采集的150份猪肺脏样品中,检测出3株猪细小病毒毒株。根据PPV7标准株NCBI登录号KU563733设计3对引物,对3个病毒株的基因片段进行扩增测序,将测序结果依次进行拼接,获得3个病毒株的NS1和CP基因序列,然后进行序列的同源性比对及进化树分析。结果显示:3个毒株的NS1基因序列与经典PPV7毒株的同源性分别为94.4%~95.2%、94.1%~95.1%和93.5%~94.3%;CP基因序列与经典PPV7毒株的同源性分别为89.6%~91.8%、89.8%~92.0%和89.6%~91.7%。通过进化树比对分析,确认3株PPV毒株为PPV7亚型。通过对其他病毒进行检测,发现PPV7与PCV2、PPV2的混合感染率较高。该分析结果为我国东北地区猪病防控提供了依据。 展开更多
关键词 猪细小病毒7型(PPV7) 基因组测定 遗传进化分析
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一株鸽子源的H4N8亚型禽流感病毒的部分生物学特性
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作者 刘驰煌 谷文丽 +2 位作者 崔鹏飞 邓国华 熊涛 《公共卫生与预防医学》 2018年第3期13-17,共5页
目的实验室2017年对我国四川省遂宁船山区蜀中食品城进行流行病学调查时从鸽子体内分离鉴定出的一株H4N8亚型禽流感病毒(Avian influenza virus,AIV)(A/Pigeon/Sichuan/S1185/2017(H4N8)(缩写为PG/SC/S1185/2017)。方法为了解此... 目的实验室2017年对我国四川省遂宁船山区蜀中食品城进行流行病学调查时从鸽子体内分离鉴定出的一株H4N8亚型禽流感病毒(Avian influenza virus,AIV)(A/Pigeon/Sichuan/S1185/2017(H4N8)(缩写为PG/SC/S1185/2017)。方法为了解此株从鸽子体内分离到的H4N8亚型AIV的遗传进化特点,对此株病毒进行了全基因组的测序并画出基因进化树来探索其毒株来源,还探究了该株病毒对哺乳动物的感染能力。结果遗传演化分析数据表明,这株病毒株的各个基因节段分别来自于不同亚型流感病毒,基因来源复杂,是一株重组病毒,其具有明显的遗传多样性。小鼠感染性实验结果表明,该毒株仅能够在小鼠肺脏和鼻甲中产生微弱复制,在小鼠感染病毒3d后并未出现明显临床症状,小鼠活力没有明显的下降,与对照组相比体重变化其实基本相同。结论为今后的流行病学调查中对H4亚型流感病毒的全面监测和综合预防防控提供了数据支持。 展开更多
关键词 禽流感病毒 H4N8 感染性 遗传演化分析
2016年辽宁规模化猪场病毒性腹泻流行状况调查分析 预览
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作者 关淼 赵晓彤 +10 位作者 周晨阳 顾贵波 杨本勇 李井春 赵凤菊 杨洺阳 申贯男 李蓉 王宏燕 张健 梁乔 《动物医学进展》 北大核心 2018年第12期204-210,共7页
为了解辽宁地区规模化养猪场PEDV、TGEV、PRV-A的流行特征以及PEDVS1基因的遗传演化情况,2016年从辽宁地区14个地市采集700份仔猪粪便样品,通过问卷调查及荧光定量RT-PCR方法对这3种引起猪腹泻的病毒进行流行病学调查。使用特异性引物对... 为了解辽宁地区规模化养猪场PEDV、TGEV、PRV-A的流行特征以及PEDVS1基因的遗传演化情况,2016年从辽宁地区14个地市采集700份仔猪粪便样品,通过问卷调查及荧光定量RT-PCR方法对这3种引起猪腹泻的病毒进行流行病学调查。使用特异性引物对PEDVS1基因进行RT-PCR扩增并测序,应用DNAStar软件对该基因序列进行比对和遗传演化分析。结果显示,问卷调查中发生腹泻的场阳性率为58.6%,哺乳仔猪更易发病,发病率为12.2%,死亡率为4.5%。实验室检测结果显示,腹泻的发生主要集中在冬春交接的第一季度,PRV-A样品阳性率(41.3%,31/75)高于PEDV样品阳性率为(36%,27/75),未检出TGEV。遗传演化分析显示12株2016年PEDV辽宁分离株之间的同源性为92.6%~100%,主要属于第3亚群。以上结果表明,在辽宁地区引起猪腹泻的病毒主要为PEDV和PRV-A,且PRV-A更为流行。PEDV在辽宁地区存在不同分支的病毒株流行,且在发展过程中核酸发生了一定的变化。 展开更多
关键词 猪流行性腹泻 猪传染性胃肠炎 猪轮状病毒 遗传演化分析
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14株H3亚型禽流感病毒全基因组序列分析 预览
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作者 程善菊 李金平 +4 位作者 侯广宇 彭程 王素春 蒋文明 温建新 《中国兽医杂志》 北大核心 2018年第10期30-35,共6页
为了解2016年至2017年在我国部分省市活禽市场的家禽体内分离得到的14株H3亚型禽流感病毒的流行情况和遗传特点。采用RT-PCR技术对这14株H3亚型禽流感毒株的全基因进行扩增,并对所得序列进行遗传演化分析。14株分离株中有5株H3N8,7株H3N... 为了解2016年至2017年在我国部分省市活禽市场的家禽体内分离得到的14株H3亚型禽流感病毒的流行情况和遗传特点。采用RT-PCR技术对这14株H3亚型禽流感毒株的全基因进行扩增,并对所得序列进行遗传演化分析。14株分离株中有5株H3N8,7株H3N2,2株H3N3。结果表明,14株毒株中AIV的HA蛋白的裂解位点氨基酸序列均为PEKQTR↓GLF,只有1个碱性氨基酸,符合低致病性禽流感的分子特征。HA基因的受体结合位点为226(Q)、228(G)具有典型的禽源特征。遗传进化分析表明,除了毒株A/Duck/Fujian/F1142/2016(H3N8)的NS基因属于北美分支外,其余毒株全部基因均属于欧亚分支。通过对H3亚型AIV的遗传进化关系和流行情况进行分析,以期对H3亚型AIV的进化研究提供一些参考依据。 展开更多
关键词 H3亚型禽流感病毒 全基因测序 同源性 遗传演化分析
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鹌鹑源禽脑脊髓炎病毒的分离鉴定及遗传进化分析 预览
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作者 范莉莉 李志军 +5 位作者 黄加利 杨增岐 萧飒 王兴龙 党如意 张淑霞 《西北农业学报》 CSCD 北大核心 2018年第2期169-174,共6页
为探究陕西省咸阳市某鹌鹑养殖厂的鹌鹑发病是否为禽脑脊髓炎病毒引起,采集发病鹌鹑的脑、肝脏、肠道等组织,通过鸡胚传代、RT-PCR扩增、免疫组织化学试验及动物回归试验对病原体进行分离鉴定,并对得到的序列进行同源性及遗传性分析。RT... 为探究陕西省咸阳市某鹌鹑养殖厂的鹌鹑发病是否为禽脑脊髓炎病毒引起,采集发病鹌鹑的脑、肝脏、肠道等组织,通过鸡胚传代、RT-PCR扩增、免疫组织化学试验及动物回归试验对病原体进行分离鉴定,并对得到的序列进行同源性及遗传性分析。RT-PCR扩增结果显示,用禽脑脊髓炎病毒(AEV)特异性引物成功扩增得到大小为288bp的目的片段,与参考株的核苷酸序列相似性及氨基酸序列相似性分别为84.9%~99.3%和95.8%~98.9%;遗传进化分析结果表明,分离株与SX株位于同一分支;免疫组化试验结果显示,发病鹌鹑的脑、肝脏、肠道组织切片中存在大量的阳性棕黄色着色区域,而阴性对照没有;动物回归试验结果显示,攻毒组鹌鹑出现典型的禽脑脊髓炎(AE)临床症状,发病率55.1%,病死率100%,病理剖检发现患病鹌鹑的脑组织软化,脑半球轮廓模糊,对照组未见异常。成功分离得到1株鹌鹑源禽脑脊髓炎病毒,命名为AEV XY/Q-1410株,为鹌鹑禽脑脊髓炎的诊断及预防提供理论与技术支持。 展开更多
关键词 鹌鹑 禽脑脊髓炎病毒 分离鉴定 遗传进化分析
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山东省猪圆环病毒2型的分离鉴定及其ORF2基因遗传进化分析 被引量:1
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作者 彭涛 马梓承 +2 位作者 张黎斌 李宝全 王方昆 《中国细胞生物学学报》 CAS CSCD 2018年第6期876-883,共8页
该研究对山东省某猪场疑似患有断奶仔猪多系统衰竭综合征(postweaning multisystemic wasting syndrome,PMWS)的病猪进行了临床病理学检测和病理组织切片观察。PCR检测阳性的病料处理后接种PK-15细胞,通过连续传代培养分离到一株猪圆... 该研究对山东省某猪场疑似患有断奶仔猪多系统衰竭综合征(postweaning multisystemic wasting syndrome,PMWS)的病猪进行了临床病理学检测和病理组织切片观察。PCR检测阳性的病料处理后接种PK-15细胞,通过连续传代培养分离到一株猪圆环2型病毒(porcine circovirus type 2,PCV2)(SDWF20107),并对其进行ORF2基因扩增、遗传进化分析以及氨基酸突变位点分析。序列分析表明,该毒株与其他参考毒株的核苷酸相似性介于77.2%-99.6%之间,氨基酸相似性介于82.1%-99.6%之间;分离株与2.1d亚型的毒株位于同一分支,表明分离毒株属于2.1d亚型。根据流行毒株的特征,该猪场改用高效圆环2型病毒疫苗并调整了免疫程序,使该猪场患病猪群症状很快消失,恢复正常生产水平。该研究结果为猪场中PCV2的基因分型及其变异情况提供了参考资料,也为今后PMWS的流行病学研究和防控提供理论依据。 展开更多
关键词 猪圆环病毒2型 分离鉴定 遗传进化分析
鸡源致病性奇异变形杆菌的分离鉴定与遗传进化分析 预览 被引量:1
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作者 徐睿 李颜桃 《中国畜牧兽医》 北大核心 2018年第9期2550-2558,共9页
为了解鸡源奇异变形杆菌的耐药情况、致病力和遗传特征,本试验从凉山地区分离得到2株细菌(YLF1、WS),通过培养特征、镜检特征和16S rRNA序列测定对分离菌进行鉴定及致病性试验;采用(K-B)法检测分离菌对14种常用抗生素(包括β-内酰胺类... 为了解鸡源奇异变形杆菌的耐药情况、致病力和遗传特征,本试验从凉山地区分离得到2株细菌(YLF1、WS),通过培养特征、镜检特征和16S rRNA序列测定对分离菌进行鉴定及致病性试验;采用(K-B)法检测分离菌对14种常用抗生素(包括β-内酰胺类、头孢烯类、氨基糖苷类、四环素类、氟喹诺酮类、大环内酯类)的敏感性;并与GenBank中公布的21种不同来源的变形杆菌16S rRNA基因序列进行遗传进化分析。结果表明,YLF1、WS菌株均具有迁徙性和β-溶血生长特征,镜检为革兰氏阴性长短不一的杆菌或球菌,经16S rRNA基因鉴定与GenBank中奇异变形杆菌同源性均在99%以上,YLF1、WS菌株确定为奇异变形杆菌,均表现为多重耐药,耐药率分别为78.6%(11/14)和71.4%(10/14);雏鸡致死率均为80%;YLF1、WS菌株与日本人体分离株、中国新疆黄牛分离株和中国广东土壤分离株同源性最高,达99.9%;与来自中国河南、中国新疆及印度的鸡源奇异变形杆菌同源性较高(98.9%~99.3%),遗传关系密切。表明凉山地区鸡群中存在奇异变形杆菌感染,分离株有较高的致病力和较强的耐药性,也提示分离菌可能来源于环境、感染鸡或其他动物,同时存在人畜共患的潜在危险。 展开更多
关键词 奇异变形杆菌 分离鉴定 遗传进化分析
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2013-2014年黑龙江地区猪流行性腹泻病毒检测及M基因的遗传进化分析 预览
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作者 刘佳丽 王梓 +7 位作者 赵莉 王瑞翀 李一经 王丽 唐丽杰 徐义刚 刘敏 乔薪瑗 《中国兽医杂志》 北大核心 2017年第8期7-9,共3页
猪流行性腹泻是由猪流行性腹泻病毒(PEDV)引起的一种严重的病毒性传染病。本试验于2013 2014年在黑龙江省6个地级市的10个规模化猪场采集新生哺乳仔猪临床表现为腹泻症状的粪便与小肠,进行RT-PCR检测,表明PEDV检出率为56%,PEDV+TGEV... 猪流行性腹泻是由猪流行性腹泻病毒(PEDV)引起的一种严重的病毒性传染病。本试验于2013 2014年在黑龙江省6个地级市的10个规模化猪场采集新生哺乳仔猪临床表现为腹泻症状的粪便与小肠,进行RT-PCR检测,表明PEDV检出率为56%,PEDV+TGEV检出率为6%,PRV检出率为10%,TGEV检出率为10%,结果表明,引起黑龙江省规模化猪场新生仔猪腹泻的主要病原是PEDV,同时也存在与其他腹泻病毒的混合感染。针对阳性病料扩增出的6株PEDV的M基因序列进行遗传进化分析,6株PEDV-M基因序列之间的核苷酸同源性为98.2%~99%,与疫苗株CV777的核苷酸同源性为97.6%~98.2%。利用MEGA 6.0构建遗传进化树,结果显示,扩增出的6条PEDV-M基因的遗传进化树分为两大系,大部分遗传距离较近,处于同一分支。其中LJJHD-M-13和LJJQ-M-14与泰国KU06RB08、泰国KU07RB08的亲缘关系较近,LJJC-M-14、LJJJ-M-14、LJJH-M-13、LJMM-M-14这4株毒株与韩国M1595、韩国CPF259的亲缘关系较近。同时扩增出的6条PEDV-M基因与CV777毒株非一系,与其亲缘关系较远,说明这些地区的PEDV流行毒株已经发生变异,形成了独特的流行进化分支。因此,本试验通过对变异毒株基因序列进行分析,以期为研制新的疫苗和预防控制该病提供实验数据和理论基础。 展开更多
关键词 猪流行性腹泻病毒 M基因 序列分析 遗传进化分析
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一株猪流感病毒的遗传进化分析及其致病力研究 预览
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作者 刘清政 王宏宇 +14 位作者 杜以军 郑乾坤 李敏 彭涛 郭立辉 陈智 丛晓燕 陈蕾 于江 时建立 李俊 肖一红 孙文博 刘思当 吴家强 《中国预防兽医学报》 CSCD 北大核心 2017年第12期1022-1025,共4页
为研究猪流感病毒(Swine influenza virus,SIV)A/swine/Dezhou/37/2015(HIN 1)株的遗传进化和致病力,本研究对该分离株的8个基因节段进行了遗传进化分析,并接种小鼠观察临床表现及检测其肺脏的病理变化情况。结果显示:分离株HA基... 为研究猪流感病毒(Swine influenza virus,SIV)A/swine/Dezhou/37/2015(HIN 1)株的遗传进化和致病力,本研究对该分离株的8个基因节段进行了遗传进化分析,并接种小鼠观察临床表现及检测其肺脏的病理变化情况。结果显示:分离株HA基因的裂解位点为PSIQSR↓G,无多个连续碱性氨基酸插入,为低致病性SIV;HA、M、NA节段处于欧洲类禽H1N1分支;NP、PA、PB1、PB2节段处于2009甲型H1N1分支;NS节段处于北美三源重排分支;对小鼠致病力研究显示该毒株可感染小鼠并引起其肺脏组织病理学变化,但对小鼠无致死性。以上结果表明该分离株为一株低致病性的新型三源重排SIV。本研究为山东地区SIV的流行特点及变异情况提供了实验依据。 展开更多
关键词 猪流感 遗传进化分析 致病性
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