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红螯螯虾转录组高通量测序及分析 预览
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作者 李喜莲 郭建林 +3 位作者 黄振远 慎佩晶 施伟达 顾志敏 《四川农业大学学报》 CSCD 北大核心 2019年第2期241-246,265共7页
【目的】为发掘和研究红螯螯虾功能基因SSR标记奠定基础。【方法】对红螯螯虾肝脏、精巢以及卵巢转录组测序选用新一代高通量测序技术IlluminaHiSeq2000,同时借助生物信息学法展开基因表达谱探究及功能基因预测。【结果】肝脏组织获得47... 【目的】为发掘和研究红螯螯虾功能基因SSR标记奠定基础。【方法】对红螯螯虾肝脏、精巢以及卵巢转录组测序选用新一代高通量测序技术IlluminaHiSeq2000,同时借助生物信息学法展开基因表达谱探究及功能基因预测。【结果】肝脏组织获得47629414条cleanreads,精巢组织获得47018968条cleanreads,卵巢组织获得53267362条cleanreads。所有reads组装后获得了67369个Unigene。通过GO分类,16989个Unigene被分为3个种类,即生物学过程、细胞组分、分子功能。通过COG分类,4697个Unigene被分为25个种类。通过KEGG分类,9842个Unigene分属331个代谢途径。【结论】通过对红螯鳌虾肝脏等3个组织转录组的测序,获得了其相关基因的表达图谱及其功能分类。 展开更多
关键词 红螯螯虾 转录组 高通量测序
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南酸枣转录组SSR序列特征分析及其分子标记开发 预览
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作者 谷振军 杨春霞 +2 位作者 丁伟 李康琴 黄宝祥 《南方林业科学》 2019年第3期12-15,共4页
为了开发南酸枣植物的微卫星分子标记,本研究基于Illumina-HiSeq2000测序平台对南酸枣叶片和果实的转录组进行高通量测序。利用MISA软件对获得的转录组数据库进行搜索与分析,共鉴别出15168个SSR位点,SSR位点的发生频率为25.52%,平均分... 为了开发南酸枣植物的微卫星分子标记,本研究基于Illumina-HiSeq2000测序平台对南酸枣叶片和果实的转录组进行高通量测序。利用MISA软件对获得的转录组数据库进行搜索与分析,共鉴别出15168个SSR位点,SSR位点的发生频率为25.52%,平均分布距离3.98kb,以单核苷酸重复类型相对比例最高,占总数的62.32%,二核苷酸重复类型和三核苷酸重复类型分别占18.74%和17.47%。利用GenScript在线软件设计出150对SSR引物,以不同来源南酸枣4个无性系DNA样品对150对SSR引物进行扩增效率检验,发现有115对引物可扩增出清晰条带,其中25对引物具有多态性。本研究结果表明,利用高通量测序技术开发南酸枣SSR分子标记是一种简单而高效的途径,可为南酸枣的居群遗传多样性、遗传结构以及种质资源鉴定研究奠定基础。 展开更多
关键词 南酸枣 转录组 高通量测序 SSR标记
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铁筷子嫩叶转录组信息及SSR标记初步分析
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作者 史小华 马广莹 +1 位作者 邹清成 田丹青 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第10期3297-3304,共8页
铁筷子是毛茛科植物,既是重要中药材,也是新兴的高档宿根花卉。本研究以中国原产铁筷子幼嫩叶片为试材,采用二代测序技术对材料进行转录组测序,通过对原始数据进行质量控制,并用Trinity软件等对处理后数据进行拼接,获得了高质量转录本和... 铁筷子是毛茛科植物,既是重要中药材,也是新兴的高档宿根花卉。本研究以中国原产铁筷子幼嫩叶片为试材,采用二代测序技术对材料进行转录组测序,通过对原始数据进行质量控制,并用Trinity软件等对处理后数据进行拼接,获得了高质量转录本和Unigenes。对Unigenes进行序列比对、功能注释和分类、基因编码区预测及单核苷酸多肽标记(SSR)分析,结果显示,本次测序共获得转录本94 067条,代表的Unigene共有70 119条;Unigenes在非冗余蛋白数据库(Nr)比对,E值得分最高的物种中,睡莲占比最高;Unigenes在GO分类中注释到46个次级功能条目,在KOG功能分类中"翻译后修饰,蛋白开关和分子伴侣"功能注释到的基因最多;通过Nr数据库和软件分析,共有58 403个基因编码区被预测到;同时软件分析共获得SSR分子标记9 057条。本研究较早地为铁筷子的分子研究提供了转录组数据,相关研究结果对促进今后铁筷子基因发掘、分子标记育种等工作将产生积极意义。 展开更多
关键词 铁筷子 转录组 SSR 功能注释
薄壳山核桃转录组中的SSR位点信息分析
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作者 贾展慧 宣继萍 +3 位作者 张计育 王刚 贾晓东 郭忠仁 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第10期3305-3311,共7页
通过对薄壳山核桃转录组数据的分析,开发新的薄壳山核桃分子标记,为研究薄壳山核桃的遗传多样性、分子标记辅助育种提供科学依据。利用ESTtrimmer和cross-match对转录组测序获得的Unigene进行过滤,除去冗杂序列;利用MISA对无冗余Unigen... 通过对薄壳山核桃转录组数据的分析,开发新的薄壳山核桃分子标记,为研究薄壳山核桃的遗传多样性、分子标记辅助育种提供科学依据。利用ESTtrimmer和cross-match对转录组测序获得的Unigene进行过滤,除去冗杂序列;利用MISA对无冗余Unigene进行SSR搜索,并应用Primer3进行SSR引物设计。从搜索序列中发现了10 303个SSR,分布于9 871条Unigenes中,出现频率为18.31%,分布密度为1/4.06 kb。二核苷酸和单核苷酸是主要重复类型,分别占SSR总数的44.27%和40.64%;优势重复基元为A/T、AG/CT和AAC/GTT,分别占单核苷酸的39.66%、二核苷酸的35.22%和三核苷酸的4.90%。88.86%的基序长度集中在10~20 bp。成功设计了5 547对SSR引物。通过对薄壳山核桃高通量转录组序列的SSR信息的研究,表明薄壳山核桃转录组SSR位点出现频率高、分布密度大,具有较高的多态性潜能,能提供丰富的重复类型,可以为研究薄壳山核桃的遗传多样性、分子标记辅助育种、遗传图谱绘制等方面提供有效的理论依据。 展开更多
关键词 薄壳山核桃 转录组 SSR 位点信息 引物设计
基于银耳转录组测序的多糖代谢途径分析 预览
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作者 王东 牛蓓 +7 位作者 宋君 赵树海 雷绍荣 郭灵安 张富丽 刘文娟 常丽娟 赵黎明 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2019年第6期1347-1352,共6页
【目的】对银耳进行转录组测序分析,分析多糖生物合成途径和挖掘关键功能基因。【方法】采用Illumina Hiseq 2500测序平台对银耳菌丝体进行测序,组装得到unigene序列,并与公共数据库进行对比分析和注释,挖掘果糖和甘露糖代谢通路相关基... 【目的】对银耳进行转录组测序分析,分析多糖生物合成途径和挖掘关键功能基因。【方法】采用Illumina Hiseq 2500测序平台对银耳菌丝体进行测序,组装得到unigene序列,并与公共数据库进行对比分析和注释,挖掘果糖和甘露糖代谢通路相关基因。【结果】本研究共得到4.72 Gb raw data,拼接后获得17 008条unigene序列,N50为2073 bp;注释结果表明,76.47 %序列能够注释到Uniprot公共数据库,注释到GO分类和KEGG通路的unigene分别为10 152和5671条。进一步分析银耳果糖和甘露糖代谢途径相关基因,挖掘得到74条unigene;其中编码L-iditol 2-dehydrogenase的unigene最多,其次是butanol dehydrogenase。【结论】基于转录组测序数据解析及预测,为研究银耳多糖和其它产物的生物合成途径及分子机制提供了数据支持,也为银耳品质的形成提供理论依据。 展开更多
关键词 银耳 转录组 果糖和甘露糖代谢途径
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夏枯草的转录组测序与次生代谢产物生物合成相关基因的挖掘
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作者 朱畇昊 张梦佳 +2 位作者 李璐 赵乐 董诚明 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期1220-1226,共7页
目的 获得夏枯草转录组信息,探索夏枯草次生代谢产物生物合成的分子基础。方法 利用Illumina HiSeq 2000高通量测序技术对夏枯草果穗、茎和叶等部位进行转录组测序,经Trinity软件组装后获得Unigene,并进行系统的生物信息学分析。结果 ... 目的 获得夏枯草转录组信息,探索夏枯草次生代谢产物生物合成的分子基础。方法 利用Illumina HiSeq 2000高通量测序技术对夏枯草果穗、茎和叶等部位进行转录组测序,经Trinity软件组装后获得Unigene,并进行系统的生物信息学分析。结果 共获得77 863条Unigene,平均长度为716.72 nt。通过与NR、Swiss-Prot、COG等7个公共数据库进行BLAST比对,共有41 367个Unigene获得注释,注释率为53.13%。在KEGG数据库中,有1 406条Unigene被注释到次生代谢产物合成。通过对转录组数据深入挖掘发现,参与夏枯草三萜类骨架合成的Unigene共有60个,参与酚酸类合成的Unigene共有24个,参与次生代谢后修饰的Unigene共有259个,参与其他次生代谢合成的Unigene共有118个。结论 夏枯草转录组数据为探索夏枯草次生代谢产物的生物合成机制提供了重要的资源,也为利用代谢工程增加夏枯草中重要次生代谢产物含量提供了基础信息。 展开更多
关键词 夏枯草 转录组 次生代谢 生物合成 测序
基于转录组测序技术筛选花[鱼骨]卵巢发育相关基因 预览
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作者 刘慧芬 卢良盛 +6 位作者 王静 周传江 顾钱洪 马晓 冯军厂 聂国兴 李学军 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期1714-1722,共9页
为筛选影响花[鱼骨]卵巢发育相关的基因,采用Illumina Hiseq技术对花[鱼骨]脑、卵巢和肝脏组织进行高通量转录组测序。结果显示,3个组织分别产生了49 484 132、47 540 538和50 622 304个clean reads,组装后共获得了99 878个unigenes,平... 为筛选影响花[鱼骨]卵巢发育相关的基因,采用Illumina Hiseq技术对花[鱼骨]脑、卵巢和肝脏组织进行高通量转录组测序。结果显示,3个组织分别产生了49 484 132、47 540 538和50 622 304个clean reads,组装后共获得了99 878个unigenes,平均长度为1 430 bp。DE seq分析发现,在脑vs.卵巢组中特异性表达的基因数为2 305个,脑vs.肝脏组中特异性表达的基因数为839个,卵巢vs.肝脏组中特异性表达的基因数为1 474个,3个比较组共有的差异表达基因数为860个。GO分析发现,上述差异表达基因主要集中在初级代谢过程(primary metabolic process)、单细胞过程(single-organism process)、有机物代谢过程(organic substance metabolic process)等生物学过程中。KEGG pathway分析显示,一些与卵巢发育和减数分裂相关的信号通路得到了显著富集,如GnRH信号通路、类固醇激素合成、TGF-β信号通路、卵母细胞减数分裂等代谢通路。本研究结果丰富了花[鱼骨]的基因资源,可为花[鱼骨]的繁殖生物学研究提供基础数据。 展开更多
关键词 花[鱼骨] 卵巢发育 转录组
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不同碳源条件下广叶绣球菌转录组分析
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作者 肖冬来 马璐 +1 位作者 杨驰 林衍铨 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期1654-1661,共8页
【背景】广叶绣球菌(Sparassis latifolia)是一种名贵的食用菌,其木质纤维素降解的分子机制尚不明确。【目的】了解广叶绣球菌在不同碳源条件下木质纤维素降解相关基因表达动态。【方法】通过转录组测序技术对分别以葡萄糖、纤维素+木... 【背景】广叶绣球菌(Sparassis latifolia)是一种名贵的食用菌,其木质纤维素降解的分子机制尚不明确。【目的】了解广叶绣球菌在不同碳源条件下木质纤维素降解相关基因表达动态。【方法】通过转录组测序技术对分别以葡萄糖、纤维素+木质素、纤维素及松木屑为碳源的广叶绣球菌基因表达谱进行分析。以葡萄糖为碳源的样本为对照,分别对不同碳源下广叶绣球菌显著差异表达的基因进行功能分析。【结果】Geneontology(Go)富集分析表明,以葡萄糖为碳源的样本为对照,差异表达基因主要富集在碳水化合物利用的过程,如多糖催化过程、碳水化合物催化过程、碳水化合物代谢过程及多糖代谢过程等。碳水化合物活性酶(Carbohydrate-activeenzymes,CAZymes)功能注释表明,碳源种类主要影响了半纤维素和纤维素降解相关糖苷水解酶家族基因的表达,其中涉及半纤维素降解的相关酶基因上调幅度最大。同时,在纤维素+木质素、松木屑为碳源的处理组中一些转录因子基因上调表达显著。【结论】不同碳源显著影响了广叶绣球菌基因表达谱,这种对碳源的适应也可能反映了广叶绣球菌攻击植物细胞壁的机制,研究结果为深入了解广叶绣球菌木质纤维素降解的分子机理和相关功能基因提供了一些参考。 展开更多
关键词 广叶绣球菌 转录组 基因表达 碳源
Transcriptome analysis of the endangered Notopterygium incisum: Coldtolerance gene discovery and identification of EST-SSR and SNP markers
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作者 Yun Jia Ji-Qing Bai +4 位作者 Mi-Li Liu Zhen-Fang Jiang Yan Wu Min-Feng Fang Zhong-Hu Li 《植物多样性:英文版》 CAS CSCD 2019年第1期1-6,共6页
Notopterygium incisum C. C. Ting ex H. T. Chang(Apiaceae) is an endangered perennial herb in China. The lack of transcriptomic and genomic resources for N. incisum greatly hinders studies of its population genetics an... Notopterygium incisum C. C. Ting ex H. T. Chang(Apiaceae) is an endangered perennial herb in China. The lack of transcriptomic and genomic resources for N. incisum greatly hinders studies of its population genetics and conservation. In this study, we employed RNA-seq technology to characterize transcriptomes for the flowers, leaves, and stems of this endangered herb. A total of 56 million clean reads were assembled into 120,716 unigenes with an N50 length of 850 bp. Among these unigenes, 70,245(58.19%) were successfully annotated and 65,965(54.64%) were identified as coding sequences based on their similarities with sequences in public databases. We identified 21 unigenes that had significant relationships with cold tolerance in N. incisum according to gene ontology(GO) annotation analysis. In addition, 13,149 simple sequence repeats(SSRs) and 85,681 single nucleotide polymorphisms were detected as potential molecular genetic markers. Ninety-six primer pairs of SSRs were randomly selected to validate their amplification efficiency and polymorphism. Nineteen SSR loci exhibited polymorphism in three natural populations of N. incisum. These results provide valuable resources to facilitate future functional genomics and conservation genetics studies of N. incisum. 展开更多
关键词 ENDANGERED species ST-SSR marker NOTOPTERYGIUM incisum Single NUCLEOTIDE POLYMORPHISM TRANSCRIPTOME
基于高通量测序的怒江红山茶微卫星位点特征分析 预览
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作者 王大玮 周凡 +1 位作者 沈兵琪 王连春 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期148-155,共8页
以怒江红山茶叶片为材料,采用Illumina Hiseq2000平台测序,共获得140996条无冗余的序列,进行SSR位点搜索后,得到32696个SSR位点,出现频率为23.2%。所搜索的SSR以二核苷酸重复类型最多,三核苷酸和单核苷酸次之,四、五、六核苷酸重复类型... 以怒江红山茶叶片为材料,采用Illumina Hiseq2000平台测序,共获得140996条无冗余的序列,进行SSR位点搜索后,得到32696个SSR位点,出现频率为23.2%。所搜索的SSR以二核苷酸重复类型最多,三核苷酸和单核苷酸次之,四、五、六核苷酸重复类型较少(<1%)。单核苷酸重复类型中以A/T基元较丰富(10.92%);二核苷酸中AG/CT基元出现频率最大,达到49.72%,AT/AT基元和AC/GT基元所占比例相差不多,而CG/CG基元所占比例最少,为0.07%;三核苷酸重复类型中AAG/CTT最多,ACC/GGT、ATC/ATG和AGG/CCT基元次之,CCG/GGC、ACT/AGT和ACG/CGT基元较低,都小于1%;四、五、六核苷酸类型中各重复基元均较少。在怒江红山茶转录组中,微卫星的数量随着对应的重复类型、重复次数的增加而降低,也随重复区段碱基长度的增加而降低。 展开更多
关键词 怒江红山茶 转录组 微卫星 高通量测序
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黑须污蝇不同发育阶段转录组及嗅觉相关基因分析 预览
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作者 王超 包花尔 +3 位作者 乌云高娃 崔阿拉腾乌拉 巴音吉日嘎拉 额尔敦木图 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期685-693,共9页
【目的】建立黑须污蝇Wohlfahrtia magnifica转录组数据库,挖掘黑须污蝇基因数据,为更深入地研究双峰驼阴道蝇蛆病提供理论依据。【方法】采用高通量测序平台Illumina HiseqTM4000对黑须污蝇幼虫、蛹和成虫进行转录组测序,并进行生物信... 【目的】建立黑须污蝇Wohlfahrtia magnifica转录组数据库,挖掘黑须污蝇基因数据,为更深入地研究双峰驼阴道蝇蛆病提供理论依据。【方法】采用高通量测序平台Illumina HiseqTM4000对黑须污蝇幼虫、蛹和成虫进行转录组测序,并进行生物信息学分析。利用黑须污蝇幼虫、蛹和成虫转录组数据,通过基因差异表达分析以及GO功能显著性富集分析的方法筛选出嗅觉相关基因,并通过荧光定量PCR技术对黑须污蝇幼虫、蛹和成虫中OBP99b,OBP56a和OBP99a 3个嗅觉相关基因表达水平进行验证。【结果】结果显示,每个黑须污蝇样本的转录组数据量在4.96 Gb以上,G+C含量在35.35%以上,Q20含量在97%以上。与NCBInr, GO, KEGG, Pfam, Swiss-Prot和eggNOG数据库进行对比,共注释到73 303条unigenes。其中eggNOG数据库注释到的unigenes最多,为35 066条,分布在23个蛋白功能中,其中的翻译修饰、蛋白质周转的unigenes所占比例较大;GO数据库注释到的unigenes数为29 193条,功能包括分子功能、细胞组分、生物学过程三大类50个分支,其中参与生物学过程和氧化还原过程的unigenes比例较大;KEGG数据库注释到的unigenes数为15 068条,其中参与信号转导过程的unigenes比例较大。上述数据表明该转录组测序结果较好,为后续研究奠定了基础。依据黑须污蝇幼虫、蛹、成虫转录组数据筛选到30个嗅觉相关基因,其中包含9个气味结合蛋白(OBP)基因,进一步基因注释发现OBP99b,OBP56a和OBP99a基因在黑须污蝇不同发育阶段表达差异显著(|log2FC|>1,P<0.05),这在荧光定量PCR分析结果中得到了验证。【结论】本研究获得了黑须污蝇幼虫、蛹和成虫转录组数据,筛选出黑须污蝇各发育阶段嗅觉相关基因,并验证了OBP99b,OBP56a和OBP99a基因在黑须污蝇幼虫、蛹和成虫3个发育阶段差异表达,为防治双峰驼阴道蝇蛆病提供了新思路。 展开更多
关键词 黑须污蝇 转录组 高通量测序 生物信息学分析 荧光定量PCR
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基于转录组数据的齿缘刺猎蝽微卫星分子标记开发 预览
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作者 黎东海 赵萍 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期694-702,共9页
【目的】齿缘刺猎蝽Sclomina erinacea是我国猎蝽科天敌昆虫常见种类,其不同地理种群存在明显形态差异。本研究旨在利用已经获得的齿缘刺猎蝽转录组数据筛选微卫星位点,为齿缘刺猎蝽种群遗传多样性和遗传分化研究开发可靠的微卫星分子... 【目的】齿缘刺猎蝽Sclomina erinacea是我国猎蝽科天敌昆虫常见种类,其不同地理种群存在明显形态差异。本研究旨在利用已经获得的齿缘刺猎蝽转录组数据筛选微卫星位点,为齿缘刺猎蝽种群遗传多样性和遗传分化研究开发可靠的微卫星分子标记。【方法】基于高通量测序技术平台Illumina HiSeqTM 2000获得齿缘刺猎蝽转录组数据(42 215条unigenes),利用MISA软件进行搜索发掘SSR标记;利用Primer Premier 3软件设计SSR引物,从中随机选取54对SSR引物,利用PCR技术在中国齿缘刺猎蝽9个地理种群上进行验证。【结果】利用MISA软件搜索到微卫星位点2 395个,它们分布在2 107条unigenes上,其主要重复类型是三核苷酸重复(占总SSR的44.43%),其次是二核苷酸重复(占总SSR的40.08%),再次是四核苷酸重复(占总SSR的12.94%)。利用Primer Premier 3软件成功设计出2 000余对SSR引物。随机选取的54对引物对9个齿缘刺猎蝽不同地理种群进行的SSR位点PCR扩增结果表明,共有16对引物较好地扩增出目的片段。【结论】研究表明利用齿缘刺猎蝽转录组数据可以大量发掘微卫星分子标记。本研究为进一步开展齿缘刺猎蝽的种群遗传学研究奠定了基础。 展开更多
关键词 齿缘刺猎蝽 转录组 微卫星 引物设计 高通量测序
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口虾蛄转录组微卫星标记开发 预览
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作者 张阳 娄方瑞 韩志强 《浙江海洋大学学报:自然科学版》 CAS 北大核心 2019年第2期95-99,共5页
采用高通量测序技术获得的口虾蛄转录组测序数据,筛选具有多态性的SSR标记。结果共获得87355条Unigene,67657个微卫星位点,其中双碱基重复和三碱基重复的SSR较多,分别有30235个和17590个,占总数的44.69%和26%。获得230种重复类型,其中... 采用高通量测序技术获得的口虾蛄转录组测序数据,筛选具有多态性的SSR标记。结果共获得87355条Unigene,67657个微卫星位点,其中双碱基重复和三碱基重复的SSR较多,分别有30235个和17590个,占总数的44.69%和26%。获得230种重复类型,其中双碱基中的AC/GT重复和三碱基中的AGG/CCT重复是重复次数较多的重复类型。从中挑选碱基重复次数较多的微卫星引物共50对进行合成。用北海24个口虾蛄样品进行验证,获得条带清晰和多态性好的引物6对。6个微卫星位点在口虾蛄北海群体的遗传多样性分析中均表现出较高的多态性。平均有效等位基因数(k)为5.17,观测杂合度(Ho)为0.4372,平均期望杂合度(He)为0.6724,多态信息含量为(PIC)为0.6023,这说明开发的6对SSR标记均适合群体遗传多样性研究。为口虾蛄进一步遗传多样性的研究奠定了基础。 展开更多
关键词 口虾蛄 微卫星 转录组 遗传多样性
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基于转录-代谢联合分析哈茨木霉ACCC32527对NaCl胁迫的分子调节 预览
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作者 向杰 陈敬师 +3 位作者 夏鑫鑫 刘快 李世贵 顾金刚 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第12期2079-2091,共13页
【目的】通过NaCl胁迫下哈茨木霉(Trichoderma harzianum)ACCC32527差异转录组和代谢组数据分析,挖掘关键功能型差异表达基因(DEG)及次级代谢产物。【方法】采用RNAseq和GCTOFMS技术分别完成0(T1)、0.4(T2)、0.6(T3)mol·L^-1NaCl... 【目的】通过NaCl胁迫下哈茨木霉(Trichoderma harzianum)ACCC32527差异转录组和代谢组数据分析,挖掘关键功能型差异表达基因(DEG)及次级代谢产物。【方法】采用RNAseq和GCTOFMS技术分别完成0(T1)、0.4(T2)、0.6(T3)mol·L^-1NaCl胁迫下哈茨木霉ACCC32527的差异表达基因和次级代谢产物检测,利用相关软件及数据库(GO、COG、KEGG pathway等)完成对差异表达基因(|log2fold change)|>1&FDR<0.01)和次级代谢产物(P-value≤0.05&VIP>1)的筛选、注释和分类,并进行RTqPCR验证。【结果】NaCl胁迫处理后,ACCC32527的生长受到抑制,繁殖速率明显降低,并在该条件下分别获得T1 vs T2和T1 vs T3比较组637、1570个DEG,获得DEG的16种表达模式,包括9种上调表达模式(950gene)、3种下调表达模式(662gene)和4种不规则表达模式(309gene),共有的GO功能分类为催化活性、结合、细胞器、细胞膜部分、细胞膜、细胞部分、细胞、单组织过程和代谢过程,且占主要比例,约为61%—94%,其中处理前后基因比例差异较大的分类为催化活性。KEGG代谢通路富集分析发现,不同NaCl浓度处理下的DEG富集到的代谢通路种类及数量存在较大差异,分别有225和535个差异基因富集于20条KEGG通路,包括代谢通路、抗生素的合成和次级代谢产物合成,其中T2和T3处理下核糖体的生物合成途径分别有12个和18个相关基因受到抑制。从NaCl胁迫下差异转录组中筛选出活性氧清除、离子转运和细胞壁及胞外结构等共73个相关基因,并且多数为上调表达基因。另外,差异代谢组学分析表明,T3处理下,胞内小分子代谢物出现明显变化,累积量增加的代谢产物有30种,包括氨基酸及其衍生物、糖类及其衍生物和醇类,而减少的代谢物有53种,涉及脂肪酸和有机酸等。其中,甘油是已知的真菌重要渗透保护物,T3处理下ACCC32527胞内甘油水平提高,可参与细胞的渗透调节,维持渗透压平衡。RTqPCR验� 展开更多
关键词 NACL 哈茨木霉 转录组 代谢组 耐盐机理
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萝卜蚜有翅型和无翅型转录组差异分析 预览
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作者 张秋圆 李昭 +2 位作者 张慧杰 王小平 朱智慧 《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期40-44,共5页
采用Illumina测序平台获得了萝卜蚜转录组数据,有翅蚜和无翅蚜混合样本共得到107992806条CleaningReads,组装得到69588条Unigene序列,平均长度为716bp。有翅蚜测序结果共得到44620184条CleaningReads;无翅萝卜蚜测序结果共得到47113716... 采用Illumina测序平台获得了萝卜蚜转录组数据,有翅蚜和无翅蚜混合样本共得到107992806条CleaningReads,组装得到69588条Unigene序列,平均长度为716bp。有翅蚜测序结果共得到44620184条CleaningReads;无翅萝卜蚜测序结果共得到47113716条CleaningReads。2组样品差异表达基因的分析表明共有显著性差异表达基因104个,其中表达上调基因有74个,表达下调基因有30个。对差异表达基因进行GO注释及KEGG富集分析显示,Hippo信号通路、甲状腺激素信号通路和催产素信号通路与翅型分化及与之紧密联系的生殖率差异相关性较强。 展开更多
关键词 萝卜蚜 转录组 生物信息学分析 差异表达基因
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ΔS2 SF1a-PRLR对人类乳腺癌细胞转录组的影响 预览
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作者 唐海欧 聂玺 +3 位作者 张洁 张惠娟 谢安心 谭敦勇 《癌症进展》 2019年第2期217-222,共6页
目的探讨SF1a-PRLR和ΔS2 SF1a-PRLR对人类乳腺癌细胞转录组的影响,分析两者在乳腺癌细胞中的基因表达差异。方法构建携带ΔS2 SF1a-PRLR与SF1a-PRLR的慢病毒载体,将稳转细胞总RNA分离纯化,然后进行RNA测序,整理数据并进行生物信息学统... 目的探讨SF1a-PRLR和ΔS2 SF1a-PRLR对人类乳腺癌细胞转录组的影响,分析两者在乳腺癌细胞中的基因表达差异。方法构建携带ΔS2 SF1a-PRLR与SF1a-PRLR的慢病毒载体,将稳转细胞总RNA分离纯化,然后进行RNA测序,整理数据并进行生物信息学统计和分析。将人乳腺癌MCF-7 细胞分为空白对照组(con组)(空载体)、过表达SF1a-PRLR 基因组(过表达SF1a-PRLR 基因)、过表达ΔS2 SF1a-PRLR 基因组(过表达ΔS2SF1a-PRLR基因)。结果 G8-3(将ΔS2 SF1a简称为G8)、Con-1、1a-3(将SF1a简称为1a)与G8-1的相似度均偏低,G8-3 与1a-1 的相似度最高。主成分分析(PCA)结果显示,G8-1、Con-2 为离群样本,G8-3、G8-2、1a-3、1a-2、1a-1为相似性高的样本。高通量测序结果显示,过表达SF1a-PRLR 基因组、过表达ΔS2 SF1a-PRLR 基因组和con 组的转录组表达情况存在差异。con 组和过表达SF1a-PRLR 基因组的差异基因进行京都基因和基因组数据库(KEGG)通路富集分析,发现涉及调节肿瘤生长和维持肿瘤细胞多能性的多条信号通路获得富集,如丝裂原激活蛋白激酶(MAPK)、肿瘤坏死因子(TNF)、转化生长因子-β(TGF-β)、磷脂酰肌醇-3-激酶(PI3K)/蛋白激酶B(PKB,又称AKT)、环腺苷一磷酸(cAMP)、Hedgehog、Hippo 信号通路。对con 组和过表达ΔS2 SF1a-PRLR 基因组的差异基因进行KEGG 通路富集分析,发现涉及调节肿瘤生长的多条信号通路获得富集,如MAPK、TNF、TGF-β、PI3K/AKT、ErbB、Hedgehog、Hippo 信号通路。通过可变剪切分析发现,3 组样本中主要发现了6 种不同的剪切模式。单核苷酸多态性(SNP)分析结果显示,过表达SF1a-PRLR 基因组的MCF-7 细胞中有42 885 个SNP 位点,过表达ΔS2 SF1a-PRLR基因组MCF-7 细胞中有37 305个SNP位点,con 组的MCF-7 细胞中有31 583个SNP位点。结论过表达SF1a-PRLR基因和过表达ΔS2 SF1a-PRLR基因能够影响MCF-7乳腺癌细胞的多种基因的表达,且可通过MAPK、TGF-β、PI3K/AKT、Hedgehog 展开更多
关键词 乳腺癌 ΔS2 SF1a 主成分分析 转录组
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Integrating transcriptomic and proteomic analyses of photoperiodsensitive in near isogenic maize line under long-day conditions 预览
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作者 SONG Xiao-heng TIAN Lei +6 位作者 WANG Shun-xi ZHOU Jin-long ZHANG Jun CHEN Zan WU Liu-ji KU Li-xia CHEN Yan-hui 《农业科学学报:英文版》 SCIE CAS CSCD 2019年第6期1211-1221,共11页
As a short-day plant species, maize requires an optimal photoperiod for inducing reproductive growth. However, there is a lack of information regarding photoperiod-induced changes in maize mRNA and protein levels. In ... As a short-day plant species, maize requires an optimal photoperiod for inducing reproductive growth. However, there is a lack of information regarding photoperiod-induced changes in maize mRNA and protein levels. In this study, a photoperiod-insensitive maize inbred line and its near isogenic photoperiod-sensitive line were used. By integrating RNAbased transcriptomic and iTRAQ LC-MS/MS-based proteomic approaches, we generated a comprehensive inventory of the transcripts and proteins with altered abundances in response to a long photoperiod(LP) during growth stage transitions. We detected 22 000 transcripts in RNA-sequence runs and 5 259 proteins from an iTRAQ-based analysis. A weak correlation between mRNA-and protein-level changes was observed, suggesting the LP-induced transition between maize growth stages is largely regulated post-transcriptionally. Differentially expressed genes influenced by LP conditions were associated with several regulatory processes in both maize inbred lines, especially phosphate ion transport and the circadian rhythm. Additionally, 31 transcripts and six proteins related to photoperiodic flowering in maize were identified by comparing transcriptomic and proteomic data. This transcriptomic and proteomic analysis represents the first comprehensive and comparative study of gene/protein-level changes occurring in photoperiod-sensitive and-insensitive maize inbred lines during growth stage transitions under LP conditions. 展开更多
关键词 development transition long PHOTOPERIOD NEAR isogenic LINE proteome transcriptome
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基于转录组测序的温带臭虫SSR和SNP位点分析 预览
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作者 李敏 王青 +2 位作者 陈晨 付艺杰 石太瑞 《山西农业大学学报:自然科学版》 CAS 北大核心 2019年第4期52-57,共6页
[目的]温带臭虫( Cimex lectularius )是世界性分布的吸血性寄生虫,主要靠吸食人血为生。探究温带臭虫转录组SSR和SNP分布规律,可为后期温带臭虫的SSR和SNP分子标记开发、遗传多样性分析以及遗传图谱构建等研究奠定基础。[方法]以转录... [目的]温带臭虫( Cimex lectularius )是世界性分布的吸血性寄生虫,主要靠吸食人血为生。探究温带臭虫转录组SSR和SNP分布规律,可为后期温带臭虫的SSR和SNP分子标记开发、遗传多样性分析以及遗传图谱构建等研究奠定基础。[方法]以转录组数据为基础,利用软件msatcommander v0.8.2和SOAPsnp v1.03系统分析了SSR 和SNP 位点多态性和分布特征。[结果]温带臭虫转录组数据的25 468条unigene中含有4 758个SSR位点,分布在4 171 unigene序列中。其中单核苷酸重复的次数最多,共有2 795个,占总数的58.74%,其次是三核苷酸重复和二核苷酸重复分别是984个(20.68%)和764个(16.06%),四核苷酸重复有195个(4.10%),而五、六核苷酸重复最少,仅出现20次(0.42%)。在温带臭虫的SSR位点中,共出现30个重复基元,其中优势的重复基元类型是A/T,共有 2 757 个,其次是AT/AT,有474个,ATT/AAT有342个。在25 468个unigene中共发现76 562个simple SNPs,其中转换类型46 634个,占60.91%,颠换类型29 928个,占39.09%。碱基转换类型比例高于颠换类型。6种单碱基变异类型中,C-T发生频率最高,比例为30.69%,其次为A-G,比例为30.22%。[结论]温带臭虫转录组中SSR和SNP位点数量多,出现频率高,且类型丰富。 展开更多
关键词 温带臭虫 转录组 微卫星 单核苷酸多态性
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角鳖RNA-seq转录组分析及生长相关基因筛选
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作者 罗志嘉 李潇 +3 位作者 曾丹 王佩 彭娜 王晓清 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期1480-1487,共8页
角鳖是一种具有极高经济价值的淡水动物,市场开发潜力较大。其生长上存在的显著差异,制约了角鳖养殖业的健康可持续发展。为了探索角鳖生长发育的相关分子机制,本研究以生长存在显著差异的快长组和慢长组角鳖肝脏为材料,采用Illumina Hi... 角鳖是一种具有极高经济价值的淡水动物,市场开发潜力较大。其生长上存在的显著差异,制约了角鳖养殖业的健康可持续发展。为了探索角鳖生长发育的相关分子机制,本研究以生长存在显著差异的快长组和慢长组角鳖肝脏为材料,采用Illumina HiSeq TM 2500高通量测序平台进行转录组分析,经过拼接组装共获得264 757 372条Clean reads,148 093个Unigene,序列平均长度为900.8 bp。将Unigene与NR、SWISSPROT、KOG、KEGG和GO进行比对,共有34 666条得到了注释结果。通过以快长组为对照组,慢长组为实验组进行基因表达情况对比,结果显示有2 246个基因表达存在差异,其中显著性上调的基因1 264个,显著性下调的基因982个。通过KEGG pathway分析,Fox O信号通路、p53信号通路、PI3K-Akt信号通路、细胞凋亡、TGF-beta信号通路及胰岛素信号通路等生长发育相关代谢途径的部分基因表达存在显著的差异。本研究为进一步揭示角鳖生长发育的相关分子机制、生长相关基因克隆和表达等研究及奠定了坚实的基础,也为后续开展龟鳖类分子生物学研究提供了宝贵的基因数据来源。 展开更多
关键词 角鳖 RNA-SEQ 转录组 生长基因筛选
口虾蛄青岛和舟山群体比较转录组研究 预览
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作者 张阳 娄方瑞 韩志强 《浙江海洋大学学报:自然科学版》 CAS 北大核心 2019年第3期195-204,共10页
随着环境的变化,很多生物正经历着其祖先从未经历过的多重环境胁迫,为了研究不同地理群体对环境适应机制的差异性,采集了青岛和舟山的口虾蛄样品进行转录组测序和分析,比较不同群体间转录组差异。2个群体的口虾蛄经高通量测序后共获得60... 随着环境的变化,很多生物正经历着其祖先从未经历过的多重环境胁迫,为了研究不同地理群体对环境适应机制的差异性,采集了青岛和舟山的口虾蛄样品进行转录组测序和分析,比较不同群体间转录组差异。2个群体的口虾蛄经高通量测序后共获得60223条Unigene,青岛群体获得121606条Unigene,舟山群体获得157584条Unigene。2个群体口虾蛄的差异表达基因为11391个。其中上调基因为6477个,下调基因为4914个。对差异表达基因进行GO功能分析和Pathway富集分析,得到61个不同的GO功能分类和257个代谢通路。其中包含2个GO功能显著性富集分类和40个显著性富集代谢通路。GO显著富集表现在氧化还原酶活性和酰基Coa脱氢酶活性两个生物功能,显著性富集代谢通路主要表现在生理生化代谢途径和信号传导途径。结果表明2个群体的口虾蛄对环境的适应性存在较大差异,为全球环境变化风险评估提供基础。 展开更多
关键词 口虾蛄 转录组 基因注释 功能分类 差异表达基因
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