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文章速递青海湖裸鲤eif5b基因克隆与初步功能分析 认领
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作者 周其椿 张显波 +4 位作者 李建光 曾圣 闵倩雯 陈飞雄 杨兴 《贵州农业科学》 CAS 北大核心 2021年第2期92-96,共5页
【目的】围绕青海湖裸鲤卵巢中的eif5b基因克隆和功能开展相关研究,为青海湖裸鲤的卵巢发育机制研究提供理论基础数据。【方法】采用RACE和RT-PCR克隆青海湖裸鲤eif5b全长cDNA序列,对其进行生物信息分析,通过表达研究对其功能进行初步... 【目的】围绕青海湖裸鲤卵巢中的eif5b基因克隆和功能开展相关研究,为青海湖裸鲤的卵巢发育机制研究提供理论基础数据。【方法】采用RACE和RT-PCR克隆青海湖裸鲤eif5b全长cDNA序列,对其进行生物信息分析,通过表达研究对其功能进行初步分析。【结果】青海湖裸鲤eif5b全长cDNA序列为2209 bp,包含1293 bp开放阅读框,编码430个氨基酸。氨基酸序列同源性比较发现,克隆的eif5b与其他脊椎动物的亲缘性相近,同源性为75.7%~95.1%,处于系统进化树上同一分支;eif5b与其邻近基因lipt1的共线性在整个脊椎动物中高度保守。【结论】青海湖裸鲤eif5b表达于脑、垂体、鳃、心脏、脾脏、卵巢、精巢和肾脏,在3、6、9、12、18、24月龄卵巢中均存在表达。 展开更多
关键词 青海湖裸鲤 eif5b基因 基因克隆 基因表达
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克氏原螯虾sex-lethal基因的克隆与表达分析 认领
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作者 费佳敏 石林林 李艳和 《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期120-128,共9页
为探究克氏原螯虾sex-lethal基因(Sxl)的功能与分子机制,采用RACE(rapid amplification of cDNA ends)技术克隆获得4个克氏原螯虾Sxl cDNA序列,利用荧光定量PCR技术检测其在不同组织以及早期发育时期的表达情况。生物信息学分析发现,Pc... 为探究克氏原螯虾sex-lethal基因(Sxl)的功能与分子机制,采用RACE(rapid amplification of cDNA ends)技术克隆获得4个克氏原螯虾Sxl cDNA序列,利用荧光定量PCR技术检测其在不同组织以及早期发育时期的表达情况。生物信息学分析发现,PcSxlβ和PcSxlδ比PcSxlγ多了一段77 bp的碱基序列,而PcSxlβ和PcSxlδ预测所得的氨基酸序列较PcSxlγ短。克氏原螯虾的Sxl氨基酸序列与红螯螯虾的序列相似性较高(75.76%)。保守结构域分析显示,这4种转录异构体序列预测的氨基酸序列都具有2个相同的高度保守的RRM结构域。表达分析结果显示,PcSxl在成年雄性克氏原螯虾的触角腺和鳃中表达量较高,在成年雌性中则是中肠和前肠的表达量较高,雌性卵巢中的表达量要显著高于雄性精巢。早期发育时期中,无节幼体时期的表达量最高,在蚤状幼体期表达量出现下降,但在出膜后第1天表达量又有所升高,随后整体则呈现出逐渐下降的趋势。以上结果表明克氏原螯虾PcSxl与其性别分化有关。 展开更多
关键词 克氏原螯虾 Sxl基因 性别决定 性别调控基因 转录异构体 基因表达 单性养殖
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苹果液泡铁离子转运蛋白基因家族的鉴定与表达分析 认领
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作者 杨亚明 丁毓端 +6 位作者 陈丽娟 田雪婷 殷伟杰 彭红慧 杜薇 梁丽平 任小林 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第2期205-218,共14页
液泡铁离子转运蛋白(vacuolar iron transporter,VIT)参与铁的储存和运输,对植物光合作用、固氮、呼吸、DNA和激素合成有重要作用。本研究中鉴定了苹果全基因组的9个VIT基因,通过系统发育分析其进化关系,表明苹果VIT蛋白与拟南芥进化关... 液泡铁离子转运蛋白(vacuolar iron transporter,VIT)参与铁的储存和运输,对植物光合作用、固氮、呼吸、DNA和激素合成有重要作用。本研究中鉴定了苹果全基因组的9个VIT基因,通过系统发育分析其进化关系,表明苹果VIT蛋白与拟南芥进化关系较近。染色体定位显示9个VIT基因分布在7条染色体上,VIT基因的启动子区域富含光反应、植物激素调控和启动子相关顺式作用元件。表达谱分析显示VIT基因在花和果实中的表达量相对较高。此外,对MdVIT家族进行蛋白理化性质、String互作网络和基因结构等分析,表明苹果VIT家族扩增的主要因素是串联重复和片段复制,与苹果VIT蛋白互作的主要蛋白是阳离子共转运蛋白(XP_008372221.1和XP_008383418.1)。qRT-PCR分析结果表明:在2000μmol·L-1FeSO4·7H2O(高铁)处理的‘M26’苹果砧木苗中,苹果VIT家族基因在不同组织的表达中存在差异,6 h后,MdVIT4在茎中的相对表达量最高,是对照的237倍。24 h后,MdVIT1和MdVIT2在叶片中的相对表达量与对照相比呈现上调表达,分别是对照的6.6倍和12.0倍。综上,基因MdVIT1、MdVIT2和MdVIT4可能与植物耐铁胁迫有密切关系,为苹果逆境胁迫机制研究提供参考。 展开更多
关键词 苹果 基因 液泡铁离子转运蛋白 VIT基因 基因表达
大麦S-腺苷甲硫氨酸合成酶基因HvSAMS2对非生物胁迫响应的表达分析 认领
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作者 张寒冰 张书发 +2 位作者 李毛 武军 陈新宏 《农业生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期35-46,共12页
植物在盐胁迫环境下通过多胺积累提高自身的耐受性,S-腺苷甲硫氨酸合成酶(Sadenosylmethionine synthetase, SAMS)是多胺合成过程中的重要限速酶。本研究从’农家二棱’大麦(Hordeum vulgare)中克隆HvSAMS2基因,分别对其进行生物信息学... 植物在盐胁迫环境下通过多胺积累提高自身的耐受性,S-腺苷甲硫氨酸合成酶(Sadenosylmethionine synthetase, SAMS)是多胺合成过程中的重要限速酶。本研究从’农家二棱’大麦(Hordeum vulgare)中克隆HvSAMS2基因,分别对其进行生物信息学、组织表达特异性及非生物胁迫响应、亚细胞定位、酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)中的耐盐性等分析。结果显示,HvSAMS2基因全长为1 297bp,包含长度为1 185 bp的开放阅读框,中间没有内含子;预测蛋白含有394个氨基酸,分子量为42.83 k D,理论等电点为5.58。氨基酸多重比对分析表明,HvSAMS2与不同物种SAMS蛋白之间高度保守,与粗山羊草(Aegilops tauschii) SAMS2具有最高的同源性(一致率为93.06%)。对绿色荧光蛋白的观察显示,HvSAMS2定位于细胞核和细胞膜上,在细胞核分布更多。qRT-PCR检测结果显示,HvSAMS2表达具有组织特异性,大麦根部的HvSAMS2表达量最高,叶部次之,茎中最低;HvSAMS2被干旱、低温、盐及茉莉酸甲酯(methyl jasmonate, MeJA)诱导而显著表达。构建过表达载体pYES2-HvSAMS2,转染酿酒酵母营养缺陷型INVSc1进行异源表达,HvSAMS2基因在盐胁迫下增强了宿主菌的耐盐能力。综上,HvSAMS2可能在响应非生物逆境胁迫过程中具有重要作用,本研究为深入探讨SAMS抗盐的分子机制提供基础资料。 展开更多
关键词 大麦 S-腺苷甲硫氨酸合成酶2基因(SAMS2) 基因克隆 基因表达 逆境耐受性
六点始叶螨内参基因筛选及其在超氧化物歧化酶基因EsSOD表达分析中的应用 认领
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作者 梁晓 陈青 +1 位作者 伍春玲 方永军 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2021年第1期175-181,共7页
为了筛选稳定内参基因分析六点始叶螨超氧化物歧化酶基因EsSOD的表达量,本研究采用geNorm、Bestkeeper、Normfinder和RefFinder软件分析6个候选内参基因actin、gapdh、rpl13、α-tub、β-tub和18sRNA在六点始叶螨幼螨、前若螨、后若螨... 为了筛选稳定内参基因分析六点始叶螨超氧化物歧化酶基因EsSOD的表达量,本研究采用geNorm、Bestkeeper、Normfinder和RefFinder软件分析6个候选内参基因actin、gapdh、rpl13、α-tub、β-tub和18sRNA在六点始叶螨幼螨、前若螨、后若螨和雌成螨中的表达稳定性。结果表明,根据geNorm软件分析得出6个候选内参引物的稳定性从大到小的排序为:actin>β-tub>rpl13>α-tub>gapdh>18sRNA;根据NormFinder软件分析得出的稳定性从大到小的排序为:rpl13>β-tub>actin>α-tub>18sRNA>gapdh;根据BestKeeper软件分析得出的稳定性从大到小的排序为:β-tub>rpl13>actin>gapdh>α-tub>18sRNA;最终根据RefFinder软件的综合分析结果,actin和β-tub是稳定性最佳的2个内参引物。分别以actin和β-tub为内参进行EsSOD基因表达量的RT-qPCR分析,结果表明,与取食感螨橡胶树种质‘IAN2904’后EsSOD表达量相比,不同龄期六点始叶螨取食抗螨橡胶树种质‘IRCI12’后EsSOD表达量均降低。本研究获得了可用于六点始叶螨EsSOD表达量分析的稳定内参引物,为橡胶树种质抗螨性分子机理研究奠定了理论基础。 展开更多
关键词 六点始叶螨 内参基因 超氧化物歧化酶基因EsSOD 基因表达
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菊花萜类物质代谢关键酶FAS基因的克隆及功能分析 认领
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作者 胡昊 杨婷 +2 位作者 高莉萍 Maarten AJongsma 王彩云 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第2期313-324,共12页
以菊花模式品种(Chrysanthemum morifolium‘1581’)为材料,通过固相微萃取(SPME)结合GC-MS气相质谱联用技术分析其叶片及子房中次生代谢挥发物成分及相对含量,发现萜类代谢物在挥发物中占主要地位。基于转录组测序结果,从萜类合成酶基... 以菊花模式品种(Chrysanthemum morifolium‘1581’)为材料,通过固相微萃取(SPME)结合GC-MS气相质谱联用技术分析其叶片及子房中次生代谢挥发物成分及相对含量,发现萜类代谢物在挥发物中占主要地位。基于转录组测序结果,从萜类合成酶基因FDS基因家族中克隆得到1个菊花法尼醇合成酶(Farnesol synthase,CmFAS)基因。其ORF全长1197 bp,编码氨基酸398个,5′端具有质体定位信号肽。进化树分析表明CmFAS属于菊科植物FDS家族,与除虫菊及艾蒿中的单萜合成酶CDS亲缘关系最近。多重比对及氨基酸序列分析证实,CmFAS具备该基因家族典型的类异戊二烯代谢催化活性保守结构域。基因时空表达分析显示CmFAS在菊花幼嫩组织中表达量最高,其次是子房与成熟叶片,但均低于菊花中另外2个FDS基因。通过大肠杆菌原核表达与酶学反应证实,CmFAS可以利用类异戊二烯代谢路径上游底物二甲基丙烯焦磷酸(DMAPP)和异戊烯基焦磷酸(IPP)以及菊基焦磷酸(CPP)分别产生法尼醇和菊基醇,同时具备了异戊烯基转移酶以及萜类合成酶的双重活性。法尼醇合成酶CmFAS是菊花中鉴定的第1个质体定位的倍半萜合成酶。 展开更多
关键词 菊花 法尼醇合成酶 萜类化合物 基因表达 原核表达
CREPT在人脑胶质母细胞瘤组织中的表达及其与病人预后的关系 认领
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作者 王睿健 张文超 尹涛 《中国临床神经外科杂志》 2021年第1期20-22,25,共4页
目的探讨人脑胶质母细胞瘤(GBM)组织肿瘤高表达细胞周期相关蛋白(CREPT)的表达水平及其与病人预后的关系。方法收集2010年1月至2011年1月手术切除的GBM组织104例和2018年1~12月颅脑损伤内减压术中切除的正常脑组织40例,采用免疫组织化... 目的探讨人脑胶质母细胞瘤(GBM)组织肿瘤高表达细胞周期相关蛋白(CREPT)的表达水平及其与病人预后的关系。方法收集2010年1月至2011年1月手术切除的GBM组织104例和2018年1~12月颅脑损伤内减压术中切除的正常脑组织40例,采用免疫组织化学染色法检测CREPT的表达,根据染色情况将GBM分为高表达组和低表达组。GBM病人术后随访截止时间为2019年4月,记录总生存期(OS)和无进展生存期(PFS)。采用多因素Cox比例回归风险模型分析GBM病人生存预后的影响因素。用Kaplan-Meier法绘制生存曲线,采用Log-rank检验。结果GBM组织CREPT高表达率(73.08%,76/104)明显高于正常脑组织(10.00%,4/40;P<0.05)。多因素Cox比例回归风险模型分析结果显示CREPT高表达是GBM病人OS和PFS较短的独立影响因素(P<0.05)。低表达组OS和PFS均明显高于高表达组(P<0.05)。结论人脑GBM组织CREPT呈高表达,与病人不良生存预后和肿瘤进展有关。 展开更多
关键词 胶质母细胞瘤 肿瘤高表达细胞周期相关蛋白 CREPT 预后 基因表达
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朱红毛斑蛾实时荧光定量PCR内参基因的筛选 认领
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作者 陈炼 田忠 +4 位作者 王小云 陈学敏 陆温 王小平 郑霞林 《环境昆虫学报》 CSCD 北大核心 2021年第1期15-24,共10页
筛选朱红毛斑蛾Phauda flammans(Walker)在不同成虫组织、性别及发育阶段处理条件下稳定表达的内参基因,为进一步开展朱红毛斑蛾相关基因的定量研究提供参考。本研究以不同成虫组织(头、胸、腹、足、翅和触角)、不同成虫性别和不同发育... 筛选朱红毛斑蛾Phauda flammans(Walker)在不同成虫组织、性别及发育阶段处理条件下稳定表达的内参基因,为进一步开展朱红毛斑蛾相关基因的定量研究提供参考。本研究以不同成虫组织(头、胸、腹、足、翅和触角)、不同成虫性别和不同发育阶段(卵、幼虫、蛹和成虫)为实验材料,对10个候选内参基因进行实时荧光定量PCR(qRT-PCR),并使用GeNorm、NormFinder和BestKeeper软件及RefFinder网站对候选内参基因的表达稳定性进行评价和综合分析。结果表明:在朱红毛斑蛾不同成虫组织基因定量研究中,TUB2>GAPDH>TUB1>AK>EF1α>ACTIN3>TBP>TUB3>ACTIN2>RPL32,建议以TUB2和GAPDH作为内参基因;在不同成虫性别基因定量研究中,TUB1>EF1α>ACTIN3>RPL32>ACTIN2>TUB2>AK>GAPDH>TUB3>TBP,建议以TUB1和EF1α作为内参基因;在不同发育阶段基因定量研究中,ACTIN3>TBP>TUB1>EF1α>TUB3>ACTIN2>GAPDH>RPL32>TUB2>AK,建议以ACTIN3和TBP作为内参基因。基于GeNorm分析,最佳内参基因使用数目为2个。 展开更多
关键词 基因表达 表达稳定性 GENORM NORMFINDER BestKeeper RefFinder
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红花1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸合成酶基因CtDXS1的克隆及表达分析 认领
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作者 谭政委 李磊 +6 位作者 余永亮 许兰杰 杨红旗 董薇 鲁丹丹 马新明 梁慧珍 《河南农业科学》 北大核心 2021年第2期39-49,共11页
1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸合成酶(1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase,DXS)是2-C-甲基-D-赤藓糖醇-4-磷酸(2-C-methyl-D-erythritol-4-phosphate,MEP)途径中的第一个关键酶,在植物萜类化合物生物合成中起着重要作用。为了明确红花DX... 1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸合成酶(1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase,DXS)是2-C-甲基-D-赤藓糖醇-4-磷酸(2-C-methyl-D-erythritol-4-phosphate,MEP)途径中的第一个关键酶,在植物萜类化合物生物合成中起着重要作用。为了明确红花DXS基因的序列特征和表达特点,结合红花转录组数据,以豫红花1号为试验材料,首次克隆得到1个红花DXS基因的全长cDNA序列,命名为CtDXS1,并对其进行生物信息学分析和基因表达特点分析。结果表明,红花CtDXS1基因的开放阅读框(ORF)长2136 bp,编码711个氨基酸,其蛋白质分子质量是76503.10 u,蛋白质保守区预测表明,CtDXS1具有典型的转酮醇酶家族功能结构域。系统进化分析显示,CtDXS1与来自黄花蒿的DXS亲缘关系最近,属于DXS基因家族的Ⅰ类基因。组织特异性表达分析表明,CtDXS1基因在苞片中表达量最高,其次是叶和茎,在其他组织部位中表达量较低;不同花色红花基因表达定量分析表明,CtDXS1基因在黄色红花中表达量较高;干旱、低温胁迫能够诱导CtDXS1基因表达上调;茉莉酸甲酯(MeJA)能诱导CtDXS1基因的表达,而赤霉素(GA3)和脱落酸(ABA)对CtDXS1基因表达有一定的抑制作用。构建原核表达载体pET28-CtDXS1并转化至大肠杆菌Transetta(DE3)进行原核表达,成功表达了CtDXS1重组蛋白。 展开更多
关键词 红花 1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸合成酶 基因表达 原核表达
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克氏原螯虾PcDsx基因的克隆及表达分析 认领
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作者 石林林 陈家豪 +3 位作者 石瑞雪 费佳敏 张龙 李艳和 《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期129-136,共8页
为阐明克氏原螯虾(Procambarus clarkii)doublesex(PcDsx)的功能,采用RACE技术克隆获得PcDsx cDNA序列,利用qRT-PCR检测该基因的表达情况。生物信息学分析结果显示,该基因cDNA全长1584 bp,包括243 bp 5′UTR、765 bp ORF(编码254 aa)和5... 为阐明克氏原螯虾(Procambarus clarkii)doublesex(PcDsx)的功能,采用RACE技术克隆获得PcDsx cDNA序列,利用qRT-PCR检测该基因的表达情况。生物信息学分析结果显示,该基因cDNA全长1584 bp,包括243 bp 5′UTR、765 bp ORF(编码254 aa)和576 bp 3′UTR;PcDsx蛋白包含1个保守的DM结构域,与东方刺龙虾(Sagmariasus verreauxi)SvDsx的DM结构域相似性较高。基因表达分析结果显示,PcDsx广泛表达于成年克氏原螯虾的各组织中,其中克氏原螯虾触角腺中该基因的相对表达量最高,性腺和肌肉中的相对表达量也较高,并且发现该基因在成年雌虾多种组织中的表达与相应雄虾组织中的表达存在显著性差异;克氏原螯虾早期发育不同时期表达分析结果表明,PcDsx的表达水平在出膜后3 d达到一个高峰,而幼虾中PcDsx的最高表达分别出现在出膜后41 d和115 d,此外,该基因在出膜后期雌雄幼虾中的表达亦表现出显著性差异。 展开更多
关键词 克氏原螯虾 Dsx 性别决定 分子克隆 基因表达 单性养殖 性别调控基因
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地黄烯醇化酶基因(RgENO)的生物信息学与表达分析 认领
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作者 张丹丹 苑璐 +2 位作者 邵露营 朱佳琳 周延清 《贵州农业科学》 CAS 2021年第1期107-111,共5页
【目的】研究地黄烯醇化酶基因(RgENO)的生物信息学功能及其表达情况。【方法】利用高通量测序对混合地黄发育块根进行转录组测序,通过基因注释得到地黄烯醇化酶基因(RgENO)序列,RgENO为780 bp,编码260个氨基酸的蛋白质。利用生物信息... 【目的】研究地黄烯醇化酶基因(RgENO)的生物信息学功能及其表达情况。【方法】利用高通量测序对混合地黄发育块根进行转录组测序,通过基因注释得到地黄烯醇化酶基因(RgENO)序列,RgENO为780 bp,编码260个氨基酸的蛋白质。利用生物信息分析软件对RgENO进行同源性比对、结构、跨膜结构区和信号肽分析;用RT-qPCR检测其空间表达。【结果】RgENO蛋白质相对分子量为27.7 Kda,理论等电点pI为7.69,具有烯醇化酶典型的C端与N端双结构域,属于TIM磷酸结合超家族,不具有跨膜结构和信号肽,与芝麻的烯醇化酶相似度约为98%;RgENO在地黄的根、茎和叶中均有表达,但差异不明显。【结论】RgENO的编码蛋白质与芝麻的烯醇化酶相似度最高,约为98%;其在地黄根、茎和叶中均有表达。 展开更多
关键词 地黄 烯醇化酶基因 生物信息学分析 基因表达
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双孢蘑菇基因组密码子的偏好性分析 认领
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作者 韩利红 代冬琴 +1 位作者 赵明玉 刘潮 《菌物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第3期603-615,共13页
双孢蘑菇Agaricus bisporus是世界上最广泛栽培的食用菌之一。本研究通过分析双孢蘑菇基因组密码子使用偏性,探讨密码子偏性的影响因素及其对基因表达的影响。以双孢蘑菇基因组和转录组数据为依据,分析了双孢蘑菇基因组基因、高表达基因... 双孢蘑菇Agaricus bisporus是世界上最广泛栽培的食用菌之一。本研究通过分析双孢蘑菇基因组密码子使用偏性,探讨密码子偏性的影响因素及其对基因表达的影响。以双孢蘑菇基因组和转录组数据为依据,分析了双孢蘑菇基因组基因、高表达基因(high expression gene,HEG)和低表达基因(low expression gene,LEG)的密码子使用性。发现双孢蘑菇基因组编码基因平均GC含量为49.08%,T3s值(35.59%)最高,平均ENC值偏高,多数基因表达潜力较低。共鉴定出14个最优密码子,均以C或T结尾,并且遵循密码子中嘌呤和嘧啶使用的均衡性原则。高表达基因具有更强的密码子偏性,进化过程中受到基因突变和自然选择等多种因素影响。基因表达与G/C碱基含量和CAI值呈极显著正相关。高表达基因编码了多种与真菌生长发育相关的蛋白和酶类。研究结果明确了双孢蘑菇基因密码子的使用偏性,为双孢蘑菇转基因育种和品质改良提供了参考。 展开更多
关键词 双孢蘑菇 基因 密码子偏性 最优密码子 基因表达
香椿TsANR基因的克隆及在温度胁迫下的表达分析 认领
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作者 隋娟娟 杨京霞 +3 位作者 胡新 董新月 舒生 姬云涛 《阜阳师范大学学报:自然科学版》 2021年第1期57-61,共5页
花青素还原酶是调控原花青素形成的关键酶之一,该酶对花青素的积累具有重要调控作用。从香椿中克隆得到一个花青素还原酶基因,命名为TsANR。基因序列注册到GenBank中,登录号为MT629925。TsANR基因开放阅读框有1011 bp核苷酸组成,共编码... 花青素还原酶是调控原花青素形成的关键酶之一,该酶对花青素的积累具有重要调控作用。从香椿中克隆得到一个花青素还原酶基因,命名为TsANR。基因序列注册到GenBank中,登录号为MT629925。TsANR基因开放阅读框有1011 bp核苷酸组成,共编码336个氨基酸,编码的蛋白分子量为36.451 kD,属于酸性亲水性蛋白。系统进化树分析表明TsANR蛋白与同为无患子目的阿月浑子ANR蛋白亲缘关系最近。荧光定量试验结果表明:TsANR基因在香椿幼苗叶中的相对表达量最高,4℃低温处理24 h内,Ts ANR基因表达量在4 h后,表达量显著低于对照水平;在38℃高温处理24 h内,TsANR基因表达量在1 h时表达量显著增加,随后在2 h后表达恢复至对照水平。 展开更多
关键词 香椿 花青素还原酶 TsANR基因 基因表达
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谷子PHR家族基因的生物信息学及表达模式分析 认领
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作者 吴年隆 舒军 +4 位作者 王啸旗 张银 韩渊怀 赵雄伟 杨致荣 《山西农业科学》 2021年第3期257-264,272,共9页
磷饥饿响应(Phosphate starvation response,PHR)蛋白是磷调控网络中一个重要的转录因子,在调控磷的有效利用方面起着重要作用。为了挖掘能够响应低磷诱导的谷子PHR基因,研究通过生物信息学手段从谷子基因组中鉴定了PHR家族基因,分析了... 磷饥饿响应(Phosphate starvation response,PHR)蛋白是磷调控网络中一个重要的转录因子,在调控磷的有效利用方面起着重要作用。为了挖掘能够响应低磷诱导的谷子PHR基因,研究通过生物信息学手段从谷子基因组中鉴定了PHR家族基因,分析了不同物种PHR家族基因之间的进化关系,进一步分析了谷子PHR家族成员的基因结构及其在低磷条件下的基因表达模式。结果显示,从谷子基因组中共鉴定到16个SiPHR基因,不均匀地分布在谷子的7条染色体上,CDS长度为783~1422 bp,编码260~473个氨基酸,等电点范围为5.08~9.49,均属亲水性蛋白。系统进化结果显示,SiPHR可划分为5个亚组,分别对应1~3个水稻、玉米、高粱同源蛋白,均含有Myb_DNA-binding和Myb_CC_LHEQLE保守结构域。SiPHR家族基因包含6~7个外显子,鉴定出9种顺式作用元件,且均存在光响应元件。基因组织表达模式分析显示,SiPHR1、SiPHR3、SiPHR4、SiPHR6和SiPHR16具有明显的组织表达特异性。在低磷胁迫下呈多种表达模式,其中,SiPHR3、SiPHR10表达量在低磷胁迫3 d后显著高于胁迫前水平。研究结果可为谷子SiPHR基因的耐低磷调控网络研究提供一定的理论参考。 展开更多
关键词 谷子 PHR家族基因 低磷胁迫 基因表达
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miR-212对疾病基因表达调控的研究进展 认领
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作者 龙富立 彭子明 +5 位作者 冯逢 林镛 张建玲 覃艳新 毛德文 韦艾凌 《中国当代医药》 2021年第2期26-29,共4页
miRNAs是存在于动植物中的一类RNA分子,每一个miRNA可以调节一个或多个基因,具有十分复杂的调节网络。根据现有研究,miRNA至少调节人类1/3的基因。miR-212是一种新发现的miRNA,它的表达在人类某些疾病的发生、发展过程中起到了非常重要... miRNAs是存在于动植物中的一类RNA分子,每一个miRNA可以调节一个或多个基因,具有十分复杂的调节网络。根据现有研究,miRNA至少调节人类1/3的基因。miR-212是一种新发现的miRNA,它的表达在人类某些疾病的发生、发展过程中起到了非常重要的作用,在阐释相关疾病的发病机制、筛选诊断标志物、疾病的治疗、新药研发、判断疾病预后等方面具有巨大的潜在研究价值。本文就miR-212在癌症、心血管疾病、神经退行性疾病等疾病中的作用作一综述,以资临床借鉴。 展开更多
关键词 MIRNA miR-212 癌症 心血管疾病 神经退行性疾病 基因表达 基因调控
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毛竹GMD基因家族全基因组鉴定与表达分析 认领
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作者 阮诗雨 张智俊 +3 位作者 陈家璐 马瑞芳 朱丰晓 刘笑雨 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2021年第2期459-468,共10页
GDP-甘露糖4,6-脱水酶(GDP-mannose 4,6-dehydratase, GMD)是生物体内参与多糖合成代谢的一个重要基因。本研究利用毛竹全基因组和转录组数据信息,对GMD基因家族进行细致分析,共鉴定出39个家族成员。毛竹GMD各家族基因的理化性质有一定... GDP-甘露糖4,6-脱水酶(GDP-mannose 4,6-dehydratase, GMD)是生物体内参与多糖合成代谢的一个重要基因。本研究利用毛竹全基因组和转录组数据信息,对GMD基因家族进行细致分析,共鉴定出39个家族成员。毛竹GMD各家族基因的理化性质有一定差异,但所含甘露糖4,6脱水酶结构域进化相对保守。进化树分析将毛竹GMD基因家族分为3大类。该家族基因上游启动子序列存在多种光响应、环境胁迫、激素应答等有关顺式作用元件。同源模建显示毛竹GMD为同源二聚体蛋白质,两个亚基均有相同或催化功能。转录组数据分析发现,部分成员GMD基因在竹笋生长阶段基因高表达特征明显,表明其可能参与笋的生长发育。另外,GMD的表达受到不同激素的影响。本研究通过对GMD基因的生物信息学分析,有利于进一步明确毛竹GMD基因的功能及其在岩藻糖生物合成途径中的作用。 展开更多
关键词 毛竹(Phyllostachys edulis) GMD基因家族 系统进化 共线性 基因表达
甘薯细胞壁蔗糖转化酶基因IbCWIN家族成员鉴定及表达分析 认领
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作者 宋天晓 刘意 +3 位作者 饶莉萍 Soviguidi Deka Reine Judesse 朱国鹏 杨新笋 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第7期1297-1308,共12页
甘薯是重要的粮食、饲料、工业原料作物和新型的生物能源作物,细胞壁蔗糖转化酶是植物源、库组织蔗糖代谢的关键酶,但关于甘薯细胞壁蔗糖转化酶基因IbCWIN家族成员的研究尚未见报道。本研究测定供试品种不同组织部位的蔗糖淀粉含量,利... 甘薯是重要的粮食、饲料、工业原料作物和新型的生物能源作物,细胞壁蔗糖转化酶是植物源、库组织蔗糖代谢的关键酶,但关于甘薯细胞壁蔗糖转化酶基因IbCWIN家族成员的研究尚未见报道。本研究测定供试品种不同组织部位的蔗糖淀粉含量,利用生物信息学方法对IbCWIN基因家族的理化性质、保守结构域、系统进化关系、启动子作用元件、组织特异性表达模式进行分析。结果表明,甘薯茎中蔗糖含量最高,须根和叶次之,块根最低;块根淀粉含量最高,极显著高于其他部位。甘薯中含有10个IbCWIN基因,编码氨基酸442~1115个,蛋白质分子量范围49.56~124.44kD,等电点为5.0~9.1。分布在8条染色体上,都含有Glyco_32保守结构域及相同或相似的保守基序motif,属于糖基水解酶基因家族GH32。IbCWIN与木薯MeCWINV同源性高,IbCWIN基因家族启动子区域含有多种类型的顺式作用元件。qRT-PCR结果表明,IbCWIN基因家族在甘薯不同组织中均有表达且有多种表达模式,其中IbCWIN2和IbCWIN9在块根中表达量显著高于其他组织部位。本研究为下一步探索甘薯IbCWIN基因家族的功能及调控甘薯源、库关系机制提供理论指导。 展开更多
关键词 甘薯 细胞壁蔗糖转化酶 基因家族 基因表达
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藏猪和大约克猪CKM基因多态性及表达差异分析 认领
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作者 巩兴龙 段梦琪 +5 位作者 张健 李雨晴 张芳芳 赵雪 强巴央宗 商鹏 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2021年第1期197-201,共5页
【目的】本研究旨在探究猪CKM基因的多态性及其mRNA表达水平,通过对CKM基因起始密码子上游3 kb区域进行多态性检测,发现了单核苷酸多态性位点C-1185T和C-1324T,且该位点符合哈迪-温伯格定律(P<0.05)。【方法】利用实时荧光定量PCR技... 【目的】本研究旨在探究猪CKM基因的多态性及其mRNA表达水平,通过对CKM基因起始密码子上游3 kb区域进行多态性检测,发现了单核苷酸多态性位点C-1185T和C-1324T,且该位点符合哈迪-温伯格定律(P<0.05)。【方法】利用实时荧光定量PCR技术对CKM基因在藏猪和大约克猪不同组织的mRNA表达量进行检测。【结果】发现在同一品种猪种,CKM基因的mRNA表达水平从高至低依次为背最长肌>背脂>肝脏组织,不同猪种内CKM基因在背最长肌、背脂和肝脏组织中存在差异表达,在背最长肌中,藏猪(TP)极显著高于大约克猪(YY)(P<0.01),在背脂中,大约克猪(YY)显著高于藏猪(TP)(P<0.05),在肝脏组织中,藏猪(TP)极显著高于大约克猪(YY)(P<0.01)。【结论】推测CKM基因与骨骼肌的生长发育呈负相关。本研究为下一步深入开展CKM基因功能研究奠定基础。 展开更多
关键词 CKM基因 多态性 基因表达
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大麻GRAS转录因子全基因组研究 认领
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作者 张苗苗 于江珊 +5 位作者 施江 杨雨 孟雪 孙伟 万会花 薛建平 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2021年第5期1423-1433,共11页
目的GRAS转录因子在植物响应逆境胁迫和调控次生代谢方面起重要作用。为了研究GRAS转录因子在大麻素生物合成途径中的潜在功能,对大麻Cannabis sativa基因组中的GRAS基因进行全基因组鉴定、表达模式和功能分析。方法使用NCBI、PlantTFDB... 目的GRAS转录因子在植物响应逆境胁迫和调控次生代谢方面起重要作用。为了研究GRAS转录因子在大麻素生物合成途径中的潜在功能,对大麻Cannabis sativa基因组中的GRAS基因进行全基因组鉴定、表达模式和功能分析。方法使用NCBI、PlantTFDB、ExPASy等在线网站以及TBtools、MEGA、DNAMAN等软件对CsGRAS基因进行鉴定、可视化分析和功能预测。结果在大麻基因组中共鉴定出44个GRAS基因,在10条染色体上不均匀分布,基因之间存在串联重复现象;CsGRAS基因编码氨基酸数目为436~757,等电点介于4.77~7.24,相对分子质量为49164.54~85748.52;亚细胞定位分析显示CsGRAS主要定位在细胞核中;系统发育分析将CsGRAS分为10个亚家族;CsGRAS基因启动子区含有光响应元件、GA响应元件和MeJA响应元件等;CsGRAS在不同品种不同组织中表达量差异显著,其中CsGRAS4、CsGRAS13、CsGRAS15、CsGRAS17和CsGRAS44在花中特异性高表达,推测其可能调控大麻素生物合成。结论全面分析了大麻基因组中的GRAS家族,有助于更好地挖掘GRAS基因在大麻的大麻素生物合成调控和响应逆境胁迫中的作用。 展开更多
关键词 大麻 GRAS基因家族 基因表达 系统进化 功能预测
山新杨钾离子通道基因PdbSKOR的克隆与功能分析 认领
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作者 王力敏 陈亚辉 +5 位作者 杨庆山 曲日涛 姜姜 张金池 张洪霞 宋志忠 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2021年第1期53-63,共11页
【目的】植物SKOR是典型的外向整流型Shaker类钾离子(K+)通道蛋白,介导根部K+向地上部的长距离运输。本研究克隆并鉴定杨树K+通道基因PdbSKOR,在转录水平探讨其组织特异性表达特征及对缺钾、高钾、干旱和低温胁迫的响应情况,并明确其电... 【目的】植物SKOR是典型的外向整流型Shaker类钾离子(K+)通道蛋白,介导根部K+向地上部的长距离运输。本研究克隆并鉴定杨树K+通道基因PdbSKOR,在转录水平探讨其组织特异性表达特征及对缺钾、高钾、干旱和低温胁迫的响应情况,并明确其电生理学功能。【方法】通过同源克隆法,在山新杨中鉴定并克隆1个K+通道基因PdbSKOR;运用MEGA 7.0软件构建山新杨等14种不同科属木本植物SKOR通道成员的系统进化树;利用实时荧光定量PCR分析PdbSKOR的组织特异性表达特征及在转录水平根部PdbSKOR对缺钾、高钾(60 mmol·L-1 KCl)、干旱(15%PEG6000)和低温(4℃)处理的响应情况;借助膜片钳系统研究PdbSKOR的电生理功能。【结果】在山新杨中克隆1个K+通道基因PdbSKOR(GenBank No.MT335814),其编码蛋白含有6个离子通道跨膜域(S1—S6)、环核苷酸结合域、Ankyrin锚蛋白域和KHA二聚体功能结构域,属于典型的Shaker类K+通道;14种木本植物SKOR蛋白的氨基酸一致性高达81.09%,S6跨膜区的氨基酸一致性最高(96%);不同科属植物的SKOR同源蛋白在遗传进化关系上差异较大,而同一科属植物的遗传距离较近,山新杨PbdSKOR与同属杨柳科的红皮柳的同源蛋白SpuSKOR的遗传距离最近;在PdbSKOR启动子区域预测到18种顺式作用元件,主要包括发育调控、激素响应和胁迫响应等相关的调控元件;实时荧光定量PCR表明PdbSKOR在3年生山新杨根部的相对表达量最高,其次是盛开期花和花序,在茎部、叶片和果絮中的表达量相对较低;PdbSKOR在组培幼苗根部的表达水平也是最高的,且在转录水平对高钾处理没有响应,但对缺钾、干旱和低温胁迫处理较为敏感,其中,PdbSKOR在幼苗根部的表达水平受缺钾或干旱处理的抑制均显著降低,受低温胁迫诱导而显著增强;膜片钳研究表明当细胞膜电位为+20 mV时,PdbSKOR离子通道即被激活,并记录到典型的外向整流电流, 展开更多
关键词 山新杨 Shaker类钾离子通道 SKOR 基因克隆 基因表达 膜片钳
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