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基于TCGA数据的浆液性卵巢癌预后相关miRNAs筛选 预览
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作者 王莎莎 张莹 +5 位作者 陶林 庞丽娟 梁伟华 赵瑾 李锋 贾薇 《临床与实验病理学杂志》 CSCD 北大核心 2018年第12期1311-1314,共4页
目的通过TCGA数据库中浆液性卵巢癌(serous ovarian carcinoma,SOC)miRNA芯片表达谱数据分析,寻找与SOC预后显著相关的miRNAs,为后续研究提供可靠依据。方法下载TCGA数据库中SOCmiRNAs表达数据及临床数据,应用SPSS20.0软件进行数据合并... 目的通过TCGA数据库中浆液性卵巢癌(serous ovarian carcinoma,SOC)miRNA芯片表达谱数据分析,寻找与SOC预后显著相关的miRNAs,为后续研究提供可靠依据。方法下载TCGA数据库中SOCmiRNAs表达数据及临床数据,应用SPSS20.0软件进行数据合并及标准化处理,首先运用Spearman秩相关分析筛选miRNAs表达数据,再对筛选结果进行单因素Cox分析。结果Spearman秩相关分析筛选出20个预后相关的miRNAs,再经单因素Cox分析筛出9个与SOC患者预后密切相关的miRNAs,经Kaplan-Meier生存曲线和ROC曲线分析验证,这些miRNAs的差异表达均与SOC预后相关。结论经Spearman秩相关分析和单因素Cox分析筛选出SOC预后相关的miRNAs的可信度较高,这些miRNAs可作为评价患者预后的新指标。 展开更多
关键词 卵巢肿瘤 浆液性卵巢癌 TCGA数据库 miRNA筛选 预后
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基于TCGA数据的肝癌预后相关miRNA筛选 预览 被引量:1
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作者 石旦 徐斌 蒋敬庭 《临床检验杂志》 CAS CSCD 2017年第11期818-821,共4页
目的通过TCGA数据库中肝癌高通量测序数据的分析,寻找新的肝癌预后相关的miRNA,为后续研究提供数据支持。方法下载TCGA数据库中miRNA表达数据及肝癌患者相关临床病理参数,基于R语言进行数据的整理、合并及标准化;分别采用单因素Cox生存... 目的通过TCGA数据库中肝癌高通量测序数据的分析,寻找新的肝癌预后相关的miRNA,为后续研究提供数据支持。方法下载TCGA数据库中miRNA表达数据及肝癌患者相关临床病理参数,基于R语言进行数据的整理、合并及标准化;分别采用单因素Cox生存分析模型及Bh GLM R软件包中指数先验分布模型对miRNA表达数据进行分析,并选择两种方法筛选结果的交集。结果单因素Cox生存分析模型共筛选出63个预后相关miRNA(P〈0.05),指数先验分布模型筛选出77个miRNA,两种方法共筛选出包括miR-188、miR-576、miR-887及miR-91等18个与肝癌患者预后密切相关的miRNA。结论单因素Cox模型联合指数先验分布模型筛选出的肝癌预后相关miRNA具有较高的可信度,或可成为肝癌预后判断的新指标。 展开更多
关键词 肝癌 miRNA筛选 TCGA数据库
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