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长春胺与羟丙基-β-环糊精包合物的制备、表征及理论研究
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作者 杨云汉 赵雪秋 +5 位作者 杜瑶 杨俊丽 陈文 李燕华 杨丽娟 钏永明 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期352-363,共12页
目的制备长春胺(VIN)与羟丙基-β-环糊精(HP-β-CD)的包合物(VIN/HP-β-CD),并对包合物进行表征和性能测定,采用量化计算与分子模拟方法从理论角度研究其包合机制。方法通过饱和溶液法制备VIN/HP-β-CD;以包合物的载药量为指标,选用正... 目的制备长春胺(VIN)与羟丙基-β-环糊精(HP-β-CD)的包合物(VIN/HP-β-CD),并对包合物进行表征和性能测定,采用量化计算与分子模拟方法从理论角度研究其包合机制。方法通过饱和溶液法制备VIN/HP-β-CD;以包合物的载药量为指标,选用正交试验筛选VIN/HP-β-CD包合物制备处方与工艺;运用紫外-可见光谱滴定法研究VIN与HP-β-CD之间的包合行为,用Job曲线法确定其包合比。采用扫描电镜(SEM)、X射线粉末衍射(XRD)、红外吸收光谱(IR)、热分析技术(TG、DSC)和核磁共振(1H-、2D-NMR)对VIN/HP-β-CD包合物进行表征。测定VIN/HP-β-CD包合物的水溶性,并在模拟人体胃液和肠液环境下测试包合物稳定性,进一步采用理论计算研究VIN/HP-β-CD超分子体系的形成机制。结果采用饱和溶液法制备该包合物的最优条件为投料比VIN与HP-β-CD 1∶1,包合温度40℃,包合时间为7 h,甲醇与水的体积比为1∶6作为溶剂。包合物的包合比为1∶1,VIN与HP-β-CD形成包合物后,其水溶性从原来的0.04 mg/mL提高到了16.5mg/mL,VIN的热分解温度从240.5℃提高到了306.1℃。1H-NMR与NOESY谱表明包合物是VIN的a环从HP-β-CD的大口端进入而形成的,量化计算与分子对接表明最优包合模式与核磁共振研究结果一致;分子动力学模拟研究表明,在水环境中VIN能深入HP-β-CD的疏水空腔,主-客体之间的相互作用加强,空间尺寸匹配较好。结论 VIN与HP-β-CD形成包合物后,水溶性和热稳定性得到显著提高,疏水作用、氢键作用和范德华力为包合物形成的主要驱动力。 展开更多
关键词 长春胺 羟丙基-Β-环糊精 包合物 性能研究 量化计算 分子对接 分子动力学
延胡索乙素与β-环糊精及其衍生物的包合行为研究 被引量:1
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作者 赵芳 杨云汉 +5 位作者 赵雪秋 杨俊丽 杨丽 叶艳青 陈文 杨丽娟 《中草药》 CSCD 北大核心 2018年第15期3609-3618,共10页
目的制备延胡索乙素与β-环糊精及其衍生物的包合物,并对其包合行为和性能进行研究。方法通过饱和溶液法制备了延胡索乙素(THP)与β-环糊精(β-CD)、羟丙基-β-环糊精(HP-β-CD)、二甲基-β-环糊精(DM-β-CD)和三甲基-β-环糊精... 目的制备延胡索乙素与β-环糊精及其衍生物的包合物,并对其包合行为和性能进行研究。方法通过饱和溶液法制备了延胡索乙素(THP)与β-环糊精(β-CD)、羟丙基-β-环糊精(HP-β-CD)、二甲基-β-环糊精(DM-β-CD)和三甲基-β-环糊精(TM-β-CD)的包合物;采用Job曲线法和紫外-可见光谱滴定法确定包合物的包合比和稳定常数;利用X射线粉末衍射(XRD)、热重分析(TG)和扫描电子显微镜(SEM)对包合物进行表征;运用分子对接探讨了THP与β-CD及其衍生物的包合模式;测定了包合物的水溶性,在模拟人体胃液和肠液环境下进行了稳定性测试。结果 THP与β-CD及其衍生物的包合比均为1∶1;分子对接表明,THP从大口端进入并贯穿在β-CD和DM-β-CD的空腔中,THP的2个芳香环分别位于大口端和小口端;而对于HP-β-CD和TM-β-CD来说,THP的2个氮杂环呈"V"字型镶嵌到环糊精的空腔内,且2个芳香环都位于环糊精的大口端。结论 THP与β-CD、HP-β-CD、DM-β-CD和TM-β-CD形成包合物后,其溶解度从0.30 mg/m L分别提高到了1.60、3.40、9.13、4.02 mg/m L,且其热稳定性及生物环境稳定性都得到明显提高。 展开更多
关键词 延胡索乙素 β-环糊精 包合物 分子对接 水溶性 稳定性 饱和溶液法 羟丙基-Β-环糊精 二甲基-β-环糊精 三甲基-β-环糊精 Job曲线法 紫外-可见光谱滴定法
四种中药单体选择性抑制环氧合酶-2活性的评价 预览
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作者 殷晓芹 王新杨 +2 位作者 徐新 王静 袁浩亮 《天然产物研究与开发》 CSCD 北大核心 2018年第10期1769-1775,共7页
为研究COX-2与中药抗肿瘤多药耐药的相关性,通过体外酶反应筛选实验,测定姜黄素、青藤碱、牡荆素、芹菜素对环氧合酶-1(COX-1)、环氧合酶-2(COX-2)的活性抑制作用,使用选择性指数(COX-1的IC50/COX-2的IC50)评价其COX-2活性的... 为研究COX-2与中药抗肿瘤多药耐药的相关性,通过体外酶反应筛选实验,测定姜黄素、青藤碱、牡荆素、芹菜素对环氧合酶-1(COX-1)、环氧合酶-2(COX-2)的活性抑制作用,使用选择性指数(COX-1的IC50/COX-2的IC50)评价其COX-2活性的选择性,该实验结果显示:这四种物质对COX-2选择性指数依次为:牡荆素128.71、姜黄素16.24、芹菜素8.45、青藤碱3.55。并首次用分子对接相关数据中对接分子的对接内能及其与分子酶结合能差异性大小比较,评价了这四种物质对COX-2选择性活性,所得分子选择性结果与体外酶反应实验结果相吻合。从抑制活性和对COX-2选择性指数综合评价,牡荆素为较优化合物,可作为新的对COX-2有更高选择性活性的先导化合物。 展开更多
关键词 分子对接 天然化合物 环氧合酶-2 选择性抑制 肿瘤多药耐药性
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银杏叶治疗高脂血症的网络药理学研究 被引量:6
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作者 何星垚 刘珺 +1 位作者 罗春 王晖 《中国医院药学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第10期787-791,共5页
目的:通过网络药理学方法探究银杏叶治疗高血脂的潜在作用机制。方法:收集高脂血症的治疗靶点,银杏叶成分及其口服生物利用度,通过预测类药性,运用Mobyle的离线Autodock Vina功能进行分子对接,筛选出银杏叶治疗高脂血症的活性成分,以... 目的:通过网络药理学方法探究银杏叶治疗高血脂的潜在作用机制。方法:收集高脂血症的治疗靶点,银杏叶成分及其口服生物利用度,通过预测类药性,运用Mobyle的离线Autodock Vina功能进行分子对接,筛选出银杏叶治疗高脂血症的活性成分,以银杏叶活性成分及其靶点蛋白为网络节点构建网络模型,根据模型预测银杏叶治疗高脂血症潜在的药理作用机制。结果:数据库收集所得的银杏叶成分中,53.9%的成分具有较好的口服吸收利用度,61.8%的银杏叶成分可能具有较好类药性特征。银杏叶可能通过作用HMG-CoA还原酶、NPC1L、HMG-CoA合成、焦磷酸合成酶和胆汁酸受体,从而抑制胆固醇的合成与吸收。结论:银杏叶具有良好的口服吸收利用度,其作用机制可能是通过活性成分可能通过抑制胆固醇的合成与吸收达到降血脂的作用。 展开更多
关键词 分子对接 银杏叶 网络药理学 作用机制预测
苯并二氢呋喃新化合物的合成与HIV-1整合酶分子对接研究 预览
5
作者 罗杨 范晔 +1 位作者 杨旭超 马成 《新疆医科大学学报》 CAS 2016年第4期445-448,共4页
目的通过与HIV-1整合酶的分子对接,分析合成的苯并二氢呋喃类化合物(3)与整合酶的结合方式和抑制作用。方法以香草醛和丙二酸为原料,经Knoevenagel缩合、酯化、氧化偶联反应,合成苯并二氢呋喃新化合物(3)2-(4-羟基-3-甲氧基)苯基... 目的通过与HIV-1整合酶的分子对接,分析合成的苯并二氢呋喃类化合物(3)与整合酶的结合方式和抑制作用。方法以香草醛和丙二酸为原料,经Knoevenagel缩合、酯化、氧化偶联反应,合成苯并二氢呋喃新化合物(3)2-(4-羟基-3-甲氧基)苯基-7-甲氧基-5-[3-(2-甲氧基-2-氧代乙氧基)-3-氧代丙烯基]-2,3-二氢苯并呋喃-3-羧酸甲氧羰基甲酯,采用计算机Autodock软件对化合物(3)进行分子对接,预测分析该化合物是否有抑制HIV-1整合酶的作用。结果合成目标化合物(3)的产率为21.4%,经结构鉴定数据确定为化合物(3),分子对接显示化合物(3)和HIV-1整合酶(PDB:1QS4)中的天冬酰胺、谷氨酰胺、组氨酸等氨基酸残基之间存在氢键、π-π共轭叠合作用和疏水作用。结论氧化偶联反应的合成路线较短,反应条件温和,操作简单易控,经柱层析分离获得目标化合物,分子对接显示化合物(3)对HIV-1整合酶有抑制的作用。 展开更多
关键词 苯并二氢呋喃 氧化偶联 合成 HIV-1整合酶 分子对接
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云环境下药物分子对接动态任务迁移的应用 预览
6
作者 董悦丽 郭权 +1 位作者 孙斌 李正夫 《计算机应用研究》 CSCD 北大核心 2016年第1期153-155,164共4页
基于传统动态任务迁移方法,针对药物分子对接任务,提出了云环境下药物分子对接任务优化迁移策略。通过分析各节点自身中断事件发生次数的数学期望和方差,得出即时可靠性评价参数,从而选取最可靠的节点作为迁移目标。在源节点与可靠... 基于传统动态任务迁移方法,针对药物分子对接任务,提出了云环境下药物分子对接任务优化迁移策略。通过分析各节点自身中断事件发生次数的数学期望和方差,得出即时可靠性评价参数,从而选取最可靠的节点作为迁移目标。在源节点与可靠的目标节点之间实施增量数据预迁移,缩短了停机拷贝时间。最后的实例表明任务迁移策略能够在云环境下选择可靠目标节点,药物分子对接安全性得到了提高。 展开更多
关键词 云计算 任务迁移 分子对接 计算节点
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利用网络药理学方法考察金振口服液抗呼吸道感染的作用机制 被引量:1
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作者 苏真真 张新庄 +4 位作者 李娜 曹亮 丁岗 王振中 萧伟 《中国实验方剂学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第17期165-171,共7页
目的:应用网络药理学方法研究金振口服液抗呼吸道感染的作用机制。方法:从数据库下载金振口服液所含小分子化合物的结构,计算分子描述符并分析这些化合物的化学空间分布;采用分子对接的方法考察金振口服液所含成分与呼吸道感染相关靶... 目的:应用网络药理学方法研究金振口服液抗呼吸道感染的作用机制。方法:从数据库下载金振口服液所含小分子化合物的结构,计算分子描述符并分析这些化合物的化学空间分布;采用分子对接的方法考察金振口服液所含成分与呼吸道感染相关靶蛋白的相互作用,构建"药-靶网络",预测金振口服液抗呼吸道感染的活性成分及作用靶点。结果:金振口服液中含有的651种化合物均具有较好的类药性;网络分析结果表明金振口服液中的120个成分可与呼吸道感染的23个靶点有较强的相互作用,进一步的分析阐明了金振口服液治疗呼吸道感染的11个重要活性成分及18个潜在作用靶点。结论:金振口服液可能是通过抑制呼吸道病毒(流感病毒、鼻病毒)感染的吸附、复制、脱壳等环节,干扰炎症相关信号通路及调节炎症介质分泌等来发挥对呼吸道感染的治疗作用的。 展开更多
关键词 金振口服液 呼吸道感染 网络药理学 分子对接 网络分析
一种孕激素受体拮抗剂先导化合物的分子对接研究
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作者 胡健 刘嘉茵 《药物生物技术》 CAS 2015年第5期421-424,共4页
双酚A(bisphenol A,BPA)是一种常见的内分泌干扰物,对人类具有多重影响。其代谢产物具有更强的受体结合能力,如4-甲基-2,4-二(4-羟苯基)-戊-1-烯(MBP)对雌激素受体的结合能力比双酚A高3~4个数量级。某些芳香族β-氨基酮衍生... 双酚A(bisphenol A,BPA)是一种常见的内分泌干扰物,对人类具有多重影响。其代谢产物具有更强的受体结合能力,如4-甲基-2,4-二(4-羟苯基)-戊-1-烯(MBP)对雌激素受体的结合能力比双酚A高3~4个数量级。某些芳香族β-氨基酮衍生物的结构与MBP类似,并且对孕激素受体具有程度不等的竞争性抑制作用。该课题采用分子对接方法计算了MBP与孕激素受体的结合自由能并与芳香族β-氨基酮衍生物相对照,结果表明MBP具有与芳香族β-氨基酮衍生物类似的结合能力,有必要在后续的研究中探索其竞争性抑制的作用机理并考虑其作为新型非甾体类孕激素抑制剂先导化合物的可能性。 展开更多
关键词 双酚A代谢物 芳香族β-氨基酮衍生物 孕激素受体 分子对接
药物分子对接动态任务迁移优化 预览
9
作者 董悦丽 郭权 +1 位作者 孙斌 康玲 《吉林大学学报:工学版》 EI CAS CSCD 北大核心 2015年第4期1253-1259,共7页
针对药物分子对接任务,基于传统动态任务迁移方法,提出了药物分子对接任务迁移优化策略。通过分析任务动态迁移涉及的各结点自身中断事件发生次数的数学期望和方差,得出了各结点的即时可靠性评价参数,选取可靠性高的目标结点机。在源结... 针对药物分子对接任务,基于传统动态任务迁移方法,提出了药物分子对接任务迁移优化策略。通过分析任务动态迁移涉及的各结点自身中断事件发生次数的数学期望和方差,得出了各结点的即时可靠性评价参数,选取可靠性高的目标结点机。在源结点和可靠的目标结点之间实施增量数据预迁移,缩短了停机拷贝时间。最后的实例测试表明,药物分子对接效率和可靠性得到了提高。 展开更多
关键词 计算机系统结构 计算机网络 虚拟机 任务迁移 分子对接 配体 受体
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分子对接软件在药物设计中的应用 预览 被引量:8
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作者 赵晨 夏春光 +2 位作者 于敏 潘月 王辂 《中国抗生素杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期234-240,共7页
近10年来,随着X-射线晶体学和高通量测序等技术的不断发展,越来越多的蛋白晶体结构得到确证,其相应的基因信息也随之公布.蛋白质等生物大分子结构和功能信息的“井喷”,产生了愈来愈多的药物靶标,加之计算科学的蓬勃发展亦极大地促进了... 近10年来,随着X-射线晶体学和高通量测序等技术的不断发展,越来越多的蛋白晶体结构得到确证,其相应的基因信息也随之公布.蛋白质等生物大分子结构和功能信息的“井喷”,产生了愈来愈多的药物靶标,加之计算科学的蓬勃发展亦极大地促进了分子对接和虚拟筛选技术在药物设计领域的应用推广.如今,计算技术已成为药物设计领域的重要手段之一,通过计算机模拟的分子对接运算,研究人员能快速准确地描述药物与靶标间的相互作用,从而缩短了药物研发周期.本文简要介绍了分子对接化学机理、分子表征方法以及3种分子对接机制.同时着重介绍了一些在药物设计中广泛使用的分子对接软件,包括AutoDock、SLIDE、DOCK以及AutoDock Vina.这些软件分别采用不同的搜索算法以及打分函数,但其功能较为相似且囊括了分子对接领域的最近研究进展.为了使分子对接过程更为方便快捷,研究者们不断更新计算技术,推出各种图形分析工具.最后,以G蛋白偶联受体和蛋白激酶为例,简要说明分子对接及虚拟筛选领域的部分研究成果. 展开更多
关键词 药物设计 分子对接 虚拟筛选 蛋白质
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分子对接技术筛选抗HIV-1逆转录酶活性化合物 被引量:2
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作者 冀树伸 黄新安 +3 位作者 罗荣华 杨柳萌 郑永唐 符林春 《广州中医药大学学报》 CAS 2015年第4期725-728,781共5页
【目的】通过分子模拟和活性测试筛选非核苷类抗人类免疫缺陷病毒-1(HIV-1)逆转录酶活性化合物。【方法】采用Tripos SYBYL软件Surflex-Dock分子对接模块,模拟SPECS数据库中22 000个化合物与HIV-1逆转录酶活性口袋的结合,根据模拟结... 【目的】通过分子模拟和活性测试筛选非核苷类抗人类免疫缺陷病毒-1(HIV-1)逆转录酶活性化合物。【方法】采用Tripos SYBYL软件Surflex-Dock分子对接模块,模拟SPECS数据库中22 000个化合物与HIV-1逆转录酶活性口袋的结合,根据模拟结果分析化合物与HIV-1逆转录酶晶体结构的相互作用模式。对于打分较高与结合模式较优的化合物,采用体外抗HIV-1活性测试方法检测其生物活性。【结果】虚拟筛选结果显示化合物1-(4-fluorophenyl)-3-[2-(1H-indol-3-yl)ethyl]thiourea对接构象与晶体结构中内嵌配体非常接近,它与HIV-1逆转录酶结合口袋重要残基Lys101形成氢键、与保守残基Trp229和芳香残基Tyr181分别形成π-π堆积作用。体外抗HIV-1活性测试结果显示其抑制HIV-1IIIB病毒感染的C8166淋巴细胞合胞体形成50%时的浓度即EC50值为5.45μg/m L。【结论】分子对接技术能缩小活性化合物筛选范围,并可用于预测化合物与蛋白质的相互作用模式,本研究利用该技术筛选出活性化合物。 展开更多
关键词 分子对接 HIV-1逆转录酶 虚拟筛选
分子对接技术在新药研发领域中的应用进展 预览 被引量:6
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作者 乔会晶 戴子茹 +2 位作者 葛广波 徐少贤 杨凌 《南阳师范学院学报》 CAS 2015年第12期29-35,共7页
20世纪70年代,计算机辅助药物设计(Computer-Aided Drug Design,CADD)正式发展为一门新兴技术.分子对接技术(Molecular Docking)作为计算机辅助药物设计的一种主要方法,目前已被广泛应用于新药研发的多个环节.本文不仅介绍了分子对... 20世纪70年代,计算机辅助药物设计(Computer-Aided Drug Design,CADD)正式发展为一门新兴技术.分子对接技术(Molecular Docking)作为计算机辅助药物设计的一种主要方法,目前已被广泛应用于新药研发的多个环节.本文不仅介绍了分子对接的基本原理、分子对接常用方法和常用软件,还着重介绍了分子对接在新药研发中的具体应用,包括药物发现阶段的早期虚拟筛选、药物作用靶点发现、药物潜在作用机制研究以及药物代谢位点的预测.此外,还对分子对接技术在新药研发领域的应用前景进行展望. 展开更多
关键词 分子对接 药物设计 软件 前景
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鸡组蛋白去乙酰化酶3的重组表达与结构信息学分析
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作者 路义鑫 刘兵 +5 位作者 马雪婷 殷昊 龚振兴 宋铭忻 袁金钱 蔡建平 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第10期1066-1072,共7页
为比较柔嫩艾美球虫(Eimeria tenella)与鸡的组蛋白去乙酰化酶3(histone deacetylase 3,HDAC3)蛋白质序列和结构差异,以发现和筛选E.tenella HDAC3(EtHDAC3)的特异性抑制物。用RTPCR方法从杂交黄羽肉鸡的肠上皮细胞克隆ChHDAC3基因,以... 为比较柔嫩艾美球虫(Eimeria tenella)与鸡的组蛋白去乙酰化酶3(histone deacetylase 3,HDAC3)蛋白质序列和结构差异,以发现和筛选E.tenella HDAC3(EtHDAC3)的特异性抑制物。用RTPCR方法从杂交黄羽肉鸡的肠上皮细胞克隆ChHDAC3基因,以原核表达载体pMAL-C2X构建重组质粒pMAL-C2X-ChHDAC3,经双酶切和测序鉴定后转化大肠杆菌Transetta,进行IPTG诱导表达。使用Swiss-Model对ChHDAC3和EtHDAC3进行同源建模,比较分析ChHDAC3和EtHDAC3的活性位点。利用Autodock 4.2进行分子对接,研究抑制剂Apicidin与ChHDAC3、EtHDAC3结合模式的差异。结果显示,克隆的ChHDAC3基因的ORF由1 287个核苷酸组成,编码428个氨基酸,能在大肠杆菌中进行可溶性表达。构建的ChHDAC3和EtHDAC3的三维模型均由8个串联的β折叠和11个α螺旋组成,其活性位点高度保守,仅在表面识别区有1个氨基酸的差异。Apicidin与EtHDAC3有更低的结合能,提示Apicidin对EtHDAC3具有更强的抑制活性和选择性。 展开更多
关键词 HDAC3 同源建模 分子对接
采用基于结构的药效团模型和分子对接方法用于发现新的表皮生长因子受体抑制剂 被引量:1
14
作者 艾观华 顾月清 《药物生物技术》 CAS 2014年第2期126-130,共5页
表皮生长因子受体与其配体结合后可以诱导细胞的分化与增殖。该受体位于细胞表面,与配体结合后能够活化该受体细胞内的酪氨酸激酶。酪氨酸激酶能够使许多细胞内的底物磷酸化后引起细胞增殖、DNA合成和fos及jun癌基因的表达,所以表皮生... 表皮生长因子受体与其配体结合后可以诱导细胞的分化与增殖。该受体位于细胞表面,与配体结合后能够活化该受体细胞内的酪氨酸激酶。酪氨酸激酶能够使许多细胞内的底物磷酸化后引起细胞增殖、DNA合成和fos及jun癌基因的表达,所以表皮生长因子受体是肿瘤治疗的潜在靶标。一些表皮生长因子受体抑制剂作为潜在的药物用于肿瘤的治疗。然而,一些上市的药物表现出某些副作用,因而限制了其使用。为了发现改进疗效的新的表皮生长抑制剂,基于表皮生长因子晶体复合物采用DS软件中的受体-配体药效团产生模块,一个高相关性的药效团模型被构建。该药效团模型包括3个氢键受体和1个疏水特征。然后,基于药效团和对接虚拟筛选用于筛选商业数据库,用于获得新的表皮生长抑制剂。最后,具有高对接打分的两个化合物被挑选出来作为新的候选抑制剂。该研究结果的报道,提供了一种基于一组蛋白-配体复合物的晶体结构来产生药效团去用于虚拟筛选的方法,这个研究也认为该方法对于合理的理解结构和理化特性提供了重要的信息。 展开更多
关键词 表皮生长因子 虚拟筛选 药效团 抑制剂 分子对接 晶体复合物
β-乳球蛋白过敏原表位适配体的计算机辅助分子设计与筛选
15
作者 徐洪军 吕高婧 +2 位作者 薛秀恒 孙茂忠 刘艳玲 《计算机与应用化学》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期129-132,共4页
本研究以β-乳球蛋白为模板,针对不同过敏原表位,基于正义链和反义链互补的原则,利用计算机辅助分子设计筛选出与β-乳球蛋白过敏原表位很好结合的适配体。分子对接结果表明,适配体QWVW,RRSL,GWGLP,RDGY和WVDL与β-Lg对接的能量是几个... 本研究以β-乳球蛋白为模板,针对不同过敏原表位,基于正义链和反义链互补的原则,利用计算机辅助分子设计筛选出与β-乳球蛋白过敏原表位很好结合的适配体。分子对接结果表明,适配体QWVW,RRSL,GWGLP,RDGY和WVDL与β-Lg对接的能量是几个主要的过敏原表位中较低的,其中适配体RRSL与β-乳球蛋白对接的能量为本次实验最低,为-107.292 kcal/mol。并通过对分子对接过程中氢键作用、静电作用、疏水作用的研究,证明设计筛选出的适配体可以特异性地与β-乳球蛋白过敏原表位结合,从而达到掩盖β-乳球蛋白过敏原表位的目的。 展开更多
关键词 Β-乳球蛋白 适配体 分子对接 计算机辅助分子设计
药物SAHA的潜在靶标预测及分子对接研究 被引量:6
16
作者 宋静林 相玉红 +1 位作者 赵玲玲 张卓勇 《计算机与应用化学》 CAS CSCD 北大核心 2013年第1期97-101,共5页
利用PharmMapper的反向药效团匹配方法对SAHA(伏立诺他)的潜在靶标进行筛选,虚拟筛选得到的HDLP,HDAC8等9个靶标已被实验研究证实。靶标所涉及的疾病与实验报道的SAHA的药理学活性一致,如抗癌、抗炎、抗肿瘤等作用。另外,预测出与老... 利用PharmMapper的反向药效团匹配方法对SAHA(伏立诺他)的潜在靶标进行筛选,虚拟筛选得到的HDLP,HDAC8等9个靶标已被实验研究证实。靶标所涉及的疾病与实验报道的SAHA的药理学活性一致,如抗癌、抗炎、抗肿瘤等作用。另外,预测出与老年痴呆、糖尿病、风湿性关节炎等疾病相关的SAHA的潜在靶标,进而利用分子对接技术对SAHA与潜在靶标的作用模式进行了研究。SAHA与潜在靶标的对接结果表明,它们在形状、电负性和疏水性方面匹配良好,能有效抑制靶标的活性。本实验研究表明,反药效团匹配和分子对接方法可作为预测药物潜在靶标的有效手段,为SAHA新的适用症的进一步研究提供理论指导。 展开更多
关键词 SAHA 潜在靶标 反向药效团匹配 分子对接
分子对接技术用于马来酰亚胺类GSK-3α抑制剂的作用特征分析 被引量:5
17
作者 李月婷 刘永澜 +2 位作者 史博智 王贵学 梁桂兆 《分子科学学报:中英文版》 CAS CSCD 北大核心 2013年第4期265-275,共11页
糖原合酶激酶-3α(GSK-3α)是治疗阿尔兹海默症(AD)的关键靶点之一.采用基于R基团的搜索组合分子对接研究了GSK-3α抑制剂的作用特征.以45个马来酰亚胺类GSK-3α抑制剂分子为训练集,采用Topomer CoMFA建立3D-QSAR模型,其拟合与留一... 糖原合酶激酶-3α(GSK-3α)是治疗阿尔兹海默症(AD)的关键靶点之一.采用基于R基团的搜索组合分子对接研究了GSK-3α抑制剂的作用特征.以45个马来酰亚胺类GSK-3α抑制剂分子为训练集,采用Topomer CoMFA建立3D-QSAR模型,其拟合与留一法交互验证的复相关系数和标准差分别为r2=0.797,SD=0.210,q2cv=0.611,SDcv=0.280,对22个测试集样本外部预测的复相关系数与标准差分别为r2pred=0.703,SDpred=0.213.以Topomer Search搜索技术设计了25个理论上具有更高活性的新型分子.分子对接对比研究表明,新设计的分子与建模样本同GSK-3α的作用位点具有类似的作用特征,且与对比文献一致.该研究为AD治疗的分子设计与研发提供了新的思路. 展开更多
关键词 GSK-3α 3D-QSAR Topomer COMFA SEARCH 分子对接
CUDA下受体评分网格生成并行算法 预览 被引量:1
18
作者 李正夫 王希诚 郭权 《计算机应用研究》 CSCD 北大核心 2013年第3期814-816,共3页
针对分子对接中生成评分网格需要花费很多的计算时间这一问题,提出了一种基于统一计算设备架构(CUDA)的评分网格生成并行算法。该算法把传统计算方法中三维计算空间中的一维通过在图形处理单元(GPU)上进行并行处理,使得总生成时... 针对分子对接中生成评分网格需要花费很多的计算时间这一问题,提出了一种基于统一计算设备架构(CUDA)的评分网格生成并行算法。该算法把传统计算方法中三维计算空间中的一维通过在图形处理单元(GPU)上进行并行处理,使得总生成时间得到了降低,提高了评分网格的生成效率。实验结果表明,借助于GPU的浮点计算能力,提出的并行算法对比传统的计算方法可以显著缩短评分网格的生成时间,为评分网格的生成提供一种新的方式。 展开更多
关键词 统一计算设备架构 并行算法 评分网格 分子对接
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1,1’-二萘基骨架的探针分子对氨基酸/氨基酸衍生物识别的研究 预览 被引量:2
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作者 范文杰 雷凯 +1 位作者 向明礼 杨明理 《成都电子机械高等专科学校学报》 2012年第1期 5-9,共5页
对1,1’-二萘基骨架的3个探针分子,采用Hyperchem和Gaussian 03先后进行分子力学优化、分子动力学模拟、半经验和HF/STO-3G水平几何构型优化。用AutoDock Vina将优化后的探针分子、配体分子α-氨基酸/α-氨基酸衍生物进行对接实验,获得... 对1,1’-二萘基骨架的3个探针分子,采用Hyperchem和Gaussian 03先后进行分子力学优化、分子动力学模拟、半经验和HF/STO-3G水平几何构型优化。用AutoDock Vina将优化后的探针分子、配体分子α-氨基酸/α-氨基酸衍生物进行对接实验,获得相应的复合物的最佳作用模式并计算它们之间的亲和能。结果表明,理论计算所获得的探针分子与配体分子α-氨基酸/α-氨基酸衍生物之间的结合模式,与根据实验数据所推断的作用模式几乎完全相同;所计算的复合物之间的亲和能,也与实验测定的结合常数间有相同的变化趋势。 展开更多
关键词 分子识别 分子力学 分子动力学 分子模拟 分子对接
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作用于InhA的吡咯类抗结核病药物对接模型的构建
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作者 周珊珊 詹晓平 毛振民 《计算机与应用化学》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期 427-430,共4页
目的:通过对接研究,初步建立作用于InhA的吡咯类抗结核病药物的筛选模型。方法:采用Gold3.01分子对接软件,评估已报道的吡咯类化合物衍生物的活性,并使用Fitness打分函数评价分子对接结果。结果:初步建立了分子对接与药物活性的... 目的:通过对接研究,初步建立作用于InhA的吡咯类抗结核病药物的筛选模型。方法:采用Gold3.01分子对接软件,评估已报道的吡咯类化合物衍生物的活性,并使用Fitness打分函数评价分子对接结果。结果:初步建立了分子对接与药物活性的药物筛选模型,建立的模型的r2为0.829,对测试集化合物的活性预测结果与实验数据相关性很好,表明模型预测能力较强,并分析出S构型药物分子具有更好的活性。结论:Gold对接所建立的模型的预测能力比较强,可以用于同类化合物的药物筛选,为新的抗耐药结核分枝杆菌的药物筛选提供了思路。 展开更多
关键词 吡咯 INHA 分子对接 抗结核病
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