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铁皮石斛GRAS转录因子家族基因SCL3克隆及表达分析
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作者 阎波 刘思思 +1 位作者 陈娟 郭顺星 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期2128-2136,共9页
GRAS家族是一类植物特有的转录调控因子,参与调控植物生长发育及抵御逆境胁迫,并且在赤霉素(gibberellins, GAs)信号转导过程中具有重要作用。本研究采用RT-PCR结合RACE方法从铁皮石斛(Dendrobium officinale Kimura et Migo)原球茎中... GRAS家族是一类植物特有的转录调控因子,参与调控植物生长发育及抵御逆境胁迫,并且在赤霉素(gibberellins, GAs)信号转导过程中具有重要作用。本研究采用RT-PCR结合RACE方法从铁皮石斛(Dendrobium officinale Kimura et Migo)原球茎中克隆到了一个转录因子GRAS家族基因SCL3 (scarecrow-like 3)并对其进行了表达分析。该基因cDNA序列全长2 278 bp,命名为DoSCL3 (GenBank注册号:MG252261),其编码425个氨基酸,分子量为47.88 kD,等电点(PI)为6.21。DoSCL3基因编码的蛋白不含跨膜域和信号肽,具有GRAS转录因子家族特有的保守结构域(22~422);多序列比对表明,DoSCL3与小兰屿蝴蝶兰的SCL3蛋白高度同源(相似性达到83%),同时进化树分析结果显示其与小兰屿蝴蝶兰亲缘关系非常相近。qRT-PCR实验结果显示,DoSCL3基因在铁皮石斛种子共生萌发中随着萌发进程的变化(1~3级,萌发至原球茎阶段)其表达量逐渐升高,并且在种子萌发至2级时,共生萌发组表达量显著高于无菌萌发组(为无菌组2.2倍),表明DoSCL3在兰科药用植物铁皮石斛种子共生萌发中菌根共生关系的建立过程起到重要的调控作用。 展开更多
关键词 铁皮石斛 种子共生萌发 DoSCL3 克隆 定量PCR
流速胁迫对美国红鱼的转录特性研究 预览
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作者 娄宇栋 冯建 +2 位作者 何娇娇 晁帅 王萍 《浙江海洋大学学报:自然科学版》 CAS 北大核心 2019年第1期13-22,29共11页
水流对鱼类生长发育有着重要的影响,为了在分子水平上研究美国红鱼在流速胁迫下的机理,在给定最大续航游泳速度0.9 m·s^-1的条件下,利用转录组测序的方法研究了流速胁迫对美国红鱼肝脏转录组的影响。实验结果如下:测序总共获9.32 G... 水流对鱼类生长发育有着重要的影响,为了在分子水平上研究美国红鱼在流速胁迫下的机理,在给定最大续航游泳速度0.9 m·s^-1的条件下,利用转录组测序的方法研究了流速胁迫对美国红鱼肝脏转录组的影响。实验结果如下:测序总共获9.32 Gb Clean Data,各样品Clean Data均达到4.54 Gb,Q30碱基百分比在92.12%及以上。De novo组装后共获得70 148条Unigene,其中长度在1 kb以上的Unigene有12 465条。基于Unigene库的基因结构分析,其中SSR分析共获得10 214个SSR标记;SNP分析试验组T01和对照组T02的纯合型数目分别为38 020和29 627,杂合型数目分别为57 835和66 088个。经过筛选后得到显著性差异表达的基因有1 173个,其中上调的基因数目为204个,下调的基因数目为969个。通过GO富集分析,有424个富集到生物过程(biological process),有90个富集到胞组分(cellular component),有310个富集到分子功能(molecular function)。差异表达基因的富集分析结果显示,能够注释的差异表达基因数目有1096个,注释到KEGG通路的有423个:富集到新陈代谢通路(metabolic pathways)、环境信息处理(environmental information processing)和细胞过程(cellular processes)的差异表达基因相对较多,分别为136、69和67个;有4条为显著性富集通路,分别为甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢、色氨酸代谢、视黄醇代谢和类固醇类的生物合成;应对流速胁迫的相关基因,如Hedgehog信号通路(Hedgehog signaling pathway)中Hh、PKA、CK1、Wnt等基因表现为上调、RNA降解(RNA degradation)中的Dcp1、EDC3基因表现为下调等。为了验证RNA-seq分析的表达谱,对11个基因进行了相关mRNA水平的qPCR测定,经过Spearman的rho测试发现qPCR的数据显著相关(R2=0.979 7),对比qPCR和RNA测序的数据,上调和下调基因均非常吻合。 展开更多
关键词 流速 胁迫 美国红鱼 转录 Q-PCR
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甘氨酸对小鼠早期胚胎发育影响的剂量效应研究 预览 被引量:1
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作者 周鑫 豆昌凤 +3 位作者 胡德港 宋延娜 王荣 张迪 《阜阳师范学院学报:自然科学版》 2019年第1期24-29,共6页
为更好地了解甘氨酸对胚胎发育的影响,本研究利用小鼠胚胎体外培养方法,分析了早期胚胎在含有不同浓度甘氨酸的KSOM培养液中的发育,并结合定量PCR方法分析了5个囊胚期重要发育基因的表达。结果表明,甘氨酸浓度达到2.5μg·mL^-1时,... 为更好地了解甘氨酸对胚胎发育的影响,本研究利用小鼠胚胎体外培养方法,分析了早期胚胎在含有不同浓度甘氨酸的KSOM培养液中的发育,并结合定量PCR方法分析了5个囊胚期重要发育基因的表达。结果表明,甘氨酸浓度达到2.5μg·mL^-1时,小鼠囊胚的形成不受影响。但当浓度达到5μg·mL^-1及以上时,胚胎发育明显受到抑制。对囊胚期5个基因表达的分析表明,与对照组相比,甘氨酸可以显著改变实验组基因的表达。结果表明甘氨酸对小鼠胚胎发育的影响存在着浓度依赖性,高浓度下会显著抑制胚胎发育,并且会改变胚胎发育中重要基因的表达。 展开更多
关键词 胚胎发育 甘氨酸 定量PCR
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颅咽管瘤中IL-33/ST2 mRNA表达及其临床意义 预览
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作者 汪俊杰 姚磊 +1 位作者 金思怡 司马秀田 《河南科技大学学报:医学版》 2019年第2期101-103,共3页
目的探究白细胞介素33(IL-33)和白细胞介素1受体样1(ST2)mRNA在颅咽管瘤组织中的表达及其临床意义。方法收集颅咽管瘤标本36例,脑挫伤脑组织标本22例作为对照,应用定量PCR检测颅咽管瘤组织和脑挫伤组织中的IL-33和ST2 mRNA的表达水平。... 目的探究白细胞介素33(IL-33)和白细胞介素1受体样1(ST2)mRNA在颅咽管瘤组织中的表达及其临床意义。方法收集颅咽管瘤标本36例,脑挫伤脑组织标本22例作为对照,应用定量PCR检测颅咽管瘤组织和脑挫伤组织中的IL-33和ST2 mRNA的表达水平。结果以β-actin基因为内参照,颅咽管瘤组织中IL-33 mRNA表达明显高于对照组,相对定量分别为(0.12±0.13)和(0.06±0.08),差异有统计学意义(P=0.03)。颅咽管瘤组织中ST2 mRNA表达程度明显高于对照组,相对定量分别为(0.17±0.18)和(0.04±0.06),差异具有统计学意义(P=0.002)。相关性分析显示,IL-33和ST2 mRNA表达呈正性相关(r=0.35,P=0.04)。结论IL-33和ST2受体mRNA的表达可能与颅咽管瘤的发生有着协同促进的作用。 展开更多
关键词 颅咽管瘤 白细胞介素33 白细胞介素1受体样1 定量PCR
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不同葡萄糖浓度对小鼠胚胎体外发育影响 预览
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作者 豆昌凤 周鑫 +5 位作者 程小翠 李欢欢 赵彩霞 俞海洋 王荣 张迪 《阜阳师范学院学报:自然科学版》 2019年第3期25-31,共7页
为更好地了解高糖对胚胎发育的影响,本研究利用小鼠胚胎体外培养方法,体外模拟母体高血糖对胚胎发育的影响,分析了早期胚胎在含有不同浓度葡萄糖0、5.5、27.5mM的KSOM培养液中的发育,并结合定量PCR方法分析了5个胚胎发育相关基因(PTGFR,... 为更好地了解高糖对胚胎发育的影响,本研究利用小鼠胚胎体外培养方法,体外模拟母体高血糖对胚胎发育的影响,分析了早期胚胎在含有不同浓度葡萄糖0、5.5、27.5mM的KSOM培养液中的发育,并结合定量PCR方法分析了5个胚胎发育相关基因(PTGFR,PTAFR,EDNRA,TACR3,UTS2R)的表达。5.5mM为对照组,对照组囊胚形成率73.75%,而在0mM和27.5mM葡萄糖的培养液中培养的胚胎囊胚形成率降低分别为51.25%和52.25%;通过定量PCR测定囊胚期相关基因的表达变化,葡萄糖可以显著改变PTGFR,PTAFR,EDNRA,TACR3,UTS2R基因的表达。本研究表明在早期发育期间暴露于高葡萄糖浓度的胚胎发育受到抑制,并会改变胚胎发育中重要基因的表达。 展开更多
关键词 葡萄糖 胚胎发育 定量PCR
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新孢子虫急性感染对小鼠器官中TLR3表达的影响
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作者 苏钰 吕超超 +3 位作者 张慧芬 刘玉婷 纪伟霞 钱伟锋 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第14期55-59,173共6页
为了研究新孢子虫急性感染对小鼠体内不同器官中Toll样受体3(TLR3)表达的影响,试验将培养、纯化的新孢子虫Nc-1株速殖子通过腹腔注射途径感染5周龄C57BL/6小鼠(8×106个速殖子/只),感染后第2天和第8天分别采集小鼠的心脏、肝脏、脾... 为了研究新孢子虫急性感染对小鼠体内不同器官中Toll样受体3(TLR3)表达的影响,试验将培养、纯化的新孢子虫Nc-1株速殖子通过腹腔注射途径感染5周龄C57BL/6小鼠(8×106个速殖子/只),感染后第2天和第8天分别采集小鼠的心脏、肝脏、脾脏、肺脏和脑,通过荧光定量PCR和免疫组织化学方法,分别从mRNA和蛋白质水平检测各器官中TLR3的表达量。结果表明:感染组小鼠脾脏和肺脏中TLR3mRNA的相对表达量较对照组显著或极显著升高(P<0.05或P<0.01),其中脾脏中第2天和第8天TLR3mRNA的相对表达量为对照组的6倍或9倍,肺脏中TLR3mRNA的相对表达量约为对照组的4倍;肝脏和心脏中TLR3mRNA的相对表达量约为对照组的2倍,但差异均不显著(P>0.05),脑中TLR3mRNA的相对表达量未见明显变化。免疫组织化学结果与荧光定量PCR结果基本一致。说明新孢子虫急性感染可上调小鼠多个器官中TLR3的表达。 展开更多
关键词 新孢子虫 小鼠 TLR3 荧光定量PCR 免疫组化
TRIM28磷酸化对人肺上皮细胞高致病性禽流感病毒感染过程中IFN-β和促炎细胞因子的表达
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作者 宁洪叶 蒋贤高 +2 位作者 施伎蝉 何贵清 吴正兴 《中国预防医学杂志》 CAS CSCD 2019年第7期613-617,共5页
目的探究TRIM28磷酸化对人肺上皮细胞高致病性禽流感病毒感染过程中IFN-β和促炎细胞因子表达的影响。方法以人肺癌上皮细胞(human lung carcinoma cells A549,ATCC)及人肺腺癌细胞系PAa为研究对象。将细胞进行高致病性禽流感病毒ⅣAnhu... 目的探究TRIM28磷酸化对人肺上皮细胞高致病性禽流感病毒感染过程中IFN-β和促炎细胞因子表达的影响。方法以人肺癌上皮细胞(human lung carcinoma cells A549,ATCC)及人肺腺癌细胞系PAa为研究对象。将细胞进行高致病性禽流感病毒ⅣAnhui/112005(H5N1)转染。将病毒转染后的细胞进行siRNA转染,对转染后的细胞的总RNA进行提取,检测各组细胞中mRNA的表达量,细胞内的蛋白表达量,细胞活性及细胞凋亡率。结果转染均siRNA2与siRNA3后能有效抑制TRIM28蛋白的磷酸化;TRIM28的磷酸化可促进IFN-β、IL-1β在细胞内的表达;与转染TRIM28 siRNA2、TRIM28 siRNA3后的对照组GAPDH和对照组scrambled siRNA中PAa细胞的G0/G1期比例(即50.02%和53.46%)相比,转染后的PAa细胞在G0/G1期的比例(60.13%和59.38%)增加(P<0.05)。但转染TRIM28 siRNA2、TRIM28 siRNA3的PAa细胞的G2/M期与S期的比例均下降。结论 TRIM28磷酸化增强了人肺上皮细胞高致病性禽流感病毒感染过程中IFN-β和促炎细胞因子的表达。 展开更多
关键词 TRIM28磷酸化 人肺上皮细胞 高致病性禽流感病毒 促炎细胞因子 定量PCR 蛋白印迹 流式细胞术
循环肿瘤DNA的临床应用研究进展 预览
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作者 程筱雯 《分子诊断与治疗杂志》 2019年第6期539-544,共6页
近年来,基因组的深入研究和各种分子生物学新技术的快速发展使得循环肿瘤DNA(ctDNA)的检测分析正在从研究领域向临床应用过渡。大量研究结果表明ctDNA在肿瘤的预测诊断、病情监测和预后判断等多方面显示出广阔的发展前景。ctDNA是肿瘤... 近年来,基因组的深入研究和各种分子生物学新技术的快速发展使得循环肿瘤DNA(ctDNA)的检测分析正在从研究领域向临床应用过渡。大量研究结果表明ctDNA在肿瘤的预测诊断、病情监测和预后判断等多方面显示出广阔的发展前景。ctDNA是肿瘤患者血液中存在的异常的细胞游离DNA(cfDNA),尽管cfDNA的生物学机制还不甚清楚,但ctDNA分析已经开始在临床上应用,这有助于推进肿瘤精准医疗的发展。本文主要从ctDNA的检测方法、ctDNA在肿瘤精准医疗中的应用及ctDNA检测分析面临的挑战等方面进行了综述,以期进一步探讨ctDNA切实可行的临床应用方向。 展开更多
关键词 循环肿瘤DNA 定量PCR 下一代测序 肿瘤精准医疗
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一种微波快速提取可用于qPCR的酵母基因组DNA的方法 预览
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作者 孙宇飞 方宇婷 邓冬梅 《广西科技大学学报》 2019年第2期72-78,共7页
研究微波快速提取可用于qPCR分析的酵母基因组DNA的方法.在微波作用下分别采取干法和湿法制备酵母基因组DNA样品提取物与试剂盒法制备的提取物进行比较,通过紫外分光法、琼脂糖凝胶电泳、常规PCR及qPCR等方法检测提取物浓度与纯度.结果... 研究微波快速提取可用于qPCR分析的酵母基因组DNA的方法.在微波作用下分别采取干法和湿法制备酵母基因组DNA样品提取物与试剂盒法制备的提取物进行比较,通过紫外分光法、琼脂糖凝胶电泳、常规PCR及qPCR等方法检测提取物浓度与纯度.结果表明微波法提取物可用于常规PCR分析,其中微波干法提取物用于qPCR分析可获得准确的检测结果. 展开更多
关键词 微波 qPCR 基因拷贝数 酵母基因组DNA
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番茄细菌性斑点病菌实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用
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作者 柴阿丽 帕提古丽 +4 位作者 郭威涛 石延霞 谢学文 席先梅 李宝聚 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期182-192,共11页
以番茄细菌性斑点病病原菌丁香假单胞菌番茄致病变种(Pseudomonas syringae pv. tomato,Pst)的致病相关基因HrpZ为靶序列,设计了特异性引物Pst3F/Pst3R,能从Pst基因组DNA中特异性扩增出大小为161 bp的目的片段。建立的Pst实时荧光定量PC... 以番茄细菌性斑点病病原菌丁香假单胞菌番茄致病变种(Pseudomonas syringae pv. tomato,Pst)的致病相关基因HrpZ为靶序列,设计了特异性引物Pst3F/Pst3R,能从Pst基因组DNA中特异性扩增出大小为161 bp的目的片段。建立的Pst实时荧光定量PCR检测技术体系的检测灵敏度比普通PCR高1 000倍。利用实时荧光定量PCR检测体系,检测模拟带菌种子中Pst的带菌量,检测下限为4.21 cfu·g^-1;检测人工接种叶片组织中Pst的带菌量,检测到1级发病叶片带菌量为4.15×102 cfu·g^-1。对田间采集的63个番茄细菌性斑点病明显症状和疑似症状样本,分别进行了实时荧光定量PCR、普通PCR和病原菌分离检测,检测到54个样本中含有Pst,3种方法检测结果一致。结果表明,建立的Pst实时荧光定量PCR检测体系具有特异性强、灵敏度高的特点,可以快速准确地定量检测番茄种子和发病组织中Pst的含量,为番茄细菌性斑点病的早期预防和流行监测提供了有效的技术手段。 展开更多
关键词 番茄 丁香假单胞菌番茄致病变种 实时荧光定量PCR 种子检测 组织检测
微小核糖核酸122(MicroRNA-122)定量检测技术性能评估
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作者 游延军 陈蕊 +3 位作者 蒲小聪 彭灵犀 胡泽斌 高飞 《中国药事》 CAS 2019年第1期61-66,共6页
目的:对微小核糖核酸122(microRNA-122)的定量检测技术进行评估,探讨其临床应用价值。方法:采用mi RFLP技术检测企业校准品、参考品和临床样本,评价该技术的分析性能与临床检测价值。结果:该方法定量下限为183 copies/μL,检测标准曲线1... 目的:对微小核糖核酸122(microRNA-122)的定量检测技术进行评估,探讨其临床应用价值。方法:采用mi RFLP技术检测企业校准品、参考品和临床样本,评价该技术的分析性能与临床检测价值。结果:该方法定量下限为183 copies/μL,检测标准曲线183~1500000 copies/μL。高浓度平均回收率113.2%,低浓度平均回收率94.2%,比例系统误差为3.7%。人间精密度变异系数4.2%~1.3%;室间精密度变异系数6.4%~2.5%;批间精密度变异系数4.0%~1.5%;批内精密度变异系数4.1%~1.7%。试剂盒放置4℃12小时后的检测结果与预期靶值无明显差异。采集化疗后24小时内43例肿瘤化疗患者的血样,并分离血浆进行mi RNA-122检测,将检测结果与现行诊断标准进行ROC方法学分析,CutOff值设定为14136copies/μL,与欧盟公布的PSHT HV健康志愿组(欧洲人群)miRNA-122的13356 copies/μL(95%)基本一致。结论:基于miRNA的微小核糖核酸(miRNA-122)定量检测技术具有性能优良、准确度高、稳定性好等优点,有较高的临床应用价值。 展开更多
关键词 miRNA-122 免提取 定量PCR 性能评估
南京地区污水厂、自来水厂及长江中抗性基因MCR-1和NDM-1的污染特征 预览
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作者 曹振华 张媛 +4 位作者 马奔 王新宇 王若楠 黄雅梦 袁青彬 《环境科学研究》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第3期406-414,共9页
近年来,新型抗性基因以其易传播和耐药广等特性,展现出比传统抗性基因更严峻的健康风险,在临床卫生领域受到广泛关注,但目前对其在环境中的行为和风险研究很少.为此,考察了2种有代表性的新型抗性基因MCR-1和NDM-1的污染特征,并借助荧光... 近年来,新型抗性基因以其易传播和耐药广等特性,展现出比传统抗性基因更严峻的健康风险,在临床卫生领域受到广泛关注,但目前对其在环境中的行为和风险研究很少.为此,考察了2种有代表性的新型抗性基因MCR-1和NDM-1的污染特征,并借助荧光定量PCR探索了长江下游(南京段)及附近污水厂和自来水厂中MCR-1和NDM-1的分布特征,进而采用RDA(冗余性分析)评价了分布特征受水质指标的影响效果.结果表明:①污水厂进水中MCR-1和NDM-1绝对丰度较高,且随处理流程呈下降趋势,总去除率分别为92.5%和92.7%,但出水中MCR-1和NDM-1绝对丰度仍分别达2.5×10^8和7.0×10^6copiesL.②长江下游(南京段)各采样点MCR-1和NDM-1绝对丰度的范围分别为8.5×10^7~3.5×10^9和4.3×10^5~2.1×10^7copiesL,随水流方向呈降低趋势,但在个别采样点出现异常升高的情况,主要受该区域人为污染的影响.③自来水厂处理工艺对MCR-1和NDM-1去除率分别为75.0%和70.6%,但出水中存留的MCR-1和NDM-1绝对丰度分别达1.4×10^7和6.3×10^4copiesL,且MCR-1和NDM-1在排泥水中大量富集.④MCR-1绝对丰度与ρ(CODCr)、ρ(NH3-N)、电导率呈正相关,而NDM-1绝对丰度仅和浊度存在弱相关关系,与其他水质指标无明显相关性.研究显示,污水处理工艺无法有效去除MCR-1和NDM-1,大量抗性基因通过污水厂出水排入长江,同时自来水厂以含有较高绝对丰度抗性基因的长江水作为水源水,最终自来水厂出水中残存的抗性基因可能进入人体,生态健康风险较大. 展开更多
关键词 长江下游(南京段) MCR-1 NDM-1 分布特征 定量PCR 冗余性分析
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寨卡病毒SYBR Green qPCR检测方法的建立
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作者 陈国强 李永旺 +5 位作者 王凯民 唐泰山 姜焱 朱婷 陆春华 时长军 《中国国境卫生检疫杂志》 CAS 2019年第5期309-311,316,共4页
目的建立寨卡病毒的实时定量PCR(qPCR)检测方法。方法比较公布的寨卡病毒核酸序列,在保守区域NS5设计引物,用重组质粒建立标准曲线分析建立的qPCR方法的扩增效率和线性范围,用6个寨卡病毒分离株及登革病毒、基孔肯雅病毒、黄热病毒、乙... 目的建立寨卡病毒的实时定量PCR(qPCR)检测方法。方法比较公布的寨卡病毒核酸序列,在保守区域NS5设计引物,用重组质粒建立标准曲线分析建立的qPCR方法的扩增效率和线性范围,用6个寨卡病毒分离株及登革病毒、基孔肯雅病毒、黄热病毒、乙脑病毒等其他黄病毒核酸进行灵敏性和特异性分析,并与3对已公布的寨卡病毒引物进行比较。结果针对寨卡病毒NS5基因设计了1对引物并建立了SYBR Green q PCR方法,以重组质粒为模板的扩增效率为89.3%,在2.0×10^1~2.0×10^8拷贝/μl范围内线性关系良好,最低可检测到100拷贝/反应。以ZIKV GD01株核酸为模板时,该方法可稳定检测到3.48×10^-4ng/μl RNA,与两对已公布的引物敏感性相同,比另1对引物敏感性高10倍。5个模板浓度梯度各3次重复检测的变异系数为0.06%~0.62%。该方法可以检出6株非洲型和亚洲型寨卡病毒,且与其他4种黄病毒无交叉反应。结论建立了寨卡病毒SYBR Green qPCR检测方法。该方法灵敏性高、特异性强、重复性好,为口岸提供了技术手段和技术支撑。 展开更多
关键词 寨卡病毒 实时定量PCR 染料法 非结构蛋白
不同饲料硒水平饲养大鼠的多组织内参基因筛选
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作者 梁雄顺 莫俊銮 +4 位作者 龚春梅 徐远飞 刘小立 杨晓光 周继昌 《卫生研究》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期89-93,98共6页
目的筛选不同饲料硒(selenium,Se)水平饲喂大鼠时,不同组织中稳定表达的内参基因(reference genes,RGs)。方法 24只断乳雄性SD大鼠在缺Se饲养5周后,随机均分为4组,分别以Se含量<0. 01、0. 25、3、5 mg/kg饲料饲喂4周后处死,取肝、睾... 目的筛选不同饲料硒(selenium,Se)水平饲喂大鼠时,不同组织中稳定表达的内参基因(reference genes,RGs)。方法 24只断乳雄性SD大鼠在缺Se饲养5周后,随机均分为4组,分别以Se含量<0. 01、0. 25、3、5 mg/kg饲料饲喂4周后处死,取肝、睾丸、骨骼肌、脂肪组织等样品待检。以荧光定量PCR检测Actb、Atp5f1、B2m、Gapdh、Gusb、Hprt、Pgk1、Ppia、Rplp2、Rps18、Tbp、Ywhaz等12个候选内参基因的mRNA水平,以geNorm、NormFinder、BestKeeper、Delta CT和Ref Finder等方法对其表达稳定性进行评价。结果各组织中稳定性排名前4的内参基因是:肝中Ppia>Atp5f1> Rplp2>Hprt;睾丸中Ywhaz> Atp5f1> Rplp2> Ppia;骨骼肌中Tbp> Ppia>B2m> Rps18;脂肪组织中Hprt> Tbp> Atp5f1> Pgk1;综合4种组织,则Rps18> Hprt>Rplp2>Atp5f1。结论分析不同饲料Se水平饲养大鼠的目标基因表达水平时,应根据组织类型选择适宜的内参基因。 展开更多
关键词 内参基因 定量PCR 饲料硒 大鼠 多组织
成都平原不同种植方式折耳根表面附生细菌群落结构与抗生素抗性基因分析
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作者 芦科堃 向文良 卢倩文 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期489-498,共10页
【目的】分析有机、化肥和野生折耳根表面的附生细菌群落结构和抗生素抗性基因(ARGs),揭示细菌群落结构与ARGs相互关系。【方法】高通量测定16SrRNAV3-V4可变区序列分析样品表面附生细菌群落结构;PCR和qPCR扩增29种ARGs基因分析样品表面... 【目的】分析有机、化肥和野生折耳根表面的附生细菌群落结构和抗生素抗性基因(ARGs),揭示细菌群落结构与ARGs相互关系。【方法】高通量测定16SrRNAV3-V4可变区序列分析样品表面附生细菌群落结构;PCR和qPCR扩增29种ARGs基因分析样品表面ARGs污染情况;冗余分析(RDA)探讨细菌群落结构与ARGs的相互关系。【结果】折耳根表面检测到35个属的细菌,其中有机折耳根表面附生细菌多样性低于化肥和野生折耳根(P<0.05);29种被检的ARGs中,有14种在折耳根中被检出,其中有机折耳根含有全部被检出的ARGs,化肥和野生折耳根则含有部分被检出的ARGs。折耳根表面ARGs污染的多样性和丰度显著受到样品表面的菌群结构影响,其中Lactococcus、 Escherichia、Fluviicola、Enterococcus、Sanguibacter和Acidovorax是影响ARGs最主要的菌群。【结论】有机种植极大地改变了折耳根表面附生细菌的群落结构,增加了ARGs的多样性和丰度,对有机折耳根的食品安全带来了潜在威胁。因此,有必要将ARGs污染监测纳入到有机折耳根的食品安全考核范围内。 展开更多
关键词 折耳根 高通量测序 原核微生物多样性 抗生素抗性基因 定量PCR
抗病转基因水稻M12及其产品成分的定性、定量PCR检测方法 预览
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作者 李鹏 张琳 +4 位作者 叶吉妮 贺诗瑶 贾军伟 潘爱虎 唐雪明 《作物学报》 CSCD 北大核心 2018年第7期949-955,共7页
通过定性PCR扩增了转基因水稻M12转化体特异性片段和水稻内标基因(sps)片段,将PCR产物酶切连接后构建到T载体,得到适于转基因水稻M12品系特异性PCR检测的质粒分子pM12,建立了事件特异性定性、定量PCR检测方法。定性PCR结果表明,本方法... 通过定性PCR扩增了转基因水稻M12转化体特异性片段和水稻内标基因(sps)片段,将PCR产物酶切连接后构建到T载体,得到适于转基因水稻M12品系特异性PCR检测的质粒分子pM12,建立了事件特异性定性、定量PCR检测方法。定性PCR结果表明,本方法可特异性检测出M12,检测限可达100拷贝单倍体水稻基因组;定量PCR结果表明,M12和sps定量PCR标准曲线R2为0.998和0.997,扩增效率为95.3%和108.4%,重复性分析标准偏差范围为0.043~0.276,定量极限和检测极限可达100和10拷贝。对转基因含量为1.0%的混合样品定量结果的相对偏差在8.0%以内。本研究建立的方法可用于转基因水稻M12及其加工产品成分的检测。 展开更多
关键词 品系特异性 定性PCR 定量PCR M12
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上海水体中抗生素抗性基因的分布特征 被引量:2
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作者 赵晓祥 杨莲 +1 位作者 程晨 张紫琴 《安全与环境学报》 CSCD 北大核心 2018年第3期1191-1197,共7页
为研究上海市水体中抗生素抗性基因(Antibiotic Resistance Genes,ARGs)的污染状况和分布特征,采集17个不同地段的水样,进行了耐药菌和ARGs丰度的检测。结果表明,水中磺胺嘧啶类耐药菌、氨苄青霉素类耐药菌、环丙沙星类耐药菌、氯霉... 为研究上海市水体中抗生素抗性基因(Antibiotic Resistance Genes,ARGs)的污染状况和分布特征,采集17个不同地段的水样,进行了耐药菌和ARGs丰度的检测。结果表明,水中磺胺嘧啶类耐药菌、氨苄青霉素类耐药菌、环丙沙星类耐药菌、氯霉素类耐药菌的耐药率分别为14.81%-94.55%、0-46.60%、0-91.07%、0-87.5%。养殖场周围河流总耐药菌量普遍高于非养殖场周围河流。非养殖场周围水体和养殖场周围水体中抗生素抗性基因sul1、amp R、qnr S、cml A均被检出。定量PCR的检测结果表明,非养殖场周围水体和养殖场周围水体中氯霉素类抗性基因含量最高,其次为磺胺类抗性基因,养殖场周围水体抗生素抗性基因含量普遍高于非养殖场周围水体。抗生素抗性基因sul1、amp R、qnr S、cml A的含量与微生物、温度、悬浮物等影响因素显著性相关(p〈0.05),表明在水环境中这些影响因子对抗生素抗性基因的分布影响较大。 展开更多
关键词 环境学 水体 耐药菌 抗生素抗性基因 定量PCR 环丙沙星
珍稀药用铁皮石斛4个CIPKs基因的鉴定与表达分析 被引量:2
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作者 李依民 张娜 +4 位作者 沈霞 李欢 黑小斌 郭顺星 张岗 《药学学报》 CSCD 北大核心 2018年第2期304-312,共9页
类钙调磷酸酶B蛋白(calcineurin B-like protein,CBL)互作蛋白激酶(CBL-interacting protein kinase,CIPK)通过感应钙信号,在植物生长发育、逆境生理等生命活动中发挥重要作用。本研究利用RACE技术首次从珍稀药用铁皮石斛中克隆到4... 类钙调磷酸酶B蛋白(calcineurin B-like protein,CBL)互作蛋白激酶(CBL-interacting protein kinase,CIPK)通过感应钙信号,在植物生长发育、逆境生理等生命活动中发挥重要作用。本研究利用RACE技术首次从珍稀药用铁皮石斛中克隆到4个CIPK基因c DNA全长,Do CIPK1、Do CIPK2、Do CIPK3和Do CIPK4(Gen Bank注册号KT957557、KT957558、KT957559和KT957560),编码蛋白分别含473、449、451、440个氨基酸,分子质量依次为53.50、50.93、51.50、50.16 k Da,等电点7.99、9.25、8.81、9.11;与多种植物CIPKs蛋白一致性在70%~90%、69%~80%、78%~93%、66%~82%之间;各含1个蛋白激酶的保守结构域(分别为第21~275、14~268、16~271、12~266位氨基酸)、1个CIPK家族特有的NAF/FISL结构域(335~391、313~370、310~369、305~362)和多个功能基元;4个蛋白均无信号肽或跨膜域,预测主要分布在质膜、内质网等亚细胞水平,与拟南芥At CIPK24三维结构类似;Do CIPK1、Do CIPK3分别隶属于拟南芥和水稻CIPKs分子进化树的E、A类群,Do CIPK2和Do CIPK4属于C类群;Do CIPK1基因在石斛叶和茎中的相对表达量无显著差异,根中表达量为叶中的0.35倍;Do CIPK3转录本在茎和根中的丰度分别为叶中3.36倍和3.47倍;Do CIPK2与Do CIPK4的表达模式相似,二者在叶和茎中的相对表达量无显著差异,根中表达量分别为叶中的2.08倍和7.86倍。Do CIPK1、Do CIPK2、Do CIPK3和Do CIPK4基因克隆、生物信息特征及表达特性为下一步研究基因在铁皮石斛生理适应中的分子功能奠定基础。 展开更多
关键词 铁皮石斛 激酶 定量PCR 钙信号 结构域
一种基于荧光定量PCR的自动化检测装备初探
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作者 刘宽 王芬 +1 位作者 陈晓平 吴酬飞 《食品工业》 北大核心 2018年第9期185-189,共5页
试验以食药品中必检微生物沙门氏菌为供试菌株,针对实验室首次自主研发的微生物分子检测仪,建立一种配套该仪器使用的沙门氏菌荧光定量PCR自动化检测体系,该微生物分子检测仪可以同时完成核酸提纯和荧光定量检测。在该设备调试成功后,... 试验以食药品中必检微生物沙门氏菌为供试菌株,针对实验室首次自主研发的微生物分子检测仪,建立一种配套该仪器使用的沙门氏菌荧光定量PCR自动化检测体系,该微生物分子检测仪可以同时完成核酸提纯和荧光定量检测。在该设备调试成功后,对某高校食堂14个食品样本进行自动化检测。结果表明,该q PCR体系的准确性好、特异性强;相比于其他检测方法,该体系的检测下限更低且时效性更佳;经过与沙门氏菌检测的国家标准比较,建立的配套设备的检测体系可以快速、自动化、高通量地检测不同食品基质中沙门氏菌的数量,且结果可靠。 展开更多
关键词 沙门氏菌 荧光定量PCR 自动化检测装备 食品安全
葡萄SAUR基因家族鉴定与生物信息学分析 被引量:2
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作者 李傲 崔梦杰 +3 位作者 陈珂 许瀛之 贾海峰 房经贵 《植物遗传资源学报》 CSCD 北大核心 2018年第2期326-337,共12页
为了研究葡萄早期应答生长素基因SAUR(Small auxin-up RNA)家族,本研究利用全基因组信息鉴定了葡萄64个SAUR家族成员,并对SAUR家族成员的基因结构、氨基酸特性、染色体定位、基因进化、基因功能以及组织表达进行分析。结果表明,葡... 为了研究葡萄早期应答生长素基因SAUR(Small auxin-up RNA)家族,本研究利用全基因组信息鉴定了葡萄64个SAUR家族成员,并对SAUR家族成员的基因结构、氨基酸特性、染色体定位、基因进化、基因功能以及组织表达进行分析。结果表明,葡萄全基因组上64个SAUR家族成员在19条染色体中的8条染色体上呈现簇状分布,主要分布在3、4号染色体上,其中3号染色体上数量最多为37个;葡萄SAUR家族基因长度较短,有59个基因是无内含子基因;蛋白理化特征分析显示。多数SAUR蛋白呈碱性,结构稳定性较差,蛋白脂溶指数高,呈亲水性;基因功能预测结果表明,葡萄SAUR基因主要担"-3生长因子、结构蛋白、转录、转录调控以及响应胁迫应答和免疫应答6种功能,其中更多参与生长调节功能:根据系统进化分析将其分为10个分支,另外不同组织表达谱的分析结果表明SAUR基因家族成员具有不同的组织表达模式,对于非生物胁迫具有一定的调节作用。这些信息为葡萄SAUR基因家族功能分析奠定了一定的工作基础。 展开更多
关键词 葡萄 SAUR基因家族 系统进化 功能预测 基因表达 定量PCR
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