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Biomarker Identification of Rat Liver Regeneration via Adaptive Logistic Regression
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作者 Liu-Yuan Chen Jie Yang +3 位作者 Guo-Guo Xu Yun-Qing Liu Jun-Tao Li Cun-Shuan Xu 《国际自动化与计算杂志:英文版》 EI CSCD 2016年第2期191-198,共8页
这份报纸被奉献给经由适应逻辑回归识别老鼠肝新生的 biomarkers。由把适应的有弹性的网惩罚与逻辑回归损失相结合,适应逻辑回归被建议适应地在组识别重要基因。由改进 pathwise 坐标降下算法,而且,一个快解决算法为计算适应逻辑回... 这份报纸被奉献给经由适应逻辑回归识别老鼠肝新生的 biomarkers。由把适应的有弹性的网惩罚与逻辑回归损失相结合,适应逻辑回归被建议适应地在组识别重要基因。由改进 pathwise 坐标降下算法,而且,一个快解决算法为计算适应逻辑回归的调整路径被开发。从在老鼠肝新生的 microarray 数据上执行的实验的结果被提供说明建议方法的有效性并且验证选择 biomarkers 的生物合理性。 展开更多
关键词 自适应识别 生物标志物 肝再生 回归 逻辑 大鼠 快速求解算法 基因芯片
基于IPA分析自噬对大鼠肝再生中树突状细胞的调节作用 预览 被引量:2
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作者 王棋文 靳伟 +1 位作者 常翠芳 徐存拴 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期276-282,共7页
为探讨自噬对大鼠肝再生中树突状细胞(Dendritic cells,DCs)的调节作用,文章通过Percoll密度梯度离心结合免疫磁珠分选分离大鼠DCs,Rat Genome 230 2.0芯片检测大鼠肝再生中自噬相关基因表达变化,利用IPA等软件分析自噬在DCs中的生理... 为探讨自噬对大鼠肝再生中树突状细胞(Dendritic cells,DCs)的调节作用,文章通过Percoll密度梯度离心结合免疫磁珠分选分离大鼠DCs,Rat Genome 230 2.0芯片检测大鼠肝再生中自噬相关基因表达变化,利用IPA等软件分析自噬在DCs中的生理活动。结果表明,LC3、BECN1、ATG7和SQSTM1等关键基因在部分肝切除后不同恢复时间段有明显表达变化;芯片中对应的自噬相关基因为593个,其中210个基因发生了有意义的变化。比较分析自噬生理活动情况,发现自噬在再生早期和晚期阶段增强,增殖期减弱。与自噬相关的生理活动主要有RNA表达、RNA转录细胞分化和增殖,其中涉及的信号通路主要有PPARα/RXRα激活、急性期反应、TREM1信号通路、IL-6信号通路、IL-8信号通路和IL-1信号通路等,它们在肝再生阶段发生了不同程度的上调或下调。Cluster分析还发现,P53和AMPK信号参与调控DCs的自噬活动,在肝再生早期主要是AMPK信号,在肝再生末期P53和AMPK信号共同参与自噬的调节。以上研究结果说明DCs自噬可能在肝再生早期激活细胞免疫反应和后期清除DCs等方面发挥着重要作用。 展开更多
关键词 肝再生 自噬 树突状细胞 Rat GENOME 230 2.0芯片 IPA
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Toll样受体信号通路的3条途径在大鼠肝再生中抑制库普弗细胞免疫反应 预览
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作者 何玉贵 常翠芳 +6 位作者 耿直 许果果 和婷婷 梅金鑫 周晓春 杨亚娟 徐存拴 《河南师范大学学报:自然科学版》 CAS 北大核心 2014年第4期100-105,共6页
为从基因转录水平了解大鼠肝再生中Toll样受体信号通路调节库普弗细胞免疫反应的途径和方式,首先建立大鼠2/3肝切除(partial hepatectomy,PH)模型,从中分离库普弗细胞进行基因微阵列分析.发现Toll样受体信号通路的23个基因及其调节免... 为从基因转录水平了解大鼠肝再生中Toll样受体信号通路调节库普弗细胞免疫反应的途径和方式,首先建立大鼠2/3肝切除(partial hepatectomy,PH)模型,从中分离库普弗细胞进行基因微阵列分析.发现Toll样受体信号通路的23个基因及其调节免疫反应的62个基因与大鼠肝再生相关.基因协同作用(Ep(t)值)和同类提取法分析表明,大鼠肝再生进展阶段,Toll样受体信号通路通过TLR/NF-κB,TLR/MAPK,TLR/IRF等3条途径和TLR4,MAL,UNC93B1,AP1S2,IRF1等5个关键基因抑制库普弗细胞免疫反应. 展开更多
关键词 大鼠肝再生 TOLL样受体信号通路 库普弗细胞 免疫反应 基因表达谱 关键基因
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建立基因协同作用算法解析大鼠肝再生中基因表达丰度预示的细胞增殖活动 预览 被引量:2
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作者 徐存拴 黄荧 +2 位作者 江云 李钧涛 周运 《河南科学》 2013年第10期1615-1619,共5页
随着生物高通量分析技术的发展,获得基因组/蛋白组数据已较易实现.然而解析这些数据的生物学意义尚有不少困难,亟待克服.从生理反应的多样性、多步骤性、可逆性、循环性、重复性、网络性、可控性、适应性等特点入手,以基因表达丰... 随着生物高通量分析技术的发展,获得基因组/蛋白组数据已较易实现.然而解析这些数据的生物学意义尚有不少困难,亟待克服.从生理反应的多样性、多步骤性、可逆性、循环性、重复性、网络性、可控性、适应性等特点入手,以基因表达丰度为基础,根据时间序列分析原理,应用皮尔森相关系数建立了两种描述基因协同作用的谱函数E。(£)和巨,用它们分析基因表达丰度、表达变化预示的大鼠肝再生中肝细胞的增殖活动.结果显示,大鼠肝再生的进展阶段,即PH后12~72h肝细胞的增殖活动显著强于对照.进一步分析相关文献资料发现,上述结果与文献报道一致,表明在解析生物高通量分析数据的生物学意义方面,基因协同作用算法有一定应用价值. 展开更多
关键词 大鼠肝再生 基因芯片 基因表达丰度 基因协同作用 肝细胞增殖
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大鼠肝再生中肝细胞基因表达与DNA裸露的相关性研究 预览
5
作者 张亚磊 秦丹 +1 位作者 王改平 徐存拴 《河南师范大学学报:自然科学版》 CAS 北大核心 2013年第6期172-177,共6页
捅要:为了解大鼠肝再生中肝细胞的基因表达与DNA裸露的相关性,分离大鼠肝细胞,提取裸露DNA,用SOLEXA方法对DNA测序,用BWA软件拼装测序片段,用IPA软件分析拼装的基因种类和作用,用Rat Genome2302.0芯片检测基因的转录情况.研究... 捅要:为了解大鼠肝再生中肝细胞的基因表达与DNA裸露的相关性,分离大鼠肝细胞,提取裸露DNA,用SOLEXA方法对DNA测序,用BWA软件拼装测序片段,用IPA软件分析拼装的基因种类和作用,用Rat Genome2302.0芯片检测基因的转录情况.研究表明,大鼠肝再生的12h(PH后12h),肝细胞的裸露DNA涉及16912个基因,1701个基因发生了有意义裸露量变化.其中,25个基因的裸露量上调,1676个基因的裸露量下调.与RatGe—nome2302.0芯片的检测的基因转录比对表明,肝细胞的AKR7A3,BMYC,CDC25B等26个基因的裸露量和表达量均下调,表明大鼠肝再生12h时,这些基因的表达可能受染色体结构调控. 展开更多
关键词 大鼠肝细胞 大鼠肝再生 裸露DNA 基因转录
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基于弹性网络的大鼠肝再生关键基因选择 预览
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作者 王小玉 陈留院 +3 位作者 刘云卿 杨云 李钧涛 徐存拴 《河南师范大学学报:自然科学版》 CAS 北大核心 2013年第5期26-28,共3页
针对大鼠肝再生基因表达谱芯片数据挖掘问题,通过把肝再生过程划分为8个不同时间的子过程,将其转化为二分类问题,进而利用弹性网络对每1个子过程分别进行分类和相关基因选择.此外,以细胞增殖为主线,分析了所选择基因间的通路关系,验证... 针对大鼠肝再生基因表达谱芯片数据挖掘问题,通过把肝再生过程划分为8个不同时间的子过程,将其转化为二分类问题,进而利用弹性网络对每1个子过程分别进行分类和相关基因选择.此外,以细胞增殖为主线,分析了所选择基因间的通路关系,验证了所选基因的生物合理性. 展开更多
关键词 大鼠肝再生 弹性网络 基因选择
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建立同类提取法从基因芯片检测数据中挖掘大鼠肝细胞的肝再生关键基因 预览 被引量:1
7
作者 徐存拴 闫春玲 +3 位作者 江云 周运 黄荧 李钧涛 《河南科学》 2013年第6期762-767,共6页
为解析基因芯片检测数据的生物学意义,用Rat Genome 230 2.0芯片检测大鼠肝再生中肝细胞的基因表达丰度,用F检验大鼠2/3肝切除组(PH)与假手术组(SO)的基因表达差异性和获得大鼠肝细胞的肝再生相关基因,用同类提取法从过滤法计算的... 为解析基因芯片检测数据的生物学意义,用Rat Genome 230 2.0芯片检测大鼠肝再生中肝细胞的基因表达丰度,用F检验大鼠2/3肝切除组(PH)与假手术组(SO)的基因表达差异性和获得大鼠肝细胞的肝再生相关基因,用同类提取法从过滤法计算的差异基因中筛选特征基因,根据特征基因的关联度、参与的生理活动和他人研究结果确认其中的关键基因.结果表明,Ccne1、Egf、Met等57个特征基因在大鼠肝再生中起关键作用. 展开更多
关键词 大鼠肝再生 过滤法 同类提取法 差异基因 特征基因 关键基因
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NF—κB信号通路在大鼠肝再生中调节肝细胞增殖的机理研究 预览 被引量:1
8
作者 王彬彬 常翠芳 +2 位作者 鲁艳平 贾艺峰 徐存拴 《河南师范大学学报:自然科学版》 CAS 北大核心 2013年第6期167-171,共5页
为了解大鼠肝再生中肝细胞NF-κB信号通路对肝细胞增殖的调节作用,用Rat Genome2302.0芯片检测大鼠肝再生中NFxB信号通路相关基因表达变化发现,芯片含138个NF-xB信号通路基因,其中46个基因与大鼠肝再生相关.用Ingenuity Pathway An... 为了解大鼠肝再生中肝细胞NF-κB信号通路对肝细胞增殖的调节作用,用Rat Genome2302.0芯片检测大鼠肝再生中NFxB信号通路相关基因表达变化发现,芯片含138个NF-xB信号通路基因,其中46个基因与大鼠肝再生相关.用Ingenuity Pathway Analysis9.0(IPA)软件解析上述基因表达变化预示的该信号通路调节肝细胞增殖作用发现,该通路的白细胞介素-1(II,1)途径在大鼠肝再生起始阶段促进肝细胞增殖,生长因子(GF)途径在进展阶段促进肝细胞增殖,肿瘤坏死因子α(TNF-α)途径在起始阶段促进肝细胞增殖,终止阶段抑制肝细胞增殖. 展开更多
关键词 大鼠肝再生 肝细胞增殖 NF-ΚB信号通路 通路创建与分析
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同类提取法结合序列向前法预测大鼠肝再生的关键基因 预览 被引量:1
9
作者 刘云卿 黄荧 +2 位作者 周运 李钧涛 徐存拴 《河南科学》 2013年第7期964-967,共4页
从生物高通量检测数据中挖掘关键基因/蛋白是生物信息学的重要研究内容.用大鼠基因组表达谱芯片Rat Genome 2302.0检测大鼠肝再生中肝细胞的基因表达丰度和计算它们与对照的比值(ratio值),用F检验发现, Ccne1、Eg f、Met等8419个基... 从生物高通量检测数据中挖掘关键基因/蛋白是生物信息学的重要研究内容.用大鼠基因组表达谱芯片Rat Genome 2302.0检测大鼠肝再生中肝细胞的基因表达丰度和计算它们与对照的比值(ratio值),用F检验发现, Ccne1、Eg f、Met等8419个基因与大鼠肝再生相关.用过滤法从中筛选出3202个差异基因,用同类提取法从差异基因筛选出1000个特征基因.取前100个特征基因作为初选基因,进一步用序列向前法计算发现,Ccnd1、Grin2a、Spsb4等7个基因满足肝再生候选关键基因的条件.再用同类提取法分析发现,上述7个基因中,Ccnd1和Agtr1的关联度≥100,且文献报道与肝再生相关,当属关键基因.用机器学习法检验关键基因的正确性发现,同类提取法结合序列向前法预测的关键基因正确率达97%以上.因此,用该方法预测关键基因切实可行,值得推广应用. 展开更多
关键词 大鼠肝再生 基因表达丰度 序列向前法 同类提取法 关键基因
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JNK信号通路调控大鼠再生肝8种细胞的增殖和凋亡 被引量:2
10
作者 申亚慧 陆琼 +2 位作者 杨彦杰 樊晋宇 徐存拴 《解剖学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期 189-197,共9页
目的从基因转录水平了解JNK信号通路在大鼠再生肝8种细胞中的作用。方法用密度梯度离心和免疫磁珠等方法分离肝细胞(HC)、胆管上皮细胞(BEC)、卵圆细胞(OC)、肝星形细胞(HSC)、窦内皮细胞(SEC)、库普弗细胞(KC)、陷窝细胞... 目的从基因转录水平了解JNK信号通路在大鼠再生肝8种细胞中的作用。方法用密度梯度离心和免疫磁珠等方法分离肝细胞(HC)、胆管上皮细胞(BEC)、卵圆细胞(OC)、肝星形细胞(HSC)、窦内皮细胞(SEC)、库普弗细胞(KC)、陷窝细胞(PC)、树突状细胞(DC)等8种肝脏细胞,用大鼠Genome2302.0芯片检测大鼠再生肝8种细胞的基因表达谱,用生物信息学和系统生物学等方法分析基因表达变化预示的JNK信号通路在调控大鼠再生肝8种细胞增殖、凋亡中的作用。用实时荧光定量PCR方法验证了芯片结果的可靠性。结果JNK信号通路涉及240个基因和42条途径,其中,225个基因与大鼠肝再生相关。基因协同作用分析显示,在大鼠肝再生启动阶段,JNK信号通路启动HC和KC增殖,促进OC凋亡,启动部分PC和SEC增殖和促进部分PC和SEC凋亡;在进展阶段,JNK信号通路促进HC、BEC、KC和DC增殖,促进部分PC增殖、部分PC凋亡。在终止阶段,JNK信号通路促进HC、OC和PC凋亡,促进部分KC增殖、部分KC凋亡。结论大鼠肝再生中JNK信号通路的42条途径和225个基因参与调控大鼠再生肝8种细胞的增殖和凋亡。 展开更多
关键词 大鼠肝再生 JNK信号通路 再生肝8种细胞 GENOME 230 2.0芯片检测 基因协同作用 大鼠
Caspase信号通路调控大鼠再生肝肝细胞的凋亡 被引量:5
11
作者 蒋文文 郝晓霞 +2 位作者 郭雅琼 赵卫明 徐存拴 《解剖学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第3期 359-365,共7页
目的从基因转录水平了解Caspase信号通路各途径对大鼠再生肝肝细胞凋亡的调节作用。方法将114只大鼠随机分为19组,包括9个部分肝切除组,9个假手术组和1个正常对照组。于手术后10个不同时间点用常规的两步灌流法和Percoll密度梯度离心... 目的从基因转录水平了解Caspase信号通路各途径对大鼠再生肝肝细胞凋亡的调节作用。方法将114只大鼠随机分为19组,包括9个部分肝切除组,9个假手术组和1个正常对照组。于手术后10个不同时间点用常规的两步灌流法和Percoll密度梯度离心法分离大鼠肝细胞,用大鼠Genome2302.0芯片检测在大鼠肝再生(LR)中Caspase信号通路相关基因表达变化,用荧光定量PCR确定芯片结果的可靠性,用生物信息学和系统生物学等方法分析基因表达变化预示的Caspase信号通路在调控大鼠再生肝肝细胞凋亡中的作用。结果Caspase信号通路涉及38条途径和123个基因,大鼠Genome2302.0芯片含其中的106个基因,38个基因在大鼠肝再生中与肝细胞相关。Caspase信号通路抑制细胞凋亡的21条途径中,途径1、2和11在大鼠部分肝切除(PH)后的30h,途径27、29和31在72h,途径15和16在2h和30h,途径3和4在30h和72h抑制肝细胞凋亡。促进细胞凋亡的17条途径中,途径14在2h,途径34在6h,途径7在30h,途径13在2h和30h,途径36在6h和30h促进肝细胞凋亡。同时,尚未发现其他途径参与肝细胞增殖和(或)凋亡调控。结论Caspase信号通路的15条途径和38个基因调控大鼠再生肝的肝细胞凋亡。 展开更多
关键词 大鼠肝再生 Caspase信号通路 GENOME 230 2.0芯片 荧光定量PCR 大鼠
大鼠再生肝8种细胞的脂肪酸代谢基因转录谱预示的生化活动 预览
12
作者 郭学强 秦波 徐存拴 《河南科学》 2010年第3期 296-300,共5页
为了解大鼠再生肝8种细胞的脂肪酸代谢基因转录谱及预示的生化活动,按张丽君等方法分离大鼠再生肝8种细胞,检测它们的脂肪酸代谢基因表达变化,分析其表达相关性及预示的生理活动.结果表明,44个脂肪酸代谢基因在大鼠肝再生中发生了... 为了解大鼠再生肝8种细胞的脂肪酸代谢基因转录谱及预示的生化活动,按张丽君等方法分离大鼠再生肝8种细胞,检测它们的脂肪酸代谢基因表达变化,分析其表达相关性及预示的生理活动.结果表明,44个脂肪酸代谢基因在大鼠肝再生中发生了有意义表达变化,8种细胞的相应基因数为22、18、11、21、19、13、27、18,上调、下调和上,下调的基因个数为11、14和19,相应细胞的基因个数为6、15和1,7、8和3,3、8和0,16、3和2,12、7和0,8、5和0,6、21和0,9、5和4.肝细胞、胆管上皮细胞、星形细胞、库普弗细胞、陷窝细胞、树突状细胞等6种细胞的脂肪酸合成相关基因表达增强,肝细胞、星形细胞、窦内皮细胞、库普弗细胞,陷窝细胞、树突状细胞等6种细胞的脂肪酸分解相关基因表达增强.上述结果预示大鼠肝再生中脂肪酸代谢活动增强,与大鼠肝再生密切相关. 展开更多
关键词 大鼠肝再生 RAT GENOME 230 2.0芯片 基因转录谱 脂肪酸代谢
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大鼠再生肝8种细胞的丝氨酸族氨基酸代谢相关基因的转录谱 预览 被引量:1
13
作者 常翠芳 王改平 +4 位作者 朱秋实 王磊 张富春 马纪 徐存拴 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2010年第8期 829-838,共10页
为了解大鼠肝再生中8种肝脏细胞的丝氨酸族氨基酸代谢相关基因转录谱,文章用Percoll密度梯度离心结合免疫磁珠分选分离大鼠的8种再生肝细胞,用Rat Genome 230 2.0芯片等检测它们中丝氨酸族氨基酸代谢相关基因的表达变化,用Cluster和Tree... 为了解大鼠肝再生中8种肝脏细胞的丝氨酸族氨基酸代谢相关基因转录谱,文章用Percoll密度梯度离心结合免疫磁珠分选分离大鼠的8种再生肝细胞,用Rat Genome 230 2.0芯片等检测它们中丝氨酸族氨基酸代谢相关基因的表达变化,用Cluster和Treeview等软件分析上述基因在肝再生中表达模式,用生物信息学和系统生物学等方法分析上述细胞中丝氨酸族氨基酸代谢活动。结果表明,在27个发生有意义表达变化的基因中,肝细胞、胆管上皮细胞、卵圆细胞、肝星形细胞、窦内皮细胞、库普弗细胞、陷窝细胞、树突状细胞的基因数分别为13、16、11、14、13、11、12、14,相应细胞的上调、下调和上/下调的基因数分别为7、6和0,2、10和4,2、8和1,8、3和3,6、5和2,4、6和1,2、10和0,6、6和2。总的来看,肝再生中各细胞的表达下调基因占优势,但在肝再生启动阶段,肝星形细胞和窦内皮细胞的表达上调基因占优势。上述丝氨酸族氨基酸代谢相关基因转录谱预示丝氨酸族氨基酸的合成主要在肝再生启动阶段的肝细胞、肝星形细胞、窦内皮细胞和库普弗细胞中增强,它们的降解主要在肝再生进展阶段的肝细胞、胆管上皮细胞、陷窝细胞和树突状细胞中进行。 展开更多
关键词 肝再生 RatGenome 2302.0芯片 甘氨酸 丝氨酸 半胱氨酸
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大鼠再生肝8种细胞的脂肪代谢基因转录谱预示的生化活动 预览
14
作者 郭学强 秦波 徐存拴 《河南科学》 2010年第5期 542-546,共5页
为了解大鼠再生肝8种细胞的脂肪代谢基因转录谱及预示的生化活动,按张丽君等方法分离大鼠再生肝的8种细胞,检测它们的脂肪代谢基因表达变化,分析其表达相关性及预示的代谢活动.结果表明,29个脂肪代谢相关基因在大鼠肝再生中发生了... 为了解大鼠再生肝8种细胞的脂肪代谢基因转录谱及预示的生化活动,按张丽君等方法分离大鼠再生肝的8种细胞,检测它们的脂肪代谢基因表达变化,分析其表达相关性及预示的代谢活动.结果表明,29个脂肪代谢相关基因在大鼠肝再生中发生了有意义的表达变化,8种细胞的相应基因个数为18、14、7、9、8、10、14、17.上调、下调和上/下调的基因个数为13、6和10,相应细胞的基因个数为10、8和0,12、2和0,5、2和0,5、3和1,5、2和1,8、2和0,8、6和0,10、7和0.8种肝脏细胞的脂肪分解相关基因表达增强.肝细胞、胆管上皮细胞、星形细胞、库普弗细胞、陷窝细胞、树突状细胞等6种细胞的脂肪合成相关基因表达增强.预示大鼠肝再生中脂肪代谢活动增强,与大鼠肝再生密切相关. 展开更多
关键词 大鼠肝再生 RAT GENOME 230 2.0芯片 基因转录谱 脂肪代谢
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大鼠再生肝8种细胞的一碳代谢相关基因转录谱研究 预览
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作者 张春艳 于亚男 +2 位作者 宗慧 李静雯 徐存拴 《河南师范大学学报:自然科学版》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期 181-184,共4页
为了解大鼠肝再生中8种肝脏细胞的一碳代谢相关基因转录谱及其预示的代谢活动,分离大鼠再生肝的8种细胞,检测它们的一碳代谢相关基因表达变化,分析其表达模式及预示的生理活动.结果表明,肝星形细胞的甲硫氨酸转化为S-腺苷甲硫氨酸... 为了解大鼠肝再生中8种肝脏细胞的一碳代谢相关基因转录谱及其预示的代谢活动,分离大鼠再生肝的8种细胞,检测它们的一碳代谢相关基因表达变化,分析其表达模式及预示的生理活动.结果表明,肝星形细胞的甲硫氨酸转化为S-腺苷甲硫氨酸活动在肝再生启动阶段增强.胆管上皮细胞的s-腺苷甲硫氨酸转化为孓腺苷高半胱氨酸、N5-甲基四氢叶酸将甲基转移给甲硫氨酸活动在进展阶段增强.肝细胞、陷窝细胞、树突状细胞的聚谷氨酸水解、四氢叶酸与N5-甲酰基四氢叶酸相互转化在肝再生3个阶段增强.结论:大鼠肝再生与一碳代谢相关. 展开更多
关键词 大鼠肝再生 RAT GENOME 230 2.0芯片 基因转录谱 一碳代谢
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肌细胞分化基因与大鼠肝再生的相关性分析 预览
16
作者 赵利峰 张明真 徐存拴 《分子细胞生物学报》 CSCD 北大核心 2007年第6期 387-394,共8页
肌细胞是组织器官的重要组成部分。为在基因转录水平了解肌细胞分化相关基因在大鼠肝再生中的作用,本文用搜集网站资料和查阅相关论文等方法获得上述基因.用Rat Genome2302.0芯片检测它们在大鼠肝再生(liver regeneration,LR)中... 肌细胞是组织器官的重要组成部分。为在基因转录水平了解肌细胞分化相关基因在大鼠肝再生中的作用,本文用搜集网站资料和查阅相关论文等方法获得上述基因.用Rat Genome2302.0芯片检测它们在大鼠肝再生(liver regeneration,LR)中表达情况,用比较真、假手术基因表达的差异性方法确定肝再生相关基因。初步证实上述基因中52个基因与肝再生相关。根据肝再生中基因表达的时间相关性将上述基因聚合为0.5-1h;2—12h;16、30、42、96h;18—24、36、48—60h;66—72、120-168h等5类,表达上调和下调的基因数分别为8和10,24和8,21和24,53和64,28和36。它们表达的相似性分为均上调、上调占优势、均下调、下调占优势、上调和下调次数相近等5类,涉及15、10、17、7和3个基因,共上调表达143次、下调136次,分为8类表达方式。表明肌细胞分化相关基因表达变化多样和复杂。根据上述结果推测,肝再生中成肌细胞和平滑肌细胞分化增强:骨骼肌和心肌细胞分化相关基因参与肝再生的生理生化活动。 展开更多
关键词 部分肝切除 Rat GENOME 230 2.0芯片 肌细胞分化 肝再生相关基因
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软骨细胞发生和分化基因与大鼠肝再生的相关性 预览
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作者 赵利峰 李鹏鸽 徐存拴 《河南科学》 2007年第4期 571-577,共7页
肝脏由多种细胞构成,肝再生与细胞分化密切相关,细胞分化受基因转录水平调控.为在基因转录水平了解软骨细胞的发生和分化相关基因在大鼠肝再生中作用,通过搜集网站资料和查阅相关论文等方法获得参与软骨细胞发生和分化的基因,用Rat Geno... 肝脏由多种细胞构成,肝再生与细胞分化密切相关,细胞分化受基因转录水平调控.为在基因转录水平了解软骨细胞的发生和分化相关基因在大鼠肝再生中作用,通过搜集网站资料和查阅相关论文等方法获得参与软骨细胞发生和分化的基因,用Rat Genome 230 2.0芯片检测它们在大鼠肝再生(liver regeneration,LR)中表达情况,用比较真、假手术中基因表达差异确定肝再生相关基因.初步证实上述基因中23个基因与肝再生相关.肝再生启动(PH后0.5~4 h)、G0/G1过渡(PH后4~6 h)、细胞增殖(PH后6~66 h)、细胞分化和组织结构功能重建(PH后72~168 h)等四个阶段起始表达的基因数为15、4、8和0;基因的总表达次数为15、10、22和17.表明相关基因主要在肝再生启动阶段起始表达,在不同阶段发挥作用.它们共表达上调100次、下调77次,分为17种表达方式,表明肝再生中软骨细胞发生和分化相关基因活动多样和复杂.根据本文研究结果推测,上述基因不仅调节软骨细胞发生和分化,而且参与肝再生的生理生化活动. 展开更多
关键词 部分肝切除 RAT GENOME 230 2.0芯片 软骨细胞发生和分化 鼠肝再生相关基因
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脂肪细胞分化相关基因在大鼠再生肝中表达变化 预览
18
作者 赵利峰 邵恒熠 徐存拴 《分子细胞生物学报》 CSCD 北大核心 2007年第3期 224-232,共9页
肝脏由多种细胞构成,肝再生与细胞分化密切相关,细胞分化受基因转录水平调控。为在基因转录水平了解脂肪细胞分化基因在大鼠肝再生中作用,本文用搜集网站资料和查阅相关论文等方法获得上述基因,用Rat Genome2302.0芯片检测它们在... 肝脏由多种细胞构成,肝再生与细胞分化密切相关,细胞分化受基因转录水平调控。为在基因转录水平了解脂肪细胞分化基因在大鼠肝再生中作用,本文用搜集网站资料和查阅相关论文等方法获得上述基因,用Rat Genome2302.0芯片检测它们在大鼠肝再生(liver regeneration,LR)中表达情况,将三次检验结果相同或相似、在肝再生中表达变化2倍以上、真手术组和假手术组相比差异显著的基因视为肝再生相关基因。初步证实上述基因中75个基因与肝再生相关。肝再生启动(PH后0.5-4h)、G0/G1.过渡(PH后4—6h)、细胞增殖(PH后6—66h)、细胞分化和组织结构功能重建(PH后72—168h)等四个阶段起始表达的基因数为44、13、30和1;基因的总表达次数为88、58、302和90。表明相关基因主要在肝再生启动阶段起始表达,在不同阶段发挥作用。它们共表达上调313次、下调167次,分为43种表达方式。表明肝再生中脂肪细胞发生和分化相关基因活动多样和复杂。根据本文研究结果推测,上述基因不仅调节脂肪细胞分化.而且参与肝再生的生理生化活动。 展开更多
关键词 部分肝切除 Rat GENOME 230 2.0芯片 脂肪细胞分化 肝再生相关基因
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肝再生增强因子联合肝细胞脾内移植治疗急性肝衰的实验研究 预览 被引量:1
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作者 陈曜 袁刚 +1 位作者 孙航 刘杞 《重庆医科大学学报》 CAS CSCD 2007年第5期 474-479,共6页
目的:探讨应用rALR与新生大鼠肝细胞脾内移植联合治疗大鼠急性肝衰竭的疗效。方法:采用D-gal诱导大鼠急性肝衰竭模型,36h后随机分为6组:(Ⅰ组:造模对照组;Ⅱ/组:脾脏注射生理盐水1ml,腹腔注射生理盐水1ml/d;Ⅲ组:脾脏注射rA... 目的:探讨应用rALR与新生大鼠肝细胞脾内移植联合治疗大鼠急性肝衰竭的疗效。方法:采用D-gal诱导大鼠急性肝衰竭模型,36h后随机分为6组:(Ⅰ组:造模对照组;Ⅱ/组:脾脏注射生理盐水1ml,腹腔注射生理盐水1ml/d;Ⅲ组:脾脏注射rALR1ml(50μg/(kg·d)),腹腔注射rALR1ml(50μg/(kg·d));Ⅳ:脾脏移植2×10^7新生大鼠肝细胞,腹腔注射生理盐水1ml/d;Ⅴ组:脾脏移植2×10^7新生大鼠肝细胞,腹腔注射rALR1ml;Ⅵ组:脾脏移植2×10^7新生大鼠肝细胞,腹腔注射CsA1ml(10mg/(kg·d))。比较各组生存率。术后第1、5天、14天获取肝组织,观察病理变化。术后第1、2、5、12天采血,检测肝功能指标。结果:Ⅱ组存活时间与Ⅰ组比较无差异。Ⅲ组最长存活时间为118h,肝脏病理及肝功能改变情况基本同Ⅰ组和Ⅱ组。Ⅳ组有部分长期存活,2周生存率为33.3%。V组两周存活率显著高于Ⅳ(75%对33.3%,P〈0.02),Ⅵ组和Ⅳ组2周存活率比较无显著性差异(P〉0.05)。肝功能及病理情况在Ⅳ、V、Ⅵ组有明显改善,尤以V组最为显著。)结论:应用rALR联合新生大鼠肝细胞移植能有效治疗大鼠急性肝衰竭,改善D—gal诱导的肝衰竭大鼠的存活率,促进肝功能恢复及改善肝脏病理状况。 展开更多
关键词 急性肝衰竭 肝再生增强因子 新生大鼠肝细胞移植
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大鼠肝再生增强因子编码区的cDNA克隆和原核表达 预览 被引量:3
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作者 马华锋 刘杞 《重庆医科大学学报》 CAS CSCD 2002年第1期 9-11,共3页
目的:克隆大鼠肝再生增强因子(ALR)编码区cDNA并进行原核表达.方法:提取新生大鼠肝脏总RNA为模板,以寡聚dT为引物逆转录合成第一链cDNA,再以我们设计的PCR引物进行PCR扩增获取大鼠肝再生增强因子编码区双链cDNA;以基因重组技术构建大鼠... 目的:克隆大鼠肝再生增强因子(ALR)编码区cDNA并进行原核表达.方法:提取新生大鼠肝脏总RNA为模板,以寡聚dT为引物逆转录合成第一链cDNA,再以我们设计的PCR引物进行PCR扩增获取大鼠肝再生增强因子编码区双链cDNA;以基因重组技术构建大鼠ALR的原核表达质粒,然后将重组表达质粒转化至大肠杆菌内以IPTG诱导表达.结果:成功克隆出大鼠肝再生增强因子编码区cDNA,其序列与以前报道的完全一致;构建的大鼠ALR原核表达重组质粒在大肠杆菌内高效表达rALR融合蛋白,其表达量占菌体蛋白30%.结论:大鼠肝再生增强因子编码区cDNA的克隆及其在大肠杆菌的高效表达为ALR的深入研究奠定了基础. 展开更多
关键词 大鼠 肝再生增强因子 CDNA克隆 基因表达
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