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状态序列的统计分析方法及其应用 预览
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作者 王殿玺 《统计与信息论坛》 CSSCI 北大核心 2019年第4期12-18,共7页
序列分析方法是识别和挖掘随时间或年龄变化的状态序列的统计分析工具,基本思路是:首先利用回顾性数据资料构建状态序列,而后通过最优匹配方法计算不同个体状态序列的距离矩阵,同时可以运用熵指数测量状态转换的频度以捕捉状态序列的内... 序列分析方法是识别和挖掘随时间或年龄变化的状态序列的统计分析工具,基本思路是:首先利用回顾性数据资料构建状态序列,而后通过最优匹配方法计算不同个体状态序列的距离矩阵,同时可以运用熵指数测量状态转换的频度以捕捉状态序列的内在复杂性,然后以计算得到的成对距离矩阵为基础运用聚类分析方法形成状态序列的不同类型,聚类分析后得到的状态序列类型亦可以作为事后多元统计分析的基础。序列分析方法具有三项基本功能:利用系列指标描述状态序列的年龄分布与状态序列的轨迹变化形态、综合测度状态序列、识别状态序列轨迹的不同类型。 展开更多
关键词 序列分析 状态序列 最优匹配 聚类分析
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H9N2亚型AIV聊城分离株聚合酶基因的序列测定与分析
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作者 王凯莉 司振书 +3 位作者 段文君 殷国政 伊立超 张念琦 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第9期81-84,共4页
为了解H9N2亚型禽流感病毒(AIV)的遗传演化规律,试验对2014—2016年从山东省聊城地区分离的4株H9N2亚型AIV测序毒株的聚合酶基因——PB1、PB2、PA基因进行PCR扩增和序列测定,然后绘制基因进化树,并对PB2蛋白氨基酸关键位点进行分析。结... 为了解H9N2亚型禽流感病毒(AIV)的遗传演化规律,试验对2014—2016年从山东省聊城地区分离的4株H9N2亚型AIV测序毒株的聚合酶基因——PB1、PB2、PA基因进行PCR扩增和序列测定,然后绘制基因进化树,并对PB2蛋白氨基酸关键位点进行分析。结果表明:4株测序毒株的PB2、PB1和PA 3个基因扩增的片段大小分别为1 237,1 200, 1 487 bp;4株测序毒株的PB1和PA基因均属于F/98分支,PB2基因属于DK1分支,所有测序株PB2蛋白上627,701, 714位点分别为甘氨酸、天门冬氨酸和丝氨酸。说明这几年山东省聊城地区鸡群中流行的H9N2亚型AIV的PB1和PA基因较为保守,稳定遗传,PB2基因则易发生重排,测序毒株可能不具有对小鼠等哺乳动物的高致病性特征。 展开更多
关键词 H9N2亚型 禽流感病毒 聚合酶基因 遗传演化 序列测定 序列分析
豇豆轻斑驳病毒海南分离物全基因组序列测定及分子特征 预览
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作者 杨晓 张宇 +7 位作者 陈莎 李桑桑 龚一诺 张卓 鲁清华 胡荣 刘勇 张德咏 《中国蔬菜》 北大核心 2019年第6期35-38,共4页
从海南采集疑似感染豇豆轻斑驳病毒(Cowpea mild mottle virus,CpMMV)的豇豆病叶,采用RT-PCR 结合测序获得其全基因组序列,CpMMV海南分离物(KY420906)基因组全长8 193bp,与其他CpMMV 分离物的同源性为63.00%~83.22%。系统发育分析结果表... 从海南采集疑似感染豇豆轻斑驳病毒(Cowpea mild mottle virus,CpMMV)的豇豆病叶,采用RT-PCR 结合测序获得其全基因组序列,CpMMV海南分离物(KY420906)基因组全长8 193bp,与其他CpMMV 分离物的同源性为63.00%~83.22%。系统发育分析结果表明,CpMMV海南分离物单独聚为一个亚簇;重组分析结果表明,CpMMV 基因组有一个重组事件,断点为3212~3592 bp。 展开更多
关键词 豇豆轻斑驳病毒 豇豆 基因组序列 序列分析
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平邑甜茶生长素响应因子MhARF2基因克隆与表达分析
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作者 姜倩倩 曹慧 +1 位作者 张保仁 张慧玲 《植物生理学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期194-202,共9页
采用RT-PCR技术克隆得到平邑甜茶(Malus hupehensis)生长素响应因子基因MhARF2,该基因开放阅读框(ORF)2 532 bp,编码843个氨基酸残基。基因结构分析表明,MhARF2包含13个内含子和14个外显子;进化分析表明,MhARF2属于ARF2成员,与苹果(Malu... 采用RT-PCR技术克隆得到平邑甜茶(Malus hupehensis)生长素响应因子基因MhARF2,该基因开放阅读框(ORF)2 532 bp,编码843个氨基酸残基。基因结构分析表明,MhARF2包含13个内含子和14个外显子;进化分析表明,MhARF2属于ARF2成员,与苹果(Malus domestica)、白梨(Pyrus bretschneideri)、甜樱桃(Prunus avium)ARF2具有较高的同源性;MhARF2含有ARF家族特有的B3 DNA结合域、CTD结构域和Auxin-resp结构域;MhARF2定位于细胞核;MhARF2启动子区域含有光响应元件、生长素应答元件和MeJA响应元件、ABA响应元件等多个顺式作用元件。qRT-PCR结果表明,MhARF2在平邑甜茶叶、根、茎、花和果实中均表达,其中叶片中表达水平最高,根次之。30 mg·L-1 IAA处理下,MhARF2在根中的转录水平受到诱导,6 h时最高;在100mmol·L-1NaCl和200 mmol·L-1甘露醇处理下,根系中MhARF2转录水平均随胁迫时间的延长先上升后降低,这说明MhARF2可能参与调控平邑甜茶生长素信号转导以及渗透胁迫响应的过程。 展开更多
关键词 平邑甜茶 MhARF2 基因克隆 序列分析 表达分析
水芹咖啡酰辅酶A-O-甲基转移酶基因的克隆与表达特性分析 预览
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作者 朱胜琪 徐德宝 +4 位作者 王永鑫 冯凯 刘洁霞 仇亮 熊爱生 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期51-58,共8页
[目的]本文旨在研究水芹咖啡酰辅酶A-O-甲基转移酶基因(OjCCoAOMT)的序列及其表达特性,了解该基因在水芹木质素代谢中的作用。[方法]利用RT-PCR技术从水芹中克隆OjCCoAOMT基因,用生物信息学方法对获得的序列进行分析,并利用实时荧光定量... [目的]本文旨在研究水芹咖啡酰辅酶A-O-甲基转移酶基因(OjCCoAOMT)的序列及其表达特性,了解该基因在水芹木质素代谢中的作用。[方法]利用RT-PCR技术从水芹中克隆OjCCoAOMT基因,用生物信息学方法对获得的序列进行分析,并利用实时荧光定量PCR技术研究该基因在水芹不同组织以及不同贮藏条件下的表达。[结果]序列分析结果表明:OjCCoAOMT基因包含1个长度为726bp的开放阅读框(ORF),编码241个氨基酸,蛋白相对分子质量为27.111×10^3,理论等电点为5.38。OjCCoAOMT蛋白属于疏水性蛋白,无序化比例为12.45%,空间结构主要由8个α-螺旋和7个β-折叠组成。多重比对与系统树分析结果表明:OjCCoAOMT蛋白与同科植物欧芹的进化关系最近。实时荧光定量PCR显示,在‘八卦洲水芹’和‘南选八卦洲紫水芹’的叶片及叶柄中OjCCoAOMT基因的表达量差异显著。在室温(25℃)、低温(4℃)和室温黑暗(25℃)3种贮藏条件下OjCCoAOMT基因表达量差异较大,低温(4℃)下表达量最高。2个品种的基因表达量也具有显著差异。[结论]OjCCoAOMT蛋白有较高的保守性。OjCCoAOMT基因在水芹中的表达具有明显的组织特异性和材料差异性,同时在低温(4℃)条件下表达量最高。 展开更多
关键词 水芹 OjCCoAOMT基因 序列分析 多重比对 表达分析
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沈阳地区1株猪流行性腹泻病毒S1基因序列测定与分析 预览
6
作者 王宏燕 《现代畜牧兽医》 2019年第4期6-11,共6页
利用PEDV的S1基因的特异性引物,克隆了沈阳地区1株PEDV流行毒株(LNSY-2017)的S1基因,并通过S1基因序列比对,分析了此病毒株与其他相关毒株的亲缘关系。结果显示:LNSY-2017株S1基因(2 372 bp)与我国疫苗株CV777(2 364 bp)相比,存在16个... 利用PEDV的S1基因的特异性引物,克隆了沈阳地区1株PEDV流行毒株(LNSY-2017)的S1基因,并通过S1基因序列比对,分析了此病毒株与其他相关毒株的亲缘关系。结果显示:LNSY-2017株S1基因(2 372 bp)与我国疫苗株CV777(2 364 bp)相比,存在16个核苷酸的插入和8个核苷酸的缺失,导致推导的氨基酸序列存在6个氨基酸的插入(56G、59QGVN62和69G)和6个氨基酸的缺失(73N、157FA158、380YL381和521G),且在2个主要中和抗体表位(aa499~637和aa763~770)有11处氨基酸的突变。遗传进化分析结果显示,LNSY-2017与主要的疫苗株同源性较低(91.4%~92.5%),而与2012年韩国毒株、美国2013年毒株以及中国近年来流行毒株同源性最高(97.0%~98.7%),属于基因G2b型。结果表明,沈阳地区的PEDV流行株已经发生很大变异,因此很有必要加强对PEDV变异的监测。 展开更多
关键词 猪流行性腹泻病毒 S1基因 序列分析 遗传进化分析
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偏肿革裥菌系统发育与Lg-mnp2和Lg-mnp3基因克隆及结构特征 预览
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作者 池玉杰 闫洪波 吴书景 《东北林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期64-69,87共7页
白腐菌偏肿革裥菌Lenzites gibbosa能分泌降解木质素的锰过氧化物酶(MnPs),为进一步鉴定试验菌株,对菌株L.gibbosa CB1进行了ITS序列(GenBank登录号为JF279440)扩增与测序,并进行了基于ITS序列的比对与系统发育分析,结果表明CB1与桦革裥... 白腐菌偏肿革裥菌Lenzites gibbosa能分泌降解木质素的锰过氧化物酶(MnPs),为进一步鉴定试验菌株,对菌株L.gibbosa CB1进行了ITS序列(GenBank登录号为JF279440)扩增与测序,并进行了基于ITS序列的比对与系统发育分析,结果表明CB1与桦革裥菌L.betulina和栓菌属Trametes等相关白腐菌的亲缘关系较近而聚类在一起,并与24个同种其他菌株的ITS序列覆盖度在85%~97%期间内的相似性都为99%,说明该菌株为偏肿革裥菌。为了获得该菌株多个编码MnP家族的基因,从而为研究MnP基因的表达调控奠定序列结构的基础,根据已知白腐菌MnPs基因保守区和已经扩增出的基因片段设计引物,以L.gibbosa CB1的基因组DNA和总RNA为模板,采用PCR、RT-PCR、RACE及染色体步移等方法,克隆到该菌株编码MnP2和MnP3的全长cDNA和DNA基因(GenBank登录号分别为JQ388597、JN571114;JQ411249、JN571116),分别命名为Lg-mnp2和Lg-mnp3。2个基因DNA全长分别为2 869、3 992 bp,都含有6个外显子和5个内含子;其启动子区域都含有TATA-Box、CAAT-Box、AP2、MRE等顺式作用元件,Lg-mnp2还含有AP1,Lg-mnp3还含有HSE;其cDNA基因分别含有50、52 bp的5′UTR,150、249 bp的3′UTR和1098、1 101 bp的完整开放阅读框ORF,分别编码了365、366个氨基酸的蛋白质多肽前体(GenBank登录号分别为AFC37493、AFC37494),成熟的Lg-mnp2蛋白含有339个氨基酸,比Lg-MnP1蛋白(GenBank登录号为ACO92620)多1个氨基酸;成熟的Lg-mnp3蛋白含有340个氨基酸,比Lg-MnP2蛋白多1个氨基酸。 展开更多
关键词 偏肿革裥菌 系统发育 锰过氧化物酶 基因克隆 序列分析
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棉花两个14-3-3基因的克隆和表达分析
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作者 甄军波 刘迪 +3 位作者 宋世佳 蔡肖 刘琳琳 迟吉娜 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期1422-1429,共8页
14-3-3蛋白是真核生物中一类高度保守的调控蛋白,其在植物生长发育、代谢调控、信号转导以及逆境胁迫应答中发挥着非常重要的作用。本研究从棉花纤维均一化cDNA文库中分离得到2个14-3-3基因,分别命名为Gh14-3-3i和Gh14-3-3j。Gh14-3-3i... 14-3-3蛋白是真核生物中一类高度保守的调控蛋白,其在植物生长发育、代谢调控、信号转导以及逆境胁迫应答中发挥着非常重要的作用。本研究从棉花纤维均一化cDNA文库中分离得到2个14-3-3基因,分别命名为Gh14-3-3i和Gh14-3-3j。Gh14-3-3i开放阅读框全长789 bp,编码262个氨基酸,Gh14-3-3j开放阅读框全长786 bp,编码261个氨基酸,这2个基因均具有高度保守的14-3-3家族蛋白基序,荧光定量PCR表明,Gh14-3-3i和Gh14-3-3j在棉花纤维、根、茎和叶片中均有表达,并且受到高盐、PEG、ABA等非生物胁迫的诱导表达,本研究可为进一步研究14-3-3蛋白在棉花中的功能提供理论依据。 展开更多
关键词 棉花 14-3-3 序列分析 表达分析
菜粉蝶HSP20基因的克隆及温度胁迫下表达分析 预览
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作者 袁远 张连根 +4 位作者 高熹 吴国星 张慧 龙华 朱家位 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期286-291,共6页
【目的】克隆分析菜粉蝶(Pieris rapae)热激蛋白20基因(HSP20),并检测其在温度胁迫下的表达情况,为探析菜粉蝶适应温度胁迫机制提供参考。【方法】以菜粉蝶为试验材料,采用RT-PCR和RACE克隆获得菜粉蝶HSP20基因cDNA全长,并通过生物学软... 【目的】克隆分析菜粉蝶(Pieris rapae)热激蛋白20基因(HSP20),并检测其在温度胁迫下的表达情况,为探析菜粉蝶适应温度胁迫机制提供参考。【方法】以菜粉蝶为试验材料,采用RT-PCR和RACE克隆获得菜粉蝶HSP20基因cDNA全长,并通过生物学软件分析其序列,明确其基因结构特征和亲缘关系;采用实时荧光定量PCR检测菜粉蝶HSP20基因在低温(-20~0℃)和高温(5~45℃)胁迫下的表达响应。【结果】菜粉蝶HSP20基因全长725bp,5'-端非编码区105bp,3'-端非编码区109bp,开放阅读框531bp,编码176个氨基酸,预测蛋白分子量19.5kD,理论等电点6.61;其编码氨基酸序列中含有1个典型的HSP20家族结构域(位于第60~142位氨基酸)、1个α-晶体蛋白(位于第60~157位氨基酸)和1个Allatoallatostatin(位于第14~24位氨基酸);基序列相似度分析其与二化螟、家蚕和甘蓝夜蛾HSP20蛋白氨基酸相似度较高并聚为一族。该基因随环境温度的升高或降低发生变化,在-5和40℃诱发该基因高效表达。【结论】低温和高温均能诱导菜粉蝶HSP20基因高效表达。 展开更多
关键词 菜粉蝶 热激蛋白 HSP20 基因克隆 序列分析 温度胁迫 表达分析
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基于线粒体COⅡ基因和D-loop区序列对江西安南光唇鱼(Acrossocheilus)物种鉴定及系统发育位置分析 预览
10
作者 薛艳洁 潘娜 李明云 《生物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期25-28,共4页
以采自江西赣州安南的野生鱼为实验材料,分别设计引物扩增其线粒体DNACOⅡ和D-loop序列并进行序列比对分析,经扩增得到的COⅡ序列全长为691bp,D-loop序列的全长为937~944bp,其中COⅡ序列中A、T、G、C的平均占比分别为31.00%、25.80%、15... 以采自江西赣州安南的野生鱼为实验材料,分别设计引物扩增其线粒体DNACOⅡ和D-loop序列并进行序列比对分析,经扩增得到的COⅡ序列全长为691bp,D-loop序列的全长为937~944bp,其中COⅡ序列中A、T、G、C的平均占比分别为31.00%、25.80%、15.30%和27.90%,而D-loop序列的占比则分别为35.60%、32.30%、12.00%和20.00%,两序列都是A+T含量高于G+C,G的含量在4种碱基中最低。COⅡ序列中仅存在6个碱基位点的转换,D-loop则有多个碱基位点存在转换、颠换、缺失或插入,群体内遗传距离分别为0.0075、0.0050。用最大似然法构建的COⅡ和D-loop系统发育树显示赣州安南光唇鱼与半刺光唇鱼(Acrossocheilus hemispinus)亲缘性最近,序列相似性分别为98.70%、98.69%,遗传距离最近分别为0.0130、0.0260,未达到种间分化的水平(0.05)。2个序列分析结果一致,结合外部形态特征观察,可以断定赣州安南光唇鱼与半刺光唇鱼为同一种,研究为江西赣州安南光唇鱼的资源利用提供了资料。 展开更多
关键词 光唇鱼 形态特征 COⅡ D-LOOP 序列分析 系统发育分析
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一株致病性粪肠球菌的分离与鉴定 预览
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作者 范辉 《福建畜牧兽医》 2019年第3期13-15,共3页
从1羽发病雏鸡中分离到1株溶血性革兰氏阳性球菌。初步分离鉴定后经攻毒试验能够造成小白鼠和雏鸡死亡,具有致病性。药敏试验表明,该菌对多种药物均表现耐药性,仅对庆大霉素、青霉素、氧氟沙星敏感。通过BLAST软件分析该菌株的16S rRNA... 从1羽发病雏鸡中分离到1株溶血性革兰氏阳性球菌。初步分离鉴定后经攻毒试验能够造成小白鼠和雏鸡死亡,具有致病性。药敏试验表明,该菌对多种药物均表现耐药性,仅对庆大霉素、青霉素、氧氟沙星敏感。通过BLAST软件分析该菌株的16S rRNA序列,确定该致病性细菌为粪肠球菌。 展开更多
关键词 致病性 粪肠球菌 16S RRNA 序列分析
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实验用西藏小型猪CYP3A基因的克隆及序列分析
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作者 卢康荣 白静 +3 位作者 张嘉宁 顾为望 黄黎珍 王万山 《现代生物医学进展》 CAS 2019年第7期1218-1221,共4页
目的:克隆西藏小型猪CYP3A基因并与人及其它小型猪品种进行序列比对分析。方法:根据Genebank数据库设计引物,取西藏小型猪新鲜肝脏组织,Trizol法提取肝脏总RNA,应用RT-PCR反转获得肝脏cDNA。分别扩增基因CYP3A46、CYP3A22、CYP3A29及CYP... 目的:克隆西藏小型猪CYP3A基因并与人及其它小型猪品种进行序列比对分析。方法:根据Genebank数据库设计引物,取西藏小型猪新鲜肝脏组织,Trizol法提取肝脏总RNA,应用RT-PCR反转获得肝脏cDNA。分别扩增基因CYP3A46、CYP3A22、CYP3A29及CYP3A39,PCR片段回收后分别连接pMD-18T载体,获得重组质粒pT-CYP3A,阳性重组克隆送测序。采用NCBI Blast及vector NTI软件进行序列比对分析。结果:CYP3A46、CYP3A22、CYP3A29及CYP3A39基因编码序列全长1512 bp,编码503个氨基酸,与人CYP3A4相同。其中CYP3A22和CYP3A39与NCBI记录巴马小型猪序列相同;CYP3A46与巴马小型猪CYP3A46(NM001134824.1)有6个位点碱基不同。CYP3A29与巴马小型猪CYP3A46(EU918131.1)亦有6个位点碱基不同。对来自2个母本后代猪的基因经过PCR扩增后测序发现CYP3A46、CYP3A29序列完全一致。结论:成功克隆西藏小型猪CYP3A的4个基因,其中CYP3A46与人CYP3A4的序列相似性最高。所得CYP3A46与CYP3A29序列可能为西藏小型猪独有。 展开更多
关键词 细胞色素P450酶 西藏小型猪 克隆 序列分析
桂花β-胡萝卜素羟化酶基因的克隆与序列分析 预览
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作者 程楠 项黛徽 +2 位作者 沈雅园 付建新 张超 《河南农业科学》 北大核心 2019年第1期99-104,共6页
为揭示桂花不同品种β-胡萝卜素羟化酶(β-carotene hydroxylase,HYB)基因的序列差异,利用已构建的桂花花瓣转录组数据库中Unigene序列信息,结合RT-PCR技术对桂花品种玉玲珑、金球桂、堰虹桂和日香桂中2个β-胡萝卜素羟化酶基因(HYB1和H... 为揭示桂花不同品种β-胡萝卜素羟化酶(β-carotene hydroxylase,HYB)基因的序列差异,利用已构建的桂花花瓣转录组数据库中Unigene序列信息,结合RT-PCR技术对桂花品种玉玲珑、金球桂、堰虹桂和日香桂中2个β-胡萝卜素羟化酶基因(HYB1和HYB2)的最大阅读框进行扩增,并测序验证。生物信息学分析结果表明,4个桂花品种HYB 1基因均含有长为909bp的开放阅读框,编码302个氨基酸残基;HYB 2基因均含有长为915bp的开放阅读框,编码304个氨基酸残基。4个桂花品种HYB1和HYB2推导的氨基酸序列均具备保守的组氨酸结构域。HYB1基因核苷酸序列存在27个变异位点,其氨基酸序列存在8个变异位点;HYB2基因核苷酸序列存在12个变异位点,其氨基酸序列存在3个变异位点。进化树分析结果发现,4个桂花品种的HYB1和HYB2蛋白与茄科植物番茄和辣椒HYB蛋白亲缘性最高。 展开更多
关键词 桂花 花色 Β-胡萝卜素羟化酶 克隆 序列分析
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1株猪圆环病毒3型全基因组克隆与序列分析 预览
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作者 胡胜云 刘鑫宇 +3 位作者 柳迦鹏 王阳 石玉佩 周双海 《北京农学院学报》 2019年第1期66-69,共4页
【目的】克隆获得1株猪圆环病毒3型(PCV3)全基因组序列并进行序列分析.【方法】以PCV3阳性临床样品为模板,用PCR技术扩增PCV3全基因组片段,随后进行克隆、序列测定与分析.【结果】扩增出1株PCV3全基因组片段,序列测定结果显示,这株PCV3... 【目的】克隆获得1株猪圆环病毒3型(PCV3)全基因组序列并进行序列分析.【方法】以PCV3阳性临床样品为模板,用PCR技术扩增PCV3全基因组片段,随后进行克隆、序列测定与分析.【结果】扩增出1株PCV3全基因组片段,序列测定结果显示,这株PCV3全基因组大小为2000bp,与其他国内外14株PCV3的核苷酸同源性均达98.6%以上,表明获得1株PCV3全基因组序列,且不同PCV3之间的全基因组核苷酸有非常高的同源性.PCV3与PCV1、PCV2之间的全基因组核苷酸同源性都低于50%.系统发育显示,3种PCV分别处于明显不同的分支,表明各自属于不同的基因型.【结论】获得1株PCV3全基因组序列,其与其他PCV3毒株之间的核苷酸同源性很高. 展开更多
关键词 猪圆环病毒3型 全基因组 基因克隆 序列分析
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雏番鸭细小病毒和传染性法氏囊病病毒混合感染的检测
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作者 王威威 石梦雅 +6 位作者 张远琴 梁竞臻 陈果 赵增志 黄宇 何秀苗 韦平 《畜牧与兽医》 北大核心 2019年第4期74-78,共5页
2017年12月,广西某番鸭养殖场的鸭群出现生长缓慢,临床表现软脚,拉白色粪便的腹泻并伴有一定的神经症状等;剖检可见肝脏肿大出血、腹腔有纤维素性渗出物、肠黏膜有不同程度的充血,法氏囊萎缩等病变;于20日龄开始发病,30日龄送检时发病率... 2017年12月,广西某番鸭养殖场的鸭群出现生长缓慢,临床表现软脚,拉白色粪便的腹泻并伴有一定的神经症状等;剖检可见肝脏肿大出血、腹腔有纤维素性渗出物、肠黏膜有不同程度的充血,法氏囊萎缩等病变;于20日龄开始发病,30日龄送检时发病率20%、死亡率10%。无菌取番鸭的病变组织,分别进行番鸭细小病毒(MDPV)和传染性法氏囊病病毒(IBDV)的核酸特异性检测,结果均呈阳性,并成功分离到一株番鸭细小病毒(命名为MDPV GX1712)和一株传染性法氏囊病病毒(命名为GL1712);基因序列分析结果显示,分离株GX1712与GX5、P 1988、 SAASSHNH等MDPV参考株的亲缘性最近,相似性高达98.5%~99.1%,在进化树中处同一个分支,并且与疫苗株FZ91-30亲缘性相距较远,表明该分离株为MDPV野毒株;基于VP1-b序列分析IBDV分离株GL1712与中国新型超强毒株HLJ0504同属HLJ0504-like cluster,而基于vVP2序列则与中等偏强毒力参考株同属C2-intermediate IBDV genotype,为基因重排毒株。根据发病日龄、临床症状、病理剖检和实验室诊断,确诊该临床发病番鸭群混合感染了番鸭细小病毒和传染性法氏囊病病毒。 展开更多
关键词 雏番鸭 番鸭细小病毒 传染性法氏囊病病毒 混合感染 序列分析
高活性纤溶酶菌株筛选与基因克隆表达 预览
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作者 王志会 谢和 《山地农业生物学报》 2019年第2期1-7,共7页
本研究以本实验室曾在酒曲、酒糟、窖泥等样品中分离的具有酱香味的13株菌株作为出发菌株,经脱脂奶粉平板、纤维蛋白双层平板筛选出纤溶酶活性最高的菌株GZHZ V-8 ,结合形态学特征、生理生化特征及16S rDNA序列同源性分析,GZHZ V-8 菌... 本研究以本实验室曾在酒曲、酒糟、窖泥等样品中分离的具有酱香味的13株菌株作为出发菌株,经脱脂奶粉平板、纤维蛋白双层平板筛选出纤溶酶活性最高的菌株GZHZ V-8 ,结合形态学特征、生理生化特征及16S rDNA序列同源性分析,GZHZ V-8 菌株为解淀粉芽孢杆菌( Bacillus amyloliquefaciens )。以GZHZ V-8 菌株总DNA为模板扩增出纤溶酶基因的编码区,与pMD18-T载体连接、转化至大肠杆菌( Escherichia coli ) DH5α,分析表明纤溶酶基因开放阅读框包含1092 bp碱基,编码363个氨基酸。纤溶酶基因与表达载体pET-22b(+)连接转化至 E.coli BL21中表达,表达菌株经IPTG诱导表达分泌活性纤溶酶,培养后测得发酵上清液、菌体细胞破碎上清液和菌体细胞破碎沉淀的纤溶酶活力分别为613.26 IU/mL、407.38 IU/mL、993.12 IU/mL。 展开更多
关键词 纤溶酶 基因克隆 序列分析 表达
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流行性出血病病毒(EHDV)血清7型毒株在中国的首次分离与鉴定 预览
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作者 杨振兴 孟锦昕 +6 位作者 肖雷 朱建波 廖德芳 高林 李占鸿 杨恒 李华春 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期602-610,共9页
流行性出血病(EHD)是由流行性出血病病毒(EHDV)感染反刍动物引起的一种虫媒病毒病,为了解中国云南EHDV的感染情况和病毒遗传特征,笔者课题组在云南省师宗县以EHDV血清学和核酸阴性的牛、羊为哨兵动物,拟对流行于云南省的EHDV进行分离与... 流行性出血病(EHD)是由流行性出血病病毒(EHDV)感染反刍动物引起的一种虫媒病毒病,为了解中国云南EHDV的感染情况和病毒遗传特征,笔者课题组在云南省师宗县以EHDV血清学和核酸阴性的牛、羊为哨兵动物,拟对流行于云南省的EHDV进行分离与鉴定。将采集于哨兵动物的EHDV核酸阳性血液接种BHK-21细胞进行病毒分离;通过血清中和试验与病毒Seg-2、Seg-3ORF区的序列分析,确定病毒的血清型与遗传特征;采用C-ELISA和qRT-PCR方法对EHDV感染动物血液中的抗体水平与病毒核酸进行监测。结果如下:从2013年8月采集自云南师宗县哨兵牛的血样中分离出一株EHDV(毒株号YNSZ/V269/2013),血清中和试验结果表明分离的病毒为血清型7型(EHDV-7);Seg-2、Seg-3序列分析表明分离的病毒属EHDV-7Eastern型,与日本毒株和澳大利亚EHDV-7型毒株具有最近的亲缘关系。哨兵动物病毒核酸转阳后,血清抗体迅速上升,3周后达最高点并能在该水平持续较长时间,而病毒核酸含量却迅速下降,7周后已经检测不到。本研究首次报道了EHDV-7型毒株在中国的分离、毒株序列特征以及在动物上的感染特性。研究结果可为进一步开展中国EHDV-7型病毒的全基因组测序、流行病学调查、诊断方法的建立和致病性等相关研究提供基础。 展开更多
关键词 流行性出血病病毒 病毒分离鉴定 血清型 序列分析
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两株猪伪狂犬病病毒变异株的分离鉴定及gB、gC和gE基因的分子特征分析 预览
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作者 李翔 郭振华 +3 位作者 阮海宇 乔松林 张以芳 张改平 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第3期881-890,共10页
为探明近年来河南省猪伪狂犬病病毒(PRV)的遗传变异情况,本研究于2017年采集河南漯河和中牟地区疑似伪狂犬病发病养殖场送检的脑组织病料,通过细胞盲传、噬斑纯化、间接免疫荧光试验、Western blotting和透射电镜技术进行病毒分离鉴定。... 为探明近年来河南省猪伪狂犬病病毒(PRV)的遗传变异情况,本研究于2017年采集河南漯河和中牟地区疑似伪狂犬病发病养殖场送检的脑组织病料,通过细胞盲传、噬斑纯化、间接免疫荧光试验、Western blotting和透射电镜技术进行病毒分离鉴定。TCID50法测定分离毒株的病毒滴度、生长曲线,通过小鼠感染试验测定分离毒株对小鼠的致死性。对gB、gC和gE基因进行PCR扩增、测序,并与参考毒株序列进行比对分析。结果显示,对PCR鉴定阳性的病料在PK-15细胞盲传后,两份病料在6代内均出现细胞病变,通过间接免疫荧光试验、噬斑纯化和透射电镜技术,成功分离鉴定了两株PRV,分别命名为HeN-LH株及HeN-YM株。分离毒株在PK-15细胞上的生长曲线显示,HeN-LH和HeN-YM株在感染后36h病毒滴度分别可达10^8.35和10^6.63 TCID50/mL。用不同浓度的病毒接种小鼠,结果显示,HeN-LH和HeN-YM株LD50分别为10^2.13及10^3.25 TCID50。对gB、gC和gE基因全长扩增测序后构建遗传进化树,结果显示,两株PRV毒株与Bartha、Fa和Ea等经典株的亲缘关系相对较远,而与2011年以来国内不同省份分离的PRV变异株亲缘关系较近。氨基酸序列比对分析显示,与其他变异株相似,gB、gC和gE基因均发生了多个氨基酸的变异,且在特定的位点存在特征性的氨基酸插入和缺失。本研究成功分离鉴定了两株PRV变异株,分离株对小鼠均表现出一定的致病性,本试验结果可为河南省伪狂犬病的防控工作和疫苗株的选择提供科学依据。 展开更多
关键词 伪狂犬病病毒(PRV) 分离鉴定 噬斑纯化 感染试验 序列分析
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人呼吸道合胞病毒兰州株基因组全长cDNA克隆的构建及鉴定 预览
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作者 朱传凤 瓦晓霞 +3 位作者 包红 寇桂英 傅生芳 马超 《微生物学免疫学进展》 2019年第1期1-7,共7页
目的构建用于呼吸道合胞病毒(respiratorysyncytialvirus,RSV)体外拯救的RSV基因组全长cDNA克隆,并进行鉴定。方法根据RSVLong株基因组序列设计并合成引物,利用RT-PCR技术分6段扩增RSVLZ01/09基因组序列并构建克隆载体;测序后,利用重叠... 目的构建用于呼吸道合胞病毒(respiratorysyncytialvirus,RSV)体外拯救的RSV基因组全长cDNA克隆,并进行鉴定。方法根据RSVLong株基因组序列设计并合成引物,利用RT-PCR技术分6段扩增RSVLZ01/09基因组序列并构建克隆载体;测序后,利用重叠PCR与酶切连接技术,根据基因组序列选择特异性酶切位点,引入KpnI、XmaI和SalI酶切位点,构建成4个亚克隆载体;将亚克隆载体的插入片段连接至经过改造且包含T7启动子、锤头状核酶、多克隆位点、丁肝核酶、T7终止子的pRSV1载体中,构建RSV基因组全长cDNA克隆;对克隆全长cDNA序列进行测定,与亲本RSVLZ01/09基因组进行同源性比对分析,并与RSV实验参比株进行系统进化树分析。结果测序结果显示,RSVLZ01/09的基因组全长为15204bp,与GenBank公布的RSV基因组序列长度相当,将完整的序列提交GenBank,登录号为KY782635;酶切及测序结果显示,用于RSV全长cDNA克隆构建的基本载体pBSKS-MCS(简称pRSV1)与预期相符,RSV全长基因组cDNA克隆质粒(简称转录载体pRSV1-4F)酶切片段大小与预期一致;同源性比对结果显示,全长cDNA序列与亲本RSVLZ01/09基因组序列同源性高达99.83%;系统进化树分析结果显示,其与RSV-A亚型序列同属于一个分支。结论测序及酶切分析结果表明已成功构建RSVLZ01/09基因组全长cDNA克隆,为建立拯救RSV重组病毒的反向遗传学系统平台奠定了基础。 展开更多
关键词 呼吸道合胞病毒 拯救 全长CDNA克隆 序列分析
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犬细小病毒河南株的分离鉴定及全基因组序列分析 预览
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作者 唐磊 张弛 +5 位作者 秦亚 孙浩杰 张楠 张百惠 蔡亚南 魏战勇 《河南农业科学》 北大核心 2019年第5期130-136,共7页
为了研究河南省当前犬细小病毒(Canine parvovirus,CPV)的流行情况,收集经CPV胶体金试纸检测阳性的病犬血便病料,对其处理后进行特异性PCR扩增,然后将粪便处理物经滤器过滤后接种于F81细胞,进行细胞盲传并观察细胞的病变情况,同时对病... 为了研究河南省当前犬细小病毒(Canine parvovirus,CPV)的流行情况,收集经CPV胶体金试纸检测阳性的病犬血便病料,对其处理后进行特异性PCR扩增,然后将粪便处理物经滤器过滤后接种于F81细胞,进行细胞盲传并观察细胞的病变情况,同时对病毒进行理化性质及血凝试验等检测,最后对病毒的全基因组进行测序。结果表明,该病毒经特异性PCR扩增初步鉴定为CP V,接种于F81细胞盲传2代后,出现明显细胞病变。全基因组测序显示,该病毒分离株基因组全长5 052 bp ,其中包含U型发卡结构188 bp,Y型发卡结构120 bp。此外,其ORF1全长2 007 bp,能够编码非结构蛋白NS1,ORF2全长2 257 bp,能够编码结构蛋白VP1、VP2。经VP2氨基酸序列分析,鉴定其为New CPV-2b亚型,命名为CPV/HN1,该病毒分离株TCID 50 为10 -4.85 /0.1 mL,血凝效价为1∶ 256。与国内的17株参考毒株全基因组序列核苷酸同源性为96.4%~99.9%,其中与北京分离毒株同源性为99.9%。 展开更多
关键词 犬细小病毒 分离鉴定 全基因组测序 序列分析 河南省
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