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文章速递MCCC2基因变异致3-甲基巴豆酰辅酶A羧化酶缺乏症患儿的家系分析 认领
1
作者 李瑞 许召杰 +5 位作者 赵鼎 张耀东 谢振华 王超杰 张振华 宋继军 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期74-77,共4页
目的对1例临床疑诊3-甲基巴豆酰辅酶A羧化酶缺乏症(3-methylcrotonyl-coenzyme A carboxylase deficiency,MCCD)患儿及其父母进行基因变异分析,寻找该家系的致病变异,为临床诊断提供分子遗传学依据。方法抽提先证者及其父母的外周血基因... 目的对1例临床疑诊3-甲基巴豆酰辅酶A羧化酶缺乏症(3-methylcrotonyl-coenzyme A carboxylase deficiency,MCCD)患儿及其父母进行基因变异分析,寻找该家系的致病变异,为临床诊断提供分子遗传学依据。方法抽提先证者及其父母的外周血基因组DNA,应用全外显子组基因测序技术对疑似为MCCD疾病的先证者进行致病基因筛查。根据高通量测序结果,对先证者及其父母进行变异位点的Sanger测序验证分析。应用计算机软件预测变异位点氨基酸进化保守性和变异可能导致的蛋白质结构和功能变化,分析变异位点的性质。结果Sanger测序结果显示先证者为MCCC2基因c.1342G>A(p.Gly448Ala)纯合错义变异,为未报道过的新变异。先证者母亲为c.1342G>A(p.Gly448Ala)杂合变异携带者,父亲未检测到该变异。用PolyPhen-2和Mutation Taster软件预测该变异为致病性,变异区域序列在不同物种间高度保守。根据美国医学遗传学与基因组学学会遗传变异分类标准与指南,MCCC2基因c.1342G>A(p.Gly448Ala)变异判定为可能致病性变异(PM2+PP2~PP5)。结论先证者MCCC2基因c.1342G>A(p.Gly448Ala)纯合错义变异是其分子发病机制,基因变异分析有助于明确临床诊断。 展开更多
关键词 MCCC2基因 基因变异 全外显子组测序
Current scenario of the genetic testing for rare neurological disorders exploiting next generation sequencing 认领
2
作者 Chiara Di Resta Giovanni Battista Pipitone +1 位作者 Paola Carrera Maurizio Ferrari 《中国神经再生研究:英文版》 SCIE CAS 2021年第3期475-481,共7页
Next generation sequencing is currently a cornerstone of genetic testing in routine diagnostics,allowing for the detection of sequence variants with so far unprecedented large scale,mainly in genetically heterogenous ... Next generation sequencing is currently a cornerstone of genetic testing in routine diagnostics,allowing for the detection of sequence variants with so far unprecedented large scale,mainly in genetically heterogenous diseases,such as neurological disorders.It is a fast-moving field,where new wet enrichment protocols and bioinformatics tools are constantly being developed to overcome initial limitations.Despite the as yet undiscussed advantages,however,there are still some challenges in data analysis and the interpretation of variants.In this review,we address the current state of next generation sequencing diagnostic testing for inherited human disorders,particularly giving an overview of the available high-throughput sequencing approaches;including targeted,whole-exome and whole-genome sequencing;and discussing the main critical aspects of the bioinformatic process,from raw data analysis to molecular diagnosis. 展开更多
关键词 clinical practice genetic testing NEUROGENESIS next generation sequencing sequencing approaches variant interpretation
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高通量测序技术在地中海贫血防控中应用的效果评价 认领
3
作者 陈扬 张淑芳 +5 位作者 王婵 陈仕平 冯女 刘海芳 唐小燕 王洁 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 2020年第6期645-649,共5页
目的评估高通量测序技术在地中海贫血(简称地贫)防控中的应用价值。方法应用高通量测序技术对3083例临床血常规初筛疑似地贫的样本进行基因测序,对检测为地贫罕见基因型和异常血红蛋白的样本回顾性分析血常规结果。结果3083例外周血中,... 目的评估高通量测序技术在地中海贫血(简称地贫)防控中的应用价值。方法应用高通量测序技术对3083例临床血常规初筛疑似地贫的样本进行基因测序,对检测为地贫罕见基因型和异常血红蛋白的样本回顾性分析血常规结果。结果3083例外周血中,检出地贫基因阳性1089例,地贫阳性检出率为35.32%(1089/3083),其中α-地贫26.01%(802/3083),β-地贫6.71%(207/3083),α-复合β-地贫2.59%(80/3083),检出罕见α-地贫基因型HBA2 c.123delG、HBA1 c.354_355insATC和Fusion gene及罕见β地贫基因型HBB c.-100G>A和HBB c.316-90A>G。另检出异常血红蛋白19例,主要包括Hb Hamilton、Hb Hekinan II、Hb Shizuoka、Hb Owari、Hb New York、Hb J-Bangkok和Hb Port Phillip等。结论高通量测序对于提高地贫的防控效果和建立健全地贫筛查防控体系具有积极的影响。 展开更多
关键词 地中海贫血 基因变异 高通量测序 基因检测
东莞地区16182名个体18个耳聋易感基因100个变异位点的测序筛查 认领
4
作者 张拔山 李婵 +3 位作者 朱梓年 丁爱娇 刘远如 雷薇 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 2020年第4期373-377,共5页
目的确定东莞地区耳聋基因的变异类型和携带率。方法收集新生儿及门诊筛查的16182名个体,新生儿采集足跟血片,非新生儿采集外周静脉血样,对18个耳聋易感基因的100种变异进行检测。结果共检出1631例耳聋基因变异,总体检出率为10.08%,其中... 目的确定东莞地区耳聋基因的变异类型和携带率。方法收集新生儿及门诊筛查的16182名个体,新生儿采集足跟血片,非新生儿采集外周静脉血样,对18个耳聋易感基因的100种变异进行检测。结果共检出1631例耳聋基因变异,总体检出率为10.08%,其中5例为纯合变异。SLC26A4基因变异的检出率最高(5.22%),共845例,其余依次为GJB2(673例,4.16%)、GJB3(100例,0.62%)、TMC1(12例,0.07%)、MYO15A(1例,0.01%)。GJB2基因c.235delC变异检出率最高(3.24%),共524例,其次为SLC26A4基因IVS7-2A>G变异(270例,1.67%)。33名个体(0.20%)同时携带两个变异,其中7例(0.04%)携带同一基因的复合杂合变异。结论扩大耳聋易感基因变异的筛查范围有助于了解携带情况及耳聋的遗传因素,对提早发现先天性耳聋、对受检者提供干预和遗传咨询具有重要的价值。 展开更多
关键词 遗传性耳聋 基因筛查 变异 遗传咨询
中国大陆地区405例眼皮肤白化病家系的致病基因变异谱研究 认领
5
作者 王聪慧 陈晨 +3 位作者 赵学潮 赵干业 刘莉娜 孔祥东 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 2020年第7期725-730,共6页
目的研究中国大陆地区眼皮肤白化病群体的临床遗传学特点。方法收集因眼皮肤白化病症状就诊的家系共405例,应用目标区域捕获高通量测序技术(基因包包括TYR、OCA2、TYRP1、SLC45A2基因)进行眼皮肤白化病基因变异分析并经Sanger测序验证,... 目的研究中国大陆地区眼皮肤白化病群体的临床遗传学特点。方法收集因眼皮肤白化病症状就诊的家系共405例,应用目标区域捕获高通量测序技术(基因包包括TYR、OCA2、TYRP1、SLC45A2基因)进行眼皮肤白化病基因变异分析并经Sanger测序验证,通过多重连接探针扩增技术(multiplex ligation-dependent probe amplification,MLPA)进行小片段缺失或重复分析,总结各亚型变异的规律。结果基因变异总体检出率为79.9%(647/810),变异种类包括错义变异(57.3%,371/647)、移码变异(22.9%,148/647)、无义变异(13.9%,90/647)、剪接区变异(5.6%,36/647)、小片段缺失(0.3%,2/647)。应用本检测方法共检出45个新变异。405例白化病家系中,306例患者携带双等位基因变异(75.6%,306/405),35例患者携带单等位基因变异(8.6%,35/405),64例患者未检出变异(15.8%,64/405)。306例双等位基因变异眼皮肤白化病患者中OCA1为228例(74.5%,228/306)、OCA2为46例(15.0%,46/306)、OCA3为2例(0.7%,2/306)、OCA4为30例(9.8%,30/306)。2例OCA3中国人群病例中,1例为c.1262-4_1262-3insTAGA纯合变异OCA3病例尚未见报道,另一例为既往报道的c.1214C>A(p.T405N)和c.1338delinsCG(p.V447Gfs*19)复合杂合变异OCA3病例。结论靶向捕获高通量测序、Sanger测序结合MLPA能够有效检出眼皮肤白化病相关基因变异,本研究结果拓展了眼皮肤白化病基因变异谱,同时可为眼皮肤白化病的基因诊断和产前诊断提供参考和帮助。 展开更多
关键词 眼皮肤白化病 高通量测序 基因变异
应用全外显子测序技术对一个丙酸血症家系进行基因分析及产前诊断 认领
6
作者 阳彦 刘艳秋 +1 位作者 陈佳 罗海艳 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 2020年第7期751-754,共4页
目的探讨1个丙酸血症家系的遗传学病因,为其遗传咨询及产前诊断提供依据。方法应用高通量测序技术对先证者及父母进行核心家系全外显子组测序(whole exome sequencing,WES),用生物信息学软件对变异位点进行致病性分析,并对阳性位点进行S... 目的探讨1个丙酸血症家系的遗传学病因,为其遗传咨询及产前诊断提供依据。方法应用高通量测序技术对先证者及父母进行核心家系全外显子组测序(whole exome sequencing,WES),用生物信息学软件对变异位点进行致病性分析,并对阳性位点进行Sanger测序验证,检测变异位点是否符合共分离。先证者母亲再次怀孕后于孕18周经羊膜腔穿刺行产前诊断。结果核心家系全WES检测在先证者PCCA基因上检出c.1845+1G>A和c.446delA(p.N149Tfs*35)两个新变异,其父亲携带c.1845+1G>A杂合变异,母亲携带c.446delA杂合变异,先证者二姐遗传来自父亲的c.1845+1G>A变异,胎儿携带c.1845+1G>A杂合变异,出生后随访正常。结论PCCA基因c.1845+1G>A和c.446delA变异是该丙酸血症家系的致病原因,为家系遗传咨询及产前诊断提供了依据。 展开更多
关键词 丙酸血症 PCCA基因 基因变异 产前诊断
GDAP1基因c.1A>G新变异致常染色体隐性腓骨肌萎缩症的家系分析 认领
7
作者 刘春莲 闫有圣 +2 位作者 赵君利 哈灵侠 徐仙 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 2020年第11期1244-1246,共3页
目的对1个腓骨肌萎缩症(Charcot-Marie-Tooth,CMT)家系进行全基因组测序,为临床诊断和遗传咨询提供依据。方法应用高通量基因测序(next generation sequencing technology,NGS)检测CMT的致病基因位点,筛查各成员携带致病基因的情况。结... 目的对1个腓骨肌萎缩症(Charcot-Marie-Tooth,CMT)家系进行全基因组测序,为临床诊断和遗传咨询提供依据。方法应用高通量基因测序(next generation sequencing technology,NGS)检测CMT的致病基因位点,筛查各成员携带致病基因的情况。结果测序结果显示家系中两例患儿的GDAP1基因存在c.1A>G纯合变异,导致编码蛋白第1位氨基酸由Met变为Val(p.Met1Val),为错义变异,其父母均携带c.1A>G杂合变异;目前尚无该变异的相关报道,在人群中发生的频率极低。另外家系中1例患儿和母亲携带BAG3基因c.710A>T杂合变异。结论GDAP1基因c.1A>G纯合变异可能为该家系患儿的致病原因,基因测序结果为患儿的临床诊断和遗传咨询提供了依据。 展开更多
关键词 基因测序 腓骨肌萎缩症 GDAP1基因 基因变异
一个遗传性痉挛性截瘫4型家系的SPAST基因变异分析 认领
8
作者 祁娜 马明明 +5 位作者 杨科 娄桂予 秦利涛 侯巧芳 张玉薇 廖世秀 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 2020年第11期1261-1264,共4页
目的明确1个遗传性痉挛性截瘫(hereditary spastic paraplegia,HSP)家系的分子遗传发病机制。方法收集该家系成员及50名正常对照的外周血,提取样本DNA,应用二代测序技术对先证者的周围神经病及痉挛性截瘫候选基因进行相关基因突变筛查,... 目的明确1个遗传性痉挛性截瘫(hereditary spastic paraplegia,HSP)家系的分子遗传发病机制。方法收集该家系成员及50名正常对照的外周血,提取样本DNA,应用二代测序技术对先证者的周围神经病及痉挛性截瘫候选基因进行相关基因突变筛查,并对可疑变异进行Sanger测序分析。结果测序结果显示先证者SPAST基因第9外显子区存在c.1196C>G杂合变异,导致第399位氨基酸由丝氨酸变为色氨酸(p.Ser399Trp),该变异可能导致蛋白质功能受到影响。该家系的其它患者均存在SPAST c.1196C>G的杂合错义变异,而表型正常家系成员未发现该位点的变异,50名正常对照均未发现该变异,符合基因型-表型共分离。根据2015年ACMG制定的《遗传变异分类标准与指南》,该变异为可能致病性变异。结论SPAST基因c.1196C>G变异可能是导致本家系患者发病的原因。 展开更多
关键词 遗传性痉挛性截瘫 SPAST基因 基因变异
云南不明原因猝死高发地区汉族人群易感基因变异筛查 认领
9
作者 刘凯 王跃兵 +8 位作者 聂胜洁 马琳 戴青原 唐雪 瞿鹏飞 习严梅 瞿勇强 李玉华 雷普平 《中国法医学杂志》 CSCD 2020年第4期398-402,共5页
目的筛查云南不明原因猝死高发地区汉族人群的心脏疾病易感基因变异。方法采集96例云南不明原因猝死高发地区汉族村民(病区组)和183例邻村健康村民(对照组)的外周静脉血,提取基因组DNA,使用基质辅助激光解析电离时间飞行质谱技术(MALDI-... 目的筛查云南不明原因猝死高发地区汉族人群的心脏疾病易感基因变异。方法采集96例云南不明原因猝死高发地区汉族村民(病区组)和183例邻村健康村民(对照组)的外周静脉血,提取基因组DNA,使用基质辅助激光解析电离时间飞行质谱技术(MALDI-TOF-MS)对19个心脏疾病相关基因的35个单核苷酸变异位点进行基因分型。采用SPSS17.0软件分析数据,并通过蛋白质功能预测软件PolyPhen-2、SIFT和MutationTaster对具有统计学差异的变异位点进行致病性预测。使用十二导联心电图机对所有个体进行心电图检测。结果 AKAP9(rs146797353,c.3827G>A,p.R1276Q)、AKAP9(rs73407505,c.4199T>C,p.M1400T)和RNF207(rs201773865,c.1616G>A,p.R539H)的等位基因频率及基因型频率在病区组与对照组之间具有统计学差异,且AKAP9(rs146797353)、AKAP9(rs73407505)在病区组中的等位基因频率及基因型频率均高于对照组。蛋白功能预测软件SIFT对R1276Q预测结果为影响蛋白质功能,SIFT和MutationTaster对R539H预测结果为可致病性。病区组中检出ST-T改变、T波异常、传导阻滞等异常心电图改变且频率高于对照组。结论 YNSUD高发地区汉族人群的心脏电生理异常可能是其发病的易感因素。YNSUD高发地区汉族人群中尚未发现明确的可致病性心脏疾病基因的可致病性变异,YNSUD在云南汉族人群高发的原因有待进一步研究。 展开更多
关键词 法医学 云南不明原因猝死 心脏疾病 基因变异
一个遗传性凝血因子Ⅴ缺乏症家系的临床表型及基因分析 认领
10
作者 车凤玉 黄文娣 +4 位作者 杨颖 王国霞 张李钰 梁若冰 赵建刚 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 2020年第4期427-430,共4页
目的探讨一个遗传性凝血因子V缺乏症家系的表型特征及其分子致病机制。方法综合分析患儿及其家系成员的临床表现及辅助检查结果,并应用靶向捕获高通量测序及Sanger测序进行变异位点分析和家系验证。结果患儿凝血酶原时间、活化部分凝血... 目的探讨一个遗传性凝血因子V缺乏症家系的表型特征及其分子致病机制。方法综合分析患儿及其家系成员的临床表现及辅助检查结果,并应用靶向捕获高通量测序及Sanger测序进行变异位点分析和家系验证。结果患儿凝血酶原时间、活化部分凝血活酶时间延长,Ⅴ因子活性仅为0.1%,但无任何出血征象;基因检测结果显示患儿F5基因上携带父源性c.653T>C(p.F218S)杂合变异和母源性c.3642_3643del(p.P1215Rfs*175)杂合变异,患儿哥哥携带父源性的c.653T>C(p.F218S)杂合变异,符合常染色体隐性遗传规律。其中c.653T>C(p.F218S)为已报道的致病性变异,c.3642_3643del(p.P1215Rfs*175)为国际上未见报道的可疑致病性变异。结论明确了F5基因为该患儿的致病基因,靶向捕获高通量测序结合Sanger测序可以快速准确的对该病进行基因变异检测。 展开更多
关键词 凝血因子V缺乏症 F5基因 高通量测序 基因变异
一例酪氨酸羟化酶缺乏症导致的小儿帕金森症伴运动延迟的临床及基因变异分析 认领
11
作者 陈重芬 孔京慧 +2 位作者 葛丽丽 刘磊 宋银森 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 2020年第4期455-458,共4页
目的探讨1例酪氨酸羟化酶缺乏症导致的小儿型帕金森伴运动延迟患儿家系的临床特点,并分析其基因变异情况。方法收集2018年6月就诊郑州大学附属儿童医院的1例酪氨酸羟化酶缺乏症患儿的临床特点,提取患儿及其家系成员外周血DNA,对患儿多... 目的探讨1例酪氨酸羟化酶缺乏症导致的小儿型帕金森伴运动延迟患儿家系的临床特点,并分析其基因变异情况。方法收集2018年6月就诊郑州大学附属儿童医院的1例酪氨酸羟化酶缺乏症患儿的临床特点,提取患儿及其家系成员外周血DNA,对患儿多巴反应性肌张力不良相关基因三磷酸鸟苷环水解酶1基因(guanosine triphosphate cyclohydrolaseⅠ,GCH1)、酪氨酸羟化酶基因(tyrosine hydroxylase,TH)、墨蝶蛉还原酶基因(sepiapterin reductase,SPR)全部外显子进行深度测序,对变异位点进行分析并通过Sanger测序验证。结果该患儿7月11天,因"翻身不灵活、不会独坐"就诊。运动功能减退,动作延迟,肌张力稍低,肢体僵硬,头有抖动,轻微斜颈,智力发育稍微落后,自3个月大开始有肢体不自主抖动,持续约十几秒自行缓解,情绪激动时和睡前该动作较多。头颅MRI提示双侧额颞部蛛网膜下腔增宽,颞部增宽明显,被误诊为脑性瘫痪。基因变异分析发现其TH基因c.457C>T(p.R153X)无义变异和c.720C>G(p.I240M)错义变异,分别来源于其父亲和母亲,属于复合杂合变异,符合常染色体隐性遗传,其中c.457C>T(p.R153X)为国内外已报道致病变异,c.720C>G(p.I240M)未见报道。结论报告一例1岁以内发病的因酪氨酸羟化酶缺乏症引起的婴儿型帕金森伴运动迟,TH基因变异是导致酪氨酸羟化酶缺乏症的主要原因之一,本研究结果发现的c.720C>G(p.I240M)变异进一步丰富了TH基因的变异谱。 展开更多
关键词 酪氨酸羟化酶缺乏症 小儿帕金森病伴运动延迟 IH基因 变异
遗传性FⅪ缺陷症一家系的F11基因新复合杂合变异分析 认领
12
作者 夏虹 李小龙 +5 位作者 朱丽青 金艳慧 杨丽红 潘景业 张海月 王明山 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 2020年第5期501-504,共4页
目的对1个复合杂合变异导致的遗传性凝血因子Ⅺ(coagulation factorⅪ,FⅪ)缺陷症家系进行表型和基因变异分析,探讨其发病的分子机制。方法检测先证者及其家系成员(共3代11人)的活化部分凝血活酶时间(activated partial thromboplastin ... 目的对1个复合杂合变异导致的遗传性凝血因子Ⅺ(coagulation factorⅪ,FⅪ)缺陷症家系进行表型和基因变异分析,探讨其发病的分子机制。方法检测先证者及其家系成员(共3代11人)的活化部分凝血活酶时间(activated partial thromboplastin time,APTT)、凝血酶原时间(prothrombin time,PT)、纤维蛋白原(fibrinogen,FIB)、血浆FⅪ活性(FⅪactivity,FⅪ∶C)及FⅪ抗原(FⅪantigen,FⅪ∶Ag)等指标以明确诊断;用Sanger测序法分析先证者F11基因的所有外显子及侧翼序列、5′和3′非翻译区及家系成员相应的变异位点区域,用反向测序予以证实。用PolyPhen-2和SIFT软件分析变异对蛋白质功能的影响;用Swiss-PdbViewer软件对变异位点进行蛋白模型和氨基酸相互作用分析。结果先证者和其姐姐APTT、FⅪ∶C、FⅪ∶Ag均明显异常,分别为73.0 s、10.0%、15.0%和87.1 s、2.0%、11.5%;其部分家系成员的APTT稍有延长,FⅪ∶C和FⅪ∶Ag也均有不同程度的下降。基因分析发现先证者及其姐姐F11基因第7外显子存在c.738G>A杂合变异(p.Trp228stop),第9外显子存在c.938G>T杂合变异(p.Ser295Ile);其父亲、妹妹、女儿均为p.Trp228stop的杂合子,而母亲、外甥则为p.Ser295Ile的杂合子。p.Ser295Ile变异PolyPhen-2评分结果为0.840分,预示此变异很可能是有害变异;SIFT评分结果为0.00分,预示此变异为有害变异,可影响蛋白质功能;模型分析显示p.Ser295Ile变异破坏了氨基酸间其中一个氢键的联系,使蛋白结构发生变化,不稳定性增加。结论该先证者的F11基因第7外显子存在c.738G>A(p.Trp228stop)杂合变异及第9外显子存在c.938G>T(p.Ser295Ile)杂合变异;p.Trp228stop遗传自父亲,p.Ser295Ile遗传自母亲,且与该家系FⅪ水平降低有关。 展开更多
关键词 遗传性凝血因子Ⅺ缺陷症 基因变异 F11基因
一例POU1F1基因变异导致的联合垂体激素缺乏患儿临床和遗传学分析 认领
13
作者 李群 李娟 +5 位作者 常国营 丁宇 王依柔 沈永年 王剑 王秀敏 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 2020年第9期1018-1020,共3页
目的对1例联合垂体激素缺乏患儿POU1F1基因进行变异分析,明确其遗传学病因。方法分析1例以反复低血糖就诊的联合垂体激素缺乏患儿的临床资料及基因检测结果。结果患儿临床表现为2月龄起反复发作的低血糖、严重的纳差便秘、严重的生长发... 目的对1例联合垂体激素缺乏患儿POU1F1基因进行变异分析,明确其遗传学病因。方法分析1例以反复低血糖就诊的联合垂体激素缺乏患儿的临床资料及基因检测结果。结果患儿临床表现为2月龄起反复发作的低血糖、严重的纳差便秘、严重的生长发育迟缓,并且存在生长激素、促甲状腺激素和泌乳素3种垂体激素缺乏。高通量测序检测显示患儿POU1F1基因存在c.767-769del(p.Glu256del)杂合变异。结论POU1F1基因变异是患儿的致病原因。低血糖在POU1F1基因缺陷病例中很少见,对于合并多种垂体激素缺乏的患儿,应进行基因检测明确病因。 展开更多
关键词 联合垂体激素缺乏 POU1F1基因 基因变异
一例先天性肾性尿崩症新生儿的AVPR2基因变异分析 认领
14
作者 余颖芳 陈安 +2 位作者 郑季彦 陈理华 杜立中 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 2020年第12期1376-1379,共4页
目的对1例新生儿期诊断的先天性肾性尿崩症患者及其父母进行AVPR2基因的变异检测。方法收集患儿的临床资料,采集患儿及其父母的外周血样,提取基因组DNA,用PCR扩增AVPR2基因的全部编码区并进行Sanger测序。结果患儿出生后不久即出现反复... 目的对1例新生儿期诊断的先天性肾性尿崩症患者及其父母进行AVPR2基因的变异检测。方法收集患儿的临床资料,采集患儿及其父母的外周血样,提取基因组DNA,用PCR扩增AVPR2基因的全部编码区并进行Sanger测序。结果患儿出生后不久即出现反复发热、多尿、血钠增高。B超随访提示患儿存在一过性肾积水和输尿管扩张,用氢氯噻嗪治疗部分有效。DNA测序发现患儿及其母亲均携带AVPR2基因第2外显子c.890-899delACCCGGAGGC大片段缺失移码变异,既往未见报道。结论AVPR2基因第2外显子c.890-899delACCCGGAGGC大片段缺失移码变异可能是患儿先天性肾性尿崩症的病因。 展开更多
关键词 肾性尿崩症 AVPR2基因 基因变异
慢性阻塞性肺疾病全基因组关联研究进展 认领
15
作者 钱国清 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2020年第9期832-846,共15页
慢性阻塞性肺疾病(chronic obstructive pulmonary disease,COPD)是一种以不完全可逆的气流受限为主要特征的慢性气道炎症,是一种由遗传因素和环境因素共同作用的复杂疾病,也是世界主要致死疾病之一。近年来,随着全基因组关联研究(genom... 慢性阻塞性肺疾病(chronic obstructive pulmonary disease,COPD)是一种以不完全可逆的气流受限为主要特征的慢性气道炎症,是一种由遗传因素和环境因素共同作用的复杂疾病,也是世界主要致死疾病之一。近年来,随着全基因组关联研究(genome-wide association study,GWAS)的不断深入,研究者们发现了大量与肺功能或COPD相关的遗传变异或基因位点、药物靶点等。本文综述了2007年以来世界范围内针对肺功能或COPD的GWAS方面的研究工作及其进展综述,分析了可能存在的药物靶点,并探讨了COPD在全基因组关联研究中面临的挑战和困难,为深入研究COPD发病机制提供新思路。 展开更多
关键词 慢性阻塞性肺疾病 肺功能 全基因组关联研究 遗传变异 基因座 易感基因 致病基因
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COL4A5基因新变异导致遗传性血尿肾病耳聋综合征一家系 认领
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作者 刘晓伟 高明 +8 位作者 邹洋 王丽娟 康冉冉 徐佩文 牛玉萍 黄色新 李杰 解洪强 高媛 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 2020年第8期807-810,共4页
目的:探讨1个遗传性血尿肾病耳聋综合征(Alport综合征)家系的致病原因。方法:应用高通量测序和Sanger测序法检测先证者COL4A5基因的变异,并在家系其他成员及100名正常对照中进行Sanger测序验证。结果:测序结果显示该家系中的4例女性患者... 目的:探讨1个遗传性血尿肾病耳聋综合征(Alport综合征)家系的致病原因。方法:应用高通量测序和Sanger测序法检测先证者COL4A5基因的变异,并在家系其他成员及100名正常对照中进行Sanger测序验证。结果:测序结果显示该家系中的4例女性患者COL4A5基因均存在c.3293G>T(p.Gly1098Val)的杂合变异,2例男性患者为COL4A5基因c.3293G>T(p.Gly1098Val)变异半合子,而正常家系成员以及100名正常对照中均未检测到此变异。按照美国医学遗传学与基因组学学会遗传变异分类标准与指南,COL4A5基因c.3293G>T变异位点判读为致病性变异(PM1+PM2+PP1-S+PP3+PP4)。结论:COL4A5基因的c.3293G>T(p.Gly1098Val)变异会导致Gly-X-Y三联结构发生变化,可能是该家系的发病原因,新变异的检出丰富了COL4A5基因的变异谱。 展开更多
关键词 ALPORT综合征 COL4A5基因 DNA测序 基因变异
罕见肾单位肾痨患儿的临床与基因变异分析 认领
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作者 王东 童桂霞 +7 位作者 董睿 律玉强 高敏 马健 宛雅 庞焕平 盖中涛 刘毅 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 2020年第7期743-746,共4页
目的对1例临床高度怀疑为肾单位肾痨(nephronophthisis,NPHP)的患儿进行基因变异鉴定与分析,以明确其诊断。方法抽取患儿及其父母的外周血样,应用高通量测序技术对患儿进行测序分析,对可疑致病变异位点进行患儿及其父母的Sanger测序验... 目的对1例临床高度怀疑为肾单位肾痨(nephronophthisis,NPHP)的患儿进行基因变异鉴定与分析,以明确其诊断。方法抽取患儿及其父母的外周血样,应用高通量测序技术对患儿进行测序分析,对可疑致病变异位点进行患儿及其父母的Sanger测序验证。结果患儿为7岁先天失明的女孩,因无明显诱因反复呕吐伴乏力、精神差7~8天于当地医院就诊,后以"肾功能衰竭"转入本院。患儿尿常规潜血(3+),尿蛋白(1+),血尿素氮、肌酐进行性明显升高;超声检查双肾体积略增大,肾实质回声增强,皮髓质分界不清,提示双侧肾脏多发囊肿。临床拟诊为"肾单位肾痨"。测序结果示患儿CEP290基因存在c.2587-2A>T和c.2251C>T复合杂合变异,经Sanger测序验证分别遗传自其母亲和父亲。根据美国医学遗传学与基因组学学会指南,患儿携带的CEP290基因两个变异均被判定为致病性变异。结论患儿被确诊为CEP290基因变异所致的肾单位肾痨6型,该疾病案例在国内尚未见报道,为该病基因型与表型的相关性提供了新的证据。 展开更多
关键词 肾单位肾痨 CEP290基因 基因变异
一个复合杂合变异导致的遗传性凝血因子Ⅻ缺陷症家系分析 认领
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作者 谢海啸 张海月 +5 位作者 许梦洁 邹安庆 金艳慧 杨丽红 潘景业 王明山 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 2020年第5期519-522,共4页
目的检测1个遗传性凝血因子Ⅻ(coagulation factorⅫ,FⅫ)缺陷症家系的基因变异,探讨其分子致病机制。方法用DNA直接测序法对F12基因进行变异分析;在野生型pIRES2-EGFP/FⅫ表达质粒基础上,构建变异型FⅫ表达质粒,Polyfect转染试剂瞬时转... 目的检测1个遗传性凝血因子Ⅻ(coagulation factorⅫ,FⅫ)缺陷症家系的基因变异,探讨其分子致病机制。方法用DNA直接测序法对F12基因进行变异分析;在野生型pIRES2-EGFP/FⅫ表达质粒基础上,构建变异型FⅫ表达质粒,Polyfect转染试剂瞬时转染293T细胞,分别测定上清液中FⅫ活性(FⅫactivity,FⅫ∶C)和FⅫ抗原(FⅫantigen,FⅫ∶Ag),测定细胞裂解液中FⅫ∶Ag,并用Western印迹进行验证。结果先证者F12基因第1外显子启动子区为46TT基因型,在第13和14外显子存在g.8489G>A(p.Glu502Lys)和g.8699G>C(p.Gly542Ser)复合杂合变异。瞬时转染结果显示,FⅫp.Glu502Lys变异体蛋白上清液中FⅫ∶C和FⅫ∶Ag分别为野生型的28%和24%,细胞裂解液中FⅫ∶Ag为野生型的39%;FⅫp.Gly542Ser变异体蛋白上清液中的FⅫ∶C和FⅫ∶Ag分别为野生型的32%和17%,细胞裂解液中FⅫ∶Ag为野生型的59%。结论先证者F12基因型46TT,p.Glu502Lys和p.Gly542Ser复合杂合变异导致其FⅫ水平极度降低;体外表达实验证实变异蛋白p.Glu502Lys和p.Gly542Ser存在合成和分泌障碍。 展开更多
关键词 凝血因子Ⅻ缺陷症 F12基因 基因变异 凝血因子Ⅻ水平
一例智力障碍患儿的SYNGAP1基因新突变 认领
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作者 陆静 张仪 +3 位作者 韩聪 朱佳谊 王剑 姚如恩 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 2019年第7期716-719,共4页
目的探讨1例SYNGAP1基因突变引起的儿童智力障碍。方法提取患儿及其父母外周血DNA,应用高通量测序技术对患儿进行突变筛查,结合临床病例资料,寻找可能的致病位点,应用Sanger测序对患儿及其父母进行致病位点的验证。结果高通量测序提示患... 目的探讨1例SYNGAP1基因突变引起的儿童智力障碍。方法提取患儿及其父母外周血DNA,应用高通量测序技术对患儿进行突变筛查,结合临床病例资料,寻找可能的致病位点,应用Sanger测序对患儿及其父母进行致病位点的验证。结果高通量测序提示患儿SYNGAP1基因第10外显子存在c.1656C>A(p.C552*)杂合突变,用Sanger测序验证,患儿该突变位点为杂合,同时检测到患儿父母该位点均为野生型。结论患者所携带的SYNGAP1基因无义突变为新发突变,其变异将引起患儿的特殊面容及智力障碍等症状。有助于该家系的遗传咨询及产前诊断。 展开更多
关键词 SYNGAP1基因 基因突变 智力障碍 高通量测序
Prioritizing natural-selection signals from the deep-sequencing genomic data suggests multi-variant adaptation in Tibetan highlanders 认领
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作者 Lian Deng Chao Zhang +23 位作者 Kai Yuan Yang Gao Yuwen Pan Xueling Ge Yaoxi He Yuan Yuan Yan Lu Xiaoxi Zhang Hao Chen Haiyi Lou Xiaoji Wang Dongsheng Lu Jiaojiao Liu Lei Tian Qidi Feng Asifullah Khan Yajun Yang Zi-Bing Jin Jian Yang Fan Lu Jia Qu Longli Kang Bing Su Shuhua Xu 《国家科学评论:英文版》 SCIE EI CSCD 2019年第6期1201-1222,共22页
Human genetic adaptation to high altitudes(>2500 m)has been extensively studied over the last few years,but few functional adaptive genetic variants have been identified,largely owing to the lack of deep-genome seq... Human genetic adaptation to high altitudes(>2500 m)has been extensively studied over the last few years,but few functional adaptive genetic variants have been identified,largely owing to the lack of deep-genome sequencing data available to previous studies.Here,w e build a list of putative adaptive variants,including 63 missense,7 loss-of-function;1,298 evolutionarily conserved variants and 509 expression quantitative traits loci.Notably,the top signal of selection is located in TMEM 247,a transmembrane protein-coding gene.The Tibetan version of TMEM 247 harbors one high-frequency(76.3%)missense variant,rsl 16983452(c.248C>T;p.Ala83Val);with the T allele derived from archaic ancestry and carried by>94%of Tibetans but absent or in low frequencies(<3%)in non-Tibetan populations.The rsl 16983452-T is strongly and positively correlated with altitude and significantly associated with reduced hemoglobin concentration(p=5.78×10^-5),red blood cell count(p=5.72×10^-7)and hematocrit(p=2.57×10^-6).In particular,TMEM247-rs 116983452 shows greater effect size and better predicts the phenotypic outcome than any E P A S1 variants in association with adaptive traits in Tibetans.Modeling the interaction between TM£M247-rsl 16983452 and EPAS1 variants indicates weak but statistically significant epistatic effects.Our results support that multiple variants may jointly deliver the fitness of the Tibetans on the plateau,where a complex model is needed to elucidate the adaptive evolution mechanism. 展开更多
关键词 Tibetan adaptive genetic variant high-altitude ADAPTATION next-generation sequencing(NGS) ARCHAIC ANCESTRY EXPRESSION quantitative traits loci(eQTL) tissue-specific EXPRESSION hemoglobin concentration hypoxia
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