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洋甘菊WRKY转录因子的鉴定及表达分析 认领
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作者 向黎 张威威 +3 位作者 瞿金旺 韩欢 许锋 廖咏玲 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2020年第7期2127-2137,共11页
为了系统分析德国洋甘菊WRKY基因家族,本研究利用生物信息学方法,从德国洋甘菊转录组共鉴定出42个WRKY转录因子,包括12个Ⅰ型基因,1个Ⅱ-a型基因,5个Ⅱ-b型基因,11个Ⅱ-c型基因,5个Ⅱ-d型基因,3个Ⅱ-e型基因和5个Ⅲ型基因。保守基序分... 为了系统分析德国洋甘菊WRKY基因家族,本研究利用生物信息学方法,从德国洋甘菊转录组共鉴定出42个WRKY转录因子,包括12个Ⅰ型基因,1个Ⅱ-a型基因,5个Ⅱ-b型基因,11个Ⅱ-c型基因,5个Ⅱ-d型基因,3个Ⅱ-e型基因和5个Ⅲ型基因。保守基序分析显示,同类型的基因拥有特异性的保守基序。表达谱数据分析表明,德国洋甘菊WRKY基因至少在一个组织中表达,并具有器官特异性。5个MrWRKY基因只在根中表达,1个MrWRKY基因只在茎和根中表达,2个MrWRKY基因只在茎和叶中表达,2个MrWRKY基因只在根和叶中表达。这一研究结果为进一步解析德国洋甘菊WRKY转录因子的功能提供了科学基础。 展开更多
关键词 转录因子 WRKY 洋甘菊(Matricaria recutita) 转录组 表达模式
巨桉EgrBBX基因家族鉴定及其在非生物逆境处理下的表达分析 认领
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作者 杨宁 从青 +2 位作者 王晓荣 倪晓祥 程龙军 《农业生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第4期658-671,共14页
BBX (B-box)蛋白是锌指结构转录因子蛋白家族的一个亚家族,广泛参与植物的生长和发育,在非生物逆境响应中也具有重要作用。桉树(Eucalyptus)是我国南方用材树种,但其抗逆性较差,限制了桉树栽培范围的扩大和栽培效益提高。为丰富桉树抗... BBX (B-box)蛋白是锌指结构转录因子蛋白家族的一个亚家族,广泛参与植物的生长和发育,在非生物逆境响应中也具有重要作用。桉树(Eucalyptus)是我国南方用材树种,但其抗逆性较差,限制了桉树栽培范围的扩大和栽培效益提高。为丰富桉树抗逆基因资源,给桉树抗逆分子辅助育种提供参考依据,本研究从巨桉(Eucalyptus grandis)全基因组范围内搜寻并鉴定出21个BBX基因家族成员,利用mg2c、Protparam、MEGA和PlantCARE软件进行染色体分布、序列结构特征以及启动子上顺式作用元件的种类和分布等分析,并对EgrBBX家族基因的组织特异性表达及其在低温、干旱及高盐处理下的表达模式进行qRT-PCR检测分析。结果表明,21个EgrBBX基因分别分布在9条染色体上;编码蛋白序列中含有典型的B1、B2和CCT结构域,可分为B1+B2+CCTⅠ和Ⅱ型、B1+B2、B1+CCT以及B1五个类型。启动子元件分析结果表明,EgrBBX家族基因启动子上除含有大量光响应元件,还含有ABRE (ABA-responsive element)、MBS (MYB binding site)、LTR (low-temperature responsiveness)、HSE (heat-stress responsive element)等非生物逆境响应相关元件。以qRT-PCR方法进行根、茎和叶的组织表达分析表明,EgrBBX1、EgrBBX7、EgrBBX9、EgrBBX13和EgrBBX18主要在叶片中表达,EgrBBX3、EgrBBX6和EgrBBX15在茎中具有相对较高的表达量。在不同时间低温、干旱和高盐的非生物逆境胁迫条件下,大部分EgrBBX基因发生响应:低温处理下EgrBBX4、EgrBBX7、EgrBBX8、EgrBBX14、EgrBBX16和EgrBBX17在整个处理时间周期内均表现为强烈的表达抑制;EgrBBX8、EgrBBX11、EgrBBX12和EgrBBX18在干旱处理1 d即出现明显的上调表达,2 d后该诱导效应减弱或消失;高盐处理下,21个EgrBBX基因中13个在12 h后表达达到峰值,然后逐渐回落。本研究可为深入揭示EgrBBX基因家族在非生物逆境胁迫响应中的具体功能,筛选桉树抗逆性EgrBBX基因资源提供参� 展开更多
关键词 巨桉 BBX(B-box)基因家族 转录因子 基因表达 非生物逆境胁迫响应
人参转录因子ERF基因家族的表达分析 认领
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作者 张杰 刘娟 +5 位作者 蒋超 南铁贵 康利平 周利 袁媛 黄璐琦 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第11期2515-2522,共8页
ERF转录因子是植物最大的转录因子家族之一,对药用植物次生代谢具有重要的调控意义。该研究运用转录组热图方法从空间和时间2个层面分析了ERF家族基因的表达,筛选出6个可能参与人参皂苷调控的ERF基因。采用UPLC-MS/MS测定了不同浓度MeJ... ERF转录因子是植物最大的转录因子家族之一,对药用植物次生代谢具有重要的调控意义。该研究运用转录组热图方法从空间和时间2个层面分析了ERF家族基因的表达,筛选出6个可能参与人参皂苷调控的ERF基因。采用UPLC-MS/MS测定了不同浓度MeJA处理的人参不定根中人参皂苷Rg1,Re,Rb1的含量。运用实时荧光定量PCR测定MeJA处理的人参不定根中人参皂苷生物合成关键基因(DDS,CYP716A47,CYP716A53v2)和ERF家族基因的表达;采用Pearson相关对DDS,CYP716A47,CYP716A53v2基因与ERF家族基因表达特异性进行分析。结果表明,不同浓度MeJA处理的人参不定根中原人参二醇型人参皂苷Rb1含量上升,原人参三醇型人参皂苷Rg1和Re含量有所下降,与DDS,CYP716A47的表达量上升以及CYP716A53v2基因表达量下降相一致;ERF003,ERF118,ERF012的表达与CYP716A53v2呈显著正相关,而与DDS呈显著负相关,说明ERF003,ERF118,ERF012很可能通过抑制DDS表达和促进CYP716A53v2表达来调控人参皂苷合成;ERF1B表达则与CYP716A47呈显著负相关,说明ERF1B很可能抑制CYP716A47的表达从而参与调控人参皂苷合成。该文为后期深入研究ERF转录因子对于人参皂苷生物合成调控的功能验证奠定基础。 展开更多
关键词 人参 人参皂苷生物合成 转录因子 ERF
中药及其活性成分防治抑郁症的药理靶点与临床应用 认领
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作者 冯睿 张佳莉 +2 位作者 赫明超 李钺 张岩 《中国临床药理学与治疗学》 CAS CSCD 2020年第4期467-474,共8页
抑郁症发病机制复杂,多种转录因子、信号通路等参与其发生、发展过程。中药的多成分、多靶点作用在抑郁症的防治中具有独特优势。本文根据国内外相关文献,综述了中药及其活性成分对转录因子(CREB、NF-κB、Nrf2)、分子信号通路(BDNF-Trk... 抑郁症发病机制复杂,多种转录因子、信号通路等参与其发生、发展过程。中药的多成分、多靶点作用在抑郁症的防治中具有独特优势。本文根据国内外相关文献,综述了中药及其活性成分对转录因子(CREB、NF-κB、Nrf2)、分子信号通路(BDNF-TrkB、MAPK、GSK-3β、TLR-4-NLRP3-IL-1β)等靶点干预的药理作用及中药复方防治抑郁症的临床应用。 展开更多
关键词 中药 抑郁症 转录因子 信号通路 作用靶点
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共表达分子伴侣PDI和转录因子Aft1对毕赤酵母表达人溶菌酶的影响 认领
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作者 王儒昕 韩琴 +4 位作者 陈园园 吴菁 闫达中 刘军 李鑫 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2020年第10期124-130,共7页
通过共表达分子伴侣二硫键异构酶(protein disulfide isomerase,PDI)和毕赤酵母转录因子Aft1,提高重组人溶菌酶(human lysozyme,HLY)在毕赤酵母中的分泌表达水平。将构建的分子伴侣表达载体pG418-PDI和毕赤酵母转录因子Aft1表达载体pG41... 通过共表达分子伴侣二硫键异构酶(protein disulfide isomerase,PDI)和毕赤酵母转录因子Aft1,提高重组人溶菌酶(human lysozyme,HLY)在毕赤酵母中的分泌表达水平。将构建的分子伴侣表达载体pG418-PDI和毕赤酵母转录因子Aft1表达载体pG418-Aft1线性化后,电击转化重组毕赤酵母KM71-HLY细胞,用含G418的平板筛选阳性转化子,得到共表达分子伴侣PDI和HLY,及共表达毕赤酵母转录因子Aft1和HLY的工程菌株KM71-HLYpG418-PDI和KM71-HLY-pG418-Aft1。摇瓶发酵分析共表达PDI和Aft1对HLY表达水平的影响。结果表明,工程菌KM71-HLY、KM71-HLY-pG418-PDI和KM71-HLY-pG418-Aft1经甲醇诱导均产生14.7 kDa HLY,发酵上清液在含溶壁微球菌平板上出现抑菌圈。在诱导表达前期,KM71-HLY-pG418-PDI、KM71-HLY-pG418-Aft1和KM71-HLY生长量无明显差别;70 h后,KM71-HLY-pG418-PDI菌株和KM71-HLY-pG418-Aft1菌株生物量少于KM71-HLY,发酵最终生长量分别为KM71-HLY的92.8%与84.1%。KM71-HLY、KM71-HLY-pG418-PDI和KM71-HLY-pG418-Aft1经168 h甲醇诱导,胞外分泌总蛋白量分别为324.02、350.87 mg/L和474.8 mg/L,发酵液酶活力分别为34880、45600 U/mL和50180 U/mL。与KM71-HLY相比,KM71-HLY-pG418-PDI和KM71-HLY-pG418-Aft1发酵产胞外总蛋白分别增加了8.3%和46.5%;KM71-HLY-pG418-PDI和KM71-HLY-pG418-Aft1所产胞外溶菌酶总酶活力较KM71-HLY分别增加了30.7%和43.9%。 展开更多
关键词 人溶菌酶 分子伴侣 转录因子 共表达 毕赤酵母
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红掌AaMYB1的表达特征及其在烟草中的过表达 认领
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作者 李崇晖 杨光穗 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期1898-1905,共8页
R2R3-MYB转录因子在观赏植物花青素着色中具有关键性的调控作用。为了进一步明确红掌AaMYB1调控花青素合成的功能,本研究采用序列分析、表达特征分析以及在烟草中异源过表达等方法,对AaMYB1进行了功能分析。结果表明,AaMYB1与单子叶植... R2R3-MYB转录因子在观赏植物花青素着色中具有关键性的调控作用。为了进一步明确红掌AaMYB1调控花青素合成的功能,本研究采用序列分析、表达特征分析以及在烟草中异源过表达等方法,对AaMYB1进行了功能分析。结果表明,AaMYB1与单子叶植物中调控花青素合成的R2R3-MYB同源性较高。在品种‘Tropical’中,AaMYB1主要在红掌佛焰苞中表达,各组织中的表达量与花青素苷积累密切相关,但在不同品种不同颜色佛焰苞中的表达与花青素苷积累无相关性。单独过表达AaMYB1的T1代烟草花冠檐部因大量积累花青素苷而使颜色变深,且烟草中花青素苷合成途径上的关键酶基因NtDFR和NtANS以及烟草内源调控花青素苷合成的R2R3-MYB基因NtAn2的表达量得到大幅度上调。以上结果进一步明确了AaMYB1具有调控花青素苷合成的功能。 展开更多
关键词 R2R3-MYB 转录因子 异源过表达 转录调控 花色
Cyp19a1基因在鱼类性别分化和发育中的研究进展 认领
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作者 马晓 刘倩 +3 位作者 王璐明 吴利敏 刘慧芬 李学军 《河南师范大学学报:自然科学版》 CAS 北大核心 2019年第5期96-101,111共7页
鱼类是人类获得优质动物蛋白的重要途径,蛋白的高效产出是水产研究领域的热点.许多鱼类存在性别异形的特点,因此,培育生长快、个体大的单性群体是增加产量的方式.单性群体的培育工作已在部分鱼类中完成,但鱼类的性别化机制复杂,受遗传... 鱼类是人类获得优质动物蛋白的重要途径,蛋白的高效产出是水产研究领域的热点.许多鱼类存在性别异形的特点,因此,培育生长快、个体大的单性群体是增加产量的方式.单性群体的培育工作已在部分鱼类中完成,但鱼类的性别化机制复杂,受遗传、环境等因素影响.鱼类芳香化酶(Cyp19a)可将雄激素转化为雌激素,是鱼类卵巢分化和发育的关键因素.Cyp19a1基因在发挥功能时,不仅受到相关转录调控因子的影响,也与外界环境因素(如温度、pH值、盐度、湿度、光照等)有关.随着分子生物学技术的发展,水产动物性别分化机制日益深入,Cyp19a1在性腺发育过程中的调控机制也愈发明确.通过综述水产动物中的Cyp19a1基因的研究进展,为鱼类性别分化与性别发育机制的探索提供参考. 展开更多
关键词 鱼类 性别分化 Cyp19a1 环境 转录因子
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KLF4转录水平负调控miR-106a表达对人胃癌细胞BGC-823侵袭能力的影响 认领
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作者 朱萌 张宁 +2 位作者 和水祥 张丹 张志勇 《西安交通大学学报:医学版》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期356-361,共6页
目的探讨转录因子kruppel样因子4(Krüppel-like factor 4,KLF4)对微小RNA-106a(miR-106a)表达的调控及其相互作用对人胃癌细胞侵袭能力的影响。方法通过转录因子结合位点数据库JASPAR检索与miR-106a启动子区结合的转录因子KLF4。构... 目的探讨转录因子kruppel样因子4(Krüppel-like factor 4,KLF4)对微小RNA-106a(miR-106a)表达的调控及其相互作用对人胃癌细胞侵袭能力的影响。方法通过转录因子结合位点数据库JASPAR检索与miR-106a启动子区结合的转录因子KLF4。构建KLF4过表达载体(KLF4-pcDNA)和miR-106a报告基因(pmiR-106a-WT/MUT-luc),双荧光素酶报告基因检测KLF4对miR-106a启动子活性的影响。收集人胃癌和癌旁石蜡包埋-甲醛固定(formalin-fixed paraffin-embedded,FFPE)标本各40例,实时定量PCR和免疫组织化学法检测KLF4表达。人胃癌细胞株BGC-823培养并按miR-106 amimic组、mimicNC组、KLF4+pcDNA组、pcDNA basic组分别进行处理,Transwell法检测各组胃癌细胞侵袭能力变化。结果双荧光素酶报告基因检测显示KLF4-pcDNA具有拮抗miR-106a启动子活性的作用,表现为pmiR-106a-WT-luc荧光素酶活性被抑制(pmiR-106a-WT+pcDNA-basic与pmiR-106a-WT+pcDNA-KLF4比较,P<0.001),但对pmiR-106a-MUT-luc荧光素酶活性影响不明显(pmiR-106a-MUT+pcDNA-basic与pmiR-106a-MUT+pcDNA-KLF4比较,P>0.05)。FFPE样本显示KLF4在胃癌组织中的相对表达量为0.69±0.59,与癌旁组织相比,差异有统计学意义(P<0.001),且与胃癌的细胞分化程度、淋巴转移和浸润深度相关(P<0.05);KLF4阳性表达主要位于胃黏膜上皮细胞核及胞质。Transwell实验表明各处理组胃癌细胞的穿膜数量不全相同(P<0.001),miR-106 amimic组为89.00±14.85,mimic NC组为50.90±17.94,KLF4+pcDNA组为37.70±12.60,pcDNA basic组为66.20±3.19。结论转录因子KLF4与miR-106a启动子区至少存在体外的直接结合,可能通过在上游转录水平负调控miR-106a表达而参与影响胃癌细胞的侵袭转移进程。 展开更多
关键词 胃癌 Krüppel样因子4(KLF4) 微小RNA-106a(miR-106a) 转录因子 启动子 侵袭
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组蛋白乙酰化激活人脑胶质瘤中胶质细胞源性神经营养因子转录的机制研究 认领
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作者 王建村 全兴云 +1 位作者 彭定婷 胡观成 《四川大学学报:医学版》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期643-648,共6页
目的研究组蛋白乙酰化对人脑胶质瘤中胶质细胞源性神经营养因子基因(GDNF)的表达调控和具体机制。方法取正常人脑组织、低级别胶质瘤脑组织(LG-glioma)、高级别胶质瘤脑组织(HG-glioma)各6例。用组蛋白乙酰化酶抑制剂和组蛋白去乙酰化... 目的研究组蛋白乙酰化对人脑胶质瘤中胶质细胞源性神经营养因子基因(GDNF)的表达调控和具体机制。方法取正常人脑组织、低级别胶质瘤脑组织(LG-glioma)、高级别胶质瘤脑组织(HG-glioma)各6例。用组蛋白乙酰化酶抑制剂和组蛋白去乙酰化酶抑制处理人脑神经胶质瘤U251细胞。实时荧光定量PCR检测脑组织及细胞中的GDNF mRNA水平,染色质免疫共沉淀(ChIP)-PCR检测GDNF启动子区转录因子cAMP应答元件结合蛋白(CREB)结合位点的H3K9乙酰化水平,以及转录因子CREB与GDNF启动子区的结合能力,同时检测组蛋白乙酰化酶和脱乙酰化酶抑制剂对转录因子CREB结合能力和GDNF表达的影响。结果与正常脑组织和低级别脑胶质瘤组织比较,高级别胶质瘤组织的GDNF mRNA水平高(P<0.01),GDNF启动子区的H3K9乙酰化水平增加(P<0.01),且GDNF启动子上CREB结合区的乙酰化水平高于非CREB结合区的乙酰化水平(P<0.01)。高级别胶质瘤组织中CREB与GDNF启动子区的结合能力高于正常脑组织和低级别脑胶质瘤组织(P<0.05)。组蛋白乙酰化酶抑制剂处理U251细胞后,GDNF启动子上CREB结合区的乙酰化水平下降,CREB与GDNF启动子结合活性下调,并下调GDNF mRNA和蛋白水平,而组蛋白去乙酰化酶抑制剂具有相反作用(P<0.01)。结论组蛋白乙酰化通过促进转录因子CREB与GDNF基因启动子区的结合,从而促进胶质瘤中GDNF的高转录。 展开更多
关键词 胶质瘤 GDNF 组蛋白乙酰化 转录因子
先天性心脏缺损相关NR2F2基因新突变研究 认领
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作者 董斌斌 刘兴元 杨奕清 《国际心血管病杂志》 2019年第4期235-238,共4页
目的:探索先天性心脏缺损(CHD)相关NR2F2基因新突变。 方法:入选104例中国汉族CHD患者和208名匹配的非CHD对照者。对全部入选对象的NR2F2基因的编码区、剪接位点及部分非翻译区进行聚合酶链反应-测序分析。将所测序列与核苷酸数据库中... 目的:探索先天性心脏缺损(CHD)相关NR2F2基因新突变。 方法:入选104例中国汉族CHD患者和208名匹配的非CHD对照者。对全部入选对象的NR2F2基因的编码区、剪接位点及部分非翻译区进行聚合酶链反应-测序分析。将所测序列与核苷酸数据库中公布的NR2F2序列进行对比分析以发现NR2F2基因突变。运用计算机软件ClustalW2分析突变氨基酸进化上的保守性,应用PROVEAN、MutationTaster和PolyPhen-2软件预测突变的致病性。 结果:在1例散发性动脉导管未闭合并室间隔缺损患者中发现了1个NR2F2基因新突变,即c.1189C>T(p.Arg397Trp)突变。该错义突变不存在于208名非CHD对照者。多物种NR2F2蛋白的氨基酸序列比对分析显示被改变氨基酸在进化上完全保守,致病性预测表明所识别的NR2F2基因突变是致病性突变。 结论:c.1189C>T是CHD相关NR2F2基因新突变,对CHD的早期防治具有潜在的意义。 展开更多
关键词 先天性心脏缺损 分子遗传学 转录因子 NR2F2 突变
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SHOX2基因与特发性心房颤动的关系研究 认领
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作者 沈骁亮 邸若岷 +3 位作者 顾佳宁 乔祺 杨奕清 徐迎佳 《国际心血管病杂志》 2019年第3期150-153,共4页
目的:研究SHOX2基因与特发性心房颤动(IAF)的关系。方法:收集178例汉族IAF患者和218名匹配的健康对照者。通过聚合酶链反应-DNA测序分析SHOX2基因的编码外显子及剪接序列。将测出的序列与核苷酸数据库中的SHOX2序列进行对比,查找SHOX2... 目的:研究SHOX2基因与特发性心房颤动(IAF)的关系。方法:收集178例汉族IAF患者和218名匹配的健康对照者。通过聚合酶链反应-DNA测序分析SHOX2基因的编码外显子及剪接序列。将测出的序列与核苷酸数据库中的SHOX2序列进行对比,查找SHOX2基因突变。通过在线计算机程序MUSCLE评估突变氨基酸进化上的保守性,应用PolyPhen-2、MutationTaster和PROVEAN软件分析SHOX2基因突变的致病性。结果:在1例IAF患者中发现SHOX2基因新突变,c.632G>C(p.Trp211Ser),该错义突变不存在于218名健康对照者中,多物种SHOX2蛋白序列比对分析显示被改变氨基酸在进化上完全保守,致病性预测表明所识别的SHOX2基因突变具有致病性。结论:c.632G>C是基因新突变,对IAF的早期防治具有潜在的临床意义。 展开更多
关键词 心房颤动 分子遗传学 转录因子 SHOX2 突变
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MYRF与中枢神经系统髓鞘发育 认领 被引量:1
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作者 杜君卿 黄浩 杨爱芬 《杭州师范大学学报:自然科学版》 CAS 2019年第3期249-254,299共7页
在脊椎动物的中枢神经系统中,少突胶质细胞围绕神经元轴突形成髓鞘,使神经冲动可以沿轴突跳跃式快速传导.髓鞘的异常会导致多种神经系统疾病甚至引起死亡.MYRF作为一种转录因子,是目前已知的OLs分化和髓鞘维持的最关键调控因子之一,对M... 在脊椎动物的中枢神经系统中,少突胶质细胞围绕神经元轴突形成髓鞘,使神经冲动可以沿轴突跳跃式快速传导.髓鞘的异常会导致多种神经系统疾病甚至引起死亡.MYRF作为一种转录因子,是目前已知的OLs分化和髓鞘维持的最关键调控因子之一,对MYRF的研究将是髓鞘发育和再生机制的重要内容.文章就近年来MYRF调控中枢神经系统髓鞘发育的研究进展进行了总结. 展开更多
关键词 MYRF 少突胶质细胞 髓鞘形成 髓鞘再生 转录因子
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转录因子ZnF-706在鳞翅目昆虫中的进化格局及在家蚕中的功能 认领
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作者 崔勇 朱亚楠 +4 位作者 黄悦莹 谭丽庄 冯启理 王文 相辉 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期9-20,共12页
【目的】探讨家蚕Bombyx mori的潜在驯化基因--转录因子ZnF-706在鳞翅目(Lepidoptera)昆虫进化过程及家蚕驯化过程中的分子进化格局;并基于CRISPR/Cas9家蚕基因组编辑平台,探讨ZnF-706基因在家蚕中的功能。【方法】首先分析了家蚕ZnF-70... 【目的】探讨家蚕Bombyx mori的潜在驯化基因--转录因子ZnF-706在鳞翅目(Lepidoptera)昆虫进化过程及家蚕驯化过程中的分子进化格局;并基于CRISPR/Cas9家蚕基因组编辑平台,探讨ZnF-706基因在家蚕中的功能。【方法】首先分析了家蚕ZnF-706序列特征,并利用已发表芯片数据调研该基因在家蚕幼虫组织中的表达格局;利用Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood(PAML)分支检验方法,分析该基因在鳞翅目不同类群中的分子进化格局。基于已发表的家蚕-野桑蚕Bombyx mandarina群体基因组多态性数据,对ZnF-706进行基因区域人工选择信号分析;对ZnF-706基因上游2 kb的调控区域进行单核苷酸多态性位点频率检测,发掘在家蚕群体中固定下来的突变位点;针对突变位点所在区域进行转录因子结合活性预测。利用CRISPR/Cas9基因编辑技术敲除ZnF-706基因,获得纯和突变体;以野生型家蚕为对照,检测突变体的茧重及蛹重变化。【结果】家蚕ZnF-706的编码蛋白具有典型的锌指蛋白结构域。ZnF-706在家蚕5龄第3天幼虫各组织中广泛表达,尤其表皮、脂肪体和生殖腺中有很高的表达量;该基因在鳞翅目、蚕蛾总科(Bombycoidea)及天蚕Antherea yamamai 3个分支中均呈现快速进化信号,在家蚕中有强烈的人工选择信号。该基因所在基因组区域的家蚕-野桑蚕种群分歧度参数Fst明显升高,家蚕群体中的群体多样性π明显降低,表明它位于一个选择扫荡区域内;该基因在家蚕-野桑蚕中的9个SNP位点存在于上游调控区,并位于转录因子结合活性区域内。该基因的纯合家蚕突变体ΔZnF-706生存力减弱,并且茧重以及蛹重与野生型家蚕相比都显著降低。但与黑腹果蝇Drosophila melanogaster中不同的是,家蚕中该基因的突变并不致死。【结论】ZnF-706可能在鳞翅目尤其是泌丝昆虫中进化,并在家蚕驯化过程中受到选择压力,提示其对于特征性状茧丝� 展开更多
关键词 鳞翅目 家蚕 泌丝昆虫 驯化基因 转录因子 CRISPR/Cas9
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大麦全基因组WRKY基因家族生物信息学分析 认领
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作者 毛成志 王蕾 +4 位作者 孔豆豆 王寒冬 张怀刚 沈裕虎 徐金青 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第23期7623-7633,共11页
WRKY基因家族是一类含有WRKY保守结构域的转录因子,参与植物众多生理生化过程,在植物生长发育、代谢以及胁迫应答等过程中发挥重要作用。目前,已在多种植物中对WRKY转录因子进行了系统鉴定和分析,但是还未见有大麦WRKY基因家族系统筛选... WRKY基因家族是一类含有WRKY保守结构域的转录因子,参与植物众多生理生化过程,在植物生长发育、代谢以及胁迫应答等过程中发挥重要作用。目前,已在多种植物中对WRKY转录因子进行了系统鉴定和分析,但是还未见有大麦WRKY基因家族系统筛选和鉴定的报道。本研究利用最新的大麦基因组数据,经生物信息学鉴定共得到98条大麦WRKY转录因子,其编码蛋白质序列长度为117~676 aa。有91条可以定位到大麦7条染色体上并呈不均匀分布,3H染色体上分布最多达25条,6H上最少仅有5条。通过系统进化分析,大麦98个WRKY转录因子根据其保守结构域可分为Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ组,各组分别有10个、52个和36个成员,其中Ⅱ组可进一步分成Ⅱ-a、Ⅱ-b、Ⅱ-c、Ⅱ-d和Ⅱ-e 5个亚组。保守基序分析表明,大麦的20个保守基序中,有6个为WRKY结构域的保守基序,各组内部成员拥有一致的保守基序。本研究可为进一步开展大麦WRKY基因的发掘与功能验证提供科学依据。 展开更多
关键词 大麦(Hordeum vulgare L.) 转录因子 WRKY系统 进化分析
MpbR,an essential transcriptional factor for Mycobacterium tuberculosis survival in the host,modulates PIM biosynthesis and reduces innate immune responses 认领
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作者 Yugang Li Weihui Li +2 位作者 Zhiwei Xie Hui Xu Zheng-Guo He 《遗传学报:英文版》 SCIE CAS CSCD 2019年第12期575-589,共15页
Mycobacterium tuberculosis possesses unique cellular envelope components that contribute to bacterial escape from host immune surveillance.Phosphatidylinositol mannosides(PIMs)and their higher derivatives are importan... Mycobacterium tuberculosis possesses unique cellular envelope components that contribute to bacterial escape from host immune surveillance.Phosphatidylinositol mannosides(PIMs)and their higher derivatives are important molecules implicated in host-pathogen interactions in the course of tuberculosis.However,the biosynthetic regulation of these specific lipids and its effect on the bacterial fate in the infected host remain unclear.Here,we show that a hypothetical M.tuberculosis transcriptional factor designated as MpbR negatively regulates two transporter genes and affects mycobacterial PIM biosynthesis and biofilm formation.MpbR inhibits the accumulation of acylated PIM lipids and triggers the mycobacterium to reduce the production of reactive oxygen species and NO during infection,which enhances the survival of M.tuberculosis in macrophages.MpbR deletion reduces M.tuberculosis lung burdens and inflammation of infected mice.These findings provide new insights into the regulation of mycobacterial lipid metabolism and its correlation with pathogenesis of M.tuberculosis. 展开更多
关键词 MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS TRANSCRIPTIONAL factor LIPID metabolism
Lrp家族转录调控因子的研究进展 认领
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作者 柯美兰 吴杭 张部昌 《生物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期69-73,共5页
亮氨酸应答调控蛋白(Leucine responsive regulatory protein,Lrp)是原核生物中一类重要的转录调控因子,主要由保守的N端DNA结合结构域和响应配体的C端结构域构成,广泛分布于细菌和古生菌中。除氨基酸外,C末端还能够响应其他一些小分子... 亮氨酸应答调控蛋白(Leucine responsive regulatory protein,Lrp)是原核生物中一类重要的转录调控因子,主要由保守的N端DNA结合结构域和响应配体的C端结构域构成,广泛分布于细菌和古生菌中。除氨基酸外,C末端还能够响应其他一些小分子化合物,通过微调DNA结合结构域的空间分布、蛋白的构象和寡聚体形式将信号转化为应答。Lrp可以作为全局或局部转录调控因子,参与控制微生物氨基酸代谢、菌毛生成、重金属转运、多肽运输、能量代谢等多种重要的生理过程。其还可作为“富足/饥饿”调控蛋白协助微生物适应外界多变的环境。近期发现放线菌中Lrp对抗生素生物合成的分子调控作用具有普适性。从Lrp的分布、结构特征、配体种类及响应方式、调控机制,以及在细菌与古生菌中的生物学功能等方面,进行了全面系统地阐述,以期为深入研究Lrp作用的分子机制提供指导。 展开更多
关键词 LRP 转录因子 配体 调控机制
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小麦TaDREB1的功能标记作图和表达特性分析 认领 被引量:1
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作者 雷梦林 毛新国 +2 位作者 昌小平 刘霞 景蕊莲 《农业生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期229-236,共8页
DREB (dehydration responsive element binding)是植物应答干旱、高盐、高温和低温等非生物逆境的一类重要的转录因子,该基因在不同作物间存在抗逆复杂性和局限性。本研究以普通小麦(Triticum aestivum)及其野生近缘种的二倍体和四倍... DREB (dehydration responsive element binding)是植物应答干旱、高盐、高温和低温等非生物逆境的一类重要的转录因子,该基因在不同作物间存在抗逆复杂性和局限性。本研究以普通小麦(Triticum aestivum)及其野生近缘种的二倍体和四倍体为材料,克隆TaDREB1基因(GenBank No. DQ195070.1),发现在六倍体小麦中有3种TaDREB1的DNA序列,分别对应于A、B和D基因组,命名为TaDREB1-a/b/d。根据TaDREB1-b在不同材料间的多态性位点开发功能标记,利用加倍单倍体(doubled haploid, DH)和重组自交系(recombinant inbred lines, RIL)群体将TaDREB1-b定位在染色体3B上,与两侧标记P2449-185和WMC231、Xfbb117和Xgwm566的距离为19.2和16.0 cM、3.4和6.4 cM;同时以小麦品种旱选10号为材料,分别设计TaDREB1-a/b/d的特异引物,通过qRT-PCR分析其在4种胁迫下的表达模式发现,TaDREB1-a/b/d在小麦根、叶中的表达时间和峰值均存在差异。其中,在PEG、NaCl和ABA胁迫处理下,叶片中的TaDREB1-a/b表现为上调表达,TaDREB1-d则为下调表达;低温胁迫下,叶片中的TaDREB1-a/b/d均为上调表达。在4种处理模式下,小麦幼根中的TaDREB1-a/b/d都为上调表达。本研究开发的TaDREB1-b功能标记为分子标记辅助选择育种提供了支持,同时从基因组水平上初步阐释了TaDREB1-a/b/d对非生物胁迫的应答模式,为深入探讨小麦抗逆分子机制提供了基础资料。 展开更多
关键词 小麦 转录因子 功能标记 表达分析
Acquisition of pluripotency in the chick embryo occurs during intrauterine embryonic development via a unique transcriptional network 认领
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作者 Jae Yong Han Hyo Gun Lee +5 位作者 Young Hyun Park Young Sun Hwang Sang Kyung Kim Deivendran Rengaraj Byung Wook Cho Jeong Mook Lim 《畜牧与生物技术杂志:英文版》 SCIE CAS CSCD 2018年第3期574-584,共11页
Background:Acquisition of pluripotency by transcriptional regulatory factors is an initial developmental event that is required for regulation of cell fate and lineage specification during early embryonic development.... Background:Acquisition of pluripotency by transcriptional regulatory factors is an initial developmental event that is required for regulation of cell fate and lineage specification during early embryonic development.The evolutionarily conserved core transcriptional factors regulating the pluripotency network in fishes,amphibians,and mammals have been elucidated.There are also species-specific maternally inherited transcriptional factors and their intricate transcriptional networks important in the acquisition of pluripotency.In avian species,however,the core transcriptional network that governs the acquisition of pluripotency during early embryonic development is not well understood.Results:We found that chicken NANOG(cNANOG)was expressed in the stages between the pre-ovulatory follicle and oocyte and was continuously detected in Eyal-Giladi and Kochav stage I(EGK.I)to X.However,cPOUV was not expressed during folliculogenesis,but began to be detectable between EGK.V and VI.Unexpectedly,cSOX2 could not be detected during folliculogenesis and intrauterine embryonic development.Instead of cSOX2,cSOX3 was maternally inherited and continuously expressed during chicken intrauterine development.In addition,we found that the pluripotency-related genes such as cENS-1,cKIT,cLIN28A,cMYC,cPRDM14,and cSALL4 began to be dramatically upregulated between EGK.VI and VIII.Conclusion:These results suggest that chickens have a unique pluripotent circuitry since maternally inherited cNANOG and cSOX3 may play an important role in the initial acquisition of pluripotency.Moreover,the acquisition of pluripotency in chicken embryos occurs at around EGK.VI to VIII. 展开更多
关键词 AVIAN EMBRYONIC development NANOG PLURIPOTENCY TRANSCRIPTIONAL factor
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特发性扩张型心肌病相关GATA6基因新突变的识别 认领 被引量:2
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作者 李文昭 徐迎佳 +3 位作者 李若谷 曲新凯 杨奕清 仇兴标 《国际心血管病杂志》 2018年第5期288-291,共4页
目的:识别特发性扩张型心肌病(DCM)相关GATA6基因新突变。方法:入选132例特发性DCM患者和220名健康对照者,收集其临床资料和外周静脉血,使用DNA纯化试剂盒抽提基因组DNA,采用聚合酶链反应试剂扩增GATA6基因的整个编码区,应用循环测... 目的:识别特发性扩张型心肌病(DCM)相关GATA6基因新突变。方法:入选132例特发性DCM患者和220名健康对照者,收集其临床资料和外周静脉血,使用DNA纯化试剂盒抽提基因组DNA,采用聚合酶链反应试剂扩增GATA6基因的整个编码区,应用循环测序试剂盒对扩增的GATA6基因片段进行测序,将所测序列与Nucleotide数据库中的GATA6基因序列进行对比分析以识别GATA6基因突变。应用MUSCLE和MutationTaste在线系统评估突变氨基酸进化上的保守性和突变的致病性。结果:通过序列分析发现1例散发性DCM患者的GATA6基因新变异c.1165G〉T,相当于p.E389X突变,在220名健康对照者中没有检测出该无义突变。跨物种GATA6蛋白序列比对分析表明,被改变的氨基酸在物种进化上完全保守,致病性预测显示该GATA6基因突变具有致病性。结论:发现散发性DCM相关GATA6基因新突变,扩大了DCM相关GATA6基因突变谱。 展开更多
关键词 扩张型心肌病 分子遗传学 转录因子 GATA6 突变
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转录因子KLF4与miR-106a的调控关系及其对人胃癌细胞迁移的影响 认领
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作者 朱萌 翟华亮 +2 位作者 赵婉莹 张宁 和水祥 《癌变.畸变.突变》 CAS CSCD 2018年第5期339-344,共6页
目的:探讨转录因子Krüppel样因子4(KLF4)与miR-106a表达的调控关系及其对人胃癌细胞迁移的影响。方法:使用基因组数据库UCSC预测miR-106a启动子,插入pGL3-Basic报告载体,构建野生型报告质粒pmiR-106a-WT-luc和点突变报告质粒... 目的:探讨转录因子Krüppel样因子4(KLF4)与miR-106a表达的调控关系及其对人胃癌细胞迁移的影响。方法:使用基因组数据库UCSC预测miR-106a启动子,插入pGL3-Basic报告载体,构建野生型报告质粒pmiR-106a-WT-luc和点突变报告质粒pmiR-106a-MUT-luc。使用转录因子数据库JASPAR预测并筛选调控miR-106a的转录因子KLF4,克隆至pcDNA3.0载体,构建KLF4过表达质粒KLF4-pcDNA3.0。将KLF4^+/--pcDNA3.0与pmiR-106a-WT/MUT-luc共同转染HEK293T细胞,双荧光素酶系统检测荧光值。收集30对胃癌和癌旁组织标本,采用实时定量PCR(qPCR)检测miR-106a、KLF4mRNA表达水平。Transwell法检测人胃癌SGC-7901细胞的迁移能力。结果:miR-106a报告质粒及KLF4过表达质粒经双酶切、PCR扩增、测序及Blast比对提示构建正确。KLF4-pcDNA3.0显著抑制pmiR-106a-WT-luc荧光素酶活性(P=0.000),但对pmiR-106a-MUT-luc影响较小(P=0.553)。胃癌组织中KLF4 mRNA平均相对表达量为0.716±0.624,miR-106a为3.367±2.165。KLF4-pcDNA3.0部分阻遏miR-106a对胃癌SGC-7901细胞迁移的促进作用(P=0.038)。结论:转录因子KLF4与miR-106a启动子区存在直接结合位点,KLF4可能在上游转录水平负调控miR-106a成熟体表达,以此发挥部分阻遏miR-106a促胃癌细胞迁移的作用。 展开更多
关键词 miR-106a KLF4 启动子 转录因子 报告质粒
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