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高通量基因测序技术在新型冠状病毒检测中的应用 认领
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作者 李梦婷 祝小荐 万绍贵 《赣南医学院学报》 2020年第3期225-228,共4页
2019年12月份起,不明原因的肺炎患者造成中国武汉疫情大暴发。通过对肺炎患者样本分析,发现了一种新型冠状病毒,目前被世界卫生组织命名为2019-nCoV。高通量测序技术的发展促进了对微生物病原的快速分析能力,当前暴发的新型冠状病毒的... 2019年12月份起,不明原因的肺炎患者造成中国武汉疫情大暴发。通过对肺炎患者样本分析,发现了一种新型冠状病毒,目前被世界卫生组织命名为2019-nCoV。高通量测序技术的发展促进了对微生物病原的快速分析能力,当前暴发的新型冠状病毒的首次发现便是基于宏基因组高通量二代测序技术所实现的。本文就二代测序(NGS)和第三代纳米孔测序等高通量基因测序技术在新型冠状病毒中的应用进行简要阐述。 展开更多
关键词 高通量测序 新型冠状病毒 宏基因组学 二代测序 纳米孔测序
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高通量测序在重症肺部感染患者中的应用效果 认领
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作者 任迪 李颖 +1 位作者 曾晶晶 谭婷婷 《中国医药导报》 CAS 2020年第7期94-97,共4页
目的探讨高通量测序技术在重症肺部感染患者中的应用效果。方法回顾性分析2018年1~12月广东省深圳市第二人民医院重症医学科收治的87例重症肺部感染患者的临床资料。采用数字随机表法分为应用高通量测序患者下一代测序技术(NGS)组43例,... 目的探讨高通量测序技术在重症肺部感染患者中的应用效果。方法回顾性分析2018年1~12月广东省深圳市第二人民医院重症医学科收治的87例重症肺部感染患者的临床资料。采用数字随机表法分为应用高通量测序患者下一代测序技术(NGS)组43例,对照组44例。比较NGS组病原体检出率,两组患者抗生素使用强度,重症监护病房(ICU)住院天数及28 d病死率。结果两组患者治疗前基线资料比较,差异无统计学意义(P>0.05)。NGS组中高通量肺泡灌洗液标本中病原体检出率明显高于常规培养,NGS组抗生素使用强度低于对照组,ICU住院时间短于对照组,差异有统计学意义(P<0.05)。两组患者28 d病死率比较,差异无统计学意义(P>0.05)。结论高通量测序技术的应用能提高重症肺部感染患者肺泡灌洗液病原体的检出率,降低抗生素使用强度及缩短住院时间。 展开更多
关键词 高通量测序 重症肺部感染 抗生素使用强度 宏基因组学 下一代测序技术
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基于高通量测序的OMS-2对序批式反应器系统微生物群落的影响 认领
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作者 陈鑫宇 王道雄 +2 位作者 潘飞 徐少伟 冉懋君 《环境工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期244-252,共9页
随着纳米材料的广泛应用,越来越多的纳米材料随着废水进入污水处理厂,纳米材料对污水生物处理系统的潜在影响越来越受到重视。探讨了氧化锰八面体分子筛(manganese oxide octahedral molecular sieve,OMS-2)纳米颗粒对序批式反应器(sequ... 随着纳米材料的广泛应用,越来越多的纳米材料随着废水进入污水处理厂,纳米材料对污水生物处理系统的潜在影响越来越受到重视。探讨了氧化锰八面体分子筛(manganese oxide octahedral molecular sieve,OMS-2)纳米颗粒对序批式反应器(sequencing batch reactor,SBR)中活性污泥微生物群落结构的影响;以活性艳红X-3B溶液模拟印染废水,将不同浓度的OMS-2混入稳定运行的SBR中,采用Illumina MiSeq高通量测序分析技术,对不同SBR中微生物分布规律进行了研究。结果表明:SBR添加0.25 g·L^-1的OMS-2后,其COD去除率和脱色率分别提升了6%和13.6%;Illumina MiSeq高通量测序显示,在混入0.25 g·L^-1的OMS-2后,SBR内污泥菌群中拟杆菌门(Bacteroidetes)和变形菌门(Proteobacteria)的微生物DNA序列操作分类单元(operational taxonomic units,OTU)分别增加了16.8%和96.4%,这2类菌种可能提升了SBR降解有机污染物的能力;不同浓度的OMS-2改变了菌群的多样性和结构,低浓度的OMS-2可以提升微生物菌群的多样性和改变菌群的结构。X射线光电子能谱(XPS)分析表明,OMS-2在SBR中存在锰(Ⅳ)/锰(Ⅲ)转变为锰(Ⅱ)的氧化还原反应,该过程可能影响了菌群的组成。研究为纳米材料的实际应用和环境风险提供了参考。 展开更多
关键词 序批式反应器 氧化锰八面体分子筛 X-3B 微生物群落分析 高通量测序
不同样本测序前处理方案对冠状病毒基因组高通量测序结果的影响 认领
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作者 陈静 张雅薇 +4 位作者 牛培华 陆柔剑 朱娜 范航 谭文杰 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期103-109,共7页
目的以基因组最大RNA病毒(冠状病毒)为代表,研究不同测序前样本处理模式对高通量测序获得病毒全基因组序列信息质量的影响。方法以细胞培养的人冠状病毒HCoV-OC43样本为代表,分为4种测序前样本处理模式,即:未处理组、核酸提取前DNase和R... 目的以基因组最大RNA病毒(冠状病毒)为代表,研究不同测序前样本处理模式对高通量测序获得病毒全基因组序列信息质量的影响。方法以细胞培养的人冠状病毒HCoV-OC43样本为代表,分为4种测序前样本处理模式,即:未处理组、核酸提取前DNase和RNase处理组、核酸提取后DNase处理组、核酸提取前DNase和RNase处理且核酸提取后DNase处理组。不同模式处理后的核酸分为两份,一份直接RNA测序(未扩增),另一份经序列非依赖的单引物扩增(SISPA)后DNA测序。结果尽管不同处理方式下获得的病毒基因组覆盖率差别不大,但是样本核酸提取后经DNase处理组直接测序获得了最高的基因覆盖度和测序准确性,而SISPA扩增可有效提高病毒测序读长(reads)比例与基因组各位点的测序深度。结论本研究为优化冠状病毒等RNA病毒全基因组测序策略提供了技术参考。 展开更多
关键词 人冠状病毒 序列非依赖的单引物扩增 全基因组测序 高通量测序
高通量测序分析原香型白酒高温大曲的细菌群落 认领
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作者 杨旭 马歌丽 +5 位作者 王光路 胡晓龙 宋丽丽 张志平 张治刚 王永亮 《酿酒科技》 2020年第3期24-27,共4页
本研究采用高通量测序技术,采集贾湖酒业集团有限责任公司原香型白酒高温大曲(简写JH)为研究对象,以南方高温大曲(简写MT)为对照,对比分析大曲理化性质和细菌群落结构组成的差异。结果表明,大曲JH和MT都是合格大曲,大曲JH酸度低于MT,但... 本研究采用高通量测序技术,采集贾湖酒业集团有限责任公司原香型白酒高温大曲(简写JH)为研究对象,以南方高温大曲(简写MT)为对照,对比分析大曲理化性质和细菌群落结构组成的差异。结果表明,大曲JH和MT都是合格大曲,大曲JH酸度低于MT,但是蛋白酶活力较高。高通量测序结果表明,大曲JH优势细菌为蛋白酶产生菌Virgibacillus,相对丰度达到61.01%,高于大曲MT的17.44%;高温放线菌属Kroppenstedtia在大曲JH中相对丰度达到17.66%,高于大曲MT的1.08%。大曲JH细菌多样性低于大曲MT,如大曲MT中不动细菌属Acinetobacter、酵母属Saccharopolyspora、芽孢杆菌属Scopulibacillus、链霉菌属Streptomyces、魏斯氏菌属Weissella和乳杆菌属Lactobacillus在大曲JH中均未检测到。细菌组成差异是造成大曲理化指标不同和白酒品质差异的主要原因之一。 展开更多
关键词 高温大曲 原香型 细菌群落 高通量测序
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不同高阻隔包装材料对烤鸭微生物及菌群多样性的影响 认领
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作者 穆罡 罗欣 +5 位作者 梁荣蓉 董鹏程 毛衍伟 朱立贤 张一敏 杨啸吟 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2020年第3期171-177,共7页
为研究不同阻隔性包装材料对烤鸭品质影响的差异性,本研究采用3种不同类型高阻隔包装材料(镀氧化硅类、乙烯醇聚合物、聚偏二氯乙烯)对烤鸭进行真空包装,以聚乙烯/尼龙包装为对照,然后在4℃下分别贮藏21 d,检测此期间烤鸭的挥发性盐基氮... 为研究不同阻隔性包装材料对烤鸭品质影响的差异性,本研究采用3种不同类型高阻隔包装材料(镀氧化硅类、乙烯醇聚合物、聚偏二氯乙烯)对烤鸭进行真空包装,以聚乙烯/尼龙包装为对照,然后在4℃下分别贮藏21 d,检测此期间烤鸭的挥发性盐基氮(total volatile basic nitrogen,TVB-N)含量、肉色、微生物(菌落总数、乳酸菌和肠杆菌数),并用高通量测序技术观察了不同样品的微生物多样性变化。结果表明:镀氧化硅包装可以有效抑制TVB-N的产生,在贮藏第21天时其含量最低,且低于20 mg/kg,并可抑制微生物的生长;通过高通量测序技术观察了不同样品的微生物多样性变化,贮藏时间和包装材料对烤鸭的微生物菌落结构有明显影响,在贮藏过程中,乳酸菌菌属与魏斯氏菌属是镀氧化硅材料包装烤鸭样品的优势菌群;乳酸菌属、魏斯氏菌属、假单胞菌属、类香味菌属、肉食杆菌属是乙烯醇聚合物材料包装烤鸭的优势菌群;乳酸菌属、魏斯氏菌属、热杀索丝菌属、弧菌属是聚偏二氯乙烯材料包装烤鸭的优势菌群。对比发现,镀氧化硅类材料对假单胞菌、类香味菌属、热杀索丝菌等的抑制是其有效保持烤鸭的品质、延长其货架期的主要原因。综上,镀氧化硅类高阻隔真空包装材料可有效抑制微生物生长、保持烤鸭的品质。 展开更多
关键词 烤鸭 高阻隔包装材料 微生物多样性 高通量测序
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Inhibition effect of magnetic field on nitrous oxide emission from sequencing batch reactor treating domestic wastewater at low temperature 认领
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作者 Dan Xu Hongmin Ji +3 位作者 Hongqiang Ren Jinju Geng Kan Li Ke Xu 《环境科学学报:英文版》 SCIE EI CAS CSCD 2020年第1期205-212,共8页
This study aims to investigate the effect of a magnetic field on nitrous oxide(N2O)emission from a sequencing batch reactor treating low-strength domestic wastewater at low temperature(10℃).After running for 124 days... This study aims to investigate the effect of a magnetic field on nitrous oxide(N2O)emission from a sequencing batch reactor treating low-strength domestic wastewater at low temperature(10℃).After running for 124 days in parallel,results indicated that the conversion rate of N2O for a magnetic field-sequencing batch reactor(MF-SBR)decreased by34.3%compared to that of a conventional SBR(C-SBR).Meanwhile,the removal efficiencies for total nitrogen(TN)and ammonia nitrogen(NH4-N)of the MF-SBR were 22.4%and 39.5%higher than those of the C-SBR.High-throughput sequencing revealed that the abundances of AOB(Nitrosomonas),NOB(Nitrospira)and denitrifiers(Zoogloea),which could reduce N2O to N2,were promoted significantly in the MF-SBR.Enzyme activities(Nir)and gene abundances(nos Z nir S and nir K)for denitrification in the MF-SBR were also notably higher compared to C-SBR.Our study shows that application of a magnetic field is a useful approach for inhibiting the generation of N2O and promoting the nitrogen removal efficiency by affecting the microbial characteristics of sludge in an SBR treating domestic wastewater at low temperature. 展开更多
关键词 Magnetic field Low temperature N2O emission Biological nitrogen removal HIGH-THROUGHPUT 16S RRNA gene SEQUENCING
利玛原甲藻PL11共附生菌多样性研究 认领
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作者 李月月 田晓清 +3 位作者 韩清华 樊成奇 马丽艳 陆亚男 《海洋渔业》 CSCD 北大核心 2020年第1期73-81,共9页
为揭示产腹泻性贝类毒素(diarrheic shellfish poisoning,DSP)典型赤潮甲藻-利玛原甲藻(Prorocentrum lima)PL11的共附生菌群多样性信息,通过Illumina MiSeq高通量测序分析了PL11的共附生菌群种类及相对丰度,并且对其可培养共附生菌株... 为揭示产腹泻性贝类毒素(diarrheic shellfish poisoning,DSP)典型赤潮甲藻-利玛原甲藻(Prorocentrum lima)PL11的共附生菌群多样性信息,通过Illumina MiSeq高通量测序分析了PL11的共附生菌群种类及相对丰度,并且对其可培养共附生菌株进行了选择性分离及其16S rRNA基因序列扩增与系统发育的分析。利玛原甲藻PL11高通量测序结果显示:样品共附生细菌包括5门,14纲,26目,38科及54属。其中优势门(>5%)为3个,包括变形菌门(Proteobacteria,75.5%)、拟杆菌门(Bacteriodetes,11.5%)以及浮霉菌门(Planctomycetex,8.5%);优势纲(>5%)为4个,包括α-变形菌纲(Alphaproteobacteria,51.7%)、δ-变形菌纲(Deltaproteobacteria,31.8%)、鞘脂杆菌纲(Sphingobacteria,9.9%)以及OM190纲(8.9%);优势属(>5%)为6个,侏囊菌科下未知属(norank Nannocystaceae,21.8%)、Pyruvatibacte属(11.6%)、Phaeodactylibacter属(9.4%)、生丝单胞菌科下未知属(norank Hyphomonadaceae,8.5%)、OM190纲下未知属(8.1%)以及Roseovarius属(7.9%)。从利玛原甲藻PL11培养物中分离获得可培养微生物菌株9株,分属于8个属,包括Ochrobactrum sp.(2株)及Microbacterium sp.、Algoriphagus sp.、Ponticoccus sp.、Hoeflea sp.、Labrenzia sp.、Sphingopyxis sp.、Erythrobacter sp.各1株。其中PL11-1为Ponticoccus属潜在新种。 展开更多
关键词 利玛原甲藻 腹泻性贝毒 共附生菌 高通量测序
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高通量测序技术检测支气管肺泡灌洗液在婴幼儿肺炎病原学诊断中的价值 认领
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作者 柯创宏 韩焕钦 +3 位作者 杨天骄 莫笑欢 潘庆军 黄宇戈 《中华实用诊断与治疗杂志》 2020年第4期398-400,共3页
目的探讨高通量测序技术检测支气管肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid,BALF)在婴幼儿细菌性肺炎病原学诊断的临床应用价值。方法43例重症或疑难细菌性肺炎婴幼儿均行纤维支气管镜检查,收集BALF,分别进行高通量测序细菌检测和普... 目的探讨高通量测序技术检测支气管肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid,BALF)在婴幼儿细菌性肺炎病原学诊断的临床应用价值。方法43例重症或疑难细菌性肺炎婴幼儿均行纤维支气管镜检查,收集BALF,分别进行高通量测序细菌检测和普通细菌培养,比较2种检测方法的细菌检出率和敏感度。结果高通量测序法检出细菌39例(肺炎链球菌17例,非典型细菌6例,嗜血杆菌属5例,鲍特菌4例,其他细菌7例),未检出细菌4例;细菌培养法细菌培养阳性9例,阴性34例;高通量测序法细菌检出率(90.7%)和敏感度(90.7%)均高于细菌培养法(20.9%、20.9%)(P<0.05)。结论高通量测序技术检测BALF在婴幼儿重症或疑难细菌性肺炎病原体诊断的敏感度高。 展开更多
关键词 肺炎 高通量测序 支气管肺泡灌洗液 婴幼儿
基于16SrRNA基因高通量测序聚类算法综述 认领
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作者 李莉 《长春师范大学学报》 2020年第2期87-92,共6页
基于微生物16SrRNA基因的高通量测序技术发展迅速,对该基因序列数据进行微生物操作分类单元(Operational Taxonomic Units,OTU)聚类的研究,产生了大量的微生物群落聚类算法和软件分析工具。为了更精确地识别微生物物种,从聚类方法、算... 基于微生物16SrRNA基因的高通量测序技术发展迅速,对该基因序列数据进行微生物操作分类单元(Operational Taxonomic Units,OTU)聚类的研究,产生了大量的微生物群落聚类算法和软件分析工具。为了更精确地识别微生物物种,从聚类方法、算法应用和当前存在的问题三个方面详细阐述目前的OTU聚类情况,OTU聚类算法应用主要体现在软件包工具和生物研究领域中,并综合最新的研究成果提出目前未解决的问题。 展开更多
关键词 16SRRNA基因 高通量测序 OTU聚类 微生物 聚类算法
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广西蚕沙细菌组成多样性解析和VBNC菌群的发掘 认领
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作者 张艳军 陈宝婷 +6 位作者 张玉梅 张逸飞 朱宝琳 苏盼 丁林贤 谢乃钧 张萍华 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期1036-1046,共11页
【目的】解析广西蚕沙中细菌群落组成与多样性,为蚕沙中菌种资源发掘和蚕沙的综合利用提供科学依据。【方法】通过高通量测序技术研究细菌群落组成特征,同时利用常规稀释涂布平板法和基于复苏促进因子(Rpf)的MPN培养系统解析并筛选蚕沙... 【目的】解析广西蚕沙中细菌群落组成与多样性,为蚕沙中菌种资源发掘和蚕沙的综合利用提供科学依据。【方法】通过高通量测序技术研究细菌群落组成特征,同时利用常规稀释涂布平板法和基于复苏促进因子(Rpf)的MPN培养系统解析并筛选蚕沙中可培养和活的非可培养(VBNC)状态的优势菌群,并经16SrRNA基因测序对筛选得到的菌株作初步分类鉴定。【结果】高通量测序表明,广西蚕沙样品中细菌归属于10个门、18个纲、27个目、57个科、96个属,其中4个属的丰度达1%以上,优势菌群为变形菌门(Proteobacteria)肠杆菌属(Enterobacter);通过稀释涂布平板法共获得14个属的33株可培养细菌,其中4个属(Citrobacter、Weissella、Chitinophaga、Pseudoclavibacter)在高通量测序中未被检测到;而在MPN培养系统中,基于复苏促进因子的处理组细菌总数最大检出丰度提高了100倍,并从中共检出21株对Rpf敏感的VBNC菌株,其中6个属(Paenibacillus、Caulobacter、Roseomonas、Pantoea、Erwinia、Acinetobacter)为传统分离法中未能获得的菌属,2个属(Paenibacillus和Caulobacter)在高通量测序中未被检测到。【结论】蚕沙细菌多样性丰富,不同方法解析蚕沙细菌组成多样性存在一定差异,而且通过添加Rpf首次发现了蚕沙中存在大量过去未被认知的VBNC状态细菌,其中从16S rRNA基因序列同源性推测有3个VBNC菌株为潜在新种。此研究结果为深入挖掘蚕沙中微生物资源提供了新的视角与途径,为蚕沙的综合处理提供了研究基础。 展开更多
关键词 复苏促进因子 活的非可培养状态 高通量测序 蚕沙 细菌多样性
基于高通量测序技术的藏系绵羊瘤胃与粪便微生物群落结构差异分析 认领
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作者 王循刚 徐田伟 +5 位作者 刘宏金 胡林勇 张晓玲 耿远月 赵娜 徐世晓 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期659-667,共9页
为探究藏系绵羊瘤胃和粪便的微生物群落结构特征及差异,以5只6月龄体况相近及体质量为(21.50±0.59)kg的藏系绵羊为研究对象,分别采集其瘤胃液和粪便样品,利用高通量测序技术对16S rRNA基因V3-V4区段进行测序和生物信息学分析。结... 为探究藏系绵羊瘤胃和粪便的微生物群落结构特征及差异,以5只6月龄体况相近及体质量为(21.50±0.59)kg的藏系绵羊为研究对象,分别采集其瘤胃液和粪便样品,利用高通量测序技术对16S rRNA基因V3-V4区段进行测序和生物信息学分析。结果表明,从藏系绵羊瘤胃液和粪便10个样品中共获得729326条原始序列,经过滤后平均每个样品产生(64145±320)条优化序列,平均长度(435.20±2.78)bp,聚类后共得到1207个OTU。藏系绵羊瘤胃微生物的Chao 1指数和ACE指数显著高于粪便微生物,而Simpson指数和Shannon指数在两组之间差异均不显著,且两组的菌群结构有显著分化。在门分类水平上,瘤胃中相对丰度最高的优势菌门为拟杆菌门,粪便中相对丰度最高的优势菌门为厚壁菌门;在属分类水平上,瘤胃中相对丰度最高的属为细菌和普雷沃氏菌属_1,粪便中相对丰度最高的属为瘤胃球菌科Ruminococcaceae_UCG_010。对瘤胃和粪便的微生物群落进行功能预测,发现有显著性差异的代谢通路34个,主要富集在代谢、遗传信息处理、环境信息处理和细胞过程方面。说明藏系绵羊瘤胃和粪便的微生物在结构组成、相对丰度,以及基因功能等方面相对稳定且存在较大差异,这可能是不同胃肠道区段涉及的生理功能不同导致的。 展开更多
关键词 高通量测序 藏系绵羊 瘤胃 粪便 微生物
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BCR-ABL阴性骨髓增殖性肿瘤的基因特征研究 认领
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作者 吕晓东 李扬威 +4 位作者 郭珍 辛雅萍 胡杰英 范瑞华 宋永平 《中华内科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期35-39,共5页
目的探讨JAK2、MPL和CALR驱动基因突变情况与BCR-ABL阴性骨髓增殖性肿瘤(MPN)的3种疾病类型[原发性骨髓纤维化(PMF)、真性红细胞增多症(PV)、原发性血小板增多症(ET)]选择间的关系。方法采用高通量测序靶向检测156例BCR-ABL阴性MPN患者... 目的探讨JAK2、MPL和CALR驱动基因突变情况与BCR-ABL阴性骨髓增殖性肿瘤(MPN)的3种疾病类型[原发性骨髓纤维化(PMF)、真性红细胞增多症(PV)、原发性血小板增多症(ET)]选择间的关系。方法采用高通量测序靶向检测156例BCR-ABL阴性MPN患者的32种MPN相关基因,分析患者一般情况、驱动基因及伴随基因突变特点等因素与MPN疾病类型的关系。结果患者疾病类型与年龄关系的分析显示,在JAK2 V617F阳性状态下,PMF患者中60岁以上者的比例较高。通过高通量测序检测,在46例JAK2、MPL或CALR突变患者中检出22种伴随异常基因,其中PV 4例(8.3%),ET 20例(29.4%),PMF 22例(55.0%)。PV仅检出DNMT3A突变,而剪接因子相关基因SF3B1、SRSF2和U2AF1突变仅出现在PMF患者。根据JAK2 V617F突变的变异等位基因频率(VAF值)进行对比分析,结果显示,PV相关的VAF值最高(68.15%),其次为PMF(37.7%)和ET(23.0%),而MPN的3种疾病类型间JAK2 V617F纯合状态比例的差异有统计学意义。且在JAK2突变阳性状态下,PV和ET患者基因突变个数均明显低于PMF。结论MPN患者的年龄、驱动基因(JAK2、MPL和CALR)的突变特点(VAF值、纯合状态)以及伴随异常基因的种类和突变个数等因素,与驱动基因突变状态下MPN疾病类型的选择密切相关,其相关性有助于我们进一步认识MPN和早期评估疾病风险。 展开更多
关键词 骨髓增殖性肿瘤 临床表型 高通量测序 基因突变
Spatial distribution characteristics of bacterial community structure and gene abundance in sediments of the Bohai Sea 认领
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作者 Quanrui Chen Jingfeng Fan +10 位作者 Jie Su Hongxia Ming Zhihao Sun Mengfei Li Xiaohui Zhao Yantao Wang Yingxue Zhang Huizhen Zhang Yuan Jin Xiaowan Ma Bin Wang 《海洋学报:英文版》 SCIE CAS CSCD 2020年第2期69-78,共10页
This study investigated differences in the community structure and environmental responses of the bacterial community in sediments of the Bohai Sea.Illumina high-throughput sequencing technology and real-time PCR were... This study investigated differences in the community structure and environmental responses of the bacterial community in sediments of the Bohai Sea.Illumina high-throughput sequencing technology and real-time PCR were used to assay the bacterial 16S rRNA genes in the surface sediments of 13 sampling stations in the Bohai Sea.The results showed that sediments at the majority of the 13 sampling stations were contaminated by heavy metal mercury.The main phyla of bacteria recorded included Proteobacteria(52.92%),Bacteroidetes(11.76%),Planctomycetes(7.39%),Acidobacteria(6.53%)and Chloroflexi(4.97%).The genus with the highest relative abundance was Desulfobulbus(4.99%),which was the dominant genus at most sampling stations,followed by Lutimonas and Halioglobus.The main factors influencing bacterial community structure were total organic carbon,followed by depth and total phosphorus.The content of lead,cadmium,chromium,copper and zinc had a consistent effect on community structure.Arsenic showed a negative correlation with bacterial community structure in most samples,while the impact of mercury on community structure was not significant.The bacterial community in sediment samples from the Bohai Sea was rich in diversity and displayed an increase in diversity from high to low latitudes.The data indicated that the Bohai Sea had abundant microbial resources and was rich in bacteria with the potential to metabolize many types of pollutants. 展开更多
关键词 Bohai Sea SEDIMENTS bacterial community structure HIGH-THROUGHPUT SEQUENCING 16S rRNA GENE
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淋巴瘤表观遗传学研究进展 认领
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作者 时云飞 宋玉琴 《白血病.淋巴瘤》 CAS 2020年第2期87-90,共4页
随着对包括淋巴瘤在内的各种肿瘤发病机制研究的不断深入,发现除染色体数目异常、基因易位、突变外,表观遗传学的重要作用也日益凸显。基于二代测序技术衍生的多种表观遗传修饰相关的高通量检测技术使得人们可以更全面地检测和研究淋巴... 随着对包括淋巴瘤在内的各种肿瘤发病机制研究的不断深入,发现除染色体数目异常、基因易位、突变外,表观遗传学的重要作用也日益凸显。基于二代测序技术衍生的多种表观遗传修饰相关的高通量检测技术使得人们可以更全面地检测和研究淋巴瘤中存在的表观遗传(DNA、组蛋白、微RNA等)修饰异常。研究成果显示,表观遗传学修饰广泛影响淋巴瘤的发病、复发进展、耐药等,最终可为淋巴瘤的治疗提供新思路和新靶点。文章结合第61届美国血液学会(ASH)年会报道对淋巴瘤表观遗传学的相关研究进展进行介绍。 展开更多
关键词 淋巴瘤 表观遗传学 高通量测序 靶向治疗
光合细菌强化SBR系统处理垃圾渗滤液及生物群落结构分析 认领
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作者 徐芯渝 李伟民 叶姜瑜 《环境工程》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期99-104,共6页
从垃圾渗滤液中分离得到一株具有脱氮除磷能力的光合细菌R1,经鉴定为沼泽红假单胞菌(Rhodopseudomonas palustris),将其投加到SBR系统中,研究对其强化处理垃圾渗滤液的效果,并解析反应器中的菌群构成。结果表明:添加了光合细菌的实验组... 从垃圾渗滤液中分离得到一株具有脱氮除磷能力的光合细菌R1,经鉴定为沼泽红假单胞菌(Rhodopseudomonas palustris),将其投加到SBR系统中,研究对其强化处理垃圾渗滤液的效果,并解析反应器中的菌群构成。结果表明:添加了光合细菌的实验组SBR反应器对COD、NH+4-N和TP去除率分别达到76.895%、65.964%和94.036%,且污泥产量明显少于对照组。高通量测序结果表明:变形菌门、绿弯菌门、厚壁菌门、酸杆菌门和拟杆菌门为主要优势菌门。在Caldilineaceae、Acinetobacter、Pseudomonas等共同作用下,R1不仅能够稳定存在于活性污泥中,还能够有效改善活性污泥中微生物群落结构,提升其脱氮除磷的性能。 展开更多
关键词 活性污泥法 垃圾渗滤液 光合细菌 高通量测序 群落结构
基于高通量测序的山羊卵巢基质、卵泡转录组分析 认领
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作者 陆婷婷 邹娴 +6 位作者 杨镇玮 雷放 陈奕业 柳广斌 孙宝丽 刘德武 李耀坤 《华南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期23-32,共10页
【目的】比较山羊Capra hircus卵巢基质、大卵泡和小卵泡间的mRNA表达图谱,为探究卵泡发育机制提供一定的研究基础。【方法】采用高通量测序技术对发情期川中黑山羊的卵巢基质、大卵泡和小卵泡进行转录组测序,利用生物信息学方法检测mRN... 【目的】比较山羊Capra hircus卵巢基质、大卵泡和小卵泡间的mRNA表达图谱,为探究卵泡发育机制提供一定的研究基础。【方法】采用高通量测序技术对发情期川中黑山羊的卵巢基质、大卵泡和小卵泡进行转录组测序,利用生物信息学方法检测mRNA表达谱,筛选差异基因,对其进行GO和KEGG通路分析,最后随机抽取5个差异基因进行荧光定量PCR验证。【结果】卵巢基质vs大卵泡、卵巢基质vs小卵泡和小卵泡vs大卵泡的差异表达基因分别为524、180和403个。筛选出INHA、TNFRSF19等15个与卵泡发育相关的基因,其主要富集在内质网蛋白质加工、类固醇生物合成、卵母细胞减数分裂等信号通路。通过qRT-PCR验证,定量结果与测序结果基本一致。【结论】川中黑山羊卵巢基质、大卵泡和小卵泡的基因表达模式不同,小卵泡与卵巢基质的基因表达模式更相近。 展开更多
关键词 山羊 卵巢基质 卵泡 转录组 高通量测序
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电场胁迫作用对生物膜中微生物多样性的影响研究 认领
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作者 高慧娟 王宝山 +1 位作者 王洋 张泽玺 《绿色科技》 2020年第2期132-138,共7页
采用电生物耦合处理技术处理生活污水,应用16SRNA高通量测序技术研究了不同pH值范围下电生物耦合处理技术对微生物群落结构、丰度和多样性的影响。微生物多样性结果表明,当进水pH值为7.0~7.5时,通过加电,增加了微生物丰度及多样性,优势... 采用电生物耦合处理技术处理生活污水,应用16SRNA高通量测序技术研究了不同pH值范围下电生物耦合处理技术对微生物群落结构、丰度和多样性的影响。微生物多样性结果表明,当进水pH值为7.0~7.5时,通过加电,增加了微生物丰度及多样性,优势菌群为浮游球衣菌(Sphaerotilus)、腐螺旋菌属(Saprospiraceae)、热单胞菌属(Thermomonas)、丝硫细菌(Thiothrix)、黄杆菌属(Flavobacterium)等,相对丰度分别为7.64%、5.47%、5.16%、4.84%、3.14%。当进水pH值为7.5~8.0时,电生物耦合反应器中优势菌群为腐螺旋菌科(Saprospiraceae)、丝硫细菌(Thiothrix)、厌氧绳菌(Anaerolineaceae)、黄杆菌属(Flavobacterium)、浮游球衣菌(Sphaerotilus)、红育菌属(Rhodoferax)、噬氢菌属(Hydrogenophaga)等,相对丰度分别为6.55%、5.58%、5.29%、3.59%、3.58%、2.67%、2.45%。通过Chao、Shannon、Simpson指数计算酸性或中性条件下,通过加电降低了微生物的丰富度,但一定程度上增加了微生物的多样性。 展开更多
关键词 电生物耦合 生活污水 高通量测序 微生物多样性
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长期施肥对旱地红壤细菌群落的影响 认领
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作者 刘佳 陈晓芬 +5 位作者 刘明 吴萌 王伯仁 蔡泽江 张桃林 李忠佩 《土壤学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期468-478,共11页
为探讨长期不同施肥对旱地红壤细菌群落的影响,以中国农业科学院祁阳红壤实验站的冬小麦—夏玉米定位试验为研究对象,选取不施肥(CK)、单施氮肥(N)、施化学氮磷钾肥(NPK)和化学氮磷钾+有机肥配施(NPKM)4个处理,于试验开展25年(2015年)... 为探讨长期不同施肥对旱地红壤细菌群落的影响,以中国农业科学院祁阳红壤实验站的冬小麦—夏玉米定位试验为研究对象,选取不施肥(CK)、单施氮肥(N)、施化学氮磷钾肥(NPK)和化学氮磷钾+有机肥配施(NPKM)4个处理,于试验开展25年(2015年)小麦收获后采集各处理0~20 cm的土壤样品,利用Illumina MiSeq高通量测序技术对土壤细菌群落进行测定,并深入揭示影响旱地红壤细菌群落的关键因素。结果表明:(1)长期不同施肥显著改变了旱地红壤的化学性质,N和NPK处理的土壤pH显著降低至4.02和4.15,而NPKM处理的土壤pH显著上升至5.99。NPK和NPKM处理均显著改善土壤肥力,但后者效果明显优于前者,而N处理对土壤肥力的提升效果微弱。(2)长期不同施肥改变了旱地红壤优势菌的相对丰度,非度量多维度分析(NMDS)和相似性分析(ANOSIM)表明不同处理的土壤细菌群落发生显著变化。(3)与CK相比,N处理的4种多样性指数(物种丰富度、Chao1指数、系统发育多样性和香农指数)显著降低了21.4%~49.4%,而NPKM处理显著增加了7.0%~66.9%,NPK处理也会使系统发育多样性和香农指数显著降低10.3%和13.0%。(4)逐步回归分析表明土壤pH是决定优势菌相对丰度及4种多样性指数的首要因素,多元回归树分析(MRT)探明土壤pH共解释了83.1%的细菌群落变异,不同处理间细菌群落转变均由土壤pH驱动。(5)STAMP分析发现,N、NPK和NPKM处理与CK分别有11、14和8个显著差异细菌属。综上所述,长期施肥后旱地红壤细菌群落主要受土壤pH的影响,而土壤肥力的作用相对较弱,长期施用化学氮肥造成的红壤酸化的负面效应已远超肥力改善的正面效应。因此,旱地红壤施肥应以防治土壤酸化为前提,长期化肥有机肥配施是一项适宜的施肥措施。 展开更多
关键词 长期施肥 旱地红壤 细菌群落 高通量测序 土壤PH
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酱香型白酒机械化酿造不同轮次堆积发酵细菌菌群结构多样性分析 认领
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作者 王欢 席德州 +4 位作者 黄永光 曹文涛 尤小龙 程平言 胡峰 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2020年第2期188-195,共8页
利用高通量测序及其相关数理分析技术,对酱香型白酒机械化酿造7个轮次堆积发酵酒醅的细菌16S rDNA片段进行分析,结果表明,7个轮次中共检测出14个门,456个属。优势细菌门为Proteobacteria、Actinobacteria和Firmicutes,核心细菌属为Acine... 利用高通量测序及其相关数理分析技术,对酱香型白酒机械化酿造7个轮次堆积发酵酒醅的细菌16S rDNA片段进行分析,结果表明,7个轮次中共检测出14个门,456个属。优势细菌门为Proteobacteria、Actinobacteria和Firmicutes,核心细菌属为Acinetobacter、Bacillus、Caulobacter、Kroppenstedtia、Lactobacillus、Lentibacillus、Oceanobacillus、Pediococcus、Rhodococcus、Sphingomonas、Thermoactinomyces和Weissella。其中,Caulobacter和Rhodococcus为机械化酿造过程中的特有菌属,可能来源于机械设备和环境。核心微生物菌属之间存在明显的生物学关系,Bacillus、Lactobacillus、Thermoactinomyces、Lentibacillus、Kroppenstedtia、Weissella、Pediococcus和Oceanobacillus之间呈现共生关系,而Acinetobacter、Caulobacter、Sphingomonas和其他9个属呈负相关。发酵环境因子中,水分、酸度、淀粉含量对微生物群落结构影响较大,其中Bacillus、Thermoactinomyces、Pediococcus与淀粉含量显著正相关,与水分、酸度显著负相关;Caulobacter和Sphingomonas与淀粉含量显著负相关而与水分显著正相关,Sphingomonas与酸度显著正相关。本研究结果揭示了酱香型白酒机械化酿造堆积发酵过程中的核心细菌菌群结构,为酱香型白酒机械化酿造的理论研究和工程应用提供了理论支持。 展开更多
关键词 酱香型白酒 机械化酿造 高通量测序 微生物菌群结构 堆积发酵 核心细菌群
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